6. bab 3
DESCRIPTION
isolasi DNATRANSCRIPT
-
5
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Jenis Penelitian
Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif untuk
melanjutkan isolasi sekuen gen Pun1 pada Capsicum frutescens cv Cakra Hijau.
3.2 Objek Penelitian
Objek penelitian adalah daun Capsicum frutescens cv. Cakra Hijau yang
diperoleh dari Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Karangploso,
Malang.
3.3 Prosedur Kerja
Penelitian yang kami lakukan menggunakan teknik PCR (Polymerase
Chain Reaction). Tahapan kerja dalam penelitian ini adalah:
1. Isolasi DNA total (total genome) menggunakan DNA isolation kit (Plant)
Geneaid .
2. Pengukuran konsentrasi DNA yang diperoleh, menggunakan spektrofotometer
Nano Drop UV-Vis 2000. Kalibrasi menggunakan buffer EB dari kit isolasi
tumbuhan sebagai pelarut stok DNA.
3. PCR (Polymerase Chain Reaction) menggunakan primer forward dan reverse
yang telah didesain sebelumnya.
4. Elektroforesis untuk pengecekan hasil amplifikasi PCR, dengan gel agarose
2%. Elektroforesis dilakukan 30 menit pada 100 mVolt. Hasil elektroforesis
kemudian dilihat pada UV Transilluminator.
5. Sekuensing untuk mengetahui sekuen gen Pun1, dengan DNA sekuenser
otomatis di Eijkman Institute for Molecular (Lembaga Biologi Molekular
Eijkman), Jakarta.
6. Analisis, dilakukan secara deskriptif dengan program Peak Trace untuk
membersihkan hasil sekuensing, DNA Baser untuk memperoleh consensus
sequence, BLAST untuk alignment, dan ClustalX untuk menganalisis sekuen
gen yang diperoleh.