xi

INTISARI

Pengembangan Metode Deteksi Kontaminasi Bakteri Patogen Escherichia

coli dalam Susu dengan Real-TimePolymerase Chain Reaction (RTi-PCR)

Oleh

Amalia Masturotul M

09/283370/PA/12532

Penelitian deteksi kontaminasi bakteri patogen Escherichia coli dalam

susu dengan Real-Time Polymerase Chain Reaction (RTi-PCR) dengan gen target

tuf telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode

deteksi kontaminasi bakteri E. coli dalam susu secara cepat.

Tahapan penelitian dimulai dengan pengembangan metode yang meliputi

peremajaan kultur E. coli, isolasi DNA, analisis konsentrasi DNA, serta

amplifikasi dengan RTi-PCR yang dikombinasikan dengan Melting Curve

Analysis. Kemudian penelitian dilanjutkan dengan validasi metode yang meliputi

uji spesifisitas untuk membandingkan antara kontrol positif dan kontrol negatif,

uji presisi yaitu perulangan metode pada 10 sampel kontrol positif, serta

penentuan cut off deteksi. Tahap terakhir penelitian yaitu aplikasi metode pada

sampel susu yang dijual di pasaran.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode RTi-PCR dengan primer

TEco1553 dan primer TecoI754 spesifik untuk mendeteksi kontaminasi E. coli

dalam susu dengan titik leleh puncak (melting peak point) yang khas pada 84,50

C. Uji spesifisitas menunjukkan metode ini spesifik untuk mendeteksi

kontaminasi E. coli dalam susu. Sedangkan pada uji presisi menunjukkan hasil

kesepuluh kontrol positif dapat diamplifikasi dengan metode RTi-PCR. Metode

RTi-PCR ini mampu mendeteksi kontamninasi E. coli dalam susu segar dengan

cut off deteksi hingga 1,6 CFU/mL. Hasil analisis dari lima sampel susu di

pasaran menunjukkan sampel susu yang dijual di pasar tradisional dan kedai susu

positif terkontaminasi E. coli.

Kata kunci : Escherichia coli, kontaminasi susu, Real-Time PCR.