Prosedur Pengajuan Nomor P-IRTPrasyarat yang harus dipenuhi yaitu telah mengikuti pelatihan keamanan pangan dengan menyertakan bukti berupa sertifikat pelatihan keamanan pangan. Pelatihan tersebut diadakan oleh Dinas Kesehatan kepada masyarakat yang berminat untuk melakukan usaha.Untuk proses pengajuan nomor P-IRT, yaitu meminta formulir pengajuan P-IRT ke Dinas Kesehatan tingkat Kabupaten/Kota setempat (kecuali untuk usaha produk olahan daging, susu dan usaha kosmetik, harus ke Dinas Kesehatan tingkat Provinsi). Konten di dalam formulir pengajuan nomor P-IRT tersebut, diantaranya yaitu Komposisi bahan (terdiri dari komposisi bahan utama dan komposisi bahan campuran). Selain itu, harus pula menyertakan proses dari produk yang dibuat.Setelah mengisi kedua konten yang ada di formulir tersebut, kemudian membuat surat pernyataan izin usaha ke desa dan izin dari puskesmas setempat mengenai kelayakan dari ruang produksi usaha tersebut (apakah kebersihan dan kenyamanan ruang produksi terjamin atau tidak).Setelah kedua surat izin tersebut didapatkan dari puskesmas dan desa setempat, baru menyerahkan kembali ke pihak Dinas Kesehatan tingkat Kabupaten, dan juga menyerahkan sampel produk yang akan dijadikan untuk usaha. Untuk waktu pengujian sampel oleh Dinas Kesehatan biasanya sekitar satu minggu, dan yang diuji antara lain dari kualitas sampel produk usaha yaitu keamanan (adanya bakteri atau tidak, aman konsumsi atau tidak, dll).

Ketika Dinas Kesehatan selesai melakukan pengujian dan dapat menerima hasilnya berupa surat pernyataan lulus tes atau tidak, jika tidak maka perlu ditinjau kembali oleh pengusaha tersebut sebelum mengajukan kembali nomor P-IRT tersebut. Jika lulus tes, maka Nomor P-IRT akan langsung diproses sampai batas waktu tertentu. Setelah jadi, barulah didapatkan secara resmi Nomor P-IRT tersebut.