contoh soal final prak bioinformatika (1)

Upload: haris-dgoriez

Post on 08-Mar-2016

80 views

Category:

Documents


4 download

TRANSCRIPT

1. Cari data nukleotida gen Citrus matK pada ncbi genbank yang terdiri dari 15 spesies dengan 5 genus berbeda. Temukan hasil akurasi terbesar, terkecil, tertua dari kontruksi pohon filogenetik data nukleotida tersebut menggunakan algoritma neighbor joining, maximum parsimony, maximum likelihood.

Note: Dari contoh diatas akan menghasilkan 6 soal berbeda. Saat ujian 1 orang 1 soal. So..pastikan menguasai setiap tipe contoh soal.

2. Search data nukleotida gen matK berikut pada ncbi genbank (Anisoptera oblonga, Anisoptera laevis, Vatica odorata, Upuna borneensis, Cotylelobium malayanum, Vateria copallifera, Stemonoporus bullatus, Stemonoporus canaliculatus, Stemonoporus lancifolius, Stemonoporus scalarinervis). Plot data sesuai dengan gambar berikut:

Bagian Soal Ujian:1. 3 soal dari algoritma neighbor joining2. 3 soal dari algoritma maximum parsimony3. 3 soal dari algoritma maximum likelihood4. 5 soal dari algoritma Bayesian inference