koi herpes virus (cyprinus carpio) dengan metode pcr di ...repository.unair.ac.id/32973/1/1. halaman...

ADLN-PERPUSTAKAN UNIVERSITAS AIRLANGGA

PKL PEMERIKSAAN KHV (Koi Herpes Virus) Choni Tri A

PEMERIKSAAN KHV (Koi Herpes Virus) PADA IKAN KOI (Cyprinus carpio)DENGAN METODE PCR DI BALAI BESAR KARANTINA IKAN

PENGENDALIAN MUTU DAN KEAMANAN HASIL PERIKANAN (BKIPM-KHP) SOEKARNO HATTA TANGERANG, BANTEN

LAPORAN PRAKTEK KERJA LAPANG

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN

Oleh:

CHONI TRI AYUNINGSIH

BOJONEGORO – JAWA TIMUR

FAKULTAS PERIKANAN DAN KELAUTANUNIVERSITAS AIRLANGGA

SURABAYA2015







Oleh:




SURABAYA2015







Oleh:




SURABAYA2015



RINGKASAN

CHONI TRI AYUNINGSIH. Pemeriksaan KHV (Koi Herpes Virus) pada IkanKoi KOI (Cyprinus carpio) dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) diBalai Besar Karantina Ikan Pengendalian Mutu Dan Keamanan HasilPerikanan (BKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten. DosenPembimbing Dr. Ir. Gunanti Mahasri, M.Si.

Potensi produk perikanan di Indonesia akan terus mengalami peningkatan

setiap tahunnya melihat besarnya potensi lahan budidaya yang belum dimanfaatkan.

Namun, karena penanganan yang kurang bertanggung jawab mengakibatkan

timbulnya penyakit yang berbahaya salah satunya adalah virus. Pencegahan dan

pengawasan penyebaran virus ini dilakukan oleh Karantina Ikan. Tujuan dari

pelaksanan Praktek Kerja Lapang ini untuk mengetahui teknik pemeriksaan Koi

Herpes Virus (KHV) pada ikan Koi (Cyprinus carpio) dengan menggunakan metode

PCR di Balai Karantina Ikan Kelas 1 jakarta 1.

PKL ini dilaksanakan di Balai Besar Krantina Ikan Pengendalian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan Tangerang Banten. Kegiatan ini telah dilaksannakan pada

tanggal 12 januari hingga tanggal 12 Februari 2015. Metode Kerja yang digunakan

dalam PKL ini adalah metode deskriptif dengan pengambilan data meliputi data

primer dan sekunder. Pengambilan data dilakukan dengan cara observasi, wawancara,

partisipasi aktif dan studi pustaka. Jenis sampel yang diperiksa adalah ikan koi

(Cyprinus carpio).

Teknik Pemeriksaan KHV adalah melalui tahapan penerimaan sampel,

persiapan alat dan bahan, dan strerisasi alat. Sedangakan prosedur pemeriksaan

dengan metode PCR terdiri dari ekstraksi DNA yang bertujuan untuk membuang dan

memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya (protein,

karbohidrat,lemak,dll), amplifikasi untuk memperbanyak rantai DNA, elektroforesis

untuk melihat hasil DNA amplicon.. Apabila sampel dinyatakan positif KHV band



sampel terletak pada ukuran 292 bp. Sedangkan sampel dinyatakan negative tidak

terbentuk band pada sumuran sampel.



SUMMARY

CHONI TRI AYU NINGSIH. The examination of KHV (Koi Herpes Virus) ByUsing Polymerase Chain Reaction (PCR) Methods in Balai Besar Karantina IkanPengendalian Mutu Dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM-KHP) SoekarnoHatta Tangerang, Banten. Counselor-lecturer : Dr. Ir. Gunanti Mahasri, M.Si.

Potential produc in Indonesia will increase every year, it is seen from the huge

potential of untapped land cultivation. However, because of unresponsible handling

cause harmful pathogens and one of them is virus. Prevention and control the spread

of these viruses is done by Quarantine Fish. The purpose of doing field work practice

is to get knowledge on how to Examination techniques Koi Herpes Virus (KHV) on

Koi (Cyprinus carpio) using the PCR methot In Large Hall Class 1 Fish Quarantine,

Jakarta 1.

Field Work Practice is held at Balai besar Karantina Ikan Pengendalian Mutu

Dan Keamanan Hasil Perikanan Tangerang Banten. This activity was help on January

12 to February, 2014. The working method that was used descriptive method. Data

retrieval included primary and secondary data undertaken by active paraticipation,

observation, interviews and literature. Sampel that examined Koi ( Cyprinus carpio).

The Examination of KHV by PCR is consist: DNA extraction to throw and

separating nucleis acids from ather cell components (proteins, carbohydrates, fats,

etc.), amplification to multiply the DNA chain, to see of the results use

electrophoresis of DNA ampicon. Of the sampel tested were negative all. Samples is

declared positive for KHV if the sampel band located at 292 bp. While the samples is

declared negative if on band formed in the samples wells.



KATA PENGANTAR

Puji syukur panjatkan kehadirat Allah SWT atas limpah rahmat dan hidayah-

Nya, sehingga dapat menyelesaikan penyusun laporan Praktek Kerja Lapang tentang

pemeriksaan virus pada ikan koi. Laporan ini disusun berdasarkan hasil Praktek Kerja

Lapang yang telah dilaksanakan di Balai Besar Karantina Ikan Pengendalian Mutu

dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM-KHP) Soekarno Hatta Tangerang, Banten

pada tanggal 12 Januari hingga tanggal 12Februari 2015.

Penulis menyadari bahwa Laporan Praktek Kerja Lapang (PKL) ini masih

belum sempurna, sehingga kritik dan saran yang membangun sangat diharapkan demi

perbaikan dan kesempurnan laporan atau kegiatan selanjutnya. Akhirnya penulis

berharap semoga laporan Praktek Kerja Lapang (PKL) ini bermanfaat dan

memberikan informasi bagi semua pihak, khususnya bagi mahasiswa Program Studi

Budidaya Perikanan Fakultas dan Perikanan Universitas Airlangga Surabaya.

Surabaya, 16 mei 2015

Penulis



UCAPAN TERIMA KASIH

Pada kesempatan ini, tidak lupa penulis mengucapkan terima kasih yang

sebesar-besarnya kepada :

1. Ibu Prof. Dr. Hj. Sri Subekti, drh., DEA. Dekan Fakultas Perikanan dan Kelautan

Universitas Airlangga yang telah memberi banyak masukan, dukungan dan semangat

dalam pelaksanaan PKL serta penyusunan Laporan PKL.

2. Ibu Dr. Gunanti Mahasari, Ir.M.Si. dosen pembimbing PKL yang telah banyak

memberikan bimbingan, arahan dan saran yang membangun penuh kesaran mulai dari

penyusunan proposal samapai terselesaikannya laporan Praktek Kerja Lapang ini.

3. Ibu Rahayu Kusdarwati, Ir., M.Kes., dan Ibu Putri Desi Wulandari, S.Pi., M.Si., selaku

Dosen Penguji yang telah memberikan masukan dan saran atas perbaikan Karya

Ilmiah Praktek Kerja Lapang (PKL) ini.

4. BapakAgustono, Ir., M.Kes. selakukoordinatorpelaksanaPraktekKerjaLapang

5. Bapak Ir. Teguh Samudro., M. P. selaku Kepala Balai Besar Karantina Ikan,

Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta

yang telah memberikan izin tempat dan fasilitas untuk melaksanakan kegiatan

Praktek Kerja Lapang.

6. Bapak Kurniadhi Prabandono selaku kepala laboratorium penguji Balai Besar

Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP)

Soekarno Hatta yang telah memberikan bimbingan, saran, serta masukan selama

pelaksanakan kegiatan Praktek Kerja Lapang.

7. Ibu Sri Luky Nila M, selaku penyelia laboratorium mikrobiologi yang telah banyak

memberikan bimbingan dan arahan selama pelaksanaan Praktek Kerja Lapang ini.

8. Ibu Amy, Ibu Lucky, Bapak Eko, Bapak Massa’, Bapak Adam, Bapak Tomi, Ibu

Yuni, Ibu Tina, Ibu Dani, Mbak Ika, Ibu Suli, Mbak Candra, Mbak Siti, Mbak Ana

dan seluruh staff atau pegawai Balai Besar Karantina Ikan Pengendlaian Mutu dan

Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHP) Soekarno Hatta yang telah membantu

selama pelaksanaan Praktek Kerja Lapang.



9. Teteh Ai, Dek Irfan, Dek Fira Mang Ustim, Mas Doni, Mas Ipul yang telah

memberikan bantuan selama tinggal di asrama Balai Besar Karantina Ikan,

Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BBKIPM-KHp) Soekarno Hatta.

10. Ibunda Nur Aini yang telah memberikan kasih sayang dan dukungan moril dalam

pelaksanaan maupun penyelesaian Karya Ilmiah Praktek Kerja Lapang ini.

11. Teman-teman seperjuangan Budidaya Perairan 2012, Elly, linnya, Putri, dan Agus

mujianto serta teman-teman Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto yaitu Ima,

Eni, Mualifah, Utari, Jj Ardiansyah dan Toyib.

12. Semua dosen dan staf kependidikan sub bagian akademik Fakultas Perikanan dan

Kelautan Universitas Airlangga yang telah membantu dalam pelayanan administrasi

dan perijinan.



DAFTAR ISI

Halaman

RINGKASAN ................................................................................................. iii

SUMMARY ..................................................................................................... v

KATA PENGANTAR .................................................................................... vi

UCAPAN TERIMAKASIH............................................................................. vii

DAFTAR ISI ................................................................................................... ix

DAFTAR TABEL ........................................................................................... xi

DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xii

DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................... xii

I PENDAHULUAN ................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ................................................................................... 1

1.2 Tujuan ................................................................................................ 3

1.3 Manfaat .............................................................................................. 3

II TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 4

2.1 Ikan Koi ........................................................................................... 42.1.1 Klasifikasi ikan Koi ................................................................... 42.1.2 Morfologi Ikan Koi.................................................................... 42.1.3 Habitat ........................................................................................ 62.1.4 Penyebaran ................................................................................. 6

2.2 Koi Herpes Virus .............................................................................. 72.2.1 Morfologi Koi Herpes Virus ...................................................... 72.2.2 Penggolongan Virus .................................................................... 82.2.3 Replikasi Virus............................................................................ 102.2.2 Inang dan Organ Yang Terinfeksi .............................................. 82.2.3 Infeksi KHV................................................................................ 112.2.4 Reproduksi .................................................................................. 132.2.5 Penyebaran KHV ........................................................................ 15

2.3 Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)........................................ 16



III PELAKSANAAN .................................................................................... 19

3.1 Tempat dan Waktu ............................................................................. 19

3.2 Metode Kerja ...................................................................................... 19

3.3 Metode Pengumpulan Data ................................................................ 193.2.1 Data Primer ................................................................................ 213.2.2 Data Sekunder ............................................................................ 21

IV HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................. 22 4.1Keadaan Umum Lokasi Praktek Kerja Lapang ............................................... 22

4.1.1 Latar Belakang Berdirinya BBKIPM Soekarno – Hatta ............ 234.1.2 Keadaan Topografi dan Letak Geografi ..................................... 234.1.3 Visi dan Misi ............................................................................... 244.1.4 Tugas Pokok dan Fungsi ............................................................ 254.1.4 Struktur Organisasi BBKIPM Soekarno – Hatta ........................ 25

4.2 Sarana dan Prasarana Balai Besar KIPM Soekarno – Hatta .............. 274.2.1 Sarana ......................................................................................... 274.2.2 Prasarana .................................................................................... 28

4.3 Teknik Pemeriksaan Virus di BBKIPM Soekarno-Hatta .................. 29A. Alat dan Bahan ..................................................................... 31B. Prosedur Pemeriksaan ......................................................... 33

a) Sterilisasi Alat .......................................................................... 33b) Nekropsi .................................................................................. 34c) Ekstrasi .................................................................................... 36d) Amplifikasi Virus ...................................................................... 39e) Elektroforesis........................................................................... 43f) Pewarnaan............................................................................... 45g) Diagnosa Hasil ......................................................................... 45

V SIMPULAN DAN SARAN ..................................................................... 47

5.1 Kesimpulan ........................................................................................ 47

5.2 Saran .................................................................................................. 47

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................... 48

LAMPIRAN .................................................................................................... 52



DAFTAR TABEL

Tabel Halaman

1. 4.1 Bagan Struktur Organisasi Laboratorium BBKIPM .............................26

2. 4.2 Jumlah Pegawai BBKIP...................................................................... 26

3. 4.3 Sarana pada Laboratorium Mikrobiologi ..............................................27

4. 4.4 Sarana pada PCR................................................................................. 28

5. 4.5 Prasarana BBKIPM...............................................................................29

6. 4.6 Tahapan Pemeriksaan Virus................................................................ 30

7. 4.7 Alat yang Digunakan dan Fungsinya ....................................................31

8. 4.8 Bahan yang digunakan dan Fungsinya..................................................32

9. 4.9 Daftar Sampel Ikan Koi ........................................................................34



DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman

1. 2.1 Ikan Koi............................................................................................... 5

2. 2.2 Morfologi Ikan Koi ............................................................................. 6

3. 2.3 Morfologi KHV................................................................................... 8

4. 2.4 Ingsang yang Terinfeksi KHV ............................................................ 12

5. 2.5 Proses Reproduksi KHV ..................................................................... 14

6. 4.1 Sterilisasi Alat ..................................................................................... 34

7. 4.2 Nekropsi Sampel ................................................................................. 35

8. 4.3 Amplifikasi Thermalcycle................................................................... 41

9. 4.4 Elektroforesis DNA............................................................................. 44

10. 4.5 Hasil Elektroforesis KHV ................................................................. 46

11. 4.6 Hasil PCR Positif KHV..................................................................... 47



DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Peta Lokasi Rencana Praktek Kerja Lapang di BKIPM ................................ 55

2. Alat dan Bahan Laboratorium........................................................................56

3. Proses Pemeriksaan KHV ..............................................................................58

4. From Permohonan Pengujian Sampel............................................................ 59

5. From Laporan Hasil Pengujian ......................................................................60

koi herpes virus (cyprinus carpio) dengan metode pcr di ...repository.unair.ac.id/32973/1/1. halaman...

Documents