GENETIKA POPULASI Manta alfredi (Krefft, 1868) ANTARA RAJA AMPAT, PULAU KOMODO DAN NUSA PENIDA

BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA

Supported by Sponsor by

Foto : Toufan

Toufan Phardana1), Yuli Naulita1), Beginer Subhan1), Hawis Madduppa1),

Abraham Sianipar2), Mark Erdmann2)

1 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor

2 Conservation International

Simposium Nasional Hiu dan Pari ke-2Jakarta, 28, 29 Maret 2018

PENDAHULUAN

TaxonomySubclass : ElasmobranchiiFamily : MobulidaeGenus : MantaSpecies : Manta alfredi (Krefft, 1868)

Ciri morfologi1. Bentuk kepala sangat lebar dan

memiliki sepasang cuping2. Letak mulut di ujung/terminal

melintang3. Ekor tidak memiliki duri sengat4. Ukurannya relatif lebih kecil

daripada Manta birostris

(Marshall et al. 2009)

STATUS

© The IUCN Red List of Threatened Species: Manta alfredi – published in 2011http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2011-2.RLTS.T195459A8969079.en

KEPUTUSAN MENTERI KELAUTAN DAN PERIKANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 4/KEPMEN-KP/2014 TENTANG PENETAPAN STATUS PERLINDUNGAN PENUH IKAN PARI MANTA

Manta alfredi (Reef Manta Ray)Status IUCN: Vulnerable/RawanPop trend: decreasing CITES : Appendik II

Penyebaran Manta alfredi di beberapa wilayah perairan Indonesia

Raja Ampat

Halmahera

Selat Lembeh

Sangalaki, Kepulauan DerawanPulau Pieh

Nusa Penida

Pulau Banyak Bar

Taman Nasional Komodo

Kep. Gili

Pantai WonokakaPulau Rote

NTT

Kashiwagi et al. (2012)

JapanMexico

Africa

Indonesia

Perbedaan genetik dengan level yang rendah

Penelitian ini dilakukan untuk

Penelitian ini dilakukan untuk1. Mengetahui struktur populasi

Manta alfredi2. Mengetahui keragaman

genetik Manta alfredi3. Mengetahui konektivitas

antar populasi Manta alfredi

Tujuan Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 – Mei 2017

ANALISIS MOLEKULERLABORATORIUM BIODIVERSITAS DAN BIOSISTEMETIK KELAUTAN,

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN, INSTITUT PERTANIAN BOGOR

METODOLOGI

Raja Ampat

Pulau Komodo

Nusa Penida

Foto ID

Pengambilan sampel jaringan (biopsi)

Underwater tissue collection (Robbins 2006)

Tentukan Kelamin

DNA Analisis

765432

DNA Extraction

PCR gen COI

Electrophoresis

Cycle Sequencing

Sequence edit

Blast

Data Analysis

Chelex 10% (Walsh et al. 1991)

1

F1 – TCAACCAACCACAAAGACATTGGCACR1 – AGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA

(Ward et al. 2005)

(Tamura et al. 2013)

POP ART ( Bandel et al. 1999)

DnaSP 5.10 (Rozaz et al. 2003)

Extention 72oC

Denaturation 95oC

Annealing 50oC

38 siklus

Keragaman Genetik

Fragmen DNA yangdiperoleh dari sampelManta alfredi memilikipanjang 614 bp

100% Manta alfredi

Struktur Populasi

Sumber Variasi d.f. Persentase variasi (%) Fst P-value

Antar Populasi 2 3.560.035 0.17009

Dalam Populasi 72 96.44

Total 74

Fst 0.035 (p=0.17009)

Nilai ini mengindikasikan bahwa setiap populasi Manta alfredi memiliki karakteristik yang tidak berbeda signifikan

Rekonstruksi Filogenetik

Manta

alfre

di C

OI

JQ

765532.1

(Nin

galo

o R

eef)

Ma

nta

alfre

di C

OI

JQ

76

55

31

.1(N

ing

alo

o R

ee

f)

2516654 IT

K R

AM

MA

30 R

12516653 IT

K R

AM

MA

29 R

12516648 IT

K R

AM

MA

23 R

12516642 IT

K R

AM

MA

15 R

1

2516638 ITK

RA

M M

A 1

1 R

1

2516633 ITK

RAM

MA

04 R

1

2516

632

ITK R

AM

MA 0

3 R

1

2516

629

ITK N

PN M

A 3

0 R1

2516

628

ITK N

PN M

A 29

R1

2516626 ITK N

PN MA 2

7 R1

2516619 ITK N

PN MA 2

0 R1

2516617 ITK N

PN MA 18 R

1

2516616 ITK NPN M

A 17 R1

2516615 ITK NPN MA 16 R1

2516612 ITK NPN MA 13 R1

2516611 ITK NPN MA 12 R1

2516610 ITK NPN MA 11 R1

2516609 ITK NPN MA 10 R1

2516607 ITK NPN MA 08 R12516604 ITK NPN MA 05 R12516600 ITK NPN MA 01 R1

2516599 ITK KOM MA 24 R1

2516598 ITK KOM MA 23 R1

2516597 ITK KOM MA 22 R1

2516592 ITK KOM MA 17 R1

2516590 ITK KOM MA 15 R1

2516585 ITK KOM

MA 10 R1

2516583 ITK KOM

MA 08 R

1

2516579 ITK K

OM

MA 04 R

1

2516578 ITK K

OM

MA 03 R

1

2516577 ITK

KO

M M

A 01 R

1

65

2516652 IT

K R

AM

MA

28 R

1

1

2516651 IT

K R

AM

MA

26 R

1

2516580 IT

K K

OM

MA

05 R

1

2516581 IT

K K

OM

MA

06 R

1

2516584 IT

K K

OM

MA

09 R

1

25

16

58

6 IT

K K

OM

MA

11

R1

25

16

58

7 IT

K K

OM

MA

12

R12

51

65

88

IT

K K

OM

MA

13

R1

2516591 IT

K K

OM

MA

16 R

1

2516593 IT

K K

OM

MA

18 R

1

2516594 IT

K K

OM

MA

19 R

1

2516595 IT

K K

OM

MA

20 R

1

2516596 ITK

KO

M M

A 2

1 R

1

2516601 ITK

NP

N M

A 0

2 R

1

2516

602

ITK N

PN

MA 0

3 R

1

2516

603

ITK N

PN M

A 0

4 R1

2516

608

ITK N

PN M

A 09

R1

2516613 ITK N

PN M

A 14 R

1

2516614 ITK N

PN MA 1

5 R1

2516618 ITK N

PN MA 19 R

1

2516620 ITK NPN M

A 21 R1

2516621 ITK NPN MA 22 R1

0

2516622 ITK NPN MA 23 R10

2516623 ITK NPN MA 24 R1

0

2516625 ITK NPN MA 26 R1

0

2516627 ITK NPN MA 28 R1

0

2516630 ITK RAM MA 05 R1

0

2516631 ITK RAM MA 06 R1

0

2516634 ITK RAM MA 07 R1

0

2516635 ITK RAM MA 08 R1

0

2516636 ITK RAM MA 09 R1

0

2516637 ITK RAM MA 10 R1

0

2516639 ITK RAM MA 12 R1

0

2516640 ITK RAM MA 13 R1

0

2516641 ITK RAM M

A 14 R1

0

2516643 ITK RAM

MA 16 R

1

0

2516644 ITK R

AM

MA 17 R

1

0

2516645 ITK R

AM

MA 19 R

1

0

2516647 ITK

RAM

MA

22 R1

0

2516649 IT

K R

AM

MA

24 R

1

1

2516650 IT

K R

AM

MA

25 R

1

Manta

biro

stris

CO

I JF

493866.1

Populasi Raja Ampat Pulau Komodo Nusa Penida

Antar Populasi

Raja Ampat 0.000

Pulau Komodo 0.064 0.000

Nusa Penida -0.043 0.064 0.000

Nei (1987) nilai jarak genetik rendah berkisar antara 0.010-0.099

Konektivitas Antar Populasi

A B

Konektivitas M. alfredi (A) Peta Indonesia yang menunjukan persentase kelompok populasi (B) Jaringan haplotipe Manta alfredi pada setiap populasi, garis lingkaran mempersentasikan perubahan nukleotida, ukuran lingkaran mempersentasikan frekuensi (jumlah) haplotipe.

HAP 1,2

HAP 1,2

HAP 1,2

31

41

Kesimpulan

• Struktur populasi genetik di tiga populasimenunjukan adanya hubungan genetik yangdekat antar populasi.

• Hasil analisis molekuler menunjukkanM.alfredi memiliki nilai haplotipe dan nilaikeragaman genetik yang rendah, filogenetikyang terbentuk terbagi atas dua clade Secarakeseluruhan memperlihatkan terjadinyapencampuran antar individu M.alfredi daritiga populasi tersebut.

UCAPAN TERIMA KASIH