identifikasi jenis spesies non tuberculous … · terduga tb paru di bbkpm surakarta secara...

library.uns.ac.id digilib.uns.ac.id

IDENTIFIKASI JENIS SPESIES

NON TUBERCULOUS MYCOBACTERIA (NTM)

PADA PASIEN TERDUGA TUBERKULOSIS (TB) PARU

DI BBKPM SURAKARTA

SKRIPSI

Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran

GUSTITIARA AN NISAA

G0016097

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2019


iv

ABSTRAK

Gustitiara An Nisaa, G0016097, 2019. Identifikasi Jenis Spesies Non TuberculousMycobacteria (NTM) pada Pasien Terduga Tuberkulosis (TB) Paru di BBKPMSurakarta. Skripsi. Fakultas Kedokteran, Universitas Sebelas Maret Surakarta.

Latar Belakang: Penyakit paru akibat NTM mengalami kenaikan secara global selamabeberapa dekade terakhir.Prevalensi spesies NTM berbeda pada tiap wilayah.Meskipun begitu, belum ada data mengenai persebaran spesies NTM dari sampel klinisdi Indonesia. Penelitian ini bertujuan mengetahui sebaran jenis spesies NTM pasienterduga TB paru di BBKPM Surakarta sebagai sumber data epidemiologi bagi klinisidalam menentukan terapi empirik yang lebih tepat.

Metode: Jenis penelitian merupakan observational deskriptif cross sectional. Sampelyang digunakan adalah seluruh kultur sputum pasien terduga TB paru di BBKPMSurakarta yang teridentifikasi sebagai NTM melalui uji MPT64 dan LJ-PNB periodeJanuari-April 2019. Identifikasi spesies dilakukan menggunakan MALDITOFVITEK®MS (bioMerieux USA).Teknik analisis nonstatistik digunakan untukmenggambarkan sebaran spesies NTM yang telah teridentifikasi beserta data klinisyang ditinjau melalui rekam medis.

Hasil: Seluruh kultur NTM berjumlah 19 sampel, 12 sampel berhasil disubkultur untukdilakukan identifikasi spesies sedangkan 7 sampel tidak tumbuh. Dari 12 sampel, 9sampel teridentifikasi sebagaiM. fortuitum group dengan tingkat kepercayaan MALDITOF VITEK® MS (bioMerieux, USA) mencapai 99,9% dan 3 sampel tidakteridentifikasi. Penelusuran rekam medis didapatkan data jenis kelamin, usia,pekerjaan, tempat tinggal, perjalanan penyakit, terapi, dan respon terapi. Faktor risikotidak dapat digeneralisasikan karena keterbatasan data. Seluruh pasien mengalamibatuk produktif lebih dari 2 minggu, sedangkan manifestasi klinis lain tidak khas.Pasien pada umumnya terdiagnosis sebagai TB paru. Diagnosis lain meliputipneumonia, PPOK, efusi pleura, bronkiektasis, bronkitis, dan abses multipel paru.Terdapat 7 dari 9 pasien mendapatkan terapi antibiotik. Antibiotik yang diberikanantara lain OAT, amoxicillin, azithromycin, levofloxacin, clarithromycin, ceftriaxone,cefadroxile, dan cefixime. Terdapat 2 pasien sembuh, 3 pasien belum sembuh, 3 pasientidak memiliki catatan respon terapi, dan 1 pasien tidak mendapatkan terapi.

Simpulan: Jenis spesies NTM yang berhasil teridentifikasi pada kultur sputum pasienterduga TB paru di BBKPM Surakarta secara keseluruhan merupakanM. fortuitumgroup. Terdapat banyak faktor yang mempengaruhi terjadinya infeksi. Manifestasiklinis infeksi tidak khas sehingga penegakan diagnosis sulit dilakukan.Terdapatkemungkinan adanya salah diagnosis NTM serta ko-infeksi NTM dengan MTB.Tatalaksana tidak dilakukan berdasarkan pola kepekaan bakteri sehingga respon terapibelum efektif.

Kata kunci: Non Tuberculous Mycobacteria (NTM), MALDI TOF MS, M. fortuitumgroup, Pasien Terduga Tuberkulosis Paru


v

ABSTRACT

Gustitiara An Nisaa, G0016097, 2019. Identification of Non TuberculousMycobacteria (NTM) Species in Patients with Suspected Pulmonary Tuberculosis (TB)in BBKPM Surakarta. Mini Thesis, Faculty of Medicine, Sebelas Maret UniversitySurakarta.

Background. Lung disease due to NTM infection has increased globally over the pastfew decades. The prevalence of NTM species varies by region. However, there is nodata on the distribution of NTM species from clinical samples in Indonesia. This studyaims to determine the distribution of NTM species of suspected TB pulmonary patientsin BBKPM Surakarta as a source of epidemiological data for clinicians in determiningmore appropriate empirical therapy.

Method. This type of research was a cross sectional descriptive observational. Sampleswere all sputum culture of patients suspected of pulmonary TB in BBKPM Surakartawith positive AFB smear identified as NTM through the MPT64 and LJ-PNB test inJanuary-April 2019. Species identification was carried out using MALDI TOF VITEK®MS (bioMerieux USA). Non-statistical analysis technique was used to describe thedistribution of NTM species and their clinical data.

Results. The total number of samples was 19 sputum cultures, there were only 12samples successfully subcultured for species identification. From 12 samples, 9samples were identified as M. fortuitum group with the level of confidence of MALDITOF VITEK® MS (bioMerieux, USA) was 99.9% and 3 samples could not be identified.Risk factors could not be generalized because the data were inadequate. All patientsexperienced productive coughs for more than 2 weeks, while other clinicalmanifestations were not typical. Patients were diagnosed as pulmonary TB, pneumonia,COPD, pleural effusion, bronchiectasis, bronchitis, and multiple lung abscesses. Therewere 7 of 9 patients who received antibiotics. Antibiotics given include FDC,amoxicillin, azithromycin, levofloxacin, clarithromycin, ceftriaxone, cefadroxile, andcefixime. There were 2 patients recovered, 3 patients had not yet recovered, 3 patientshad no record of therapeutic response, and 1 patient did not get therapy.

Summary. NTM species in sputum culture of patients with suspected pulmonary TB inBBKPM Surakarta are M. fortuitum group. There are many factors that influence theinfection. Clinical manifestations of infection are not typical, so the diagnoses becomeinappropriate. There are possibilities of NTM misdiagnosis and NTM with MTB co-infection. Treatments are not based on antibiotic susceptibility pattern so thetherapeutic response has not been effective.

Keyword. Non Tuberculous Mycobacteria (NTM), MALDI TOF, M. fortuitum group


vi

PRAKATA

Segala puji peneliti panjatkan kehadirat Allah karena hanya berkat kasih sayangdan pertolongan-Nya, peneliti dapat menyelesaikan laporan skripsi sebagai syaratmemenuhi gelar sarjana kedokteran. Peneliti mengucapkan terima kasih kepada semuapihak yang telah terlibat dan membantu dalam penyelesaian penelitian ini. Terima kasihterkhusus peneliti ucapkan pada :

1. Dr. Reviono, dr., Sp.P(K) selaku Dekan beserta para Wakil Dekan FakultasKedokteran UNS.

2. Dr. Eti Poncorini Pamungkasari, dr., M.Pd selaku Kepala Program StudiKedokteran UNS.

3. Kusumadewi Eka Damayanti, dr., M.Gizi selaku Ketua Tim Skripsi FakultasKedokteran UNS.

4. Leli Saptawati, dr., Sp.MK(K) dan Betty Suryawati, dr., Ph.D selaku PembimbingUtama dan Pembimbing Pendamping. Terima kasih untuk setiap bimbingan,kesabaran, dan motivasi yang telah diberikan.

5. Marwoto, dr., Sp.MK, M.Sc selaku Penguji Utama. Terima kasih atas kesediaanmenguji dan memberikan masukan yang membangun.

6. Dr. Yudha Putra Tristanto, M.Kes selaku Kepala BBKPM Surakarta yang telahmemberikan izin dilaksanakannya penelitian ini.

7. Mbak Nur, Mbak Sari, Mas Danur, dan Budhe selaku laboran dan admin di Lab.Mikrobiologi FK UNS, Mbak Evi selaku laboran di Lab. Biomedik FK UNS, MbakIma dan Mbak Yulika selaku laboran di Lab. Mikrobiologi Klinik RSUD Dr.Moewardi, Pak Drajat dan Mas Taufan selaku laboran di LaboratoriumMikrobiologi BBKPM Surakarta, dan Pak Guruh pada Bagian Rekam MedisBBKPM Surakarta yang telah memberikan semangat dan menjadi keluarga barubagi peneliti dalam keberjalanan penelitian ini.

8. Ibu Titik Nurjayati, Bapak Tri Hardi A. Mulyanto, Gustitia Putri Perdana,Gustyanita Pratiwi, dan seluruh keluarga yang senantiasa memberikan doa dandukungan dengan tulus untuk kesuksesan peneliti.

9. Sejawat dalam penelitian ini Akmalia Riske dan Riska Pradipta.10. Tjoeng Steven, dr. selaku transcendence coach peneliti.11. Keluarga Besar Laboratorium Fisiologi FK UNS, BSMI, Kastrat de Gneeskunde,

SKI FK UNS, Bismillah Production, Shikkari Dojo serta seluruh pihak yang telahmemberikan semangat bagi peneliti selama penelitian maupun masa pendidikanpre-klinik di Kedokteran UNS.Laporan skripsi ini tentu belumlah sempurna. Oleh karena itu, peneliti terbuka

untuk menerima kritik dan saran guna perbaikan dan kesempurnaan laporan ini. Semogalaporan skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca, sejawat, dan civitas akademika FKUNS.

Surakarta, 29 Oktober 2019Gustitiara An Nisaa


vii

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL .......................................................................................... i

PENGESAHAN SKRIPSI ................................................................................. ii

PERNYATAAN ................................................................................................. iii

ABSTRAK ......................................................................................................... iv

ABSTRACT ......................................................................................................... v

PRAKATA ......................................................................................................... vi

DAFTAR ISI ...................................................................................................... vii

DAFTAR SINGKATAN ................................................................................... x

DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... xi

DAFTAR TABEL .............................................................................................. xii

DAFTAR LAMPIRAN ...................................................................................... xiii

BAB I PENDAHULUAN .................................................................................. 1

A. Latar Belakang ....................................................................................... 1

B. Rumusan Masalah .................................................................................. 3

C. Tujuan Penelitian ................................................................................... 4

D. Manfaat Penelitian ................................................................................. 4

1. Manfaat teoritis ................................................................................ 4

2. Manfaat aplikatif .............................................................................. 4

BAB II LANDASAN TEORI ............................................................................. 5

A. Tinjauan Pustaka .................................................................................... 5

1. Non Tuberculous Mycobacteria (NTM) ........................................... 5

a. Definisi NTM ............................................................................. 5

b. Morfologi dan Struktur NTM ..................................................... 6

c. Fisiologi Pertumbuhan NTM ..................................................... 7

d. Epidemiologi NTM-PD .............................................................. 9

e. Faktor Risiko NTM-PD ............................................................. 10

f. Patogenesis dan Manifestasi Klinis NTM-PD ........................... 13

2. Penegakan Diagnosis dan Tatalaksana NTM-PD ............................ 15


viii

3. Identifikasi NTM .............................................................................. 17

a. Spesimen .................................................................................... 17

b. Dekontaminasi dan Pemekatan Spesimen .................................. 17

c. Uji Mikrobiologi ........................................................................ 18

1) Mikroskopis ......................................................................... 18

2) Kultur ................................................................................... 19

3) Uji Biokimia ......................................................................... 20

4) Mycobacterium protein tuberculosis 64 (MPT64)................ 22

5) Teknik Molekuler ................................................................. 22

4. Matric Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight

Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) .......................................... 23

5. Identifikasi NTM menggunakan MALDI-TOF MS ........................ 24

B. Kerangka Pemikiran ............................................................................... 27

BAB III METODE PENELITIAN ..................................................................... 28

A. Jenis Penelitian ....................................................................................... 28

B. Lokasi Penelitian .................................................................................... 28

C. Subjek Penelitian .................................................................................... 28

D. Perizinan Penelitian ................................................................................ 29

E. Teknik Pengumpulan Data ..................................................................... 29

F. Alur Penelitian ....................................................................................... 30

G. Alat dan Bahan Penelitian ...................................................................... 30

H. Prosedur Penelitian ................................................................................. 32

I. Teknik Analisis Data .............................................................................. 35

BAB IV HASIL PENELITIAN ......................................................................... 36

A. Hasil Identifikasi Spesies NTM pada Kultur Sputum Pasien

Terduga TB Paru di BBKPM Surakarta.................................................. 36

B. Karakteristik Pasien NTM-PD Terduga TB Paru di BBKPM

Surakarta ................................................................................................. 38

C. Profil Klinis Pasien NTM-PD Terduga TB Paru di BBKPM

Surakarta ................................................................................................ 39


ix

D. Diagnosis dan Terapi Pasien NTM-PD Terduga TB Paru

di BBKPM Surakarta .............................................................................. 40

BAB V PEMBAHASAN ................................................................................... 43

A. Analisis Deskriptif Identifikasi Spesies NTM Menggunakan

MALDI-TOF VITEK® MS (bioMerieux, USA) ................................... 43

B. Analisis Deskriptif Karakteristik Pasien terkait Faktor Risiko

NTM-PD pada Pasien Terduga TB Paru di BBKPM Surakarta ............ 47

C. Analisis Deskriptif Profil Klinis Pasien NTM-PD Terduga TB Paru

di BBKPM Surakarta ............................................................................. 49

D. Analisis Deskriptif Diagnosis Pasien NTM-PD Terduga TB Paru

di BBKPM Surakarta .............................................................................. 50

E. Analisis Deskriptif Respons Terapi Pasien NTM-PD

Terduga TB Paru di BBKPM Surakarta ................................................. 53

F. Keterbatasan Penelitian .......................................................................... 57

BAB VI KESIMPULAN DAN SARAN ........................................................... 58

A. Kesimpulan ............................................................................................ 58

B. Saran ....................................................................................................... 58

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 60

LAMPIRAN ....................................................................................................... 73


x

DAFTAR SINGKATAN

BSC : Biosafety Cabinet

BSL : Biosafety Level

BTA : Bakteri Tahan Asam

e-DNA : extracellular DNA

ERM gene : erythromycin ribosomal methylase gene

GERD : Gastro-esophageal reflux disease

GMDT : GenoType Mycobacteria Direct Test

MALDI-TOF MS : Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of

Flight Mass Spectrometry

MDR-TB : Multidrug Resistance Tuberculosis

MHC : Major histocompatibility complex

MOTT : Mycobacteria other than Tubeculosis

MPT64 : Mycobacterium protein tuberculosis 64

MTBC : Mycobacterium Tuberculosis Complex

NAD : Nicotinamide adenine dinucleotide

NAAT : Nucleic Acid Amplification Test

NK-cell : Natural Killer Cell

NTM : Non Tuberculous Mycobacteria

NTM-PD : Non Tuberculous Mycobacteria-Pulmonary Disease

OAT : Obat Anti Tuberkulosis

PABA : p-aminobenzoic acid

PNB : 4(p)-nitrobenzoic acid

RGM : Rapid growing Mycobacteria

ROS : Reactive oxidants

SGM : Slow growing Mycobacteria

STAT : Signal Transducer and Activator of Transcription

TB : Tuberkulosis


xi

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1 Skema patogenesis infeksi NTM..................................................... 12

Gambar 2.2 Skema alur kerja MALDI-TOF MS................................................ 23

Gambar 4.1 Karakteristik koloni pada sampel secara morfologis ...................... 36


xii

DAFTAR TABEL

Tabel 4.1 Hasil identifikasi spesies NTM........................................................... 37

Tabel 4.2 Karakteristik pasien NTM-PD terduga TB paru di BBKPM

Surakarta ............................................................................................. 38

Tabel 4.3 Profil klinis pasien NTM-PD terduga TB paru di BBKPM

Surakarta ............................................................................................. 39

Tabel 4.4 Diagnosis dan terapi pasien NTM-PD terduga TB paru di BBKPM

Surakarta ............................................................................................. 41


xiii

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1 Ethical Clearance KEPK FK UNS................................................ 73

Lampiran 2 Surat Pengantar Penelitian BBKPM Surakarta ............................. 74

Lampiran 3 Surat Pengantar Penelitian Laboratorium Mikrobiologi FK

UNS ............................................................................................... 75

Lampiran 4 Surat Pengantar Penelitian Laboratorium Mikrobiologi Klinik

RSUD Dr. Moewardi ..................................................................... 76

Lampiran 5 Proses Identifikasi Spesies NTM pada Pasien Terduga TB

Paru di BBKPM Surakarta ............................................................. 77

Lampiran 6 Tampilan Hasil Identifikasi Speseis NTM pada MALDI TOF

VITEK® MS (bioMerieux, USA).................................................. 78

Lampiran 7 Data Rekam Medis Pasien NTM-PD Terduga TB Paru di

BBKPM Surakarta ......................................................................... 79

identifikasi jenis spesies non tuberculous … · terduga tb paru di bbkpm surakarta secara...

Documents