Pemeriksaan Pemeriksaan MikrobiologiMikrobiologi

• Spesimen :Spesimen :bahan pemeriksaan klinik yang diambil bahan pemeriksaan klinik yang diambil dari seorang penderita penyakit infeksi dari seorang penderita penyakit infeksi untuk diperiksa di lab mikrobiologiuntuk diperiksa di lab mikrobiologi

Spesimen / bahan pemeriksaanSpesimen / bahan pemeriksaan ujung tombak ujung tombak keberhasilan pemeriksaan mikrobiologikeberhasilan pemeriksaan mikrobiologi : :

- - pemilihan obat yang tepatpemilihan obat yang tepat- kesembuhan yang cepat (menekan biaya - kesembuhan yang cepat (menekan biaya berobat) berobat)

Pengambilan, pengelolaan dan pengolahan spesimen

Klinisi

Paramedis Laboratorium

Klinisi - informasi data pasien - diagnose sementara - ragam & cara pengambilan spesimen - ragam pemeriksaan

Paramedis Paramedis - pengelolaan spesimen pra laboratorium- pengelolaan spesimen pra laboratorium- transportasi spesimen ke laboratorium- transportasi spesimen ke laboratorium

Laboratorium Laboratorium - isolasi & identifikasi serta pola kepekaan - isolasi & identifikasi serta pola kepekaan etiologik penyakit yang cepat dan akurat etiologik penyakit yang cepat dan akurat

Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam pengambilan spesimen adalah :pengambilan spesimen adalah :

1. Steril 1. Steril 2. Tidak diberi bahan kimia2. Tidak diberi bahan kimia3. Wadah diberi label3. Wadah diberi label4. Dilampirkan surat pengantar dari klinisi4. Dilampirkan surat pengantar dari klinisi5. Spesimen dikirim secepatnya5. Spesimen dikirim secepatnya

Pengambilan & pengelolaan spesimen Pengambilan & pengelolaan spesimen pemeriksaan mikrobiologik :pemeriksaan mikrobiologik :

1. Ragam bahan1. Ragam bahan2. Pemilihan bahan2. Pemilihan bahan3. Cara pengambilan bahan3. Cara pengambilan bahan4. Pengelolaan pra laboratorium4. Pengelolaan pra laboratorium5. Pendataan (umur, jenis kelamin, profesi, 5. Pendataan (umur, jenis kelamin, profesi, tempat tinggal, gejala sakit) tempat tinggal, gejala sakit)6. Pengiriman ke laboratorium6. Pengiriman ke laboratorium

1.1. Ragam BahanRagam Bahan

- - Darah (serologi & kultur)Darah (serologi & kultur)- Pus - Pus - Urin - Urin - Tinja - Tinja - Sputum - Sputum - Biopsi- Biopsi- Cairan otak (cerebrospinal fluid/CSF)- Cairan otak (cerebrospinal fluid/CSF)- Serum- Serum- Lingkungan- Lingkungan

2. Pemilihan bahan pemeriksaan/spesimen2. Pemilihan bahan pemeriksaan/spesimen Disesuaikan dengan penyakit : Disesuaikan dengan penyakit :

a. Darah a. Darah sepsis sepsisb. Pus b. Pus luka terbuka atau tertutup luka terbuka atau tertutupc. Urin (midstream, suprapubic) c. Urin (midstream, suprapubic) infeksi infeksi saluran kemih saluran kemihd. Tinja d. Tinja infeksi saluran pencernaan infeksi saluran pencernaane. Sputum e. Sputum infeksi saluran pernafasan infeksi saluran pernafasanf. Jaringan tubuh f. Jaringan tubuh Clostridium dll Clostridium dll

g. Biopsi g. Biopsi paru, lambung dll paru, lambung dllh. CSF h. CSF infeksi sistem saraf pusat infeksi sistem saraf pusati. Lingkungan i. Lingkungan nosokomial, sterilitas nosokomial, sterilitas makanan, minuman dan ruangan makanan, minuman dan ruanganj. Serum j. Serum pemeriksaan imunologi & pemeriksaan imunologi & virologi virologi

3. Cara pengambilan bahan3. Cara pengambilan bahanPengambilan bahan harus dilakukan secara Pengambilan bahan harus dilakukan secara aseptik atau menggunakan peralatan yang sterilaseptik atau menggunakan peralatan yang steril

a. Darah a. Darah duplo dari tempat yang berbeda duplo dari tempat yang berbedab. Pus b. Pus usapan dengan swab (infeksi usapan dengan swab (infeksi terbuka), aspirasi (infeksi tertutup) terbuka), aspirasi (infeksi tertutup)c. Urin c. Urin urin tengah (midstream), urin urin tengah (midstream), urin cateter dan urin suprapubic cateter dan urin suprapubicd. Tinja d. Tinja usapan dubur, tinja biasa usapan dubur, tinja biasa e. CSF e. CSF aspirasi aspirasi

f. Jaringan (Biopsi)f. Jaringan (Biopsi)g. Lingkungan g. Lingkungan

Infeksi nosokomial : acakInfeksi nosokomial : acakFood poisoning : tinja / muntahan/ Food poisoning : tinja / muntahan/

sisa makanan / bahan baku sisa makanan / bahan baku (mentah), juru masak / (mentah), juru masak / lingkungan tempat kerjalingkungan tempat kerja

4. Pengelolaan bahan pra laboratorium4. Pengelolaan bahan pra laboratorium

- Wadah steril, tertutup dan tidak terbuat - Wadah steril, tertutup dan tidak terbuat dari logam dari logam - - Media transport sesuai dengan kuman Media transport sesuai dengan kuman yang akan dicari : yang akan dicari :

Charcoal Charcoal gonokokus gonokokusCarry Blair Carry Blair umum umum

- tidak kena sinar matahari langsung - tidak kena sinar matahari langsung - disimpan pada suhu dingin 4- disimpan pada suhu dingin 4o C C ((kuman kuman aerob) aerob)

5. Pendataan 5. Pendataan

-- Nama, jenis kelamin, umur, alamat, Nama, jenis kelamin, umur, alamat, profesi profesi- Diagnose sementara- Diagnose sementara- Permohonan ragam pemeriksaan- Permohonan ragam pemeriksaan- Tanggal/ jam pengambilan bahan- Tanggal/ jam pengambilan bahan- Jenis bahan pemeriksaan/spesimen- Jenis bahan pemeriksaan/spesimen

Contoh surat pengantar pemeriksaan labContoh surat pengantar pemeriksaan lab

6. Pengiriman / transportasi spesimen6. Pengiriman / transportasi spesimen

- Sesegera mungkin dengan/tanpa transport - Sesegera mungkin dengan/tanpa transport medium, tertutup, tidak terkena sinar medium, tertutup, tidak terkena sinar matahari langsung matahari langsung- Suhu pengiriman :- Suhu pengiriman :

> kuman aerob (4> kuman aerob (4o C) C)> kuman anaerob suhu kamar dengan > kuman anaerob suhu kamar dengan sungkup anaerob sungkup anaerob> virus & sisa makanan (suhu -20> virus & sisa makanan (suhu -20o C) C)

Tujuan pemeriksaan mikrobiologik :Tujuan pemeriksaan mikrobiologik :

1. membantu menegakkan diagnose dengan 1. membantu menegakkan diagnose dengan mendapatkan mikroorganisme penyebab mendapatkan mikroorganisme penyebab penyakit infeksi penyakit infeksi Identifikasi spesiesIdentifikasi spesies2. uji kepekaan mikroorganisme yang 2. uji kepekaan mikroorganisme yang berhasil diidentifikasi agar dapat berhasil diidentifikasi agar dapat diketahui cara pengobatan yang paling diketahui cara pengobatan yang paling baik dan sesuai baik dan sesuai TerapiTerapi

Tahap / langkah-langkah identifikasi spesies Tahap / langkah-langkah identifikasi spesies kuman / mikroorganisme :kuman / mikroorganisme :

1. Pemeriksaan mikroskopik1. Pemeriksaan mikroskopik2. Penanaman / isolasi pada media yang 2. Penanaman / isolasi pada media yang sesuai sesuai3. Pemeriksaan / uji biokimia3. Pemeriksaan / uji biokimia4. Uji kepekaan mikroorganisme terhadap 4. Uji kepekaan mikroorganisme terhadap antimikroba antimikroba5. Percobaan hewan / binatang5. Percobaan hewan / binatang6. Uji serologi6. Uji serologi7. Rapid test7. Rapid test

Spesimen

Pemeriksaan mikroskopis (pewarnaan)

Uji molekuler (molecular assay)

Isolasi dan kultur

Uji biokimia

Sensitivitas terhadap antibiotika

Uji serologi

Hasil identifikasi Uji virulensi pada hewan

1.1. Pemeriksaan MikroskopikPemeriksaan Mikroskopik

- pemeriksaan langsung mikroskopik dilakukan - pemeriksaan langsung mikroskopik dilakukan dengan membuat sediaan & diwarnai dengan membuat sediaan & diwarnai- pewarnaan Gram- pewarnaan Gram- Tujuan :- Tujuan :

a. melihat morfologi kuman a. melihat morfologi kuman b. mengetahui sifat kuman terhadap zat b. mengetahui sifat kuman terhadap zat

warnawarna c. menentukan langkah selanjutnya, c. menentukan langkah selanjutnya,

misalkan misalkan untuk memilih media yang akan digunakan untuk memilih media yang akan digunakan- dapat menduga kuman tersangka 40 – 70%, - dapat menduga kuman tersangka 40 – 70%, terutama kuman dgn bentuk khas spt terutama kuman dgn bentuk khas spt ClostridiumClostridium

tetanitetani

2. Penanaman / Isolasi pada media yang sesuai2. Penanaman / Isolasi pada media yang sesuai

- - Tujuannya Tujuannya melihat sifat koloni kuman melihat sifat koloni kuman tersangka karena beberapa kuman membentuk tersangka karena beberapa kuman membentuk koloni khas spt koloni menjalar untuk Proteus koloni khas spt koloni menjalar untuk Proteus - - Sebelum ditanam, perlu pengolahan spesimen Sebelum ditanam, perlu pengolahan spesimen terlebih dahulu : terlebih dahulu :

a. Sentrifugasia. Sentrifugasib. Pengenceran (Dilution)b. Pengenceran (Dilution)c. Pemanasanc. Pemanasand. Penambahan bahan kimia d. Penambahan bahan kimia M. tuberculosisM. tuberculosise. Penggerusane. Penggerusan

- Media-media yang akan digunakan (sifat & - Media-media yang akan digunakan (sifat & kegunaannya) : kegunaannya) : a. perbenihan diperkayaa. perbenihan diperkaya

b. perbenihan diferensial selektif b. perbenihan diferensial selektif c. perbenihan stokc. perbenihan stok

- Penanaman kuman dilakukan dengan metoda streak - Penanaman kuman dilakukan dengan metoda streak plate (penipisan goresan) plate (penipisan goresan) media padat media padat - Pengeraman pada inkubator. - Pengeraman pada inkubator.

* aerob * aerob 37 37o C 18 – 24 jam C 18 – 24 jam * anaerob * anaerob dalam anaerob jar 37 dalam anaerob jar 37oo C , > 48 jam C , > 48 jam* mikroaerofilik * mikroaerofilik sungkup 37 sungkup 37oo C , 18 – 24 jam C , 18 – 24 jam

- identifikasi koloni - identifikasi koloni dengan melihat pertumbuhan dan sifat koloni dengan melihat pertumbuhan dan sifat koloni

maka penentuan kuman tersangka semakin jelas, maka penentuan kuman tersangka semakin jelas, bahkan kadang dapat ditentukan jenisnya, misal bahkan kadang dapat ditentukan jenisnya, misal kuman kuman Streptococcus nonhemolyticusStreptococcus nonhemolyticus dapat dapat

ditentukan berdasarkan pemeriksaan mikroskopik ditentukan berdasarkan pemeriksaan mikroskopik dan dan melihat koloni yang tumbuh di ADP melihat koloni yang tumbuh di ADP

3. Pemeriksaan / Uji biokimia3. Pemeriksaan / Uji biokimia - - dilakukan untuk lebih meyakinkan penentuan jenis / dilakukan untuk lebih meyakinkan penentuan jenis / spesies kuman spesies kuman - didasarkan atas fakta bahwa kuman mempunyai - didasarkan atas fakta bahwa kuman mempunyai sifat berbeda dalam proses metabolismenya sifat berbeda dalam proses metabolismenya - uji biokimia harus menggunakan biakan murni - uji biokimia harus menggunakan biakan murni pemeriksaan mikroskopik pemeriksaan mikroskopik - uji biokimia secara cepat dapat dilakukan dengan - uji biokimia secara cepat dapat dilakukan dengan KIT, misal KIT ENTEROTUBE KIT, misal KIT ENTEROTUBE kuman aerob, kuman aerob, API-20 & RAPIDIANA API-20 & RAPIDIANA kuman anaerob kuman anaerob

Enterotube

Uji biokimia

API-20

4. Uji kepekaan kuman tehadap antibiotika4. Uji kepekaan kuman tehadap antibiotika

- - tes kepekaan dilakukan jika kuman telah tes kepekaan dilakukan jika kuman telah teridentifikasi teridentifikasi - untuk mengetahui pola kepekaan kuman - untuk mengetahui pola kepekaan kuman pemberian obat yang sesuai pemberian obat yang sesuai - dapat dilakukan dengan dua metode : - dapat dilakukan dengan dua metode :

* metode cakram difusi agar (disc method)* metode cakram difusi agar (disc method)* pengenceran tabung (tube dilution)* pengenceran tabung (tube dilution)

Tube dilution test Agar diffusion method

5. Percobaan hewan / binatang5. Percobaan hewan / binatang

untuk mengetahui virulensi kuman, produksi untuk mengetahui virulensi kuman, produksi toksin kuman dan juga membiak kuman yang toksin kuman dan juga membiak kuman yang tidak dapat dibiak pada media buatan/artifisialtidak dapat dibiak pada media buatan/artifisial

6. Uji serologi6. Uji serologi

- - berdasarkan reaksi antigen-antibodi spesifik, bila berdasarkan reaksi antigen-antibodi spesifik, bila salah satunya telah diketahui salah satunya telah diketahui

- terutama dilakukan apabila diperlukan diagnosa - terutama dilakukan apabila diperlukan diagnosa cepat dan juga bila hanya memperoleh antibodi cepat dan juga bila hanya memperoleh antibodi dalam tubuh penderita karena kuman sulit diisolasi dalam tubuh penderita karena kuman sulit diisolasi

Contoh : aglutinasi Widal, aglutinasi latex, Enzyme Contoh : aglutinasi Widal, aglutinasi latex, Enzyme immunoassay (EIA), immunochromatography immunoassay (EIA), immunochromatography

Immunochromatography Latex agglutination

Enzyme immunoassay

6. Uji molekuler (molecular test)6. Uji molekuler (molecular test)

- - berdasarkan analisis susunan asam nukleat yang berdasarkan analisis susunan asam nukleat yang dimiliki oleh mikroorganisme dimiliki oleh mikroorganisme - terutama efektif untuk mendeteksi/mengidentifikasi - terutama efektif untuk mendeteksi/mengidentifikasi kuman yang sulit untuk dikultur atau lama kuman yang sulit untuk dikultur atau lama pertumbuhannya. pertumbuhannya. - aplikasi - aplikasi deteksi kuman langsung dari spesimen, deteksi kuman langsung dari spesimen, identifikasi kuman, karakterisasi kuman pasca identifikasi kuman, karakterisasi kuman pasca identifikasi identifikasi

Contoh : hibridisasi (hibridisasi DNA-DNA, FISH) Contoh : hibridisasi (hibridisasi DNA-DNA, FISH) PCR, RT-PCR, elektroforesis (GE, DGGE, PFGE), PCR, RT-PCR, elektroforesis (GE, DGGE, PFGE), sekuensing sekuensing

Fluorescence in situ hybridization (FISH) PCR

Gel elektroforesis