Tata Nama Enzim

• Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis

• Contoh:Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkoholUrease: hidrolisis ureaDNA polimerase: polimerisasi nukleotidaProtease: hidrolisis peptidaMetiltransferase: transfer gugus metil

• Bagaimana dengan? Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2

Tripsin: Protease, Endopeptidase

• PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM

• International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)

712

2477

3196

Prinsip Penamaan

• Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya.

• Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim.

• Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.

• http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb• Enzim mempunyai nama sistematis dan nama

trivial.• Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering

digunakan

Tata Nama• Menurut Enzyme Commission (1961), enzim

dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis.

• E.C.a.b.c.d– a. Kelas enzim– b. subkelas enzim– c. Sub-sub kelas enzim– d.Sub-sub-sub kelas enzim

• Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi

Klasifikasi Enzim

• Oksidoreduktase• Transferase• Hidrolase• Liase• Isomerase• Ligase

Oksidoreduktase• Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke

yang lain.• Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron

1. Alkohol 2. Aldehid atau keton 3. CH-CH 4. Amin primer 5. Amin sekunder 6. NADH atau NADPH

• Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron 1. NAD+ atau NADP+

2. Fe 3+

3. O2 99. Akseptor lain

Oksidoreduktase

• Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase

– EC. 1.1.1.1 – Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase– Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase

(Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)

Transferase

• Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain.AX + B BX + A

• Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer.

• Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase

• Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer– 1. satu gugus karbon– 2. Gugus Aldehid atau keton– 3. Gugus Asil– 4. Gugus glikosil– 7. Gugus fosfat

• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer– E.C.2.1.1: metiltransferase– E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase– E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase

• E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor

• E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor

• E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor

• Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase

Hidrolase• Mengkatalisis reaksi hidrolis

A-X + H2O X-OH + HA

• Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis• 1. ester• 2. glikosidik• 4. peptida• 5. C-N selain peptida• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis• Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti

hidrolase.

• E.C.3.1.1. Ester karboksilat• E.C.3.1.2. Ester tiol• E.C.3.1.3 Monoester fosfat• E.C.3.1.4 Diester fosfat

Liase

• Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. • Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase.• Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase,

dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).

• Digit kedua: ikatan yang diputus– 1. C-C– 2. C-O– 3. C-N– 4. C-S

• Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase– 1. gugus karboksil– 2. gugus aldehid– 3. gugus asam keto

Isomerase• Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul. • Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat.• Digit kedua: Jenis Reaksi

1. Rasemisasi atau epimerisasi 2. Isomerisasi cis-trans 3. Oksidoreduktase intramolekul 4. Reaksi transfer intramolekul

• Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi 1. asam amino 2. asam hidroksi 3. Karbohidrat

Ligase

• Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya.

X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi

• Nama sistematik X:Y ligase• Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk

1. C-O 2. C-S 3. C-N 4. C-C

• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk

• E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase)• E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida,

sintase)

Contoh • ATP + D-glukosa ADP + D-glucose 6-

phosphate

• Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase

• Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase

• EC number: 2.7.1.1 (2) transferase

(7) phosphotransferase

(1) gugus hidroksil sebagai akseptor

(1) nomor seri yang diberikan secara acak

Enzyme Data Base

• EXPASY (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/

• The Comprehensive Enzyme information system http://www.brenda-enzymes.org/index.php3

• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg