KOTAK TATAPengertianKotak TATA adalah deret DNA yang ditemukan pada area promotor inti dari gen eukariotika.Kotak TATA merupakan elemen cis yang mengarahkan RNA polimerase II menuju ke area transkripsi dengan akurat.Keterlibatan Kotak TATA pada dogma sentral.Kotak TATA berkaitan dengen proses transkripsi. Transkripsi dalam memiliki empat tahap: pengikatan, inisiasi, elongasi dan terminasi.Pada ranskripsi sel prokariotik sintesis untai RNA dikatalisis oleh enzim yang disebut RNA polimerase. Pengikatan RNA polimerase ke urutan promotor adalah langkah pertama dalam transkripsi. Dalam sel eukariotik, tiga jenis RNA polimerase terjadi untuk mengkatalisis sintesis untai RNA dari template DNA. Polimerase RNA ini dilambangkan sebagai I, II, III, dan berbeda dari lokasi dan jenis RNA yang mensintesis mereka. Polimerase ini kemudian mengikat promotor DNA dengan bantuan faktor transkripsi. Pembukaan heliks DNA menjadi untai tunggal, RNA polimerase mensintesis untai RNA dan kotak TATA nerkaitan pada tahap inisiasi pada sel eukariotik khususnya pada RNA polimerase II.Transkripsi gen eukariotikTerdapat tiga kelas berbeda RNA polimerase dalam nukleus sel eukariotik.RNA polimerase I menyintesis prekursor r RNA besar di nukleus.RNA polimerase II menyintesis prekursor mRNA , dan RNA polimerase II menghasilkan prekursor t RNA dan beberapa RNA kecil lain dalam nukleoplasma.Promotor untuk gen kelas II mengandung sekuens konsensus,seperti boks TATA atau Hogness,boks CAAT dan boks GC.Promotor bertindak sebagai tempat pengikat untuk protein yang disebut faktor transkripsi umum, yang nantinya berinteraksi dengan satu sama lain dan dengan RNA polimerase II.Penguat (enhancer) adalah sekuens DNA yang meningkatkan kecepatan inisiasi transkripsi dengan berikatan pada faktor transkripsi spesifik yang disebut aktivator.PROTEIN PENGIKAT KOTAK TATA BERPERAN PENTING DALAM PERAKITAN KOMPLEKS TRANSKRIPSI YANG AKTIFRNA polimerase II tidak dapat menginisiasi transkripsi sendiri.Enzim ini diarahkan menuju ke tempat inisiasi oleh sekelompok faktor transkripsi yang secara kolektif dikenal sebagai TFII ( TF berarti farktor transkripsi,Transcription Factor, dan II menunjukkan polimerase RNA II).Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polimerase II yang dibantu oleh beberapa faktor transkripsi umum.Penyusunan kompleks transkripsi umum dan RNA polimerase II pada daerah promotor membentuk kompleks inisiasi yang akan segera mengawali transkripsi jika ada nukleotida.Ikatan semacam ini membuat daerah promotor menjadi terbuka sehingga RNA polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan.Faktor transkripsi umum yang berperan dalam mengarahkan DNA polimerase II kemopromotor adalah TFIIA,TFIIB,TFIIE,TFIIF,TFIIH dan TFIIJ.Faktor faktor transkripsi akan menempel ke daerah promotor secera bertahap sebelum akhirnya terbentuk kompleks prainisiasi.Faktor transskripsi ini akan menempel dengan urutan :1. TFIID akan menempel pada bagian kotak TATA pada promotor yang dibantu oleh faktor TFIIA sehingga membentuk DA.2. Kemudian diikuti penempelan TFIIB.3. TFIIF selanjutnya menempel diikuti penempelan RNA polimerase II4. Faktor TFIIE akan menempel diikuti TFIIH dan TFIIJ.Kompleks prainisiasi disebut DABPoIFEH. Proses pengenalan promoter diarahkan oleh ikatan TFIID dengan kotak TATA, sedangkan TFIIA meningkatkan daya ikat TFIID dengan kotak TATA. RNA polymerase dan TFIIH menutupi daerah promoter mulai dari posisi -34 sampai +17. TBP, TFIIB, TFIIF dan RNA polymerase II, membentuk kompleks inisiasi sehingga terjadi pembukaan DNA secara local dan pembentukan ikatan fosfodiester pertama. TFIIE dan TFIIH melakukan proses pelepasan dari promoter dengan dikatalisis oleh DNA helikase sehingga DNA pada daerah promoter terbuka. Di mana DNA dipuntir pada daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi yang lain dan membentuk gelembung transkripsi. Transkripsi dimulai dan bergerak ke arah hilir sepanjang 10-12 nukleotida.

Awal yang penting adalah pengenalan kotak TATA oleh protein pengikat kotak TATA (TATA box-binding protein / TBP).TBP berikatan pada kotak TATA 105 kali lebih kuat dibandingkan pengikat pada urutan basa yang lainnya.TBP merupakan protein berbentuk pelana ,terdiri atas dua domain yang serupa (gambar 33-26).Masing-masing domain berisi dua heliks dan lembaran dengan 5 untai yang antiparalel.Semua mutasi yang mempengaruhi pengikatan DNA dan pengenalan kotak TATA berlokasi pada bawah pelana yang dibentuk oleh lembaran antiparalel yang melengkung.

(Struktur tiga dimensi protein pengikat kotak TATA.)Yang terjadi sebenarnya adalah kotak TATA pada DNA berikatan dengan permukaan konkaf pada TBP. Protein yang berbentuk pelana ini menginduksi perubahan konformasi yang besar pada DNA yang berikatan .Tekukan tajam terbentuk pada setiap ujung ketujuh pasang basa pada kotak TATA.Disamping itu,heliks ganda terbuka sebagian untuk memeperluas alur kecil,sehingga memungkinkannya untuk berhubungan luas dengan lembaran antiparalel pada sisi konkaf TBP .Yang menonjol pada hubingan ini adalh interaksi hidrofob.Sebagai contoh , empat fenilalanin menyisip di antara pasangan-pasangan basa pada kotak TATA.Umumnya,fleksibilitas urutan yang kaya AT dimanfaakan disini untuk penekukan DNA yang menampilkan simetri ganda.

Daftar Pustaka :Stryer,Lubert.2000.Biokimia vol 3 edisi 4.Jakarta : Penerbit Buku KedokteranYuwono,T.2007.Biologi Molekular.Jakarta: Penerbit Erlangga.