IDENTIFIKASI GEN PENCIRI SAPI BALI POLLED

MENGGUNAKAN MIKROSATELIT ILSTS045 DAN HEL013

SKRIPSI

RADINDA DWI CHOIRUNNISA

I111 13 527

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2017

ii

IDENTIFIKASI GEN PENCIRI SAPI BALI POLLED

MENGGUNAKAN MIKROSATELIT ILSTS045 DAN HEL013

Oleh :

RADINDA DWI CHOIRUNNISA

I111 13 527

Skripsi Sebagai Salah Satu Syarat Untuk Memperoleh Gelar Sarjana pada

Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin Makassar

FAKULTAS PETERNAKAN

UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR

2017

3

PERNYATAAN KEASLIAN

1. Yang bertanda tangan di bawah ini :

Nama : RADINDA DWI CHOIRUNNISA

Nim : I 111 13 527

Menyatakan dengan sebenarnya bahwa :

a. Karya Skripsi saya adalah asli

b. Apabila sebagian atau seluruhnya dari skripsi ini, terutama dalam Bab

Hasil dan Pembahasan, tidak asli atau plagiasi, maka saya bersedia

dibatalkan dan dikenakan sanksi akademik yang berlaku.

2. Demikian pernyataan keaslian ini dibuat untuk dapat digunakan seperlunya.

Makassar, November 2017

RADINDA DWI CHOIRUNNISA

4

HALAMAN PENGESAHAN

Judul Skripsi :

Nama : Radinda Dwi Choirunnisa

Nim : I 111 13 527

Fakultas : Peternakan

Skripsi ini telah diperiksa dan disetujui oleh:

Dr. Muhammad Ihsan A. Dagong, S.Pt, M.Si

Pembimbing Utama

Prof. Dr. Ir. Sudirman Baco, M.Sc

Dekan Fakultas Peternakan

Prof. Dr. Ir. Lellah Rahim, M.Sc

Pembimbing Anggota

Prof. Dr. drh. Hj. Ratmawati Malaka, M,Sc

Ketua Program Studi Peternakan

Tanggal Lulus : November 2017

Identifikasi Gen Penciri Sapi Bali Polled Menggunakan

Mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013

5

KATA PENGANTAR

Assalamu Alaikum Warahmatullahi Wabarakatu

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah Subhanahu wa

Ta’ala,shalawat dan salam semoga selalu tercurah kepada RasulullahNabi

Muhammad Shallallahu ‘Alaihi wa Sallam beserta keluarganya, sahabat, dan

orang-orang yang mengikuti beliau hingga hari akhir, yang senantiasa

melimpahkan rahmat dan hidayah-Nya, sehingga akhirnya penulis dapat

menyelesaikan skripsi ini, dengan judul ”Identifikasi Gen Penciri Sapi Bali

Polled Menggunakan Mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013” Skripsi ini

merupakan syarat untuk menyelesaikan pendidikan jenjang Strata Satu (S1) pada

Jurusan Peternakan, Fakultas Peternakan, Universitas Hasanuddin Makassar.

Dalam penyusunan skripsi ini, penulis banyak menemukan hambatan dan

tantangan, sehingga penulis menyadari sepenuhnya bahwa penyusunan skripsi ini

masih jauh dari kesempurnaan sebagai suatu karya ilmiah, hal ini disebabkan oleh

faktor keterbatasan penulis sebagai manusia yang masih berada dalam proses

pembelajaran. Oleh karena itu, penulis sangat mengharapkan partisipasi aktif dari

semua pihak berupa saran dan kritik yang bersifat membangun demi

penyempurnaan tulisan ini.

Limpahan rasa hormat, kasih sayang, cinta dan terima kasih yang tulus

kepada kedua orang tua saya Saifuddin S.E dan Ibunda Biddayatie yang telah

melahirkan, membesarkan, mendidik dan mengiringi setiap langkah penulis

dengan doa restu yang tulus serta tak henti-hentinya memberikan dukungan baik

6

secara moril maupun materil. Penulis juga menghaturkan terima kasih kepada

saudara-saudara ku tercinta Muh. Adityo Eko Saputra S.Kom, Dimas

Faturrahman Saputra dan Dwi Noviana S.E yang selalu memberikan

dukungan moril dan memotivasi penulis. Penulis juga mengucapkan terima kasih

yang sebesar-besarnya untuk seluruh keluarga Djafar Family dan Achmaddin

Family yang selalu mendoakan dan dukungan yang tak henti-hentinya. Terima

Kasih.

Pada kesempatan ini dengan segala keikhlasan dan kerendahan hati

penulis juga menyampaikan terima kasih yang sebesar-besarnya dan penghargaan

yang setinggi-tingginya kepada:

1. Dr. Muhammad Ihsan A. Dagong, S.Pt, M,Si selaku pembimbing utama

dan Prof. Dr. Ir. Lellah Rahim, M.Sc selaku pembimbing anggota yang telah

memberikan nasehat, arahan, petunjuk dan bimbingan serta dengan sabar dan

penuh tanggungjawab meluangkan waktunya mulai dari penyusunan hingga

selesainya skripsi ini.

2. Prof. Dr. Ir. H. Sudirman Baco, M.Sc, Prof. Dr. Ir. Ambo Ako, M.Sc,

Prof. Rr. Sri Rachma A. Bugiwati, M.Sc, Ph.D, dan Prof. Dr. Muhammad

Yusuf, S.Pt selaku pembahas mulai dari seminar proposal hingga seminar

hasil penelitian, terima kasih telah berkenan mengarahkan dan memberi saran

dalam menyelesaikan skripsi ini.

3. Dr. Ir. Syahriadi Kadir, M.Si selaku penasehat akademik yang sangat

membantu penulis dalam menyelesaikan pendidikan S1.

7

4. Prof. Dr. Dwia Aries Tina Palubuhu, M.A, selaku Rektor Universitas

Hasanuddin.

5. Dosen Pengajar Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin yang telah

banyak memberi ilmu yang sangat bernilai bagi penulis.

6. Seluruh Staf dalam lingkungan Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin,

yang selama ini telah banyak membantu dan melayani penulis selama

menjalani kuliah hingga selesai.

7. Terima kasih Sahabat segala-galanya sahabat, Majdah Pratiwi S.Pt., Andi

Rezky Dwi Putri P., Indah Aulia, Andi Jeniwari Elvina S.Pt., Dinda

Febrianti Adam., Chairunnisa Idrus Assegaf S.Pt., Nurul Hidayah S.Si.,

dan Andi Ekasari Febrianti P. yang setia menemani dalam suka maupun

duka, yang selalu setia mendengar keluhan, memberi dukungan dan motivasi

kepada penulis hingga selesainya skripsi ini.

8. Terima Kasih Hamdi Septiadi S.H dan Keluarga yang selalu memberi

dukungan, motivasi dan setia menemani penulis sampai sekarang.

9. Teman Himabebs, Dwi, Alen, Indra, Widi, Wahyu, Gabriel, Awi, Majdah,

Dea, Aje, Nisa terima kasih sudah menemani penulis sampai sekarang.

10. Terima kasih Fizhero yang selalu ada untuk penulis disaat susah maupun

senang.

11. Teman seperjuangan peneliti Kakak Erwin Jufri, Kakak Hasman, Kakak

Arman, Dinda Adam, Husni S.Pt dan Pak Zulkarnaim Terima kasih atas

kerjasamanya dan pengalamannya.

8

12. Terima Kasih Adik-Adik Antang Bala Pitt, Alif, Randa, Fadil, Ikky, Inna

yang selalu ada menemani dan memberikan semangat kepada penulis

13. Terima kasih Kharisma S.Pt, Nabila S.Pt, Charles, Ahmad Rezky, Kak

Uci, Kak David, Kak Ridwan, Kak Winda, Kak Tami, yang menemani,

memberi dukungan, motivasi dan membantu penulis hingga selesainya skripsi

ini.

14. Keluarga besar HIMAPROTEK, Peternakan D dan LARFA 13 kalian

keluarga yang tak akan pernah penulis lupakan, terima kasih untuk semua

kenangan indah yang mengantarkan penulis meraih gelar sarjana..

15. Rekan-rekan Mahasiswa Fakultas Peternakan kepada Kakanda angkatan 09,

10, 11, 12 dan Adinda angkatan 14 dan 15 terima kasih atas kerjasamanya.

Penulis menyadari meskipun dalam penyelesaian tulisan skripsi ini masih

perlu masukan dan saran dari berbagai pihak yang sifatnya membangun agar

penulisan berikutnya senantiasa lebih baik lagi. Semoga Allah S.W.T membalas

budi baik semua yang penulis telah sebutkan diatas maupun yang belum sempat

ditulis. Akhir kata penulis ucapkan banyak terima kasih dan menitip harapan

semoga tugas akhir ini bermanfaat bagi kita semua.

Amin ya robbal alamin.

Wassalamualaikum Wr.Wb.

Makassar, November 2017

Radinda Dwi Choirunnisa

9

ABSTRAK

Radinda Dwi Choirunnisa. I 111 13 527. Identifikasi Gen Penciri Sapi Bali

Polled Menggunakan Mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013. Di bawah Bimbingan

Dr. Muhammad Ihsan A. Dagong, S.Pt, M,Si selaku pembimbing utama dan

Prof. Dr. Ir. Lellah Rahim, M.Sc selaku pembimbing anggota.

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui gen penciri sifat Polled pada

sapi Bali. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Ternak Potong,

Laboratorium Terpadu dan Ranch Maiwa Breeding Center Fakultas Peternakan

Universitas Hasanuddin, penelitian ini menggunakan 100 sampel sapi Bali yang

terbagi 89 sampel darah sapi Bali bertanduk dan 11 sampel darah sapi Bali Polled

dan dilakukan dengan tiga tahapan penelitian. Pada tahap pertama, koleksi sampel

darah, tahap kedua Ekstraksi DNA dimana DNA diisolasi dan dimurnikan dengan

menggunakan Kit DNA. DNA penciri dengan mikrosatelit Lokus ILST045 dan

HEL013 pada sapi Bali. Hasil Nilai Heterozigotsitas ILSTS045 menunjukkan

pada sapi Bali da sapi Bali Polled masing-masing yaitu 1.000 dan memiliki nilai

heterozigositas harapan (Hₑ) 0.674 untuk sapi Polled sedangkan untuk sapi Bali

bertanduk heterozigositas harapan (Hₑ) yaitu 0.671. dan Nilai Heterozigositas

HEL013, memiliki heterozigositas pengamatan (Hₒ) yaitu 0.909 pada sapi Polled

dan pada sapi Bali bertanduk yaitu 0.989 sedangkan heterozigositas harapan (Hₑ)

pada sapi Polled yaitu 0.496 dan pada sapi Bali bertanduk yaitu 0.500. Dapat

disimpulkan bahwa Hasil amplifikasi mikrosatelit terhadap lokus ILSTS045 dan

HEL013 menghasilkan pita/alel yang beragam (polimorfik) dan hasil yang diperoleh ditidak ditemukan gen penciri sapi Bali Polled dengan menggunakan

mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013.

Kata Kunci : Sapi Bali bertanduk, sapi Bali Polled, Mikrosatelit ILSTS04,

HEL013

10

ABSTRACT

Radinda Dwi Choirunnisa.I 111 13 527. Identification of Balinese Cattle

Founder Polls Using ILSTS045 and HEL013 Microsatellites. Under Guidance

Dr. Muhammad Ihsan A. Dagong, S.Pt, M, Si as the main counselor and Prof.

Dr. Ir. Lellah Rahim, M.Sc as member mentor.

The aim of this research to indintify gene characteristic for polled trait in Bali

cattle. The research conducted in Laboratory of beef cattle production, Integrated

Laboratory and Ranch Maiwa Breeding Center Faculty of Animal Husbandry

Hasanuddin University. In total 100 heads of Bali cattle were used, consist of 11

heads of polled and 89 Bali horned. To find the genetic characteristic, method that

used in this research were DNA microsatellites primers ILSTS045 and HEL013.

The result of research found that in ILSTS045 locus Heterozigosity value showed

that Bali horned and Bali polled respectively were 1,000 and had expected

heterozygosity (Hₑ) 0.674 for polled while for Bali horned heterozygosity (Hₑ)

was 0.671 and Heterozygosity HEL013 value, have observed heterozigositas (Hₒ)

was 0.909 in polled and horn Bali 0.989 whereas expected heterozigocity (Hₑ) in

polled were 0,496 and horned Bali were 0.500. It can be concluded that the results

of microsatellite amplification of ILSTS045 and HEL013 loci produced various

polymorphic bands and the results obtained cant not used genetic identifier for

polled trait.

Kata Kunci : Bali horned, Bali polled, Microsatellites ILSTS045 HEL013

x

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR ISI ...................................................................................... x

DAFTAR TABEL .............................................................................. xi

DAFTAR GAMBAR ......................................................................... xii

DAFTAR LAMPIRAN ...................................................................... xiii

PENDAHULUAN .............................................................................

Error! Bookmark not defined.

TINJAUAN PUSTAKA .................................................................... 3

Asal Usul Sapi Bali dan Penyebarannya ................................. 3

Karakteristik Sifat Polled pada Sapi........................................ 5

Identifikasi Potensi Genetik Sapi Bali Polled ......................... 8

Penentuan dan Peluang MAS (Marker Assisted Selection)

pada Sapi Bali Polled .............................................................. 12

METODE PENELITIAN ................................................................... 14

Waktu dan Tempat .................................................................. 14

Bahan dan Alat ........................................................................ 14

Tahapan Penelitian .................................................................. 15

HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................... 19

Amplifikasi dan Genotip Mikrosatelit Lokus ILST045

dan HEL013 pada Sapi Bali .................................................... 19

Frekuensi Genotip dan Alel ..................................................... 21

KESIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 24

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................ 25

LAMPIRAN ....................................................................................... 28

RIWAYAT HIDUP

xi

x

DAFTAR TABEL

No. Teks Halaman

1. Urutan Basa dan Ukuran Mikrosatelit............................................ 15

2. Frekuensi Genotipe dan Alel Mikrosatelit Lokus ILSTS045 ........ 16

3. Frekuensi Genotipe dan Alel Mikrosatelit Lokus HEL013 ........... 20

4. Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas

Harapan (He) pada Lokus ILSTS045 ............................................ 21

5. Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas

Harapan (He) pada Lokus HEL013 ............................................... 21

xi

DAFTAR GAMBAR

No. Teks Halaman

1. Visualisasi Radiograph Perlekatan Tanduk .................................. 6

2. Pola Penurunan Sifat Tanduk pada Sapi ........................................ 9

3.Pola pita lokus mikrosatelit ILSTS045 pada sapi Bali. M: Marker

DNA. ; 1-8 sapi Bali Polled : 9-15 sapi Bali bertanduk ...……... 18

4.Pola pita lokus mikrosatelit HEL013 pada sapi Bali. M: Marker

DNA ; 2-5 sapi Bali Polled ; 6-9 sapi Bali bertanduk ….……... 18

xii

DAFTAR LAMPIRAN

No. Teks Halaman

1. Dokumentasi Penelitian ..................................................................... 29

1

PENDAHULUAN

Program peningkatan mutu genetik sapi lokal khususnya sapi Bali

memiliki arti yang sangat strategis, yaitu dalam rangka mengurangi

ketergantungan akan sapi (bibit) impor yang jelas akan berdampak pada

terkurasnya devisa negara. Keunggulan produksi sapi Bali dapat dilihat dari

beberapa indikator sifat-sifat produksi seperti bobot lahir, bobot sapi, bobot

dewasa, laju pertambahan bobot badan, sifat-sifat karkas (persentase karkas dan

kualitas karkas), maupun sifat reproduksi seperti dewasa kelamin, umur

pubertas,jarak kelahiran (calving interval), dan persentase kelahiran. Beberapa

sifat produksi dan reproduksi tersebut merupakan sifat penting/ekonomis yang

dapat dipergunakan sebagai indikator seleksi (Handiwirawan dan Subandriyo,

2004).

Perkembangan sejumlah penanda molekuler (DNA Marker) dewasa ini

telah memungkinkan untuk melakukan identifikasi terhadap perubahan-perubahan

genetik yang terjadi dalam suatu persilangan serta hubungannya dengan

perubahan sifat kuantitatif dan sifat kualitatif ternak. Selain itu, penanda

molekuler juga dapat digunakan untuk membedakan antara suatu bangsa ternak

dengan ternak lainnya terutama dalam kaitannya dengan upaya pelestarian dan

menjaga kemurnian dari bangsa tersebut.

Ternak sapi Bali yang tanduknya tidak tumbuh secara alami diistilahkan

sebagai sapi Bali Polled. Polled merupakan sebuah sifat yang diturunkan melalui

pola autosomal dominan (Cargil dkk.,2008). Sebelum ternak didomestikasi, fungsi

2

tanduk sangat penting bagi kelangsungan hidup spesies liar. Fungsi tersebut

terutama sebagai instrument dalam mempertahankan diri dari ancaman hewan

lain. Bahkan setelah domestikasi, tanduk adalah sifat yang diinginkan di sebagian

besar wilayah peternakan sapi sampai saat ini.

Mikrosatelit merupakan kelas khusus dari tandem repeat loci yang terdiri

atas suatu motif dengan 1 - 6 pasang basa berulang sampai lebih dari 100 kali.

Variasi susunan nukleotida mikrosatelit yang sangat tinggi dapat dibuktikan pada

populasi keturunan pertama (F1) dari perkawinan silang antara dua bangsa ternak

yang secara genetik berbeda jauh. Pemanfaatan mikrosatelit sebagai salah satu

penciri genetik digunakan untuk mengetahui keragaman genetik dalam dan antar

populasi. Hal tersebut disebabkan pada mikrosatelit terdapat motif yang berulang

pada nukleotida sederhana dalam bentuk salinan berdampingan (tandem)

menjadikan mikrosatelit digunakan sebagai penciri genetik. Kelebihan penciri

mikrosatelit memiliki sifat dominan dan tersebar di seluruh genom sering

digunakan dalam kajian genetika populasi dan DNA fingerprinting.

Sehubungan dengan hal tersebut maka perlu dilakukan suatu penelitian

untuk mengidentifikasi gen penciri sapi Bali Polled menggunakan mikrosatelit

ILSTS045 dan HEL013

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui gen yang mengontrol

terjadinya sifat Polled pada sapi Bali. Kegunaan dari penelitian ini adalah untuk

memberikan informasi kepada peneliti, peternak, dan pemegang kebijakan dalam

pengembangan sapi potong lokal khususnya pada sapi Polled.

3

TINJAUAN PUSTAKA

Asal Usul Sapi Bali dan Penyebarannya

Sapi Bali (Bibos sondaicus) yang ada saat ini diduga bebangsa asli dari

hasil domestikasi Banteng liar (Bibos banteng). Menurut Rollinson (1984) proses

domestikasi sapi Bali itu terjadi sebelum 3.500 SM di Indonesia atau Indochina.

Banteng liar saat ini bisa di temukan di Jawa bagian Barat dan bagian Timur, di

pulau Kalimantan, serta ditemukan juga di Malaysia (Payne dan Rollinson, 1973).

Menurut Wello (2011) sapi Bali mempunyai taksonomi sebagai berikut :

Kingdom : Animalia

Phylum : Chordata / Vertebrata (bertulang belakang)

Class : Mammalia (menyusui)

Ordo : U1ngulata (berkuku)

Sub ordo : Artiodactila (berkuku genap)

Golongan : Ruminansia (memamah biak)

Famili : Bovidae (bertanduk berongga)

Genus : Bos (cattle)

Spesies : Bos sondaicus

Hardjosubroto dan Astuti (1993) mengemukakan bahwa di Indonesia saat

ini, Banteng liar hanya terdapat di hutan lindung Baluran, Jawa Timur dan Ujung

Kulon, Jawa Barat, serta di beberapa kebun binatang. Adanya Banteng liar ini

memberikan peluang untuk perbaikan mutu sapi Bali atau untuk persilangan

dengan jenis sapi lain (National Research Council, 1983). Tempat dimulainya

4

domestikasi sapi Bali masih terdapat perbedaan pendapat, dimana Meijer (1962)

berpendapat proses domestikasi terjadi di Jawa, namun Payne dan Rollinson

(1973) menduga asal mula sapi Bali adalah dari pulau Bali mengingat tempat ini

merupakan pusat distribusi sapi Bali di Indonesia.

Nozawa (1979) menduga gen asli sapi Bali berasal dari pulau Bali yang

kemudian menyebar luas ke daerah Asia Tenggara, dengan kata lain bahwa pusat

gen sapi Bali adalah di pulau Bali, di samping pusat gen sapi zebu di India dan

pusat gen primigenius di Eropa. Penyebaran sapi Bali di Indonesia dimulai pada

tahun 1890 dengan adanya pengiriman ke Sulawesi, pengiriman selanjutnya

dilakukan pada tahun 1920 dan 1927 (Herweijer, 1950). Kemudian pada sekitar

tahun 1947 dilakukan pengiriman besar-besaran sapi Bali oleh pemerintah

Belanda ke Sulawesi Selatan yang langsung didistribusikan kepada petani (Pane,

1991). Sejak saat itu, populasi sapi Bali berkembang dengan cepat sehingga

sampai saat ini Propinsi Sulawesi Selatan menjadi salah satu propinsi yang

memiliki sapi Bali dengan jumlah terbesar di Indonesia. Untuk penyebaran sapi

Bali ke Lombok mulai dilakukan pada abad ke-19 yang dibawa oleh raja-raja pada

zaman itu (Hardjosubroto dan Astuti, 1993), dan sampai ke Pulau Timor antara

tahun 1912 dan 1920 (Herweijer, 1950).

Penyebaran sapi Bali ke banyak wilayah di Indonesia kemudian dilakukan

sejak tahun 1962 (Hardjosubroto dan Astuti, 1993) dan saat ini telah menyebar

hampir di seluruh wilayah Indonesia. Tidak hanya di wilayah Indonesia, sapi Bali

juga telah disebarkan ke berbagai negara. Tercatat sapi Bali telah diintroduksikan

ke Semenanjung Cobourg di Australia Utara di antara tahun 1827 dan 1849.

5

Pernah juga dilakukan ekspor secara reguler sapi Balike Hongkong untuk

dipotong. Selain itu, pada masa lalu, sapi Bali juga pernah dikirim ke Philipina,

Malaysia dan Hawai (Payne dan Rollinson, 1973), telah juga dikirimkan ke Texas,

USA dan New South Wales, Australia sebagai ternak percobaan (National

Research Council, 1983).

Karakteristik Sifat Polled pada Sapi

Sifat Polled pada Sapi

Ternak sapi yang tanduknya tidak tumbuh secara alami diistilahkan

sebagai sapi Polled. Polled merupakan sebuah sifat yang diturunkan melalui pola

autosomal dominan (Cargill et al., 2008). Sifat Polled pada sapi merupakan

sebuah sifat autosomal dominan (Capitan et al., 2011). Sifat Polled merupakan

karakteristik tanduk yang tidak tumbuh disebabkan oleh faktor genetik yang tidak

normal dengan melibatkan bialel autosomal (Capitan et al., 2011). Lauwerier,

(2015) berpendapat sifat Polled terjadi disebabkan oleh terjadinya mutasi yang

ditentukan oleh sebuah gen tunggal (gen Polled).

Beberapa penelitian yang telah dilakukan untuk mengidentifikasi

mengenai pengontrol terjadinya sifat Polled sebagian besar menyimpulkan bahwa

kejadian sifat Polled disebabkan oleh terjadinya mutasi gen yang merubah asam

basa DNA sehingga terjadi perubahan asam amino yang terbentuk pada saat

proses transkrip DNA. Terdapat beberapa gen yang banyak digunakan untuk

mengidentifikasi letak mutasi di lokus Polled. Pada sapi Holstein (Bos taurus)

Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) ditemukan pada intron 3 dari gen

Interferon Gamma Receptor 2 (IFNGR2), yang merubah Guanin (G) menjadi

6

Adenin (A) (Glatzer et al., 2013). Visualisasi radiograph perlekatan tanduk

disajikan pada Gambar 1.

Gambar 1.Visualisasi Radiograph Perlekatan Tanduk : 1) tengkorak; 2) frontal

suture; 3) perlekatan antara tulang frontal dan tanduk; 4) sinus frontal

dan 5) tanduk (Capitan et al., 2011)

Fenomena tidak tumbuhnya tanduk pada sapi dikategorikan dalam dua

kondisi, 1) dikatakan Polled jika tanduk tidak tumbuh secara alami dan 2) kondisi

scurs yakni tidak tumbuhnya tanduk yang disebabkan oleh kegagalan

penggabungan antara inti tulang tanduk dengan tengkorak. Kondisi scurs dapat

juga dikatakan sebagai pertengahan antara kondisi sapi bertanduk dengan tidak

bertanduk, disebabkan sapi yang bersifat scurs tetap memiliki tanduk namun tidak

tumbuh secara sempurna. Hal tersebut menjadi penting untuk membedakan ternak

sapi yang bersifat Polled dengan sifat scurs (Capitan et al., 2011).

Keunggulan Sifat Polled dari Segi Manajemen Pemeliharaan

Pengembangan sapi potong di dunia saat ini mengarah pada

pengembangan sapi-sapi tanpa tanduk (Polled), disebabkan beberapa keunggulan

terutama pada keunggulan dibidang manajemen pemeliharaan. Peternakan sapi

potong dan sapi perah di dunia sebagian besar telah melakukan model

pemeliharaan di padang penggembalaan, sehingga keberadaan tanduk dianggap

7

mempunyai nilai yang relatif kecil, bahkan cenderung memberikan dampak

kerugian ekonomi yang cukup besar karena resiko yang lebih tinggi dari cedera

yang terjadi (infeksi dan kerusakan karkas) (Ivica et al., 2012).

Sifat tempramen pada sapi dapat diartikan sebagai respon tingkah laku

ternak ketika mendapatkan perlakuan dari manusia (Francisco et al., 2012).

Perlakuan tersebut dapat berupa kegiatan perawatan kesehatan maupun pada

pemberian pakan. Ternak sapi dengan temperamen yang buruk sangat merugikan

disebabkan dapat menstimulus terjadinya stres. Sifat tempramen sangat

dipengaruhi oleh faktor bangsa ternak dan jenis kelamin Sapi Bali merupakan

hasil domestikasi banteng (Bos banteng) sehingga cenderung masih memiliki sifat

liar.

Sapi bertanduk sering menimbulkan masalah dalam manajemen

pemeliharaan. Pada industri pemotongan sapi-sapi hasil penggemukan sangat

dipengaruhi oleh kehadiran tanduk. Pemotongan tanduk pada sapi bakalan muda

telah terbukti menjadi stres dan mengurangi tingkat pertumbuhan

(Goonewardenedan Hand, 1991). Masalah lain yang ditimbukan dari kehadiran

tanduk pada sapi-sapi muda, yakni ketidaknyamanan dan besarnya biaya yang

harus dikeluarkan untuk melakukan pemotongan tanduk (dehorning)

(Goonewardeneetal., 1999). Sehingga terkadang dilaksanakan pemilihan secara

selektif untuk memilih sapi-sapi Polled. Hal tersebut memperhatikan aspek

kesejahteraan ternak tanpa melaksanakan pemotongan tanduk.

Keunggulan dari sifat Polled, yakni gen bangsa homozigot pada sapi

Polled mengurangi biaya dan waktu untuk pemotongan tanduk dan

8

menghilangkan stres pada ternak. Beberapa Negara telah memberlakukan animal

walfare terkait dehorning, sehingga pemubiakan terhadap sapi Polled menjadi

lebih menguntungkan. Pada sapi Simmental, telah banyak upaya yang dilakukan

untuk menghasilkan bangsa murni Simmental Polled melalui seleksi penotifik

tradisional. Upaya tersebut telah menghabiskan waktu selama 25 tahun

(Brockmann et al., 2000). Beberapa keunggulan lain pada sapi Polled dari segi

manajemen pemeliharaan, seperti mengurangi resiko terluka yang sering terjadi

pada peternak yang disebabkan oleh tanduk, dapat mencegah memar pada karkas

dan kerusakan pada kulit. Seleksi terhadap sapi Polled menjadi sangat penting

terutama pada manajemen budidaya ternak yang modern (Brockmann et al.,

2000). Dampak paling jelas dari keberadaan tanduk, terlihat pada saat

pengangkutan menuju rumah potong hewan. Dimana terdapat banyak memar yang

ditemukan pada ternak yang bertanduk, disebabkan oleh adanya persaingan dan

persinggungan antar ternak yang terjadi di atas alat angkut (mobil pengangkut

sapi).

Identifikasi Potensi Genetik Sapi Bali Polled

Identifikasi Gen Pengontrol Sifat Polled

Sifat Polled pada sapi merupakan sebuah sifat autosomal dominan

(Capitan et al., 2011). Lokus Polled telah dipetakan pada kromosom 1 sapi

(Bovine Chromosome I/ BTA 1) (Georges et al., 1993). Fenotipe Polled

merupakan karakteristik tidak tumbuhnya tanduk yang disebabkan oleh faktor

genetik ketidaknormalan tanduk yang melibatkan bialel autusomal (Capitan et al.,

2011). Lauwerier (2015) berpendapat sifat Polled terjadi disebabkan oleh

9

terjadinya mutasi yang ditentukan oleh sebuah gen tunggal (gen Polled). Lebih

lanjut, sifat Polled dikodekan dengan alel Polled (P), bertanduk (p). Sifat Polled

bersifat dominan terhadap sifat bertanduk.Sapi-sapi tanpa tanduk selalu dalam

bentuk homozigot dominan (PP) atau heterozigot (Pp), sedangkan pada sifat

bertanduk hanya akan muncul jika dalam bentuk homozigot resesif (pp). Sehingga

untuk menghasilkan sapi Polled, hanya membutuhkan satu pejantan atau induk

untuk menghasilkan keturunan Polled.

Gambar 2. Pola Penurunan Sifat Tanduk pada Sapi (Schalles,1990)

Terdapat sekurang-kurangnya 5 pola penurunan sifat tanduk pada ternak

sapi (Gambar 2). Pola penurunan sifat tanduk yakni: 1) jika pejantan merupakan

1

2

3

4

5

Pejantan homozigotpolled (PP) x Induk homozigotpolled (PP)

Pejantan homozigotpolled (PP) x Induk heterozigotpolled (Pp)

Pejantan homozigotpolled (PP) x Induk bertanduk (pp)

Pejantan heterozigotpolled (Pp) x Induk bertanduk (pp)

Pejantan heterozigotpolled (Pp) x Induk heterozigotpolled (Pp)

10

homozigot Polled (PP) dikawinkan dengan induk homozigot Polled (PP), maka

akan didapatkan keturunan 100% sifat Polled pada anaknya; 2) jika pejantan

merupakan homozigot Polled (PP) dikawinkan dengan induk heterozigot Polled

(Pp), maka akan didapatkan keturunan 50% homozigot Polled (PP) dan 50%

heterozigot Polled (Pp) pada anaknya; 3) jika pejantan merupakan homozigot

Polled (PP) dikawinkan dengan induk bertanduk (pp), maka akan didapatkan

keturunan 100% sifat heterozigot Polled pada anaknya; 4) jika pejantan

merupakan heterozigot Polled (Pp) dikawinkan dengan induk bertanduk (pp),

maka akan didapatkan keturunan 50% heterozigot Polled (Pp) dan 50% bertanduk

(pp) pada anaknya; dan 5) jika pejantan merupakan heterozigot Polled (Pp)

dikawinkan dengan induk heterozigot Polled (Pp), maka akan didapatkan

keturunan 25% homozigot Polled (PP), 50% heterozigot Polled (Pp) dan 25%

bertanduk (pp) pada anaknya.

Identifikasi Potensi Genetik Menggunakan Mikrosatelit

Sapi Bali merupakan hasil domestikasi langsung dari Banteng liar

(Namikawa et al., 1980; Payne dan Hodges, 1997; Martojo, 2003), pendapat

tersebut diperkuat oleh ciri khas (fenotipe) sapi Bali yang sangat mirip dengan

Banteng. Sapi Bali yang dikenal saat ini diistilahkan sebagai Bos javanicus

(Zulkharnaim dkk., 2010). Fenomena sifat Polled pada sapi Bali seharusnya

memiliki dasar ilmiah yang menerangkan keabsahan jenis bangsanya. Hasil

pengkajian awal menunjukkan bahwa sapi Bali Polled masih sebangsa dengan

sapi Bali pada umumnya. Sehingga dibutuhkan pengkajian secara molekuler

terhadap kemurnian dari sapi Bali Polled.

11

Analisa potensi genetik sapi Bali telah dilakukan menggunakan beberapa

penanda genetik. Salah satu penanda molekuler (DNA marker) yang sangat

populer dewasa ini adalah mikrosatelit (Maskur dkk., 2007). Mikrosatelit

merupakan kelas khusus dari tandem repeat loci yang terdiri atas suatu motif

dengan 1 - 6 pasang basa berulang sampai lebih dari 100 kali. Variasi susunan

nukleotida mikrosatelit yang sangat tinggi dapat dibuktikan pada populasi

keturunan pertama (F1) dari perkawinan silang antara dua bangsa ternak yang

secara genetik berbeda jauh.

Pemanfaatan mikrosatelit sebagai salah satu penciri genetik digunakan

untuk mengetahui keragaman genetik dalam dan antar populasi. Hal tersebut

disebabkan pada mikrosatelit terdapat motif yang berulang pada nukleotida

sederhana dalam bentuk salinan berdampingan (tandem) menjadikan mikrosatelit

digunakan sebagai penciri genetic. Kelebihan penciri mikrosatelit memiliki sifat

kodominan dan tersebar di seluruh genom sering digunakan dalam kajian genetika

populasi dan DNA fingerprinting. Keragaman mikrosatelit ditunjukan dengan

variasi dalam jumlah pengulangan sekuen nukleotida. Tingkat keragaman

mikrosatelit secara positif berhubungan dengan panjang dari sekuen berulang.

Keragaman yang tinggi dari lokus mikrosatelit dihasilkan dari kecepatan mutasi

yang tinggi yaitu berkisar 10-3

, 10-5

dan 10-4

/lokus/gen bangsa (Lehmann et al.,

1996).

Pemanfaatan lain dari mikrosatelit pada pengkajian genetika populasi yang

digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik, penetapan asal-usul keturunan,

penggalian sumber-sumber genetik dan menjadi penanda molekuler penting dalam

12

analisis genetik. Selain itu, mikrosatelit juga sering digunakan untuk mempelajari

pautan (linkage), pemetaan, analisis populasi, sistem perkawinan dan struktur

populasi. Sejumlah mikrosatelit telah diaplikasikan untuk mendeteksi sejumlah

alternatif alel pada lokus genetik spesifik, termasuk pada populasi sapi Bali.

Informasi penting yang didapatkan dari pemanfaatan mikrosatelit yakni alel-alel

individu mencerminkan frekuensi yang berbeda antar populasi yang berbeda.

Sehingga informasi mengenai perbedaan yang besar pada alel ini memungkinkan

ketersediaan data dasar untuk pendugaan jarak genetik (Bradley et al., 1998).

Perbedaan alel yang dihasilkan disebabkan oleh perbedaan jumlah pengulangan

basa (Bennet, 2000).

Penentuan dan Peluang (Marker Assisted Selection) MAS pada Sapi Bali Polled

Perkembangan sejumlah penanda molekuler (DNA Marker) dewasa ini

telah memungkinkan untuk melakukan identifikasi terhadap perubahan perubahan

genetik yang terjadi dalam suatu persilangan serta hubungannya dengan

perubahan sifat kuantitatif dan sifat kualitatif ternak. Selain itu, penanda

molekuler juga dapat digunakan untuk membedakan antara suatu bangsa ternak

dengan lainya terutama dalam kaitannya dengan upaya pelestarian dan menjaga

kemurnian dari bangsa tersebut (Maskur dkk., 2007).

Penelitian terkait identifikasi potensi genetik sapi Bali dengan

memanfaatkan teknologi molekuler telah banyak dilaksanakan. Penelitian-

penelitian tersebut mengkaji potensi genetik sapi Bali terutama pada gen-gen

pengontrol sifat-sifat produktif, seperti gen pengontrol pertumbuhan, reproduksi

dan daya adaptasi sapi Bali. Sapi Bali yang memiliki keunggulan produksi masih

13

membutuhkan pengkajian mendalam khususnya pada potensi genotipenya.

Keanekaragaman genotipe dapat digunakan sebagai penciri (marker) pada seleksi

sifat-sifat produktif dan identifikasi kekhasan sapi Bali. Penggunaan metode atau

teknik molekuler dalam mengidentifikasi potensi keanekaragam genotipe

beberapa bangsa sapi telah banyak dilaksanakan. Pengkajian potensi genotipe sapi

Bali Polled dikhususkan pada identifikasi sifat-sifat khas dan pada keunggulan

lainnya.

14

METODE PENELITIAN

Waktu dan Tempat

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari sampai Agustus 2017.

Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Ternak Potong dan Ranch Maiwa

Breeding Center Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin untuk pengambilan

sampel pada sapi Bali dan Sapi Bali Polled serta tempat pengujian DNA

dilakukan di Laboratorium Terpadu Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin.

Bahan dan Alat

Penelitian ini menggunakan 100 sampel sapi Bali yang terbagi 89 sampel

darah sapi Bali bertanduk dan 11 sampel darah sapi Bali Polled dari Laboratorium

Ternak Potong dan Ranch Maiwa Breeding Center Fakultas Peternakan

Universitas Hasanuddin.

Bahan pendukung antara lain: Primer, bahan ekstraksi DNA (Kit DNA

ekstraksi (Thermo Scientific), Proteinase K, ethanol 96% ), bahan PCR (dNTP

mix, Enzim Taq DNA polymebangsa, 10x buffer, 10x TBE buffer), bahan

elektoforesis (agarose, Ethidium bromide, Marker DNA 100pb, Loading dye),

bahan gel poliakrilamid (acrylamida, bis-akrilamida, APS, TBE, H2O), bahan

stainning (AgNO3, NaOH, NH4OH, asam asetat glasial, formalin, gliserol 20%,

aquades) tissue dan plastic mika.

Alat yang digunakan yaitu : Venoject, tabung vakuttainer, mesin PCR

(sensoQuest Germany), centrifuge, alat pendingin, tabung eppendorf besar kecil,

15

gel documention, mikropipet, tip, rak tabung, elektroforesis, autoclave,

timbangan, dan sarung tangan

Tahapan Penelitian

Koleksi sampel darah

Materi genetik adalah sampel DNA yang diambil dari darah utuh

(wholeblood) sapi Bali dan sapi Bali Polled. Pengambilan sampel darah dilakukan

dengan mengumpulkan sekitar 5 ml sampel darah dari sapi melalui vena jugularis

dengan menggunakan venojet dan tabung vacuntainer yang diberi antikoagulan

(heparin atau EDTA). Sampel darah tersebut kemudian disimpan pada suhu 4°C

sampai waktu dianaisis (ekstraksi DNA dan PCR).

Ekstraksi DNA

DNA diisolasi dan dimurnikan dengan menggunakan Kit DNA ekstraksi

Genjet Genomic DNA Extraction (Thermo Scientific) dengan mengikuti protocol

ekstraksi yang disediakan. Sebanyak 200 µl sampel darah dilisiskan dengan

menambah 400 µl larutan lysis buffer dan 20 µl proitenase K (10 mg/ml),

dicampurkan kemudian diinkubasi pada suhu 56 ºC selama 60 menit di dalam

waterbath shaker. Setelah inkubasi larutan kemudian ditambahkan 200 µl

Ethanolabsolute 96% dan disentrifugasi 6.000 x g selama 1 menit.

Pemurnian DNA kemudian dilakukan dengan metode spin column dengan

penambahan 500 µl larutan pencuci wash buffer I yang kemudian dilanjutkan

dengan sentrifugasi pada 8.000 x g selama 1 menit. Setelah supernatannya

dibuang, DNA kemudian dicuci lagi dengan 500 µl wash buffer II dan

disentrifugasi pada 12.000 x g selama 3 menit. Setelah supernatannya dibuang,

16

DNA kemudian dilarutkan dalam 200 µl elution buffer dan disentrifugasi pada

8.000 x g untuk selanjutnya DNA hasil ekstraksi ditampung dan disimpan pada

suhu -20 ºC.

Primer Mikrosatelit

Penelitian ini menggunakan beberapa penciri mikrosatelit sebagai penanda

DNA. Urutan basa mikrosatelit untuk penanda tersebut disajikan pada Tabel 1.

Tabel 1. Urutan Basa dan Ukuran Mikrosatelit

Lokus Urutan Basa Primer (5’-3’) Jumlah

Alel

Suhu

Anneling

(°C)

Ukuran

(bp) Sumber

ILSTS045 F: TTCTGGCAAACTATTCCACC

R: CATGAAAGACACAGATGACC 18 57 144-198

Kemp et

al.,(199

5)

HEL013 F: TAAGGACTTGAGATAAGGAG

R: CCATCTACCTCCATCTTAAC 12 55 174-204

Armstro

ng.

(2006)

F = Forward, R = Reverse

- Elektroporesis pada Gel Poliakrilamid

Komponen gel poliakrilamida terdiri atas campuran 30% acrylamida dan

bis-akrilamida sebanyak 6 ml, 10 x TBE sebanyak 6 ml, H2O sampai mencapai

volume 30 ml, temed sbanyak 20 μl, 10% APS 200 μl.Sampel DNA tersebut

kemudian dimasukkan ke dalam sumur gel setelah gel diletakkan pada tangki

elektroforesis yang telah berisi larutan penyangga 1 x TBE.Elektroforesis

dilakukan pada voltase konstan 250 V selama 120 menit pada suhu ruang.

- Silver stainning (Pewarnaan Perak)

Pewarnaan dengan perak dilakukan melalui serangkaian proses yaitu

pewaraan gel dengan larutan stainning dengan merendam gel dalam larutan yang

terdiri atas 0,2 g AgNO3 ; 80 μl NaOH 10 N ; 0,8 ml NH4OH ; 200 ml akuades

17

selama selama 15 menit. Gel kemudian dicuci kembali dengan aquades selama 20

menit sambil digoyang untuk menghilangkan perak yang tidak berikatan dengan

DNA. Fragmen DNA yang berikatan dengan perak dapat dideteksi dengan

merendam gel dalam larutan NaOH 0,03 g/ml dan formalin yang dipanaskan pada

suhu 45 oC sampai fragmen pita DNA tampak. Setelah fragmen DNA tampak,

reaksi kemudian dihentikan dengan menggunakan asam asetat glasial (200 μl /

200 ml aquades).

- Penentuan posisi pita DNA

Penentuan posisi pita DNA pada gel poliakrilamida dilakukan secara

manual.Pita DNA yang muncul pada gel poliakrilamida diasumsikan sebagai alel

mikrosatelit. Ukuran dan jumlah dari alel yang muncul pada gel ditentukan

berdasarkan asumsi bahwa semua pita DNA dengan laju migrasi yang sama

adalah homolog (Leung et al., 1993), sedangkan alel dengan migrasi paling cepat

ditetapkan sebagai alel A, berikutnya adalah alel B dan seterusnya.

Analisis Data

1. Frekuensi Alel

Frekuensi alel mikrosatelit dan gen penentu sifat polled diperoleh dari

analisis penciri PCR-RLFP dihitung menggunakan rumus (Nei, 1987) :

( ∑

)

Keterangan :

xi = frekuensi alel ke-i

nii = jumlah individu bergenotipe AiAi

nij = jumlah individu bergenotipe AiAj

N = jumlah total sampel

18

2. Frekuensi Heterozigositas Pengamatan

Keragaman genetik (genetic variability) dilakukan melalui estimasi

frekuensi heterozigositas pengamatan (Ho), heterozigositas harapan (He) dan

standar eror heterozigositas harapan (Weir, 1996) :

∑

Keterangan :

Ho = frekuensi heterozigositas pengamatan

N1ij = jumlah individu heterozigositas pada lokus ke-1

N = jumlah individu yang dianalisis

3. Frekuensi Heterozigositas Harapan

∑

Keterangan :

Ho = frekuensi heterozigositas harapan

P1i = frekuensi alel ke-I pada lokus 1

n = jumlah alel pada lokus ke-1

19

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi DNA Mikrosatelit Lokus ILSTS045 dan HEL013 pada Sapi Bali

Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan bahwa Mikrosatelit

Lokus ILSTS045 dan HEL013 berhasil di amplifikasi pada mesin PCR

SensoQuest Germany dengan suhu annealing yang berbeda yang mana

ILSTS045 menggunakan suhu 57oC dan HEL013 menggunakan suhu 55

oC.

Hasil amplifikasi dapat divisualisasikan pada gel polyacrylamide 8%. Panjang

produk hasil amplifikasi mikrosatelit ILSTS045 adalah berkisar antara 174-

188pb dan pada HEL013 adalah berkisar pada 182-200pb.

Gambar 3. Pola pita lokus mikrosatelit ILSTS045 pada sapi Bali. M: Marker

DNA. ; 1-8 sapi Bali Polled : 9-15 sapi Bali bertanduk

Gambar 4. Pola pita lokus mikrosatelit HEL013 pada sapi Bali. M: Marker

DNA ; 2-5 sapi Bali Polled ; 6-9 sapi Bali bertanduk

20

Pada penelitian ini, alel mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013 yang

berhasil teramplifikasi (ditunjukkan dengan adanya band dengan ukuran yang

sesuai). Pada alel ILSTS045 berukuran panjang antara 144-198 pb (Kemp et al.,

1995) dan alel HEL013 berukuran panjang antara 174-204 pb (Armstrong, 2006).

Berdasarkan Gambar 3 pada penelitian ILSTS045 ditemukan 4 jenis alel

yaitu, alel A yang berukuran 174 pb, alel B berukuran 176 pb, alel D berukuran

180 dan alel E berukuran 188 pb dengan demikian fragmen 174 dan 180 pb

bergenotip AD, fragmen 176 dan 188 pb bergenotip BE, dan fragmen 180 dan

188 pb bergenotip DE. Keragaman mikrosatelit ditunjukkan dengan variasi

dalam jumlah pengulangan sekuen nukleotida. Hasil penelitian Weber (1990)

menyatakan bahwa Tingkat keragaman mikrosatelit secara positif berhubungan

dengan panjang dari sekuen berulang. DNA mikrosatelit berdasarkan kemurnian

pengulangan dibagi berdasarkan tiga kategori, yaitu: 1) mikrosatelit berulang

sederhana (perfect repeats) yang terdiri dari sekuen tanpa tersisipi oleh penyela

sepanjang unit berulangnya, 2) mikrosatelit berulang komplek (imperfect repeats)

terdiri dari sekuen dengan satu atau lebih penyela dalam unit berulangnya, 3)

mikrosatelit berulang campuran terdiri dari rangkaian perfect atau imperfect

repeats berdampingan dengan sebuah rangkaian sekuen ulangan sederhana yang

lain.

Berdasarkan Gambar 4 pada penelitian HEL013 ditemukan 2 jenis alel

yaitu, alel F yang berukuran 182 pb dan alel N yang berukuran 200 bp dengan

demikian fragmen 182 pb bergenotip FF, fragmen 200 pb bergenotip NN dan

fragmen 182 dan 200 pb bergenotip FN. Hal ini sesuai dengan pendapat Nei dan

21

Kumar (2000) yang menyatakan bahwa suatu gen dapat dinyatakan sebagai gen

polimorfik apabila salah satu dari alelnya tidak mencapai atau kurang dari 99%.

Perbedaan alel yang dihasilkan disebabkan oleh perbedaan jumlah pengulangan

basa (Bennett, 2000).

Frekuensi dan Alel

Frekuensi alel adalah perbandingan gen yang terdiri dari suatu varian gen

tertentu, dengan kata lain ia merupakan suatu alel tertentu dibagi dengan jumlah

keseluruhan alel pada lokus dalam suatu populasi. Hasil analysis frekuensi

genotipe dan alel pada lokus ILSTS045 dan HEL013 pada sapi Bali Polled dapat

dilihat pada Tabel 2 dan Tabel 3.

Tabel 2. Frekuensi Genotipe dan Alel Mikrosatelit Lokus ILSTS045

Breed N Genotipe Frek Genotipe Frek Alel

AD BE DE AD BE DE A B D E

Bali Polled 11 2 8 1 0.182 0.727 0.091 0.091 0.364 0.136 0.409

Bali Bertanduk 89 15 64 10 0.169 0.719 0.112 0.084 0.360 0.140 0.416

Sumber : Data Hasil Penelitian, 2017

Hasil identifikasi genotipe sapi Bali pada lokus ILSTS045 pada Tabel 2

menunjukkan bahwa sapi Bali Polled mempunyai 3 jenis genotipe yaitu genotipe

AD sebanyak 2 ekor, genotip BE sebanyak 8 ekor, dan genotip DE sebanyak 1

ekor, pada sapi Bali bertanduk mempunyai 3 jenis genotipe yaitu genotipe AD

sebanyak 15 ekor, genotip BE sebanyak 64 ekor dan genotipe DE sebanyak 10

ekor, sedangkan genotipe AA, BB, DD, dan EE tidak ditemukan pada sapi Bali

Polled maupun yang bertanduk.

22

Tabel 3. Frekuensi Genotipe dan Alel Mikrosatelit Lokus HEL013

Breed N Genotipe Frek Genotipe Frek Alel

FF FN FF FN NN F N

Bali Polled 11 1 10 0.091 0.909 0.000 0.545 0.045

Bali Bertanduk 89 1 88 0.011 0.989 0.000 0.506 0.494

Sumber : Data Hasil Penelitian, 2017

Adapun hasil identifikasi pada lokus HEL013 pada Tabel 3 menunujukkan

bahwa sapi Bali Polled mempunyai 2 jenis genotipe yaitu genotipe FF sebanyak

1 ekor dan genotip FN sebanyak 10 ekor, pada sapi Bali bertanduk mempunyai 2

jenis genotipe yaitu genotipe FF sebanyak 1 ekor dan genotipe FN sebanyak 88

ekor.

Dari hasil penelitian ILSTS045 dan HEL013 menunjukan bahwa setiap

populasi dari tiap lokus bersifat polimorfik atau beragam. Polimorfisme dapat

ditunjukkan dengan adanya dua alel atau lebih dalam satu populasi. Hal ini

menunjukkan bahwa adanya keragaman genetik yang terjadi dalam suatu individu

yang ada. Hal ini sesuai dengan pendapat Indrawan dkk (2007) keragaman dapat

ditunjukkan dengan adanya dua alel atau lebih dalam populasi. Keragaman

genetik terdapat di dalam suatu individu bilamana ada dua alel untuk gen yang

sama merupakan perbedaan konfigurasi DNA yang menduduki lokus yang sama

pada suatu kromosom.

Nilai Heterozigositas

Keragaman genetik suatu populasi dapat diukur dengan nilai

heterozigositas. Pendugaan dari suatu nilai heterozigositas sangat diperlukan

untuk mengetahui suatu keragaman ternak pada suatu populasi dapat dilihat pada

Tabel 4 dan Tabel 5.

23

Tabel 4. Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas Harapan (He)

pada Lokus ILSTS045

Breed N Heterozigositas

H pengamatan H harapan

Polled 11 1.000 0.674

Bertanduk 89 1.000 0,671

Sumber : Data Hasil Penelitian, 2017

Dari hasil penelitian yang telah dilakukan mengenai nilai heterozigositas

pengamatan dan juga heterozigositas harapan untuk Tabel 4 pada Lokus

ILSTS045 memiliki nilai heterozigositas pengamatan (Hₒ) pada sapi Bali dan sapi

Bali Polled masing-masing yaitu 1.000 dan memiliki nilai heterozigositas harapan

(Hₑ) yaitu 0.674 untuk sapi Polled sedangkan untuk sapi Bali bertanduk

heterozigositas harapan (Hₑ) yaitu 0.671.

Tabel 5. Nilai Heterozigositas Pengamatan (Ho) dan Heterozigositas Harapan (He)

pada Lokus HEL013

Breed N Heterozigositas

H pengamatan H harapan

Polled 11 0.909 0.496

Bertanduk 89 0.989 0.500

Sumber : Data Hasil Penelitian, 2017

Sedangkan pada Tabel 5 mengenai lokus HEL013 memiliki

heterozigositas pengamatan (Hₒ) yaitu 0.909 pada sapi Polled dan pada sapi Bali

bertanduk yaitu 0.989 sedangkan heterozigositas harapan (Hₑ) pada sapi Polled

yaitu 0.496 dan pada sapi Bali bertanduk yaitu 0.500 ini menunjukkan bahwa

terdapat hubungan genetik yang sangat dekat untuk kedua jenis sapi. Menurut Nei

(1987) menyatakan bahwa nilai heterozigositas berkisar antara 0-1, jika nilai

heterozigositas menunjukkan nilai sama dengan 0 (nol) maka diantara populasi

yang diukur memiliki hubungan genetik yang sangat dekat.

24

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan

Berdasarkan penelitian yang dilakukan dengan menggunakan mikrosatelit

ILSTS045 dan HEL013 dapat disimpulkan bahwa :

- Hasil amplifikasi mikrosatelit terhadap lokus ILSTS045 dan HEL013

menghasilkan pita/alel yang beragam (polimorfik)

- Berdasarkan hasil yang diperoleh dengan menggunakan mikrosatelit

ILSTS045 dan HEL013 alel yang ditemukan tidak dapat dijadikan penciri

sifat Polled. ditidak ditemukan gen penciri sapi Bali Polled dengan

menggunakan mikrosatelit ILSTS045 dan HEL013

Saran

Berdasarkan kesimpulan penelitian ini, maka disarankan untuk melakukan

penelitian lanjutan mengenai identifikasi gen sapi Bali bertanduk dan sapi Bali

tidak bertanduk terhadap hubungan genetik pada sapi tersebut.

25

DAFTAR PUSTAKA

Amstrong, M. 2006. A Handbook of Human Resource Management Practice 10th

Edition.London: Kogan Page Limited.

Bennet, P. 2000. Microsatellites.J. Clin. Pathol. Mol. Pathol. 53: 177-183.

Bradley DG, Loftus RT, Cunningham P, and MacHugh DE. 1998. Genetics and

Domestic Cattle Origin. Evolutionary Anthropology.Willey-Liss, Inc. hlm.79-86.

Brockmann, G. A., Martin, J., Teuscher, F., and Schwerin, M.2000. Marker

controlled inheritance of the Polled locus in Simmental cattle. Arch. Tierz.,

43(3), 207–212.

Capitan, A., Grohs, C., Weiss, B., Rossignol, M. N., Reversé, P., and Eggen, A.

2011. A newly described bovine type 2 scurs syndrome segregates with a

Frame-Shift mutation in TWIST1. PLoS ONE, 6(7).

http://doi.org/10.1371/journal.pone.0022242

Cargill, E. J., Nissing, N. J., and Grosz, M. D. 2008. Single nucleotide

polymorphisms concordant with the horned / Polled trait in Holsteins. BMC

Research Notes, 9(1), 1–9. http://doi.org/10.1186/1756-0500-1-128.

Francisco, C. L., Cooke, R. F., Marques, R. S., Mills, R. R., and Bohnert, D. W.

2012. Effects of temperament and acclimation to handling on feedlot

performance of Bos taurus feeder cattle originated from a rangeland-based

cow – calf system 1, 90, 5067–5077. http://doi.org/10.2527/jas2012-5447.

Glatzer, S. 2013. A Single Nucleotide Polymorphism within the Interferon

Gamma Receptor 2 Gene Perfectly Coincides with Polledness in Holstein

Cattle. PloS one, 8(6), pp.1–7

Georges M, Drinkwater R, Lefort A, and Libert F, K.T. 1993. Microsatelit

Mapping of a Gene Affecting Horn Development in Bos taurus. Nat Genet,

4, pp.206 – 210.

Goonewardene, L. A. and Hand, R. K. 1991. Studies on dehorning steers in

Alberta feedlots. Sci, Can. J. Anim., 71, 1249–1252.

Goonewardene, L. A., Price, M. A., Liu, M. F., Berg, R. T., and Erichsen, C. M.

1999. study of growth and carcass traits in dehorned and Polled composite

bulls. Canadian Journal Of Animal Science, 79, 383–385.

Handiwirawan, E and Subandriyo. 2004. Potensi dan keragaman

sumberdayagenetik sapi Bali. Wartazoa, 14(3):107-115.

26

Hardjosubroto, W. and J.M. Astuti. 1993. Buku Pintar Peternakan. Jakarta: Pt

Gramedia Widiasarana Indonesia.

Herweijer, C.H. 1950. Enkele Aantekenigen Btreffende De Geschiedenis Van De

Runderveeteelt Op Het Eiland Timor. Hemera Zoa 56: 689.

Indrawan, M., R. B. Primack dan J. Supriatna. 2007. Biologi Konservasi. Yayasan

Obor Indonesia. Jakarta.

Ivica M, D. Seichter, A. Graf, I. Russ, H. Blum, K. H. Gopel, S. Rothammer, and

M. Forster. 2012. Bovine Polledness – An Autosomal Dominant Trait with

Allelic Heterogeneity. PloS One, 7(6), 1–11.

http://doi.org/10.1371/journal.pone.0039477.

Kemp, S.J., O. Hishida, J. Wambugu, A. Rink, A.J. Teale, M.L. Longeri, R.Z.

MA, Y. DA, H.A. Lewin, and W. Barendse 1995. A panel of polymorphic

bovine, ovine and caprine microsatelite markers. Anim. Genet. 26: 299-306

K.C.Prayaga, M. Mariasegaram, B. Harrison, B. Tier, J.M.H. and W.B., 2009.

Genetic Markers For Polled Condition In Cattle – The Current Status And

The Future Plans. Proc. Assoc. Advmt. Anim. Breed. Genet, 18, pp.92–95.

Lauwerier, R.C.G.M., 2015. Polled cattle in the Roman Netherlands. Livestock

Science, 179, pp.71–79.

Lehmann, T., A. H. William and F. H Collins. 1996. An evolutionary constraints

on microsatellite loci using null allels. J. Genet. 144: 1155-1163.

Leung H., R.J. Nelson and J.E. Leach. 1993. Population structure of plant

pathogenic fungi and bacteria. Adv. Plant Pathol. 10: 157 – 205

Martodjo H. 2003. A Simple Selection Program for Smallholder Bali Cattle

Farmers.In :Strategies to Improve Bali Cattle in Eastren Indonesia. K.

Entwistle and D.R . Lindsay (Eds). ACIAR Proc. No. 110. Canberra.

Maskur., B. Muladno dan Tappa. 2007. Identifikasi genetik menggunakan marker

mikrosatelit dan hubungannya dengan sifat kuantitatif pada sapi. Media

Peternakan.30 : 147-155.

.

Meijer, W.C.P. 1962. Das Balirind. A. Ziemsen Verslag, Wittenberg Lutherstandt.

Namikawa T, Otsuka J, and Martojo H. 1980. Coat colour variations of

Indonesian cattle. The origin and phylogeny of Indonesian native livestock

(Part III): Morphological and genetically investigations on the

interrelationship between domestic animals and their wild forms in

Indonesia. The Research Group of Overseas Scientific Survey 31-34.

27

National Research Council. 1983. Little-Known Asian Animals With A Promising

Economic Future. Washington, D.C.: National Academic Press.

Nei, M. 1987. Molecular Evolution and Genetics. Columbia University Press,

New York.

Nei, M. and S. Kumar. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York:

Oxford University Press.

Nozawa, K. 1979. Phylogenetic Studies On The Native Domestic Animals In East

And Southeast Asia. Proceeding Workshop Animal Genetic Resources In

Asia And Oceania. Tsukuba, 3-7 September 1979. Tsukuba: Society For The

Advancement Of Breeding Researches In Asia And Oceania (Sabrao). Hlm

23-43.

Pane, I. 1991.Produktivitas Dan Breeding Sapi Bali.Pros.Seminar Nasional Sapi

Bali. 2-3 September 1991. Fakultas Peternakan Universitas Hasanudin.

Ujung Pandang.

Payne, W.J.A. and D.H.L. Rollinson. 1973. Bali Cattle. World Anim. Rev. 7: 13-

21.

Payne WJA, and Hodges J. 1997. Tropical Cattle: Origin, Breeds and Breeding

Policies. Blackwell Science.

Rollinson, D.H.L. 1984. Bali Cattle. In: Evolution Of Domesticated Animals.

Mason, I.L. (Ed.). New York: Longman.

Schalles R.R. 1990. Inheritance of Color and ThePolled Traint.Dept.Of Animal

Sciences and Industry Kansas States University.

Weber, J.L. 1990. Informativeness of human (dC-dA)n(dGdT)n polymorphism.

Genomics 7: 524-530.

Weir BS. 1996. Genetic Data Analysis : Method for Discrete Population Genetic

Data. Second ed. Sinauer Associates. Sunderland, MA USA.

Wello, B. 2011. Manajemen Ternak Sapi Potong. Masagena Press. Makassar.

Zulkharnaim, Jakaria, D, and Ronny R. N. 2010. Identi fi kasi Keragaman Genetik

Gen Reseptor Hormon Pertumbuhan (GHR|. Media Peternakan, 33(2), 81–87.

28

LAMPIRAN

29

Lampiran 1. Dokumentasi Penelitian

28

30

RIWAYAT HIDUP

RADINDA DWI CHOIRUNNISA (I111 13 527),

Bulukumba, pada tanggal 27 Januari 1995, Anak dari

pasangan Saifuddin S.E dan Biddayatie. Anak ke dua dari tiga

bersaudara. Mengenyam pendidikan tingkat dasar pada

Sekolah Dasar Negeri 2 Terang-Terang Bulukumba (2007), setelah di bangku

Sekolah Dasar kemudian melanjutkan pendidikan lanjutan pertama pada SMP

Pondok Pesantren Ummul Mukminin Makassar (2010), kemudian melanjutkan

pendidikan menengah pada SMA Negeri 1 Bulukumba (2013). Setelah

menyelesaikan Tingkat SMA, pada tahun 2013 penulis diterima di Perguruan

Tinggi Negeri (PTN) Fakultas Peternakan, Universitas Hasanuddin, Makassar.

Penulis menyelesaikan Strata 1 (S1) dan mendapatkan gelar S.Pt pada Fakultas

Peternakan, Universitas Hasanuddin pada November 2017.