KLASIFIKASI VIRUS

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme

biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi

dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan

selular untuk bereproduksi sendiri. Dalam sel inang, virus merupakan parasit obligat

dan di luar inangnya menjadi tak berdaya. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil

asam nukleat yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein,

lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein

yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam

daur hidupnya.

Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel

eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara

istilah bakteriofag atau fag digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel

prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).

Gambar 1: Virus dan Morfologi Virus

Klasifikasi virus

Menurut klasifikasi Bergey, virus termasuk ke dalam divisio Protophyta, kelas

Mikrotatobiotes dan ordo Virales (Virus). Pada tahun 1976 ICTV (International

Commite on Taxonomy of Virus) mempublikasikan bahwa virus diklasifikasikan

struktur dan komposisi tubuh, yakni berdasarkan kandungan asam. Pada dasarnya

virus dibedakan atas dua golongan yaitu virus DNA dan virus RNA.

Menurut Jawetz, dkk (2005) sifat dasar yang digunakan dalam klasifikasi

virus adalah :

a. Jenis asam nukleat, DNA atau RNA; beruntai tunggal atau ganda

b. Ukuran dan morfologi, termasuk tipe simetris, jumlah kapsomer dan dan

adanya selaput (envelope)

c. Adanya enzim-enzim spesifik terutama polimerase RNA dan DNA yang

penting dalam proses replikasi gen, dan neurominidase yang penting untuk

pelepasan partikel virus tertentu (misal influenza) dari sel-sel yang

membentuknya

d. Kepekaan terhadap zat kimia dan keadaan fisik, terutama eter

e. Sifat-sifat imunologik

f. Cara-cara penyebaran alamiah

g. Patologi

h. Gejala-gejala yang ditimbulkannya

1. Kalsifikasi Virus Berdasarkan kandungan Asam Nukleatnya

Berdasarkan asam nukleatnya, virus diklasifikasikan menjadi dua antara lain:

a. Ribovirus (virus RNA), yaitu virus yang asam nukleatnya berupa RNA

Togavirus (penyebab demam kuning dan ensefalitis)

Beberapa arbovirus utama yang pathogen terhadap manusia disebut

virus alfa, baik virus toga maupun virus rubella termasuk dalam kelompok ini.

Mereka mempunyai amplop yang mengandung lipid dan sensitive terhadap

ether, genom untai tunggal, RNA positif-sense berukuran 9,7-11,8 kb. Ukuran

amplop virion sebesar 50-70 nm. Partikel virus matur dengan cara pertunasan

dari membrane sel inang. Contohnya virus enchepalitis equine timur. Virus

rubella tidak mempunyai vector anthropoda.

Astrovirus

Ukuran sama dengan piconavirus (28-30 nm) tetapi partikelnya

mungkin menunjukkan gambaran garis luar seperti bentuk bintang tertentu

pada permukaannya. Genom linier , postif sense, RNA untai tunggal ukuran

7,2-7,9 kb. Agen ini mungkin penyebab gastroenteritis pada manusia dan

binatang( Jawetz, dkk. 2005).

Calcivirus

Ukuran sama dengan piconavirus tetapi agak sedikit lebih besar (27-38

nm). Partikel kelihatnnya mempunyai depresi bentuk piala pada

permukaannya. Genom RNA untai tunggal berukuran 7,4-7,7 kb, positif-

sense. Virion tidak mempunyai amplop. Virus pathogen terhadap manusia

yang penting adalah Virus Nowarlk, virus ini menyebabkan gastroenteritis

akut epidemic dan Hepatitis E virus. agen lainnya menginfeksi tikus, singa

laut, dan primata( Jawetz, dkk. 2005).

Reovirus

Ukuran medium (60-80 nm), resisten terhadap ether, non amplop dan

mempunyai tangkup berbentuk icosahedral. Partikel mempunyai 2 atau 3

mantel protein dan saluran memanjang dari permukaan sampai inti, rampbut

pendek, menjuntai dari permukaan virion. Genom linier untai ganda, RNA

bersegmen berukuran total 16-27 kbp. Ukuran segmen RNA secara individual

anta 680-3900 bp. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma. pemisahan kembali

segmen genom terjadi secara cepat. Reovirus manusia termasuk rotavirus

yang mempunyai gambaran bentuk roda gigi tertentu menyebabkan

gastroenteritis. Reovirus yang secara antigen sama, menginfeksi beberapa

binatang. Genus Coltivirus termasuk virus demam sengkenit. Colorado adalah

virus manusia ( Jawetz, dkk. 2005).

Arbovirus

Suatu kelompok ekologik virus (bukan family virus) mempunyai sifat-

sifat fisik dan kimia yang berbeda-beda. Semua virus ini (lebih dari 350)

mempunyai siklus kompleks melibatkan arthropoda sebagai vektor yang

memindahkan virus ke inang bertulang belakang (vertebrata) dengan cara

menggigit. Replikasi virus rupanya tidak melukai arthropoda yang

diinfeksinya. Arbovirus menginfeksi manusia, mamalia, burung dan ular serta

menggunakan nyamuk dan sengkenit (ticks) sebagai vektor. Patogen manusia

diantaranya virus dengue, yellow fever, ensefalitis dan lainnya. Arbovirus

mempunyai bermacam-macam family virus yang meliputi Reo-, Toga-,

Bunya-, Rhabdo-, dan Arenavirus( Jawetz, dkk. 2005).

Flavivirus

Diameter amplop virus 45-60 nm, mengandung RNA untai tunggal,

positif-sense. Ukuran genom bervariasi dari 9,5 kb ( hepatitis C ) sampai

10,7kb (flavivirus) dam ada yang sampai 12,5 kb (pestivirus). Virion matur

mengumpul di dalam cisterna reticulum endoplasma. Termasuk dalam

kelompok arbovirus adalah yellow fever dan virus dengue. kebanyakan dari

mereka ditularkan melalui arthropoda yang menghisap darah. Virus Hepatitis

C tidak mempunyai vektor( Jawetz, dkk. 2005).

Coronavirus

Virus mempunyai amplop (terbungkus), ukuran 80-220 nm, partikel

berisi genom positif-sense tak bersegmen, RNA untai tunggal berukuran 20-

30 kb, nukleokapsid heliks dengan diameter 10-20 nm. Coronavirus mirip

orthomyxovirus tetapi mempunyai proyeksi permukaan berbentuk daun bunga

yang tersusun dalam rumabi-rumbai seperti corona matahari (lingkaran

cahaya seputar matahari). Nukleokapsid coronavirus tumbuh di dalam

sitoplasma dan matang melalui pertunasan kemudian masuk ke dalam vesikel

sitoplasmik. Virus ini mempunyai rentang inang yang pendek. Coronavirus

pada manusia menyebabkan penyakit infeksi saluran pernapasan atas akut

yang disebut colds (salesma). Torovirus yang menyebabkan gastroenteritis

adalah sebuah genus yang berbeda/tersendiri. Coronavirus dari binatang

secara cepat menyebabkan infeksi persisten yang meliputi hepatitis virus

pada tikus dan virus bronchitis ungags yang infeksius( Jawetz, dkk. 2005).

Arenavirus (penyebab meningitis)

ukuran amplop virus antara 50-300 nm. Genom bersegmen, RNA

sirkuler untai tunggal negative-sense dan ambisense dengan ukuran total 10-

14 kb. Replikasi terjadi di dalam sitoplasma dengan perakitan melalui

pertunasan pada membrane plasma. Virion menyatu dengan ribosom sel inang

selama maturasi, yang memberikan gambaran partikel berpasir. Semua

arenavirus yang patogenik terhadap manusia menyebabkan infeksi kronis

pada binatang pengerat (rodensia). Salah satu contohnya adalah virus demam

Lassa dari Amerika. Virus ini memerlukan kondisi penyimpanan yang

maksimum pada laboratorium.

Picornavirus (penyebab polio)

Berukuran kecil (28-30 nm), virus ini resisten dengan ether, tangkup

berbentukkubus. Genom RNA untai tunggal dan positif-sense yaitu dapat

melayani sebagai suatu mRNA, ukuran 7,2-8,4 kb. Kelompok virus yang

menginfeksi manusia adalah enterovirus (polio-coxsackie dan echovirus serta

virus yang tidak tergolongkan), rhinovirus (lebih dari 100 serotipe yang

menyebabkan influenza (common cold) dan hepatovirus (hepatitis A).

rhinovirus bersifat labil terhadapa asam dan mempunyai densitas kuat.

Entervirus bersifat stabil terhadap asam dan densitasnya rendah. Picornavirus

menginfeksi binatang termasuk penyakit kaki dan mulut pada sapid an

ensefalomyocarditis pada tikus.

Retrovirus

Berbentuk spheris ( berbentuk bola) , virus beramplop ( diameter 80 -100

nm) berasal dari genom yang berisi 2 RNA linier, positif – sense, untai tunggal

dari polaritas yang sama sebagai mRNA virus. Setiap monomer RNA berukuran

7 – 11 kb. Partikel berisi nukleokapsid helix didalam kapsid ichosahedral.

Replikasinya unik. Virion berisi suatu enzim reversetranskriptase yang

menghasilkan tiruan DNA dari genom RNA. DNA ini bersikulasi dan bersatu

ke dalam kromosom DNA inang. Virus kemudian direplikasi dari turunan DNA

provirus yang terintegrasi. Rangkaian virion terjadi dengan cara pertunasan

pada membrane plasma. Inang tetap terinfreksi secara kronis. Retrovbirus

tersebar luas; ada juga provirus endogen yang dihasilkan dari infeksi kuno dari

sel germ yanhg ditularkan sebagai warisan gen pada kebanyakan spesies.

Termasuk dalam kelompok ini yaitu virus leukemia dan sarcoma pada manusia

dan binmatang, virus seperti busa pada primate dan lentivirus (virus

immunodefisiensi pada manusia: visna dari domba). Retrovirus menyebabkan

AIDS dan memungkinkan identifikasi onkogen seluler.

Bunyavirus

Berbentuk bualat atau pleomorfik. Partikel beramplop dengan ukuran

80-120 nm. Genom terbuat dari RNA segmen lipat tiga, sirkuler, untai tunggal

dengan negatif sense atau ambisense, secara keseluruhan berukuran 11-21 kb.

Partikel virion berisi tiga nuklokapsod sirkuler, bentuk tangkup heliks dengan

diameter kira-kira 2,5 nm dengan panjang 200-3000 nm. Replikasi terjadi di

dalam sitoplasma dan amplop diperoleh melalui pertunasan ke dalam golgi.

Virus ini ditularkan kepada vertebrata oleh Arthropoda atau Arbovirus.

Hantavirus tidak ditularkan oleh Arthropoda tetapi oleh Rodensia atau binatang

pengerat yang mengalami infeksi persisten, melalui aerosol dari ekskret yang

terkontaminasi. Jenis ini menyebabkan demam berdarah dan nefropati dan juga

menyebabkan sindrom paru-paru berat.

Orthomyxovirus

Ukuran medium 80-120 nm, virus terbungkus (beramplop),

menunjukkan tangkup berbentuk heliks. Partikelnya bisa bulat atau serabut

(filamentosa), dengan proyeksi permukaan yang mengandung aktivitas

hemaaglutinin atau neuroaminidase. Genom RNA linier, bersegmen untai

tunggal negatif sense berukuran total 10-13,6 kb. Segmen setiap nukleotida

berkisar antara 900-2350 nm. Nukleoprotein heliks internal berukuran 9-15 nm.

Selama replikasi, nukleokapsid terangkai di dalam nukleus, sementara

hemaaglutinin dan neurominidase terkumpul di dalam sitoplasma. Virus

menjadi matang melalui pertunasan pada membran sel. Semua Orhomyxovirus

adalah virus influenza yang menginfeksi manusia atau binatang. Sifat genom

virus yang bersegmen memungkinkan pemisaham genetik secara cepat ketika

virus influenza menginfiltrasi sel yang sakit, agaknya dapat memelihara angka

variasi natural yang tinggi di antara virus influenza. Penularan dari spesies lain

menjelaskan timbulnya strain pandemi virus influenza A baru pada manusia .

Paramyxovirus

Sama dengan Orthomyxovirus, namun sedikit lebih besar (150-300 nm).

Partikel pleumorfik. Nukleokapsid internal berukuran 13-18 nm, dan RNA

linier, untai tunggal, negatif sense, tidak bersegmen, berukuran 16-20 kb. Baik

nukleokapsid maupun hemaaglutinin dibentuk di dalam sitoplasma. Virus yang

menginfeksi manusia meliputi virus-virus mumps ata (gondong), measles

(campak), parainfluenza, dan sinsitium pernapasan. Virus ini mempunyai

rentang inang yang sempit. Berbeda dengan virus influenza, Paramyxovirus

lebih stabil secara genetik.

Rhabdhovirus

Virion berbentuk mirip dengan peluru yaitu datar pada satu sisi dan sisi

lainnya bulat, terbungkus (beramplop) dengan ukuran 75x180 nm. Bungkus

(amplop) mempunya rambut berukuran 10 nm. Genom RNA linier, negatif

sense, untai tunggal dan tidak bersegmen dengan ukuran 13-16 kb. Partikel-

partikelnya dibentuk melalui pertunasan dari membran sel. Virus ini

mempunyai rentang inang yang luas. Virus rabies termasuk salah satu dari

kelompok ini.

Bornavirus

Terbungkus (beramplop), virus berbentuk spheris (0-125 nm). Genom

RNA linier, negatif sense, untai tunggal tidak bersegmen, dengan ukuran 8,5-

10,5 kb. Virus ini unik di antara virus-virus yang mempunyai RNA negatif

sense yaitu replikasi dan transkripsi genom viral terjadi di dalam nukleus. Virus

penyakit borna bersifat neurotropik dan dapat menyebabkan gangguan

neuropsikiatri pada menusia.

Filovirus

Berbentuk pleomorfik terbungkus (beramplop) dan mungkin bisa

tampak sangat panjang mirip dengan benang. Ciri khasnya adalah lebar 80 nm

dan panjang kira-kira 1000 nm. Bungkus (amplop) berisi peplomer besar.

Genom RNA linier, negatif sense, untai tunggal dengan ukuran 19,1 kb. Virus

Ebola dan Marburg menyebabkan demam berdarah berat di Afrika. Virus ini

memerlukan kondisi penyimpanan maksimum (biosafety derajat 4) untuk

penanganannya.

Virus – virus yang lain

Informasi tidak cukup untuk memungkinkan klasifikasi. Ini dipakai

terhadap agen yang menimbulkan beberapa penyakit virus yang lambat atau

tidak sesuai dengan adat kebiasaannya , meliputi gangguan neurologic

degenerative seperti penyakit kuru atau Creutzfeldt-Jakob atau scrapie of

sheep serta pada beberapa virus gastroenteritis

Viroids ( menyerupai virus )

Agen infeksius kecil yang menyebabkan penyakit tanaman. Viroid

adalah agen yang tidak sesuai sebagai definisi virus klasik. Asam nukleatnya

tanpa mantel protein ( BM 70.000 – 120.000 ). Viroid tanaman memiliki

molekul RNA untai tunggal, sirkuler tertutup secara kovalen, terdiri dari kira –

kira 360 nukleotid yang mengisi struktur basa berpasangan seperti tongkat yang

tinggi. Viroid melakukan replikasi secara keseluruhan dengan mekanisme baru,

yaitu RNA viroid tidak mengkodekan beberapa hasil protein; penyakit yang

membinasakan tanaman yang disebabkan oleh viroid terjadi dengan mekanisme

yang tidak diketahui. Sampai hari ini, viroid telah dideteksi hanya pada tanaman

dan tidak seorangpun yang dapat menunjukan viroid ada pada manusia atau

binatang.

Gambar 2: Virus – Virus RNA

b. Deoksiribovirus (virus DNA), yaitu virus yang asam nukleatnya berupa

DNA.

Parvovirus

Virus ini sangat kecil, ukuran partikelnya kira-kira 18-26 nm. Partikel-

partikelnya mempunyai tangkup berbentuk kubus, dengan 32 kapsomer tetapi

tidak mempunyai amplop. Genom linier, DNA nya untai tunggal dengan ukuran

5,6 kb. Replikasi hanya terjadi pada sel yang aktif membelah. Kapsid

mengumpul di dalam nukleus sel yang diinfeksi. Beberapa parvovirus

melakuakn replikasi secara autonom tetapi virus satelit adenoassosiated tidak

sempurna, sehingga memerlukan replikasi di dalam sel erithroid immatur dan

menyebabkan efek yang berat yaitu meliputi krisis aplastik, fifth disease dan

kematian janin ( Jawetz, dkk. 2005).

Papovavirus

Ukurannya kecil (45-55 nm), non amplop, stabil terhadap panas, virus ini

resisten terhadap eter dengan tangkup berbentuk kubus dan mempunyai 72

kapsomer. Genomnya sirkuler dengan DNA untai ganda berukuran 5 kbp

(polivirus) atau 8 kbp ( papilomavirus). Virus ini mempuyai siklus pertumbuhan

yang lambat, menstimulasi sintesa DNA sel dan replikasinya dalam nukleus.

Papovavirus manusia yang diketahui adalah virus papiloma (kutil) jumlahnya

lebih dari 70 jenis dan virus diisolasi dari jatingan otak pasien leukoensefalofati

multifokal progresif atau dari urin penerima transplantasi yang menderita

imunosupresi. Kebanyakan spesies binatang memberi tempat perlindungan satu

atau lebih polimavirus dan pappilomavirus. Virus papova menyebabkan infeksi

kronis yang bersifat laten pada inang alamiahnya dan semua dapat menginduksi

tumor pada beberapa jenis binatang. Pappilomavirus merupakan faktor

penyebab kanker genital pada manusia ( Jawetz, dkk. 2005).

Adenovirus

Berukuran medium (80-110 nm), virus non amplop dengan tangkup

berbentuk kubus dan mempunyai 252 kapsomer. Serabut-serabut menonjol dari

puncak kapsomer. Genomnya linier denagn DNA untai ganda berukuran 36-38

kbp. Replikasi terjadi di dalam nukleus. Semua contoh pembelahan

menghasilkan mRNA. Sedikitnya 47 jenis yang menginfeksi manusia khusunya

di dalam membran mukosa dan beberapa jenis dapat selalu ada di dalam

jaringan limfoid. Beberapa adenovirus menyebabkan penyakit pernafasan akut,

konjungtivitas dan gastroentritis. Beberapa adenovirus menyebabkan tumor

pada hamster baru lahir dan serotif yang mnenginfeksi binatang ( Jawetz, dkk.

2005).

Virus Herves

Merupakan keluarga virus besar dengan diameter sebesar 150-200 nm.

Diameter nukleokapsidnya sebesar 100 nm dengan tangkup berbentuk kubus

dan mempunyai 162 kapsomer serta dikelilingi oleh amplop yang mengandung

protein. Genom linier dengan DNA untai ganda berukuran 124-235 kbp.

Munculnya deretan termian dan internal yang berulang merupakan hasil dalam

pembentukan beberapa isomer dari genom DNA. Virion megandung lebih dari

30 protein. Infeksi laten mungkin bisa berlangsung sepanjang hidup inang,

biasanya di dalam sel ganglia laten mungkin bisa berlangsung disepanjang

hidup inang, biasanya di dalam sel gangglia atau di dalamsel limfoblastoid.

Virus herpes manusia meliputi herpes simplek tipe 1 dan 2, virus varicella

zooster (ruam saraf dan cacar air/chiken pox), cytomegalovirus, virus Epstein

Barr ( mononukleusis infeksius dan penyebab neoplasma manusia), virus herpes

manusia 6 dan 7 ( T limpotrofik) dan virus herpes manusia 8 (penyebab

sarkoma kaposi). Virus herpes yang lain bisa terjadi pada beberapa binatang

( Jawetz, dkk. 2005).

Virus Vox

Ukurannya besar berbentuk batu bata atau bulat telur, panjang 220-450 nm

X lebar 140-260 nm X tebal 140-260 nm. Struktur partikelnya komplek dengan

amplop yang mengadung lipid. Genom linier, tertutup secara kovalen, DNA

untai ganda berukuran 130-375 kbp. Partikel virus Pox mengandung kurang

lebih 100 protein, termasuk beberapa aktivitas enzimatiknya, seperti pada DNA-

dependen RNA polimerase. Keseluruhan proses replikasi terjadi di dalam

sitoplasma sel. Semua virus pox cenderung dapat menyebabkan lesi kulit. Ada

beberapa yang patogen manusia, sedangkan lainnya bisa patogen terhadap

binatang dan juga bisa menginfeksi manusia ( Jawetz, dkk. 2005).

Hepadnavirus

Berukuran kecil (40-48 nm), mempunyai molekul DNA untai ganda

sirkuler berukuran 3,2 kbp. DNA virus dalam partikel mengandung celah untai

tunggal yang besar. Virion yang membawa DNA polimerase bisa membuat

molekul untai ganda yang penuh. Replikasi berperan dalam perbaikan celah

untai tunggal dalam DNA, transkripsi RNA dan reversi transkripsi RNA untuk

membuat genom DNA. Protein permukaan secara karakteristik banyak

dihasilkan selama proses replikasi virus yang terjadi di hati kemudian masuk

mengikuti aliran darah. Hepadvirus menyebabkan hepatitis akut dan kronis

yaitu infeksi persisten yang menimbulkan risiko tinggi terhadap perkembangan

kanker hati. Ada tiga virus yang dapat menginfeksi mamalia ( manusia,

woodchuck, tupai tanah) dan lainnya menginfeksi bebek ( Jawetz, dkk. 2005).

Gambar 3: Virus –Virus DNA

2. Klasifikasi Virus Berdasarkan Bentuk Dasarnya

a. Ikosahedral : bentuk tata ruang yang dibatasi oleh 20 segitiga sama sisi dengan

sumbu rotasi ganda. Contoh virus polio dan adenovirus.

b. Virus bentuk helikal: menyerupai batang panjang, nukleokapsidnya tidak kaku,

berbentuk heliks, dan memiliki satu sumbu rotasi. Pada bagian atas terlihat

RNA virus dengan kapsomer, misal virus influenza dan TMV.

c. Virus bentuk kompleks : Struktur yang amat kompleks dan pada umumnya

lebih lengkap dibanding dengan virus lainnya. Contoh poxvirus (virus cacar)

yang mempunyai selubung yang menyelubungi asam nukleat.

3. Berdasarkan Keberadaan Selubung yang Melapisi Nukleokapsid,

Berdasarkan Keberadaan Selubung yang Melapisi Nukleokapsid virus dibedakan

menjadi dua:

a. Virus berselubung, mempunyai selubung yang tersusun dari lipoprotein atau

glikoprotein. Contoh poxvirus, herpesvirus, orthomyxovirus, paramyxovirus,

rhabdovirus, togavirus, dan retrovirus.

b. Virus telanjang. Nukleokapsid tidak diselubungi oleh lapisan yang lain. Contoh

Adenoviruses, Papovaviruses, Picornaviruses, dan Reoviruses.

4. Berdasarkan Jumlah Kapsomernya

Berdasarkan jumlah kapsomernya virus diklasifikasikan sebagai berikut.

a. Virus dengan 252 kapsomer, contoh adenovirus.

b. Virus dengan 162 kapsomer, contoh herpesvirus.

c. Virus dengan 72 kapsomer, contoh papovavirus.

d. Virus dengan 60 kapsomer, contoh picornavirus.

e. Virus dengan 32 kapsomer, contoh parvovirus

5. Berdasarkan Sel Inangnya

Berdasarkan sel inangnya, virus diklasifikasikan sebagai berikut.

a. Virus yang menyerang manusia, contoh HIV.

b. Virus yang menyerang hewan, contoh rabies.

c. Virus yang menyerang tumbuhan, contoh TMV.

d. Virus yang menyerang bakteri, contoh virus T.

DAFTAR PUSTAKA

Jawetz, Melnick, & Adelberg’s . penerjemah : Nani Widorini . 2005 . Mikrobiologi

Kedokteran . Jakarta : Salemba Medika