7/26/2019 Teknik Ekspresi Gen Menggunakan Microarray DNA

1/3

Teknik Ekspresi Gen menggunakan Microarray DNA

Analisis ekspresi gen menggunakan microarray DNA sering digunakan

dalam hal analisis ekspresi DNA, selain CGH, SNP, ChIP-on-chip, dan metilasi DNA.

Penggunaan microarry DNA memungkinkan untuk dapat memedakan peredaan

antara dua asam nukleat yang ereda antar sample yang ingin diu!i. "ahapan

yang harus dilakukan untuk analisis ekspresi gen menggunakan DNA microarray

erupa # $%. Pemurnian &NA, '%. (elaeli sample, )%. Hiridisasi dan pencucian

slide, *%. Deteksi signal, +%. Data analisis.

erdasarkan protokol, penggunaan purikasi &NA alid digunakan pada

Araidopsis, kedelai dan !uga padi. ahan tanaman untuk purikasi &NA harus

dalam keadaan eku selama proses grindingdengan menamahkan N'cair.

"emperatur rendah terseut dimaksudkan untuk inakti/asi dari &NAse.

Penggunaan microarray tidak memutuhkan iaya yang anyak, akurat

dan memiliki reproduciility yang cukup tinggi.

Microarray merupakan teknologi dalam bidang Biologi Molekuler yang dapat

digunakan untuk melihat perbedaan ekspresi gen. Teknologi ini memanfaatkan

kumpulan array yang berjumlah ribuan yang berisi nukleotida DNA yang berfungsi

sebagai probe. Hibridisasi antara probe dan target (cDNA atau cNA! dideteksi

dengan menggunakan target yang dilabel "uoresen. #arena array yang digunakan

terdiri atas ribuan probe$ eksperimen microarray dapat dikatakan sebagai tes

genetik yang dilakukan secara paralel. %nformasi yang dihasilkan sangat detail dan

menyeluruh pada genom pada tingkat transkripsi gen. &ehingga$ proses biologi

yang melibatkan regulasi gen bisa dianalisis dengan lebih baik.

%nformasi yang diperoleh dari hasil microarray telah dimanfaatkan untuk

berbagai aplikasi spesi'k seperti diagnosis penyakit$ penemuan obatobatan$

pengelompokan ekspresi gen yang terlibat dalam organogenesis$ cekaman dan

interaksi dengan mikro organisme.

)erkembangan teknologi microarray telah memberikan kesempatan bagi peneliti

untuk mengeksplorasi ketersediaan gengen suatu organisme yang berhubungan

dengan gen yang sedang kita pelajari. Datadata microarray yang tersedia diproses

dengan menggunakan bantuan pengukuran komputerisasi ekspresi pro'ling$ ataudengan melihat kedekatan sepasang gen melalui derajat stringensi. Dari sini

dihasilkan suatu database yang dapat memprediksi keterkaitan suatu gen dengan

gengen lain. Hasil ini biasanya ditampilkan berupa klasterklaster yang merupakan

hasil pengelompokan gengen yang memiliki kemiripan motif ekspresi.

(aterial

&NA Analisis

$. 0ate1 gloes.'. (ortar and pestle 2Grinding e3uipment%.

7/26/2019 Teknik Ekspresi Gen Menggunakan Microarray DNA

2/3

). Spatula.*. ' ml 4ppendor/ tues.+. 5orte1 mi1er.6. (icrotue mi1er.7. High-speed microcentri/uge.8. Centri/uge desiccator.

9. NanoDrop ND-$::: ;5o-Color 2Agilent "echnologies%.'. &NA Spike-In it, ">o-Color 2Agilent "echnologies%.). Gene 41pression Hyridiation it 2Agilent "echnologies%.*. Gene 41pression Eash uBer it 2Agilent "echnologies%.+. DNase@&Nase-/ree distilled >ater 2Agilent "echnologies%.6. &Neasy (ini its 2iagen%.7. 99.+ ? 2@% ethanol.8. (icroarray Scanner 2Agilent "echnologies%.9. Hyridiation Chamer, stainless 2Agilent "echnologies%.$:. Hyridiation Chamer gasket slides 2Agilent "echnologies%.$$. Hyridiation oen 2Agilent "echnologies%.$'. Hyridiation oen rotator 2Agilent "echnologies%.$). Nuclease-/ree $.+ ml tues.$*. (agnetic stir ar 2F'%.$+. (icrocentri/uge.$6. NanoDrop ND-$::: ;5adah erisi

nitrogen cair.*. "amah $ ml &NAiso Plus pada masing-masing tue, dan mi1 selama +-$:

menit.

7/26/2019 Teknik Ekspresi Gen Menggunakan Microarray DNA

3/3