Pektin seperti selulosa merupakan salah satu polisakarida penyusun

dinding sel pada tumbuhan tingkat tinggi. Rantai dasar dari pektin terdiri atas

residu asam 1,4 alfa-D-galakturonat yang sebagian teresterifikasi ( lebih dari 75%)

dengan metanol. Residu rhamnose dihubungkan dengan residu D-galakturonat

melalui ikatan beta 1,2 dan alfa 1,4. Beberapa residu galakturonase juga

mengalami asetilasi (~ 5%) pada posisi C-2 dan C-3.

Poligalakturonase adalah kelompok enzim yang mendepolimersasi asam pektin

dengan memutus ikatan glikosida melalui reaksi hidrolisis. Enzim ini tesusun

sekitar 376 asam amino. Membentuk struktur 10 beta-heliks paralel dimana sisi

aktifnya pada paralel beta-sheet satu pada strands ke 4,5,6,7 dan 8 pada E

carotovora sp.

Enzim ini mempunyai sisi aktif berupa asam amino Asam Aspartat, Histidin,

Asam Glutamat, Lisin, Arginin, dan Treonin.

Sisi katalitik dari enzim poligalakturonase adalah asam amino Histidin dan Asam

Aspartat. Enzim Poligalakturonase melibatkan 2 Asam Aspartat pada sisi

katalitiknya dimana satu bertindak sebagai donor proton sedangkan satunya

tersedia sebagai nukleofil. Menurut hasil analisi kristalografi X-ray pada sisi

katalitik enzim PG, asam amino histidin bertindak sebagai donor proton dalam

reaksi pemutusan ikatan glikosida.

Berikut mekanisme dari enzim poligalakturonase :

Memposisikan sisi aktif dari enzim poligalakturonase yakni asam amino Asam

Aspartat201 diwakili oleh gugus karboksilatnya dan asam amino Histidin223

diwakili gugus aminanya pada daerah yang bisa dijangkau oleh ikatan glikosida

pektin. NTD adalah daerah yang terdiri dari asam amino Threonin45 yang akan

membentuk ikatan hidrogen dengan uracil pada subtrat. RIK adalah daerah enzim

yang terdiri dari asam amino Arginin dan Lisin yang akan mengikat erat daerah

ikatan glikosida yang akan diputus dengan interaksi ikatan hidrogen. NTD dan

RIK layaknya bertindak seperti dua tangan yang memegang substrat yang

menghasilkan tegangan dan distorsi yang dibutuhkan subtrat dalam hidrolisis

ikatan glikosida nantinya.

inya

Terjadi transfer proton dari asam amino Histidin223 ke ikatan glikosida diikuti

transfer elektron dari gugus karboksilat Asam Aspartat201.

Ikatan glikosida terputus dengan dihasilkannya produk pertama dan secara

simultan membentuk ikatan kovalen antara subtrat dengan sisi katalitik Asam

Aspartat201.

Sisi katalitik lainya yaitu residu asam Aspartat202 memposisikan molekul air untuk

melakukan serangan nukleofil. Serangan tersebut menghasilkan produk kedua dan

pemulihan sisi aktif dari enzim.