TUGAS PORTOFOLIO DIAGNOSTIK MOLEKULER

OlehImam Adi NugrohoNIM 122010101077

FAKULTAS KEDOKTERANUNIVERSITAS JEMBER

2015

Tugas Ujian Portofolio Diagnostik Molekular

1. Carilah sebuah artikel berupa kasus yang melibatkan teknik-teknik molekular, kemudian

ulas sesuai dengan keilmuan anda!

2. Diketahui bahwa penyebab demam berdarah adalah virus dengue. Ada beberapa macam

virus dengue. Bagaimana caranya kah agar kita bisa membedakan tipe-tipe virus dengue yang

menginfeksi seseorang. Tahapan apa saja yang perlu dilakukan?

1. Penggunaan Pemeriksaan DNA untuk Mengungkap Pelaku Pembunuhan Bocah dalam Kardus di Kalideres Jakarta Selatan.

Seorang gadis ditemukan tewas dalam kardus di daerah Kalideres Jakarta Selatan pada Jumat, 2 Oktober 2015 malam. Gadis tersebut diduga merupakan korban pembunuhan karena mayat ditemukan dalam keadaan tragis dan keadaan terikat di dalam kardus. Polisi kemudian melakukan penyelidikan untuk mengetahui pelaku dan identitas korban. Setelah dilakukan penyelidikan, diketahui bahwa korban bernama Putri Nur Fauzia siswa SD berusia 9 tahun. Penyelidikan berlanjut dengan olah tempat kejadian perkara. Hasilnya, ditemukan sebuah kaus kaki yang diidentifikasi milik korban dan ditemukan bercak darah pada kaus kaki tersebut. Barang bukti yang ditemukan kemudian dikirim ke Laboratorium Forensik Polri untuk melakukan pemeriksaan.

Penyelidikan berkembang dengan ditemukannya bukti CCTV yang diperoleh dari kamera sekitar, namun tidak dapat mengungkap pelaku karena gambar tidak jelas. Polisi kemudian membentuk satuan tugas untuk menyisir daerah sekitar rumah korban dan tempat kejadian perkara. Penyisiran menemukan beberapa saksi dan penyelidikan berhasil mengerucutkan tersangka pada seorang berinisial “A”. Saksi “A” dicurigai menjadi pembunuh karena ia memberikan keterangan berbelit-belit. “A” diketahui memiliki kecenderungan seksual yang menyimpang setelah tim satuan tugas menemukan 13 saksi anak yang mengaku pernah dilecehkan. Keterangan 13 saksi juga menyebutkan tersangka “A” pernah menyekap anak “T” untuk diciumi dan dicabuli. Sehingga saksi “A” ditahan sebagai tersangka pada kasus pencabulan terhadap anak “T”.

Fakta-fakta yang ditemukan dalam penyelidikan terus mengarah pada saksi “A” sebagai pembunuh Putri Nur Fauzia. Polisi memutuskan menggeledah rumah “A” untuk mencari bukti lebih lanjut untuk menetapkan tersangka. Pemeriksaan dilakukan di rumah “A” dan menemukan bercak darah di bedengan rumah “A”. bercak darah kemudian dikirim ke laboratorium forensik Polri untuk mengetahui identitas darah tersebut. Pemeriksaan DNA Laboratorium Forensik Polri menyatakan bahwa bercak darah yang terdapat di kaus kaki korban dan bedengan darah dari saksi “A”. Pemeriksaan otopsi yang dilakukan menemukan bekas sperma yang diidentifikasi sebagai sperma tersangka “A”. Berdasarkan bukti dan fakta yang didapatkan dilapangan, polisi menetapkan “A” sebagai tersangka pembunuh Putri Nur Fauzia.

Dalam kasus pembunuhan Putri Nur Fauzia, tidak diragukan bahwa pemeriksaan DNA menjadi salah satu bukti yang menguatkan untuk penetapan “A” sebagai tersangka. Pemeriksaan DNA menjadi bukti penting karena di tempat kejadian perkara tidak ditemukan bukti yang mengarah pada identitas pelaku. Selain itu, tidak ditemukan saksi yang benar-benar melihat proses pembunuhan Putri Nur Fauzia. Sehingga, pelaku sulit diketahui apabila hanya menggunakan penyelidikan yang berdasar keterangan dari saksi dan barang bukti yang ditemukan di lapangan.

Pemeriksaan DNA sebagai alat bukti kejahatan memerlukan beberapa langkah sehingga sampel yang ditemukan di lapangan bisa dianalisa sebagai bukti. Langkah pertama yang dilakukan adalah mengekstraksi DNA dari sampel. DNA yang berhasil diekstraksi

kemudian diperbanyak jumlahnya dengan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Sampel DNA dari tempat kejadian perkara kemudian dipisahkan, dibandingkan, dan dicocokkan dengan DNA calon tersangka menggunakan metode gel elektoforesis. Berikut ini adalah penjelasan dari langkah-langkah pemeriksaan DNA pada suatu kasus kejahatan:

Pengambilan sampel di tempat kejadian perkaraSampel yang diambil adalah cairan biologis atau material yang mengandung DNA yang terdapat di tempat kejadian perkara. Sampel dapat berupa bercak darah, sperma, atau rambut. DNA kemudian diekstraksi dari sampel untuk diolah pada proses PCR. Metode ekstraksi yang sering digunakan adalah metode Chelex (merk dagang Chelex). Metode Chelex digunakan karena merupakan metode yang mudah, cepat dan dapat mengekstraksi DNA dari berbagai sampel yang kemungkinan terdapat di tempat kejadian perkara, bahkan yang sudah terkontaminasi sekalipun. Sampel yang dapat diperiksa adalah bercak darah, sperma yang tertinggal di kain, dan berbagai materi genetik lainnya. Sampel disentrifugasi untuk memisahkan supernatan (yang berisi DNA) dan natan (residu dari sampel). Supernatan dari pemisahan ini kemudian diperbanyak menggunakan metode PCR.

Metode PCRMetode PCR digunakan untuk memperbanyak DNA dari sampel yang didapatkan dari tempat kejadian perkara. Metode pengenalan DNA yang sering digunakan adalah metode STR (Short Tandem Repeating). STR merupakan bagian berulang yang ditemukan pada DNA yang memiliki kepala dan ekor sebagai akhiran. Bagian yang berulang pada DNA ini merupakan asam basa yang terulang dalam ulang. STR terdapat pada lokus yang merupakan bagian panjang DNA tertentu dari kromosom. Terdapat 20 lokus yang diketahui dimiliki manusia, dan jenis yang dipakai berbeda-berbeda tergantung dari keragaman populasi daerah tersebut. Lokus berfungsi sebagai primer yang akan dicampur dengan sampel yang didapat untuk memperbanyak jumlah DNA untuk dilakukan elektroforesis

Elektroforesis gel AgaroseElektroforesis merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan DNA atau protein sesuai berat jenisnya menggunakan aliran listrik. Sampel dimasukkan ke dalam sumuran agarose untuk selanjutnya dipisahkan berdasarkan berat jenisnya menggunakan bantuan listrik. Sampel yang ditemukan pada tempat kejadian perkara kemudian dicocokan dengan sampel calon tersangka. Kecocokan ditunjukkan dengan adanya DNA dengan berat jenis yang sama antara calon tersangka dan sampel yang ditemukan di tempat kejadian perkara. Berat jenis pada gel dilambangkan dengan adanya gambaran pita. Gambaran pita yang memiliki tinggi yang sama berarti sampel yang dibandingkan memiliki berat jenis yang sama.

Pada gambar diatas ditemukan bahwa DNA pada tempat kejadian (crime scene) memiliki berat jenis yang sama dengan tersangka C (suspect C). tersangka C dapat dicurigai menjadi tersangka utama karena DNA tersangka C ada di tempat kejadian.

2. Pemeriksaan Jenis Virus Dengue

Virus Dengue (DENV) memiliki 4 jenis strain (1-4). Setiap strain dibedakan berdasarkan susunan RNA atau antigennya. Pasien yang terinfeksi mengalami perubahan manifestasi klinis dan perubahan. Berikut adalah titer yang meningkat berdasarkan waktu dan manifestasi klinis.

Deteksi dan perbedaan deteksi pada penderita DB tergantung dari berapa kali pasien terinfeksi virus Dengue. Bila penderita mengalami infeksi primer maka titer yang paling

cepat dan dapat mendeteksi virus Dengue adalah NS-1. NS-1 adalah antigen beredar di tubuh pasien, yang dapat dikenali setiap virus Dengue, dan merupakan protein non structural yang paling dapat dikenali dengan metode ELISA. ELISA yang mendeteksi protein NS-1 merupakan tes yang non spesifik namun memiliki sensitivitas yang tinggi untuk mengetahui bahwa pasien mengalami infeksi virus Dengue. Pemeriksaan ini dapat dilakukan pada hari pertama pasien terinfeksi virus atau mengalami gejala dengan sampel serum atau plasma penderita

Pemeriksaan selanjutnya adalah menggunakan mendeteksi IgM dan IgG dari serum penderita. Pemeriksaan ini dapat menentukan jenis virus secara langsung. Namun kekurangannya adalah pemeriksaan hanya dapat dilakukan pada setelah hari kelima, sehingga kurang baik untuk melakukan penanganan awal, namun baik untuk menentukan jenis virus untuk kepentingan survei. Metode ini menggunakan prinsip ELISA dengan kit yang sudah dijual secara bebas.

Sehingga dapat disimpulkan untuk mendeteksi virus Dengue dapat menggunakan ELISA kit yang dijual di pasaran. Hal yang pertama kali dicek adalah amtigen NS-1, untuk mengetahui pasien terinfeksi virus Dengue. Sedangkan untuk mengecek jenis virusnya, digunakan metode pengukuran IgG dan IgM dengan menggunakan ELISA.

Referensi:

BioRad, Laboratories Inc. “Crime Scene Investigator PCR Basics™ Kit”. BioRad Laboratories Inc.

kompas.com. 2015. Mayat Bocah Perempuan Dalam Kardus Ditemukan di Kalideres.diakses pada 29 Oktober 2015.

P, Sean Walsh. David A, Metzger. dan Russell Higuchi. 1991 “ Chelex 100 as a Medium for Simple Extraction of DNA for PCR-Based Typing from Forensic Material”. BioTechniques 10(4):506-513.

WHO.2009.Dengue Guidelines For Diagnosis, Treatment, Prevention and Control. Perancis: WHO Library Cataloguing-in-Publication Data