kerangka acuan kerja (terms of...

KERANGKA ACUAN KERJA (TERMS OF REFERENCE)KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

TAHUN 2017

INOVASI TEKNOLOGI RISET PERIKANAN

BALAI PENELITIAN PEMULIAAN IKANBADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KELAUTAN DAN PERIKANAN

KEMENTERIAN KELAUTAN DAN PERIKANAN2017

KERANGKA ACUAN KERJA (TERMS OF REFERENCE) TAHUN 2017INOVASI TEKNOLOGI RISET PERIKANAN

PEMBENTUKAN VARIETAS IKAN UNGGUL AIR TAWAR

Kementerian Negara/Lembaga : Kementerian Kelautan dan PerikananUnit Eselon I/II : Badan Litbang Kelautan dan Perikanan/ Pusat

Penelitian dan Pengembangan PerikananProgram : Penelitian dan Pengembangan Iptek Kelautan dan

PerikananHasil (Outcome) : Meningkatnya hasil dan layanan riset yang

mendukung kesejahteraan masyarakat KPKegiatan : Penelitian dan Pengembangan Iptek PerikananIndikator Kinerja Kegiatan : Jumlah paket Inovasi Teknologi Inovasi Riset

PerikananJenis Keluaran : Inovasi Teknologi Inovasi Riset PerikananVolume Keluaran (Output) : 1 (satu)Satuan Ukuran Keluaran (Output) : Paket

Mendukung Kegiatan PrioritasNasional/Bidang/KKPPrioritas Nasional : [ √ ] Kesejahteraan Nelayan, Pembudidaya Ikan,

dan Petambak Garam[ ] Industri Perikanan dan Hasil Laut

Prioritas Bidang : [ ] Program Anggaran Responsif Gender (ARG)[ ] Program terkait Mitigasi Perubahan

Iklim/Adaptasi Perubahan Iklim(MPI/API)

Prioritas KKP : [ ] Kedaulatan (Sovereignty)[ ] Keberlanjutan (Sustainability)[ √ ] Kesejahteraan (Prosperity)

A. Latar Belakang1. Dasar Hukum, Tugas Fungsi/Kebijakan

Berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor

PER.33/MEN/2011 tanggal 26 September 2011 tentang Organisasi dan Tata

Kerja, Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah Unit Pelaksana Teknis

(UPT) Kementerian Kelautan dan Perikanan yang berada dibawah Pusat

Penelitian dan Pengembangan Perikanan (dulu bernama Pusat Penelitian dan

Pengembangan Perikanan Budidaya), BPPI berkewajiban untuk mendukung

pencapaian kegiatan penelitian dan pengembangan perikanan. Bentuk

kegiatan yang dilaksanakan adalah penelitian pemuliaan ikan budidaya

melalui seleksi, hibridisasi maupun rekayasa genetika untuk menghasilkan

benih ikan unggul.

Sebagai lembaga penelitian di bidang pemuliaan ikan, salah satu

amanah yang diemban Balai Penelitian Pemuliaan Ikan (BPPI) adalah merakit

varietas atau strain ikan unggul untuk kegiatan budidaya. Pemenfaatan benih

ikan unggul dalam kegiatan budidaya memegang peranan yang sangat besar

dalam menunjang keberhasilan usaha selain faktor pakan atau nutrisi dan

lingkungan. Untuk itu diperlukan upaya perakitan strain unggul untuk

menyediakan induk atau benih unggul yang terjamin kualitasnya.

2. Gambaran UmumBeberapa tahun terakhir, pertumbuhan produksi budidaya perikanan

meningkat cukup signifikan dalam kurun waktu 5 tahun terakhir, yaitu sebesar

37%. Produksi perikanan didukung oleh penyediaan lahan, benih, input

budidaya seperti pakan, pupuk, obat-obatan, pengelolaan kesehatan ikan dan

lingkungan, serta sistem usaha budidaya.

Dalam rangka peningkatan komersialisasi perikanan budidaya secara

berkelanjutan maka perikanan budidaya di Indonesia membutuhkan teknologi

yang inovatif dari hulu hingga hilir sehingga terjadi peningkatan efisiensi

dalam suatu usaha atau industri perikanan budidaya. Inovasi teknologi yang

efektif dan efisien, berdaya saing tinggi serta berkelanjutan sangat dibutuhkan

untuk meningkatan produksi perikanan budidaya. Teknologi yang inovatif ini

perlu didiseminasikan secara cepat dan tepat kepada masyarakat untuk

segera diaplikasikan dalam usaha yang riil sebagai upaya peningkatan

effisiensinya. Salah satu inovasi yang perlu disediakan adalah ketersediaan

varietas unggul ikan budidaya. Disamping itu, beberapa aspek yang

diharapkan dukungannya adalah infrastruktur, permodalan dan kelembagaan

yang efektif.

Penyediaan varietas ikan unggul dapat ditempuh dengan perbaikan

kualitas genetik varietas ikan yakni dengan program pemuliaan yang meliputi

program seleksi (selective breeding), persilangan (hibridisasi), dan rekayasa

genetika. Penerapan teknik rekayasa genetika ikan di BPPI sejak tahun 2009

telah menunjukkan kemajuan sehingga dapat terus dikembangkan untuk

mendukung pelaksanaan program pemuliaan ikan.

Keunggulan program pemuliaan adalah pada peningkatan produktivitas

dan efisiensi yang sudah sering kali dibuktikan termasuk pada sektor

perikanan (Doupe dan Lymbery, 2003; Fjalestad et al., 2003). Pemuliaan

merupakan pendekatan mendasar sebagai upaya untuk meningkatkan

karakter komersial penting dari spesies budidaya, sehingga pemuliaan

mampu meningkatkan hasil produksi, kelangsungan hidup dan kualitas produk

(Wang et al., 2006). Program pemuliaan pada prinsipnya adalah untuk

memilih hewan unggul sebagai induk pembentuk generasi berikutnya (Rye,

2012).

Pelaksanaan kegiatan penelitian pemuliaan yang dikembangkan di BPPI

dibagi berdasarkan komoditas ikan air tawar, yaitu Komoditas Ikan Patin,

Komoditas Ikan Nila, Komoditas Ikan Mas, Komoditas Ikan Lele, Komoditas

Ikan Gurami dan Komoditas Udang Galah. Pada kegiatan penelitian tahun

2017 ini, masing-masing komoditas melaksanakan satu kegiatan yang

merupakan bagian dari kegiatan utama Penelitian Pembentukan Varietas Ikan

Unggul Air Tawar.

B. Penerima ManfaatPenerima manfaat utama dari keberhasilan kegiatan ini adalah

pembudidaya ikan yang tersebar di berbagai daerah baik di perairan tawar

maupun perairan payau dan laut. Berkembangnya usaha budidaya ikan melalui

ketersediaan induk atau benih unggul akan berdampak pada peningkatan

produksi ikan nasional. Ketersediaan produk biologi unggul juga akan bermanfaat

terhadap usaha perkonomian masyarakat yang terlibat seperti pemasok pakan

ikan dan pedagang ikan serta akan meningkatkan konsumsi ikan masyarakat

secara umum.

C. Strategi Pencapaian Keluaran1. Metode Pelaksanaan

a. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil SeleksiPada tahun 2017, kegiatan yang akan dilakukan adalah produksi

masal Ikan Patin Siam F3 dan evaluasi keragaannya sebagai satu bagian

dari rangkaian rilis ikan patin siam hasil seleksi. Sebagai populasi induk

yang akan dipijahkan untuk membentuk F3 adalah populasi induk ikan

patin siam F2 terseleksi yang telah diperoleh pada tahun 2014. Produksi

massal ikan patin siam F3 dilakukan dengan cara memijahkan beberapa

ekor induk betina dan jantan yang kemudian telur dan spermanya dicampur

dan dipijahkan.

1) Pengamatan Pertumbuhan

- Larva hasil pemijahan dipelihara dalam bak fiber (hatchery) selama

±1 bulan (sampai ukuran 1 inchi).

- Setelah benih berumur 1 bulan dipelihara dalam waring berukuran 2 x

2 x 1 m di kolam ukuran 3000 m2 (pendederan 2). Dan setelah umur

5 bulan dipindahkan ke dalam jaring ukuran 3x3x1,5 m2 yang

ditempatkan dikolam 6000m2 (pembesaran).

- Pakan yang digunakan untuk pemeliharaan larva dan benih adalah

naupli Artemia sp., kutu air beku larva umur, Tubifex sp. dan pakan

buatan dalam bentuk remah dengan kandungan protein kasar 40%.

- Pakan buatan diberikan secara at satiation dengan waktu pemberian

3 kali per-hari, pakan buatan dalam bentuk serbuk dengan kadar

protein pakan 38-40% dan pellet dengan kadar protein pakan 30%

- Pakan pembesaran yang diberikan berupa pelet komersial dengan

kadar protein 28% sebanyak 2% bobot biomas per hari atau pakan

dengan kadar protein 36% sebanyak 0,9% bobot biomas per hari.

Pengamatan pertumbuhan dilakukan setiap 1bulan.

- Parameter yang diamati adalah: pertumbuhan patin siam meliputi

panjang total, panjang standar dan bobot rata-rata individu dan FCR.

2) Pengamatan Keragaan ReproduksiPengamatan keragaan reproduksi ikan patin siam F3 dimulai pada

saat ikan berumur 6 bulan. Sampel ikan yang diamati sebanyak 10 ekor

betina dan 10 ekor jantan. Pengamatan dilakukan setiap bulan.

3) Uji OrganoleptikUji organoleptik dilakukan pada ikan patin siam F3 yang masih

hidup dan yang sudah matang. Sebagai pembandingnya digunakan ikan

patin pasupati dan jambal. Ikan yang digunakan adalah ikan ukuran

konsumsi 500-700 g masing-masing sebanyak 25 ekor. Parameter yang

diamati adalah uji mutu hedonik, uji pembeda atribut, edible portion dan

analisa proksimat.

4) Uji MultilokasiLokasi yang akan digunakan untuk uji multilokasi adalah Waduk

Jatiluhur-Purwakarta dengan menggunakan keramba jaring apung,

Waduk Darma-Kuningan dengan menggunakan keramba jaring apung

dan di Balai Penelitian Ikan Sukamandi dengan menggunakan kolam

tembok ukuran 50 m2. Ikan uji yang digunakan adalah ikan patin siam

F3 dengan ukuran 4-5 inchi (±20 g). Sebagai pembanding digunakan

ikan patin siam yang berasal dari masyarakat. Ikan diberi pakan berupa

pelet komersial dengan kadar protein 28% sebanyak 3-5% bobot biomas

per hari atau pakan dengan kadar protein 36% sebanyak 0,9% bobot

biomas per hari. Pengamatan dilakukan pada pertumbuhan panjang

total, panjang standar dan bobot rata-rata individu FCR dan SR yang

dilakukan setiap bulan.

5) Uji Ketahanan PenyakitIkan uji yang digunakan adalah ikan patin siam F3 ukuran 1 – 2

inci untuk uji tantang secara perendaman dan berukuran 3 – 4 inci uji

tantang melalui penyuntikan. Sebagai pembanding digunakan ikan patin

siam yang berasal dari masyarakat.

Bahan uji: sebagai bahan uji adalah biakan bakteri Aeromonas

hydrophila, sedangkan untuk parasit Ichtiyophtirius multifiliis, berasal

dari ikan yang terserang penyakit “ich” dengan infestasi berat (parah).

Pada uji tantang dengan cara perendaman, perlakuan yang

dicobakan adalah bakteri Aeromonas hydrophylla dengan kepadatan :

A. Kontrol (plasebo), B. 104, C.106, D.108 cfu/ mL. Perlakuan kedua

adalah padat tebar: A. 5 ekor/l, B. 15 ekor/l. Sedangkan pada uji tantang

dengan cara penyuntikan, perlakuan yang dicobakan adalah biakan

bakteri Aeromonas hydrophylla dengan kepadatan : A. Kontrol

(placebo), B.104, C.106, D.108 cfu/ mL melalui penyuntikan secara

intraperitonial.

Pemeliharaan dilakukan dalam wadah akuarium berukuran 25 liter

air. Selama penelitian ikan diberi pakan secara ad libitum. Parameter

yang diamati adalah tingkat serangan penyakit (gejala klinis yang

ditimbulkan) pada ikan uji dan sintasannya.

6) Analisa dataData yang diperoleh dianalisis dengan Anova yang dilanjutkan

dengan uji Duncan.

b. Sub Kegiatan : Evaluasi Pertumbuhan Ikan Nila Srikandi denganMenggunakan Ikan Nila Biru F4

Kegiatan akan dilakukan selama 12 bulan dari bulan Januari sampai

Desember 2017. Persiapan dan pengujian dilaksanakan di Balai Penelitian

Pemuliaan Ikan Sukamandi, sedangkan pembesaran dilakukan di tambak

di wilayah Kabupaten Cirebon. Populasi yang digunakan adalah :

Nw x AuF4 Srikandi 1

Nw x Nw Nirwana(kontrol internal)

AuF4 x AuF4 Aureus (kontrol internal)

Rn x Rn (Pembanding)

1) Persiapan IndukInduk yang digunakan adalah hasil seleksi famili yang dilakukan

tahun 2016 yaitu induk nila Biru F4 serta induk Nirwana dan Nila merah

NIFI. Induk dipilih yang sudah matang gonad dengan melihat performa

fisiknya. Perbandingan induk yang akan digunakan adalah 10 jantan dan

30 betina.

2) Resting dan PemijahanDiperlukan enam kolam berukuran 25 m2 untuk resting seluruh

induk yang digunakan. Resting dilakukan selama 2-3 minggu dengan

melihat kesiapan ikan. Selama resting induk diberi pakan berprotein

tinggi (Hi provite, 40 %) dengan penambahan vitamin C dan vitamin E.

Selanjutnya dilakukan ploting dan pemijahan dengan rasio 1:3 atau 10

jantan dan 30 betina. Ploting dilakukan dengan menempatkan ikan pada

bak pemijahan selama 10 hari.

3) Koleksi Benih dan PemeliharaanPemijahan dilakukan selama +10 hari dan dilakukan panen larva

dari ketiga populasi. Jumlah larva yang dibutuhkan pada setiap populasi

minimal 5.000 ekor. Larva ditempatkan dalam bak pemeliharaan indoor

selama satu minggu. Telur yang diperoleh ditempatkan dalam corong

penetasan hingga menetas.

4) Pendederan pertama dan keduaPendederan dilakukan di dalam hapa berukuran 2x2 m2 yang

dipasang pada kolam 2.000 m2. Dibutuhkan 3 ulangan hapa untuk setiap

populasi sehingga jumlah total hapa yang digunakan adalah 12 buah.

Pendederan pertama dilakukan selama satu bulan dengan kepadatan

250 ekor/m2. Sedangkan pendederan kedua dilakukan hingga benih

berukuran 5-7 cm dengan kepadatan 125 ekor/m2.

5) Aklimatisasi dan packing benih

Aklimatisasi dilakukan pada bak indoor berukuran 1x2 m2 dengan

kepadatan 2.000 ekor/m2 dengan aerasi kuat. Aklimatisasi dimulai

dengan menyiapkan media bersalinitas 10 ppt. Selanjutnya benih

dimasukkan pada pagi hari untuk menghindari stress. Penambahan

salinitas dilakukan 5 ppt per hari hingga mencapai salinitas 30 ppt dan

dibiarkan selama satu minggu.

6) Persiapan kerangka bambu dan pemasangan jaringKerangka bambu disiapan dengan membuat jembatan bambu dan

kerangka bambu untuk jaring tancap sebanyak 12 buah. Selanjutnya

jaring berukuran 3x5x1 m3 dipasang pada kerangka bambu.

Pemasangan jaring dilakukan seminggu sebelum penebaran benih.

7) Penebaran dan pemeliharaan pada Salinitas 25-30 pptPenebaran dilakukan dengan padat tebar 10 ekor/m2 atau 150

ekor per jaring. Masing-masing populasi diulang dengan tiga ulangan.

Pemberian pakan dilakukan sebanyak 2 kali sehari sebanyak 3-5 %

biomassa. Pakan yang diberikan adalah pakan komersil dengan

kandungan protein + 30 %. Pemeliharaan dilakukan selama 5 bulan.

8) Sampling dan analisa dataSampling dilakukan secara rutin setiap bulan sebanyak 10 % dari

populasi meliputi karakter panjang total, panjang standar, bobot dan

parameter kualitas air. Data dianalisa secara statistik dengan software

minitab-16. Analisa statistik yang digunakan adalah One-way Annova

pada tingkat kepercayaan 95 %. Apabila signifikan dilanjutkan dengan

uji pembanding Tukey’s Pairwise Comparison untuk melihat populasi

mana yang berbeda nyata.

c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi PopulasiSintetik Ikan Mas Tumbuh Cepat1) Evaluasi Performa Pertumbuhan Populasi Sintetik Ikan Mas

Tumbuh CepatPopulasi sintetik

Populasi sintetik merupakan populasi hasil persilangan empat

strain ikan mas hasil koleksi pada kegiatan sebelumnya, yaitu Majalaya

(Bandung), Rajadanu dan Sutisna (Kuningan) serta Wildan (Cianjur).

Persilangan dilakukan secara resiprokal 4x4 sehingga diperoleh 16

kombinasi persilangan (Tabel 1).

Tabel 1. Skema 16 kombinasi pemijahan pembentukan populasi dasar (F0)komposit ikan mas tumbuh cepat.

PopulasiJantan (♂)

Majalaya (MJ) Rajadanu(RD)

Sutisna(ST) Wildan (WI)

Betina(♀)

Majalaya (MJ) MJxMJ MJxRD MJxST MJxWI

Rajadanu (RD) RDxMJ RDxRD RDxST RDxWI

Sutisna (ST) STxMJ STxRD STxST STxWI

Wildan (WI) WixMJ WIxRD WIxST WIxWIKeterangan : MJ (Majalaya), RD (Rajadanu), ST (Sutisna), WI (Wildan)

Pengujian Karakter PertumbuhanSebanyak 25 ekor individu dari setiap kombinasi persilangan

diambil secara acak sebagai ikan uji. Selanjutnya total ikan uji sebanyak

400 ekor dipelihara secara komunal di kolam tanah ukuran 200 m2.

Percobaan dilakukan dengan tiga kali ulangan. Selama tiga bulan

pemeliharaan, ikan diberi pakan buatan komersial dengan kandungan

protein kasar sebesar 28-30%. Pakan diberikan sebanyak dua persen

berat badan per hari dan diberikan dua kali sehari setiap pagi dan sore.

Evaluasi pertumbuhan dengan mengukur panjang (L) dan bobot (W)

semua individu. Sebagai pembanding digunakan populasi tetua yang

digunakan dalam pembentukan populasi sintetik. Jumlah individu yang

hidup pada akhir kegiatan pemeliharaan dihitung untuk menganalisis

nilai sintasan masing-masing populasi.

Parameter dan Analisis DataData panjang dan bobot rata-rata individu benih ikan mas diukur

pada akhir kegiatan pembesaran. Jumlah sampel individu pada masing-

masing persilangan sebanyak 100 ekor. Sebagai pembanding adalah

populasi keempat strain ikan mas yang digunakan sebagai tetua.

2) Evaluasi Penurunan Sifat Karakter Pertumbuhan Populasi SintetikIkan Mas Tumbuh Cepat

Sebanyak 30 ekor individu jantan dan 30 ekor individu betina dari

setiap kombinasi persilangan diambil secara acak sebagai ikan uji.

Masing-masing individu calon ikan uji tanda (marking) dengan

memotong / mencabut salah satu duri punggung. Individu dalam

populasi yang sama diberi tanda yang sama. Percobaan dilakukan

dengan tiga kali ulangan. Selama enam bulan pemeliharaan, ikan diberi

pakan buatan komersial dengan kandungan protein kasar sebesar 28-

30%. Pakan diberikan sebanyak dua persen berat badan per hari dan

diberikan dua kali sehari setiap pagi dan sore. Evaluasi penurunan

ragam aditif karakter pertumbuhan dilakukan dengan mengukur panjang

(L), tinggi (H), tebal (T) dan bobot (W) semua individu. Pengukuran

dilakukan dengan mistar hingga ketelitian 1 mm dan penimbangan

menggunakan timbangan digital dengan ketelitian 0,1 g. Pengukuran

dan penimbangan dilakuan 3 kali yaitu pada awal penebaran (L0, H0, T0

dan W0), pada pemeliharaan 3 bulan (L1, H1, T1 dan W1) dan pada

waktu panen (6 bulan) (L2, H2, T2 dan W2). Jumlah individu yang hidup

pada akhir kegiatan pemeliharaan dihitung untuk menganalisis nilai

sintasan masing-masing populasi.

3) Evaluasi Keragaman Genetik (Molekuler) Populasi Sintetik Ikan MasTumbuh Cepat

Evaluasi keragaan genetik molekuler dilakukan untuk mengetahui

keragaman genetik populasi sintetik hasil penggabungan ragam genetik

dari semua tetaua yang digunakan. Pada kegiatan ini, sebanyak 50 ekor

individu benih diambil secara acak dari populasi sintetik sebagai ikan uji.

Analisis keragaan genetik dilakukan dengan menggunakan metode

microsatellite. Primer yang akan digunakan sebanyak 5 jenis yaitu:

Lokus Primer (5’-3’) Ukuran Annealing ReferensiMFW6 F13:ACCTGATCAATCCCTGGCTC

R:GTTTGGGACTTTTAAATCACGTTG130-219 62 A

MFW7 F13:TACTTTGCTCAGGACGGATGCR:GTTTATCACCTGCACATCGCCACTC

192-262 62 A

MFW9 F13:GATCTGCAAGCATATCTGTCGR:GTTTATCTGAACCTGCAGCTCCTC

92-144 60 A

CCA30 F:CTGCCTTCTTCTACTCTACACR:TTGCCTCTAAGCTTGATTTT

260-318 50 B

CCA04 F:ATCCCTTACCGCCCTGTGTR:AGCTGAAAAACGCTGTCACG

224-258 50 C

Ket: A: (Crooijmans et al.,1997 dalam Yue, et al., 2004)B: (Aliah et al.,1999 dalam Thai et al., 2007)C: (Yue, et al., 2004)

Parameter dan Analisis Data

Data yang diperoleh pada pemeliharaan populasi sintetik

digunakan untuk menganalisis beberapa parameter antara lain (1) laju

pertumbuhan, (2) Ragam aditif dari tetua kepada turunanan, (3) Nilai

heritabilitas karakter pertumbuhan populasi sintetik ikan mas, (4) nilai

sintasan populasi sintetik ikan mas dan (5) keragaman genetik populasi

sintetik.

d. Sub Kegiatan : Pembentukan Populasi Generasi Kedua Ikan LeleTumbuh Cepat dan Tahan Penyakit Melalui Seleksi

Perakitan strain unggul ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit

yang dimulai pada tahun 2015 dengan pembentukan populasi dasar (G0)

dan dilanjutkan pada tahun 2016 dengan pembentukan populasi generasi

pertama (G1) telah menghasilkan individu-individu ikan lele tumbuh cepat

dan tahan penyakit hasil seleksi dalam famili (within family selection).

Individu-individu tersebut selanjutnya pada tahun 2017 akan dipijahkan dan

hasil benihnya diuji tantang ketahanannya terhadap penyakit bakterial

menggunakan bakteri Aeromonas hydrophila. Populasi-populasi (famili)

hasil uji tantang yang memiliki daya tahan tinggi dan memiliki keragaan

pertumbuhan yang tinggi selanjutnya diseleksi untuk digunakan sebagai

populasi generasi kedua (G2) ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit.

Seluruh rangkaian kegiatan tersebut dilaksanakan di unit pembenihan,

perkolaman penelitian dan laboratorium Balai Penelitian Pemuliaan Ikan

(BPPI) Sukamandi.

1) Seleksi Populasi Generasi Pertama Ikan Lele Tumbuh Cepat danTahan Penyakit

Individu-individu dalam populasi generasi pertama ikan lele

tumbuh cepat hasil dan tahan penyakit hasil seleksi yang pada tahun

2016 diseleksi berdasarkan keberadaan gen MHC (major

histocompatibility complex). Deteksi marka MHC pada individu-individu

populasi generasi pertama ikan lele tumbuh cepat dilakukan untuk

membentuk populasi induk pembentuk populasi generasi kedua ikan lele

tumbuh cepat dan tahan penyakit. Individu-individu dari populasi

generasi pertama yang tidak memiliki gen MHC digunakan sebagai

populasi pembanding (kontrol). Deteksi keberadaan gen MHC dilakukan

dengan menggunakan metode PCR. Ekstraksi DNA genom dilakukan

dengan menggunakan kit ekstraksi komersial (GeneJet Genomic DNA

Purification, Thermo Scientific). DNA genom hasil ekstraksi selanjutnya

diamplifikasi menggunakan mesin PCR (mycycler, Biorad) dan kit

amplifikasi (faststart PCR master, Roche). Komposisi bahan yang

digunakan untuk proses amplifikasi berupa 10 μL master kit PCR, 1,5

μL primer (30 pmol/ μL), 2 μL DNA genom dan ditambahkan water free

RNAse hingga mencapai total volume 25 μL. Primer yang digunakan

adalah primer spesifik gen MHC class I alel nomor 7 untuk ikan lele

Afrika Clarias gariepinus (kode akses GenBank EU714308), dengan

panjang fragmen 1.000 bp. Proses amplifikasi dilakukan sebanyak 35

siklus dengan denaturasi pada suhu 94oC selama 30 detik, penempelan

primer pada suhu 53oC selama 30 detik dan pemanjangan pada suhu

72oC selama 1 menit. Hasil amplifikasi dipisahkan dengan

menggunakan gel agarose (vivantis) 2,0% dalam larutan TBE 1x selama

60 menit pada tegangan 70 volt. Sebanyak 3 μL volume hasil amplifikasi

(amplikon) yang akan dimigrasikan dicampur dengan loading dye 1,0 μL.

Gel diwarnai dengan gelred (biotium) dengan konsentrasi 1 µg/mL. Hasil

elektroforesis DNA divisualisasikan dengan UV transiluminator.

Masing-masing induk populasi generasi pertama terseleksi

(memiliki marka MHC) sebanyak 60 pasang dan sebanyak tiga pasang

populasi kontrol dipijahkan. Pemijahan dilakukan dengan perbandingan

antara jantan dengan betina 2:2, dengan target terbentuk 120 famili.

Proses pemijahan dilakukan secara buatan dengan stimulasi secara

hormonal melalui penyuntikan kombinasi gonadotrophine releasing

hormone analogue dengan domperidone (ovaprim, Syndell Laboratories

Inc., Kanada) sebanyak 0,2 mL/kg induk betina dan 0,1 mL/kg induk

jantan. Pengambilan sperma dan telur mulai dilakukan depalan jam

setelah penyuntikan hormon. Telur dari satu ekor induk betina

difertilisasi dengan sperma dari dua ekor induk jantan, dan sperma dari

setiap induk jantan digunakan untuk membuahi telur dari dua ekor induk

betina. Sebanyak 50 g telur hasil fertilisasi ditetaskan dalam dasar hapa

berukuran 1x0,5x0,5 m (kepadatan telur sekitar 75.000 butir/m2) yang

ditempatkan dalam bak beton di dalam hatchery dengan air media

inkubasi yang tersirkulasi.

Sebanyak 1.000 ekor larva hasil penetasan yang berumur dua hari

dari masing-masing pasangan induk (famili) dipelihara dalam akuarium

berukuran 60x40x40 cm (padat tebar sebesar 30 ekor larva/liter) selama

tiga minggu. Pakan yang diberikan pada saat larva berumur 2-4 hari

berupa nauplii Artemia sp. (Supreme Plus, Golden West, Amerika

Serikat), selanjutnya secara bertahap diganti dengan pakan komersial

dengan kadar protein 60% berbentuk butiran kecil berukuran 0,2-0,3 mm

(Nori, BERNAQUA NV, Belgia), kemudian dilanjutkan dengan yang

berukuran 0,3-0,5 mm (MeM, BERNAQUA NV). Pakan diberikan pada

pagi, siang, sore dan malam hari secara ad libitum.

Sebanyak 500 ekor benih berukuran 2-3 cm hasil pemeliharaan

dalam akuarium dari masing-masing famili selanjutnya dipelihara selama

satu bulan dalam waring-waring berukuran 1x1x1 m. Pakan yang

diberikan selama tahap pendederan berupa pakan komersial dengan

kadar protein 40% berbentuk butiran berukuran 0,7-0,9 mm

(PRIMAFEED PF500, PT Matahari Sakti, Mojokerto), dilanjutkan yang

berukuran 0,9-1 mm (PRIMAFEED PF800) dan yang berukuran 1,2-1,6

mm (PRIMAFEED PF1000). Pakan-pakan tersebut diberikan pada pagi,

siang dan sore hari secara ad libitum.

2) Pengujian Keragaan Ketahanan PenyakitPengujian ketahanan (uji tantang) terhadap penyakit Aeromonas

sp. dilakukan pada benih-benih masing-masing famili populasi terseleksi

yang telah berumur dua bulan. Sebagai pembanding benih-benih

populasi kontrol juga diuji keragaan ketahanan penyakitnya. Pengujian

keragaan ketahanan penyakit tersebut dilakukan melalui uji tantang

skala laboratorium untuk mengetahui keragaan daya tahannya terhadap

bakteri Aeromonas hydrophila. Hasil pengujian ini digunakan sebagai

salah satu dasar penentuan dalam pemilihan famili-famili yang akan

digunakan sebagai populasi generasi kedua. Individu-individu dalam

famili-famili yang menunjukkan keragaan ketahanan penyakit yang tinggi

dipilih sebagai populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan

tahan penyakit pembentuk generasi berikutnya.

Uji tantang ketahanan populasi generasi kedua ikan lele tumbuh

cepat dan tahan penyakit terhadap penyakit Aeromonas hydrophila

dilakukan pada benih masing-masing famili hasil pendederan, dengan

ukuran 6-8 cm. Sebanyak 10 ekor benih uji dari masing-masing famili

diinfeksi dengan penyuntikan bakteri Aeromonas hydrophila secara

intraperitoneal, dengan dosis 108 CFU/mL. Pengamatan tingkah laku,

gejala klinis dan jumlah kematian ikan diamati setiap enam jam selama

satu minggu pengujian. Benih-benih yang mati segera diambil untuk

dilakukan analisis molekuler deteksi keberadaan marka gen MHC class I

alel nomor 7. Pada akhir pengujian, keberadaan marka gen MHC class I

alel nomor 7 pada benih-benih populasi generasi kedua ikan lele tumbuh

cepat dan tahan penyakit yang masih hidup juga dilakukan.

Berdasarkan hasil uji tantang, famili-famili yang memiliki

ketahanan yang tinggi terhadap infeksi bakteri Aeromonas hydrophila

yang ditunjukkan dengan sintasan yang tinggi dipilih sebagai famili-famili

yang digunakan dalam seleksi pembentukan populasi generasi kedua

ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit. Seleksi tersebut dilakukan

melalui pengujian keragaan pertumbuhan dalam tahap pembesaran.

3) Pengujian Keragaan PertumbuhanFamili-famili yang memiliki ketahanan yang tinggi terhadap infeksi

bakteri Aeromonas hydrophila digunakan dalam seleksi pembentukan

populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan tahan penyakit.

Pembentukan populasi generasi kedua ikan lele tumbuh cepat dan

tahan penyakit yang akan digunakan sebagai pembentuk populasi

generasi berikutnya dilakukan melalui proses seleksi famili pada akhir

masa pembesaran berdasarkan keragaan karakter pertumbuhannya.

Sebanyak 200 ekor benih berukuran 6-8 cm hasil pendederan dari

masing-masing famili terseleksi berdasarkan hasil uji tantang dipelihara

selama dua bulan dalam waring-waring berukuran 1x1x1 m. Pakan yang

diberikan selama tahap pembesaran berupa pakan komersial dengan

kadar protein 30% (HI-PRO-VITE 781-1, 781-2 dan 781, PT

Centralpangan Pertiwi, Karawang), diberikan pada pagi dan sore hari

secara ad libitum. Pertumbuhan diamati melalui pengukuran bobot

setiap 20 hari sekali, sebanyak 10% dari jumlah awal penebaran.

4) Seleksi individu dalam familiBerdasarkan data hasil pengujian keragaan ketahanan penyakit

dan pengujian keragaan pertumbuhan dari masing-masing famili yang

telah diperoleh kemudian dilakukan seleksi terhadap individu-individu

dalam famili-famili yang memiliki kombinasi keragaan pertumbuhan dan

ketahanan penyakit yang bagus (within family selection). Sebanyak 5%

individu-individu dalam famili-famili yang memiliki keragaan tumbuh

cepat dan tahan terhadap penyakit Aeromonas hydrophila dipilih

sebagai populasi generasi kedua yang nantinya akan digunakan

sebagai pembentuk populasi generasi berikutnya. Seleksi tersebut

dilakukan terhadap individu-individu dalam famili-famili populasi

terseleksi yang digunakan pada pengujian keragaan pertumbuhan dan

dilakukan pada akhir masa pembesaran. Populasi generasi kedua ikan

lele tumbuh cepat dan tahan penyakit hasil seleksi famili selanjutnya

diberi penanda (tagging) dan dipelihara dalam kolam dengan padat

tebar 10 ekor/m2 hingga matang gonad. Pakan yang diberikan berupa

pakan komersial dengan kadar protein 30% (HI-PRO-VITE 781),

diberikan secara ad libitum pada pagi dan sore hari.

e. Sub Kegiatan : Pembentukan Strain Unggul Ikan GuramiOsphronemus gouramy Tumbuh Cepat1) Pembentukan Populasi F0 Ikan Gurami Tumbuh Cepat

Kegiatan pemuliaan ikan gurami dilakukan di Balai Penelitian

Pemuliaan ikan Sukamandi dimulai tahun 2014. Pada tahun 2014 telah

diperoleh informasi sementara keragaan reproduksi 4 populasi ikan

gurami:Kalimantan Selatan, Jambi, Tasikmalaya, dan Majalengka

sebagai pembentuk populasi dasar sintesis. Ke-4 populasi tersebut telah

diyakini memiliki potensi pertumbuhan yang baik. Hasil Tahun 2014

diperoleh 12 famili sebagai induk pembentuk F0, yaitu famili KK, JJ, MM,

TT, KJ, KM, KT, JK, JM, MK, MJ, dan TJ. Hasil Tahun 2015 diperoleh 7

famili, yaitu: KK, JJ, KM, JK, MK, MT, dan TJ. Hasil Tahun 2016,

diperoleh informasi bahwa ikan gurami jantan maupun betina telah

matang gonad pada umur 23 bulan. Hal itu ditandai dengan perut ikan

gurami betina agak gemuk, tanda berisi telur dan dibuktikan dengan

hasil histologi ikan gurami betina menunjukkan gonad membesar

mencapai ukuran maksimal, inti sel sudah terlihat jelas dan banyak yang

terlihat matang, serta mulai terlihat rongga-rongga tempat pelepasan

telur. Hasil histologi pada jantan ikan gurami yang matang gonad

menunjukkan ukuran sel tampak besar, alur-alur pada testis semakin

jelas dan nyata dan ukurannya mencapai maksimal.

2) Pembentukan Populasi Dasar Sintetik Ikan GuramiPembentukan populasi dasar sintetik ikan gurami dilakukan

dengan memijahkan dengan mempersilangkan dari ke-4 populasi (dialel

crossing), yaitu: Kalimantan Selatan, Jambi, Majalengka, dan

Tasikmalaya. Dari persilangan tersebut diperoleh total 13 famili.

Sembilan famili hibrida dan empat famili galur murni. Ke tiga belas famili

tersebut adalah: KK, JJ, MM, TT, KT, KJ, KM, JK, JM, MK, MJ, MT, dan

TJ. Setiap induk ditag dengan menggunakan “microchip tag’. Sebelum

dipijahkan semua induk dipelihara dalam kolam yang berbeda antara

jantan dan betina untuk tujuan pematangan gonad, sehingga proses

pemijahan dapat terjadi secara serentak.

Induk yang digunakan untuk pemijahan massal adalah induk dari

famili hibrida, yaitu: KT, KJ, KM, JK, JM, MK, MJ, MT, dan TJ.

Penggunaan induk famili hibrida dikarenakan famili hibrida memiliki

diferensial seleksi yang lebih tinggi rata-rata 40,30% dibandingkan famili

galur murni yang rata-ratanya 30,80% (Sularto et al. 2016).

Pemijahan massal dilakukan pada kolam tanah berukuran 200 m3

dengan perbandingan induk 1:2 (betina: jantan) dengan jumlah ikan

sebanyak 30 ekor per kolam. Pemijahan massal dilakukan pada dua

kohort dan satu kontrol. Ikan gurami sulit untuk memijah serempak. Oleh

karena itu, batas toleransi untuk mendapatkan satu kohort adalah jeda

waktu satu minggu. Satu kohort terdiri dari tujuh sampai sepuluh sarang.

Setiap kolam pada pemijahan massal harus memiliki unsur keempat

populasi ikan gurami koleksi, seperti Kalimantan, Jambi, Majalengka,

dan Tasikmalaya. Untuk pemijahan massal control, induk yang

digunakan adalah induk family galur murni hasil seleksi. Berikut ini

adalah persilangan (diallel crossing) dari pemijahan massal, yaitu:

Tabel 1. Pola Persilangan untuk pemijahan massal untuk pembentukan F0♂

♀KJ KM KT JK JM MK MJ MT TJ

KJ KJX MTKM KMX TJKT KTXJMJK JKX MTJM JMXKTMK MKXTJMJ MJX KTMT MTXKJ MTXJKTJ TJXMK TJXKM

Pemijahan massal dikategorikan dalam satu kohort ketika

pemijahannya dalam rentang waktu satu minggu. Dalam satu kohort

diharapkan ada tujuh sampai 10 sarang. Setiap sarang yang dihasilkan

dalam satu minggu dipelihara. Sarang pemijahan dihitung jumlah telur

yang mati, jumlah telur yang hidup, derajat pembuahan, derajat

penetasan, dan kelangsungan hidup setelah 8 hari lepas kuning telur.

Setelah itu diambil sebanyak 3000 telur untuk dipelihara selama dua

minggu di hatchery lalu dihitung kelangsungan hidupnya. Setelah itu

didederkan ke kolam beton ukuran 25m2 dengan kepadatan telur 100

ekor/m sampai umur 3 bulan. Tahap pembesaran dilakukan di kolam

tanah berukuran 2000 m dengan mengambil sebanyak 500 ekor setiap

sarang dilakukan secara acak. Diharapkan satu kohort ada 10 sarang,

sehingga ada sekitar 5000 ekor benih pada tiap kohort. Benih tersebut

dinamakan populasi F0 yang akan dipelihara sampai pembesaran.

Seleksi yang akan dilakukan pada tahap ini adalah seleksi individu

pada umur 9 dan umur 14 bulan.

Tabel 2. Tahapan Seleksi3000 ekor

Larva di akuarium

2500 ekor benihDi kolam tembok

2500 ekorukuran 0,5 g 10 g

Di kolam tembok ukuran 25 m2

(umur 3 bulan)500 ekor (secara acak)

Ukuran 10 g - 250 gdi kolam tanah sampai umur 9

bulan (seleksi individu)200 ekor

75 g – 250 gDi kolam tanah (sampai umur

14 bulan)60 ekor

250 g– 500 gDi kolam tanah

Seleksi Pertumbuhan 5%terbaik

50% ♀ 50%♂

Seleksi individu akan dilakukan pada umur 9 bulan (sebelum

proses dimorfisme seksual) dan 14 bulan (setelah diketahui jenis

kelamin). 500 g (ukuran konsumsi), dan pada ukuran tersebut ikan

gurami sudah dapat dibedakan antara jantan dan betinanya. Seleksi

akan dilakukan dengan menetapkan sekitar 5% individu terbaik dari

kohort tersebut secara proforsional berdasarkan pertimbangan

kecepatan pertumbuhan dan kelangsungan hidupnya. Target kegiatan

seleksi ini akan menghasilkan 100 ekor jantan dan 200 ekor betina

dengan pertumbuhan terbaik. Selain itu juga diambil 50 ekor jantan dan

50 ekor betina dari populasi kontrol yang diambil dari kisaran nilai

tengah populasi. Semua calon induk ditag dan dipelihara hingga

berukuran 2-3 kg/ ekor dalam 2 kolam yang berbeda dengan padat tebar

1-3 ekor/m2. Untuk mengetahui keberhasilan seleksi melalui uji respon

terhadap seleksi dengan cara memijahkan ikan seleksi dan ikan kontrol.

3) Parameter dan Analisis dataSelama masa pemeliharaan, dilakukan pengukuran terhadap

parameter pertumbuhan ikan gurami meliputi panjang total dan bobot

rata-rata individu tiap populasi serta parameter genetik meliputi

komponen keragaman, koefisien variasi dan estimasi nilai heritabilitas

berdasarkan komponen keragaman. Sebagai data pendukung adalah

data kualitas air media pemeliharaan meliputi suhu, pH, amonia, nitrit

dan kandungan oksigen terlarut.

a) Derajat Pembuahan Telur/Fertilization Rate (FR)Derajat Pembuahan telur dihitung berdasarkan hasil panen telur/

sarang.

TdFR = ------------------- x 100 %

NtKeterangan :FR = Derajat Pembuahan telur (%)Td = Jumlah telur yang terbuahi (butir)Nt = Jumlah telur total (butir)

b) Derajat Penetasan / Hatching Rate (HR)Tingkat penetasan telur setelah terbuahi / sarang,

NlHR = ------------------ x 100 %

NtKeterangan:HR = Derajat Penetasan / Hatching Rate (%)Nl = Jumlah larva yang dihasilkan (menetas)Nt = Jumlah telur terbuahi (butir)

c) Sintasan Larva /Survival Rate (SR) PemeliharaanKelangsungan hidup larva masa pemeliharaan

NtSR = ------------------ x 100 %

NoKeterangan :SR = Sintasan larva (%)Nt = Jumlah benih akhir pemeliharaanNo = Jumlah larva awal tebar

d) Koefisien keragaman (CV) menggunakan rumus :

CV= ................... Singh dan Chaudary (1977)Keterangan :SD = standar deviasiX = rataan populasi

e) Estimasi nilai heritabilitas dalam arti luas (h2)Estimasi heritabilitas dalam arti luas dilakukan menggunakan

metode analysis of variance (ANOVA) berdasarkan bobot individu

ikan dalam setiap populasi. Varian genotip merupakan nilai

keragaman fenotipik individu dalam populasi yang disebabkan oleh

faktor genetik, sedangkan varian fenotip merupakan keragaman

fenotipik individu dalam populasi yang disebabkan oleh adanya

interaksi antara faktor genetik, faktor lingkungan serta interaksi antara

keduanya. Untuk mengestimasi nilai heritabilitas dalam arti luas,

diperlukan estimasi nilai varian genotip (σ2s) dan varian fenotip (σ2

w)

sebagai berikut :

f) Estimasi respon seleksi (R)Merupakan nilai prediksi perbaikan genetik yang diharapkan

terjadi pada generasi berikutnya sebagai akibat kegiatan seleksi yang

dilakukan pada generasi sebelumnya. Nilai respon seleksi diestimasi

menggunakan formula sebagai berikut:

R =Keterangan: R = respon seleksi

S = diferensial seleksih2 = heritabilitas Falconer (1981)

22

22 2

sw

sh

g) Standard error (SE) untuk heritabilitas (h2±SE)Dianalisis dengan metode Becker (1984)

SE =2(1-t)[1+(n-1)t]

Dimana :

t = korelasi intraklasn = jumlah individuN = jumlah famili

h) Karakter Morfometrik F0Analisis keragaman morfologi antar populasi dilakukan melalui

pengukuran secara morfometrik pada umur 9 dan 14 bulan. Umur 9

bulan dipilih karena ikan gurami belum memperlihatkan dimorfisme

seksual, sedangkan umur 14 bulan sudah memperlihatkan

dimorfisme seksual. Sampel diletakkan di atas kertas tahan air

dengan bagian kepala berada di sebelah kiri. Titik-titik patokan yang

jelas, konsisten dan homolog dari satu sampel ke sampel lain dipilih

di sekitar garis bentuk (outline) tubuh ikan. Delapan buah titik patokan

yang dipilih membagi garis bentuk tubuh ikan menjadi 3 bidang dan

menghasilkan 16 karakter truss. Ikan difoto kemudian diukur

mengunakan program Analysis. Pengukuran jarak antara titik-titik

patokan tersebut, dilakukan menggunakan program Analysis dengan

ketelitian 0,5 mm. Secara lebih jelas titik-titik outliner pada tubuh ikan

disajikan pada Gambar 1.

Gambar 1. Lokasi 16 titik yang ditentukan pada garis luar tubuh ikan untukmemperoleh data truss morfometrik. Titik-titik landmark mengacu kepada(1) ujung mulut, (2) dahi, (3) pangkal sirip punggung, (4) pangkal siripperut, (5) ujung sirip punggung, (6) ujung sirip anal, (7) pangkal atas siripekor, (8) pangkal bawah sirip ekor.

Berdasarkan titik-titik pada outliner tubuh ikan tersebut,

kemudian dilakukan pengukuran pada 16 karakter truss yang

B4

B2

B3

B1A1

C5

A2

A3

A4

A5

A6B5

C1

C2

C3

C4

dibentuk. Deskripsi lebih detail mengenai karakter truss yang

dianalisis disajikan pada Tabel 1.

Tabel 1.Deskripsi 16 karakter truss morphometrik untuk analisis keragaman antarvarietas ikan gurami.

NoNo

Karakter trussTruss character

KodeCode

DeskripsiDescription

1 KepalaHead

A1 Ujung mulut- dahiEnd of upper mouth – forehead

2 A2 Dahi - pangkal sirip punggungForehead - origin of dorsal fin

3 A3 Pangkal sirip punggung- pangkal sirip perutorigin of dorsal fin - origin of abdominal fin

4 A4 Ujung mulut- pangkal sirip perutEnd of upper mouth - origin of abdominal fin

5 A5 Dahi - pangkal sirip perutForehead - origin of abdominal fin

6 A6 Ujung mulut- pangkal sirip punggungEnd of upper mouth - origin of dorsal fin

5 BadanBody

B1 Pangkal sirip punggung- ujung sirip punggungOrigin of abdominal fin - end of dorsal fin

6 B2 Ujung sirip punggung- ujung sirip analend of dorsal fin- end of anal fin

7 B3 Pangkal sirip perut - ujung sirip analOrigin of abdominal fin -end of anal fin

8 B4 Pangkal sirip punggung- ujung sirip analOrigin of dorsal fin -end of anal fin

9 B5 Pangkal sirip perut - ujung sirip punggungOrigin of abdominal fin- end of dorsal fin

10 Batang EkorCaudal fin

C1 Ujung sirip punggung - pangkal atas sirip ekorend of dorsal fin- End of upper tail

11 C2 Pangkal atas ,sirip ekor - pangkal bawah sirip ekorEnd of upper tail- End of under tail

12 C3 Ujung sirip anal - pangkal bawah sirip ekorend of anal fin- End of under tail

13 C4 Ujung sirip punggung - pangkal bawah sirip ekorend of dorsal fin- End of under tail

14 C5 Ujung sirip anal - pangkal atas sirip ekorend of dorsal fin- End of upper tail

Parameter yang diamati adalah: koefisien keragaman (KK),

proporsi keragaman, diagram pencar, indeks kesamaan

menggunakan analisis diskriminan, dan dendogram. Identifikasi

keragaman bentuk antar populasi harus bebas dari bias yang

disebabkan oleh perbedaan ukuran (Imron et al., 2000). Upaya

meminimalkan pengaruh keragaman ukuran mengikuti prosedur

Edge et al. (1991). Analisis komponen utama (Principal Component

Analysis/PCA) atau diagram pencar bertujuan untuk mengidentifikasi

pola keragaman antar varietas (Strauss dan Bond, 1990). Analisis

pengelompokan atau cluster analysis dilakukan sebagai analisis

lanjutan. Analisis ini dilakukan untuk mengetahui pengelompokan

masing-masing populasi dan melihat seberapa jauh perbedaan dan

kemiripan morfologi antar populasi. Analisis komponen utama dan

pengelompokan (clustering) atau dendogram dilakukan dengan

program Ky plot dan SYSTATT 11. Untuk melihat penyebaran

karakter dilakukan dengan Analisis Kanonical, untuk melihat keeratan

korelasi dengan Analisis Diskriminan. Untuk melihat jarak genetik

antar populasi digunakan program SAS.

i) Karakter Genetik F0Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA genom sampel sirip ekor ikan gurami populasi

generasi pertama hasil seleksi. DNA genomik dari masing-masing

sampel individu diekstraksi menggunakan kit GenejetTM Genomic

DNA Purification (Fermentas) secara singkat protokol terdiri dari

serangkaian langkah termasuk lisis jaringan, presipitasi DNA,

pengikatan DNA di column, pencucian dan elusi. Lisis jaringan

dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel jaringan dan

memotong dengan pisau bedah menjadi potongan-potongan kecil.

Tambahkan 180 µl Digestion Solution dan 20 µl Proteinase K setelah

itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi sampel pada suhu 56oC

selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah itu tambahkan 20µl

Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10 menit pada suhu

ruang. Tambahkan 200 µl Lysis Solution lalu vortex selama 15 detik.

Tambahkan 400 µl ethanol 50% lalu vortex. Masukan sampel ke

dalam Column lalu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000

x g. Buang supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer I lalu

sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g. Buang

supernatant. Tambahkan 500 µl Wash Buffer II lalu sentrifus selama

3 menit dengan kecepatan 12,000 x g. Buang supernatant.

Tambahkan 200µl Elution Buffer , lalu inkubasi selama 2 menit pada

suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan

8,000 x g. Pindahkan supernatant ke tube 1,5 ml lalu simpan di

freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan dengan

elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.

Amplifikasi DNA dengan metode PCRReaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga

konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk

amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi

1 µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1

µL dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL

akuades. Proses amplifikasi dilakukan dengan menggunakan

MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi

berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94 oC selama 3 menit,

dilanjutkan masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu

94 oC selama 30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan

pada tabel 1 selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 oC selama

30 detik Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit

dan 4oC selama tak terhingga. Pengecekan hasil amplifikasi PCR

dilakukan dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%.

j) Kualitas AirSelama pemeliharaan ikan dilakukan pengukuran kualitas air.

Parameter kualitas air yang diamati adalah: suhu, oksigen terlarut

(DO), dan pH yang diukur menggunakan alat Water Quality Checker

(WQC). Parameter lainnya diukur dengan metode standar seperti:

kadar amoniak (SNI 06-6989.30-2005), nitrit (SNI 06-6989.9-2004),

dan nitrat (SNI 06-2480-1991).

4) Analisis dataProduk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu

menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan

tidak adanya pita DNA pada tiap marker untuk membuat matrik biner.

Parameter-parameter variabilitas genetik intra dan interpopulasi,

termasuk jumlah allele yang dideteksi (A), observed(O), dan

heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation

index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software

statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001). Jumlah dari

identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran

sampel. Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai

dengan ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness

(RS) (El Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari

Genepop (Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi

genetik di dalam dan antar populasi dianalisis analysis of molecular

variance (AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al.,

2000). Data-data yang diperoleh dianalisa GLM univariate dengan

menggunakan program SPSS 17.

f. Sub Kegiatan : Perbaikan Mutu Genetik Udang Galah untukMeningkatkan Produktivitas1) Pembentukan Populasi Generasi F2 Udang Galah Tumbuh Cepat

dan Matang Kelamin Yang LambatInduk jantan dan betina yang digunakan adalah induk populasi F1

terseleksi, pembanding dan control.Pemijahan untuk mendapatkan

populasi F2 dilakukan secara komunal pada masing-masing populasi

dengan perbandingan 1:1 (1 ekor jantan dan 1 ekor betina) di kolam

pemijahan. Udang diberi pakan komersial (kandungan protein kasar

minimal 26%) sebanyak 2% biomassa dengan 3 kali waktu

pemberian.Pengecekan induk-induk yang telah memijah dilakukan

dengan pemanenan dan pengamatan secara visual setelah 20 hari

pemijahan. Induk-Induk betina yang telah memijah dan mengerami telur

berwarna kecoklatan dipindahkan ke corong penetasan sampai telur

dilepaskan dari kantung pengeraman (brood chamber).

Induk dengan telur berwarna coklat keabu-abuan dipindahkan ke

dalam bak penetasan berupa bak fiberglas kerucut bervolume 50 liter

air. Larva yang diperoleh disterilkan dengan cara perendaman dalam

larutan formaldehide 200 ppm selama 30 detik. Larva udang galah baik

populasi kontrol maupun populasi seleksi dipelihara dengan kepadatan

50 ekor/liter dalam wadah corong pemeliharaan volume 60 liter pada

media air payau bersalinitas 12 ppt selama 35 hari atau semua larva

telah menjadi PL. Pemberian pakan berupa nauplii Artemia sp. dimulai

dari hari ke dua sampai panen Pasca Larva (PL) dengan frekuensi dua

kali/hari, yaitu pada pukul 08.00 dan 16.00 WIB, sedangkan egg custard

diberikan setelah larva mencapai stadia 7. Egg custard diberikan 3

kali/hari, yakni pada pukul 10.00, 12.00 dan 14.00 WIB.

Pasca larva yang diperoleh dari hasil pembenihan didederkan di

bak pendederan. Proses pendederan dilakukan selama 30 hari dengan

kepadatan 350 ekor/m2. Pakan yang diberikan selama pendederan

adalah pakan pembesaran udang galah (komersial).Pemberian pakan

dengan kandungan protein kasar 38-40%. Pakan diberikan empat kali

sehari dengan feeding rate sebesar 20%.

Proses pembesaran dilakukan selama tiga bulan. Benih berupa

tokolan 2 ditebar dengan kepadatan 10 ekor/m2. Guna memperoleh

data respons seleksi, benih keturunan induk terseleksi dan keturunan

induk kontrol dipelihara pada lingkungan yang sama, yaitu kolam 25 m2.

Pakan komersial dengan kandungan protein kasar minimal 26%

diberikan sebanyak 7% dari bobot biomas per hari dengan tingkat

menurun sejalan dengan peningkatan bobot rata-rata udang.Frekuensi

pemberian diberikan sebanyak 3 kali per hari.Penyesuaian persentase

tingkat pemberian pakan dilakukan secara periodik (tiap bulan) melalui

sampling.Parameter yang diamati pada pendederan dan pembesaran

yaitu FCR (Feed Convertion Ratio), SGR (Specific Growth Rate) dan SR

(Survival Rate).

Setelah masa pemeliharaan, dilakukan pemanenan dan proses

seleksi berdasar pada karakter panjang standar. Proses seleksi

dibedakan antara jantan dan betina. Dari setiap kelompok, diambil

sampel secara acak kemudian dilakukan pengukuran terhadap panjang

standar sehingga diperoleh data distribusi ukuran yang selanjutnya

diurutkan dari nilai terkecil hingga terbesar.Panjang standar udang galah

merupakan jarak antara pangkal mata hingga batas anterior abdomen

(Imron dan Suprapto 2009), seperti terlihat pada Gambar 1.

Gambar 1. Ilustasi pengukuran panjang standar udang galah

Berdasarakan data distribusi ukuran yang telah diurutkan,

ditetapkan batas minimum ukuran udang terseleksi, yaitu 10% individu

jantan dengan keragaan fenotip terbaik dari populasi. Prosedur yang

sama diterapkan untuk memilih calon induk pada individu betina, namun

pada populasi betina diseleksi pada 20% Panjang standar terbaik

kemudian dilanjutkan dengan membagi 2 populasi berdasarkan kelas

kematangan kelamin. Berdasarakan ukuran batas minimum yang telah

diperoleh, dilakukan seleksi terhadap seluruh populasi.

Gambar 2. Pelaksanaan pemilihan individu-individu terseleksi dan kontrolberdasar pada distribusi panjang standar udang galah pada total populasi.(a) data distribusi ukuran panjang standar, (b) alat bantu atau stik untukmenentukan populasi kontrol dan populasi terseleksi, (c) pelaksanaanseleksi berdasarkan karakter panjang standar

Karakter kematangan kelamin betina di kelompokkan menjadi lima

tipe yaitu : belum matang/Immature Females (IF), betina matang/mature

female(MF), betina bertelur dengan warna telur orange/orange egg

carrying females (OE), betina bertelur dengan warna telur abu-abu/grey

egg carrying females (GE), dan betina yang telah merontokkan

telurnya/open brood chamber (spent) females (OP) (Gambar 3).

Gambar 3.Lima tipe karakter kematangan kelamin betina

a b

c

Populasi udang galah betina yang telah diseleksi berdasarkan

panjang standar, kemudian diseleksi lebih lanjut berdasarkan

pengkelasan berdasarkan kematangannya. Individu-individu terseleksi

tersebut kemudian dipersiapakan sebagai induk untuk membentuk

generasi berikutnya (populasi F1 udang galah tumbuh cepat dan matang

lambat). Ilustrasi seleksi berdasar panjang standar dan tingkat

kematangan udang galah betina seperti terlihat pada gambar 4.

Gambar 4.Skema seleksi individu untuk menghasilkan populasi udanggalah tumbuh cepat dan matang lambat (dimodifikasi dari Tave. 1995)

Pengujian Bebas MrNVSkrining akan dilakukan pada induk dan larva udang galah

menggunakan metode RT-PCR protocol untuk menjamin seluruh

prosedur seleksi berjalan dengan biota yang bebas dari MrNV seperti

terlihat pada Gambar5.

Gambar 5. Proses skrining larva dan induk udang galah bebas MrNV

Organ target yang akan dijadikan sampel adalah pleopod, insang,

daging dan hepatopankreas. Sampel selanjutnya diekstraksi dengan kit

komersial Tri Reagent guna memperoleh RNA, melalui tahapan PCR

dan elekstroforesis diperoleh data secara kualitatif dapat dibaca apakah

sampel tersebut positif atau negatif terinfeksi MrNV. Pengambilan

sampel pada indukan udang galah adalah dengan cara membuat blok

berdasarkan sex sebanyak 9 (sembilan) buah blok untuk betina dan 3

buah blok jantan, masing-masing blok berisi 100 ekor. Setiap blok

diambil 10% untuk dijadikan sampel. Sampel diambil dari organ target

yaitu kaki renang (pleopod) yang selanjutnya dicampur menjadi satu

sampel. Sedangkan pengambilan sampel pada larva udang galah

adalah dengan cara mengambil sampel acak dari dalam bak

pemeliharaan larva untuk kemudian dicampur menjadi satu sampel.

Tingkat ekspresi RNA MrNV dianalisis menggunakan metode RT–

PCR. Total RNA diekstraksi dari organ target yaitu: pleopod, insang,

hepatopankreas. Ekstraksi RNA dari sampel induk udang galah dengan

menggunakan paket ekstraksi komersial TRI Reagent (Molekuler

Research Center, Inc.) dan sintesis cDNA dilakukan dengan

menggunakan paket komersial Ready-To-Go You-Prime First Strand

Beads (GE Healtcare), sedangkan ekstraksi RNA dari sampel dengan

menggunakan paket ekstraksi komersial TRI Reagent dilanjutkan

dengan PCR dengan menggunakan paket komersial. Deteksi RNA

MrNV diditeksi dengan menggunakan teknik RT-PCR menggunakan

primer MrNV Forward: 5’-GCG-TTA-TAG-ATG-GCA-CAA-GG-3’ dan

primer MrNV Reverse: 5’-AGC-TGT-GAA-ACT-TCC-ACT-GG-3’.

Adapun untuk mendeteksi RNA XSV dideteksi dengan menggunakan

teknik RT-PCR menggunakan primer XSV Forward: 5’-CGC-GGA-TCC-

GAT-GAA-TAA-GCG-CAT-TAA-TAA-3’ dan primer reverse: 5’-CCG-

GAA-TTC-CGT-TAC-TGT-TCG-GAG-TCC-CAA-3’. PCR baik MrNV

maupun XSV dilakukan dengan program: 52°C selama 30 menit,

denaturasi 95°C selama 2 menit, diikuti 30 siklus denaturasi 94°C

selama 40 detik, annealing 55°C selama 40 detik dan ekstensi 68°C

selama 1 menit, terakhir dengan perpanjangan ekstensi 68°C selama 10

menit. Pengecekan hasil amplifikasi PCR dilakukan dengan

elektroforesis menggunakan gel agarose 2%.

Perkembangan Larva Udang GalahPengamatan perkembangan larva udang galah dilakukan dengan

menghitung indek stadia larva (Larval Stage Indeks/LSI). Pengamatan

stadia larva dilakukan setiap 3 hari sekali,dengan cara mengambil 20

ekor larva pada setiap wadah pemeliharaan untuk diamati. Penentuan

stadia larva berdasarkan morfologi larva sesuai dengan kunci identifikasi

stadia larva udang galah(Gambar 6), (New & Valenti, 2010)

Gambar 6. Perkembangan stadia larva pada udang galah (Macrobrachiumrosenbergii)

Uji Toleransi Benih Udang Galah Terhadap LingkunganPengujian ketahanan Pasca Larva (PL) udang galah dilakukan

dengan rosenbergii De Man) kelas benih sebar.Pengujian dilakukan

pada stoples 10 liter yang diisi air sebanyak 5 liter dengan kepadatan 4

ekor/liter. Pengujian ketahanan benih dilakukan dengan cara

memberikan perubahan yang mendadak, meliputi parameter salinitas,

suhu dan pH air serta pemaparan benih dengan formalin. Benih

mengacu pada SNI Nomor: 01- 6486.2 - 2000 tentang benih udang

galah (Macrobrachium yang sehat mempunyai ketahanan tubuh yang

kuat atau tahan terhadap perubahan tersebut.Metode toleransi benih

terhadap media pH rendah dilakukan dengan menambahkan asam

cuka, sedangkan es digunakan untuk menurunkan suhu media

pengujian.

Pengujian ketahanan benih terhadap salinitas dilakukan dengan

cara memindahkan benih dari air bersalinitas 0 ke salinitas 10, 20, dan

30 ppt secara mendadak, selanjutnya dilakukan pengamatan selama 15

menit. Benih dengan kematian kurang dari 20% dinyatakan toleran.

Pengujian ketahanan terhadap suhu dilakukan dengan

memindahkan benih dari media dengan suhu 28oC–30oC ke media 20oC secara mendadak. Pengamatan dilakukan selama 1 jam untuk

menghitung persentase kematian benih. Benih dengan tingkat kematian

kurang dari 20% dinyatakan toleran.

Pengujian ketahanan terhadap pH dilakukan dengan

memindahkan benih dari media dengan tingkat kematian kurang dari

20% dinyatakan toleran.

Pengujian ketahanan benih terhadap formalin dilakukan dengan

cara merendam benih ke dalam larutan formalin 250, 500 dan 750 ppm

selama 15 menit, untuk menghitung persentase kematian benih. Benih

dengan tingkat kematian kurang dari 20% dinyatakan tolerandengan pH

7-8 ke media dengan pH 6,5; 5,5 dan 4,5 secara mendadak.

Pengamatan dilakukan selama 15 menit, untuk menghitung prosentase

kematian benih.Benih.

2) Karakterisasi Populasi F2 Udang Galah Tumbuh Cepat dan MatangKelamin Lambat Pada Fase Pembesaran

Analisis Keragaman (Heterozigositas) dan Konfirmasi MarkaTerkait Karakter Resistensi Berdasarkan Respons Imun NonSpesifikSampel udang galah yang akan dianalisis adalah GI Macro II dan induk

F2 populasi resisten vibriosis masing-masing sebanyak 60 ekor. Sampel

diawetkan dengan alkohol 70%.

Ekstraksi DNA

DNA genomik dari masing-masing sampel individu diekstraksi

menggunakan kit GenejetTM Genomic DNA Purification (Fermentas)

secara singkat protokol terdiri dari serangkaian langkah termasuk lisis

jaringan, presipitasi DNA, pengikatan DNA di column, pencucian dan

elusi. Lisis jaringan dilakukan dengan menimbang sekitar 20 mg sampel

jaringan dan memotong dengan pisau bedah menjadi potongan-

potongan kecil. Sebanyak 180 µl Digestion Solution dan 20µl Proteinase

Kditambahkan setelah itu di vortex selama beberapa detik. Inkubasi

sampel pada suhu 56oC selama 3 jam atau sampai sampel lisis. Setelah

itu tambahkan 20µl Rnase Solution,mix dengan vortex lalu inkubasi 10

menit pada suhu ruang. Sebanyak 200 µl Lysis Solution ditambahkan

lalu vortex selama 15 detik. Sebanyak 400 µl ethanol 50%

ditambahkan lalu vortex. Sampel dimasukkan kedalam Column lalu

sentrifus selama 1 menit dengan kecepatan 6000 x g. Supernatant

dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer I ditambahkan lalu sentrifus

selama 1 menit dengan kecepatan 8000 x g kemudian supernatant

dibuang. Sebanyak 500 µl Wash Buffer II ditambahkan lalu sentrifus

selama 3 menit dengan kecepatan 12,000 x g kemudian supernatant

dibuang. Sebanyak 200µl Elution Bufferditambahkan, lalu inkubasi

selama 2 menit pada suhu ruang setelah itu sentrifus selama 1 menit

dengan kecepatan 8,000 x g. Supernatant dipindahkan ke tube 1,5 ml

lalu simpan di freezer -20oC. Pengecekan hasil ekstraksi dilakukan

dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1%.

Amplifikasi DNA dengan Metode PCR

Reaksi PCR dilakukan dalam tube PCR 0,2 ml. Untuk menjaga

konsistensi, mastermix PCR yang digunakan adalah khusus untuk

amplifikasi mikrosatelit (Type-It™ Microsatellite, Qiagen). Amplifikasi 1

µL DNA genom hasil ekstraksi bersama dengan masing-masing 1 µL

dari 10 pmol primer mikrosatelit (tabel 1), 6µL mastermix dan 6 µL

akuades. Proses amplifikasi dilakukan dengan menggunakan

MyCycler™ Thermal Cycler (BioRAD, USA) dengan siklus amplifikasi

berupa inisiasi denaturasi pada suhu 94 oC selama 3 menit, dilanjutkan

masing-masing sebanyak 30 siklus denaturasi pada suhu 94 oC selama

30 detik, annealing pada suhu yang direkomendasikan pada tabel 1

selama 30 detik dan ekstensi pada suhu 72 oC selama 30 detik

Perpanjangan terakhir adalah pada 72 ˚ C selama 10 menit dan 4oC

selama tak terhingga.Pengecekan hasil amplifikasi PCR dilakukan

dengan elektroforesis menggunakan gel agarose 1,5%. Sebanyak 8

primer yang digunakan untuk mengamplifikasi alel-alel yang polymorphik

(Tabel 1).

Tabel 1. Primer mikrosatelit dan suhu annaeling yang digunakan untukmengamplifikasi alel-alel mikrosatelit yang polymorphik pada populasiMacrobrachium rosenbergii (Charoentawee et al, 2006)

No Primer Sequence (5'-3') GB TM (˚C)1 Mbr 1 F:TCCTTTTCACATCGTTTCCAGTC

R: CCCACCATCAATTCTCACTTACCDQ019863.1 54

2 Mbr 2 F: TTCCCGACCAATTTCTCTTTCTC DQ019864.1 54R: GGCAAAAATGATCTTGGATTCAC

3 Mbr 3 F: CAACTCTATGTTTCGGCATTTGG DQ019865.1 54R: GGGGAATTTTACCGATGTTTCTG

4 Mbr 4 F: CCACCTACCGTACATTCCCAAAC DQ019866.1 57R: CGGGGCGACTTTTAGTATCGAC

5 Mbr 5 F: CAAGGCTCGTGTCTTGTTTC DQ019867.1 52R: GCTTGTACTTGTTCAGCTTTTGC

6 Mbr 7 F: ATAAAAGAGTCGCCAAATGAGCA DQ019869.1 53R: ATTGGGAATTGTTGACCTCCAAG

7 Mbr 8 F: CGCCATTTGCGTCTATCTCTTAC DQ019870.1 55R: AACCAGCCGACTTAGACTGTG

8 Mbr 9 F: TTGTTTGCTTGTTTAGTGTCAAGG DQ019873.1 52

9 MRMB11

R: CTCCAAAACCGAAAAATCCTCACF: GACGCTGCCAAAAAGAAAAGR: ACCGTGCCATTAACTTCCAA

10

11

12

MRMB13MRMB15MRMB16

F: AGGTCGGCCACTTCATTACAR: CCCCTAAGGACCCAATGAATF: GAAAGAGAATAAAGTGGGGAAGAAR: GGATGTTGATACATTAGAGGCATAGAF: CTCTTGGACAACCCAAAATCAR: AATGGGCCACCTCTCCTTAT

Skoring Alel

Produk PCR di analisis dengan QIAxcel multicapilary

electroforesis sistem (Qiagen). Reaksi menggunakan kit QIAxcel DNA

hight resolution kit (Cat No. 929002) dan produk PCR diseparasi

menggunakan metodeOM 750 12-channel Sieving-gel cartridge (GCK

5000). Berdasarkan pada alignment Marker 50 bp-800 bp(cat No.

925256), dimana alignment Marker berfungsi untuk

membatasipembacaan nilai aleldan Qx DNA size marker 50 bp- 1 kb

(Cat No. 929526) untuk pembacaan nilai alel, ukuran alel diolah dan

secara otomatis dihitung dalam base pair dengan software

BioCalculatorTM, terdapat pada QIAxcel sistem dan ditunjukkan sebagai

gambar gel dan elektroforegram.

Analisis Data

Produk PCR diskor dan diberi skor 1 dan 0, angka satu

menunjukkan adanya pita DNA sedangkan angka 0 menunjukkan tidak

adanya pita DNApada tiap marker untuk membuat matrik biner.

Parameter-parameter variabilitas genetik intra dan interpopulasi,

termasuk jumlahallele yang dideteksi (A), observed(O), dan

heterozygositas (HE), Hardy-Weinberg equilibrium (HW) dan fixation

index within population (FIS) yang dihitung menggunakan software

statistical genetic Fstat version 2.9.3. (Goudet, 2001).Jumlah dari

identifikasi alel antara populasi sangat tergantung dari ukuran sampel.

Untuk mengurangi bias dari jumlah alel per populasi sesuai dengan

ukuran sampel, parameter ini disebut dengan allelic richness (RS) (El

Mousadik and Petit, 1996). Perkiraan ini diperoleh dari Genepop

(Raymond and Rousset, 1995). Bagian jumlah variasi genetik di dalam

dan antar populasi dianalisis dengan analysis of molecular variance

(AMOVA) menggunakan software Arlequin (Schneider et al., 2000).

Uji MultilokasiKegiatan uji multilokasi akan dilakukan untuk melihat performa

budidaya pada fase pembesaran di beberapa lokasi yang berbeda

berdasarkan tingkat ketinggian. Kegiatan uji multilokasi direncanakan

akan dilakukan di BPPI Sukamandi dan BBUG Samas, Jogjakarta.

Analisis dataAnalisa terhadaprespons seleksi dan diferensial seleksi pada

karakter bobot dilakukan berdasarkan data pengukuran panjang standar

udang galah pada populasi terseleksi dan populasi kontrol

Diferensial seleksi dihitung berdasarkan perbedaan antara rata-

rata udang galah yang telah terpilih sebagai induk, dan rata-rata dari

populasi umum. Respons seleksi, dihitung berdasarkan nilai selisih

rata-rata populasi keturunan induk terseleksi dengan rata-rata populasi

induk kontrol. (Doyle 1980; Hardjosubroto 1994; Tave 1995; Gjedrem

2005; Lewer 2005).

S = Xs – XS : Differensial seleksi

X : Rerata fenotip populasi sebelum seleksi

Xs : Rerata fenotip induk seleksi (10% top)

h2 =

h2 : Heritabilitas

R : Respons seleksi

S : Differensial seleksi

Perhitungan perkembangan stadia larva (LSI) sesuai dengan

rumus berikut (Nhan. 2009; Mallasen and Vallenti. 2005) :

a,b........k : Stadia larva, yaitu 1- 11

n1,n2.....nn : Jumlah larva yang terlihat pada stadium yang sama

N : Jumlah total larva yang diamati

Tingkat kelangsungan hidup udang galah diamati pada saat akhir

pemeliharaan larva udang galah dan dihitung berdasarkan rumus berikut

:

SR : Tingkat kelangsungan Hidup/Survival Rate (SR)No : Jumlah awal pemeliharaan (ekor)Nt :Jumlah akhir pemeliharaan (ekor)

Menurut Ponce-Palafoxa (2015) laju pertumbuhan harian dan rasio

konfersi pakan dapat dihitungberdasarkan rumus berikut ini :

SGR = Laju Pertumbuhan Harian/Specific growth rate (%)Wt = Bobot rata-rata ikan di akhir pemeliharaan (ekor)W0 = Bobot rata-rata ikan di awal pemeliharaan (ekor)t = Lama waktu pemeliharaan (hari)

FCR = Food Convertion RatioWo = Berat hewan uji pada awal penelitian .Wt = Berat hewan uji pada akhir penelitian .D= Jumlah ikan yang matiF= Jumlah pakan yang dikonsumsi.

2. Tahapan dan Waktu Pelaksanaana. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil SeleksiNo JADWAL RENCANA

OPERASIONAL KEGIATAN1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

1. Persiapan2. Pengadaan bahan dan

peralatan3. Kegiatan penelitian4. Evaluasi dan Validasi5. Analisis data dan sintesis6. Lokakarya/seminar7. Laporan


NO JADWAL RENCANAOPERASIONAL KEGIATAN 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Persiapan- Persiapan proposal

- Survey dan perijinan

- Konsultasi dan studi pustaka

-Persiapan alat dan bahan

-Persiapan tambak dan kolam

-Persiapan induk dan pakan

Pelaksanaan-Seleksi induk matang gonad-Resting dan pemijahan-Pemeliharaan larva-Pendederan pertama-Pembesaran di tambak-Sampling bulananPelaporan-Analisa data-Pelaporan bulanan-Pelaporan akhir-Seminar hasil

c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi PopulasiSintetik Ikan Mas Tumbuh Cepat

NO JADWAL RENCANAOPERASIONAL KEGIATAN 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

1. Persiapan- Pengadaan bahan

- Persiapan kolam2. Pelaksanaan

- Evaluasi pertumbuhan- Evaluasi pola pewarisan

sifat karakter pertumbuhan- Evaluasi keragaman

genetik- Pemeliharaan calon induk

3. Pelaporan- Bulanan- Triwulan- Semester- Akhir


e. Sub Kegiatan : Pembentukan Strain Unggul Ikan GuramiOsphronemus gouramy Tumbuh Cepat

NO JADWAL RENCANAOPERASIONAL KEGIATAN 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1

011

12

1 Persiapan- Persiapan proposal

- Survey dan perijinan

- Konsultasi dan studi pustaka

-Persiapan alat dan bahan

-Persiapan kolam

-Persiapan induk dan pakan

2 PelaksanaanSeleksi induk-Pemijahan-Pembenihan, Pendederan, danPembesaran-Sampling kualitas air-Karakterisasi benih secaramorfometrik- Ekstraksi DNA

3 Pelaporan-Analisa data-Pelaporan bulanan-Pelaporan akhir-Seminar hasil

No JADWAL RENCANA OPERASIONALKEGIATAN

Bulan ke-

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

1. Persiapan

2.

Seleksi induk populasi generasi pertama Pematangan gonad induk Pengujian keragaan ketahanan penyakit Pengujian keragaan pertumbuhan Seleksi individu dalam famili terpilih Pembesaran lanjutan populasi generasi kedua

hasil seleksi3. Analisis data

4. Laporan

f. Sub Kegiatan : Perbaikan Mutu Genetik Udang Galah untukMeningkatkan Produktivitas

No.JADWAL

RENCANAOPERASIONAL

KEGIATAN

Bobot(%)

Bulan

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

Target/ Realisasi*)

1 Persiapan 20Studi Pustaka 20 40 60 80 100Dokumenperencanaan

25 75 100

Pengadaan bahan(wadah, pakan,dll)

40 60 65 70 75 80 85 90 95 100

2 Pelaksanaan 60a. PembentukanF2 udang galahtumbuh cepat danmatang lambatDeteksi MrNVcalon induk/benihF2

50 100

Plotting indukpemijahan

50 100

Pemeliharaanlarva ch 1,2,3

30 60 100

Pendederan ch1,2,3

30 60 100

Uji respon F2 15 30 45 60 75 100Pembesarankolam 200 dan1000 m2 (3:3buah ;seleksi:kontrol)

15 30 45 60 75 100

Seleksipembentukanpopulasi F2terseleksi dankontrol

75 25

Pembentukaninduk di kolam200 m2

25 50 25

Uji toleransilingkungan

25 50 75 100

Uji multilokasi 25 50 25

b. KarakterisasiindukAnalisiskeragaman induk

30 60 100

c. PeremajaanInduk UdangGalah Asahan,Bone dan BerauPpemeliharaanlarva

50 100

Pendederan 50 100Pembesarankolam

30 60 100

3 Pelaporan 10Laporan (bulanandan Teknis)

5 10 15 20 30 40 50 60 70 80 90 100

D. Waktu Pencapaian KeluaranWaktu yang diperlukan untuk mencapai keluaran yang diharapkan adalah

12 (dua belas) bulan.

E. Biaya Yang DiperlukanBiaya yang dibutuhkan untuk pelaksanaan kegiatan ini adalah Rp.

1.364.784.000,- (Satu milyar tiga ratus enam puluh empat juta tujuh ratus

delapan puluh empat ribu rupiah), dengan rincian per sub kegiatan sebagai

berikut :

a. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Ikan Patin Siam F2 Hasil Seleksi

No Jenis Belanja/Akun*) Biaya (Rp.) %

521211 Belanja Bahan 247.832.000 45,16

521213 Honor Output Kegiatan 12.500.000 2,28

521811 Belanja Barang UntukPersediaan Barang Konsumsi

152.238.000 27,74

522141 Belanja Sewa 14.600.000 2,66

522191 Belanja Jasa Lainnya 49.830.000 9,08

524111 Belanja Perjalanan Biasa 71.760.000 13,08

JUMLAH 548.760.000 100



521211 Belanja Bahan 49.360.000 40,27



50.200.000 40,96



JUMLAH 122.560.000 100

c. Sub Kegiatan : Evaluasi Performa Benih Hasil Seleksi Populasi SintetikIkan Mas Tumbuh Cepat


521211 Belanja Bahan 104.750.000 40,13



103.250.000 39,56

522141 Belanja Sewa 10.000.000 3,83



JUMLAH 261.000.000 100



521211 Belanja Bahan 41.532.000 26,40



83.312.000 52,95



JUMLAH 157.344.000 100

e. Sub Kegiatan : Pembentukan Strain Unggul Ikan Gurami Osphronemusgouramy Tumbuh Cepat


521211 Belanja Bahan 36.460.000 28,58



59.100.000 46,33



JUMLAH 127.560.000 100

f. Sub Kegiatan : Perbaikan Mutu Genetik Udang Galah untukMeningkatkan Produktivitas


521211 Belanja Bahan 72.360.000 49,04



44.000.000 29,82



JUMLAH 100

F. Justifikasi Kebutuhan Pakan PenelitianKegiatan penelitian memerlukan jenis pakan dengan konsistensi kualitas

nutrien yang baik, agar performa pertumbuhan ikan yang dihasilkan dapat lebih

optimal. Spesifikasi/syarat umum pakan yang baik antara lain adalah berbentuk

normal sebagaimana dikehendaki dalam proses pabrikasi, tidak hancur jika

diproses kembali dalam bentuk pelet atau butiran, tidak menggumpal, tidak

berbau (sebagai indikasi terjadi kerusakan/pembusukan), tidak tumbuh jamur,

serta tidak mengandung zat atau bahan berbahaya bagi kehidupan ikan dan

manusia. Berdasarkan hal tersebut, diperlukan merek pakan sesuai dengan yang

telah digunakan pada penelitian tahun sebelumnya karena pakan-pakan tersebut

telah menunjukkan hasil yang konsisten terhadap performa pertumbuhan ikan.

Daftar kebutuhan pakan – pakan yang dimaksud adalah sebagai berikut :

No Jenis Pakan Merek

1 Pakan Benih Udang Galah Pakan Udang Bintang 581-L2 Pakan Pendederan Udang Galah

(A)Pakan Udang Bintang 582/Feng Li 2A

3 Pakan Pembesaran UdangGalah (A)

Pakan Udang Galah UG- 801/Irawan 681/ SGH II-P2

4 Pakan Pembesaran UdangGalah (B)

Pakan Udang Galah UG- 802/Irawan 684S/SGHII-P2

5 Pakan Larva Ikan Hi-Pro-Vite PS-P6 Pakan Pendederan Ikan Lele (A) Prima Feed LP1/ Hi Pro Vite 781-1/ SPLA12-27 Pakan Pembesaran Ikan Lele (A) Prima Feed LP 3/ SPLA12-38 Pakan pembesaran Ikan Lele (B) Hi-Pro-Vite 782/ Prima Feed PI MP39 Pakan Benih Ikan (B) Prima Feed PF-800/ FF-999-2

10 Pakan Pembesaran Ikan (A) Hi-Pro-Vite 779-2 SP11 Pakan Pembesaran Ikan (B) Hi-Pro-Vite 779-312 Pakan Induk (A) Prima Feed PF 12813 Pakan Induk (B) Vitality14 Pakan Pembesaran/Calin SN-3 (Sinta)/ Bintang 888-315 Pakan Induk jambal Megami (Protein 36-38%) PN0716 Pakan Pembesaran Ikan Mas Hi-Pro-Vite 781/SPLA 12-3

Subang, Januari 2017

Kepala Balai Penelitian Pemuliaan Ikan

Dr. Imron, S.Pi., M.Si.NIP. 19681022 199903 1 001

kerangka acuan kerja (terms of...

Documents