GENETIKA POPULASI Manta alfredi (Krefft, 1868) ANTARA RAJA AMPAT, PULAU KOMODO DAN NUSA PENIDA
BERDASARKAN DNA MITOKONDRIA
Supported by Sponsor by
Foto : Toufan
Toufan Phardana1), Yuli Naulita1), Beginer Subhan1), Hawis Madduppa1),
Abraham Sianipar2), Mark Erdmann2)
1 Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor
2 Conservation International
Simposium Nasional Hiu dan Pari ke-2Jakarta, 28, 29 Maret 2018
PENDAHULUAN
TaxonomySubclass : ElasmobranchiiFamily : MobulidaeGenus : MantaSpecies : Manta alfredi (Krefft, 1868)
Ciri morfologi1. Bentuk kepala sangat lebar dan
memiliki sepasang cuping2. Letak mulut di ujung/terminal
melintang3. Ekor tidak memiliki duri sengat4. Ukurannya relatif lebih kecil
daripada Manta birostris
(Marshall et al. 2009)
STATUS
© The IUCN Red List of Threatened Species: Manta alfredi – published in 2011http://dx.doi.org/10.2305/IUCN.UK.2011-2.RLTS.T195459A8969079.en
KEPUTUSAN MENTERI KELAUTAN DAN PERIKANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 4/KEPMEN-KP/2014 TENTANG PENETAPAN STATUS PERLINDUNGAN PENUH IKAN PARI MANTA
Manta alfredi (Reef Manta Ray)Status IUCN: Vulnerable/RawanPop trend: decreasing CITES : Appendik II
Penyebaran Manta alfredi di beberapa wilayah perairan Indonesia
Raja Ampat
Halmahera
Selat Lembeh
Sangalaki, Kepulauan DerawanPulau Pieh
Nusa Penida
Pulau Banyak Bar
Taman Nasional Komodo
Kep. Gili
Pantai WonokakaPulau Rote
NTT
Kashiwagi et al. (2012)
JapanMexico
Africa
Indonesia
Perbedaan genetik dengan level yang rendah
Penelitian ini dilakukan untuk
Penelitian ini dilakukan untuk1. Mengetahui struktur populasi
Manta alfredi2. Mengetahui keragaman
genetik Manta alfredi3. Mengetahui konektivitas
antar populasi Manta alfredi
Tujuan Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2016 – Mei 2017
ANALISIS MOLEKULERLABORATORIUM BIODIVERSITAS DAN BIOSISTEMETIK KELAUTAN,
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN, INSTITUT PERTANIAN BOGOR
METODOLOGI
Raja Ampat
Pulau Komodo
Nusa Penida
Foto ID
Pengambilan sampel jaringan (biopsi)
Underwater tissue collection (Robbins 2006)
Tentukan Kelamin
DNA Analisis
765432
DNA Extraction
PCR gen COI
Electrophoresis
Cycle Sequencing
Sequence edit
Blast
Data Analysis
Chelex 10% (Walsh et al. 1991)
1
F1 – TCAACCAACCACAAAGACATTGGCACR1 – AGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA
(Ward et al. 2005)
(Tamura et al. 2013)
POP ART ( Bandel et al. 1999)
DnaSP 5.10 (Rozaz et al. 2003)
Extention 72oC
Denaturation 95oC
Annealing 50oC
38 siklus
Keragaman Genetik
Fragmen DNA yangdiperoleh dari sampelManta alfredi memilikipanjang 614 bp
100% Manta alfredi
Struktur Populasi
Sumber Variasi d.f. Persentase variasi (%) Fst P-value
Antar Populasi 2 3.560.035 0.17009
Dalam Populasi 72 96.44
Total 74
Fst 0.035 (p=0.17009)
Nilai ini mengindikasikan bahwa setiap populasi Manta alfredi memiliki karakteristik yang tidak berbeda signifikan
Rekonstruksi Filogenetik
Manta
alfre
di C
OI
JQ
765532.1
(Nin
galo
o R
eef)
Ma
nta
alfre
di C
OI
JQ
76
55
31
.1(N
ing
alo
o R
ee
f)
2516654 IT
K R
AM
MA
30 R
12516653 IT
K R
AM
MA
29 R
12516648 IT
K R
AM
MA
23 R
12516642 IT
K R
AM
MA
15 R
1
2516638 ITK
RA
M M
A 1
1 R
1
2516633 ITK
RAM
MA
04 R
1
2516
632
ITK R
AM
MA 0
3 R
1
2516
629
ITK N
PN M
A 3
0 R1
2516
628
ITK N
PN M
A 29
R1
2516626 ITK N
PN MA 2
7 R1
2516619 ITK N
PN MA 2
0 R1
2516617 ITK N
PN MA 18 R
1
2516616 ITK NPN M
A 17 R1
2516615 ITK NPN MA 16 R1
2516612 ITK NPN MA 13 R1
2516611 ITK NPN MA 12 R1
2516610 ITK NPN MA 11 R1
2516609 ITK NPN MA 10 R1
2516607 ITK NPN MA 08 R12516604 ITK NPN MA 05 R12516600 ITK NPN MA 01 R1
2516599 ITK KOM MA 24 R1
2516598 ITK KOM MA 23 R1
2516597 ITK KOM MA 22 R1
2516592 ITK KOM MA 17 R1
2516590 ITK KOM MA 15 R1
2516585 ITK KOM
MA 10 R1
2516583 ITK KOM
MA 08 R
1
2516579 ITK K
OM
MA 04 R
1
2516578 ITK K
OM
MA 03 R
1
2516577 ITK
KO
M M
A 01 R
1
65
2516652 IT
K R
AM
MA
28 R
1
1
2516651 IT
K R
AM
MA
26 R
1
2516580 IT
K K
OM
MA
05 R
1
2516581 IT
K K
OM
MA
06 R
1
2516584 IT
K K
OM
MA
09 R
1
25
16
58
6 IT
K K
OM
MA
11
R1
25
16
58
7 IT
K K
OM
MA
12
R12
51
65
88
IT
K K
OM
MA
13
R1
2516591 IT
K K
OM
MA
16 R
1
2516593 IT
K K
OM
MA
18 R
1
2516594 IT
K K
OM
MA
19 R
1
2516595 IT
K K
OM
MA
20 R
1
2516596 ITK
KO
M M
A 2
1 R
1
2516601 ITK
NP
N M
A 0
2 R
1
2516
602
ITK N
PN
MA 0
3 R
1
2516
603
ITK N
PN M
A 0
4 R1
2516
608
ITK N
PN M
A 09
R1
2516613 ITK N
PN M
A 14 R
1
2516614 ITK N
PN MA 1
5 R1
2516618 ITK N
PN MA 19 R
1
2516620 ITK NPN M
A 21 R1
2516621 ITK NPN MA 22 R1
0
2516622 ITK NPN MA 23 R10
2516623 ITK NPN MA 24 R1
0
2516625 ITK NPN MA 26 R1
0
2516627 ITK NPN MA 28 R1
0
2516630 ITK RAM MA 05 R1
0
2516631 ITK RAM MA 06 R1
0
2516634 ITK RAM MA 07 R1
0
2516635 ITK RAM MA 08 R1
0
2516636 ITK RAM MA 09 R1
0
2516637 ITK RAM MA 10 R1
0
2516639 ITK RAM MA 12 R1
0
2516640 ITK RAM MA 13 R1
0
2516641 ITK RAM M
A 14 R1
0
2516643 ITK RAM
MA 16 R
1
0
2516644 ITK R
AM
MA 17 R
1
0
2516645 ITK R
AM
MA 19 R
1
0
2516647 ITK
RAM
MA
22 R1
0
2516649 IT
K R
AM
MA
24 R
1
1
2516650 IT
K R
AM
MA
25 R
1
Manta
biro
stris
CO
I JF
493866.1
Populasi Raja Ampat Pulau Komodo Nusa Penida
Antar Populasi
Raja Ampat 0.000
Pulau Komodo 0.064 0.000
Nusa Penida -0.043 0.064 0.000
Nei (1987) nilai jarak genetik rendah berkisar antara 0.010-0.099
Konektivitas Antar Populasi
A B
Konektivitas M. alfredi (A) Peta Indonesia yang menunjukan persentase kelompok populasi (B) Jaringan haplotipe Manta alfredi pada setiap populasi, garis lingkaran mempersentasikan perubahan nukleotida, ukuran lingkaran mempersentasikan frekuensi (jumlah) haplotipe.
HAP 1,2
HAP 1,2
HAP 1,2
31
41
Kesimpulan
• Struktur populasi genetik di tiga populasimenunjukan adanya hubungan genetik yangdekat antar populasi.
• Hasil analisis molekuler menunjukkanM.alfredi memiliki nilai haplotipe dan nilaikeragaman genetik yang rendah, filogenetikyang terbentuk terbagi atas dua clade Secarakeseluruhan memperlihatkan terjadinyapencampuran antar individu M.alfredi daritiga populasi tersebut.
UCAPAN TERIMA KASIH