analisis plankton pada keramba jaring apung...

i

ANALISIS PLANKTON PADA KERAMBA JARING APUNG PEMELIHARAAN IKAN KERAPU (Cromileptes altivelis) YANG TERINFEKSI VNN

(Viral Nervous Necrosis)

SKRIPSI PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

Oleh :

IRSYADUL FAJRI NIM. 135080101111060

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG 2017

ii

ANALISIS PLANKTON PADA KERAMBA JARING APUNG PEMELIHARAAN IKAN KERAPU (Cromileptes altivelis) YANG TERINFEKSI VNN

(Viral Nervous Necrosis)

SKRIPSI PROGRAM STUDI MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Meraih Gelar Sarjana Perikanan

di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya

Oleh :

IRSYADUL FAJRI NIM. 135080101111060

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG 2017

iv

PERNYATAAN ORISINALITAS

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam skripsi dengan judul “ Analisis

Plankton Pada Keramba Jaring Apung Pemeliharaan Ikan Kerapu (Cromileptes

altivelis) Yang Terinfeksi VNN (Viral Nervous Necrosis) “. Yang saya tulis ini

benar-benar merupakan hasil karya saya sendiri dan sepanjang pengetahuan saya

juga tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau di terbitkan oleh

orang lain kecuali yang tertulis dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar

pustaka.

Apabila kemudian hari terbukti atau dapat dibuktikan skripsi ini hasil

penjiplakan (plagiasi), maka saya bersedia menerima sanksi atas perbuatan

tersebut, sesuai hukum yang berlaku di Indonesia.

Malang, 7 Juli 2017

Mahasiswa

Irsyadul Fajri NIM 1350810101111060

v

UCAPAN TERIMA KASIH

Disampaikan Terima Kasih Kepada: Direktorat Riset Dan Pengabdian Masyarakat

Direktorat Jenderal Penguatan Riset Dan Pengembangan Kementerian Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi

Yang Telah Membiayai :

Skema Penelitian BOPTN Unggulan Perguruan Tinggi Nomor : 063/SP2H/LT/DRPM/IV/2017, Tanggal 6 April 2017

Dengan Judul :

“Produksi Dan Pengembangan Produk Antiviral Berbasis Peridinin Chloropyll Cell Pigmen (PCP) Spesies Penting Mikroalga Laut Untuk Komoditas Unggulan Ikan

Ekspor”

Sebagai Ketua Peneliti Dr. Uun Yanuhar, S.Pi., M.Si. Anggota Tim Penelitian Sebagai Berikut:

1. Akbar Nugraha 13. Yosef Benny Alta

2. Irsyadul Fajri 14. Yuni Septiyani

3. Syamsul Rizal 15. Aji Sanjaya

4. Shabrina Andrawini 16. Fariz Nur Yahya

5. Yunda Deliza 17. Elsa Novan Alfiyanto

6. Mimin Wirawati 18. Dewi Mangsuroh

7. Faisal Nur Fachrudin 19. Amanda Agustina

8. M. Rizky Mustaqim 20. Ahmad Arief Fathoni

9. Gus Aryadi 21. Farouq Syahrondhi M.

10. Linda Ayu Pratiwi

11. Leny Rosiana

12. Wildan Effendy

Ketua Peneliti,

(Dr. Uun Yanuhar, S.Pi., M.Si) NIP. 19730404 200212 2 001

vi

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyadari bahwa penyusunan laporan skripsi ini tidak terlepas dari

dukungan moril dan materil dari semua pihak. Melalui kesempatan ini, dengan

kerendahan hati perkenankan penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-

besarnya kepada :

1. Allah S.W.T, karena atas berkah dan limpahan rahmat-Nya laporan ini dapat

terselesaikan dengan tepat waktu.

2. Aba Akhmad Jakfar, Umma Ervin Farida, dan adek Zava tersayang yang

senantiasa mendoakan dan mendukung penulis.

3. Dr. Uun Yanuhar,S.Pi,M.Si selaku pembimbing I yang telah banyak

memberikan saran, bimbingan, arahan dan nasehat bagi penulis sehingga

penulis dapat menyelesaikan laporan skripsi ini dengan baik.

4. Andi Kurniawan, S.Pi, M.Eng. D.Sc selaku pembimbing II yang telah banyak

memberikansaran, bimbingan, arahan dan nasehat bagi penulis sehingga

penulis dapat menyelesaikan laporan skripsi ini dengan baik.

5. Faisal, Yunda, Mimin Tim Kerapu 17 yang telah banyak membantu penulis

baik secara moril, Fisik bahkan materil. Terima kasih banyak untuk

supportnya selama ini.

6. Tim 17 yang telah berjuang bersama penulis dari awal kuliah hingga

sekarang ini.

7. Sahabat-sahabatku Eki, Febri, Alan, Riris, Iyak dan Bela yang telah

memberikan dukungan dan motivasi kepada penulis dalam penyusunan

laporan ini.

vii

8. Keluarga BCT Bahagia, Febri, Eki, Yordan, Alan, Ariz, dan Anam yang telah

memberikan dukungan dan motivasi kepada penulis dalam penyusunan

laporan ini dan berjuang bersama penulis dalam menghadapi suasana

senang dan duka di rumah kita tercinta.

9. Bhakti alam di Kecamatan Sumbermanjing Wetan daerah Pantai Sendang

Biru yang telah membantu penulis dalam memperoleh sampel untuk

penelitian skripsi. Tanpa kalian, penulis tidak akan dapat menyelesaikan

laporan skripsi dengan tepat waktu.

10. Semua teman angkatan program studi MSP 2013 Fam’13 yang telah

menjadi teman dan keluarga yang menyenangkan sampai sekarang ini

11. Semua pihak yang tidak bisa saya sebut satu per satu yang telah

memberikan dukungan kepada penulis sehingga penulis dapat

menyelesaikan laporan skripsi ini dengan baik.

Malang,7 Juli 2017

Penulis

viii

RINGKASAN

IRSYADUL FAJRI. Analisis Plankton Pada Keramba Jaring Apung Pemeliharaan Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) Yang Terinfeksi VNN (Viral Nervous Necrosis). (dibawah bimbingan Dr. Uun Yanuhar S.Pi,M.Si dan Andi Kurniawan S.Pi,M.Eng,D.Sc)

Ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) merupakan salah satu komoditas andalan sektor perikanan di Indonesia karena mudah dibudidayakan. Adanya kematian ikan kerapu di Keramba Jaring Apung Pantai Sendang Biru milik Bhakti Alam diduga adanya wabah penyakit seperti Viral Nervous Necrosis (VNN) dan menurunnya kualitas perairan. Keberadaan VNN dapat ditularkan secara vertikal (melalui induk kepada keturunannya dari telur yang telah dibuahi) dan horisontal (paparan ikan yang terinfeksi, kondisi perairan, dan pakan alami (plankton) yang dikonsumsi ikan kerapu). Oleh karena itu, penelitian ini mencoba untuk melakukan pengamatan mengenai faktor-faktor yang diduga mempengaruhi keberadaan VNN dilihat dari plankton yang teridentifikasi dan status kualitas airnya.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis plankton yang teridentifikasi dan status kualitas air. Mengetahui proses Viral Nervous Necrosis (VNN) dalam menginfeksi ikan kerapu pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis). Manfaat penelitian ini yaitu sebagai sumber informasi bahwa plankton yang teridentifikasi dan status kualitas air dapat mempengaruhi penyebaran Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) sehingga dapat digunakan untuk mengevaluasi serta melakukan pencegahan terhadap wabah Viral Nervous Necrosis (VNN) dalam budidaya perairan. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Lingkungan dan Bioteknologi Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya Malang untuk pengukuran kualitas air dan Balai Karantina Ikan Kelas I Sidoarjo untuk uji Polymerase Chain Reaction (PCR). Pada bulan April – Mei 2017.

Metode yang digunakan adalah metode deskriptif dengan teknik surveilance. Pengambilan sampel air, plankton dan ikan dilakukan di Keramba jaring apung yang berada di Teluk Pantai Sendang Biru yang ada didepan pulau Sempu yang berlokasi di desa Tambak Rejo, Kecamatan Sumber Manjing Wetan, Malang. Pengambilan sampel dilakukan sebanyak 3 kali ulangan dengan interval waktu selama satu minggu. Parameter kualitas air yang diukur meliputi suhu, kecerahan, pH, salinitas, DO, CO2, NO3, PO4, dan TOM. Sedangkan untuk deteksi VNN pada sampel air, plankton dan ikan dilakukan dengan uji Polymerase Chain Reaction (PCR).

Hasil uji PCR terhadap organ mata dan otak positif terinfeksi VNN sedangkan di saluran pencernaan (lambung dan usus) menunjukkan bahwa plankton negatif terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) Ciri-ciri ikan kerapu tikus yang terinfeksi VNN yaitu ikan berenang di permukaan, berenang agak miring dan kehilangan keseimbangan, pergerakannya lemas, mata menonjol keluar dan berwarna merah kehitaman, tubuh berlendir serta warna tubuh tampak pucat dan beberapa ikan menunjukkan adanya penggelapan warna tubuh. Hasil identifikasi plankton pada perairan diperoleh jenis fitoplankton terdiri dari 5 Filum yaitu divisi Chlorophyta (3 genus), Phragmophyta (1 genus), Diatom (2 genus), Cyanophyta (1 genus) dan Bacillariophyta atau Chrysophyta (2 genus). Zooplankton terdiri dari 4 filum yaitu

ix

filum Arthropoda (7 genus), Mollusca (1 genus), Tracheophyta (1 genus) dan Rotifera (1 genus). Sedangkan plankton yang ditemukan pada lambung ikan kerapu sebagian besar bacilariophyta dan sebagian kecil cyanophyta dan phragmophyta. Plankton yang dikonsumsi ikan kerapu tikus tersebut mengandung beberapa asam amino (asam aspartat dan lisin) yang dimanfaatkan virus sebagai bahan utama dalam pembentukan struktur tubuhnya. Hasil pengukuran kualitas air diperoleh nilai suhu berkisar 27 – 280C, kecerahan 7,15 – 7,53 m, pH 7,8 – 8,1, DO 8,45 – 8,62 mg/L, CO2 0 mg/L, NO3 0,17 – 0,121 mg/L, PO4 0,001 – 0,004 mg/L, dan TOM 70,16 – 72,048 mg/L.

Kesimpulan penelitian ini yaitu status kualitas air pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu masih dalam kondisi yang baik dan masih mendukung kehidupan organisme akuatik baik plankton, ikan kerapu tikus dan Viral Nervous Necrosis (VNN). Sedangkan berdasarkan hasil identifikasi plankton diperoleh bahwa plankton menunjukkan bahwa plankton negatif terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) dan diindikasikan penyebaran Viral Nervous Necrosis (VNN) terjadi bukan karena faktor plankton yang ada di perairan keramba jaring apung tetapi secara vertikal yaitu penyebarannya dari induk ke larva. Oleh karena itu disarankan sebaiknya perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai vektor penyebaran VNN melalui uji mtDNA untuk mengetahui darimana asal usul induk kerapu tersebut.

x

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan rahmat

serta hidayah – Nya kepada saya sehingga dapat menyelesaikan penyusunan

proposal usulan Skripsi yang berjudul “ANALISIS PLANKTON PADA KERAMBA

JARING APUNG PEMELIHARAAN IKAN KERAPU (Cromileptes altivelis) YANG

TERINFEKSI VNN (Viral Nervous Necrosis)”. Proposal Usulan Skripsi ini

merupakan sarana untuk melaksanakan kegiatan Skripsi yang akan dilakukan di

Laboratorium Lingkungan dan Bioteknologi Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan Universitas Brawijaya Malang.

Malang,7 Juli 2017

Penulis

xi

DAFTAR ISI

RINGKASAN ......................................................................................................... viii

KATA PENGANTAR ................................................................................................ x

DAFTAR ISI ............................................................................................................ xi

DAFTAR TABEL ................................................................................................... xiii

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................... xiv

LAMPIRAN ............................................................................................................ xvi

1. PENDAHULUAN .................................................................................................. 1 1.1 Latar Belakang ............................................................................................................. 1 1.2 Rumusan Masalah ....................................................................................................... 2 1.3 Tujuan Penelitian ......................................................................................................... 3 1.4 Manfaat Penelitian ....................................................................................................... 3 1.5 Waktu dan Tempat Penelitian.................................................................................... 3

2. TINJAUAN PUSTAKA ......................................................................................... 4 2.1 Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) ................................................................ 4

2.1.1 Klasifikasi ............................................................................................................... 4 2.1.2 Morfologi ................................................................................................................ 5 2.1.3 Habitat .................................................................................................................... 5 2.1.4 Reproduksi ............................................................................................................. 6 2.1.5 Makanan dan Kebiasaan Makan Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) 6 2.1.6 Kualitas Air Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) .................................... 7

2.2 Viral Nervous Necrosis (VNN) ................................................................................. 10 2.2.1 Klasifikasi dan Morfologi Viral Nervous Necrossis (VNN) ............................ 11 2.2.2 Gejala Klinis Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) ................................ 12 2.2.3 Mekanisme Infeksi dan Transmisi VNN .......................................................... 12 2.2.4 Penularan Viral Nerveous Necrosis (VNN)..................................................... 14

2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ....................................................................... 16 2.4 Plankton ...................................................................................................................... 17

3. MATERI DAN METODE PENELITIAN ............................................................... 20 3.1 Materi Penelitian ........................................................................................................ 20 3.2 Alat dan Bahan........................................................................................................... 20 3.3 Metode Penelitian ...................................................................................................... 20 3.4 Jenis Data ................................................................................................................... 20

3.4.1 Data Primer ......................................................................................................... 21 3.4.2 Data Sekunder .................................................................................................... 21

xii

3.5 Prosedur Pengambilan Sampel ............................................................................... 22 3.5.1 Prosedur Pengambilan Sampel Ikan ............................................................... 22 3.5.2 Prosedur Pengambilan Sampel Plankton ....................................................... 22

3.6 Prosedur Analisis Kualitas Air ................................................................................. 23 3.6.1 Parameter Fisika ................................................................................................ 23 3.6.2 Parameter Kimia ................................................................................................. 23 3.6.3 Parameter Biologi ............................................................................................... 25

3.7 Perhitungan Analisis Isi Lambung dan Usus Ikan Kerapu .................................. 29 3.8 Prosedur Pengujian PCR (Polymerase Chain Reaction) .................................... 30

4. HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................................. 32 4.1 Lokasi Umum Penelitian ........................................................................................... 32

4.1.1 Profil Pantai Sendang Biru, Malang, Jawa Timur .......................................... 32 4.1.2 Gambaran Lokasi Penelitian ............................................................................ 33

4.2 Hasil Analisis Ikan Kerapu Tikus ............................................................................. 34 4.2.1 Kondisi Morfologi Ikan Kerapu Tikus ............................................................... 34 4.2.2 Deteksi Viral Nervous Necrosis pada Ikan Kerapu dengan Teknik PCR .. 35

4.3 Hasil Analisis Kualitas Air ......................................................................................... 36 4.3.1 Parameter Fisika ................................................................................................ 37 4.3.2 Parameter Kimia ................................................................................................. 38

4.4 Komposisi Plankton Pada Keramba Jaring Apung............................................... 43 4.4.1 Komposisi Fitoplankton ..................................................................................... 43 4.4.2 Komposisi Zooplankton ..................................................................................... 47

4.5 Perhitungan Plankton ................................................................................................ 49 4.5.1 Kelimpahan Plankton ......................................................................................... 50 4.5.2 Indeks Keanekaragaman .................................................................................. 52 4.5.3 Indeks Dominansi ............................................................................................... 55

4.6 Status Kualitas Air dan Keberadaan Viral Nervous Necrosis (VNN) ................. 57

5. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................................. 61 5.1 Kesimpulan ................................................................................................................. 61 5.2 Saran ........................................................................................................................... 62

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................... 63

LAMPIRAN ............................................................................................................. 68

xiii

DAFTAR TABEL Tabel Halaman

1. Data Kelimpahan Fitoplankton ....................................................................................... 51

2. Data Kelimpahan Zooplankton ...................................................................................... 52

3. Data Indeks Keanekaragaman Fitoplankton ............................................................... 54

4. Data Indeks Keanekaragaman Zooplankton ............................................................... 55

5. Data Indeks Dominansi Fitoplankton ............................................................................ 56

6. Data Indeks Dominansi Zooplankton ............................................................................ 57

7. Alat dan Bahan Parameter Fisika.................................................................................. 68

8. Alat dan Bahan Parameter Kimia .................................................................................. 68

9. Alat dan Bahan Parameter Biologi ................................................................................ 69

xiv

DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)(Google image, 2017) ................................ 4

2. Viral Nervous Necrosis (VNN)(Google image, 2017) ................................................. 11

3. Tahapan virus RNA menginfeksi sel inang .................................................................. 13

4. Timbulnya penyakit akibat interaksi antara inang, patogen dan lingkungan .......... 15

5. Keramba Jaring Apung Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis) ........................... 33

6. Keadaan Morfologi Ikan Kerapu Tikus yang Terinfeksi VNN .................................... 35

7. Grafik Nilai Pengukuran Suhu ....................................................................................... 37

8. Grafik Nilai Pengukuran Kecerahan.............................................................................. 38

9. Grafik Nilai Pengukuran pH ............................................................................................ 39

10. Grafik Nilai Pengukuran DO ......................................................................................... 39

11. Grafik Nilai Pengukuran Salinitas................................................................................ 40

12. Grafik Nilai Pengukuran Nitrat ..................................................................................... 41

13. Grafik Nilai Pengukuran Fosfat.................................................................................... 42

14. Grafik Nilai Pengukuran TOM ...................................................................................... 43

15. Hasil pengamatan Gonatozygon monotaenium ........................................................ 44

16. Gambar Hasil pengamatan Merismopedia sp ........................................................... 45

17. Gambar Hasil pengamatan Nitszchia sp .................................................................... 46

18. Gambar Hasil pengamatan Halosphaera viridis ....................................................... 46

19. Gambar Hasil pengamatan Eurytemora affinis ......................................................... 48

20. Gambar Hasil pengamatan Eurydice pukhra ............................................................ 49

xv

21. Gambar Hasil pengamatan Pseudocalanus minutus ............................................... 49

22. Aliran karbon, nutrien dan energi pada rantai makanan (Sheik, 2012) ................. 59

xvi

LAMPIRAN Lampiran Halaman

1 Tabel Alat dan Bahan Parameter Fisika, Kimia dan Biologi....................................... 68

2. Prosedur Pengujian Polymerase Chain Reaction (PCR) .......................................... 70

3. Peta Lokasi Penelitian ..................................................................................................... 77

4. Data Hasil Analisis Kualitas Air ..................................................................................... 77

5. Data Perhitungan Plankton ............................................................................................ 78

6. Data Perhitungan Plankton di Dalam Isi Usus dan Isi Lambung Ikan Kerapu Tikus Yang Terinfeksi VNN .......................................................................................... 79

7. Data Perhitungan Plankton di Dalam Isi Usus dan Isi Lambung Ikan Kerapu

Tikus Yang Sehat (Kontrol) ...........................................................................................79 8. Grafik Komposisi Plankton di Dalam Isi Usus dan Isi Lambung Ikan Kerapu

Tikus Yang Terinfeksi VNN ...........................................................................................80 9. Grafik Komposisi Plankton di Dalam Isi Usus dan Isi Lambung Ikan Kerapu

Tikus Yang Sehat (Kontrol) ...........................................................................................81 10. Plankton Yang Teridentifikasi Dalam Keramba Jaring Apung Ikan Kerapu

Tikus Yang Terinfeksi VNN ...........................................................................................82 11. Plankton Yang Teridentifikasi Dalam Isi Lambung Ikan Kerapu Tikus Yang

Terinfeksi VNN.................................................................................................................85 12. Plankton Yang Teridentifikasi Dalam Isi Usus Ikan Kerapu Tikus Yang

Terinfeksi VNN.................................................................................................................86 13. Plankton Yang Teridentifikasi Dalam Keramba Jaring Apung Ikan Kerapu

Tikus Yang Sehat (Kontrol) ...........................................................................................87 14. Dokumentasi Pengambilan Sampel ............................................................................ 90

1

1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Salah satu potensi perairan laut yang sudah dikembangkan dan mulai

menunjukkan pasar internasional adalah ikan kerapu. Ikan kerapu tersebar luas di

perairan yang berkarang di daerah tropis maupun subtropis. Beberapa jenis ikan

kerapu yang sudah menjadi sasaran budidaya adalah kerapu tikus (Cromileptes

altivelis), kerapu macan (Epinephelus fuscoguttatus), kerapu sunu (Epinephelus

leopardus) dan kerapu lumpur (Epinephelus coioides). Jenis kerapu tersebut

memiliki nilai jual yang tinggi dan untuk proses budidayanya hanya diperlukan dan

digunakan komponen-komponen lokal. (Sudaryatma, 2012).

Sugama, et al. (2001) melaporkan ikan kerapu adalah komoditas perikanan

Indonesia yang diunggulkan dan mempunyai nilai ekonomi yang tinggi, mempunyai

harga yang mahal serta merupakan komoditas ekspor. Saat ini budidaya ikan kerapu

sudah berkembang, maka perlu ketersediaan benih secara kontinu, untuk

mencukupi kebutuhan benih perlu adanya usaha pembenihan ikan kerapu, yang

teknologinya sudah dapat diaplikasikan.

Kendala yang terdapat pada budidaya ikan kerapu adalah penyakit. Salah satu

penyakit yang telah dilaporkan oleh para peneliti adalah Viral Nervous Necrosis

(VNN) yang dapat menyebabkan kematian massal pada ikan kerapu, terutama pada

stadia larva dan juvenil. Di Indonesia kejadian penyakit VNN ditemukan pertama kali

di daerah Banyuwangi pada budidaya kakap putih dan ikan kakap tersebut tampak

lesu, berenang berputar dengan perut di permukaan dan sering muncul ke

permukaan dengan berenang secara vertikal (Koesharyani et al., 1999).

2

Salah satu makhluk hidup yang dapat digunakan sebagai bahan

imunostimulan adalah alga. Secara biologis, alga merupakan kelompok tumbuhan

yang berklorofil terdiri dari satu atau banyak sel dan berbentuk koloni. Di dalam alga

terkandung bahan-bahan organik seperti hormon, vitamin, mineral, polisakarida dan

senyawa bioaktif. Budidaya mikroalga sangat menarik karena tingkat

pertumbuhannya yang tinggi, maupun menyesuaikan pada kondisi lingkungan yang

bervariasi (Meritasari et al, 2010).

Kualitas air yang buruk dapat meningkatkan terjadinya infeksi virus

diantaranya pada insang, lambung dan usus. Plankton merupakan pakan alami ikan

namun plankton juga dapat menjadi jembatan bagi virus untuk menyerang ikan.

Penting untuk mengetahui jenis plankton apa saja yang terdapat dalam keramba

jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi

VNN (Viral Nervous Necrosis) apakah bersifat baik atau justru merugikan. Maka dari

itu penting untuk dilakukan penelitian mengenai analisis plankton pada keramba

jaring apung pemeliharaan ikan kerapu yang terinfeksi Viral Nervous Necrosis

(VNN). Sehingga mampu mengurangi penularan VNN dalam kegiatan budidaya.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang yang telah diuraikan, maka dapat dirumuskan

permasalahan penelitian sebagai berikut:

1. Bagaimana jenis plankton yang teridentifikasi dan status kualitas air pada

keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis)

yang terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN)?

2. Bagaimana Viral Nervous Necrosis (VNN) dapat menginfeksi ikan kerapu tikus

(Cromileptes altivelis)?

3

1.3 Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis plankton yang

teridentifikasi di keramba jaring apung ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang

terinfeksi VNN dan kondisi status kualitas air pada keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi VNN (Viral

Nervous Necrosis) serta mengetahui mekanisme VNN (Viral Nervous Necrosis)

menginfeksi ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis).

1.4 Manfaat Penelitian

Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk :

1. Secara teoritis adalah untuk mengetahui jenis plankton yang teridentifikasi serta

status kondisi kualitas air pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu

tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi VNN (Viral Nervous Necrosis).

2. Secara praktis adalah sebagai sumber informasi penelitian selanjutnya untuk

lebih mengidentifikasi jenis plankton yang merupakan faktor penyebar VNN (Viral

Nervous Necrosis).

1.5 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian dilaksanakan pada Bulan April hingga Mei 2017 yang berlokasi di

Laboratorium Lingkungan dan Bioteknologi Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan Universitas Brawijaya Malang untuk pengukuran kualitas air dan Balai

Karantina Ikan Kelas I Sidoarjo untuk uji Polymerase Chain Reaction (PCR).

4

2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

2.1.1 Klasifikasi

Menurut Randall et al., (1993), klasifikasi ikan Kerapu Tikus adalah sebagai

berikut :

Phylum : Chordata

Sub phylum : Vertebrata

Class : Osteichytes

Sub class : Actinopterigi

Ordo : Percomorphi

Sub ordo : Percoidea

Family : Serranidae

Genus : Cromileptes

Species : Cromileptes altivelis

Gambar 1. Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)(Google image, 2017)

5

2.1.2 Morfologi

Ikan kerapu tikus ini memiliki tubuh agak pipih dan berwarna dasar kulit

tubuh abu-abu dengan bintik-bintik hitam diseluruh permukaan tubuh. Kepala

berukuran kecil dengan moncong agak meruncing. Karena kepala yang kecil mirip

bebek, maka jenis kerapu ini popular dengan julukan kerapu bebek. Namun, ada

pula yang menyebutnya sebagai kerapu tikus karena bentuk moncongnya yang

meruncing menyerupai moncong tikus. Ikan kerapu tikus digolongkan sebagai ikan

konsumsi bila bobot tubuhnya telah mencapai 0.5 – 2 kg/ekor (Kordi, 2001).

Kerapu memiliki bentuk mulut yang lebar serong keatas dengan bibir bawah

menonjol keatas. Rahang atas dan bawah dilengkapi dengan deretan gigi dua baris,

lancip dan kuat serta terdapat gigi terbesar di ujung luar bagian depan. Umumnya

ikan ini memiliki sirip ekor yang bulat (rounded). Dengan warna dasar sawo matang,

perut bagian bawah berwarna agak putih dan badannya memiliki bintik berwarna

merah kecoklatan. Tampak pula 4-6 baris warna gelap yang melintang hingga

ekornya. Badannya ditutupi oleh sisik sisik kecil mengkilap yang memiliki ciri loreng

(Fajriani, 2011).

2.1.3 Habitat

Ikan kerapu tersebar luas di perairan pantai baik di daerah tropis maupun

daerah sub tropis dan termasuk jenis ikan yang hidup diperairan karang sehingga

ikan ini juga sering disebut ikan karang (coral reef fish) (Aslianti, 2012). Daerah

penyebaran kerapu tikus meliputi Pasifik Barat meliputi Jepang Selatan, Republik

Palau, Pulau Guam, Kaledonia Baru, Oueensland Selatan Australia (Lieske dan

Robert, 1997).

Kondisi ekologi perairan berkarang antara lain memiliki suhu 24 - 31⁰C,

salinitas 30 - 33 ppt, kandungan oksigen terlarut lebih besar dari 3,5 ppm, dan pH air

6

antara 7,8 - 8 (Nybakken, 1988). Yushimitsu dan Hiramatsu, (1986) juga

menyatakan bahwa parameter ekologi yang cocok bagi pertumbuhan ikan kerapu

yaitu pada salinitas antara 30 - 33 ppt, suhu air antara 24 - 31⁰C , pH antara 7,8 - 8,

dan kandungan oksigen terlarut lebih dari 3,5 ppm.

2.1.4 Reproduksi

Hermaprodit adalah sifat yang dimiliki oleh kerapu tikus yaitu perubahan

kelamin (change sex) dari betina ke jantan dipengaruhi oleh ukuran, umur, dan

spesiesnya. Transformasi dari betina ke jantan ini memerlukan waktu yang cukup

lama dalam kondisi alami. Pada kerapu tikus, transisi dari betina ke jantan terjadi

setelah mencapai umur 2,0 - 2,5 tahun. Pada umur 1,5 - 2,5 tahun biasanya ikan

masih berkelamin betina. Adapun ikan - ikan yang berumur 2,5 tahun ke atas,

berkelamin jantan (Khordi dan Andi Tamsil, 2010).

Berdasarkan pengamatan mikroskopis, telur kerapu Tikus berbentuk bulat

tanpa kerutan, cenderung bergerombol pada kondisi tanpa aerasi, kuning telurnya

tersebar merata, telur transparan dengan diameter sekitar 850 mikron dan tidak

mempunyai rongga di dalam telur. Perkembangan embrional telur membutuhkan

waktu setidaknya 19 jam sejak pembuahan hingga penetasan, sel pertama terjadi 40

menit setelah pembuahan berikutnya setiap 15 - 30 menit sampai mencapai tahap

multisel selama 2 jam 25 menit, tahap berikutnya adalah brastula, gastula, neurula

dan embrio (Amirudin et al, 2012).

2.1.5 Makanan dan Kebiasaan Makan Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

Embrio, larva, juvenil, dewasa dan tua itu adalah lima periode ikan selama

hidupnya. Pada umumnya larva ikan terbagi atas dua tahap yaitu prolarva dan pasca

larva. Perkembangan prolarva dimulai dari larva baru menetas sampai kuning telur

habis terserap, sedangkan pasca larva dimulai dari kuning telur habis terserap

7

sampai terbentuk organ - organ tubuh atau larva telah menyerupai bentuk induknya

(Bulanin, 2003).

Ikan kerapu dikenal sebagai predator atau piscivorous yaitu pemangsa jenis

ikan - ikan kecil, zooplankton, udang - udangan invertebrate, rebon dan hewan-

hewan kecil lainnya. Ikan ini termasuk jenis karnivora dengan cara memangsanya

memakan satu per satu makanannya. Sedangkan untuk larva ikan kerapu pemakan

larva molusca (trokofor), rotifer, mikrocrustacea, copepod, dan zooplankton (Kordi,

2001). Ikan kerapu memiliki sifat buruk yaitu kanibalisme yang muncul pada larva

yang berumur 30 hari ketika pasokan makanan yang didapat tidak mencukupinya

(Antore et al, 1998).

Pemberian pakan ini sampai larva berumur 16 hari dengan penambahan

secara bertahap rotifera sampai kepadatan 5 - 10 ekor/ml fitoplankton 10 5 -2.10 5

sel/ml media. Umur 9 hari mulai diberi pakan naupli artemia yang baru menetas

dengan kepadatan 0,25 - 0,75 ekor/ml media, pakan diberikan sampai larva berumur

25 hari dengan peningkatan kepadatan mencapai 2 - 5 ekor/ml media. Umur 17 hari

larva dicoba diberi pakan artemia yang telah berumur 1 hari kemudian secara

bertahap diubah dari artemia berumur 1 hari ke artemia setengah dewasa dan

akhirnya artemia dewasa sampai larva berumur 50 hari. Setelah larva berumur 29 -

31 hari berubah menjadi benih aktif, menyerupai kerapu dewasa. Pada saat ini mulai

dicoba pemberian pakan dengan cincangan daging ikan.

2.1.6 Kualitas Air Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

Ikan kerapu tikus sangat dipengaruhi oleh kondisi lingkungan (fisika, kimia dan

biologi) di sekitarnya, seperti :

8

a. Suhu

Suhu merupakan parameter penting dalam lingkungan laut dan berpengaruh

secara langsung maupun tidak langsung terhadap kehidupan di laut. Suhu air

mempengaruhi sifat fisik, kimia dan biologi perairan. Pengaruh suhu secara

langsung menentukan kehadiran dari spesies akuatik, mempengaruhi pemijahan,

penetasan, aktivitas dan pertumbuhan organisme. Sedangkan secara tidak langsung

dapat menyebabkan perubahan kesetimbangan kimia. Suhu juga merupakan fungsi

dari kelarutan gas-gas dalam air laut dimana kelarutan akan meningkat pada saat

temperatur rendah (Sumich,1992).

Suhu tinggi tidak selalu berakibat mematikan tetapi dapat menyebabkan

gangguan status kesehatan untuk jangka panjang, misalnya stres yang ditandai

dengan tubuh lemah, kurus, dan tingkah laku abnormal. Pada suhu rendah, akibat

yang ditimbulkan antara lain ikan menjadi lebih rentan terhadap infeksi fungi dan

bakteri patogen akibat melemahnya sistem imun. Pada dasarnya suhu rendah

memungkinkan air mengandung oksigen lebih tinggi, tetapi suhu rendah

menyebabkan stres pernafasan pada ikan berupa menurunnya laju pernafasan dan

denyut jantung sehingga dapat berlanjut dengan pingsannya ikan-ikan akibat

kekurangan oksigen (Irianto, 2005). Menurut Sugama et al (2001) suhu optimum

untuk pertumbuhan ikan kerapu tikut berkisar antara 27-30⁰C.

b. Salinitas

Salinitas adalah jumlah gram garam terlarut dalam satu kilogram air laut dan

dinyatakan dalam satuan perseribu (Nybakken, 1992). Sedangkan menurut Boyd

(1982), menjelaskan bahwa salinitas adalah kadar seluruh ion-ion yang terlarut

dalam air. Komposisi ion-ion pada air laut dapat dikatakan mantap dan didominasi

9

oleh ion-ion tertentu seperti khlorida, karbonat, bikarbonat, sulfat, natrium, kalsium

dan magnesium.

Putra (2008) menyatakan bahwa salinitas yang ideal untuk pembesaran ikan

kerapu tikus adalah antara 28-33 ppt. Pernyataan ini sesuai dengan pernyataan

(Nontji, 2002). pada umumnya nilai salinitas wilayah laut Indonesia berkisar antara

28-33‰.

c. Derajat Keasaman (pH)

Nilai pH merupakan hasil pengukuran aktivitas ion hidrogen dalam perairan

dan menunjukkan keseimbangan antara asam dan basa air. Karbonat, hidroksida

dan bikarbonat akan meningkatkan kebasaan air, sementara adanya asam-asam

mineral bebas dan asam bikarbonat meningkatkan keasaman (Saeni,1989). Derajat

keasaman air dapat mempengaruhi pertumbuhan ikan. pH perairan yang rendah

(asam) dapat menyebabkan kematian pada ikan. Keadaan perairan yang memiliki

tingkat keasaman yang tinggi (basa) juga dapat berdampak pada terhambatnya

pertumbuhan ikan.). Dwiyanti (2006) mengatakan bahwa sebagian besar biota

akuatik sensitif terhadap perubahan pH dan menyukai nilai pH sekitar 7,0–8,5.

d. Oksigen Terlarut (DO)

DO menunjukkan banyaknya oksigen terlarut yang terdapat di dalam air yang

dinyatakan dalam ppm. Oksigen di perairan berasal dari proses fotosintesis dari

fitoplankton atau jenis tumbuhan air, dan melalui proses difusi dari udara

(APHA,1989). Oksigen merupakan faktor penting bagi kehidupan makro dan mikro

organisme perairan karena diperlukan untuk proses pernafasan. Sehingga apabila

ketersediaannya dalam air tidak mencukupi, maka segala aktivitas biota akan

terhambat (Apridayanti, 2005).

10

Secara keseluruhan kadar oksigen terlarut di perairan ini berkisar antara 3,46 -

6,25 ppm dengan rata-rata 4,73±0,76 ppm, relatif lebih rendah dibandingkan dengan

kadar oksigen terlarut di lapisan permukaan laut umumnya (Sutamihardja, 1978).

Menurut Amiruddin et al (2012), kisaran oksigen terlarut optimal untuk pemeliharaan

ikan kerapu tikus berkisar 4 - 4,49 ppm.

2.2 Viral Nervous Necrosis (VNN)

Viral Nervous Necrosis (VNN) adalah penyakit yang pada umumnya

menyerang para pembudidaya kerapu tikus. Penyakit ini merupakan jenis virus

Nodaviridae yang dapat menyebabkan kematian massal hingga 100% dalam

budidaya. Pada umumnya VNN menyerang ikan pada stadia larva dan juvenil.

Koesharyani et al. (2001) menjelaskan bahwa kematian yang disebabkan infeksi

VNN mencapai 100% pada stadia larva, tetapi tidak pada stadia juvenil dan

fingerling (ikan muda).

Pada umumnya, 3-5 hari setelah adanya gejala klinis ikan kerapu akan mati

(Roza et al., 2003). Infeksi virus penyebab VNN pada ikan yang dilakukan melalui

injeksi intra muskular sangat cepat menyebar dan menginfeksi inang melalui saraf

perifer yang ada di otot, masuk ke dalam sistem saraf pusat dan mata yang

mengakibatkan ikan kehilangan keseimbangan dalam berenang dan disfungsi visual.

Larva dan juvenil kerapu peka terserang VNN pada suhu 24,5°C-26°C yang

merupakan suhu optimal dalam proses infeksi VNN dan dapat menyebabkan

kematian pada umur 7-45 hari karena sistem saraf yang masih sederhana.

11

2.2.1 Klasifikasi dan Morfologi Viral Nervous Necrossis (VNN) Menurut Chi et al. (2001), Viral Nervous Necrossis (VNN) dapat

diklasifikasikan sebagai berikut:

Kingdom : Virus

Divisio : RNA Virus

Class : Single standart (+) RNA Virus

Family : Nodaviridae

Genus : Betanodavirus

Spesies : Viral Nervous Necrossis (VNN)

Gambar 2. Viral Nervous Necrosis (VNN)(Google image, 2017)

Viral Nervous Necrosis (VNN) atau biasa disebut juga Viral Encephalopathy

dan Retinopathy (VER) adalah penyakit yang terdaftar oleh The Office International

des Epizooties (OIE), menjadi masalah utama di dalam produksi perikanan laut di

dunia. VNN termasuk dalam genus Betanodavirus yang berukuran kecil, virion

berbentuk bulat, tidak memiliki amplop, genomnya terdiri dari dua molekul rangkaian

positif ssRNA serta berdiameter 25-30 nm dan selalu menginfeksi sistem saraf. VNN

dapat dibagi menjadi dua kelompok yaitu Paramyxovirinae dan Rhabdoand

pneumovirues (Yukio, 2007).

12

2.2.2 Gejala Klinis Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

Gejala klinis ikan yang terserang virus VNN menunjukkan perilaku berenang

abnormal (memutar dan menabrak), mengapung dengan perut di atas disebabkan

adanya pembengkakan gelembung renang (swim bladder), warna tubuh lebih gelap,

nafsu makan menurun dan lemah. Infeksi pada larva dan juvenil dapat

menyebabkan kematian hingga 95% pada larva dan 30% pada juvenil. Infeksi pada

ikan umur 2-4 bulan menyebabkan ikan tampak diam/tidur di dasar kolam,

sedangkan ikan di atas umur 4 bulan akan terlihat berenang mengambang di atas

permukaan air disertai perbesaran gelembung renang. Ikan yang terinfeksi VNN

memperlihatkan gangguan saraf berupa nekrosis sel vakuolisasi (kerusakan) pada

jaringan saraf pusat (spinal cord), dan retina. Vakuolisasi pada stadium larva,

awalnya terjadi pada tulang belakang, spina (sirip punggung), kerusakan gelembung

renang, kemudian otak, dan retina (Andriyani, 2012).

Gejala klinis yang ditunjukkan ikan kerapu setelah terinfeksi Viral Nervous

Necrosis (VNN) yaitu nafsu makan menurun, menunjukkan tingkah laku berenang

yang tidak beraturan atau berenang memutar (whirling), gerak renang yang pasif,

ikan mengapung dengan perut di atas karena pembengkakan gelembung renang,

berada di dasar kolam terlihat seperti mati dan warna tubuh terlihat lebih gelap

(Amelia et al, 2012).

2.2.3 Mekanisme Infeksi dan Transmisi VNN

Menurut Lucianus (2003) dalam Rahayu (2016), Proses proliferasi virus terdiri

dari enam tahap. Pertama, virus melakukan penempelan atau attachment pada

permukaan sel inang. Kedua, tubuh virus masuk kedalam sel inang yang disebut

dengan tahap penetrasi. Ketiga, virus berada pada sitoplasma dimana pada tahap

ketiga (uncoating) yaitu virus akan melepaskan kapsid atau coat proteinnya dan

13

asam nukleatnya sehingga saling terpisah. Keempat, merupakan tahap biosentesa

yang terdiri dari tahap produksi protein-protein struktural virus dan enzim-enzim

serta replikasi genom virus. Proses biosintesa dimulai dengan replikasi virus RNA

menggunakan enzim RNA-dependent RNA polymerase dimana tahap ini terjadi

didalam sitoplasma inang. Pada tahap ini juga terjadi pembuatan mRNA yang

selanjutnya mRNA akan ditranslasikan untuk membuat protein-protein struktural dan

enzim yan dibutuhkan oleh virus. Kelima, disebut dengan tahap maturasi dimana

pada tahap ini diawali dengan perakitan protein kapsid yang diikuti dengan

packaging genom virus. Keenam, release atau pelepasan dimana pada tahap ini

virus melepaskan diri dari sel inang melalui membran plasma dan kemudian sel

inang akan mati (Gambar 3).

Gambar 3. Tahapan virus RNA menginfeksi sel inang

(Roberts, 2012 dalam Rahayu, 2016)

14

Beberapa penelitian menunjukan bahwa mekanisme Infeksi Viral Nervous

Necrossis (VNN) masuk dan menyebar dalam tubuh ikan tidak begitu diketahui.

Keberadaan virus pada masing-masing organ biasanya tergantung pada jalur infeksi

(Prihartini, 2015). Menurut Grotmol et al. (2009) dalam Prihartini (2015), Distribusi

VNN yang diuji tantang virus dengan cara perendaman pada larva halibut atlantik

menunjukan bahwa hasil virus yang terdeteksi pada usus anteri, spinal cord dan

otak pada Hari ke-18 dan di retina, hati dan insang pada hari ke-20. Sehingga dapat

disimpulkan bahwa nodavirus tidak hanya dapat bereplikasi pada Central Nerveous

system (CNS) meskipun jaringan syaraf merupakan target utama.

Berdasarkan penelitian Nguyen et al. (1996) dalam Prihartini (2015), proses

masuknya VNN pada tubuh ikan Stiped jack, pada tahap awal infeksi virus, VNN

terdeteksi pada sel-sel epitel sisik dan sel-sel epitel usus bersamaan dengan sel-sel

syaraf pada Central Nerveous system (CNS). Virus dapat membuat akses menuju

CNS melalui syaraf perifer dengan dua cara yaitu jaringan automatic nerveous yang

melalui saluran pencernaan dan menuju jaringan syaraf sensorik dan atau syaraf

motorik menuju sel-sel epitel pada kulit.

2.2.4 Penularan Viral Nerveous Necrosis (VNN)

Sakit pada ikan umumnya timbul akibat interaksi dari 3 faktor, yakni inang,

patogen dan lingkungan. Walaupun keberadaan patogen terdeteksi di media

pemeliharaan, wabah penyakit tidak akan timbul kecuali kualitas lingkungan

terdegradasi dan menjadi salah satu faktor stress bagi ikan (Gambar 4).

15

(A) (B)

Gambar 4. (A).Timbulnya penyakit akibat interaksi antara inang, patogen dan lingkungan, (B) Interaksi antara inang, pathogen dan lingkungan (Novriadi et al.,2007)

Menurut Usman (2007) dalam Novriadi et al. (2014), virus adalah faktor biotik

yang merugikan ikan di dalam ekosistem karena merupakan organisme yang hidup

dan memperoleh makanan dari host (inang) yang ditumpanginya. Terdapat faktor

nonbiotik yang dapat memicu terjadinya penyakit, antara lain:

a) Faktor lingkungan; Diantara faktor lingkungan yang dapat merugikan kesehatan

ikan ialah pH air yang terlalu tinggi atau rendah, kandungan oksigen yang rendah,

temperatur yang berubah secara tiba-tiba, adanya gas beracun serta kandungan

racun yang berada di dalam air yang berasal dari pestisida, pupuk, limbah pabrik ,

limbah rumah tangga dan lain-lain.

b) Pakan. Penyakit dapat timbul karena kualitas pakan yang diberikan tidak baik.

Gizi rendah, kurang vitamin, busuk atau telalu lama disimpan serta pemberian

pakan yang tidak tepat.

c) Genetik. Penyakit genetis atau turunan dapat berupa bentuk tubuh yang tidak

normal dan pertumbuhan yang lambat.

Penularan terjadi secara horizontal melalui kontak antara ikan sakit dengan

ikan sehat terjadi selama kurang lebih 4 hari. Selain itu, penularan dapat terjadi

secara vertikal terhadap anakan yang diinfeksikan oleh ikan-ikan yang lebih besar

16

sebagai karier. Penularan vertikal dicurigai melalu induk-induk yang positif virus

(Kurniawan, 2012).

2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR)

Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu

metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini pertama kali

dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis. Amplifikas DNA pada PCR

dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang disebut amplimers.

Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali

sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu

fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30

nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan

dan berasal dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik. Enzim DNA

polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari bakteri termofilik Thermus

aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP) menempel pada ujung 3’ primer

ketika proses pemanjangan dan ion magnesium menstimulasi aktivasi polymerase

(Yusuf,2010).

Pada proses PCR diperlukan beberapa komponen utama yaitu (a) DNA

cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan. DNA cetakan yang

digunakan sebaiknya berkisar antara 105 – 106 molekul. Dua hal penting tentang

cetakan adalah kemurnian dan kuantitas, (b) Oligonukleotida primer, yaitu suatu

sekuen oligonukleotida pendek (18 – 28 basa nukleotida) yang digunakan untuk

mengawali sintesis rantai DNA. Dan mempunyai kandungan G + C sebesar 50 –

60%, (c) Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP, dCTP, dGTP,

dTTP. dNTP mengikat ion Mg2+ sehingga dapat mengubah konsentrasi efektif ion.

Ini yang diperlukan untuk reaksi polimerasi, (d) Enzim DNA Polimerase, yaitu enzim

17

yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA. Enzim ini diperoleh dari

Eubacterium yang disebut Thermus aquaticus, spesies ini diisolasi dari taman

Yellowstone pada tahun 1969. Enzim polimerase tak tahan terhadap pemanasan

berulang-ulang yang akan membantu melepaskan ikatan primer yang tidak tepat dan

meluruskan wilayah yang mempunyai struktur sekunder. Dan komponen pendukung

lain adalah senyawa buffer. Larutan buffer PCR umumnya mengandung 10 – 50mM

Tris-HCl pH 8,3-8,8 (suhu 20o C); 50 mM KCl; 0,1% gelatin atau BSA (Bovine

Serum Albumin); Tween 20 sebanyak 0,01% atau dapat diganti dengan Triton X-100

sebanyak 0,1%; disamping itu perlu ditambahkan 1,5 mM MgCl2 (Yusuf, 2010).

Proses PCR memerlukan sejumlah siklus yang mengamflikasi suatu skuen

DNA spesifik. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap yaitu denaturasi, annealing

(hibridisasi), dan ekstensi (polimerasi). Denaturasi dilakukan pada suhu 90-950C,

sehingga terjadi pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal. DNA

menjadi cetakan (template) tempat penempelan primer dan tempat kerja DNA

polimerase. Pada tahap annealing, suhu diturunkan sampai mencapai 550C atau

sesuai melting temperature (Tm) dari primer Oligonukleutida untuk penempelan

primer Oligonukleutida pada sekuen yang komplementer pada molekul DNA

cetakan. Tahap selanjutnya adalah ekstensi yang dilakukan pada suhu 720C. Suhu

ini merupakan suhu optimum untuk kinerja enzim Taq DNA polimerase. Pada tahap

ini Taq DNA polimerase mengkatalis reaksi penambahan mononukleoutida pada

primer yang sesuai dengan utas DNA komplemen yang berada di sebelahnya (Erlich

1989 dalam Andriyani, 2012).

2.4 Plankton

Menurut Davis (1955), plankton merupakan organisme baik hewan maupun

tumbuhan yang hidup mengapung, mengambang atau melayang-layang di dalam air

18

yang pergerakannya sangat terbatas sehingga selalu terbawa hanyut oleh arus air.

Plankton memiliki sifat umum, diantaranya dapat bergerak sedikit dengan bantuan

cilia/ flagel tetapi tidak mempunyai daya menentang arus atau dikalahkan oleh

gerakan air. Selain itu, plankton adalah organisme melayang-layang, hal ini dapat

terjadi karena plankton dapat mengatur berat jenis tubuhnya agar sama dengan

berat jenis air dengan cara menambah atau mengurangi vakuola, cadangan

makanan berupa zat lemak atau minyak, serta melakukan perpanjangan atau

perpendekan chaeta (Nyabaken 1992 dalam Susanti, 2010)

Menurut Barus (2002), berdasarkan ukuran tubuhnya plankton dibagi menjadi

lima, yaitu:

1) Ultraplankton, memiliki ukuran tubuh < 2µm

2) Nanoplankton, memiliki ukuran tubuh 2 – 20 µm

3) Mikroplankton, memiliki ukuran tubuh 20 – 200 µm

4) Makroplankton, memiliki ukuran tubuh > 500 µm

5) Megaplankton, memiliki ukuran tubuh yang sangat besar seperti medusa yang

merupakan kelompok plankton sangat jarang ditemukan dan pada umumnya

hidup di laut.

Plankton ada yang hidup di air laut dan di air tawar. Plankton yang hidup di

perairan tawar dibagi menjadi dua kelompok yaitu limnoplankton dan rheoplankton.

Limnoplankton adalah plankton yang hidup di perairan tawar yang menggenang.

Rheoplankton adalah plankton yang hidup di perairan tawar yang mengalir (Davis,

1955).

Plankton berdasarkan jenisnya dibagi menjadi dua yaitu fitoplankton dan

zooplankton. Fitoplankton merupakan tumbuhan mikroskopis yang hidup melayang-

layang di perairan. Fitoplankton memegang peran penting dalam ekosistem perairan

19

karena adanya kandungan klorofil pada plankton mampu melakukan oroses

fotosintesis. Fitoplankton dapat ditemukan di seluruh masa air mulai dari permukaan

sampai pada kedalaman dengan intensitas cahaya yang memungkinkan terjadinya

fotosintesis. Selain sebagai sumber makanan untuk organisme lainnya, fitoplankton

juga berperan sebagai pemasok oksigen melalui proses fotosintesis (Odum, 1993).

Reaksi fotosintesis:

Kelompok fitoplankton yang biasanya mendominasi di perairan tawar adalah

diatom, chlorophyta dan cyanophyta (Barus, 2004 dalam faza, 2012). Jenis umum

yang biasa ditemukan di perairan tawar antara lain: Pediastrum sp.; Scenedesmus

sp.; Crucigenia sp.; Ankristodesmus sp.; dan Ceratium sp. (Susanti, 2010).

Zooplankton merupakan organisme plankton yang memiliki sifat heterotrofik

yang tergantung pada meteri organik baik berupa fitoplankton maupun detritus.

Umumnya zooplankton memiliki ukuran 0,2 – 2 mm (Nontji, 2006). Zooplankton

merupakan organisme herbivora yang berperan mengontrol kelimpahan fitoplankton.

Hal ini menunjukan bahwa zooplankton memiliki peran sebagai penghubung antara

produsen primer dan organisme karnivora (Nyabakken, 1988). Zooplankton banyak

ditemukan di perairan yang berkecepatan arus rendah dan memiliki kekeruhan yang

rendah pula.

Menurut Barus (2002), kelompok zooplankton yang banyak ditemukan di

ekosistem perairan adalah jenis Crustacea (Copepoda dan Cladosera) serta

Rotifera. Protozoa juga merupakan kelompok zooplankton yang banyak ditemukan

di perairan. Beberapa contoh zooplankton antara lain: Achanthocystys sp.; Volvox

sp.; Euglena sp.; Cyclops sp

6 CO2 + 6 H2O + sinar matahari C6H12O6 + O2

20

3. MATERI DAN METODE PENELITIAN

3.1 Materi Penelitian

Materi penelitian ini yaitu mengenai komunitas plankton pada keramba jaring

apung pemeliharaan ikan kerapu yang terinfeksi Viral Nervous Necrossis (VNN)

meliputi uji ikan yang terinfeksi Viral Nervous Necrossis (VNN), klasifikasi plankton,

kelimpahan plankton berdasarkan indeks keragaman dan indeks dominasi serta

pengukuran kualitas air meliputi parameter fisika yaitu suhu dan kecerahan dan

parameter kimia yaitu pH, Dissolved Oxygen (DO), Nitrat (NO3), Orthophosphate,

salinitas dan TOM.

3.2 Alat dan Bahan

Alat dan bahan parameter fisika, kimia dan biologi yang digunakan dalam

penelitian ini disajikan pada Lampiran 1.

3.3 Metode Penelitian Metode yang digunakan pada Penelitian ini adalah metode deskriptif. Menurut

Hadari Nawawi (1983) menyatakan bahwa, “Metode Deskriptif dapat diartikan

sebagai prosedur pemecahan masalah yang diselidiki dengan menggambarkan /

melukiskan keadaan subyek / obyek penelitian (seseorang, lembaga, dan lain-lain)

pada saat sekarang berdasarkan fakta-fakta yang tampak atau sebagainya”.

3.4 Jenis Data

Data yang diambil dalam penelitian ini adalah data primer dan data sekunder.

Jenis data ini dikelompokan berdasarkan sumber data. Data primer didapatkan

melalui observasi, wawancara dan dokumentasi, sedangkan sekunder berupa studi

literature,buku, jurnal, artikel dan lain sebagainya.

21

3.4.1 Data Primer

Data primer adalah data yang diperoleh atau dikumpulkan oleh peneliti secara

langsung dari sumber data utama. Data primer disebut juga sebagai data asli atau

data baru yang memiliki sifat up to date. Untuk mendapatkan data primer, peneliti

harus mengumpulkannya secara langsung. Teknik yang dapat digunakan peneliti

untuk mengumpulkan data primer antara lain observasi, wawancara, dan

penyebaran kuesioner (Aedi, 2010).

Pengambilan data primer dalam penelitian ini meliputi identifikasi ikan kerapu

(Cromileptes altivelis) yang terinfeksi Viral Nervous Necrossis (VNN), indentifikasi

komunitas plankton dan pengukuran kualitas pada keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi Viral Nervous

Necrossis (VNN).

3.4.2 Data Sekunder

Data Sekunder adalah data sekunder yang telah diolah lebih lanjut dan

disajikan dengan baik oleh pihak pengumpul data primer atau pihak lain.

(Wandansari, 2013).

Data sekunder yang digunakan dalam penelitian ini diambil dari segala

informasi yang berhubungan dengan penelitian tentang identifikasi komunitas

plankton pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu (Cromileptes

altivelis) yang terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN). Informasi yang digunakan

tersebut diperoleh dari studi literatur yang berasal dari situs internet, jurnal nasional

maupun internasional, buku dan laporan skripsi yang terdapat di ruang baca

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan maupun yang terdapat di perpustakaan

lainnya.

22

3.5 Prosedur Pengambilan Sampel

Prosedur pengambilan sampel pada penelitian ini yaitu meliputi pengambilan

sampel air, pengambilan sampel ikan dan pengambilan sampel plankton.

3.5.1 Prosedur Pengambilan Sampel Ikan

Prosedur pengambilan sampel ikan kerapu dilakukan dengan mengambil

beberapa sampel ikan kerapu untuk analisis gejala klinis VNN dan analisis PCR.

Prosedur pengambilan sampel ikan kerapu adalah sebagai berikut:

1) Mengambil sampel ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) pada keramba jaring

apung dilakukan dengan menggunakan jaring.

2) Mengambil sampel ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang memiliki gejala

klinis terinfeksi VNN.

3) Memasukkan sampel ikan ke dalam plastik yang telah disediakan untuk proses

transportasi dari keramba jaring apung ke laboratorium agar bisa dianalisis lebih

lanjut.

4) Melakukan analisis PCR.

3.5.2 Prosedur Pengambilan Sampel Plankton

Pengambilan sampel plankton dilakukan sebanyak tiga titik dengan tiga kali

ulangan di mana pengukuran dilakukan setiap minggunya. Prosedur pengambilan

sampel plankton pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu yang

terinfeksi Viral Nervous Necrosis adalah sebagai berikut:

1) Mengambil 25 Liter air laut pada 3 titik berbeda sebanyak 5 liter di setiap titiknya

2) Meyaring air laut menggunakan planktonet nomor 25.

3) Mengendapkan plankton pada ujung planktonet menggunakan botol film.

4) Menambahkan larutan lugol sebanyak 3 tetes.

23

3.6 Prosedur Analisis Kualitas Air

Parameter kualitas air yang dianalisis pada penelitian ini meliputi parameter

fisika, kimia, dan biologi. Parameter fisika yang diukur yaitu suhu. Parameter kimia

yang diukur yaitu pH, salinitas, oksigen terlarut dan nitrat. Sedangkan parameter

biologi yang diukur yaitu plankton baik fitoplankton maupun zooplankton. Adapun

prosedur analisis pengukuran kualitas air pada keramba jaring apung ikan kerapu

yang terinfeksi VNN adalah sebagai berikut :

3.6.1 Parameter Fisika

Adapun prosedur pengukuran parameter fisika yang meilputi pengukuran suhu

dalam penelitian ini adalah sebagai berikut :

a) Suhu

Cara pengukuran suhu perairan menurut Armita (2011) di ukur dengan

menggunakan thermometer yaitu dengan cara:

1. Termometer dicelupkan sampai 3/4 bagian kedalam air.

2. Termometer didiamkan beberapa menit sampai dapat dipastikan tanda

penunjuk skala berada dalam kondisi tidak bergerak.

3. Kemudian menentukan nilai suhu yang ditunjukkan pada thermometer.

4. Hasil dicatat sebagai nilai suhu.

3.6.2 Parameter Kimia Adapun prosedur pengukuran parameter kimia yang meliputi pH, salinitas,

oksigen terlarut dan nitrat dalam penelitian ini adalah sebagai berikut:

a) pH

pH air diukur dengan menggunakan pH meter atau kertas lakmus menurut

Armita (2011) dengan cara:

24

1. air sampel diambil secukupnya kedalam botol.

2. kertas lakmus dimasukkan ke dalam air sampel.

3. kertas lakmus diangkat dan dikeringkan kemudian dicocokkan pada kotak

standar pH dan dicatat hasilnya.

b) Salinitas

Pengukuran salinitas dilakukan dengan menggunakan alat refraktometer,

adapun cara pengukuran salinitas menurut Kordi (2005) adalah:

1. Mengangkat penutup kaca prisma.

2. Meletakkan 1-2 tetes air yang akan diukur.

3. Menutup kembali denganhati-hati agar jangan sampai terjadi gelembung udara

dipermukaan kaca prisma.

4. Melihat kaca pengintai dan akan terlihat pada lensa nilai atau salinitas dari air

yang sedang diukur

5. Membersihkan permukaan prisma setelah selesai digunakan

6. Melihat nilai salinitasnya dari air yang diukur melalui kaca pengintai.

c) Oksigen terlarut (DO)

Oksigen terlarut dengan metode elektrokimia adalah langsung untuk

menentukan oksigen terlarut dengan alat DO meter prinsip kerjanya menurut Salmin

(2005) adalah:

1. Menggunakan probe oksigen yang terdiri dari katoda dan anoda yang direndam

dalam larutan elektrolit. Pada alat DO meter, probe ini biasanya menggunakan

katode perak (Ag) dan anoda timbal (Pb) secara keseluruhan, elektroda ini

dilapisi dengan membran plastik yang bersifat semi permiabel terhadap oksigen.

2. Probe yang menggunakan katoda perak (Ag) dan anoda timbal (Pb)

dimasukkan kedalam sampel air.

25

3. Ditunggu hasil yang ditunjukkan pada DO meter beserta nilai suhu yang ada.

d) Nitrat (NO3) Menurut Pusat Pendidikan Kelautan dan Perikanan (2015) prosedur analisis

nitrat (NO3) pada perairan di lokasi penelitian adalah sebagai berikut:

1. Menyaring 25 ml sampel dan tuangkan ke dalam cawan porcelain.

2. Memanaskan cawan berisi sampel sampai kering dengan hati-hati dan

didinginkan setelah terbentuk kerak

3. Menambahkan 1 ml asam fenol disulfonik, aduk dengan spatula

4. Mengencerkan dengan 10 ml aquades

5. Menambahkan dengan meneteskan NH4OH (1:1) sampai terbentuk warna.

6. Mengencerkan dengan aquades sampai 25 ml. kemudian masukkan dalam cuvet.

7. Membandingkan dengan larutan standar pembanding yang telah dibuat,baik

secara visual atau dengan spektrofotometer (pada panjang gelombang 410 µm).

3.6.3 Parameter Biologi

Adapun prosedur pengukuran parameter biologi yang meliputi prosedur

pengambilan sampel plankton, identifikasi plankton dan perhitungan plankton dalam

penelitian ini adalah sebagai berikut :

a) Prosedur Pengambilan Sampel Plankton

Pengambilan sampel plankton dilakukan sebanyak tiga titik dengan tiga kali

ulangan selama tiga minggu di mana pengukuran dilakukan setiap minggunya.

Menurut Herawati & Kusriani (2005), prosedur pengambilan sampel fitoplankton

pada lokasi penelitian adalah sebagai berikut:

1. Memasang botol film pada plankton net no.25 (mesh size 64).

26

2. Mengambil sampel air sebanyak 25 liter dan mencatat jumlah air yang disaring

tersebut sebagai (W).

3. Menyaring sampel air dengan plankton net sehingga konsentrat plankton akan

tertampung dalam botol film, dicatat sebagai (V).

4. Memberi lugol sebanyak 3-4 tetes untuk pengawetan serta mempertahankan

warna dan bentuk pada sampel plankton dalam botol film untuk preservasi

sampel sebelum pengamatan genus dan kelimpahan plankton.

5. Memberi label pada botol film yang berisi sampel plankton.

b) Identifikasi Plankton

Tahapan selanjutnya setelah sampel plankton diperoleh, maka dilakukan

pengamatan dengan menggunakan mikroskop. Mikoroskop yang dapat digunakan

untuk pengamatan plankton yaitu menggunakan mikroskop cahaya (light

microscope). Adapula mikroskop lensa okuler ganda (binocular) dengan

pembesaran 100 sampai 1000 kali yang mampu menunjang proses identifikasi

plankton dalam perairan. Beberapa mikroskop dilengkapi dengan fasilitas kamera

sehingga mampu dilihat secara otomatis dengan layar (Nontji, 2008).

Menurut Herawati & Kusriani (2005), prosedur identifikasi fitoplankton sebagai

berikut:

1. Mengambil obyek glass dan cover glass.

2. Mencuci dengan aquadest.

3. Mengeringkan dengan tissue, cara mengeringkannya dengan mengusap secara

searah.

4. Mengambil botol film yang berisi sampel plankton dan mengaduk.

5. Mengambil sampel dari botol film dengan pipet tetes sebanyak 1 tetes.

27

6. Meneteskan pada obyek glass dan menutup dengan cover glass, dengan sudut

kemiringan saat menutup 45ºC.

7. Mengamati di bawah mikroskop dimulai dengan perbesaran terkecil sampai

terlihat gambar organisme pada bidang pandang.

8. Menulis ciri-ciri plankton serta jumlah plankton (n) yang di dapat dari masing-

masing bidang pandang.

9. Mengidentifikasi dengan bantuan buku Davis (1955).

c. Kelimpahan Plankton

Menurut Herawati dan Kusriani (2005), penentuan kelimpahan fitoplankton

dapat dilakukan menggunakan metode “Lackey Drop” dengan satuan individu/liter :

Keterangan: N = Kelimpahan plankton (ind/ liter)

n = Jumlah plankton pada setiap lapang pandang

T = Luas cover glass (20 x 20 mm)

L = Luas satu lapang pandang (𝜋𝑟2 mm2)

V = Volume botol film (ml)

v = Volume 1 tetes air sampel (ml)

p = Jumlah lapang pandang

W = Volume air yang disaring oleh plankton net (L)

N =T x V

L x v x p x W x n

28

d. Indeks Keanekaragaman (H')

Indeks Keanekaragaman adalah indeks yang menunjukkan tingkat

keanekaragaman jenis organisme yang ada dalam suatu komunitas. Perhitungan

indeks keanekaragaman dengan menggunakan persamaan indeks Shannon-

Weaver sebagai berikut (Sournia, 1978). Indeks Keanekaragaman dihitung

menggunakan persamaan Shanon-Wiener :

Keterangan:

H’ = Indeks Keanekaragaman

Pi = ni/N

ni = Jumlah individu jenis ke – i

N = Jumlah total individu

Menurut Utami (2001), bahwa terdapat kriteria indeks keanekaragaman yang

dibagi menjadi 3 kategori yaitu :

H' < 1 = Keanekaragaman jenis rendah

1 < H' < 3 = Keanekaragaman jenis sedang

H' > 3 = Keanekaragaman jenis tinggi

e. Indeks Dominasi

Indeks Shannon-Wiener digunakan untuk menghitung indeks

keanekaragaman jenis,indeks dominansi jenis dan indeks keseragaman. Indeks

dominansi jenis dihitung dengan rumus di bawah ini.

H’ = i-∑ Pi.ln Pi i=0

D = Σ [ni/N]2

29

Keterangan:

ni = jumlah individu genus ke-i

N = Total individu seluruh genera

Menurut Utami (2001), bahwa dalam penilaian indeks dominasi ada dua kriteria.

Adapun kriteria nilai indeks dominasi yaitu apabila nilai indeks dominasi 0 < D < 1,15

maka tidak terdapat jenis plankton yang mendominasi. Sedangkan apabila nilai

indeks dominasi 1,15 < D < 2,30 maka dalam suatu perairan terdapat jenis plankton

yang mendominasi.

f. Perhitungan Keseragaman

Indeks Shannon-Wiener digunakan untuk menghitung indeks

keanekaragaman jenis, indeks dominansi jenis dan indeks keseragaman. Indeks

keseragaman dihitung dengan rumus di bawah ini.

Keterangan:

E = indeks keseragaman

H’ = Indeks keanekaragaman

Hmax = Indeks keanekaragaman maksimum

S = Jumlah jenis

3.7 Perhitungan Analisis Isi Lambung dan Usus Ikan Kerapu

Perhitungan isi lambung dan usus ikan kerapu bertujuan untuk mengetahui

prosentase plankton yang dikonsumsi oleh ikan kerapu. Perhitungan dilakukan

E = H’/Hmax

Hmax = Log2S

30

dengan rumus Indeks of Propoderance (IP). Effendi (1978) menyatakan bahwa

Indeks of Propoderance (IP) melakukan perhitungan dengan rumus dibawah ini

IP = Indeks of Proponderance (Indeks Bagian Terbesar)

Vi = Presentase jumlah satu jenis makanan

Oi = Persentase frekuensi kejadian satu jenis makanan

ΣVixOi = Jumlah Vi x Oi dari semua jenis makanan

Vi dilakukan perhitungan dengan rumus dibawah ini:

Oi dilakukan perhitungan dengan rumus dibawah ini:

Berdasarkan kuantitas makanan yang di konsumsi maka

makanan dapat dibagi menjadi 3 kelompok yaitu sebagai berikut:

IP > 25 % sebagai makanan utama

IP 5 - 25 % sebagai makanan pelengkap

IP < 5 % sebagai makanan Tambahan

3.8 Prosedur Pengujian PCR (Polymerase Chain Reaction)

Pengujian PCR dilakukan untuk mengetahui ikan sampel positif atau negatif

terinfeksi VNN. Adapun prosedur pengujian Polymerase Chain Reaction (PCR) yang

dilakukan pada penelitian tentang analisis kualitas air dan gambaran

IP = Vi x Oi x 100

ΣVixOi

𝑉𝑖 = 𝛴𝐼𝑛𝑑𝑖𝑣𝑖𝑑𝑢 𝑠𝑎𝑡𝑢 𝑗𝑒𝑛𝑖𝑠

𝛴𝐼𝑛𝑑𝑖𝑣𝑖𝑑𝑢 𝑠𝑒𝑙𝑢𝑟𝑢ℎ 𝑗𝑒𝑛𝑖𝑠𝑥 100%

𝑂𝑖 = 𝛴𝐿𝑎𝑚𝑏𝑢𝑛𝑔 𝑦𝑎𝑛𝑔 𝑏𝑒𝑟𝑖𝑠𝑖 𝑠𝑎𝑡𝑢 𝑗𝑒𝑛𝑖𝑠 𝑚𝑎𝑘𝑎𝑛𝑎𝑛

𝛴𝑆𝑒𝑙𝑢𝑟𝑢ℎ 𝑙𝑎𝑚𝑏𝑢𝑛𝑔 𝑦𝑎𝑛𝑔 𝑏𝑒𝑟𝑖𝑠𝑖 𝑚𝑎𝑘𝑎𝑛𝑎𝑛𝑥 100%

31

histopatologi ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi Viral Nervous

Necrosis (VNN) dapat dilihat pada (Lampiran 2).

32

4. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Lokasi Umum Penelitian

Penelitian ini berlokasi pada salah satu pantai di Provinsi Jawa Timur yaitu

pantai sendang biru yang berada di wilayah desa Tambak Rejo, Kecamatan Sumber

Manjing Wetan, Kabupaten Malang. Lokasi penelitian ini dipilih berdasarkan atas

survei mengenai daerah yang memiliki kegiatan budidaya ikan kerapu yang

menunjukkan adanya kematian ikan.

4.1.1 Profil Pantai Sendang Biru, Malang, Jawa Timur

Pantai Sendang Biru adalah satu lagi pantai yang terletak di Kabupaten

Malang. Tepatnya di 30 Km bagian selatan Malang, Sendang biru berada di

kecamatan Sumbermanjing Wetan. Pantai Sendang Biru berpotensi sebagai obyek

wisata yang sangat indah yang bisa dikunjungi. Di samping itu, bagi mereka yang

ingin menyebrang ke pulau Sempu, pasti harus melewati pantai Sendang Biru

terlebih dahulu. Dengan adanya pulau Sempu ini, membuat pantai Sendang Biru

memiliki ombak yang tidak terlalu besar layaknya pantai laut selatan lainnya.

Pantai Sendang Biru ini juga dikenal sebagai tempat pendarat dan pelelang

ikan di Malang. Dinamakan pantai Sendang Biru karena di pantai ini terdapat

sumber mata air yang biasa disebut sebagai sendang, dan berwarna biru. Saat ini,

secara resmi pantai Sendang Biru dikelola oleh perusahaan negara milik Forestay.

Untuk itu, terdapat beberapa fasilitas untuk menunjang pariwisata di Sendang Biru

seperti, penginapan, guess house, rumah jaga dan persewaan perahu. Untuk

mencapai pantai ini, para pengunjung bisa menggunakan kendaraan pribadi seperti

mobil dan motor, juga kendaraan umum. Untuk kendaraan umum bisa diakses

menggunakan Mikrolet jurusan Gadang – Turen – Sendang Biru

33

Secara administrasi perairan Sendang Biru berada di wilayah Desa Tambak

Rejo, Kecamatan Sumber Manjing Wetan, Kabupaten Malang. Sedangkan letak

geografisnya adalah 08°37` - 08°41` LS dan 112°35` - 112°43` BT dengan

ketinggian 0 – 100 m di atas permukaan laut. Secara administrasi perairan Sendang

Biru berada diwilayah Desa Tambak Rejo, Kecamatan Sumber Manjing Wetan,

Kabupaten Malang. Sedangkan letak geografisnya adalah 08°37` - 08°41` LS dan

112°35` - 112°43` BT dengan ketinggian 0 – 100 m di atas permukaan laut. Batas

administrasi perairan Sendang Biru adalah sebagai berikut :

Sebelah Barat : berbatasan dengan Desa Sitiarjo

Sebelah Utara : berbatasan dengan Desa Kedung Banteng

Sebelah Timur : berbatasan dengan Desa Tambak Asri

Sebelah Selatan : berbatasan dengan Samudera Indonesia

4.1.2 Gambaran Lokasi Penelitian

Gambar 5. Keramba Jaring Apung Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

(Dokumentasi Pribadi, 2017).

. Keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis)

yang terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) dapat dilihat pada Gambar 5.

Penelitian ini dilakukan di salah satu keramba jaring apung milik Bhakti Alam yang

berlokasi di Jalan Raya Sendang Biru RT.27 RW.03, Desa Tambak Rejo,

34

Kecamatan Sumber Manjing Wetan, Kabupaten Malang. Keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) berada di teluk pantai

sendang biru yang ada didepan pulau sempu. Peta lokasi penelitian dapat dilihat

pada Lampiran 3.

4.2 Hasil Analisis Ikan Kerapu Tikus

Sampel ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang diambil merupakan ikan

yang menunjukkan adanya gejala terinfeksi virus khususnya Viral Nervous Necrosis

(VNN). Selanjutnya sampel ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang diperoleh

kemudian dilakukan analisis terhadap morfologi dan dilakukan deteksi virus dengan

analisis PCR. Organ tubuh ikan kerapu tikus yang dianalisis untuk deteksi Viral

Nervous Necrosis (VNN) yaitu otak, mata, usus lambung, ginjal dan otot.

4.2.1 Kondisi Morfologi Ikan Kerapu Tikus

Pada penelitian ini ikan kerapu tikus yang diteliti adalah ikan kerapu tikus yang

berasal dari keramba jaring apung pemeliharaan Bhakti Alam yang berada di Desa

Tambak Rejo, Kecamatan Sumber Manjing Wetan, Kabupaten Malang. Pada proses

pengambilan sampel,ikan kerapu tikus di ambil dengan cara menjaring ikan secara

langsung. Kemudian ikan di masukan kedalam wadah dan dilihat ciri-ciri klinis gejala

Viral Nervous Necrosis (VNN). Sampel ikan yang diambil untuk di uji ada tidaknya

keberadaan Viral Nervous Necrosis (VNN) adalah ikan yang memiliki ciri-ciri

berenang terbalik, warna tubuh menghitam, dan mata menonjol. Gejala klinis yang

ditunjukan ikan kerapu tikus dapat digunakan sebagai langkah awal untuk

mengetahui keberadaan Viral Nervous Necrosis (VNN). Morfologi ikan kerapu tikus

dapat dilihat pada Gambar 6.

35

Gambar 6 . Keadaan Morfologi Ikan Kerapu Tikus yang Terinfeksi VNN (Dokumentasi Pribadi, 2017)

Menurut Thieryet al. (2006), gejala klinis khas VNN pada beberapa jenis ikan

antara lain: perilaku ikan terserang berenang tak menentu dan ikan mengapung

dengan perut di atas disebabkan oleh pembengkakan gelembung renang (swim

bladder), warna tubuh terlihat lebih gelap dan selera makan berkurang.

Perilaku ikan yang terinfeksi ikan menunjukkan gejala-gejala antara lain nafsu

makan berkurang, gerakan lemah, berenang tidak normal (memutar-mutar),

pembesaran gelembung renang pada beberapa spesies ikan, dan warna menjadi

kehitaman (Chi, 2006).

4.2.2 Deteksi Viral Nervous Necrosis pada Ikan Kerapu dengan Teknik PCR

Berdasarkan gejala klinis yang tampak pada ikan kerapu tikus (Cromileptes

altivelis), maka tahap selanjutnya yaitu dilakukan uji laboratorium dengan

menggunakan analisis PCR (Polymerase Chain Reaction). Hal ini bertujuan untuk

mendeteksi adanya virus Viral Nervous Necrosis (VNN) yang menginfeksi ikan

kerapu tikus (Cromileptes altivelis). Organ tubuh ikan yang diambil untuk analisis

PCR yaitu otak, mata, otot, ginjal, lambung dan usus. Kemudian selanjutnya

digunakan untuk uji elektroforesis untuk mendeteksi DNA sampel ikan kerapu tikus

(Cromileptes altivelis).

36

Pengambilan sampel organ tubuh ikan tersebut didasarkan bahwa Viral

Nervous Necrosis selain menginfeksi sistem syaraf (mata dan otak) inangnya, juga

menyerang organ tubuh ikan lainnya. Menurut Nakai et al. (2009), menyatakan

bahwa berdasarkan hasil hispatologi, virus ini menyebabkan kerusakan sistem saraf

pusat seperti otak, sumsum tulang belakang serta pada retina. Penelitian serupa

yang dilakukan oleh Prihartini (2015), menjelaskan bahwa untuk mendeteksi DNA

ikan kerapu tikus yang terinfeksi VNN menggunakan base primer 294 bp.

Berdasarkan hasil pemeriksaan PCR pada benih ikan kerapu yang positif VNN

terdapat pada organ otak dan mata

Berdasarkan hasil pada uji PCR menunjukkan adanya gambaran ekspresi

DNA yang diamplifikasi menggunakan base primer VNN yaitu 294 bp. Hasil gambar

dari proses elektroforesis menunjukkan bahwa organ tubuh ikan kerapu tikus

(Cromileptes altivelis) yang positif terinfeksi VNN yaitu otak dan mata. Sedangkan

pada organ otot, ginjal, lambung dan usus menunjukkan hasil negatif terinfeksi VNN.

4.3 Hasil Analisis Kualitas Air

Air merupakan kebutuhan utama dalam kegiatan budidaya perairan.

ketersediaan air yang cukup dan kualitas air yang baik akan berdampak pada

keberhasilan suatu usaha budidaya perairan. Sampel air pada keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus diambil pada jam 11.00 WIB dan dilakukan

sebanyak 3 ulangan dalam minggu yang berbeda. Pengukuran kualitas air

didasarkan pada siklus hidup plankton yang singkat yaitu antara 7 – 14 hari.

Berdasarkan data kualitas air yang diperoleh maka dapat diketahui adanya dinamika

kualitas air. Perbedaan nilai disetiap parameter dari minggu ke minggu, selanjutnya

dapat dianalisis dan diketahui faktor-faktor yang dapat mempengaruhi pertumbuhan

37

organisme akuatik baik plankton maupun ikan kerapu tikus. Kualitas air yang

dianalisis yaitu suhu, kecerahan, pH, oksigen terlarut, karbondioksida, nitrat,

ortofosfat, dan TOM. Adapun hasil analisis kualitas air berdasarkan masing-masing

parameter yang diukur dapat dilihat pada Lampiran 4.

4.3.1 Parameter Fisika

a. Suhu

Hasil pengukuran suhu pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 27-28ºC. Hal ini sejalan dengan Amiruddin et al. (2012) parameter

kualitas air yang sangat cocok untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan

Kerapu Tikus adalah suhu 27-29ºC dan pendapat Tiskiantoro (2006) yang

melaporkan bahwa suhu optimal untuk budi daya ikan Kerapu Tikus adalah 27–

32°C. Sementara Kordi & Ghufran (2005) menyatakan bahwa suhu yang dibutuhkan

untuk kehidupan ikan Kerapu Bebek yang dipelihara dalam keramba jaring apung

berkisar 25–31°C. Grafik suhu dapat dilihat pada Gambar 7.

Gambar 7. Grafik Nilai Pengukuran Suhu

b. Kecerahan

Hasil pengukuran kecerahan pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 7,15-7,53 m. Perairan yang memiliki indikator tingkat kejernihan yang

Minggu 1 minggu 2 minggu 3

Suhu 27.5 27 28

26.4

26.6

26.8

27

27.2

27.4

27.6

27.8

28

28.2

Suh

u ⁰

C

38

sangat tinggi dengan cahaya yang dapat menembus sampai ke dasar perairan

merupakan perairan yang sangat baik untuk digunakan sebagai lokasi pembesaran

dan kejernihan perairan yang sangat cocok untuk pembesaran ikan Kerapu Bebek

adalah lebih dari 2 m (Akbar & Sudaryanto, 2001). Grafik kecerahan dapat dilihat

pada Gambar 8.

Gambar 8. Grafik Nilai Pengukuran Kecerahan

4.3.2 Parameter Kimia

a. pH

Hasil pengukuran pH pada keramba jaring apung dalam penelitian ini berkisar

antara 7,8-8,1. Menurut Amiruddin et al. (2012) parameter kualitas air yang sangat

cocok untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan Kerapu Tikus adalah pH

7,0-7,8. Dwiyanti (2006) juga mengatakan bahwa sebagian besar biota akuatik

sensitif terhadap perubahan pH dan menyukai nilai pH sekitar 7,0–8,5. Grafik pH



Kecerahan 7.45 7.15 7.53

6.9

7

7.1

7.2

7.3

7.4

7.5

7.6m

ete

r

39

Gambar 9. Grafik Nilai Pengukuran pH

b. Oksigen Terlarut

Hasil pengukuran oksigen terlarut pada keramba jaring apung dalam penelitian

ini berkisar antara 8,45-8,62 ppm. Menurut Amiruddin et al. (2012) parameter

kualitas air yang sangat cocok untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan

Kerapu Tikus adalah DO 4-4,49 ppm. Sementara pendapat Kordi (2001), oksigen

terlarut optimal bagi kehidupan ikan kerapu tikus adalah tidak boleh kurang dari 4

mg/l. Grafik oksigen terlarut dapat dilihat pada Gambar 10.

Gambar 10. Grafik Nilai Pengukuran DO


pH 7.8 8 8.1

7.6

7.7

7.8

7.9

8

8.1

8.2

De

raja

t K

eas

aman


DO 8.45 8.62 8.51

8.35

8.4

8.45

8.5

8.55

8.6

8.65

mg/

L

40

c. Salinitas

Hasil pengukuran salinitas pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 31-33 ppt. Menurut Amiruddin et al. (2012) parameter kualitas air

yang sangat cocok untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan Kerapu Tikus

adalah salinitas 30-33 ppt. Sementara pendapat Kordi & Ghufran (2004) bahwa

salinitas optimal untuk pertumbuhan ikan Kerapu Tikus di keramba jaring apung

berkisar 33–35 ppt. Grafik Salinitas dapat dilihat pada Gambar 11.

Gambar 11. Grafik Nilai Pengukuran Salinitas

d. Nitrat (NO3)

Hasil pengukuran nitrat pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 0.115-0.121. Menurut Marganof (2007) dalam Armita (2011),

kandungan nitrogen yang tinggi di suatu perairan dapat disebabkan oleh limbah

yang berasal dari limbah domestik, pertanian, peternakan dan industri. Berdasarkan

PP No. 82 tahun 2001 menjelaskan bahwa baku mutu kandungan nitrat dalam

perairan tidak boleh lebih dari 10 mg/L. Basmi (1988) dalam Subrata (2008),

menyatakan bahwa nitrat dalam perairan nilainya akan berkurang bersama dengan

meningkatnya pertumbuhan fitoplankton. Hal ini menunjukkan bahwa kandungan


Salinitas 33 32 31

30

30.5

31

31.5

32

32.5

33

33.5

pp

t

41

nitrat selama pengamatan masih dalam kondisi yang baik dan belum mengalami

pencemaran. Grafik hasil pengukuran nitrat pada keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus disajikan pada Gambar 12.

Gambar 12. Grafik Nilai Pengukuran Nitrat e. Orthofosfat (PO4)

Hasil pengukuran orthofosfat pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 0,001-0,004 mg/L. Menurut Armita (2011), menjelaskan bahwa

perairan alami pada umumnya memiliki kandungan fosfat terlarut tidak lebih dari 0,1

ppm, kecuali pada perairan penerima limbah rumah tangga dan industri tertentu

serta limpahan air dari daerah pertanian yag umumnya mengalami pemupukan

fosfat. Sedangkan baku mutu ortofosfat berdasarkan PP No. 82 tahun 2001 tentang

pengelolaan kualitas air dan pengendalian pencemaran perairan yaitu 0,2 mg/L.

Jadi, kandungan ortofosfat pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu

secara keseluruhan masih baik dan perairan masih belum mengalami pencemaran.

Berikut merupakan grafik hasil pengukuran orthofosfat yang disajikan pada Gambar

13.


Nitrat 0.17 0.115 0.121

0

0.05

0.1

0.15

0.2

mg/

L

42

Gambar 13. Grafik Nilai Pengukuran Fosfat f. Total Organic Matter (TOM)

Hasil pengukuran orthofosfat pada keramba jaring apung dalam penelitian ini

berkisar antara 70,16-72,048 mg/L. Perdana (2014), menjelaskan bahwa kandungan

bahan organik total yang tinggi disebabkan oleh beberapa faktor seperti letak lokasi

pengamatan berada di dekat pemukiman penduduk sehingga mendapat pasokan

bahan organik yang terbawa oleh arus. Budiardi et al. (2007), menambahkan bahwa

terjadinya akumulasi kandungan bahan organik atau Total Organic Matter (TOM)

dalam perairan disebabkan rendahnya oksigen terlarut dan bakteri pengurai dalam

perairan. Meningkatnya kandungan bahan organik ini disebabkan oleh sisa-sisa

pemberian pakan serta ekskresi atau feses dari organisme yang dibudidayakan.

Berikut merupakan grafik hasil pengukuran TOM yang disajikan pada Gambar 14.


Fosfat 0.004 0.001 0.002

0

0.001

0.002

0.003

0.004

0.005

mg/

L

43

Gambar 14. Grafik Nilai Pengukuran TOM

4.4 Komposisi Plankton Pada Keramba Jaring Apung Pemeliharaan Ikan Kerapu Tikus (Cromileptes altivelis)

4.4.1 Komposisi Fitoplankton

Fitoplankton yang ditemukan dalam keramba jaring apung pemeliharaan ikan

kerapu tikus yang terinfeksi Viral Nerveous Necrosis baik di air, lambung dan usus

ditemukan sebanyak 8 genus. Genus yang ditemukan meliputi chlorogonium,

gonatozygon, thalassiosira, thallasiothrix, stigeoclonium, nitzschia, merismopedia,

dan halosphaera. Sedangkan pada keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu

tikus sehat baik di lambung dan usus ditemukan sebanyak 7 genus. Genus yang

ditemukan meliputi chlorogonium, gonatozygon, hemiaulus, pseudonitzschia,

halosphaera, merismopedia, dan thalassiothrix. Genus yang memiliki jumlah yang

banyak adalah thalassiothrix, gonatozygon, dan merismopedia.

a. Gonatozygon monotaenium

G. monotaenium merupakan salah satu spesies dari kelas Charophyceae.

Gonatozygon monotaenium memiliki karakteristik yaitu Sel berbentuk silindris

memanjang dengan panjang 90-300 μm dan lebar 8-12,5 μm (John et all., 2002:

529). Apeks rata dengan dinding sel ditutupi oleh struktur seperti spine. Dalam


TOM 72.048 70.16 71.62

69

69.5

70

70.5

71

71.5

72

72.5

mg/

L

44

setiap sel terdapat 2 kloroplas yang berbentuk seperti pita dengan banyak pirenoid.

Gonatozygon dapat ditemukan soliter maupun dalam bentuk filamen. Gonatozygon

monotaenium hasil pengamatan dapat dilihat pada Gambar 15.

.

Gambar 15. Hasil pengamatan Gonatozygon monotaenium

b. Merismopedia sp.

Merismopedia sp. merupakan salah satu spesies fitoplankton dari kelas

Cyanophyceae (Aktan dan Aykulu, 2003). Merismopedia sp. memiliki karakteristik

yaitu bersifat uniseluler-kolonial, koloni melayang bebas di perairan, mikroskopis,

biasanya berbentuk seperti tabel, datar dan tipis dengan sel yang terletak dalam

satu bidang dengan posisi saling tegak lurus satu sama lain (biasanya terdiri dari 2

atau 4 sel). Namun, biasanya koloni Merismopedia sp. terdiri dari 4 – 16 sel bahkan

pada beberapa spesies Merismopedia sp. menunjukkan koloni terdiri dari ratusan sel

hingga 4000 sel. Sel Merismopedia sp. berbentuk oval atau bulat. Spesies

fitoplankton ini banyak ditemukan di perairan tawar (Miranda dan Guiry, 2013).

Kelas Cyanophyceae memiliki kemampuan berfotosintesis pada cahaya

berintensitas rendah dan mampu mengikat nitrogen dari udara untuk

pertumbuhannya (Prescott dan Mahendra, 1984 dalam Erdina et al., 2010).

Merismopedia sp. mengandung toksin lipopolisakarida yang membahayakan bagi

45

kesehatan manusia (Wagner, 2013). Merismopedia sp hasil pengamatan dapat

dilihat pada Gambar 16.

Gambar 16. Gambar Hasil pengamatan Merismopedia sp

c. Nitzschia sigma

Nitzschia sigma memilki cir-ciri yaitu dinding sel terbuat dari silika, sel

berwarna kuning-kecoklatan, sel berbentuk rectangular, sel soliter, sel berbentuk

linier-lanceolate dengan katup dibagian luar, dan ditengah sel terdapat garis

memanjang. Sel memiliki ukuran dengan panjang sekitar 32,5 – 81,7 μm dan lebar

sekitar 1,4 – 2,9 μm. Spesies ini kosmopolit dimana dapat ditemukan di perairan

tawar, payau, dan laut. Selain itu, spesies diatom ini biasanya dapat ditemukan pada

permukaan air (pelagik) maupun bentik (Smida et al., 2014). Menurut Scholz dan

Liebezeit (2012), Nitzschia sp. memiliki komposisi asam amino diantaranya prolin,

asam glutamat, asam aspartat, serin, glisin, alanin, dan lisin. Komposisi asam amino

yang terkandung pada alga Nitzschia sp. terbanyak yaitu asam aspartat diikuti

dengan glisin. Penelitian lain oleh Jakson et al. (1992), menyebutkan bahwa

komposisi asam amino alga Nitzschia sp. pada berbagai salinitas diantaranya yaitu

asam aspartat, treonin, serin, glutamat, glisin, alanin, valin, tirosin, dan lisin. Secara

keseluruhan asam amino yang dominan terkandung dalam alga ini yaitu asam amino

glutamat. Nitszchia sp hasil pengamatan dapat dilihat pada Gambar 17.

46

Gambar 17. Gambar Hasil pengamatan Nitszchia sp

d. Halosphaera viridis

Halosphaera viridis merupakan salah satu spesies fitoplankton dari kingdom

Plantae yang memiliki ciri-ciri kecil, berbentuk buah pir sel dengan empat flagellae

berenang di salah satu ujungnya. Ini mereproduksi dengan membelah dua, yang

memungkinkan untuk mencapai konsentrasi yang tinggi dan dari waktu ke waktu

beberapa sel menjadi kista kecil yang isinya dibagi menjadi disk kecil. Setiap disk

akhirnya menjadi sebuah Halosphaera flagellated viridis sel yang akan dilepas ke

laut. Ada dapat ratusan kista per meter persegi di laut terbuka, dan mereka mungkin

merupakan sumber makanan penting bagi zooplankton yang lebih besar.

Halosphaera viridis hasil pengamatan dapat dilihat pada Gambar 18.

Gambar 18. Gambar Hasil pengamatan Halosphaera viridis

47

4.4.2 Komposisi Zooplankton

Zooplankton yang ditemukan dalam keramba jaring apung pemeliharaan ikan

kerapu tikus yang terinfeksi Viral Nervous Necrosis di air ditemukan sebanyak 8

Genus tetapi pada lambung dan usus tidak ditemukan zooplankton. Genus yang

ditemukan meliputi eucalanus, copilia, calanus, Eurydice, naupilus, pseudocalanus,

eurytemora, dan Branchionus. Sedangkan pada keramba jaring apung pemeliharaan

ikan kerapu tikus sehat di air ditemukan sebanyak 7 genus tetapi pada lambung dan

usus tidak ditemukan zooplankton. Genus yang ditemukan yakni temora,

gyrodinium, muggiaea, eurytemora, pseudocalanus, eurydice dan

archaeogastropoda. Genus yang memiliki jumlah yang banyak adalah eucalanus,

copilia, calanus. Pseudocalanus, eurytemora, dan brachionus.

a. Eurytemora affinis

Eurytemora affinis merupakan salah satu spesies zooplankton dari kingdom

Animalia yang biasa ditemukan di zona pelagik danau air dingin dan laut. Terdapat

Terjadi musim semi melalui musim gugur dengan kelimpahan puncak di musim

panas. Biasanya ditemukan pada ketinggian 0 sampai 86 meter (0-282 kaki).

Memiliki karakterisasi yaitu panjang ventral plate 118 µm, jari kaki (dengan cakar) 66

µm, setiap ramus ekor dengan lima setae, ketiga segmen dari ujung antena yang

tepat dengan proses ramping yang melengkung dan biasanya menunjuk. Proses ini

lebih pendek dari segmen kedua dari ujung antena yang sama, kedua proses dari

exopod kelima kiri tidak digitiform atau tumpul, yang satu jelas falsiforme, kiri kelima

endopod tidak sempurna juga bukan ditandai dengan striae melintang, kelima kanan

endopod lebih pendek dari bagian pertama yang exopod, terminal segmen kelima

kanan exopod ramping dan memanjang, kaki kelima Kiri tidak mencapai akhir dari

48

segmen pertama dari kanan exopod, Spesimen sekitar 1,4-2,1 mm. Eurytemora

affinis hasil pengamatan dapat dilihat pada Gambar 19.

Gambar 19. Gambar Hasil pengamatan Eurytemora affinis b. Eurydice pukhra

Eurydice pukhra merupakan salah satu spesies zooplankton dari kingdom

Animalia yang biasanya ditemukan di zona pasang surut di tepi air pada jarak rata-

rata dari permukaan laut 3 meter (8 kaki). Graptoleberis testudinaria ditemukan

berhubungan terutama dengan vegetasi daripada menjadi penghuni bawah. Terjadi

musim semi melalui musim gugur dengan kelimpahan puncak di musim panas.

Biasanya ditemukan pada ketinggian 0 sampai 86 meter (0-282 kaki). Memiliki

karakterisasi yaitu Antennules dua tersegmentasi, pada banyak spesies yang

karapas lama tidak membuang selama molting, memberikan penampilan kerang

bersarang, besar dengan dentikel marjinal banyak dan setae lateral yang panjang

Postabdomen, Sering ditutupi dengan detritus. Eurydice pukhra hasil pengamatan


49

Gambar 20. Gambar Hasil pengamatan Eurydice pukhra

c. Pseudocalanus minutus

Pseudocalanus minutus merupakan salah satu spesies zooplankton dari

kingdom Animalia yang ditemukan di zona pelagik danau air dingin Terdapat Terjadi

musim semi melalui musim gugur dengan kelimpahan puncak di musim panas.

Biasanya ditemukan pada ketinggian 0 sampai 86 meter (0-282 kaki). Memiliki

karakterisasi yaitu ekor ramus dengan tiga setae, ramus ekor dari kedua jenis

kelamin dengan seta luar ramping yang sekitar sama panjang dengan ramus.

Pseudocalanus minutus hasil pengamatan dapat dilihat pada Gambar 21.

Gambar 21. Gambar Hasil pengamatan Pseudocalanus minutus

4.5 Perhitungan Plankton

Perhitungan plankton yang di peroleh meliputi perhitungan kelimpahan

plankton, perhitungan indeks keanekaragaman, perhitungan indeks dominansi,

50

perhitungan indeks keseragaman dan perhitungan indeks preponderance yang

meliputi isi lambung dan isi usus. Data perhitungan plankton dapat dilihat pada

Lampiran 5.

4.5.1 Kelimpahan Plankton

A. Fitoplankton

Kelimpahan fitoplankton merupakan jumlah individu fitoplankton persatuan

volume air per liter (ind/L). Lingkungan yang tidak menguntungkan bagi fitoplankton

dapat menyebabkan jumlah individu atau kelimpahan maupun jumlah spesies

fitoplankton berkurang. Keadaan ini dapat mempengaruhi tingkat kesuburan

perairan. Oleh karena itu, suatu tingkat kesuburan perairan salah satunya ditentukan

oleh tingkat kelimpahan fitoplankton (Nugroho, 2006 dalam Salam, 2010). Hasil

perhitungan kelimpahan plankton (fitoplankton dan zooplankton) pada keramba

jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus diperoleh hasil yang beragam pada

setiap minggunya.

Data kelimpahan fitoplankton yang diperoleh selama pengamatan meliputi

Divisi Chlorophyta dan Diatom. Nilai rata-rata kelimpahan fitoplankton (ind/L)

mencapai 35559.18337-375346.94 ind/L. Nilai divisi rata-rata terbesar adalah Divisi

Chlorophyta dengan nilai 375346.94 ind/L. Sedangkan nilai rata-rata divisi terendah

ialah Divisi Diatom dengan nilai 35559.183 ind/L. Total kelimpahan fitoplankton pada

minggu pertama yakni sebesar 450416.3261 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta

dan Diatom. Total kelimpahan fitoplankton pada minggu kedua yakni sebesar

403004.082 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta dan Diatom. Total kelimpahan

plankton pada minggu ketiga yakni sebesar 379297.962 ind/L yang meliputi Divisi

Chlorophyta dan Diatom. Sedangkan rata-rata total kelimpahan dari semua divisi

51

mencapai 410906.1234 ind/L. Data kelimpahan fitoplankton dapat dilihat pada

Tabel1.

Tabel 1. Data Kelimpahan Fitoplankton

KELIMPAHAN FITOPLANKTON (Ind/L)

No FILUM Sampel 1 Sampel 2 Sampel 3 Rata-Rata

1 Chlorophyta 391151.02 379297.96 355591.84 375346.94

2 Diatom 59265.3061 23706.122 23706.122 35559.18337

Total 450416.3261 403004.082 379297.962 410906.1234

Fitoplankton mempunyai peranan yang sangat penting di dalam suatu

perairan, selain sebagai dasar dari rantai pakan (primary producer) juga merupakan

salah satu parameter tingkat kesuburan suatu perairan. Terdapat hubungan positif

antara kelimpahan fitoplankton dengan produktivitas perairan. Jika kelimpahan

fitoplankton di suatu perairan tinggi maka perairan tersebut cenderung memiliki

produktivitas yang tinggi pula (Raymont, 1980).

B. Zooplankton

Data kelimpahan Zooplankton yang diperoleh selama pengamatan meliputi

Filum Crustacea, Tracheophyta, dan Rotifera. Nilai rata-rata kelimpahan

Zooplankton (ind/L) mencapai 213355.1016-260767.351 ind/L. Nilai filum rata-rata

terbesar adalah Filum Crustacea dengan nilai 225208.166 ind/L. Sedangkan nilai

rata-rata filum terendah ialah Filum Rotifera dengan nilai 11853.0611 ind/L. Pada

minggu pertama diperoleh total kelimpahan sebesar 213355.1016 ind/L yang

meliputi filum Crustacea, Tracheophyta, dan Rotifera. Pada minggu kedua diperoleh

total kelimpahan sebesar 260767.351 ind/L yang meliputi filum Crustacea dan

52

Rotifera. Pada minggu ketiga diperoleh total kelimpahan sebesar 248914.29 ind/L

yang meliputi filum Crustacea. Sedangkan rata-rata kelimpahan total zooplankton

dari semua filum mencapai 260767.3495 ind/L. Data kelimpahan zooplankton dapat

dilihat pada Tabel 2.

Tabel 2. Data Kelimpahan Zooplankton

KELIMPAHAN ZOOPLANKTON

No FILUM Sampel 1 Sampel 2 Sampel 3 Rata-Rata

1 Crustacea 177795.918 248914.29 248914.29 225208.166

2 Tracheophyta 23706.1224 0 0 23706.1224

3 Rotifera 11853.0612 11853.061 0 11853.0611

Total 213355.1016 260767.351 248914.29 260767.3495

Menurut Arinardi, et al. (1994) dalam Soedibjo (2005), menyatakan bahwa

faktor-faktor biotik seperti ketersediaan pakan, banyaknya predator serta persaingan

merupakan faktor-faktor yang menentukan komposisi jenis zooplankton. Menurut

Pranoto et al. (2005), kelimpahan zooplankton mengalami kenaikan dan penurunan

disebabkan oleh faktor dari masing-masing zooplankton itu sendiri, seperti

pertumbuhan, kematian, distribusi vertikal, dan migrasi yang berbeda serta adanya

perubahan kualitas air.

4.5.2 Indeks Keanekaragaman

A. Fitoplankton

Indeks keanekaragaman Shannon-Weaner merupakan indeks yang digunakan

untuk melihat tingkat keanekaragaman organisme dan sering juga digunakan

sebagai indikator bagi kualitas perairan (Radiarta, 2013). Data indeks

keanekaragaman fitoplankton yang diperoleh selama pengamatan meliputi Divisi

53

Chlorophyta dan Diatom. Nilai rata-rata indeks keanekaragaman fitoplankton (ind/L)

mencapai 0.08874-2.54465 ind/L. Nilai divisi rata-rata terbesar adalah Divisi Diatom

dengan nilai 2.54465 ind/L. Sedangkan nilai rata-rata divisi terendah ialah Divisi

Chlorophyta dengan nilai 0.08874 ind/L. Total indeks keanekaragaman fitoplankton

pada minggu pertama yakni sebesar 2.16923 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta

dan Diatom. Total indeks keanekaragaman fitoplankton pada minggu kedua yakni

sebesar 2.89383 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta dan Diatom. Total indeks

keanekaragaman fitoplankton pada minggu ketiga yakni sebesar 2.83713 ind/L yang

meliputi Divisi Chlorophyta dan Diatom. Sedangkan rata-rata total indeks

keanekaragaman dari semua divisi mencapai 2.63339 ind/L. Kriteria indeks

keanekaragaman dibagi menjadi tiga yaitu keanekaragaman jenis rendah dengan H'

< 1, keanekaragaman sedang apabila 1 < H' < 3 dan keanekaragaman tinggi apabila

H' > 3 (Utami, 2001). Hasil indeks keanekaragaman (H') fitoplankton menunjukkan

bahwa pada minggu ke-1 minggu ke-2 dan ke-3 tergolong dalam kriteria perairan

yang memiliki nilai indeks keanekaragaman (H') sedang. Menurut Krebs (1989)

dalam Sari et al. (2013), keanekaragaman sedang dapat diartikan bahwa ekosistem

dalam kondisi cukup baik, dimana penyebaran individu atau jenis fitoplankton hampir

merata. Keanekaragaman rendah mengindikasikan adanya kecenderungan

dominasi jenis dalam suatu ekosistem yang disebabkan adanya ketidakstabilan

faktor-faktor lingkungan dan populasi. Hal ini didukung oleh pendapat Pamukas

(2011) yang menyatakan bahwa keragaman spesies menunjukkan keseimbangan

ekosistem, semakin tinggi keragaman spesies maka semakin seimbang ekosistem

tersebut. Sebaliknya semakin rendah keragaman spesies maka menandakan bahwa

ekosistem perairan tersebut mengalami tekanan dan kondisinya menurun. Hal

tersebut menandakan perairan tercemar ringan-berat dan memiliki tingkat

54

keanekaragaman yang rendah dan sedang. Data Indeks keanekaragaman

fitoplankton dapat dilihat pada Tabel 3.

Tabel 3. Data Indeks Keanekaragaman Fitoplankton

INDEKS KEANEKARAGAMAN (H') FITOPLANKTON

No FILUM Sampel 1 Sampel 2 Sampel 3 rata-rata

1 Chlorophyta 0.14108 0.06062 0.06454 0.088746667

2 Diatom 2.02815 2.83321 2.77259 2.54465

Total 2.16923 2.89383 2.83713 2.633396667

B. Zooplankton

Data indeks keanekaragaman Zooplankton yang diperoleh selama

pengamatan meliputi Filum Crustacea, Tracheophyta dan Rotifera. Nilai rata-rata

indeks keanekaragaman Zooplankton (ind/L) mencapai 0.07628-1.9938033 ind/L.

Nilai filum rata-rata terbesar adalah Filum Rotifera dengan nilai 1.9938033 ind/L.

Sedangkan nilai rata-rata filum terendah ialah Filum Crustacea dengan nilai 0.07628

ind/L. Pada minggu pertama diperoleh total indeks keanekaragaman sebesar

5.26991 ind/L yang meliputi Crustacea, Tracheophyta, dan Rotifera. Pada minggu

kedua diperoleh total indeks keanekaragaman sebesar 3.13756 ind/L yang meliputi

filum Crustacea dan Rotifera. Pada minggu ketiga tidak diperoleh nilai indeks

keanekaragaman adalah 0. Nilai indeks keanekaragaman zooplankton yang

diperoleh selama penelitian berkisar 0-5.26991 hal tersebut menunjukkan bahwa

perairan tersebut memiiki tingkat keanekaragaman yang rendah. Data indeks

keanekaragaman zooplankton dapat dilihat pada Tabel 4.

55

Tabel 4. Data Indeks Keanekaragaman Zooplankton

INDEKS KEANEKARAGAMAN (H') ZOOPLANKTON


1 Crustacea 0.18232 0.04652 0 0.07628

2 Tracheophyta 2.19722 0 0 0.732406667

3 Rotifera 2.89037 3.09104 0 1.993803333

total 5.26991 3.13756 0 2.80249

4.5.3 Indeks Dominansi

A. Fitoplankton

Data indeks dominansi fitoplankton yang diperoleh selama pengamatan

meliputi Divisi Chlorophyta dan Diatom. Nilai rata-rata indeks dominansi fitoplankton

(ind/L) mencapai 0.00822-0. 83962 ind/L. Nilai divisi rata-rata terbesar adalah Divisi

Chlorophyta dengan nilai 0. 83962 ind/L. Sedangkan nilai rata-rata divisi terendah

ialah Divisi Diatom dengan nilai 0.00822 ind/L. Total indeks dominansi fitoplankton

pada minggu pertama yakni sebesar 0.77146 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta

dan Diatom. Total indeks dominansi fitoplankton pada minggu kedua yakni sebesar

0.88927 ind/L yang meliputi Divisi Chlorophyta dan Diatom. Total indeks dominansi

fitoplankton pada minggu ketiga yakni sebesar 0.88282 ind/L yang meliputi Divisi

Chlorophyta dan Diatom. Sedangkan rata-rata total indeks keanekaragaman dari

semua divisi mencapai 0.84785 ind/L. Insafitri (2010) menyatakan bahwa semakin

kecil nilai indeks keanekaragaman (H’) maka indeks keseragaman (e) juga akan

semakin kecil, yang mengisyaratkan adanya dominansi suatu spesies terhadap

spesies lain. Semakin besar nilai indeks dominansi (C), maka semakin besar pula

kecenderungan adanya jenis tertentu yang mendominasi Data Indeks

keanekaragaman fitoplankton dapat dilihat pada Tabel 5.

56

Tabel 5. Data Indeks Dominansi Fitoplankton

INDEKS DOMINANSI (D) FITOPLANKTON


1 Chlorophyta 0.754155125 0.88581 0.87891 0.839625042

2 Diatom 0.017313019 0.00346 0.00391 0.008227673

Total 0.771468144 0.88927 0.88282 0.847852715

Menurut Pamukas (2011), dalam penelitiannya diperoleh hasil bahwa nilai

indeks dominasi berkisar antara 0,13 – 0,52 menunjukkan tidak terdapat fitoplankton

yang mendominasi. Indeks dominasi yang mendekati 1 berarti terdapat organisme

yang dominan dan jika indeks dominasi yang mendekati 0 maka tidak terdapat

organisme yang dominan. Menurut Kilham dan Kilham (1978) dalam Pamukas

(2011), yang menyatakan bahwa setiap jenis fitoplankton mempunyai respon yang

berbeda terhadap perbandingan jenis nutrien yang terlarut dalam badan air. Kondisi

ini menyebabkan komunitas fitoplankton dalam suatu badan air mempunyai struktur

dan dominansi jenis yang berbeda dengan badan air lainnya.

B. Zooplankton

Data indeks dominansi Zooplankton yang diperoleh selama pengamatan

meliputi Filum Crustacea, Tracheophyta dan Rotifera. Nilai rata-rata indeks

dominansi Zooplankton (ind/L) mencapai 0.001718-0.868534 ind/L. Nilai filum rata-

rata terbesar adalah Filum Crustacea dengan nilai 0.868534 ind/L. Sedangkan nilai

rata-rata filum terendah ialah Filum Rotifera dengan nilai 0.001718 ind/L. Pada

minggu pertama diperoleh total indeks dominansi sebesar 0.70987 yang meliputi

filum Crustacea, Tracheophyta, dan Rotifera. Pada minggu kedua diperoleh total

indeks dominansi sebesar 0.91323 ind/L yang meliputi filum Crustacea dan Rotifera.

57

Pada minggu ketiga diperoleh total indeks dominansi sebesar 1 ind/L. Sedangkan

rata-rata indeks dominansi total zooplankton dari semua filum mencapai 0.87436

ind/L. Menurut Yuliana (2014), menjelaskan bahwa nilai D yang mendekati 0 berarti

bahwa di dalam struktur komunitas zooplankton tidak terdapat spesies yang secara

ekstrim mendominasi spesies lainnya, semua jenis zooplankton memiliki

kemampuan dan kesempatan yang sama untuk tumbuh, kondisi struktur komunitas

dalam keadaan stabil, kondisi lingkungan cukup prima, tidak ada bahan pencemar

yang secara akut dapat membahayakan zooplankton dan tidak terjadi tekanan

ekologis (stress) terhadap biota pada habitat bersangkutan. Data indeks

keanekaragaman zooplankton dapat dilihat pada Tabel 6.

Tabel 6. Data Indeks Dominansi Zooplankton

INDEKS DOMINANSI (D) ZOOPLANKTON


1 Crustacea 0.694444 0.91116 1 0.868534667

2 Tracheophyta 0.012345679 0 0 0.004115226

3 Rotifera 0.00308642 0.00207 0 0.001718807

total 0.709876099 0.91323 1 0.8743687

4.6 Status Kualitas Air dan Keberadaan Viral Nervous Necrosis (VNN)

Berdasarkan hasil pengamatan terhadap kualitas air di keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) bahwa nilai yang diperoleh

dari parameter fisika dan kimia masih dalam kisaran yang baik bagi pertumbuhan

dan perkembangan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) dan plankton yang hidup

didalamnya. Namun, kondisi di lapang tidak menunjukkan bahwa ikan kerapu yang

dibudidayakan dalam kondisi yang baik. Hal ini dapat dilihat bahwa sering terjadinya

kematian ikan kerapu. Faktor yang dapat mempengaruhi kematian ikan kerapu yaitu

adanya penyakit seperti virus. Salah satu jenis virus yang dapat menyerang ikan

58

kerapu yaitu Viral Nervous Necrosis (VNN). Keberadaan VNN di perairan

dipengaruhi oleh kondisi lingkungan yaitu parameter fisika-kimia air. Faktor yang

dapat mempengaruhi keberadaan VNN yaitu pH, suhu dan kandungan bahan

organik total. Suhu berperan dalam proses replikasi virus. Semakin banyak virus

yang terdapat dalam perairan dan kemungkinan besar ikan kerapu dapat terinfeksi

oleh VNN. Menurut Shetty et al. (2012), menjelaskan bahwa infeksi betanodavirus

dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu inang seperti usia, faktor lingkungan seperti

suhu air dan faktor lain seperti kualitas air, pakan, padat tebar, serta pemijahan dari

induk yang terinfeksi. Hal ini didukung dengan hasil penelitian dengan uji PCR

bahwa pada organ otak dan mata ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang

menunjukkan hasil positif terinfeksi VNN.

Hasil pengukuran kualitas air terhadap pH, suhu, bahan organik atau TOM

secara berturut-turut yaitu berkisar antara 7.8 – 8.1, 27.5 – 28°C, dan 70,16 – 72,048

mg/L. Menurut OIE (2016), bahwa betanodavirus sangat tahan pada lingkungan

dengan suhu rendah dan dapat bertahan hidup pada air laut dalam kurun waktu

yang lama. Pada suhu 25°C atau suhu tinggi secara signifikan dapat mempengaruhi

infeksi betanodavirus terhadap ikan. Adanya kontaminasi pada lingkungan perairan

diikuti dengan wabah dalam periode yang lama dan ikan yang rentan akan mudah

terinfeksi oleh virus ini. Viral Encephalopathy and Retinopathy (VER) dapat bertahan

hidup pada kondisi lingkungan dengan kondisi pH asam bahkan pada suhu 37°C.

Hal ini didukung oleh pendapat Frerichs et al., (1996) dalam Munday (2003), bahwa

betanodavirus dapat bertahan hidup pada kondisi lingkungan perairan dengan pH

berkisar antara 2 – 9. Sedangkan pada pH 11 – 12 akan menyebabkan inaktivasi

betanodavirus.

59

Hal ini menunjukkan bahwa kondisi kualitas air pada keramba jaring apung

pemeliharaan ikan kerapu tikus menunjukkan bahwa nilai pH termasuk dalam

kondisi asam hingga basa. Keadaan ini tentu akan mendukung kehidupan dan

keberadaan VNN di keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu. Sedangkan

kondisi suhu perairan pada minggu ke-1 sampai ke-3 masih dalam kondisi yang

dapat mendukung proses proliferasi atau replikasi VNN. Hal ini sesuai dengan

Yuasa et al. (2007), bahwa kematian tertinggi ikan akibat betanodavirus terjadi pada

suhu yang tinggi pula. Namun, pada suhu perairan yang lebih dari 31°C akan

menghambat proliferasi dari betanodavirus. Sedangkan adanya virus mempunyai

peranan terhadap kandungan bahan organik di perairan yang dapat dilihat pada

Gambar 22.

Gambar 22. Aliran karbon, nutrien dan energi pada rantai makanan (Sheik, 2012)

Pada Gambar 22 diatas mengambarkan adanya aliran karbon, nutrien dan

energi pada rantai makanan. Fitoplankton menjadi produsen utama yang menyerap

bahan anorganik di perairan serta mengubahnya menjadi bahan organik.

60

Fitoplankton digambarkan dengan warna hijau muda, sedangkan fitoplankton

dengan warna abu-abu menunjukkan biomassa fitoplankton yang mati. Siklus diatas

merupakan siklus mikroba yang menghubungkan antara bakteri, virus dan bahan

organik terlarut. Adanya lisis pada sel fitoplankton akibat infeksi virus akan

meningkatkan ketersediaan bahan organik terlarut (DOM) yang nantinya akan

dimanfaatkan oleh bakteri. Warna hijau tua pada Gambar 22 diilustrasikan dengan

virus alga dalam bentuk agregat yang dapat mempertahankan keberadaan bakteri

dan virus dalam perairan. Tahapan selanjutnya bakteri, agregat dan virus yang

berada di dasar perairan akan dimakan oleh organisme grazer (zooplankton) yang

selanjutnya akan dimakan oleh organisme pada tingkat trofik lebih tinggi misalnya

ikan. Hal ini menunjukkan bahwa virus berperan dalam siklus biogeokimia dan

berkontribusi terhadap ketersediaan bahan organik dalam perairan.

61

5. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan hasil penelitian mengenai analisis plankton pada keramba jaring

apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi Viral

Nervous Necrosis (VNN), maka dapat disimpulkan bahwa :

Plankton yang teridentifikasi terdiri dari jenis fitoplankton dan zooplankton. Pada

jenis fitoplankton yaitu Thalassiosira, Hemiaulus, Chlorogonium, Stigeoclonium,

Nitzschia, Thalassiothrix, Pseudonitzschia, Merismopedia. Sedangkan pada

Zooplankton yaitu Eucalanus, Copilia, Calanus, Eurydice, Pseudocalanus,

Eurytemora, Temora, Naupilus dan Brachionus. Parameter kualitas air yang

terukur seperti suhu, kecerahan, pH, oksigen terlarut, karbondioksida, nitrat,

ortofosfat dan TOM masih mendukung untuk pertumbuhan plankton dan untuk

kegiatan budidaya perikanan serta mendukung keberadaan Viral Nervous

Necrosis (VNN) di keramba jaring apung pemeliharaan ikan kerapu tikus

(Cromileptes altivelis) khususnya untuk parameter suhu, pH dan bahan organik

atau TOM.

Hasil uji PCR terhadap organ mata dan otak positif terinfeksi VNN sedangkan di

saluran pencernaan (lambung dan usus) menunjukkan bahwa plankton negatif

terinfeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) dan diindikasikan penyebaran Viral

Nervous Necrosis (VNN) terjadi bukan karena faktor plankton yang ada di

perairan keramba jaring apung tetapi secara vertical yaitu penyebarannya dari

induk ke larva.

62

5.2 Saran

Berdasarkan hasil penelitian mengenai analisis plankton pada keramba jaring

apung pemeliharaan ikan kerapu tikus (Cromileptes altivelis) yang terinfeksi Viral

Nervous Necrosis (VNN), maka sebaiknya perlu dilakukan penelitian lebih lanjut

mengenai vektor penyebaran VNN melalui uji mtDNA untuk mengetahui darimana

asal usul induk kerapu tersebut.

63

DAFTAR PUSTAKA

Aedi, N. 2010. Pengolahan dan Analisis Data Hasil Penelitian. Bahan Belajar Mandiri Metode Penelitian Pendidikan. Fakultas Ilmu Pendidikan. Universitas Pendidikan Indonesia. Jakarta.

Akbar S & Sudaryanto. 2001. Pembenihan dan pembesaran Kerapu Bebek. Penerbit

Penebar Swadaya. Jakarta. 103 pp. Aktan, Y. dan Aykulu, G. 2003. A Study on the Occurrence of Merismopedia Meyen

(Cyanobacteria) Population on the Littoral Sediments of Izmit Bay (Turkey). Turk. J. Bot. 27 : 277 – 284.

Amelia, N. dan B. Salmet R. 2012. Pengaruh Ekstrak Daun Jambu Biji (Psidium

guajava) Untuk MenginaktifkanViral Nervous Necrosis (VNN) Pada Ikan Kerapu Bebek (Epinephelus fuscoguttatus). Journal Of Aquaculture Management and Technology 1(1): 264-278.

Amiruddin H., K. Ridhlo.D. N. Robianta.2012. Manajemen Induk Ikan Kerapu Tikus

(Cromileptes altivelis) Sebagai Upaya Optimalisasi Produksi Telur Berkualitas. Balai Budidaya Laut Ambon.

Amiruddin H., K. Ridhlo.D. N. Robianta.2012. Manajemen Induk Ikan Kerapu Tikus

(Cromileptes altivelis) Sebagai Upaya Optimalisasi Produksi Telur Berkualitas. Balai Budidaya Laut Ambon.

Antoro, S., E. Widiastuti dan P. Hartono. 1998. Biologi Kerapu Macan. Dalam: Balai

Budidaya Laut Kampung (Eds). Pembenihan Kerapu Macan ( Epinephelus fuscoguttatus). Departemen Pertanian. Direktorat Jendral Perikanan. Balai Budidaya Laut Lampung. Lamoung. Hal 4-18.

APHA (American Public Health Association). 1989. Standard Method for the

Examinition of Water and Waste Water. American Public Health Association. Water Pollution Control Federation. Port City Press. Baltimore, Mariland. 1202 p.

Apridayanti, Eka. 2005. Evaluasi Pengelolaan Lingkungan Perairan Waduk Lahor

Kabupaten Malang, Jawa Timur. Tesis. Universitas Diponegoro. Semarang. Armita, D. 2011. Analisis perbandingan kualitas air di daerah budidaya rumput laut

dengan daerah tidak ada budidaya rumput laut, di Dusun Malelaya, Desa Punaga, Kecamatan Mangarabombang, Kabupaten Takalar. Skripsi. Universitas Hasanuddin. Makassar.

Boyd, C. E. 1982. Water Quality Management for Pond Fish Culture. Amsterdam :

Elsevier Scientific Publishing Company.

64

Bulanin, U. 2003. Perkembangan Larva Ikan Kerapu Bebek, Cromileptes altivelis, Sampai Umur 50 Hari. Fakultas Perikanan Universitas Bung Hatta Padang.

Chi, S. C. 2006. Piscine Nodavirus Infections in Asia. First International Symposium

on Viral Nervous Necrosis of Fish International Conference Center, Hiroshima, November 28 to December 1, 2006.

Dennis. K., Dong J.L., Gun W.B., Hee J.Y., Nam S.S, Hwa Y.Y, Cheol Y.H., Jun

H.P., Se C.P. 206. Detection of Betanodaviruses in Apparenthy Healthy Aquarium Fishes and Invertebretes. Zoonotic Disease Priority Research Institute, and College of Veterinary Medicine. Seoul National University. Seoul 151-742. Korea.

Dwiyanti. 2006. Pengaruh jenis media pelindung yang berbeda terhadap tingkat

kelangsungan hidup benih ikan Kerapu Bebek (Epinephelus fuscogutattus) pada bak terkontrol. Skripsi. Program Studi Manajemen Sumber Daya Perairan. Universitas Haluoleo. Kendari. 125 pp.

Dwiyanti. 2006. Pengaruh jenis media pelindung yang berbeda terhadap tingkat

kelangsungan hidup benih ikan Kerapu Bebek (Epinephelus fuscogutattus) pada bak terkontrol. Skripsi. Program Studi Manajemen Sumber Daya Perairan. Universitas Haluoleo. Kendari. 125 pp.

Erdina, L., A. Ajizah., dan Hardiansyah. 2010. Keanekaragaman dan Kelimpahan

Alga Mikroskopis Pada Daerah Persawahan di Desa Sungai Lumbah Kecamatan Alalak Kabupaten Barito Kuala. Jurnal Wahana-Bio. 3 : 72 – 91.

Fajriani, Nur N. 2011. Polimorfisme Ikan Kerapu Macan (Ephinephelus fuscoguttatus

forsskål) yang Tahan Bakteri Vibrio alginolitycus dan Toleran Salinitas Rendah Serta Salinitas Tinggi.Universitas Hasanudin. Makassar.

Hemmstra, P.H. & Randall, J.E. 1993. FAO Species Catalogue, Vol.16, Groupers of

the world. FAO, Rome 382 P.pl.XXXI. Irianto, A. 2005. Patologi Ikan Teleostei. Cetakan Pertama. Yogyakarta: Gadjah

Mada University Press. Isnansetyo. A, dan Kurniastuty, 1995. Teknik Kultur Phytoplankton dan Zooplankton,

Kanisius, Yogyakarta. Koesharyani I., Zafran and Yuasa, I. 1999. Deteksi Viral Nervous Necrosis (Vnn)

Menggunakan Polymerase Chain Reaction (Pcr) Pada Ikan Kerapu Bebek. Pros.Sem.Nas.Pen. Dis. Tek. Budidaya Laut dan Pantai : 237-240.

Kordi dan Andi. 2005. Pengelolaan Kualitas Air dalam Budidaya Perairan. Rineka

Cipta. Jogjakarta. Kordi K., M.G.H. 2010. Pembenihan Ikan Laut Ekonomis Secara Buatan. Penerbit

Lily Publisher, Yogyakarta. 188 halaman.

65

Kordi M & HK Ghufran. 2004. Penanggulangan hama dan penyakit ikan. Penerbit Rineka Cipta dan Bina Adiaksara. Jakarta. 225 pp.

Kordi M & HK Ghufran. 2005. Budidaya ikan laut di karamba jaring apung. Penerbit Rineka Cipta, Jakarta. 233 pp.

Kordi, G. 2001. Usaha Pembesaran Ikan Kerapu di Tambak. Kanisius. Yogyakarta. Kordi, M. 2001. Usaha Pembesaran Ikan Kerapu di Tambak. Kanisius. Yogyakarta. Kordi, M. 2001. Usaha Pembesaran Ikan Kerapu di Tambak. Kanisius. Yogyakarta. Meritasari, D., R. Jannah, D. Irsalina, Inayah, S. 2010. Eksplorasi Bahan Aktif

Mikroalga Laut Nannochloropsis oculata Sebagai Antibakteri (Penghambat) Vibrio alginolyticus. Universitas Airlannga. Surabaya.

Miranda, S. V., dan Guiry, G.M. 2013. Algaebase. World-Wide Electronic

Publication, National University Of Ireland, Galway. http://www.algaebase.org. Diakses Pada Tanggal 27 April 2016 Pukul 18.42 WIB.

Munday, B. 2003. Viral Encephalopathy and Retinopathy : Disease Strategi Manual.

Indexx Laboratories. East Brisbane. Nakai, T., K. Mori., T. Sugaya., T. Nishioka., And K. Mushiake. 2009. Current

Knowledge on Viral Nervous Necrosis (VNN) and its Causative Betanodaviruses. The Israeli Journal of Aquaculture. 61(3): 198-206.

Nawawi, H. 1983. Metode Penelitian Bidang Sosial. Gajah Mada University Press,

Yogyakarta. Nontji, A., 2002. Laut Nusantara. Pener-bit Djambatan. Jakarta: 59-67. Nybakken, J. W. 1992. Biologi Laut Suatu Pendekatan Ekologis. Alih bahasa H. M.

Eidman, Koesoebiono, D. G. Bengen, M. Hutomo dan S. Sukardjo. PT Gramedia Jakarta. 459 hal.

Pamukas, N. A. 2011. Perkembangan Kelimpahan Fitoplankton dengan Pemberian

Pupuk Organik Cair. Berkala Perikanan Terubuk. 39 (1) : 79 – 90. Prihartini, N. C. 2015. Distribusi dan Analisis Filogenetik RNA Nervous Necrotic

Pada Benih Nila (Orechromis niloticusi). Tesis. Program Pasca Sarjana Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya. Malang.

Putra, S. E. 2008. Alga Laut sebagai Biotarget Industri. www.chem-is-try.org. Randall, John E. Phillip C. Heemstra,.1993. FAO Species Catalogue : Vol. 16.

Groupers Of The World. Food And Agriculture Organization Of The United Nations. Roma.

http://www.algaebase.org/

http://www.chem-is-try.org/

66

Sachlan, M. 1972. Planktonologi. Direktorat Jendral Perikanan. Departemen Pertanian. Jakarta.

Sachlan,M. 1982. Planktonologi. Correspondence Course Centre. Direktorat

Jenderal Perikanan. Departemen Pertanian. Jakarta. Saeni, M. S. 1989. Kimia Lingkungan. PAU-IPB. Bogor. 177 hal Salam. A. 2010. Kelimpahan dan Keanekaragaman Plankton di Area Waduk

Jangari, Bobojong, Cianjur. Skripsi. Program Studi Biologi Fakultas Sains dan teknologi Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah. Jakarta.

Salmin. 2005. Oksigen Terlarut (DO) dan Kebutuhan Oksigen Biologi (BOD) Sebagai

Salah Satu Indikator untuk Menentukan Kualitas Perairan. ISSN 30 (30). Sari, E.P., F. Y. Khodijah, dan N. William. 2013. Keanekaragaman Plankton di

Kawasan Perairan Teluk Bakau Riau. Jurnal Tugas Akhir Universitas Maritim Raja Ali Haji : 36 – 46.

Scholz, B. dan dan Liebezeit, G. 2012. Compatible Solutes in Three Marine

Intertidal Microphytobenthic Wadden Sea Diatoms Sea Diatoms Exposed to Different Salinities. European Journal of Phycology. 47 (4) : 393 – 407.

Sheik, A. R. 2012. Viral Regulation of Nutrient Assimilation by Alga and Prokaryotes.

Disertation zur Erlangung des. Der Universitat Bremen. Shetty, M., B. Maiti., K. S. Santhosh., M. N. Venugopal., dan i. Karunasagar. 2012.

Betanodavirus of Marine and Freshwater Fish : Distribution, Genomic Organization, Diagnosis and Control Measures. Indian Journal Virol. 23 (2) : 114 – 123.

Smida, D. B., N. Lundholm., W. H. C. F Kooistra., I. Sahraoui., M. V. Ruggiero, Y.

Kotaki., M. Ellegaard., C. Lambert., H. H. Mabrouk dan A. S. Hlaili. 2014. Morphology and molecular phylogeny of Nitzschia bizertensis sp. nov.—A new domoic acid-producer. Journal of Harmful Algae. 32 : 49 – 63.

Sudaryatma P.E, Artanti T.L, Ni L.S, Ketut S.W, Sulis N.H, dan Didik S. 2012.

Imunositokimia Streptavidin Biotin: Deteksi Dini Viral Nervous Necrosis Virus pada Lendir Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus) Immunocytochemistry Streptavidin Biotin: Early Detection of Viral Nervous Necrosis Virus in the mucous of the Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus). JURNAL SAIN VETERINER.

Sudaryatma P.E, Artanti T.Li, Ni L.S, Ketut S.W, Sulis N.H, dan Didik S. 2012.

Imunositokimia Streptavidin Biotin: Deteksi Dini Viral Nervous Necrosis Virus pada Lendir Ikan Kerapu Macan (Epinephelus fuscoguttatus). JURNAL SAIN VETERINER ISSN : 0126 – 0421. JSV 30 (1)

67

Sugama K. 2001. Petunjuk Teknis Produksi Benih Ikan Kerapu Bebek, Cromileptes altivelis. Balai Riset Budidaya Laut Gondol, Pusat Riset dan Pengembangan Laut dan Perikanan Departemen Perikanan dan Kelautan. Bali.

Sugama, K., Tridjoko, B. Slamet, S. Ismi, E. Setadi, dan S. Kawahara. 2001.

Petunjuk teknis produksi benih ikan kerapu bebek, Cromileptes altivelis. BBRPBL, Pusris., DKP dan JICA.

Sumich, J. L. 1992. Introduction to the Biology of Marine Life. 5th Edition. WCB, Wm.

C. Brown Publishers, USA. 348 p. Sutamihardja, R. T. M. 1978. Kualitas dan Pencemaran Lingkungan. Fakultas

Pascasarjana Institut Pertanian Bogor. 92 hal. Thiery, R., J. Cozien, J. Cabon, F. Lamour, M. Baud, and A. Schneemann. 2006.

Induction of a Protective Immune Response Against Viral Nervous Necrosis in the European Sea Bass Dicentrarchus labrax by Using Betanodavirus Virus-Like Particles. Journal of Virology, Vol. 80, No. 20, p. 10201–10207.

Tiskiantoro F. 2006. Analisis kesesuaian lokasi budi daya keramba jaring apung

dengan aplikasi sistem informasi geografis di Pulau Karimunjawa dan Pulau Kemujan. Tesis. Program Pascasarjana Universitas Diponegoro, Semarang. 212 pp.

Utami, D. 2001. Pengaruh Pemupukan Lanjutan Terhadap Sintasan dan Laju

Pertumbuhan Benih Ikan Mas (Cyprinus carpio) Pada Pendederan Pertama. Skripsi. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Wagner, C. 2013. Indiana’s Cyanobacteria Monitoring Program. Indiana Department

of Enviromental Management. Wandansari, N. D. 2013. PERLAKUAN AKUNTANSI ATAS PPH PASAL 21 PADA

PT. ARTHA PRIMA FINANCE KOTAMOBAGU. Fakultas Ekonomi. Universitas Sam Ratulangi Manado. Manado.

Yuasa, K., I. Koesharyani dan K. Mahardika. 2007. Effect of Higher Water

Temperature on Betanodavirus Infection of Fingerling Humpback Grouper Cromileptes altivelis. Journal of Fish Pathology. 42 : 219 – 221.

Zuhriana K.Yusuf. 2010. POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR). Jurusan

Kesehatan Masyarakat FIKK. Gorontalo

analisis plankton pada keramba jaring apung...

Documents