laporan penelitian · leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri...
TRANSCRIPT
1
LAPORAN PENELITIAN
Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam
Membedakan Antara Spesies Leptospira Patogen dengan
Leptospira Saprofit dari Air Lingkungan Sekitar Pasar
Tradisional di Kota Denpasar
PENELITI :
dr.Made Agus Hendrayana,M.Ked
dr.Wayan Surudarma,M.Si
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS UDAYANA
2
DAFTAR ISI
Hal.
Cover................................................................................................... 1
Daftar isi......................................................................................................... 2
Kata Pengantar...................................................................................... 3
Ringkasan....................................................................................................... 4
1. PENDAHULUAN ........................................................................... . 6
1.1 Latar Belakang................................................................................... 6
1.2 Rumusan Masalah.............................................................................. 8
1.3 Tujuan Penelitian.............................................................................. 9
1.4 Manfaat Penelitian............................................................................ 9
2. KERANGKA KONSEP PENELITIAN................................................ 10
3. METODE PENELITIAN.......................................................................... 12
3.1 Rancangan Penelitian........................................................................... 12
3.2 Lokasi penelitian................................................................................... 12
3.3 Waktu penelitian.................................................................................. 12
3.4 Populasi dan Sampel Penelitian........................................................... 13
3.5 Metode Pengambilan dan Besar Sampel.…………........................... 13
3.6 Definisi operasional variabel.................................................................. 13
3.8 Prosedur penelitian…………………………………………………... 14
3.9 Alur Penelitian………………………………………………………… 19
4. HASIL PENELITIAN ................................................................................ 20
4.1 Pengambilan Sampel air lingkungan pasar tradisional........................... 20
4.2 Deteksi Leptospira patogen dan saprofit metode PCR
menggunakan 3 primer………………………………………………. 24
5. PEMBAHASAN…………………………………………………………… 35
6. KESIMPULAN…………………………………………………………….. 37
DAFTAR PUSTAKA…………………………………………………………. 38
LAMPIRAN…………………………………………………………………… 41
3
KATA PENGANTAR
Puji syukur penulis panjatkan ke hadapan Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat
Beliau penelitian yang berjudul “Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam
Membedakan Antara Spesies Leptospira Patogen dengan Leptospira Saprofit dari Air
Lingkungan Sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar” ini dapat diselesaikan dengan
baik.
Dalam pelaksanaan penelitian ini kami mengucapkan terimakasih yang sebesar-
besarnya kepada :
1. Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Udayana atas kesempatan dan
fasilitas yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.
2. Ketua Unit Penelitian dan Pengembangan (Litbang) FK.Unud/RS.Sanglah
atas kesempatan yang diberikan kepada saya.
3. Kepala Bagian/SMF.Mikrobiologi FK.UNUD/RS.Sanglah atas ijin serta
bantuan dan fasilitas yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.
4. Kepala Instalasi Mikrobiologi Klinik RSUP.Sanglah atas bantuan dan fasilitas
yang diberikan selama pelaksanaan penelitian ini.
5. Para analis lab. Mikrobiologi FK.UNUD dan RSUP.Sanglah atas bantuan dan
kerjasamanya.
6. Para mahasiswa FK.UNUD bimbingan spesial study semester atas kerjasama
dan bantuan dalam pelaksanaan penelitian ini.
7. Berbagai pihak yang tidak dapat penulis sebutkan satu per satu yang telah
membantu pelaksanaan penelitian ini.
Semoga tulisan ini dapat memberikan manfaat dan sumbangan ilmiah dalam
masalah Mikrobiologi dan dalam dunia kedokteran.
Penulis
4
RINGKASAN
Penggunaan Metode PCR Tiga Primer Spesifik dalam Membedakan Antara Spesies
Leptospira Patogen dengan Leptospira Saprofit dari Air Lingkungan Sekitar Pasar
Tradisional di Kota Denpasar
Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri yang
berbentuk spiral dari genus Leptospira, yang menyerang hewan dan manusia.
Leptospira dapat hidup di dalam air tawar, air selokan dan air kemih selama kurang
lebih satu bulan. Penularan tidak langsung terjadi melalui genangan air, sungai, danau,
selokan saluran air dan lumpur yang tercemar urin hewan seperti tikus, umumnya terjadi
saat banjir. Pasar tradisional dengan begitu banyak kios tempat berjualan dan berbagai
macam penyimpanan bahan makanan untuk dijual tentu aja menjadi tempat yang baik
untuk berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat
berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional. Tikus sebagai pembawa bakteri
Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional terutama air
lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat
mengandung bakteri Leptospira.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi
adanya kontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira patogen dari air
lingkungan di sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar.
Pengambilan spesimen air dari lingkungan pasar tradisional dilaksanakan di
sekitar 7 lokasi pasar tradisional di wilayah Kota Denpasar dengan keterwakilan di
wilayah kota Denpasar yaitu wilayah Denpasar Pusat Kota, Denpasar Selatan dan
Denpasar Timur. Sampel air lingkungan pasar tradisional yang telah dihomogenkan
selanjutnya dilakukan pemeriksaan dengan metoda PCR untuk mendeteksi gen spesifik
yang dapat membedakan leptospira yang patogen dengan yang saprofit menggunakan
tiga spesifik primer yang didesain dari gen 16S rRNA yaitu : Lepto1(F) =
5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’, Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTA
CACACCCTTTAC3’ dan Lepto3(F)=5’AATACTGGATAGTCCCGAGAG GTC3’.
5
Untuk isolasi Gen spesifik dari sampel air dengan dilakukan tahapan-tahapan
dimulai dari tahap ekstraksi DNA, amplifikasi dengan PCR dan deteksi DNA dengan
eletroforesis dengan gel agarose 2%. Sampel dari air lingkungan genangan air depan
toko kelontong Pasar Badung, selokan dekat tempat sampah Pasar Desa Sanur, genangan
air komplek dagang timur Pasar Ketapian, genangan air dekat pintu keluar Pasar
Ketapian, selokan kran air umum depan Pasar Renon mempunyai dua pita yang sejajar
dengan kontrol K1 dan K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri
leptospira patogen. Hasil penelitian ini mendapatkan Sampel dari air lingkungan selokan
samping Dagang Desa Yang Batu, selokan belakang Dagang Desa Yang Batu, selokan
air kran untuk umum Pasar Kreneng, selokan kran air umum dekat toilet Pasar Surabi,
selokan lorong penjual daging Pasar Badung, selokan kran air umum belakang Pasar
Desa Sanur, genangan air komplek dagang di luar Pasar Surabi, genangan air komplek
dagang di dalam Pasar Ketapian, selokan kran air umum timur Pasar Renon
menunjukkan hasil PCR hanya 1 pita pada 503 bp dimana diduga ditemukan spesies
leptospira saprofit. Sampel dari air lingkungan selokan depan Dagang Desa Yang Batu,
selokan dekat penjual daging Pasar Kreneng, selokan disamping dagang sate parkiran
Pasar Kreneng, genangan air depan pintu masuk Pasar Desa Kesiman, sungai besar pasar
badung tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana diduga tidak terdapat
bakteri leptospira patogen dan saprofit. Pemeriksaan PCR pada penelitian ini yang
menggunakan kombinasi tiga primer dapat membedakan adanya leptospira patogen,
leptospira saprofit maupun yang tidak ada leptospira patogen dan saprofit dari sampel air
lingkungan pasar tradisional.
6
BAB I
PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Leptospirosis adalah penyakit zoonosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri yang
berbentuk spiral dari genus Leptospira, yang menyerang hewan dan manusia (Brooks GF
et al, 2001). Penyakit ini masih menjadi masalah kesehatan masyarakat, terutama di
daerah beriklim tropis dan subtropis, dengan curah hujan tinggi (kelembaban), khususnya
di negara berkembang, dimana kesehatan lingkungannya kurang diperhatikan terutama.
pembuangan sampah. Leptospirosis tersebar baik di Indonesia maupun di luar negeri. Di
Indonesia Leptospirosis ditemukan antara lain di propinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, DIY,
Lampung, Sumatera Selatan, Bengkulu, Riau, Sumatera Barat, Sumatera Utara, Bali,
NTB, Sulawesi Selatan, Sulawesi Utara, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Barat.
Leptospirosis umumnya menyerang para petani, pekerja perkebunan, pekerja
tambang/selokan, pekerja rumah potong hewan dan militer. Angka kematian akibat
penyakit Leptospirosis termasuk tinggi, bisa mencapai 2,5-16,45% (rata-rata 7,1%). Pada
usia lebih dari 50th malah kematian bisa sampai 56%. (Widarso et al, 2005).
Sebanyak 175 macam leptospira yang berbeda dari segi aspek antigeniknya (yang
disebut serovars), baru tujuh macam yang berhasil diisolasi. Sampai saat ini ada dua
spesies Leptospira yang paling dikenal yaitu Leptospira interogans dan Leptospira
biflexa. Spesies pertama dikenal patogen terhadap manusia dan hewan, sedangkan spesies
kedua merupakan safrofit yang hidup bebas di perairan dangkal dan jarang dihubungkan
dengan infeksi pada manusia (Higgins R. 2004).
Manusia terinfeksi leptospira melalui kontak dengan air, tanah atau tanaman yang
telah dikotori oleh air seni hewan yang menderita leptospirosis. Bakteri masuk ke dalam
tubuh manusia melalui selaput lendir (mukosa) mata, hidung, kulit yang lecet atau atau
makanan yang terkontaminasi oleh urine hewan terinfeksi leptospira. Penularan
leptospirosis pada manusia ditularkan oleh hewan yang terinfeksi kuman leptospira.
Hewan yang menjadi sumber penularan adalah tikus (rodent), babi, kambing, domba,
kuda, anjing, kucing, serangga, burung, kelelawar, tupai dan landak. Sedangkan
penularan langsung dari manusia ke manusia jarang terjadi. Pejamu reservoar utama
7
adalah roden/tikus dengan kuman leptospira hidup di dalam ginjal dan dikeluarkan
melalui urin saat berkemih. (Heath SE et al, 1994)
Leptospira dapat hidup di dalam air tawar, air selokan dan air kemih selama kurang
lebih satu bulan. Penularan tidak langsung terjadi melalui genangan air, sungai, danau,
selokan saluran air dan lumpur yang tercemar urin hewan seperti tikus, umumnya terjadi
saat banjir (Soejoedono RR. 2000).
Beberapa pemeriksaan mikrobiologis telah biasa dilakukan untuk mendeteksi
adanya bakteri Leptospira baik dari cairan tubuh maupun dari lingkungan. Pemeriksaan
standar yang biasa dilakukan untuk mendeteksi adanya bakteri Leptospira patogen adalah
dengan Microscopic Agglutination Test (MAT) dimana pemeriksaan ini memerlukan
pemeriksaan labolatoris teknik khusus dan menghabiskan banyak waktu. Pemeriksaan
langsung dengan kultur pada media sering menemui kendala dimana sulitnya bakteri ini
untuk tumbuh dan sering pertumbuhannya diganggu dengan kontaminan yang sering
tumbuh lebih cepat. Pemeriksaan yang sedang dikembangkan beberapa tahun belakangan
ini adalah dengan pemeriksaan PCR dimana pemeriksaan ini telah berkembang sampai
dapat membedakan antara spesies Leptospira yang patogen maupun yang non patogen
(Uavechanichkul R et al,2011).
Istilah pasar tradisional diartikan sebagai tempat berkumpulnya sejumlah penjual
dan pembeli dimana terjadi transaksi jualbeli barang-barang yang ada disana. Proses
perpindahan hak milik barang terjadi setelah penjual dan pembeli mencapai kesepakan
harga, pasar yang demikian disebut juga pasar konkret/sandang. Ikhwal pasar tradisional
sebagai tempat perdagangan sudah ada semenjak dahulu, sejak manusia mulai melakukan
pola sistem dagang barter (tukar-menukar barang) dalam memenuhi kebutuhan hidupnya.
Pasar tradisional sebagai tempat bertemunya para penjual dan pembeli, tempat
penimbunan logistik barang dagangan serta tersedianya berbagai macam barang dari
kebutuhan sehari-hari sampai dengan kebutuhan sandang dan pangan tentu menimbulkan
masalah klasik bagi sistem lingkungan di sekitar pasar tradisional yaitu kesemerawutan
dan lingkungan kotor. klasik karena faktor simultan yang terus menerus,dimana ada
sebuah pasar tradisional beroperasi maka lingkungan kotor tidak akan terhindarkan
sebagaimana tampak pada pada pasar-pasar tradisional (Deperindag RI,2007).
8
Pasar tradisional dengan begitu banyak kios tempat berjualan dan berbagai
macam penyimpanan bahan makanan untuk dijual tentu aja menjadi tempat yang baik
untuk berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat
berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya makanan bagi
mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang mereka. Tikus tidak
hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual belikan akibat
digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah satunya adalah
penyakit Leptospirosis (Heath SE et al, 1994). Tikus sebagai pembawa bakteri
Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional terutama air
lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat
mengandung bakteri Leptospira (Soejoedono RR, 2000).
Masyarakat yang terlibat langsung di pasar tradisional baik pedagang, pembeli,
buruh pasar maupun masyarakat yang tinggal disekitar pasar tradisional dapat saja
terinfeksi oleh bakteri Leptospira akibat adanya kontak langsung dengan air di sekitar
pasar tradisional yang sudah terkontaminasi oleh bakteri Leptospira. Maka dari itu perlu
kiranya dilakukan penelitian yang mendeteksi keberadaan bakteri Leptospira pada air
disekitar pasar tradisional dengan menggunakan metode yang lebih cepat dan akurat
dimana salah satunya dengan menggunakan metode PCR.
1.2 Rumusan masalah
Berdasarkan latar belakang di atas beberapa permasalahan yang akan dijawab dalam
penelitian ini adalah :
1. Air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota Denpasar yang
terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen?
2. Air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota Denpasar yang
terkontaminasi oleh bakteri Leptospira saprofit?
3. Air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota Denpasar yang
tidak terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen dan Leptospira saprofit?
9
4. Bagaimanakah kemampuan metode PCR tiga primer dalam membedakan antara
bakteri Spesies Leptospira patogen dengan Leptospira Saprofit dari air
lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar ?
1.3 Tujuan Penelitian
Tujuan umum :
Untuk mendeteksi adanya kontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira
patogen dari air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional di Kota Denpasar
Tujuan khusus :
1. Untuk mengetahui air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota
Denpasar yang terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen?
2. Untuk mengetahui air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota
Denpasar yang terkontaminasi oleh bakteri Leptospira saprofit?
3. Untuk mengetahui air lingkungan di sekitar Pasar Tradisional mana saja di Kota
Denpasar yang tidak terkontaminasi oleh bakteri Leptospira patogen dan
Leptospira saprofit?
4. Untuk mengetahui bagaimana kemampuan metode PCR tiga primer dalam
membedakan antara bakteri Spesies Leptospira patogen dengan Leptospira
Saprofit dari air lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar
1.4 Manfaat Penelitian
1. Memberikan informasi tentang persentase dan lingkungan pasar tradisional mana
saja yang terkontaminasi bakteri Leptospira saprofit dan Leptospira patogen pada
air lingkungan sekitar pasar tradisional di Kota Denpasar
2. Memberikan pengetahuan dan ketrampilan kepada peneliti tentang isolasi dan
identifikasi bakteri Leptospira pathogen dilihat dari aspek mikrobiologi dan
biologi molekuler.
3. Memberikan informasi awal tentang kontaminasi bakteri Leptospira kepada
instansi terkait sebagai upaya penanggulangan pencemaran dan upaya pencegahan
penyakit menular pada masyarakat yang mengunjungi pasar tradisional di Kota
Denpasar.
10
BAB II
KERANGKA KONSEP PENELITIAN
Pasar tradisional sebagai tempat bertemunya banyak orang dengan aktifitas jual
beli dan tempat penyimbanan barang dagangan yang berupa bahan makanan dan dengan
begitu banyak kios tempat berjualan tentu aja menjadi tempat yang baik untuk
berkembang-biaknya hewan pengerat liar seperti contohnya tikus. Tikus dapat
berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya makanan bagi
mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang mereka. Tikus tidak
hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual belikan akibat
digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah satunya adalah
penyakit. Tikus sebagai pembawa bakteri Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari
lingkungan di sekitar pasar tradisional seperti selokan, saluran pembuangan air limbah,
sungai, kios atau toko, gudang tempat sampah dan terutama air lingkungan disekitar pasar
melalui air kencing yang dikeluarkannya yang dapat mengandung bakteri Leptospira.
Masyarakat yang terlibat langsung di pasar tradisional baik pedagang, pembeli, buruh
pasar maupun masyarakat yang tinggal disekitar pasar tradisional dapat saja terinfeksi
oleh bakteri Leptospira akibat adanya kontak langsung dengan air di sekitar pasar
tradisional yang sudah terkontaminasi oleh bakteri Leptospira sehingga dapat
menimbulkan penyakit leptospirosis.
11
Gambar 3.1 Skema Kerangka Konsep Penelitian
Bagan dengan dasar warna abu-abu merupakan ranah yang akan diteliti
12
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Rancangan Penelitian
Penelitian ini merupakan penelitian deskritif yang merupakan studi eksploratif.
3.2 Lokasi Penelitian
Pengambilan spesimen air dari lingkungan pasar tradisional dilaksanakan di sekitar 7
lokasi pasar tradisional di wilayah Kota Denpasar dengan keterwakilan di wilayah
kota Denpasar yaitu wilayah Denpasar Pusat Kota, Denpasar Selatan dan Denpasar
Timur seperti yang terlihat pada tabel di bawah.
Tabel 4.1 lokasi pengambilan sampel air di sekitar lingkungan pasar tradisional
seluruh wilayah Kota Denpasar
No. Wilayah Nama Pasar
1 Denpasar pusat kota 1. Pasar Badung Kumbasari
2. Pasar Kreneng
2 Denpasar Selatan 1. Pasar Desa Sanur
2. Pasar Renon
3 Denpasar Timur 1. Pasar Desa Kesiman
2. Pasar Ketapian
3. Pasar Surabi
Pemeriksaan sampel air dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik
FK.Unud/RS.Sanglah Denpasar.
3.3 Waktu Penelitian
Penelitian dimulai sejak proposal ini dinyatakan diterima dan berakhir diperkirakan 8
bulan setelahnya.
13
3.4 Populasi Penelitian
Populasi Target Penelitian
Populasi target penelitian ini adalah Lingkungan sekitar Pasar Tradisional seluruh
wilayah Kota Denpasar
Sampel Penelitian
Sebagai sampel dalam penelitian ini adalah air dari lingkungan sekitar pasar
tradisional seperti : selokan, saluran pembuangan limbah, tempat penampungan air,
genangan air maupun sungai yang ada di sekitar pasar tradisional. Dari setiap pasar
tradisional minimal diambil dari dua lokasi tempat pengambilan air.
3.5. Metode pengambilan Sampel dan Besar sampel
Pengambilan sampel menggunakan salah satu teknik non-random sampling yaitu
quota sampling. Besar sampel ditentukan dengan cara quota sampling yaitu lokasi
pengambilan dan jumlah sampel yang akan diambil telah ditentukan oleh peneliti
sebelumnya. Besar sampel yang ditentukan sebanyak 7 pasar tradisional dengan
masing-masing minimal 2 sampai 3 lokasi pengambilan air, sehingga diperkirakan
besar sampel air yang diperoleh sebanyak 19 sampel air.
3.6 Definisi Operasinal Variabel
1. Pasar Tradisional adalah tempat berkumpulnya sejumlah penjual dan pembeli
dimana terjadi transaksi jual-beli barang dengan tempat berjualan yang masih
sederhana dimana antar penjual dan pembeli bertatap muka langsung dengan
terjadi transaksi langsung dimana pembeli mendapatkan langsung barang yang
dibeli dengan membayar sejumlah uang yang telah disepakati.
2. Air di Lingkungan sekitar pasar tradisional adalah sejumlah air sebagai sampel
yang didapatkan dari lingkungan pasar tradisional seperti dari selokan, saluran
pembuangan limbah, tempat penampungan air, genangan air maupun sungai
yang ada di sekitar pasar tradisional.
14
3. Leptospira patogen adalah bakteri genus leptospira yang dapat menimbulkan
penyakit infeksi pada manusia dengan spesies Leptospira interrogans dan
Leptospira borgpetersenii
4. Leptospira saprofit adalah Leptospira jenis non-patogen dengan genus
leptospira yang tidak menimbulkan penyakit infeksi pada manusia dengan
spesies Leptospira biflexa
5. Hasil polymerase chain reactions (PCR) positif adalah apabila dari hasil
ekstraksi DNA bakteri yang diamplifikasi pada regio gen spesifik
menggunakan set primer spesifik, dimana pada visualisasi dengan proses
elektroporesis dan pada ultra violet (UV) transiluminator tampak pita berwarna
putih pada ukuran basepair yang sesuai dengan yang diharapkan.
3.7 Prosedur Penelitian
3.7.1 Cara pengambilan sampel
Untuk memperoleh sampel yang berasal dari air lingkungan di sekitar pasar
tradisional dilakukan dengan memakai botol penampungan steril untuk lokasi
dengan air yang banyak seperti sungai dan dengan menggunakan container steril
ukuran 100 cc untuk pengambilan sampel pada air yang sedikit seperti selokan dan
genangan air. Unutk lokasi dengan air yang banyak seperti sungai dilakukan
dengan cara berikut; botol penampungan steril dibenamkan ke dalam tempat
genangan air sampai air dapat masuk ke botol, ambil air dengan cara aseptik
minimal 50 cc. Untuk air yang sedikit cukup diambil langsung dengan
menggunakan wadah steril dan ditutup rapat untuk mencegah kontaminasi, lalu
botol diberi label (nama/nomor, lokasi sumber air, tanggal pengambilan).
Selanjutnya wadah dimasukkan kedalam cool box yang berisi ice pack lalu ditutup
rapat dan segera dikirim ke laboratorium untuk diproses.
3.7.2 Filtrasi air dengan kasa steril untuk sampel air yang banyak.
Telah disiapkan gelas kaca (becker) steril ukuran 1000 ml dan corong kaca dan kain
kasa atau kertas saring yang juga telah disteril. Air sampel kemudian dituangkan
kedalam corong kaca yang telah berisi kertas saring atau kasa steril dengan air hasil
15
saringan ditampung pada gelas kaca steril. proses penyaringan dilakukan dengan
memperhatikan prosedur aseptik.
3.7.3 Filtrasi air dengan membran milipore untuk sampel air yang banyak
Sampel air yang telah melalui filtrasi menggunakan kasa steril dilanjutkan dengan
filtrasi dengan menggunakan membran milipore 0.4 µm. alat filtasi membran
milipore berupa pompa, filter steril, gelas kaca steril dan milipore 0,4 µm disiapkan
disiapkan. Air sampel kemudian dialirkan pada mesin filtrasi dan hasil filtrasi
ditampung pada gelas kaca yang lain. Kemudian membran filter milipore 0.4 µm
hasil filtrasi diresuspensi dengan 10 ml larutan NaCL 0.9%, kemudian dipotong-
potong dengan gunting steril kemudian dilakukan vortex untuk proses
homogenisasi, kemudian sampel resuspensi dialikuot, 1 ml untuk kultur tanpa
diasamkan dan 1 ml untuk bahan PCR.
3.7.4 Ekstraksi DNA bakteri dari air
DNA dari serum sampel diekstraksi menggunakan kit komersial QIAamp DNA
mini kit (Qiagen, Inc) dengan prosedur kerja sebagai berikut :
16
17
3.7.5 pemeriksan PCR
1. Dalam collection tube ukuran 200 µl, campur reagen PCR mix dengan komposisi :
Komponen Volume (µl) Untuk 1 Reaksi
H2O 7
Master Mix 10
Primer Lepto1(F) 1
Primer Lepto2(F) 1
Primer Lepto3(F) 1
Primer yang digunakan adalah tiga spesifik primer yang didesain dari gen 16S
rRNA yaitu :
Lepto1(F) = 5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’
Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTACACACCCTTTAC3’
Lepto3(F) = 5’AATACTGGATAGTCCCGAGAGGTC3’
(Uavechanichkul R et al,2011).
Jumlah campuran ini hanya untuk 1 reaksi jadi hitung dengan baik jumlah
campuran untuk menjalankan sampel, kontrol positif dan kontrol negatif.
Spin beberapa detik
2. Pindahkan dalam semua campuran (20µl) ke dalam tabung 200µl, tambahkan
template DNA atau sampel atau kontrol positif atau kontrol negatif (H2O)
sebanyak 5µl (Total campuran = 25µl)
3. Masukkan dalam Thermal Cycler dengan program berikut :
1. Initial PCR activation step (1 siklus)
92 ºC 2 menit
2. 3 step cycling (35 siklus)
94ºC 2 menit (denaturasi)
54ºC 1 menit (annealing)
18
72ºC 1 menit (ekstensi)
3. Final extension
72ºC 5 min
5. Tunggu hasil amplifikasi, lanjutkan dengan elektroforesis.
3.7.6 Membuat gel agarose 1,5%
Pembuatan gel agarose 1,5% dilakukan dengan prosedur sebagai berikut :
- Timbang Agarose sebanyak 0,6 gram
- Tuang kedalam tabung tahan panas
- Tambahkan 40 ml TBE buffer
- Didihkan Sampai larut dalam microwave selama 4 menit
- Biarkan sampai suhunya 60ºC
- Tambahkan 2 µl Etidium bromide gel staining
- Tuang dalam tray yang telah dipasang comb
- Biarkan Sampai mengeras, angkat comb
3.7.7 Prosedur elektroforesis
- Siapkan hasil PCR (sampel, Kontrol positif dan kontrol negatif) sebanyak
masing-masing 5 µl tanpa loading dye.
- Masukkan masing-masing hasil PCR kedalam sumuran pada gel agarose
dalam elektroforesis chamber
- Isi salah satu sumur dengan marker 100 bp
- Nyalakan power suplay pada posisi 100 volt selama 40 menit
- Baca hasil elektroforesis dengan menggunakan UV Transluminator/gel doc
19
3.7.8 Analisis dan Penyajian Data
Data yang diperoleh pada penelitian ini akan disajikan dalam bentuk tabel serta
narasi.
3.8 Alur Penelitian
20
BAB IV
HASIL PENELITIAN
4.1 Pengambilan Sampel air lingkungan pasar tradisional
Penelitian ini telah mengambil sampel dari air lingkungan sekitar pasar tradisional
di Denpasar sebanyak 19 titik lokasi yang berasal dari 8 lokasi pasar radisional yang ada
di Denpasar dengan meliputi wilayah Denpasar pusat kota, Denpasar Selatan dan
Denpasar Timur seperti yang tampak pada Gambar 4.1. Hasil pengumpulan sampel dan
lokasi daerah pengambilan sampel air lingkungan beserta kode sampel disajikan seperti
pada Tabel 4.1 dan Tabel 4.2.
Tabel 4.1 Distribusi pasar tradisional tempat pengambilan sampel air
No. Wilayah Nama Pasar
1 Denpasar pusat kota 3. Pasar Badung Kumbasari
4. Pasar Kreneng
2 Denpasar Selatan 3. Pasar Desa Sanur
4. Pasar Renon
3 Denpasar Timur 4. Pasar Desa Kesiman
5. Pasar Ketapian
6. Pasar Surabi
21
Tabel 4.2 Lokasi pengambilan air lingkungan pasar tradisional
No. Nama Pasar Lokasi pengambilan sampel Kode Sampel
1 Pasar Badung Kumbasari Selokan lorong penjual daging BD 1
Sungai besar pasar badung BD 2
Genangan air depan toko
kelontong
BD 3
2 Pasar Kreneng Selokan dekat penjual daging KR 1
Selokan disamping dagang sate
parkiran
KR 2
Selokan air kran untuk umum KR 3
3 Pasar Desa Sanur Selokan kran air umum
belakang
SNR 1
Selokan dekat tempat sampah SNR 2
4 Pasar Renon Selokan kran air umum timur RN 1
Selokan kran air umum depan RN 2
5 Pasar Desa Kesiman Genangan air depan pintu
masuk
KM 1
6 Pasar Ketapian Genangan air komplek dagang
timur
KT 1
Genangan air komplek dagang
di dalam
KT 2
Genangan air dekat pintu
keluar
KT 3
7 Pasar Surabi Genangan air komplek dagang
di luar
SR 1
Selokan kran air umum dekat
toilet
SR 2
8 Dagang Desa Yang Batu Selokan depan MD 1
Selokan Belakang MD 2
Selokan samping MD 3
22
A.
B.
23
C.
Gambar 4.1. Titik lokasi Pengambilan sampel dari air lingkungan sekitar pasar tradisional
A. Pasar Kreneng B. Pasar Badung C. Sungai di Pasar Badung
Semua sampel yang telah dikumpulkan kemudian di catat dengan pemberian
kode sampel, sehingga sampel semua terkumpul menjadi sebanyak 16 sampel. Setiap
sampel yang telah diambil kemudian disimpan dulu di dalam lemari pendingin untuk
kemudian bersama-sama dilakukan pemeriksan lebih lanjut. (Gambar 4.2).
24
Gambar 4.2 Semua sampel yang telah dikumpulkan
Setiap sampel air yang diperoleh dipersiapkan untuk dilakukan ekstraksi DNA. Sebelum
ektraksi DNA untuk sampel air yang diambil lebih dari 500 cc difiltrasi dengan membran
milipore 0.2 µm, kemudian membran filter diresuspensi dengan 10 ml larutan NaCL
0.9%, dilakukan vortex untuk proses homogenisasi, kemudian sampel resuspensi
dialikuot, 1 ml diambil untuk bahan pemeriksaan PCR. Untuk sampel yang kurang dari
500 cc cukup dihomogenkan dengan cara digoyang-goyangkan sampai tampak homogen.
4.2 Deteksi Leptospira patogen dan saprofit metode PCR menggunakan 3 primer
Sampel air lingkungan pasar tradisional yang telah dihomogenkan selanjutnya
dilakukan pemeriksaan dengan metoda PCR untuk mendeteksi gen spesifik yang dapat
membedakan leptospira yang patogen dengan yang saprofit menggunakan tiga spesifik
primer yang didesain dari gen 16S rRNA yaitu :
Lepto1(F) = 5’GTCAAACGGGTAGCAATACC 3’,
Lepto2(R) = 5’GTCCGCCTACACACCCTTTAC3’ dan
Lepto3(F) = 5’AATACTGGATAGTCCCGAGAGGTC3’
untuk isolasi Gen spesifik dari sampel air dengan dilakukan tahapan-tahapan dimulai dari
tahap ekstraksi DNA, amplifikasi dengan PCR dan deteksi DNA dengan eletroforesis
dengan gel agarose 2%. Awalnya dilakukan optimasi PCR pada bakteri kontrol positif.
Hasil elektroforesis dibawah sinar UV short wave disajikan seperti pada gambar
dibawah:
25
Gambar 4.3 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel kontrol bakteri patogen
Leptospira interogans serovar bataviae dan Leptospira borgpetersenii serovar
ballum untuk optimasi pemeriksaan PCR dengan hasil tampak adanya pita di
atas 400 bp (409 bp) yang tampak pada kedua kontrol positif
Gambar 4.4 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel kontrol bakteri patogen
sebagai kontrol positif 1 yaitu Leptospira interogans serovar bataviae dan
kontrol positif 2 yaitu Leptospira borgpetersenii serovar ballum untuk optimasi
pemeriksaan PCR dengan hasil tampak adanya pita di atas 400 bp (409 bp)
yang tampak pada kedua kontrol positif
26
Gambar 4.5 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel kontrol bakteri patogen
sebagai kontrol positif 1 yaitu Leptospira interogans serovar bataviae dan
kontrol positif 2 yaitu Leptospira borgpetersenii serovar ballum untuk optimasi
pemeriksaan PCR dengan A dan B menggunakan pengenceran DNA yang
berbeda pada hasil ekstraksi DNA dimasil hasil PCR menunjukkan adanya pita
di atas 400 bp (409 bp) yang tampak pada kedua kontrol positif dan pda
masing-masing pengenceran yang menunjukkan hasil tidak ada perbedaan.
Setelah dilakukannya optimasi pemeriksaanPCR pada kedua kontrol yaitu kontrol positif
1. Leptospira interogans serovar bataviae dan kontrol positif 2 yaitu Leptospira
borgpetersenii serovar ballum kemudian metode ini dilanjutkan diterapkan pada semua
sampel dengan dilakukan tahapan-tahapan dimulai dari tahap ekstraksi DNA, amplifikasi
dengan PCR dan deteksi DNA dengan eletroforesis dengan gel agarose 2%. Hasil
elektroforesis dibawah sinar UV short wave pada semua sampel disajikan seperti pada
gambar dibawah:
27
Gambar 4.6 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel air lingkungan pasar
tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400
bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol
positif 1. Leptospira interogans serovar bataviae. Tampak adanya beberapa
sampel yang menunjukkan adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400
bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel no. 5, 8,10,11. Sedangkan
beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas 500 bp (503 bp)
yaitu sampel no.1,3,6, 9 yang menunjukkan adanya DNA saprofit leptospira.
28
Gambar 4.7 Gambar hasil elektroforesis produk PCR sampel air lingkungan pasar
tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409
bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 2. Leptospira
borgpetersenii serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan
adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp)
yaitu sampel no. 18, Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang
diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel no.13,14,15,17,19 yang menunjukkan adanya DNA
saprofit leptospira
29
Gambar 4.8 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel air lingkungan
pasar tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp
(409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 1.
Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira borgpetersenii
serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan adanya dua pita
yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel
no. ,5, 8,10,11. Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas
500 bp (503 bp) yaitu sampel no.3,6, 9 yang menunjukkan adanya DNA saprofit
leptospira.
30
Gambar 4.9 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel air lingkungan
pasar tradisional untuk mendeteksi adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp
(409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) seperti yang tampak pada kontrol positif 1.
Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira borgpetersenii
serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan adanya dua pita
yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel
no. 18, Sedangkan beberapa sampel mennjukkan adanya hanya 1 pita yang diatas 500 bp
(503 bp) yaitu sampel no.12, 13,14,15,17,19 yang menunjukkan adanya DNA saprofit
leptospira
31
Gambar 4.10 Gambar hasil elektroforesis ulangan produk PCR sampel untuk
memperjelas adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas
500 bp (503 bp) pada sampel-sampel yang diduga memiliki 2 pita sejajar dengan kontrol
positif 1. Leptospira interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 Leptospira
borgpetersenii serovar ballum. Tampak adanya beberapa sampel yang menunjukkan
adanya dua pita yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp)
yaitu sampel no. 5, 8,10,11,18
32
Pada semua gambar diatas menunjukkan hasil elektroforesis produk PCR pada
kontrol positif 1 (K1) yang merupakan bakteri kontrol Leptospira Leptospira
interogans serovar bataviae. dan kontrol positif 2 (K2) Leptospira borgpetersenii
serovar ballum. Setelah dilakukan beberapa kali pengulangan pemeriksaan PCR tampak
adanya beberapa sampel yang menunjukkan hasil yang postif dimana adanya dua pita
yang diharapkan yaitu di atas 400 bp (409 bp) dan diatas 500 bp (503 bp) yaitu sampel
no. 5, 8,10,11,18. Kelima sampel yang mempunyai 2 pita yang sejajar dengan kontrol K1
dan K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen
sehingga diasumsikan pada kelima sampel air lingkungan pasar tradisional terdapat
bakteri leptospira patogen.
Sampel no. 5, 8,10,11,18 mempunyai dua pita yang sejajar dengan kontrol K1 dan
K2 dapat diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen sehingga
diasumsikan pada kelima sampel air lingkungan pasar tradisional terdapat bakteri
leptospira patogen. Kelima sampel tersebut adalah seperti tabel berikut :
Tabel 4.3 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga terdapat
Leptospira patogen
No.Sampel Kode Sampel Lokasi sampel
5 BD 3 Genangan air depan toko kelontong
Pasar Badung
8 SNR 2 Selokan dekat tempat sampah Pasar
Desa Sanur
10 KT 1 Genangan air komplek dagang timur
Pasar Ketapian
11 KT 3 Genangan air dekat pintu keluar Pasar
Ketapian
18 RN 2 Selokan kran air umum depan Pasar
Renon
33
Sedangkan sampel no.3,6,9,13,14,15,17,19 menunjukkan adanya DNA saprofit
leptospira.
Tabel 4.4 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga terdapat
Leptospira saprofit
No.Sampel Kode Sampel Lokasi sampel
1 MD 3 Selokan samping Dagang Desa Yang
Batu
3 MD 2 Selokan belakang Dagang Desa Yang
Batu
6 KR 3 Selokan air kran untuk umum Pasar
Kreneng
9 SR 2 Selokan kran air umum dekat toilet
Pasar Surabi
13 BD 1 Selokan lorong penjual daging Pasar
Badung
14 SNR 1 Selokan kran air umum belakang Pasar
Desa Sanur
15 SR 1 Genangan air komplek dagang di luar
Pasar Surabi
17 KT 2 Genangan air komplek dagang di dalam
Pasar Ketapian
19 RN 1 Selokan kran air umum timur Pasar
Renon
34
Tabel 4.5 Kode sampel dan kolasi tempat pengambilan sampel yang diduga tidak
terdapat Leptospira patogen dan Saprofit
No.Sampel Kode Sampel Lokasi sampel
2 MD 1 Selokan depan Dagang Desa Yang Batu
4 KR 1 Selokan dekat penjual daging Pasar Kreneng
7 KR 2 Selokan disamping dagang sate parkiran Pasar
Kreneng
12 KM 1 Genangan air depan pintu masuk Pasar Desa
Kesiman
16 BD 2 Sungai besar pasar badung
35
BAB V
PEMBAHASAN
Diantara beberapa cara alternative untuk mendeteksi leptopsira, deteksi DNA
merupakan cara yang cepat, lebih sensitif dan spesifik. Metode ini dapat dilakukan baik
dengan konvensional PCR mupun real-time PCR (Karuniawati A,et al 2012)
Pemeriksaan pada sampel dari lingkungan memerlukan evaluasi dan perhatian
lebih. Leptospira non patogen atau disebut saprofit yang diwakili oleh .L. biflexa
merupakan yang paling sering sebagai kontaminan lingkungan dan sering meragukan
pada identifikasi strain patogen dari sampel lingkungan. Metode PCR merupakan salah
satu cara yang dapat digunakan untuk identifikasi (Smythe LD et al, 2002)
Pita 503 bp dari hasil pcr ditemukan pada leptospira patogen serovar autumnalis,
bataviae, canicola, djasiman, hebdomadis, icterohaemorrhagiae, pamona, pyrogenes dan
sejroe. Hasil penelitian menunjukkan produk PCR pada 409 bp ditemukan dari sampel
patogen. Ada atau tidaknya suatu hasil PCR dapat dengan mudahterjadi salah interpretasi
sebagai negative palsu oleh karena itu salah satu cara yang dapat ditempuh dengan
melakukan pemeriksaan PCR menggunakan kombinasi tiga primer Yaitu Lepto1(F),
Lepto2(R) dsn Lepto3(F). Hasilnya menunjukkan dengan menggunakan 3 primer
sekaligus dapat mengamplifikasi genom DNA dari 21 leptospira serovar patogen dan 4
serovar saprofit. Adanya 2 pita yaitu pada 503 bp dan 409 bp terdeteksi pada kelompok
patogen, sedangkan yang hanya menunjukkan 1 pita pada 503 bp ditemukan pada spesies
leptospira saprofit. (Uavechanichkul R, 2011)
Bakteri leptospira sebagai penyebab penyakit leptospirosis merupakan penyakit
zoonosis yang dapat menyebar luas.Bakteri ini mempunyai sumber penularan infeksi
pada manusia melalui kontak secara langsung atau tidak langsung dengan urin hewan
yang terinfeksi. Leptospira masuk ke dalarn tubuh melalui kulit yang terbuka atau
membrane mukosa. Orang-orang yang berhubungan dengan perairan, lumpur dan hewan
merupakan orang dengan resiko terinfeksi lebih besar (Levett PN, 2001).
Leptospira dapat bertahan hidup di dalam air bersifat basa sampai 6 bulan.
Penularan juga dapat terjadi jika kontak Iangsung dengan tanah basah yang
terkontaminasi urin hewan penderita leptospirosis (Infectious Disease Information
36
Center, 2005). Leptospira biflexa merupakan safrofit yang hidup bebas di perairan
dangkal dan jarang dihubungkan dengan infeksi pada manusia (Higgins R. 2004).
Pasar tradisional sebagai tempat jual beli barang dan bahan makanan serta
tersimpannya dagangan yang tentu saja banyak terdapat sarang hewan pengerat seperti
tikus. Tikus dapat berkembang biak dengan pesat di pasar tradisional karena tersedianya
makanan bagi mereka dan banyak sudut dan lingkungan pasar yang menjadi sarang
mereka. Tikus tidak hanya sebagai hama yang merusak bahan makanan yang diperjual
belikan akibat digerogoti juga tentu saja membawa penyakit bagi manusia yang salah
satunya adalah penyakit Leptospirosis (Heath SE et al, 1994). Tikus sebagai pembawa
bakteri Leptospira dalam tubuhnya dapat mencemari lingkungan pasar tradisional
terutama air lingkungan disekitar pasar melalui air kencing yang dikeluarkannya yang
dapat mengandung bakteri Leptospira (Soejoedono RR, 2000).
Dengan timbulnya ada pita yang muncul pada pemeriksaan PCR dari sampel yaitu
sampel yang menunjukkan adanya 2 pita yang sejajar seperti kontrol positif yaitu pada
503 bp dan 409 bp dimana diduga terdeteksi pada kelompok patogen, dan ada sampel
yang menunjukkan 1 pita pada 503 bp dimana diduga ditemukan spesies leptospira
saprofit serta ada sampel yang tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana
diduga tidak terdapat bakteri leptospira patogen dan saprofit. Pemeriksaan PCR pada
penelitian ini yang menggunakan kombinasi tiga primer dapat membedakan adanya
leptospira patogen, leptospira saprofit maupun yang tidak ada leptospira patogen dan
saprofit dari sampel air lingkungan pasar tradisional. Pemeriksaan PCR menggunakan
kombinasi tiga primer ini telah dikembangkan dan digunakan untuk mendeteksi dan
membedakan antara spesies leptospira patogen dengan spesies saprofit pada gel agarose
yang mana dapat diaplikasikan pada diagnosis rutin (Uavechanichkul R, 2011)
37
BAB VI
KESIMPULAN
1. Sampel dari air lingkungan genangan air depan toko kelontong Pasar Badung, selokan
dekat tempat sampah Pasar Desa Sanur, genangan air komplek dagang timur Pasar
Ketapian, genangan air dekat pintu keluar Pasar Ketapian, selokan kran air umum
depan Pasar Renon mempunyai dua pita yang sejajar dengan kontrol K1 dan K2 dapat
diduga terdapat gen spesifik pada DNA dari bakteri leptospira patogen.
2. Sampel dari air lingkungan selokan samping Dagang Desa Yang Batu, selokan
belakang Dagang Desa Yang Batu, selokan air kran untuk umum Pasar Kreneng,
selokan kran air umum dekat toilet Pasar Surabi, selokan lorong penjual daging Pasar
Badung, selokan kran air umum belakang Pasar Desa Sanur, genangan air komplek
dagang di luar Pasar Surabi, genangan air komplek dagang di dalam Pasar Ketapian,
selokan kran air umum timur Pasar Renon menunjukkan hasil PCR hanya 1 pita pada
503 bp dimana diduga ditemukan spesies leptospira saprofit
3. Sampel dari air lingkungan selokan depan Dagang Desa Yang Batu, selokan dekat
penjual daging Pasar Kreneng, selokan disamping dagang sate parkiran Pasar
Kreneng, genangan air depan pintu masuk Pasar Desa Kesiman, sungai besar pasar
badung tidak menunjukkan kedua pita seperti kontrol dimana diduga tidak terdapat
bakteri leptospira patogen dan saprofit
4. Pemeriksaan PCR pada penelitian ini yang menggunakan kombinasi tiga primer
dapat membedakan adanya leptospira patogen, leptospira saprofit maupun yang tidak
ada leptospira patogen dan saprofit dari sampel air lingkungan pasar tradisional.
38
DAFTAR PUSTAKA
Brooks GF, Butel JS, Morse SA. 2001. Mikrobiologi untuk Profesi Kesehatan, Penerbit
Buku Kedokteran Jakarta..
Center for Diseases Control and Prevention (CDC).2005. Leptospirosis. Available at:
http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/leptospirosis_g.htm
Darodjat M, Ronohardjo P. 1989. Diagnosa Serologik Microscopic Agllutination Test
(MAT) untuk leptospirosis pada serum manusia. Penyakit Hewan XXl(37)
Semester 1 : 1-8 .
Departemen kesehatan RI.2009.Awas, Gejala Leptospirosis menyupai Flu.Avilable at:
http://www.depkes.go.id/index.php?option=articles&task
Ebrahimi A, Nasr Z, Koiouri GHA. 2004. Scroinvestigation of bovine leptospirosis in
Shahrekord district, central Iran . Iranian J . Vet .Res. University of Shiraz . 5(2)
Ser. (10) . 1383 : 110-113 .
Ellis WA, Obrien JJ, Nell SO, Bryson DG. 1986. Bovine leptospirosis: experimental
serovar hardjo infection. Vet. Microbiol. 11 : 293-299.
Faine S. 1982. Guidelines for the Control of Leptospirosis.WHO, Geneva. 171 p .
Hartman EG, Van Den Ingh TSGAM, Rothutzen J. 1986 . Clinical, pathological and
serological features of spontaneous canine leptospirosis. An evaluation of the IgM- and
IgGspecific ELISA. Vet. Immunol . and Immunopathol.13:261-271.
Heath SE, Johnson R. 1994. Leptospirosis. Javma 205(11) : 1518-1523 .
Hickey PW, Deemeks D. 2003. Leptospirosis. Emedicine . pp .1-9 .
Higgins, R. 2004. Emerging or re-emerging bacterial zoonotic diseases : bartonellosis,
leptospirosis, Lyme borreliosis, plague.Rev.Sci.Tech. Off. Int . Epiz. 23(2):569-581
.
Infectious Disease Information Center. 2005 . Leptospirosis-weil's disease-sewerman's
fluswineherd's disease-Milker's disease . available in http .://www.Leptospirosis-
weil's disease.htm .
Karuniawati A, Yasmon A, Ningsih I, 2012, Optimizing real-time PCR method to detect
Leptospira spp. in human blood and urine specimens Department of Microbiology,
Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia Med J Indones Vol.
21, No. 1
39
Kocabiyik AL, Cetin C. 2003. Detection of antibodies to Leptospira interrogans serovar
Hardjo by the Microscopic Agglutination Test and Enzyme-Linked Immunosorbent
Assay in cattle sera . Indian Vet. J . 80:969-971.
Kusmiyati, Noor SM, Supar. Leptospirosis pada hewan dan manusia di Indonesia. Balai
Penelitian Veteriner Bogor. Indonesia.Wartazoa. 2005;15:213-20.
Levett PN. 2001 . Leptospirosis. Clinical Microbiol. Review.14(2):296-326.
Nazir H. 2005 . Diagnosis klinis dan penatalaksanaan leptospirosis . Disampaikan pada
Workshop dan Training Penanggulangan Leptospirosis bagi Dokter Puskesmas di
Propinsi DKI Jakarta, Bapelkes Depkes Cilandak, 29 Maret 2005.
Office International Des Epizooties. 2000. Leptospirosis, in Manual of standards for
diagnostic test and vaccines, 4th edition: 265-275.
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perdagangan Dalam Negeri Departemen
Perdagangan RI bekerja sama dengan PT Indef Eramadani (INDEF), 2007,
Desember. “Kajian Dampak Ekonomi Keberadaan Hypermarket terhadap Pasar
Tradisional”. Jakarta
Ratnam S, Everard COR, Alex C. 1994. A pilot study on the prevalence of leptospirosis
in Tamilmadu State . Indian Vet. J . 71 : 1059-1063 .
Simanjuntak GM, Koesharjono C, Hardjoutomo S.1986 . Leptospirosis di daerah
transmigrasi Kuala Cinaku propinsi Riau tahun 1981 . Penyakit Hewan XVI11(31)
Semester I : 6-13
Scott-ORR, H, Darodjat M. 1978 . Leptospirosis : Kerja Pendahuluan di LP :PII . Bull .
Lembaga Penelitian Penyakit Hewan (16) : 35-44.
Scott-ORR, H, Darodjat M, Aciidijati J. 1980. Kejadian Leptospirosis dan Brucellosis
pada ternak di Indonesia. Risalah (Proc.) Seminar Penyakit reproduksi dan unggas .
Tugu, Bogor, 13 15 Maret 1980. LPP:II-Puslitbangnak, Deptan : 31-57.
Smythe LD, Smith IL, Smith GA, Dohnt MF, Symonds ML, Barnett LJ, 2002, A
quantitative PCR (TaqMan) assay for pathogenic Leptospira spp, BMC Infectious
Diseases 2002, 2:13http://www.biomedcentral.com/1471-2334/2/13
Soejoedono RR. 2000. Zoonosis. Laboratorium Kesehatan Masyarakat Veteriner,
Fakultas Kedokteran Hewan, Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Uavechanichkul R, Sraphet S, Suwancharoen D, Triwitayakorn K, 2011. PCR-Based
Technique for Detection and Differentiation of Pathogenic and Saprophytic
Leptospira Species. Int.J.Microbiol.Res.,2(1):43-48
40
Wagenaar J, Zuener RL, David ALT, Bolin CA. 2000. Comparison of polymerase chain
reaction assays with bacteriologic culture, immunoftiorescence, and nucleic acid
hybridization for detection of Leptospira borgpetersenii serovar hardjo in urin of
cattle . AJVR 61(3) : 316-320 .
Widarso,Wilfried, Siti G. 2005. Penanggulangan Leptospirosis di Indonesia. Pusat Data
Informasi-Perhimpunan Rumah Sakit Seluruh Indonesia. Jakarta.
Woodward M J, Sullivan AG, Palmer NMA, Woolfy JC,Redstone JS. 1991 Development
of a PCR test specific for Leptospira hardjo genotype bovis. Vet. Rec .128:282-283
41
L A M P I R A N
Dokumentasi penelitian
42
43
44
45
46
CURICULUM VITAE
BIOGRAFI / DAFTAR RIWAYAT HIDUP
1. Nama lengkap dan gelar : dr. Made Agus Hendrayana,M.Ked
2. Tempat / tanggal lahir : Denpasar, 17 Juli 1978
3. NIP : 197807172006041004
4. Pangkat/Gol. : Penata / III c
5. Bagian : Mikrobiologi
6. Alamat Rumah : Jl.Soka gg.VI no:50 B – Denpasar
7. HP / email : 08123921590 / [email protected]
8. Pendidikan (dari sarjana muda / yang sederajat ke atas )
UNIVERSITAS / INSTITUT
DAN LOKASI
GELAR
TAHUN
BIDANG STUDI
1. Fakultas Kedokteran UNUD
2. Fakultas Kedokteran UNAIR
Dokter
M.Ked
2003
2010
Dokter Umum
Ilmu Kedokt. Tropis
Pendidikan non-gelar
1). Short couse and workshop Tropical infectious diseases, Unsyah, Banda Aceh, 2008
2). Summer school on Molecular Biology and Tropical Infectious Disease, University
of Goettingen, German, 2009
9. Pengalaman kerja dalam penelitian dan pengalaman professional
INSTITUSI
JABATAN
PERIODE KERJA
I. Pengalaman Kerja :
1. Dosen FK UNUD
2. Anngota SMF. Mikrobiologi
Klinik, FK UNUD/RS.Sanglah
3. Peneliti Tropical Disease Center
UNAIR.
Asisten Ahli
Anggota
Anggota peneliti
2004 s/d sekarang
2005 s/d sekarang
2008 s/d sekarang
47
10. Penelitian yang pernah dilakukan
Judul Penelitian Kedudukan Sumber dana Tahun
Identifikasi bakteri patogen sebagai penyebab
wabah diare dari sumber mata air dan hapusan
dubur penderita di Kecamatan Selat,
Karangasem, Bali
Ketua
Peneliti
Pengmas FK-
UNUD
2008
Pola distribusi genotipe VHB dan Subtipe
VHC di Puskesmas Mengwi I
Ketua
Peneliti
DP2M Dikti 2009
Analisis genotipe, subgenotipe dan subtipe
VHB di Mengwi, Badung
Ketua
Peneliti
BPPS Dikti 2009
Identifikasi Gen ctx-A dengan Metode PCR
dari Bakteri Vibrio Cholera serotype O1 pada
Es Batu dan Air Es Pendingin Tempat
Penyimpanan Hasil Laut
Ketua
Peneliti
Litbang
FK UNUD
2010
Identifikasi Gen Shiga-like toxin SLT II atau
VT2 dari Bakteri Escherichia coli O157 Pada
Daging Babi di Kota Denpasar
Anggota
Peneliti
Litbang
FK UNUD
2010
Identifikasi Gen ctx-A dari DNA Bakteri Vibrio
Cholera serotype O1 dengan Metode PCR
pada Air Laut di Pantai Wisata Seluruh Bali
Anggota
Peneliti
Litbang
FK UNUD
2011
Analisis genotipe dan subgenotipe virus
hepatitis B pada DNA gen regio s (surface)
dari
ibu hamil dengan HBsAg positif di wilayah
Batubulan, Gianyar, Bali
Ketua
Peneliti
Litbang
FK UNUD
2011
Karakterisasi Molekuler Molekul Adhesin
Helicobacter pylori Menggunakan Kultur Sel
Lambung Mencit (Mus musculus) dan Sel
Caco-2(Studi Patogenesis Infeksi Helicobacter
pylori pada Lambung Mencit)
Ketua
Peneliti
RISBIN
IPTEKDOK
2012
( dr. Made Agus Hendrayana, M.Ked )
48
BIOGRAFI / DAFTAR RIWAYAT HIDUP
Nama : dr. I Wayan Surudarma, M.Si.
Tempat/tanggal lahir : Gianyar, 14 Pebruari 1973
Unit Kerja : Bagian Biokimia FK UNUD
Riwayat pendidikan :
Jenjang
pendidikan
Bidang Ilmu Universtas Kota Tahun lulus
S1 Kedokteran UNUD Denpasar 2000
S2 Bioteknologi UGM Jogjakarta 2006
Riwayat Pekerjaan :
- Dosen Biokimia di FK UNUD sejak tahun 2003 sampai sekarang.
Pengalaman Penelitian
- Tahun 2006. Kloning Gen Penyandi Protein Rhoptry (ROP1) Takizoit
Toxoplasma gondii Isolat Lokal
Karya Ilmiah
- Kloning Gen Penyandi Protein Rhoptry (ROP1) Takizoit Toxoplasma gondii
Isolat Lokal. Journal of GMU Biotechnology. Vol III, Juli 2007, hal. 49-57.