perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac fileii isolasi, identifikasi dan deteksi gen ina bakteri ice...

i

ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE

NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN

JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO

SEWU GUNUNG LAWU

TESIS

Disususun untuk memenuhi sebagian persyaratan

Guna memperoleh gelar Magister Sain

Program Studi Biosain

Oleh :

Arti Wahyu Utami

S901302004

PROGRAM PASCASARJANA

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2014

perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id

commit to user

ii

ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE

NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN JARUM DI

JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU

TESIS

Oleh

ARTI WAHYU UTAMI

NIM S901302004

Telah disetujui oleh tim penguji

Telah dipertahankan di depan tim penguji

Dinyatakan telah memenuhi syarat

Pada tanggal ……………………

Jabatan Nama Tanda Tangan Tanggal

Ketua Dr. Ratna Setyaningsih M.Si

NIP. 1966071419999032001

………………. ………….2014

Sekretaris Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si

NIP. 196704301992031002

………………. ………….2014

Anggota

Penguji

Prof. Drs. Sutarno, M.Sc, Ph.D

NIP. 196008091986121001

………………. ………….2014

Dr. Ari Susilowati, M.Si

NIP. 196904281997022006

………………. ………….2014


commit to user

iii

NIP.196704301992031002


commit to user

iv

PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI TESIS

Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa:

1. Tesis yang berjudul : “ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN

INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN

BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU

GUNUNG LAWU “ adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak

terdapat karya ilmiah yang pernah diajukan oleh orang lain untuk

memperoleh gelar akademik serta tidak terdapat karya atau pendapat yang

pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis

dikutip dalam naskah ini dan disebutkan dalam sumber kutipan dan daftar

pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan

terdapat unsur-unsur jiplakan, maka saya bersedia tesis beserta gelar

MAGISTER serta diproses sesuai dengan peraturan perundang-undangan

yang berlaku (UU No.20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2 dan pasal 70).

2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain PPs-UNS. Publikasi sebagian

atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin

KETUA prodi Biosain PPs-UNS dan minimal satu kali publikasi

menyertakan tim pembimbing sebagai author. Apabila dalam waktu

sekurang-kurangnya satu semester (6 bulan sejak pengesahan tesis) saya

tidak melakukan publikasi dari sebagian atau keseluruhan tesis ini, maka

Prodi Biosain berhak memplubikasikannya pada jurnal ilmiah yang

diterbitkan oleh Prodi Biosain PPs- UNS. Apabila saya melakukan

pelanggaran publikasi ini, maka saya bersedia mendapatkan sanksi

akademik yang berlaku.

Surakarta, Oktober 2014

Mahasiswa

Arti Wahyu Utami

S901302004


commit to user

v

Arti Wahyu Utami. NIM S901302004. 2014. ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADATUMBUHAN BERDAUN JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU. Komisi Pembimbing I Prof. Drs. Sutarno M.Si., Ph.D. Pembimbing II Dr. Ari Susilowati M.Si. Tesis: Program Studi Biosain, Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta.

ABSTRAKBakteri Ice Nucleation Active (INA) adalah bakteri yang menyebabkan

luka beku (frost injury) pada tanaman. Adanya protein aktif pembentuk inti es (ice nucleation protein = INP) yang terdapat pada membran luar sel menyebabkan bakteri INA mampu menginisiasi pembentukan inti es pada suhu di atas -10ºC. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, menentukan spesies, mengetahui hubungan kekerabatan bakteri INA, dan mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.

Isolasi bakteri INA dilakukan dengan metode spread plate pada media Nutrient Agar (NA) + 2,5% gliserol dan media Kings’s B. Aktivitas nuclease ice ditentukan dengan metode tube freezing. Amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer 63f dan 1387r. Hubungan kekerabatan bakteri INA dianalisis menggunakan software MEGA 5.3.Primer yang digunakan untuk deteksi gen ina adalah primer untuk gen inaZ dari Pseudomonas syringae; gen inaA dari Erwinia ananas; gen inaW dari Pseudomonas fluorescens; gen inaX dari Xanthomonas campestris, dan primer 3076f;3463r. Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui kesamaan dan karakter dengan gen pengkristal es dari bakteri lain yang ada di Genbank NCBI.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 bakteri INA berhasil diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum. Identifikasi berdasarkan gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547, isolat C1N-1 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547 dan isolat P2N-8 memiliki kemiripan 81% dengan Pseudomonas sp. Berdasarkan pohon filogenetikmenunjukkan isolat C1N-5 dan C1N-1 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. ananatis, isolat P2N-8 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. syringae. Berdasarkan analisisBLAST gen ina isolat C1N-5 dan isolat C1N-1 yang terdeteksi memiliki kemiripan 94% dengan gen penyandi protein ice nucleation Pantoea sp.SBPci

Kata kunci: Bakteri Ice Nucleation Active (INA), isolasi, identifikasi, gen ina, hubungan kekerabatan, tumbuhan berdaun jarum.


commit to user

vi

Arti Wahyu Utami. NIM S901302004. 2014. ISOLATION, IDENTIFICATION AND DETECTION OF INA GENE OF ICE NUCLEATION ACTIVE (INA) BACTERIA ON CONIFERS IN HIKING ROUTE OF CEMORO SEWU MOUNT LAWU. The first supervisor Prof. Drs. Sutarno M.Si., Ph.D. The second supervisor Dr. Ari Susilowati M.Si.Thesis. Program Study of Bioscience, Postgraduate Program. Sebelas Maret University of Surakarta.

ABSTRACT

Ice Nucleation Active (INA) are bacteria cause frost injury in plant. The presence of ice nucleation protein (INP) in outer cellular membrane enables the INA bacterium to initiate the ice nucleation formation at above -10oC. This research aimed to isolate, to determine species, to find out the genetic relationship of INA bacteria, and to find out the character of protein encoding ice nucleation gene of INA bacteria isolated inhiking route of Cemoro Sewu Mount Lawu.

The isolation of INA bacteria were conducted using spread plate method in Nutrient Agar (NA) + 2.5% glycerol media, and Kings’ B media. The nucleation ice activity is determined by tube freezing method. The amplification of 16S rRNA gene was carried out using Polymerase Chain Reaction(PCR) of 63f and 1387r. Phylogenetic tree of INA bacteria wasconstructed using Mega 5.3. The primers to detect ina gene were the one for inaZ gene of Pseudomonas syringae; inaA gene of Erwinia ananas; inaW gene of Pseudomonas fluroscencs; inaX gene of Xanthomonas campestris, and 3076f;3463r primer. Subsequently, the amplified gene was sequenced and analyzed in bioinformatic to find out the similarity and character of ice nucleation gene from other bacteria existing in Genbank NCBI.

The result showed that 3 of INA bacteria were successfully isolated from conifers. The identification based on 16S rRNA, C1N-5 isolate had 97% similarity to Pantoea sp SB547, C1N-1 isolate had 81% similarity to Pseudomonas sp. The genetic relationship showed that isolate C1N-5 and C1N-1 had closed relationship with INA bacteria of the species P. ananatis and isolate P2N-8 had relationship with INA bacteria of the species P. syringae. Considering the BLAST analysis, ina gene of C1N-5 and CIN-1 isolates were detected as having 94% similarity to ice nucleation protein encoding gene of Pantoea sp. SBPci.

Keywords: Ice Nucleation Active (INA) bacteria, isolation, identification, inagene, genetic relationship, conifers.


commit to user

vii

MOTTO

“Jangan menunggu waktu yang tepat untuk melakukan sesuatu,

karena waktu tidak akan pernah tepat bagi mereka yang

menunggu”

(Penulis)

“Berhenti bertanya bagaimana cara mendapatkan apa yang

diinginkan, karena jawaban yang tepat hanyalah berusaha”

(Penulis)

“ Niscaya Allah mengangkat derajad orang- orang yang beriman

diantaramu dan orang- orang yang diberi ilmu pengetahuan beberapa

derajat “

(QS. Al Mujadalah :11)

“Sebaik- baik manusia diantaramu adalah yang paling banyak

manfaat bagi orang lain “

(HR. Bukhari)


commit to user

viii

PERSEMBAHAN

Karya ini kupersembahkan kepada:

Ibu, Bapak dan adekku tercinta terimakasih atas doa

dan pengorbanan yang telah diberikan.

Mas Rofa Nurochma terimaksih atas doa dan dukunganya.


commit to user

ix

KATA PENGANTAR

Segala puji bagi Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang, yang

memberi ilmu, inspirasi, dan kemuliaan. Atas kehendak-Nya penulis dapat

menyelesaikan tesis dengan judul ”ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI

GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN

BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG

LAWU”.Tesis ini disusun untuk memenuhi persyaratan dalam mendapatkan gelar

Magister Sain pada program Biosain Pascasarjana Universitas Sebelas Maret

Surakarta.

Bakteri INA merupakan bakteri yang menyebabkan luka beku (frost

injury) pada tanaman. Adanya protein aktif pembentuk inti es (ice nucleation

protein = INP) yang terdapat pada membran luar sel menyebabkan bakteri INA

mampu menginisiasi pembentukan inti es pada suhu di atas -10ºC. Penelitian

terakhir yang telah dilakukan membuktikan peranan bakteri INA dalam proses

biopresipitasi. Bakteri INA banyak ditemukan di negara subtropics, untuk

mengetahui keberadaan dan peranan bakteri INA di negara yang mempunyai

iklim tropis diperlukan adanya penelitian tentang bakteri INA.

Disadari bahwa dalam penulisan ini terdapat kekurangan dan keterbatasan

yang dimiliki penulis, walaupun telah berupaya dengan segala kemampuan untuk

lebih teliti, tetapi masih dirasakan banyak kelemahan dan kekurangan, oleh karena

itu penulis mengharapkan saran yang membangun agar tulisan ini lebih

bermanfaat.


Penulis


commit to user

x

UCAPAN TERIMAKASIH

Segala puji bagi Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang, yang

memberi ilmu, inspirasi, dan kemuliaan. Atas kehendak-Nya penulis dapat

menyelesaikan tesis dengan judul ”ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI

GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN

BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG

LAWU”.Penulis menyadari bahwa terwujudnya tesis ini tidak terlepas dari

bantuan, bimbingan, dan pengarahan dari berbagai pihak, untuk itu penulis

menyampaikan terima kasih kepada yang terhormat:

1. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana

Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah memberikan kesempatan

yang seluas- luasnya mengikuti pendidikan pascasarjana ini.

2. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si selaku Ketua Program Studi BIOSAIN yang telah

memotivasi dan membimbing dalam menyelesaikan program pembelajaran.

3. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc, Ph.D, selaku pembimbing pertama yang selalu

memberikan motivasi dan bimbingan dalam menyelesaikan penelitian.

4. Dr. Ari Susilowati, M.Si selaku pembimbing kedua dan pembimbing

akademik yang telah memberikan dorongan, bantuan dan bimbingan serta

dukungan sehingga tesis ini dapat terselesaikan.

5. Staff dan teknisi UPT sub Laboratorium Biologi MIPA dan Laboratorium

Biologi Fakultas MIPA Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah

berkenan mengijinkan dan membantu penulis dalam melakukan penelitian.

6. Teman- teman Biosain angkatan 2013 terutama mas Ria dan Mas Nikman

yang telah memberi bantuan dukungan dan kerjasamanya.

7. Semua pihak yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu yang telah

membantu dalam penyusunan tesis ini.

Semoga aaml baik beliau- beliau mendapatkan balasan pahala, rahmat dan

hidayah dari Allah SWT


Penulis


commit to user

xi

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL ....................................................................................... i

HALAMAN PERSETUJUAN......................................................................... ii

HALAMAN PENGESAHAN ......................................................................... iii

PERNYATAAN ORISINALITAS TESIS ...................................................... iv

ABSTRAK....................................................................................................... v

ABSTRACT..................................................................................................... vi

MOTTO ........................................................................................................... vii

PERSEMBAHAN............................................................................................ viii

KATA PENGANTAR ..................................................................................... ix

UCAPAN TERIMAKASIH............................................................................. x

DAFTAR ISI.................................................................................................... xiv

DAFTAR TABEL............................................................................................ xv

DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xiii

DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................... xvi

BAB I. PENDAHULUAN ............................................................................. 1

A. Latar Belakang Masalah....................................................................... 1

B. Perumusan Masalah ............................................................................. 3

C. Tujuan Penelitian ................................................................................. 3

D. Manfaat Penelitian ............................................................................... 4

BAB II. LANDASAN TEORI ........................................................................ 5

A. TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................... 5

1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA).............................................. 5

2. Habitat Bakteri INA....................................................................... 6

3. Distribusi Bakteri INA........................... ....................................... 7

4. Peran Bakteri INA dalam Biopresipitasi…………… .................. 8

5. Gen penyandi Ice Nucleation Active (INP) pada Bakteri INA ...... 9

6. Gen penyandi 16S rRNA ............................................................... 11

7. Tumbuhan Berdaun Jarum di Gunung Lawu................................. .. 12


commit to user

xii

B. Kerangka Berpikir ............................................................................... 16

C. Hipotesis ............................................................................................. 17

BAB III. METODE PENELITIAN .............................................................. ... 18

A. Waktu dan Tempat Penelitian.............................................................. 18

B. Alat dan Bahan..................................................................................... 18

1. Alat ................................................................................................ 18

2. Bahan ............................................................................................. 18

C. Rancangan Penelitian .......................................................................... 19

1. Pengambilan Sampel Tumbuhan ................................................... 19

2. Identifikasi Tumbuhan Berdaun Jarum.......................................... 19

3. Sterilisasi Alat dan Bahan.............................................................. 19

4. Pembuatan Media NAG, King’s B, Media miring ........................ 19

5. Isolasi Bakteri INA……… ............................................................ 20

6. Koleksi Kultur Murni .............................................................. .. 20

7. Uji Aktivitas Es Bakteri INA......................................................... 20

8. Kemelimpahan Bakteri INA ......................................................... 21

9. Amplifikasi Gen 16S rRNA........................................................... 21

10. Deteksi Gen ina menggunakan PCR.............................................. 22

D. Analisis Data ............................ .......................................................... 23

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................ 23

A. Isolasi Bakteri Ice Nucleation Active dari Sampel

Tumbuhan Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu............ 24

B. Estimasi Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan

Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu

Gunung Lawu...................................................................................... 26

C. Konsentrasi dan Nilai Rasio DNA Bakteri INA ................................. 27

D. Identitas Bakteri Ice Nucleation Active Pada Tumbuhan


Gunung Lawu Berdasarkan Gen Penyandi 16S rRNA ....................... 28


commit to user

xiii

E. Gen ina Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun

Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu .................... 31

BAB V. PENUTUP ........................................................................................ 35

A. Kesimpulan .......................................................................................... 37

B. Saran .................................................................................................... 37

DAFTAR PUSTAKA ...................................................................................... 38


commit to user

xiv

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 1. Jumlah isolat bakteri yang diperoleh hasil isolasi dari

daun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu ............ 24

Tabel 2. MPN Populasi Bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum

dijalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu ............................... 26

Tabel 3. Konsentrasi dan Rasio DNA bakteri INA pada tumbuhan

berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro

Sewu Gunung Lawu .......................................................................... 27

Tabel 4. Kemiripan bakteri INA berdasarkan gen penyandi

16S rRNA menggunakan program BLAST...................................... 29

Tabel 5. Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX,

inaZ dan primer 3076f ; 3463r........................................................... 31

Tabel 6. Kemiripan gen ina isolat C1N-5dan C1N-dengan gen ina

Pantoea sp.SBPci .............................................................................. 35

Tabel 7. Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1................................... 35


commit to user

xv

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 1. Tumbuhan conifer di Gunung Lawu............................................. 14

Gambar 2. Bagan Kerangka Pemikiran........................................................... 16

Gambar 3. Aktivitas Bakteri INA hasil isolasi dari Pinus mercussi............... 25

Gambar 4. Aktivitas Bakteri INA hasil isolasi dari Cupressus sp.................. 25

Gambar 5. Profil amplikon gen penyandi16S rRNA dengan menggunakan

primer 63f dan 1387r..................................................................... 28

Gambar 6. Pohon filogenetik bakteri INA yang diisolasi

dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakianCemoro

Sewu Gunung Lawu ................................................................. 30

Gambar 7. Profil amplikon deteksi gen ina menggunakan primer inaA

dengan variasi suhu annealing...................................................... 32

Gambar 8. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f;

3463r ............................................................................................. 33

Gambar 9. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f;

3463r dengan variasi suhu annealing ........................................... 34


commit to user

xvi

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Susunan basa nukleotida gen penyandi

16S rRNA isolat C1N-5 ............................................................. 46


16S rRNA isolat C1N-1 ............................................................. 46


16S rRNA isolat P2N-8 ............................................................. 47

Lampiran 4. Kemiripan isolat C1N-5 dengan bakteri INA berdasarkan

gen penyandi 16S rRNA ............................................................ 47

Lampiran 5. Kemiripan isolat C1N-1 dengan bakteri INA berdasarkan


Lampiran 6. Kemiripan isolat P2N-8 dengan bakteri INA berdasarkan


Lampiran 7. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA

isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp.SB547................ 49


isolat C1N-1 bakteri INA dengan Pantoea sp.SB547................ 50


isolat P2N-8 bakteri INA dengan Pseudomonas sp.FK357....... 51

Lampiran 10. Susunan basa nukleotida gen inaisolat C1N-5 ......................... 53

Lampiran 11. Susunan basa nukleotida geninaisolat C1N-1 .......................... 53

Lampiran 12. Similaritas sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5

dengan gen Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gen

partial cds ................................................................................. 53

Lampiran 13. Similaritas sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1

dengan gen Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gen

partial cds ................................................................................. 54

Lampiran 14. Aligment sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5


commit to user

xvii

bakteri INA dengan Pantoea sp.SBPci .................................... 54

Lampiran 15. Aligment sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1

bakteri INA dengan Pantoea sp.SBPci .................................... 54

Lampiran 16. Karakterisasi asam amino Pseudomonas syringae

dan isolat CIN-5 ....................................................................... 55

Lampiran 17. Karakterisasi asam amino Pseudomonas syringae

dan isolat CIN-1 ....................................................................... 56

Lampiran 18. Karakterisasi asam amino Pantoea ananatis

dan isolat CIN-5 ....................................................................... 57

Lampiran 19. Karakterisasi asam aminoPantoea ananatis

dan isolat CIN-1 ....................................................................... 59


commit to user

1

BAB 1

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Bakteri adalah mikroorganisme prokariot bersel tunggal yang hanya dapat

dilihat morfologinya dengan bantuan mikroskop. Keragaman bakteri dilihat dari

berbagai sudut pandang seperti: morfologi, fisiologi, dan genetik. Tiap-tiap habitat

yang berbeda memberikan keragaman yang berbeda pula. Contoh habitat yang

sering dihuni oleh bakteri adalah daun. Bakteri filosfer ditemukan pada stomata,

di sepanjang tulang daun dan dinding sel epidermis (Beattie dan Lindow, 1999).

Bakteri ini hidup pada daun karena adanya senyawa organik seperti fruktosa,

sukrosa, asam organik, asam amino, dan vitamin yang dijadikan sebagai sumber

karbon, energi dan senyawa pemicu tumbuh. Bakteri filosfer dikelompokkan

sebagai bakteri endofit, epifit dan fitopatogen (Azevado et al., 2000).

Salah satu bakteri filosfer yang dapat ditemukan pada permukaan daun

adalah bakteri ice nucleation active (INA) (Lindow dan Brandl, 2003). Bakteri

INA merupakan kelompok bakteri yang memiliki kemampuan mengkatalis

pembentukan es pada suhu di atas -10°C. Bakteri INA telah dikenal sebagai faktor

utama frost injury pada tanaman (Lindow, 1983). Bakteri ini dapat menyebabkan

luka beku pada daun. Studi tentang bakteri-bakteri filosfer salah satu diantaranya

adalah bakteri INA yang meliputi lima spesies bakteri, yaitu Pseudomonas

syringae, Pseudomonas viridiflava, Pseudomonas fluorescens, Erwinia herbicola,

dan Xantomonas campestris pv translucens.

Ukuran mikroba yang sangat kecil dan penampakan mikroba yang mirip

menyulitkan pembedaan spesies secara mikroskopis. Selain itu, kurangnya variasi

morfologi pada mikroba menyebabkan kebergantungan terhadap kultivasi untuk

identifikasinya. Penggunaan urutan gen 16S rRNA merupakan salah satu cara

untuk mengenali keberadaan spesies mikroba dalam suatu komunitas tanpa

diperlukan kultivasi. Walaupun demikian, pembuatan kultur murni diperlukan

dalam karakterisasi mikroba seperti pemahaman fisiologi dan genetika mikroba

(Ward et al., 1998).


commit to user

2

Bakteri INA berperan dalam biopresipitasi, bakteri berpindah ke awan

dari permukaan daun tanaman yang terbawa siklus angin dan menstimulasi

terjadinya hujan. Hujan menyediakan kondisi untuk pertumbuhan bakteri tersebut

(Stephanie dan Diana, 2011). Bakteri INA dapat dimanfaatkan untuk membuat

salju dan hujan buatan dengan cara penyemaian awan dengan bakteri INA sebagai

pengganti garam yang digunakan untuk membuat hujan buatan, serta dapat

digunakan dalam industri pengawetan makanan dengan pembekuan yang dinisiasi

oleh bakteri INA (Wahyudi, 1995).

Hasil penelitian Lindow et al., (1978) mengungkapkan bahwa bakteri INA

pada permukaan daun semakin berkurang dengan semakin tingginya suhu

lingkungan sehingga jarang dijumpai di dataran rendah, maka penelitian ini

dilakukan di daerah bersuhu rendah yaitu di jalur pendakian Cemoro Sewu

Gunung Lawu. Gunung Lawu adalah pegunungan tropis yang mempunyai

temperatur udara yang rendah yaitu 20ºC pada ketinggian 2000 m dpl (Setyawan

dan Sugiyarto, 2001). Vegetasi hutan Gunung Lawu relatif mapan karena tidak

adanya aktifitas vulkanik dalam jangka panjang dan terdapat keanekaragaman

tumbuhan salah satunya adalah tumbuhan berdaun jarum atau conifer. Tiap

tanaman mempunyai daun yang berbeda, baik dari segi bentuk, ukuran, maupun

eksudat yang dikeluarkannya.

Perbedaan struktur daun menyebabkan bakteri yang hidup juga berbeda,

walaupun pada tanaman tertentu ditemukan populasi bakteri yang sama serta

masih dijumpai banyak lokasi yang memiliki ekosistem alami tanpa campur

tangan manusia atau gangguan alam seperti kebakaran sehingga memungkinkan

peluang untuk menemukan bakteri filosfer pembentuk kristal es.

Hampir semua literatur tentang bakteri INA berasal dari daerah subtropis,

di daerah tropis seperti Indonesia masih jarang dilakukan penelitian tentang

bakteri INA dan mengingat pentingnya peran bakteri INA pada proses

biopresipitasi dan beragamnya bakteri INA serta untuk mengetahui kedekatan

hubungan kekerabatan antara bakteri INA sehingga perlu dilakukan penelitian

tentang isolasi dan identifikasi bakteri INA dan deteksi gen ina dari tumbuhan

berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu


commit to user

3

B. Perumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas maka dapat dirumuskan permasalahan

sebagai berikut :

1. Adakah bakteri Ice Nucleation Active (INA) yang dapat diisolasi dari

tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu?

2. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) apa saja yang ditemukan pada

tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

berdasarkan gen penyandi 16S rRNA ?

3. Bagaimana hubungan kekerabatan antar bakteri Ice Nucleation Active

(INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu

Gunung Lawu berdasarkan sekuen gen penyandi 16S rRNA?

4. Bagaimana karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri Ice

Nucleation Active (INA) pada daun jarum di jalur pendakian Cemoro

Sewu Gunug Lawu?

C. Tujuan Penelitian

Tujuan penelitian ini adalah:

1. Mengisolasi bakteri Ice Nucleation Active (INA) dari tumbuhan berdaun

jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.

2. Menentukan spesies bakteri Ice Nucleation Active (INA) dari tumbuhan

berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

berdasarkan gen penyandi 16S rRNA.

3. Mengetahui hubungan kekerabatan antar bakteri Ice Nucleation Active

(INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu

Gunung Lawu berdasarkan sekuen gen penyandi 16S rRNA.

4. Mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri Ice

Nucleation Active (INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian

Cemoro Sewu Gunung Lawu.


commit to user

4

D. Manfaat Penelitian

Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah

mengenai keberadaan, identifikasi dan hubungan kekerabatan bakteri INA yang

didapat dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung

Lawu kepada masyarakat. Peran bakteri INA sebagai biopresipitasi dapat

dimanfaatkan secara luas oleh masyarakat untuk membantu pengembangan hujan

buatan.


commit to user

5

BAB II

LANDASAN TEORI

A. Tinjauan Pustaka

1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA)

Bakteri Ice Nucleation Active (INA) merupakan bakteri yang dapat hidup

di permukaan daun (filosfer) dan dapat mendorong kerusakan beku pada beberapa

tanaman. Jaringan tanaman yang mengalami supercooled water mengalami

kerusakan akibat pembekuan timbul pada suhu -2ºC (Lindow,1983).

Bakteri INA mempunyai mekanisme untuk mempertahankan hidup yang

unik yaitu dengan membentuk protein pembentuk kristal es. Protein pembentuk

kristal es menyebabkan bakteri dapat mematikan jaringan tanaman inangnya yang

menyebabkan terjadinya frost injury. Tanda kerusakan tanaman biasanya berupa

warna kuning, coklat, bahkan kehitaman pada daun. Hal ini terjadi karena jaringan

tanaman secara spontan dan tiba-tiba membeku terlalu cepat dan sel mengalami

dehidrasi yang diikuti penetrasi kristal es yang merusak membran sel. Sel pada

jaringan tanaman akan mati dan rusak mudah diuraikan dan digunakan bakteri

untuk nutrisi (Morris et al., 2004). Luka beku adalah penyakit serius pada

tanaman yang menyebabkan kerugian dalam produksi pertanian di Pistachio.

Buah dan bunga rentan terhadap luka yang membunuh pada saat musim salju

ketika suhu mencapai -2ºC atau lebih dingin (Probesting and Mills, 1978).

Bakteri INA paling banyak ditemukan dari strain P.syiringae dari

beberapa tanaman yang telah diteliti (Rostami, 2012). Saat ini ada enam spesies

bakteri INA yang telah teridentifikasi yaitu P. syringae, P. fluorescens (Maki et

al., 1974) P. virdiflava (Obata et al., 1989), E. herbicola (Lindow, 1985), E.

ananas dan X. campestris (Goto et al., 1988).

Banyak faktor yang mempengaruhi pembentukan inti es pada bakteri,

baik faktor fisik maupun faktor kimiawi. Beberapa faktor yang mempengaruhi

pembentukan inti es yaitu:


commit to user

6

a. Suhu

Frekuensi pembentukan inti es menurun dengan nyata jika isolat bakteri

INA ditumbuhkan atau diinkubasi pada suhu lebih dari 24ºC. Suhu pertumbuhan

atau suhu inkubasi sel sebelum diuji aktivitas pembentukan inti es mempunyai

pengaruh yang besar pada ekspresi dan aktivitasnya (Lindow, 1990). Frekuensi

bakteri INA tergantung pada kondisi dimana sel-sel tumbuh termasuk komposisi

media dan suhu selama pertumbuhan dan pada suhu uji sendiri (Hirano et al.,

1985).

b. Media Kultur

Pertumbuhan biakan pada media yang mengandung polialkohol seperti

gliserol, manitol, sorbitol, dan sejenisnya dapat meningkatkan frekuensi

pembentukan inti es (Lindow et al., 1982a). Media King’s B yang mengandung

gliserol merupakan media yang umum untuk mengisolasi bakteri INA. Bakteri

yang ditumbuhkan pada media cair umumnya tidak dapat mengekspresikan

aktivitas pembentukan inti es secara efisien dibandingkan dengan biakan pada

media padat (Lindow, 1990).

c. Umur

Umur biakan bakteri pada umumnya mempengaruhi frekuensi

pembentukan inti es. Frekuensi pembentukan inti es 102-106 lebih rendah

dibandingkan dengan fase awal saat bakteri ditumbuhkan dalam biakan cair.

Biakan P. syringae yang ditumbuhkan pada media King’s B mengekspresikan

pembentukan es maksimum umur 2-4 hari (18-24ºC) (Lindow et al., 1982).

d. Faktor pH

Ekspresi aktivitas pembentukan inti es dapat dikelompokkan menjadi tiga

kelas berdasarkan kepekaan terhadap pH. Ada yang peka terhadap pH 3,5, pH 4,5,

pH 5,5 (Turner et al., 1991).

2. Habitat Bakteri INA

Habitat bakteri INA sebagian besar berada di permukaan daun atau

filosfer. Total keseluruhan luas permukaan daun yang dapat dihuni oleh bakteri

filosfer 0,1-1% dan dari jumlah tersebut lebih dari 90% bakteri mati karena

terpapar sinar UV dari matahari (Morris, 2001). Bakteri yang hidup di permukaan


commit to user

7

daun dihadapkan pada lingkungan yang mudah berubah. Bila siang hari banyak

bakteri diterbangkan oleh angin dan terpapar sinar UV yang dapat menyebabkan

bakteri tersebut mati. Tetapi bakteri yang dapat membentuk kristal es akan jatuh

ke permukaan tanah atau daun-daun yang merupakan habitat alaminya. Dalam hal

ini secara tidak langsung bakteri pembentuk kristal es secara tidak langsung

berperan dalam memelihara iklim mikro di sekitar tanaman-tanaman inangnya

(Christner et al., 2008)

Bakteri filosfer dapat ditemukan pada stomata di sepanjang tulang daun

dan dinding sel epidermis. Pada daun terdapat senyawa organik seperti fruktosa,

sukrosa, asam organik, asam amino, dan vitamin yang dijadikan sebagai sumber

karbon, energi, dan senyawa pemicu tumbuh untuk bakteri (Beattie dan Lindow,

1999). Jumlah bakteri filosfer yang terdapat pada daerah ternaungi lebih banyak

dari pada di tempat terbuka karena pada tempat yang terbuka memiliki kondisi

stress lingkungan yang tinggi seperti paparan sinar UV, ketersediaan air, tekanan

osmotik, fluktuasi panas sedangkan di daerah ternaung kondisi lebih stabil bagi

bakteri filosfer untuk tumbuh (Beattie dan Lindow, 1999).

3. Distribusi Bakteri INA

Distribusi bakteri INA telah banyak ditemukan di daerah subtropis.

Bakteri INA di Jepang ditemukan pada tanaman brokoli, murbei, dan kubis

sedangkan di Amerika Serikat bakteri INA ditemukan pada tanaman jagung, jeruk

tomat, gandum, dan beberapa tanaman keras (Arwiyanto, 2009). Data distribusi

bakteri INA di daerah subtropis telah banyak ditemukan baik di permukaan daun

ataupun di atsmosfer yang berperan dalam kondensasi dan pembentukan inti es di

awan. Bakteri INA juga ditemukan berlimpah pada sampel air hujan dan salju

(Morris et al., 2004; Christner et al., 2008).

Bakteri INA hanya dapat tumbuh di tumbuhan yang berada di dataran

tinggi yang mempunyai suhu rendah dan tidak memiliki tumbuhan spesifik untuk

hidup. Bakteri INA dapat terbawa dalam air hujan yang kemudian tumbuh dan

berkembang di permukaan daun (Stephani dan Waturangi, 2011). Waturangi et

al., (2008) menjelaskan bakteri INA yang ditemukan pada tanaman Piela

glaberina merupakan spesies Pseudomonas sp. yang memiliki aktivitas nukleasi


commit to user

8

es. Penelitian lain yang telah dilakukan di Indonesia menunjukkan bakteri INA

berhasil diisolasi dari tanaman Morinda citrifolia, Piper betle, Carica papaya, dan

Fragaria vesca (Waturangi dan Amelia, 2009).

Lindow et al., (1978) meneliti distribusi bakteri INA ditemukan pada 74

spesies tanaman yang telah diambil sebagai sampel dari California, Colorado,

Florida, Lousiana dan Wisconsin, Amerika Serikat bahwa semua bakteri

pembentuk inti es yang mereka isolasi mewakili spesies P. syiringae dan E.

herbicola yang jumlahnya melimpah. Stephanie dan Waturangi (2011)

mengemukakan bahwa bakteri INA diisolasi dari air hujan antara Maret hingga

Mei 2008 dari Jakarta, Bogor, Bekasi, Tangerang dan Depok. Hasil tertinggi

bakteri INA dari air hujan ditemukan pada sampel dari Jakarta dan diikuti oleh

sampel dari Bogor. Persentase bakteri INA dari air hujan lebih tinggi dari pada

udara untuk semua sampel dari daerah yang berbeda. Hal ini menunjukkan bahwa

distribusi bakteri INA berbeda untuk setiap lokasi. Keberadaan bakteri INA di air

hujan dan udara mungkin memainkan peran penting dalam proses nukleasi yang

diperlukan untuk induksi hujan.

4. Peran Bakteri INA dalam Biopresipitasi

Bakteri INA berperan dalam bioprespitasi. Gagasan yang memperkuat

bahwa bakteri INA dapat membantu proses penurunan hujan adalah tahun 1930an

diketahui prinsip mikrofisika awan bahwa inti es diperlukan untuk menginisiasi

pembentukan hujan dari awan angin. Awan troposfer bagian bawah mampu

membentuk inti es pada suhu -40ºC. Awan stratokumulus dan awan kumulus

kecil yang mempunyai suhu lebih hangat yaitu -5ºC tidak mampu melakukan

pembentukan es karena tidak ada yang menginisiasi (Vali, 1996). Siklus biologi

berupa kolonisiasi tanaman oleh bakteri INA dapat memberikan konstribusi untuk

peningkatan curah hujan yang dapat meningkatkan tanaman serta bakteri itu

sendiri. Curah hujan juga berkonstribusi terhadap penyebaran bakteri INA pada

tanaman baru (Morris et al., 2004).

Bakteri INA memainkan peranan penting dalam mengatur curah hujan.

Konsentrasi bakteri INA terkait dengan musim dan curah hujan (Christner et al.,

2008). Keberadaan kristal es sangat penting dalam pembentukan hujan pada awan


commit to user

9

dingin, sehingga pembentukan hujan dari awan dingin sering juga disebut proses

kristal es (Polymenakou, 2012). Udara yang naik ke atmosfer membentuk titik-

titik air dan membentuk awan. Pada ketinggian tertentu suhu berada dibawah titik

beku, titik air dalam awan menjadi kristal es kecil-kecil. Uap air atau partikel air

akan menempel pada kristal es tersebut dan ikut membeku sehingga kristal es

menjadi besar dan berat karena kristal es semakin berat dan tidak mampu ditopang

angin kemudian butiran-butiran air jatuh ke permukaan bumi atau proses

presipitasi.

Penelitian tentang bakteri INA saat ini adalah mencoba untuk

menghubungkan keberadaan bakteri tersebut dengan cuaca di bagian atas

atmosfer. Strain bakteri nukleasi es telah terdeteksi dalam hujan dan salju, serta

dalam atmosfer (Amato et al., 2007; Morris et al.,2008). Hal ini menunjukkan

bahwa bakteri nukleasi es dapat disebarkan melalui siklus air global dan bakteri

nukleasi es merupakan bagian yang penting dari penelitian inisiasi presipitasi.

5. Gen penyandi Ice Nucleation Protein (INP) pada Bakteri INA

Gen ina mengendalikan pembentukan inti es pada bakteri. Gen ini

menyediakan protein yang khas pada ujung amino dan karboksilnya. Bagian

ujung amino bermuatan listrik positif maupun negatif. Bagian tengah terdapat 16

asam amino yang diulang- ulang hingga 120 kali ulangan (80% hingga 90% dari

total protein) dan kaya akan asam amino polar serin dan theorin berperan

mengorientasikan molekul-molekul air tertata rapi hingga membentuk kristal es

(Kozloff et al., 1991b; Gurian-Sherman dan Lindow,1993).

Protein aktif pembentuk kristal es kebanyakan bersifat hidrofilik sehingga

terdapat pada permukaan membran luar bakteri. Protein INA akan menjadi aktif

bila disisipkan pada membran luar sel bakteri. Lipid yang berperan dalam

pembentukan inti es adalah fosfatidinositol,dan karbohidratnya berupa manosa,

manan atau glukosamin (Kozloff et al., 1991b; Turner et al., 1991). Protein aktif

pembentuk inti kristal es dari P. syringae terdapat pada membran luar sel dan

untuk aktivitasnya diperlukan kesatuan dengan lipid membran serta karbohidrat

(Turner et al., 1991)


commit to user

10

Dilihat dari aktifitasnya bakteri INA dibagi menjadi tiga kelas yaitu kelas

A aktif membentuk inti es pada suhu -2ºC hingga -5ºC, kelas B aktif membentuk

inti es pada suhu -5ºC hingga -7ºC, dan kelas C aktif pada suhu -7ºC hingga -10ºC

(Rugless et al., 1993). Kelas A strukturnya mengandung protein pembentuk inti es

yang bergabung dengan fosfatidil inositol dan manosa, sebagai kompleks manan

serta glukosamin. Kelas B strukturnya mengandung protein pembentuk inti es

yang bergabung dengan manan dan glukosamin, dan tidak bergabung dengan

fosfatidil inositol. Kelas C strukturnya mengandung protein membentuk inti es

yang bergabung beberapa residu manosa (Tuner et al. 1991).

Protein INA mempunyai ukuran antara 150 kilo Dalton (aktif membentuk

inti es pada suhu -12ºC) hingga 190.000 kilo Dalton (aktif membentuk inti es pada

suhu -2ºC) (Govindarajan dan Lindow, 1988). Fragmen DNA yang membawa gen

ice+ yang berperan menghasilkan protein aktif pembentuk inti es telah diklon dan

dikarakterisasi memperlihatkan ukuran gen tersebut berkisar 3.5 sampai 4.0 kilo

pasangan basa (kb). Fragmen yang diklon mampu mengekspresikan protein

pembentuk inti es dalam Escherichia coli. Ekspresi pembentuk es dalam E. coli

secara kuantitatif dan kualitatif sebagian besar atau mirip dengan protein yang

dihasilkan oleh bakteri asalnya. Aktivitas inti es dari bakteri disebabkan karena

protein berhenti di membran sel bakteri dan terpapar dengan lingkungan eksternal.

Protein ini dapat menginisiasi formasi inti es dengan mengorentasikan molekul air

menjadi struktur menyerupai es dan mengkatalis pembentukan formasi es pada

suhu sedikit di bawah 0ºC (Morris et al., 2004).

Dasar genetik untuk inti es pada bakteri dikenal sebagai gen pada

kromosom tunggal, yaitu INA yang diperlukan untuk fenotip INA+ (Edward et al.,

1994). Gen yang mengontrol aktivitas inti es bakteri berhasil diklon dari tujuh

strain bakteri berbeda dan sekuen dari nukleotida bakteri tersebut (building block

DNA) telah ditentukan. Sekuen nukleotida dari gen memungkinkan digunakan

untuk menentukan urutan asam amino dari protein produk ekspreksi gen pada

bakteri. Urutan asam amino dari protein digunakan unuk membuat model teoritis

sekunder dan tersier struktur protein, menentukan sifat biokimia, dan menentukan

aktivitas sel bakteri (Warren, 1995).


commit to user

11

Gen ina yang telah dikloning yang telah diurutkan serta ditemukan yaitu

:inaZ P. syiringae, inaW dari P. fluorescens, inaE dari E. herbicola, inaA dari E.

ananas dan InaX dari X. campestris (Edwards et al., 1994). Alel yang berbeda

dari gen ina dari tujuh strain tidak sama panjang. Gen bertanggung jawab untuk

ujung-N dari protein. Semua alel yang dipelajari memiliki motif sekuens yang

diulang dari 24, 48, dan 144 nukleotida. Terdapat 8, 16, 48 asam amino yang

diulang-ulang yang kaya asam amino polar serin dan theorin berperan dalam

mengorientasikan molekul-molekul air yang tertata rapi membentuk kristal es

(Wahyudi 1995; Morris et al., 2004).

6. Gen penyandi 16S rRNA

RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler.

Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA.

Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA

memiliki urutan basa terlalu pendek yaitu 120 bp, sehingga tidak ideal dari segi

analisis statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan

tersier yang cukup panjang yaitu 2900 bp sehingga menyulitkan analisis. Analisis

gen penyandi 16S rRNA telah menjadi prosedur baku untuk menentukan

hubungan filogenetik dan menganalisis suatu ekosistem (Pangastuti, 2006).

Perbandingan sekuens gen 16S rRNA merupakan alat untuk mengetahui

filogenetik dan evolusi diantara bakteri dan prokariot lain, karena gen ini

mengandung sejumlah besar pola sekuen terkonservasi (highly conserved

sequence patterns). Sifat rRNA yang sangat terkonservasi memungkinkan untuk

mensintesis primer universal untuk proses PCR yang mampu melekat pada sekuen

terkonservasi dari gen rRNA ketiga domain filogentik: Archaea, Bacteria dan

Eukarya. Daerah yang sangat terkonservasi tersebut seringkali dipakai menjadi

situs pelekatan primer dalam rangka mengamplifikasi gen16S-rRNA secara in

vitro dari template yang diisolasi langsung dari lingkungan (Drancourt et al.,

2000). Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk

melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Jika urutan

basa 16S rRNA menunjukkan derajat kesamaan yang rendah antara dua taksa,

deskripsi suatu takson baru dapat dilakukan tanpa hibridisasi DNA-DNA


commit to user

12

(Stackebrandt dan Goebel, 1995). Penggunaan sekuen 16S rRNA memiliki

kelemahan karena terkadang kurang dapat membedakan dengan jelas suatu

spesies dalam level genus.

7. Tumbuhan Berdaun Jarum di Gunung Lawu.

Gunung Lawu merupakan pegunungan vulkanik tua yang sudah tidak

aktif. Secara geografis terletak pada posisi sekitar 111º 15’BT dan 7º30’LS dan

meliputi areal seluas sekitar 15.000 ha. Lereng barat terletak di propinsi Jawa

Tengah, meliputi Kabupaten Karanganyar, Sragen, dan Wonogiri. Lereng timur

terletak di Propinsi Jawa Timur, meliputi Kabupaten Magetan dan Kabupaten

Ngawi. Gunung Lawu memanjang dari utara ke selatan. Topografi bagian utara

berbentuk kerucut dengan puncak Argo Dumilah setinggi 3.265 m dpl. Bagian

selatan terdiri dari bukit-bukit curam dengan puncak Jobolarangan 2.298 m dpl

(Lawrence, 1955). Gunung Lawu merupakan salah satu bentuk habitat yang

eksotis. Gunung ini menjadi batas antara lingkungan Jawa Timur yang cenderung

kering dan gersang dengan Jawa Tengah yang mulai basah sebelum mencapai

Jawa Barat yang basah dan dingin. Sebagai kawasan peralihan tempat ini

ditumbuhi spesies-spesies khas Jawa Timur, namun tidak ditemukan di Jawa

Barat dan sebaliknya (Steein, 1972).

Keadaan Gunung Lawu tidak berbeda dengan sifat gunung-gunung yang

lain yaitu landai, miring, curam, bukit terjal dan berjurang. Pada kaki gunung

kemiringan 30-40º, sampai perut gunung sekitar 2000 m dpl semakin terjal

dengan kemiringan 40-50º dan kemiringan terus meningkat dengan kemiringan

50-80º daerah ini curam dan terjal. Pada puncak gunung terdapat bukit kecil yaitu

Argo Dumilah, di sebelah timur puncak Argo Dumilah hamparan lembah sangat

luas samapai turun kelereng bawah, disebelah barat terdapat jurang-jurang kawah

Condrodimuko, Cokrosuryo, dan Pawon Sewu. Di sebelah selatan berbukit-bukit

sampai turun ke lembah, sedangkan sebelah utara tampak jelas lembah, bukit

pasar dieng dan selo pundutan (Sunarto,2000)

Suhu merupakan faktor yang mempengaruhui struktur dan komposisi

vegetasi tumbuhan. Rata-rata suhu di permukaan laut kawasan tropis adalah

26,3ºC, kemudian setiap naik 100 m dpl, suhu akan turun 0,61ºC. Ketinggian


commit to user

13

2000 m dpl suhu menjadi 14,1ºC lalu setiap 100 m dpl suhu akan turun 0,52ºC.

Pada ketinggian 4700 m dpl, suhu menjadi 0ºC (Steenis, 1972). Setiap spesies

memiliki tanggapan yang berbeda terhadap suhu, sehingga terbentuk zonasi

distribusi. Zonasi vertikal karena ketinggian serupa dengan zonasi horizantal

karena garis lintang (Wood, 1971; Steenis, 1972; Odum, 1983)

Cemoro Sewu terletak setelah Cemoro Kandang berada di wilayah Jawa

Timur. Dengan ketinggian 1818 m dpl dan berada pada posisi 07º 39’52” LS dan

111º 11’ 29” BT. Terdapat lima pos pendakian di jalur Cemoro Sewu yaitu pos I

(Wesen-Wesen); pos II (Watu Gedeg), pos III (Watu Gede), pos IV (Watu

Kapur), pos V (Jolo Tundo). Bertambahanya ketinggian akan menurunkan suhu,

mempengaruhi besar kecilnya presipitasi hujan, ketebalan awan, kelembaban

udara, kecepatan angin, intensitas sinar matahari, evaporasi dan lain-lain

(Setyawan and Sugiyarto, 2001)

Gunung Lawu merupakan kawasan yang sangat subur, karena merupakan

daerah tangkapan hujan kondisi ini sangat berpengaruh terhadap biodiversitas

vegetasi tumbuhan di Gunung Lawu, salah satunya adalah tumbuhan berdaun

jarum atau conifer yaitu spesies dari Cupressus sp, Pinus mercussi dan Casuarina

sp. Vegetasi tumbuhan berdaun jarum pada jalur pendakian Cemoro Sewu sangat

padat khususnya untuk spesies Cupressus sp dan Casuarina sp. Tumbuhan

berdaun jarum adalah tumbuhan yang umumnya mempunyai bentuk daun seperti

jarum, tajuk berbentuk kerucut, umumnya tidak menggugurkan daun, kecuali

beberapa jenis pohon saja, pertumbuhan sangat cepat dan lurus ke atas

(Tjitrosoepomo, 1989).

Tumbuhan berdaun jarum yang tumbuh pada Gunung Lawu khusunya di

daerah Cemoro Sewu sebagaian sengaja ditanam oleh warga setempat untuk

pemanfaatan penyerapan air hujan. Untuk lebih jelas tentang deskripsi tumbuhan

berdaun jarum yang ada di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu dapat

dilihat pada Gambar 1.


commit to user

14

Gambar 1. Tumbuhan conifer di Gunung Lawu

Gambar Tumbuhan Keterangan

P. mercusii termasuk ke dalam kelas

Coniferopsida dan familia Pinaceae. Pinus

ini mempunyai cirri habitusnya adalah

pohon berkayu dengan pola percabangan

monopodial, memiliki daun seperti jarum

yang panjang dengan duduk daun tersebar

Cupressus atau cemara kipas adalah

tanaman yang termasuk ke dalam kelas

Coniferales, familia Cupressaceae. Habitus

spesies ini adalah pohon yang berkayu.

Tanaman ini memiliki daun yang bentuknya

serupa sisik atau daunnya tersusun sangat

rapat.

Casuarina sp. termasuk dalam bangsa

casuarinales atau verticillatae dan termasuk

juga dalam suku Casuarinaceae. Casuarina

sp. adalah tumbuhan berkayu (pohon),

habitusnya menyerupai Coniferinae

(Stennis, 2008)


commit to user

15

B. Kerangka Pemikiran

Bakteri INA mampu membentuk protein yang mampu menginisiasi

pembentukan kristal es pada suhu (> -5ºC). Pada saat sekarang, bakteri INA lebih

dikenal sebagai bakteri patogen yang menyebabkan frost injury. Bakteri INA

berpartisipasi dalam siklus biopresipetasi, dengan terbawa siklus angin

dipindahkan keawan dari permukaan daun tanaman, dan menstimulasi terjadinya

hujan (Christser et al., 2008).

Banyak penelitian bakteri INA yang dilakukan di daerah subtropis, maka

penting dilakukan penelitian pada daerah tropis seperti di Indonesia. Salah satu

tempat untuk penelitian yaitu Gunung Lawu. Terdapat tumbuhan berdaun jarum

yang bervariasi, daerah Gunung Lawu juga mempunyai temperatur udara yang

rendah, memungkinkan peluang besar untuk menemukan bakteri INA. Informasi

bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum masih sedikit. Oleh

karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mengisolasi dan mengetahui macam

spesies, dan hubungan kekerabatan antar spesies untuk memahami keragaman

spesies dan peran bakteri INA di alam. Untuk lebih jelasnya dapat dilihat bagan

kerangka berfikir pada Gambar 2.


commit to user

16

Bakteri INAmenghasilkan protein pembentuk inti es

penyebab frost injury pada tanaman

Berpartisipasi dalam siklus biopresipitasi

Lereng Gunung Lawu terdapat tumbuhan berdaun jarum

Isolasi bakteri INA dari tumbuhan berdaun jarum

Identifikasi bakteri INA

Gambar 2. Bagan Kerangka pemikiran

Deteksi gen ina bakteri INA

Spesies dan hubungan kekerabatan bakteri INA

Diketahui gen ina bakteri INA

Keberadaan bakteri INA pada vegetasi pegunungan tropis


commit to user

17

C. Hipotesis

1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) dapat diisolasi dari tumbuhan berdaun

jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.

2. Bakteri yang ditemukan pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian

Cemoro Sewu Gunung Lawu merupakan bakteri Ice Nucleation Active (INA)

yang dapat termasuk ke spesies P. syringae, E. ananas, P. fluorescens, atau X.

campestris sesuai dengan jenis gen ina yang dimiliki.

3. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) yang ditemukan pada tumbuhan berdaun

jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu memiliki hubungan

kekerabatan antar spesies yang dekat.

4. Gen penyandi protein pembentuk inti es dapat dideteksi pada bakteri INA yang

diisolasi pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu

Gunung Lawu.


commit to user

18

BAB III

METODE PENELITIAN

A. Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari sampai Agustus 2014.

Pengambilan sampel dilakukan di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu,

Magetan, Jawa Timur

Pada tiga titik ketinggian berbeda yaitu: 2.300 m dpl, 2.500 m dpl dan

2.700 m dpl. Isolasi bakteri dilakukan di Laboratorium Pusat MIPA Universitas

Sebelas Maret Surakarta, identifikasi bakteri INA dan deteksi gen dilakukan di

Laboratorium Biologi Fakultas MIPA Universitas Sebelas Maret Surakarta. Uji

aktivitas bakteri INA di Laboratorium Teknobiologi Universitas Katolik Atmajaya

Jakarta.

B. Alat dan Bahan

1. Alat

Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : cutter, kantong

kertas, kertas label, pensil, GPS, dan digital camera, tabung reaksi, cawan petri,

gelas beker, erlenmeyer, neraca analitik, hot plate, shaker, Laminar Air Flow,

autoclave, bunsen, batang pengaduk, jarum ose, batang L, magnetic stirrer, kapas,

alumunium foil, mikropipet, freezer, tip, dan Polymerase chain reaction (PCR),

Circulating Alcohol Bath, seperangkat alat elektroforesis, Biophotometer, gel doc,

tabung Eppendorf.

2. Bahan

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : sampel tumbuhan

berdaun jarum yang berasal dari jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

media Natrium Agar (NA) ditambah 2,5% gliserol (NAG), media King’s B, buffer

fosfat pH 7, 0,1% peptone (Difco), aquades, 63 forward primer, 1387 reservese

primer, DNA template, gel Agarose, PrestoTMMini gDNA Bacterial Kit (Geneaid),

Kapa 2G Fast Ready Mix (Kapa Biosystem), dNTP, MgCl2, Buffer PCR, 63

forward Primer, 1387 reverse primer, agarose, buffer TAE 1X.


commit to user

19

C. Rancangan Penelitian

Penelitian dilakukan dengan beberapa metode yaitu :

1. Pengambilan Sampel Tumbuhan

Pengambilan sampel tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro

Sewu Gunung Lawu berdasarkan pada tiga titik ketinggian berbeda yaitu: 2.300 m

dpl, 2.500 m dpl dan 2.700 m dpl. Teknik pengambilan sampel yang digunakan

dalam penelitian ini adalah metode purposive sampling yaitu penarikan sampel

dengan pertimbangan tertentu, pertimbangan tersebut didasarkan pada tujuan

penelitian. Penentuan sampel menggunakan metode purposive sampling dengan

kriteria perbedaan ketinggian dan keberadaan sampel pada masing-masing

pengambilan sampel.

Bahan tumbuhan yang diambil yaitu berupa daun sebanyak 5-10 gr,

dimasukkan di dalam kantong kertas dan diberi label berisi informasi ketinggian,

sampel tumbuhan secepatnya dibawa ke laboratorium dan disimpan dalam lemari

pendingin pada suhu 5°C.

2. Identifikasi Tumbuhan Berdaun Jarum

Identifikasi tumbuhan berdaun jarum dilakukan dengan membandingkan

dan mencocokkan ciri-ciri tumbuhan berdaun jarum dengan pustaka/referensi.

3. Sterilisasi Alat dan Bahan

Cawan petri, tabung reaksi, erlenmeyer, media agar NAG, Kings’B dan

seluruh alat dan bahan yang akan digunakan disterilisasi lebih dahulu. Proses

sterilisasi dilakukan secara sterilisasi basah dengan autoclave dengan tekanan 1

atm dan suhu 121ºC selama 60 menit.

4. Pembuatan Media NA + 2,5 % Gliserol, Media King’s B dan Agar

Miring

Komposisi untuk pembuatan media NA dibuat dengan mencampur 6 gr

bubuk NA dengan 5 ml gliserol dalam 200 ml tabung erlenmeyer dan ditambah

akuades hingga batas 200 ml. Komposisi untuk media King’s B yaitu 20 gr

Proteose pepton, 10 ml gliserol, 1,5 gr K2HPO4, 1,5 gr MgSO4.7H2O dan 15 gr

agar dimasukkan ke dalam erlenmeyer kemudian ditambah 1 liter aquades

(Kartika, 2009). Erlenmeyer diletakkan di atas hot plate larutan ditunggu sampai


commit to user

20

mendidih dan larutan berwarna jernih. Lubang tabung erlenmeyer ditutup kapas

dan alumunium foil, disterilkan dengan menggunakan autoclave suhu 121ºC

selama 60 menit. Masing-masing media NA dan King’s B dituang ke cawan petri

dan dibiarkan kering pada suhu ruang (28ºC).

Pembuatan agar miring, setelah larutan mendidih dan berubah jernih maka

media NA dituang ke tabung reaksi masing-masing 4 ml dan di autoclave pada

suhu 121ºC selama 60 menit. Setelah disterilkan tabung dimiringkan 45º hingga

media mengeras.

5. Isolasi Bakteri INA

Lima gram sampel daun tumbuhan berdaun jarum dipotong kecil

dimasukkan dalam 500 ml tabung Erlenmeyer berisi 200 ml 0.1 M bufer fosfat

dengan pH 7.0 dan 0.1% peptone (Difco) (Waturangi dan Amelia, 2009). Bufer

fosfat pH 7.0 dibuat dari bahan 0,6 g Monosodium Phosphate (NaH2 PO4 . 2H2O)

dan 1,6 g Disodium Phosphate Hepta Hydrate (Na2HPO4 . 7H2O). Tabung

Erlenmeyer yang berisi 200 ml 0.1 M bufer fosfat, dengan pH 7.0 dan 0.1%

peptone (Difco) dan 5 gr tumbuhan berdaun jarum dikocok pada rotary shaker

selama 2 jam dengan kecepatan 150 rpm. Setelah di shaker kemudian dilakukan

seri pengenceran hingga 10-3 dengan 9 ml aquades steril. Seri pengenceran

diambil 0,1 ml disebar pada media NAG dan King’sB dengan teknik cawan sebar

(spread plat) pada media NA + 2,5% gliserol dan media King’s B kemudian

diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam (King et al., 1954).

6. Koleksi Kultur Murni

Koloni bakteri berbeda yang tumbuh di media NAG dan media King’s B

diambil dengan ose digores kembali pada media miring NAG dan media King’s

B kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam. Ditumbuhkan selama 4-6

hari pada suhu ruang kemudian disimpan di freezer pada suhu 4-5ºC.

7. Uji Aktivitas bakteri INA

Aktivitas bakteri INA ditentukan dengan menggunakan metode tube-

freezing yaitu memasukkan 100 µl suspensi bakteri berumur 4-6 hari ke dalam

supercool water (Lindow et al., 1978). Supercool water dibuat dengan mengisi

400 µl bufer masing-masing ke microtube kemudian disimpan di dalam


commit to user

21

circulating alcohol bath pada suhu -10ºC selama 30 menit. Bakteri pada agar

miring diambil menggunakan ose kemudian dimasukkan dalam supercool water

dan disimpan di dalam circulating alcohol bath pada suhu -5ºC hingga -10ºC

selama 15 menit. Bakteri INA dikelompokkan menjadi tiga kelas yaitu kelas A

membentuk inti es pada suhu > -2ºC hingga -5ºC, kelas B aktif pada suhu -5ºC

hingga -7ºC, kelas C aktif pada suhu -7ºC hingga -10ºC (Rugless et al., 1993).

8. Kemelimpahan Bakteri INA

Estimasi jumlah bakteri INA menggunakan metode multiple tube

collection (Cazorla et al., 1995). Tabung reaksi yang berisi 9 ml bufer fosfat steril

didinginkan pada suhu -10ºC selama 30 menit. Kemudian tabung dikocok dan

semua tabung yang mengalami pembekuan lalu dipisahkan. Tabung yang tidak

membeku dihangatkan pada suhu 5ºC. Sampel daun Cupressus sp, P. mercussi

dan Casuarina sp dalam larutan bufer fosfat dan peptone diencerkan 10-1, 10-2, 10-

3 pada seri tabung 333. Kemelimpahan bakteri INA per gram berat segar sampel

diestimasi dengan cara menghitung jumlah tabung yang membeku pada tiap

pengenceran kemudian dicocokan pada tabel MPN menurut formula Thomas 333

(APHA, 1975)

9. Amplifikasi Gen 16S rRNA

Amplifikasi DNA dilakukan pada mesin PCR. Reaksi PCR dilakukan

dengan mencampurkan 25 µl KAPA 2G Fasty Ready Mix (Kapa Biosystem) 1µl

63f (CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC), 1387r (GGG CGG CGT GTA CAA

GGC). PCR dijalankan dengan profil sebagai berikut: predenaturasi pada suhu

94ºC selama 2 menit, diikuti dengan 30 siklus tahapan dari denaturasi pada suhu

94ºC selama 30 detik, penempelan primer (annealing) dengan variasi suhu 55ºC

selama 30 detik, elongasi 72ºC selama 1 menit, dan finalizing pada suhu 72ºC

selama 20 menit. Kemudian disimpan pada suhu 4ºC untuk digunakan dan

diperiksa menggunakan elektroforesis (Marchesi et al., 1998).

Produk gen 16S rRNA dipurifikasi menggunakan Qiagen Purification Kit.

DNA disekuensing menggunakan ABI PRISM 310 Genetic Analyzer Kit.

Sekuens DNA dianalisis secara bioinformatika menggunakan perangkat BLAST

Nucleotide pada website NCBI (Waturangi et al., 2008)


commit to user

22

Sekuen DNA dianalisis untuk mengetahui hubungan kekerabatan bakteri

INA menggunakan software Mega 5.1

10. Deteksi Gen ina menggunakan PCR

Primer yang digunakan dalam mengamplifikasi gen ina adalah :

Pseudomonas syringae primer Forward (5’GCA GAC TGC GGG TTA TGA

GAG 3’,ina Z); primer reverse (5’CGC CGG TCA GTT TGC TTC TAT C 3’); E.

ananas primer forward (5’AGG CTT TGA GAA CGG ACT AAC G 3’ ina A);

primer reserve (5’ TTT CTG TCG GCT GCG TAC TG 3’); P.fluorescens primer

forward (5’ GCA GTA CGC AGA CGG CAC AG 3’, ina W); primer reserve

(5’TTT CGT AGC CAG CAG TTG ATG TG 3’); X. campestris primer forward (

5’ GCA AGG GCA GCG ATG TCA C3’,ina X); primer reserve (5’ TCT GCG

TGC TGC CGT AAC C 3’) (Nejad et al., 2006), 3076f (5’ AGY TCG CTG ATT

GCG GGN C 3’); 3463r (5’ STG TAV CKT TTN CCG TCC CA 3’) (Hill et al.,

2013 )

Proses running PCR dilakukan dengan mencampurkan 12,5 µl Kapa 2G

Fast Ready Mix (Kapa Biosystem), 2 µl DNA template, 1,25 primer (inaA, , inaX,

inaW, inaZ forward dan inaA, inaX, inaW, inaZ reverse )dan 8 µl ddH2O.

Amplifikasi gen dilakukan dengan tahapan :

1) Predenaturasi pada suhu 94ºC selama 3 menit.

2) Denaturasi pada suhu 94°C selama 45 detik.

3) Annealing pada suhu 55°C - 65°C selama 1 menit. Suhu annealing dipilih

yang sesuai sehingga didapatkan kondisi optimasi yang terbaik.

4) Elongasi pada suhu 72°C selama 1 menit.

5) Finalizing pada suhu 72°C selama 5 menit.

Proses denaturasi, annealing, dan elongasi terjadi sebanyak 35 siklus.

Selanjutnya produk PCR disimpan pada suhu -20°C dan diperiksa dengan

elektroforesis (Nejad et al., 2006).

Produk gen ina dipurifikasi menggunakan Qiagen Purification Kit. DNA

disekuensing menggunakan ABI PRISM 310 Genetic Analyzer Kit. Sekuens

DNA dianalisis secara bioinformatika menggunakan perangkat BLAST

Nucleotide pada website NCBI (Waturangi et al., 2008)


commit to user

23

D. Analisis Data

Analisis dibuat berdasarkan data dari isolasi bakteri INA, uji aktivitas

bakteri INA meliputi ada tidaknya bakteri berdasarkan hasil uji yaitu beku atau

tidak bufer yang diujikan analisis data secara deskriptif. Amplifikasi gen 16S

rRNA yang menunjukkan hasil sekuen DNA untuk mengetahui spesies bakteri

INA. Analisis hubungan kekerabatan bakteri INA didapatkan struktur pohon

phylogenetik yang menggambarkan hubungan kekerabatan bakteri INA kemudian

di analisis secara deskriptif. Produk sekuen DNA dianalisis menggunakan

perangkat BLAST pada NCBI.


commit to user

24

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Jumlah Isolat Bakteri Ice Nucleation Active dari Sampel Tumbuhan


Bakteri INA diisolasi dari tiga spesies tumbuhan berdaun jarum yaitu

Cupressus sp, P. mercussi dan Casuarina sp yang terdapat di tiga ketinggian yaitu

2.300 m dpl, 2.500 m dpl dan 2.700 m dpl. Media yang digunakan dalam isolasi

bakteri INA adalah media King’s B dan media NAG. Media Kings’B merupakan

media selektif untuk bakteri Pseudomonas tampak berfluoresen di media kings’B

(Arwiyanto et al., 2009). Gliserol pada media isolasi digunakan sebagai sumber

karbon untuk pertumbuhan bakteri. Lindow et al (1982a) menjelaskan bahwa

pertumbuhan biakan media yang mengandung polialkohol seperti gliserol,

manitol, sorbitol, dan sejenisnya dapat meningkatkan frekuensi pembentukan inti

es.

Seluruh isolat diuji aktivitas nukleasi es nya menggunakan circulating

alkohol bath selama 10 menit dengan suhu -5ºC sampai suhu -10ºC. Sejalan

dengan pendapat Lindow (1990) bakteri INA umumnya mampu menginisiasi

pembentukan inti es pada suhu diatas -10ºC. Jumlah keseluruhan isolat filosfer

yang berhasil diisolasi sebanyak 45 isolat. Tiga isolat positif bakteri INAyang

diisolasi pada tumbuhan berdaun jarum dapat dilihat di Tabel 1.

Tabel 1. Jumlah isolat bakteri yang diperoleh dari hasil isolasi pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

Stasiun Jenis sampel dari tumbuhan berdaun jarum

Jumlah isolat filosfer yang diperoleh

Jumlah isolat positif INA

1 Cupressus sp 6 2

P. mercussi 12 -2 Cupressus sp 6 -

P. mercussi 13 13 Casuarina sp 8 -

Jumlah 45 3


commit to user

25

Berdasarkan uji akitivitas nukleasi es diperoleh tiga isolat positif. Dua

isolat diperoleh dari sampel Cupressus sp pada stasiun 1 dan satu isolat diperoleh

dari sampel P. mercussi pada stasiun dua. Perolehan isolat yang positif bakteri

INA lebih sedikit dari jumlah total isolat yang diisolasi karena pada tahap

pengenceran hanya mengambil 10µl sampel dalam larutan bufer 200 ml untuk

penanaman bakteri. Semua isolat diuji aktivitas nukleasenya menggunakan

circulating alcohol bath dengan suhu -5ºC ,-7ºC dan -10ºC selama 10 menit.

Aktivitas nukleasi es akan terlihat ketika suspensi isolat yang berada di dalam

microtube akan membeku setelah dimasukkan kedalam circulating alcohol bath.

Isolat yang positif bakteri INA dapat dilihat pada Gambar 3 dan Gambar 4.

Gambar 3. Aktivitas nukleasi es bakteri INA hasil isolasi dari P.mercusii

Gambar 4. Aktivitas nukleasi es bakteriINA hasil isolasi dari Cupressus sp

Isolat yang dapat dikategorikan bakteri INA adalah bakteri yang

mempunyai aktifitas nukleasi es. Isolat C1N-5 dan C1N-1 dari sampel Cupressus

sp diklasifikasikan dalam kelas B karena isolat tersebut membeku pada suhu -7ºC,

sedangkan isolat P2N-8 dari sampel P. mercusii diklasifikasikan dalam kelas C

karena isolat tersebut membeku pada suhu -10ºC.

Isolat yang positif bakteri INA diuji pewarnaan gram untuk mengetahui

karakterisasi bakteri INA. Dari hasil pengujian pewarnaan gram isolat bakteri INA

ketiga bakteri INA adalah bakteri gram negatif. Gurian-Sherman dan Lindow

(1993) menjelaskan bahwa aktifitas pembentukan inti es pada bakteri jelas

terbatas pada spesies bakteri gram negatif, tetapi kehadiran spesies-spesies ini


commit to user

26

pada tanaman habitat alami yang lain merupakan suatu fenomena umum yang

menarik.

B. Estimasi Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun Jarum

di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

Distribusi bakteri INA dipengaruhi adanya hujan, kelembaban dan suhu

udara yang rendah. Oleh karena itu perlu dilakukan uji estimasi jumlah populasi

pada setiap sampel tumbuhan berdaun jarum. Estimasi populasi bakteri INA yang

ada di permukaan daun dilakukan dengan metode multiple tube nucleation.

Jumlah bakteri INA sel/g berat segar sampel diestimasi berdasarkan nilai jumlah

terbesar yang sering disebut sebagai most probable number (MPN) dari tabel

MPN menurut formula Thomas seri 333. MPN merupakan metode perhitungan

mikroorganisme berdasarkan data kualitatif hasil pertumbuhan mikroorganisme

pada medium cair spesifik dalam seri tabung. Prinsip utama metode ini adalah

mengencerkan sampel sampai tingkat tertentu sehingga didapatkan

mikroorganisme yang sesuai. Rata-rata jumlah poulasi INA dapat dilihat pada

Tabel 2.

Tabel 2.MPN populasi bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.

No Stasiun Nama Spesies Nilai MPN Tabel/(MPN/g)

1 1 P. mercussi <3,0 x 103

2 1 Cupressus sp 3,6 x 103

3 2 P. mercusii <3,0 x 103

4 2 Cupressus sp 3,6 x 103

5 3 Casuarina sp <3,0 x 103

Data tersebut menunjukkan jumlah populasi bakteri INA pada tumbuhan

berdaun jarum. Populasi terbanyak terdapat pada Cupressus sp di stasiun satu dan

stasiun dua. Keberagaman hasil tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor abiotik

disekitar lingkungan habitatnya yang berbeda-beda antara habitat satu dengan

yang lainnya. Salah satu faktor abiotik yang mempengaruhi keberadaan bakteri


commit to user

27

INA adalah adanya sinar matahari. Bakteri INA tidak mempunyai habitat daun

yang spesifik serta aktivitas dan jumlah populasi bakteri INA dibeberapa lokasi

lebih dipengaruhi oleh musim dan banyaknya curah hujan (Morriset al., 2004).

Stephanie dan Waturangi (2011) menjelaskan keberadaan bakteri INA dalam air

hujan dan udara mungkin memainkan peran penting dalam proses nukleasi yang

diperlukan untuk induksi hujan.

C. Konsentrasi dan Nilai Rasio DNA Bakteri INA

Tahap pertama untuk menganalisis DNA dilakukan isolasi DNA. Pada

penelitian ini dilakukan isolasi DNA dari bakteri INA yang di inkubasi selama 24

jam dengan menggunakan PrestoTM mini gDNA Bacteria Kit (Geneaid Biotech

Ltd) dan mengikuti prosedur yang dianjurkan produsen. Geneaid Biotech Ltd

merupakan kit yang dapat mengisolasi DNA genom bakteri gram positif dan gram

negatif secara optimal. Setelah tahap isolasi DNA selesai maka dilakukan

pengukuran konsentrasi DNA dengan tujuan untuk mengetahui kemurnian DNA.

Konsentrasi dan rasio DNA bakteri INA dapat dilihat pada Tabel 3.

Tabel 3.Konsentrasi dan Rasio DNA bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

Isolat Bakteri Konsentrasi DNA(µg/ml) rasio A260/280

C1N-5 73,6 2,0

C1N-1 21,7 1,9

P2N-8 6,5 1,9

Keterangan :

C1N-5 ,C : Nama spesies (C: Cupressus sp; P: P. mercussi)1 : Nomor stasiun pengambilan sampelN: Media pertumbuhan (N: NAG; K:Kings’B)5 :Nomor isolat

Hasil isolasi DNA menunjukkan bahwa DNA ketiga bakteri INA berhasil

diisolasi dengan baik karena nilai rasio A260/280 DNA hasil isolasi berkisar 1,9-2,0.


commit to user

28

Sambrook (1989) menyatakan isolat DNA dapat dikatakan murni dan memenuhi

syarat untuk dilanjutkan ke analisis molekuler apabila nilai rasio A260/280 berkisar

1,8-2,0.

D. Identitas Bakteri Ice Nucleation Active Pada Tumbuhan Berdaun Jarum

di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu Berdasarkan Gen

Penyandi 16S rRNA

Gen 16S rRNA merupakan satu dari tiga jenis RNA ribosomal yang ada

pada prokariyota.`Marchesi et al., (1998) menjelaskan primer 63f dan 1387r dapat

mengamplifikasi gen 16S rRNA dengan baik dibandingkan dengan jenis primer

lainnya dan konsisten mengamplifikasi gen 16S rRNA dari berbagai organisme.

Amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan PCR dapat dilihat pada Gambar 5.

Gambar 5. Profil amplikon gen penyandi 16S rRNA bakteri INA; M. MarkerDNA. a) C1N-5 b) C1N-1; c) P2N-8

Amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan PCR dianalisis dengan

elektroforesis gel agarosa 0,5% (b/v) selama 60 menit pada tegangan 90 volt dan

arus 400 mA. Gambar 5 menunjukkan bahwa DNA bakteri yang diamplifikasi

berhasil teramplifikasi dengan baik. Hal ini ditunjukkan dengan adanya band yang

M a) b) c)

250 bp

500 bp

750 bp

1500 bp

1000 bp


commit to user

29

terang dan tebal. Suhu optimum primer yang digunakan untuk melakukan

annealing pada template DNA dapat diketahui dengan melihat informasi yang

tertera pada kemasan produsen. Dari gambar 5 diketahui produk PCR berukuran

sekitar 1.300 bp. Ukuran produk PCR dapat dilihat dengan cara membandingkan

panjang migrasi marker yang telah diketahui ukuran dan konsentrasinya. Marchesi

et al., (1998) menyatakan bahwa hasil amplifikasi gen 16S rRNA dengan primer

63f dan 1387r adalah sekitar 1.300 bp. Pada suhu yang optimum saat annealing

primer membantu keberhasilan dalam amplifikasi gen ina dengan baik.

Proses sekuensing DNA pada penelitian ini dilakukan oleh PT Genetika

Science Jakarta -1st Base Singapura. Urutan basa nukleotida gen penyandi 16S

rRNA dianalisis menggunakan program BLAST untuk mengetahui identitas

dengan spesies yang telah diketahui sebelumnya. BLAST merupakan software

alogaritma untuk membandingkan informasi primer sekuens biologis seperti

sekuens asam amino dan protein yang berbeda atau sekuen DNA dilihat dari basa

nukleotida (Stephen et al., 1990). Hasil analisis gen penyandi 16S rRNA

menggunakan BLAST dapat dilihat pada Tabel 4.

Tabel 4. Kemiripan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA menggunakan program BLAST

Kode Isolat Spesies paling mirip No.Akses % Kesamaan

C1N-5 Pantoae sp SB547 FJ357836.1 97%

C1N-1 Pantoae sp SB547 FJ357836.1 97%

P2N-8 Pseudomonas sp KF011496.1 81%

Berdasarkan database yang ada pada Genebank kedua isolat dari

Cupresses sp dengan kode C1N-5 dan C1N-1 yang mempunyai kemiripan genus

97% dengan dengan Pantoea sp SB547. Bosshard et al., (2003) menjelaskan

penentuan kriteria identifikasi yang menggunakan kemiripan ≥ 95% atau ≥ 97%

adalah sama genus. Isolat P2N-8 mempunyai kemiripan 81% dengan

Pseudomonas sp (untuk lebih jelas dapat dilihat pada lampiran 4, 5 dan 6). Hal ini

menunjukkan bahwa isolat P2N-8 tidak satu genus dan tidak satu spesies dengan


commit to user

30

Pseudomonas sp. Janda et al., (2007) menjelaskan penentuan kriteria identifikasi

menggunakan kemiripan 99,5% adalah sama spesies.

Pantoea sp merupakan bakteri gram negatif dan termasuk dalam family

Enterobacteriaceae (Paradis, 2005). Salah satu bakteri INA dari genus Pantoea

adalah Pantoea ananatis. P. ananatis merupakan spesies bakteri INA dari genus

Pantoea yang menyebabkan pencoklatan pada akar tanaman nanas dan

diklasifikasikan sebagai bakteri INA yang memiliki gen inaA (Watanabe and

Sato, 1998).

Pseudomonas merupakan bakteri gram negatif, berbentuk batang dan

oksidase negatif. Beberapa spesies dari genus bakteri ini adalah bakteri patogen

yang dapat merusak tanaman dan biasanya terdapat di permukaan daun. Beberapa

spesies dari genus ini telah dilaporkan dapat membentuk inti es yaitu P. syringae,

P. fluorescens ( Makiet al., 1974) dan P. viridivlafa (Obata et al., 1989).

Tujuan pembuatan pohon filogenetik adalah mengetahui hubungan

kekerabatan bakteri INA antar isolat yang ada. Pohon filogenetik berdasarkan 16S

rRNA dapat dilihat pada Gambar 6.

Pseudomonas mosselii

Isolat P2N-8

Pseudomonas syringae

Xanthomonas sp. Sbr1009a

Xanthomonas sp. Sba1007a

Pantoea agglomerans

Pantoea ananatis

Isolat C1N-5

Isolat C1N-1

Bacillus cereus

100

71

100

88

100

74

86

0.02

Gambar 6. Pohon filogenetik bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.

Pohon filogenetik dibuat berdasarkan jarak genetik antara isolat bakteri

INA menggunakan program MEGA. Berdasarkan pohon filogenetik isolat C1N-5

dan C1N-1 berada satu group dengan P.ananatis, yang diketahui mampu

membentuk inti es. Hal ini menunjukkan bahwa isolat C1N-5 dan C1N-1


commit to user

23

mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dengan bakteri INA dari spesies P. ananatis. Sedangkan isolat P2N-8 tidak

berada satu group dengan P. syringae tetapi berada dalam satu group P. mosselli. Hal ini menunjukkan bahwa isolat P2N-8 bukan

termasuk dalam kelompok bakteri INA P. syringae melainkan kelompok bakteri INA yang lain.

E. Gen ina Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu

Tujuan dilakukan amplifikasi gen ina adalah untuk mengidentifikasi gen ina sesuai dengan jenisnya. Pada penelitian

terdahulu telah ditemukan beberapa gen ina yaitu inaX pada X. campestris (Zhao and Orser 1990), inaW pada P. fluorescens

(Warren et al., 1986). Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX, inaZ dan primer 3076f;3463r dapat dilihat pada Tabel

5.

Tabel 5. Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX, inaZ dan primer 3076f; 3463r Nama isolat

Primer gen inainaA inaZ inaX InaW Primer 3076f ; 3463r

C1N-5 Teramplifikasi dengan panjang 350 bp, gen tidak spesifik

Tidak teramplifikasi



Teramplifikasi dengan panjang 390 bp, spesifik gen ina

C1N-1 Teramplifikasi dengan panjang 350 bp, gen tidak spesifik




Teramplifikasi dengan panjang 390 bp, spesifik gen ina

P28-1 Teramplifikasi tetapi unspecific band




Teramplifikasi tetapi unspecificband

31


commit to user

32

Dari data tabel 5 dapat diketahui primer yang dapat mengamplifikasi gen

ina adalah inaA dan primer 3076f ; 3463r, tetapi yang mengamplifikasi gen

spesifik adalah primer 3076f ; 3463r. Sedangkan penggunaan primer ina yang lain

tidak terlihat adanya pita DNA. Optimasi penggunaan suhu untuk annealing juga

dilakukan terhadap primer gen ina yang lainnya tetapi tetap tidak menghasilkan

produk amplifikasi yang diinginkan. Faktor yang menyebabkan hasil amplifikasi

tidak membentuk band/pita DNA yang diinginkan salah satunya yaitu primer

yang tidak sesuai (Zein dan Prawiradilaga, 2013)

Pada amplifikasi dengan primer inaA dilakukan optimasi PCR yang

bertujuan untuk menghasilkan produk PCR yang diinginkan. Dengan

menggunakan PCR dan pengaturan program pre-denaturation 95ºC selama 3

menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 95ºC selama 15

detik, annealing 55ºC, 56ºC dan 57ºC selama 15 detik, dan extention pada 72ºC

pada 1 menit. Siklus PCR berlangsung sebanyak 35 siklus. Amplifikasi

menggunakan primer inaA dapat dilihat pada Gambar 7.

Gambar 7. Profil amplikon deteksi gen ina menggunakan primer inaA M :Marker DNA; , a) C1N-5; b); C1N-1 c) P2N-8 suhu annealing 57ºC; , d) C1N-5; e); C1N-1 f) P2N-8 suhu annealing 56ºC; g) C1N-5; h); C1N-51 i) P2N-8 suhu annealing 55ºC.

Pada profil amplikon dengan primer inaA menunjukkan adanya band/pita

DNA. Namun setelah disekuen hasil yang diperoleh dari program BLAST tidak

menunjukkan gen yang spesifik dari gen inaA, melainkan bagian yang tidak

Mabd cfg ehi

250bp500 bp

750 bp


commit to user

33

diketahui dari full genom dari spesies Pantoea sp. Kemungkinan hal ini terjadi

dikarenakan primer yang digunakan untuk amplifikasi belum spesifik maka tidak

ditemukan gen target yang diinginkan, maka dilakukan amplifikasi dengan primer

3076f ;3463r primer ini mencangkup asam amino dari keempat gen ina yaitu

inaA, inaW, inaX dan inaZ. Berdasarkan penelitian yang dilakukan Hillet al.,

(2013) amplifikasi menggunakan PCR dan pengaturan program pre-denaturation

95ºC selama 2 menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 94ºC

selama 15 detik, annealing 53ºC selama 30 detik, dan extention pada 72ºC pada 1

menit. Dengan menggunakan prosedur tersebut didapatkan amplifikasi dari gen-

gen yang diinginkan. Hal ini diketahui dari profil amplikon pada Gambar 8

Gambar 8. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f ;3463rM: Marker DNA, a) C1N-5; b); C1N-51 c) P2N-8

Dapat dilihat dari gambar 7 bahwa terbentuk band/pita DNA dengan

ukuran yang diinginkan tetapi hasilnya belum maksimal, maka perlu dilakukan

optimasi. Optimasi PCR yang dilakukan mengacu pada saran yang diberi Kapa

biosystem selaku produsen penyedia mastermix untuk amplifikasi dengan PCR.

Setelah dilakukan optimasi didapatkan 2 pasang gen ina yang teramplifikasi. Suhu

PCR yang dilakukan saat amplifikasi adalah pre-denaturation 95ºC selama 2

menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 94ºC selama 15

M a b c

250 bp

500 bp

750 bp


commit to user

34

detik, annealing 54ºC , 55ºC selama 30 detik, dan extention pada 72ºC pada 1

menit. Adapun hasil perbandingan suhu pada optimasi PCR menggunakan primer

3076f; 3463r dapat dilihat pada Gambar 9.

Gambar 9. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f ; 3463r

dengan variasi suhu annealing M: Marker DNA, a) C1N-5; b); C1N-

51 c) P2N-8 suhu annealing 54ºC, d) C1N-5; e); C1N-51 f) P2N-8

suhu annealing 55ºC.

Berdasarkan gambar 8 diketahui bahwa suhu yang terbaik untuk annealing

54ºC sampai 55ºC. Annealing merupakan proses penempelan primer. Suhu

annealing yang terlalu tinggi dapat menyebabkan primer tidak dapat menempel,

sementara apabila suhu terlalu rendah maka primer akan menempel pada daerah

yang tidak spesifik. Hasil BLAST yang ada pada tabel 6 yang didapat dari isolat

C1N-5 dan C1N-1 memiliki kemiripan 94% dengan gen penyandi protein ice

nucleation Pantoea sp. SBPci (untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada lampiran 12

dan 13), dengan panjang basa nukleotida 1 hingga 388 bp SBPci. Pantoea sp.

SBPci adalah isolat bakteri yang didapat dari lesi daun tanaman kacang polong.

Gen pengkode ice nucleation protein mengarah pada inaA (Hill et al., 2013).

M a b dc e f

250 bp

500 bp

750 bp


commit to user

35

Tabel 6.Kemiripan gen ina isolat C1N-5 dan isolat C1N-1 dengan gen inaPantoea sp. SBPci

Kode isolat Kemiripan No. Akses % Kesamaan

C1N-5 Gen penyandi proteinice nucleation Pantoea sp. SBPci

KC311282.1 94%

C1N-1 Gen penyandi proteinice nucleation Pantoea sp. SBPci

KC311282.1 94%

Susunan asam amino pada isolat C1N-5 dan C1N-1 mempunyai

karakteristik dimana dua asam amino yang pertama dari setiap octapeptide adalah

alanin dan glisin. Susunan asam amino yang sama terdiri dari alanin dan glisin

disetiap octapeptidenya juga ditemukan pada bakteri INA yang lain seperti P.

syringae dan P. ananatis (untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada lampiran 16 dan

18). Hal ini sependapat dengan Hills et al., (2013) menjelaskan bahwa

karakteristik susunan asam amino bakteri INA yaitu adanya dua asam amino

yang pertama dari setiap octapeptide adalah alanin dan glisin. Adanya octapeptide

yang berulang ulang dalam gen dapat diduga berpengaruh terhadap fungsi

katalisis dan kemampuan membentuk formasi pembentukan inti es pada bakteri

INA. Untuk lebih jelas dapat dilhat pada Tabel 8.

Tabel 8.Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1.

Nama isolat Asam amino

C1N-5 PDSTQITGNRSMLI|AGKGSSQT|AGYRSTLI|SGMCSVQM|AG

ERSKLI|AGADSNQT|AGDRSKLL|AGNNSFLT|AGDRSKLT|A

GNNCILM|AGDGSKLT|AGTNSTLT|AGCNSKLI|GSNGSTLT|

AGENSTLV|FRC

C1N-1` PDSTQITGNRSMLI|AGKGSSQT|AGYRSTLI|SGMCSVQM|AG

ERSKLI|AGADSNQT|AGDRSKLL|AGNNSFLT|AGDRSKLT|A

GNNCILM|AGDGSKLT|AGTNSTLT|AGCNSKLI|GSNGSTLT|

AGENSTLV|FRC


commit to user

36

Isolat C1N-5 dan C1N-1 yang diamplifikasi menggunakan primer 3076f;

3463r mempunyai kesamaan urutam asam amino dengan P. syringae yang

diamplifikasi menggunakan primer inaZ dan P. ananatis yang diamplifikasi

dengan primer inaA. Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1 yang

mempunyai kesamaan dengan asam amino P. syringae terletak pada urutan ke

15–126, sedangkan asam amino P. syringae yang mempunyai kesamaan dengan

isolat C1N-5 dan C1N-1 terletak pada urutan ke 841– 952. Urutan asam amino

isolat C1N-5 dan C1N-1 yang mempunyai kesamaan dengan asam amino P.

ananatis terletak pada urutan ke1- 129, sedangkan asam amino P. ananatis yang

mempunyai kesamaan dengan isolat C1N-5 dan C1N-1 terletak pada urutan ke

1139 –1268 (untuk lebih jelas dapat dilihat pada lampiran 16,17, 18, dan 19).


commit to user

37

BAB V

PENUTUP

A. Kesimpulan

Dari penelitian yang dapat dilakukan dapat diperoleh kesimpulan sebagai

berikut :

1. Bakteri INA yang berhasil diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di

jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu sebanyak 3 isolat.

Jumlah bakteri INA yang ada pada tumbuhan berdaun jarum di jalur

pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu yakni P. mercussi <3,0 x 103

MPN/g, Cupressus sp 3,6 x103 MPN/g, Casuarina sp <3,0 x103

MPN/g.

2. Spesies bakteri INA yang ditemukan pada tumbuhan berdaun jarum di

jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu berdasarkan gen

penyandi 16S rRNA adalah isolat C1N-5 dari sampel Cupressus sp

memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp, isolat C1N-1 Cupressus

sp memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp, dan isolat P2N-8 dari

sampel P. mercusii memiliki kemiripan 81% dengan Pseudomonas sp.

3. Berdasarkan pohon filogenetik menunjukkan bahwa isolat C1N-5 dan

C1N-1 mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dengan bakteri

INA dari spesies P. ananatis. Sedangkan isolat P2N-8 mempunyai

hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. syringae

4. Karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA isolat

C1N-5 dan C1N-1 memiliki kemiripan 94% dengan gen pengkode ice

nucleation Pantoea sp. SBPci

B. Saran

Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut tentang peranan bakteri INA pada

proses biopresipitasi dan amplifikasi gen ina menggunakan primer yang berbeda

agar didapatkan produk amplifikasi yang baik


commit to user

38

DAFTAR PUSTAKA

Amato, P., Parazols, M., Sancelme, M.,Laj,P., Mailhot,g.and Delort,A.M.2007.

Microorganism isolated from the water phase of trophosperic clouds at

the Puy de Dome: major groups and growth abilities at low

temperatures.FEMS Microbiol Ecol 59: 242-254.

Andrew, J.S and Harris, R.F.2000. The ecology and biogeography of

microorganism on plant surface.Ann. Rev. Phytophatol .38:145-180.

APHA.1975. Standard methods for the examination of water and Wastewater, 14th

edn. American Public Health Association, Washington, Dc.pp 913-927.

Arwiyanto, T. 2009. Bakteri Penyebab Penyakit Tumbuhan sebagai Lawan

dan sebagai Kawan. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.

Azevedo, J.L. Walter M. Jr., Pereira J.O., and De Araujo W.L. 2000.

Endophytic Microorganisms: a Review on Insect Control and Recent

Advances on Tropical Plants. Electronic Journal of Biotechnology 3 (1):

1-9.

Beattie, G.A. and Lindow S.E. 1999. Bacterial Colonization of Leaves: A

Spectrum of Strategies. University of California, Berkeley.

Bosshard P. P, Abels S., Zbinden R, Boottger E. C., and Altwegg M. 2003.

Ribosomal DNA Sequencing for Identification of Aerobic Gram-Positive

Rods in the Clinical Laboratory (an 18-Month Evaluation). J. Clin

Microbiol 41: 4134–4140

Cazorla, F.M., Olalla L., tores J.A perez-Garcia A., codina J.c and de Vicente A.

1995. A method estimation of population densities of ice nucleation active


commit to user

39

Pseudomonas syringae in buds and leaves of mango.J.Appl.Bacteriol, 79:

341- 346

Christner, B.C., Morris C.E., Foreman, C.M., Cai R. and Sands D.C. 2008.

Ubiquity of biological ice nucleators in snowfall. Science 319:1214-1217.

Christner, B.C., Cai R., Morris C.E., McCarter K.S., Foreman C.M.,

Skidmore M.L., Montross S.N., and Sands D.C. 2008. Geographic,

Seasonal, and Presipitation Chemistry Influence on The Abudance and

Activity of Biological Ice Nucleators in Rain and Snow. Proc. Natl. Acad.

Sci. USA. 105 (48): 1-6.

Drancourt M, Bollet C, Carlioz A, Martelin R, Gayral J-P, Raoult D .2000. 16S

ribosomal DNA sequence analysis of a large collection of environmental

and clinical unidentifiable bacterial isolates. J. Clin. Microbiol. 38: 3623-

3630.

Edwards, A.R., Ronald, A., Wichman H.A., and Orser C.S. 1994. Unusual

pattern of bacterial ice nucleation gene evolution. Mol. Biol. Evol.

11:911- 920.

Govindarajan, A.G., and Lindow S.E. 1988. Size of Bacterial Ice Nucleation

Sites Measured in Situ Low Radiation Inactivtion Analysis. Proc. Natl.

Acad. Sci. USA 58: 1334-1338.

Goto, M., huang, B.L., makino, T., goto, t.and Inaba,T.1988. Isolated from

gemnisphere of tea (Tea sinensis L.), phyllospere of vegetables and flower

of Magnoli adenuclata Desr.Ann.Phytopathol. Soc.Jpn.,54:189-197.

Gross, D.C., Cody, Y.S., Proebsting,E.L., Radmaker,GK and Spotts, R.A.1984.

Ecotypes and pathogenicity of ice nucleation –active Pseudomonas


commit to user

40

syiringae isolated from deciduous fruit tree orchards. Phytopathology,74:

241-248.

Gurian-Sbennan, D., and Lindow S. E. 1993. Bacterial Ice Nucleation:

Significance and Molecular Basis. Proc. Fla. State. Hort. Soc. J. 7:1338-

1343.

Hill, T.C.J., Moffet, B.F., Demott, P.J. Georkopolous, D.G., stump, W.L., and

Franc,G.D.2013. Measurement of ice nucleation-active bacteria on plants

and in precipitation by quantitative PCR. App. Env. Microbiology 80(4):

1256-1267.

Hirano, S.S. and Christen D.U. 2000. Bacteria in The Leaf Ecosystem with

Emphasis on Pseudomonas syringae – a Pathogen, Ice Nucleus and

Epiphyte. Microbiology and Moleculer Biology Reviews 64 (3):624-653.

Janda Michael J. and Abbott L. Sharon.2007. 16S rRNA Gene Sequencing for

Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, and

Pitfalls. J. Clin Microbiology. 45 :2761–2764

Kartika, A. 2009. Teknik eksplorasi dan pengembangan bakteri Pseudomonas

syringae. Banyumas: Dinas Kesehatan Kabupaten Banyumas.

King, E.O., Ward M.K., and Raney E.D. 1954. Two simple media for the

demonstration of pyocyanin and fluorescein. Journal of Laboratory and

Clinical Medicine 44: 301-307.

Kozloff,L.M., Turner, M.A., and Arelano, F.1991b. Formation of Bacterial

membrane Ice nucleating lipoglycoprotein Complexes. J. bacterial 173:

6528-6536.


commit to user

41

Lawrance.,G.H.M.1955.An Introduction to Plant Taxonomy. Jhon Wiley and

Sons,New York.

Lindow , S.E., Amy D.C., and Upper C.D. 1978. Distribution of Ice Nucleat- ion-

Active Bacteria on Plants in Nature. Appl. Environ. Microbiol. 36: 1-838.

Lindow , S.E., Arny, D.C., Upper,C.D.1982. Bacterial ice-nucleation: a factor in

frost injury to plants. Plant Phsiology. 70:1084-1089.

Lindow, S.E. 1983. The Role of Bacterial Ice Nucleation in Frost Injury to Plant.

Ann.Rev. Phytopathol. 21:363-384.

Lindow, S.E. 1989. Use of Genetically Altered Bacteria to Achieve Plant Frost

Control. University of California, California. pp. 85-111.

Lindow, s.E.1990. Bacterial Ice nucleation activity.p 428-434.inZ. clement,

K.Rudolp and DC Sand (Ed). Methods in Phytobacteriology. Budapest:

academiai Kiodo.

Lindow, S.E., and Brandl,M.T.2003. Microbiology of the phylospere. Appl

Environ Microbiol 69:1875-1883.

Marchesi, J.R., Sato T., Weightman,A.J., Martin,T.A., Fry J.C., Hiom, S.J., and

Wade, W.G 1998. Design and Evaluation of Useful Bacterium Spesific

PCR primer that Amplify Genes Coding For Bacterial 16S rRNA. Appl.

Environ. Microbial 64: 795-799.

Maki, L.R., Galyon, E.L., Changchien, M. and Caldwell,D.R, 1974. Ice

Nucleation Induced by Pseudomonas syringae.appl.Microbiology,28:456-

459.


commit to user

42

Morris, C.E. 2001. Encyclopedia for Life Sciences. Nature Publishing Group,

London.

Morris, C.E., Gergakopoulos D.G., and Sands D.C. 2004. Ice Nucleation Active

Bacteria and Their Potential Role in Precipitation. J. Phys. IV France

121:87-103.

Morris, C.E., Sands D.C., Bardin M., Jaenicke R., Vogel B., Leyronas C.,

Ariya P.A., and Psenner R. 2008. Microbiology and Atmospheric

Processes: an Upcoming Era of Research on Bio-meteorology.

Biogeosciences Discuss 5:191-212.

Murray, R.G.E. and E. Stackebrandt. 1995. Taxonomic notes: implementation of

the provisional status Candidatus for incompletely describes procaryotes.

International Jurnal of Systematic Bacteriology 45: 186-187.

Nejad, P., Ramstedt,M., Granhall, U., Roos, S., and Mcivor, I.2006. Bhiocemical

characterization and Identification of Ice- Nucleation- active (INA) willow

Phatogens by Means of BIOLOG Miroplate, INA Gene Primer and PCR

Based 16s rRNA Gene Analyses.J. Plant.Dis. Prot.113:97-106.

Obata, H., Nakai, T., Tanishita, J. and Tokuyama, T. 1989 . Identification of an

ice nucleating bacterium and its ice nucleation properties.

J.ferment.Bioeng.67:143-147.

Odum, F.P.1983. Principles of Ecology. W.B.Saunders, Philadelphia.

Pangastuti, Astuti. 2006. Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa

Gen Penyandi 16s rRNA dan Gen Penyandi Protein. BIODIVERSITAS.7:

292-296


commit to user

43

Paradis,S., Boissinot, M., Paqutte,N., Belanger, S.D., Martel,E.A.,

Boudreau,D.K., Picard,F.JOuellete, M.,Roy,P.H and Bergeron, M.G.2005.

Phylogeny of the Enterobactteriaceae based on genes encoding elongation

factor Tu and F-ATPase β – subunit.Int j Syst Evol Microbiol 55:2013-

1025.

Polymenakou, P.N.2012.atmosphere: A Source Of Phatogenic Or Beneficial

Microbes. Atsmosphere 3:87-102

Probesting, E.L. and mills, H.H.1978. Low Temperature Resistance of

Developing Flower Buds of Six Deciduous Fruit Species.

J.Am.Hortic.Sci., 103:192-198

Rostami, M. 2012. Isolation and Identification of Ice-Nucleating-Active- Bacteria

and Their Antagonistic bacteria from Pistachio trees in Rafsnjan region.

Advances in Environmental biology, 6(4):m1460-1467.

Ruggles, J.A., Marshall M.N., and Fall R. 1993. Kinetics of Appearance and

Disappearance of Classes of Bacterial Ice Nucleation Support and

Agregation Model for Ice Nucleus Assembly. J. Bacteriol. 175:7216-7221.

Sambrook,J., Fritsch., E.F. and Maniatis,T.1989. Molecular cloning. Texas: Cold

spring Harbor Press. University of Texas Western Medical Centre.

Setyawan,A.D dan Sugiyarto.2001. Keanekaragaman Flora Hutan Jobolarangan

Gunung Lawu. Biodiversitas 2(1):115-112.

Stackebrandt, E. and B.M.Goebel. 1995. A place for DNA-DNA reassociation and

16S rRNA sequence analysis in the present species definition in

bacteriology. International Jurnal of Systematic Bacteriology 44: 846-849

Steenis,C.G.G.J.van.1972. The mountain flora of Java. E.J. Brill,Leiden


commit to user

44

Steenis,C.G.G.J.van.2008. Flora. PT Pradnya Paramita. Jakarta

Stephanie and Diana E.W. 2011. Distribution of Ice Nucleation Active (INA)

Bacteria from Rain-water and Air. Hayati 18 (3):108-112.

Stephen F.A.Wareen G, Webb M, Eugene W.M, David J.L.1990. Basic Local

aligment Search Tool. Journal of Molecilar Biology, 215(3): 403-410.

Tjitrosoepomo, G. 1988. Taksonomi Tumbuhan. Gadjah Mada

University Press, Yogyakarta.

Turner, M.A., Arellano F., and Kmloff L.M. 1991. Component of Ice Nucleation

Structures of Bacteria. J. Bacteriol. 173:6515-6527.

Vali, G. 1996. Nucleation and atsmopheric Aerosols 1996. Oxford: pergamon

Press

Ward, D.M. 1998. A natural species concepts for procaryotes. Current

Opinion in Microbiology 1: 271-277.

Warren, G.J. 1995 Biological Ice Nucleation and Application.st.Paul: APS press

Wahyudi, A.T. 1995. Pembentukan Inti Es oleh Bakteri. Hayati 2:55-59.

Watanabe, K., and Sato, M.1998. detection of Variation of the R-Domain

Structure of Ice nucleation Genes in erwinia herbicola-group Bacteria

by PCR- RFLP Analysis. Current Microbiology 37(1):201-209.


commit to user

45

Waturangi, D.E., and Amelia T. 2009. Isolation, Characterization and Genetic

Diversity of Ice Nucleation Active Bacteria on Various Plants. Hayati 16

(2):54-58.

Waturangi, D.E. Meicy V., and Suwanto A. 2008. Isolation and identification of

ice-nucleating-active bacteria from Indonesian edible leafy plant poh-

pohan (Pilea glaberina). Microbiol. Indones. 2:8-10.

Wood, D.1971. The Adaptive significance of a wide altitudinal range for montane

species.Trans.Bot.soc.Edinburg 41: 119-124.

Zein, M.S.A. dan Prawiradilaga D.M.2013. DNA Barcode Fauna Indonesia.

Jakarta: Kencana prenamedia

Zhao, J., and Orser, c.S.1990. conserved repetition in the ice nucleation gene inaX

from Xanthomonas campestris pv. Translucent. Mol.gen. genet.223: 163-

166


commit to user

46

LAMPIRAN

Lampiran 1. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5

AACGAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAGGGGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAGTAGGGCTACCACCGTGCTACAATGCGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAACCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAATCCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAATTCCCGGCCGCNTTTTAACCCCCCGCAC

Lampiran 2. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-1

GGGGGGAGACGAGAACTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTT


commit to user

47

ACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTAATGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACAAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCCATACAAAGAGAAACGACCTCCCGAGAAGCAAGGGGACCTCACAAAATGCGTCGTAATCCGGATCNGAATCTGCACTTCGATCCCTNGAATCCGGAATCCCTNGAAAACTGGGAACAAAATGCCCCGGGAAAAATTCCCGCCGGCTTTTTACCACCGGCCAAA

Lampiran 3. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat P2N-8

TTGGGGGGGAAAAGGGGCGGATTTCCGGCTTTTTTTCGATAAAGGTTCCCTTCGGCGGGGGTCAACTCCTCCGATAGATCGTTGGAGCTAGTCCCCGGGGCTGCATCTTTGTACCACCTTGAGCGGGGTCCCCTGCTGGAGGGCATGTGAGTGACTCTCCCCCCTTCCTGGATTCTCCCGGTATCTCTTAGAGGCCCACATAAGTGCTGTAATAAGAGAGGCTCTCTCGTGCTGTATTACACTACATTCACGAACGAGCGACGCAGCCAGCAGCATCTAGTATAGTTGAGAAGCACCAATCTTCTCTGAAAGTGCTCTGACGACAGGCCTGGTATGTTCTCGCGTTGATAGAATACACATCTGCTCCACTGTGGTGCGGCCGCCGTCAATCATGTAGTTTACGCTGCGGTCTCCTCACGAGGCGTCAACTTGATGAGCTGCTGCGCCACTTCATATGAAGGATTCCAACGGCTAGTCGTCATCGTCTGCGGCGTGGACTAGCAGGGTTCTAATCTTGTCTGCTCCCCATGCGCAGCAGATCAGTGTCAGTATCAGTGGAGGTGGTCGCCTTCGCCAGTGGTGTTCCTTATCTATATCACATCATTTCACTACTACACAGGATATTCCACCATCCTCTAGACGTACTCTAGCTTACCAGTTTACGGCTGCAGTTCCCAGGTTGAGGGCGGGGCTTTCACATCCAAATTAACAAACCACCTGCGCTCGCTTTACGCGCCAGTAATTCCGATTAACGCTCGCTCCCTATGTATGGCCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTAGTGTGTCGGTAAAGTCAAAACAGCTAGGTATTACCTTACTTTCCTTCCTCCCAACTGAAATTGATTACCAATCCGAAGTCCTTATTCACGCACGCAGGCATGGCTGGATCAGGCTCCCACTCATTGATCAATCTTCCCCACTGCTGCCTCCGGTATGAGTCTGGTCTCTGTGTCAGCTTCAGTGTGGTTGATCTTCCTCTCAGACCAGGTATGGATCGTTGCGTGGGTGAGCCCTTCCCCCACCAACTAGTTAATTCGGCGCAGACTCATCTGAAAGCGCAAGGCCGGTAGGTCTCTTGTTTTCTGCCGTAGTACGTATTAGGTATTAGCGTTCCCTTGGAATTCGCCGTCCCCCACGACCAGTCAGACTCATAGTCATTACTCATCCCGTCGCTCGTCAACGAGAGCAGCTCCGTCCCT

Lampiran 4. Kemiripan isolat C1N-5 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA

Description Max score

Total score

Query cover

E value

Ident Accession

Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2230 2230 98% 0.0 97% FJ357836.1

Uncultured bacterium clone ncd460h07c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2224 2224 98% 0.0 97% HM326435.1

Uncultured bacterium clone ncd459g01c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2224 2224 98% 0.0 97% HM315275.1

Pantoea agglomerans isolate PSB26 16S ribosomal RNA

2218 2218 98% 0.0 97% HQ242739.1


commit to user

48

gene, partial sequencePantoea sp. 3DT5 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2218 2218 98% 0.0 97% HQ849996.1

Lampiran 5. Kemiripan isolat C1N-1 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA


Total score

Query cover

E value

Ident Accession

Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2230 2230 98% 0.0 97% FJ357836.1

Uncultured bacterium clone ncd460h07c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2224 2224 98% 0.0 97% HM326435.1

Uncultured bacterium clone ncd459g01c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2224 2224 98% 0.0 97% HM315275.1

Pantoea agglomerans isolate PSB26 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2218 2218 98% 0.0 97% HQ242739.1

Pantoea sp. 3DT5 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

2218 2218 98% 0.0 97% HQ849996.1

Lampiran 6. Kemiripan isolat P2N-8 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA


Total score

Query cover

E value

Ident Accession

Pseudomonas sp. FK357 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

846 846 86% 0.0 81% KF011496.1

Pseudomonas putida strain ZR066 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

793 793 86% 0.0 80% JX173551.1

Uncultured bacterium clone nbt181a01 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

725 725 86% 0.0 79% FJ894582.1

Uncultured bacterium clone nbt231g08 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

725 725 86% 0.0 79% EU538563.1

Uncultured bacterium clone nbt181a01 16S ribosomal RNA gene, partial sequence

725 725 86% 0.0 79% EU534712.1


commit to user

49

Lampiran 7. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp. SB547

Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|FJ357836.1|Length: 1478Number of Matches: 1Range 1: 59 to 1367GenBankGraphics Next Match Previous Match

Score Expect Identities Gaps Strand

2230 bits(1207) 0.0 1279/1313(97%) 7/1313(0%) Plus/PlusQuery 4 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 59 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 118

Query 64 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 119 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 178

Query 124 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 179 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 238

Query 184 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 239 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 298

Query 244 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 299 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 358

Query 304 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 359 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 418

Query 364 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 419 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 478

Query 424 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 479 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 538

Query 484 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 539 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 598

Query 544 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 599 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 658

Query 604 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 659 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 718

Query 664 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 719 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 778

Query 724 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 779 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 838

Query 784 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 839 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 898

Query 844 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||


commit to user

50

Sbjct 899 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 958

Query 904 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACC 963 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 959 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTTGGCAGAGATGCCTTAGTGCCTTCGGGAACC 1018

Query 964 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 1019 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1078

Query 1024 GCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1083 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||Sbjct 1079 GCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTCATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1138

Query 1084 CTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAgggggggATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAG 1143 ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||Sbjct 1139 CTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG 1198

Query 1144 TAGGGCTAC-CACCGTGCTACAATG-CGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAA 1201 ||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||Sbjct 1199 TAGGGCTACACAC-GTGCTACAATGGCG-CATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAA 1256

Query 1202 CCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAAT 1261 |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| || | |Sbjct 1257 GCGGACCTCACAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGT 1316

Query 1262 CCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAA-TTCCCGG 1313 | |||||| || || || | |||||| |||||||||| ||| | |||||||Sbjct 1317 C-GGAATCGCT-AGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGG 1367

Lampiran 8. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-1 bakteri INA dengan Pantoea sp. SB547

Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|FJ357836.1|Length: 1478Number of Matches: 1Range 1: 59 to 1367GenBankGraphics Next Match Previous Match


2230 bits(1207) 0.0 1279/1313(97%) 7/1313(0%) Plus/PlusQuery 4 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 59 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 118

Query 64 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 119 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 178

Query 124 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 179 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 238

Query 184 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 239 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 298

Query 244 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 299 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 358

Query 304 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 359 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 418

Query 364 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 419 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 478


commit to user

51

Query 424 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 479 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 538

Query 484 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 539 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 598

Query 544 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 599 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 658

Query 604 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 659 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 718

Query 664 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 719 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 778

Query 724 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 779 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 838

Query 784 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 839 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 898

Query 844 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 899 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 958

Query 904 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACC 963 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 959 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTTGGCAGAGATGCCTTAGTGCCTTCGGGAACC 1018

Query 964 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 1019 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1078

Query 1024 GCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1083 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||Sbjct 1079 GCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTCATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1138

Query 1084 CTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAgggggggATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAG 1143 ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||Sbjct 1139 CTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG 1198

Query 1144 TAGGGCTAC-CACCGTGCTACAATG-CGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAA 1201 ||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||Sbjct 1199 TAGGGCTACACAC-GTGCTACAATGGCG-CATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAA 1256

Query 1202 CCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAAT 1261 |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| || | |Sbjct 1257 GCGGACCTCACAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGT 1316

Query 1262 CCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAA-TTCCCGG 1313 | |||||| || || || | |||||| |||||||||| ||| | |||||||Sbjct 1317 C-GGAATCGCT-AGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGG 1367

Lampiran 9. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat P2N-8 bakteri INA dengan Pseudomonas sp. FK357

Pseudomonas sp. FK357 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|KF011496.1|Length: 1431Number of Matches: 1Range 1: 26 to 1130GenBankGraphics Next Match Previous Match


commit to user

52

Score Expect Identities Gaps Strand846 bits(458) 0.0 905/1113(81%) 62/1113(5%) Plus/Minus

Query 140 AGGG-CATG-TGA-GTGAC-TC-TCCCC-CCTTCCT--GGATTCTC-CCGGTA-TCT-CT 188 |||| |||| ||| |||| || ||||| ||||||| || || || |||| | ||| ||Sbjct 1130 AGGGCCATGATGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCT 1071

Query 189 TAGAG-GCCCA-CATAA-GTGCT-GTAA-TAA-GA-GA-GGCT-CTCTCG-TGCTGTA-T 237 ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || | || | | |||| | | | | |Sbjct 1070 TAGAGTGCCCACCATAACGTGCTGGTAACTAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACGGGACT 1011

Query 238 T-ACACTACAT-TCACGA-ACGAGC-GACG-CAGCCA-GCAGCATCT-AGT-ATAGTT-G 288 | || | |||| |||||| |||||| |||| |||||| |||||| || || | |||| Sbjct 1010 TAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTGTCAGAGTTCC 951

Query 289 AGAA-GCACCAAT-CTTCTCT-GAAAGTGCTCTG-ACGAC-AGGCCTGGT-ATGTTC-TC 341 ||| |||||||| | ||||| |||||| ||||| | | | ||||||||| | |||| ||Sbjct 950 CGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCTCTGCATGTCAAGGCCTGGTAAGGTTCTTC 891

Query 342 GCGTTG-ATAGAA-TACA-CATCTGCTCCACTG-TGGTGC-GGCCGCCGTCAAT-CATGT 395 |||||| | ||| || | || |||||||| | | |||| |||| |||||||| ||| |Sbjct 890 GCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCATTT 831

Query 396 -AG-TTT-ACGCTGCGGTC-TCCTCACGAGGCG-TCAACTTGATGAGCT-GCTGCGCCAC 449 || ||| || ||||| | | ||| | ||||| ||||||| ||| | | ||||||||||Sbjct 830 GAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCAACTTAATGCGTTAGCTGCGCCAC 771

Query 450 T-TCATATGAAGGATTCCAACGGCTAGTCGTCATCGTCTGCGGCGTGGACTAGCAGGGT- 507 | || | ||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||| |||||| Sbjct 770 TAAAATCTCAAGGATTCCAACGGCTAGTTGACATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTA 711

Query 508 TCTAATCTTGTCTGCTCCCCATGC-GCAGCAGATCAGTGTCAGTATCAGTGGAGGTGGTC 566 ||||||| ||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||Sbjct 710 TCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGTGTCAGTATCAGTCCAGGTGGTC 651

Query 567 GCCTTCGCCAGTGGTGTTCCTTATCTATATC-ACATCATTTCACTACTACACAGGATATT 625 |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| |||Sbjct 650 GCCTTCGCCACTGGTGTTCCTT-CCTATATCTAC-GCATTTCACCGCTACACAGGAAATT 593

Query 626 CCACCATCCTCTAGACGTACTCTAGCTTACCAGTTTACGGCTGCAGTTCCCAGGTTGAGG 685 |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 592 CCACCACCCTCTA-CCGTACTCTAGCTTGCCAGTTT-TGGATGCAGTTCCCAGGTTGAGC 535

Query 686 GCGGGGCTTTCACATCCAAATTAACAAACCACCTGCGCTCGCTTTACGCGCCAGTAATTC 745 |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||Sbjct 534 CCGGGGCTTTCACATCCAACTTAACAAACCACCTACGCGCGCTTTACGC-CCAGTAATTC 476

Query 746 CGATTAACGCTCGCTCCCTATGTATGGCCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTT 805 ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 475 CGATTAACGCTTGCACCCTCTGTATTACCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTT 416

Query 806 AGTGTGTCGGTAAAGTCAAAACAGCTAGGTATTACCTTACTTTCCTTCCTCCCAACTGAA 865 | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||Sbjct 415 ATTCTGTCGGTAACGTCAAAACAGCAAGGTATTAACTTACTGCCCTTCCTCCCAACTTAA 356

Query 866 ATTGATTACCAATCCGAAGTCCTTATTCACGCACGCAGGCATGGCTGGATCAGGCTCCCA 925 | || || |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 355 AGTGCTTTACAATCCGAAGACCTTCTTCACACACGC-GGCATGGCTGGATCAGGCTTTCG 297

Query 926 CTCATTGATCAATCTTCCCCACTGCTGCCTCCGGTATGAGTCTGGTCTCTGTGTCAGCTT 985 | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| |||| | Sbjct 296 CCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTC 237

Query 986 CAGTGTGGTTGATCTTCCTCTCAGACCAGGTATGGATCGTTGCGTGGGTGAGCCCTTCCC 1045 ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||| || | |||||||| || ||Sbjct 236 CAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACC 177

Query 1046 CCACCAACTAGTTAATTCGGCGCAGACTCATCTGAAAGCGCAAGGCCGGTAGGTCTCTTG 1105 ||||||||||| |||| || | || ||||||||| ||||||||||| | ||||| | ||Sbjct 176 CCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAGGCCCGAAGGTCCCCTG 117


commit to user

53

Query 1106 TTTTCTGCCGTAGTACGTATTAGGTATTAGCGTTCCCTTGGAATTCGCCGTCCCCCACGA 1165 ||||| |||||| |||||| |||||||||||||| || ||| || ||||||||| |Sbjct 116 CTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTTCCTTTCGAAA-CGTTGTCCCCCACTA 58

Query 1166 CCAGTCAGACTCATAGTCATTACTCATCCCGTC 1198 |||| |||| || ||| ||||||||| ||||||Sbjct 57 CCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCA-CCCGTC 26

Lampiran 10. Susunan basa nukleotida gen ina isolat C1N-5

CCCTGACAGTACGCAGATAACAGGCAACAGAAGTATGCTGATTGCCGGTAAAGGCAGCTCTCAGACAGGGGTATCGCAGTACCTTAATCTCAGGAATGTGCAGCGTACAGATGGCAGGAGAGCGCAGCAAACTCAGCTGGCGCTGACAGTAATCAGACTGCGGGTGACAGAAGCAAGCTTCTGGCGGGGAATAACAGCTTTCTCCGCAGGTGACCGTAGCAAACTTACGGCAGGCAACAACTGCATACTTATGGCGGGCGACGGCAGCAAATACAGCCGGAACCAACAGCACCCTTACTGCAGGATGCAACAGTAAACTTATCGGGAGCAACGGCTCAACACTGACTGCAGGTGAAAACTCCACGCTGGTTTTCCGATGC

Lampiran 11. Susunan basa nukleotida gen ina isolat C1N-1

CCCTGACAGTACGCAGATAACAGGCAACAGAAGTATGCTGATTGCCGGTAAAGGCAGCTCTCAGACAGGGGTATCGCAGTACCTTAATCTCAGGAATGTGCAGCGTACAGATGGCAGGAGAGCGCAGCAAACTCATCGCTGGCGCTGACAGTAATCAGACTGCGGGTGACAGAAGCAAGCTTCTGGCGGGGAATAACAGCTTTCTCACCGCAGGTGACCGTAGCAAACTTACGGCAGGCAACAACTGCATACTTATGGCGGGCGACGGCAGCAAACTTACAGCCGGAACCAACAGCACCCTTACTGCAGGATGCAACAGTAAACTTATCGGGAGCAACGGCTCAACACTGACTGCAGGTGAAAACTCCACGCTGGTTTTCCGATGC

Lampiran 12. Similaritas sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5 dengan genPantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds


Total score

Query cover

E value

Ident Accession

Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds

549 549 91% 9e-153 94% KC311282.1

Lampiran 13. Similaritas sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1 dengan genPantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds


Total score

Query cover

E value

Ident Accession

Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds

549 549 91% 9e-153 94% KC311282.1


commit to user

54

Lampiran 14. Aligment sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp. SBPci

Pantoea sp. SBPci ice nucleation protein gene, partial cds Sequence ID: gb|KC311282.1|Length: 388Number of Matches: 1Range 1: 2 to 365GenBankGraphics Next Match Previous Match

Alignment statistics for match #1


549 bits(297) 9e-153 342/364(94%) 1/364(0%) Plus/Minus

Query 11 TTTC-CCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 69 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 365 TTTCACCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 306

Query 70 TCAGGGAACTGTTGGTACCGGCGGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 129 | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 305 TAAGGGTGCTGTTGGTTCCGGCTGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 246

Query 130 TGTTGCCTGCCGTGAGTTTGCTTCGGTCACCTGCCGTGAGAAAGCTGTTATTTCCCGCCA 189 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||Sbjct 245 TGTTGCCTGCCGTAAGTTTGCTACGGTCACCTGCGGTGAGAAAGCTGTTATTCCCCGCCA 186

Query 190 GAAGCTTGCTTCGGTCGCCTGCGGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 249 |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 185 GAAGCTTGCTTCTGTCACCCGCAGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 126

Query 250 GCTCGCCGGCCATCTGTACGCTGCCCATTCCTGAGATTAGGGTACTGCGATACCCCGCCG 309 |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |Sbjct 125 GCTCTCCTGCCATCTGTACGCTGCACATTCCTGAGATTAAGGTACTGCGATACCCCGCTG 66

Query 310 TCTGCGAGCTGCCTTTACCAGCAATCAGCATGCTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 369 |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 65 TCTGAGAGCTGCCTTTACCGGCAATCAGCATACTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 6

Query 370 CAGG 373 ||||Sbjct 5 CAGG 2

Lampiran 15. Aligment sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1bakteri INA dengan Pantoea sp. SBPci

Pantoea sp. SBPci ice nucleation protein gene, partial cds Sequence ID: gb|KC311282.1|Length: 388Number of Matches: 1Range 1: 2 to 365GenBankGraphics Next Match Previous Match

Alignment statistics for match #1


549 bits(297) 9e-153 342/364(94%) 1/364(0%) Plus/Minus

Query 11 TTTC-CCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 69 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 365 TTTCACCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 306

Query 70 TCAGGGAACTGTTGGTACCGGCGGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 129 | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 305 TAAGGGTGCTGTTGGTTCCGGCTGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 246


commit to user

55

Query 130 TGTTGCCTGCCGTGAGTTTGCTTCGGTCACCTGCCGTGAGAAAGCTGTTATTTCCCGCCA 189 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||Sbjct 245 TGTTGCCTGCCGTAAGTTTGCTACGGTCACCTGCGGTGAGAAAGCTGTTATTCCCCGCCA 186

Query 190 GAAGCTTGCTTCGGTCGCCTGCGGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 249 |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 185 GAAGCTTGCTTCTGTCACCCGCAGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 126

Query 250 GCTCGCCGGCCATCTGTACGCTGCCCATTCCTGAGATTAGGGTACTGCGATACCCCGCCG 309 |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |Sbjct 125 GCTCTCCTGCCATCTGTACGCTGCACATTCCTGAGATTAAGGTACTGCGATACCCCGCTG 66

Query 310 TCTGCGAGCTGCCTTTACCAGCAATCAGCATGCTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 369 |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 65 TCTGAGAGCTGCCTTTACCGGCAATCAGCATACTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 6

Query 370 CAGG 373 ||||Sbjct 5 CAGG 2

Lampiran 16. Karakteristik asam amino Pseudomonas syringae dan isolat C1N-5

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AQEGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGEDSSLTAGYGSTQTAQ 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| EGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGGDSSLTAGYGSTQTAQEG 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SNLTSGYGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSN 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| LTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGSDSSLTAGYGSTQTAQEGSNLT 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGYGSTSTAGVDSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAG 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAGYG 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| STGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAREGSTLTAGYGST 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| GTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAQQGSVLTSGYGSTQT 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGAASNLTTGYGSTGTAGHESFIIAGYGSTQTAGHKSILTAGYGSTQTAR 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| DGSDLIAGYGSTGTAGSGSSLIAGYGSTQTASYRSMLTAGYGSTQTAREH 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SDLVTGYGSTSTAGSNSSLIAGYGSTQTAGFKSILTAGYGSTQTAQERSD 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------


commit to user

56

gi|671773089|gb|KFF84191.1| LVAGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYGSTLTTGYGSTQTAQENSSLT 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| TGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQERSDLVTG 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTSTAGYASSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQENSSLTTGYG 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|671773089|gb|KFF84191.1| STSTAGFASSLIAGYGSTQTAGYKSTLTAGYGSTQTAEYGSSLTAGYGST 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| ATAGQDSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLIAGLRSVLIAGYGSSLT 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SGIRSTLTAGYGSNQIASYGSSLIAGHESIQVAGNKSMLIAGKGSSQTAG 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------PDSTQITGNRSMLIAGKGSSQTAG 24 :* *::**:**************

gi|671773089|gb|KFF84191.1| FRSTLIAGAGSVQLAGDRSRLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSYLTAGDR 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| YRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSFLTAGDR 74 :*****:* ***:**:**:***********************:******

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SKLTGGHDCTLMAGDQSRLTAGKNSILTAGARSKLIGSEGSTLSAGEDST 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| SKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIGSNGSTLTAGENST 124 ****.*::* ***** *:****.** ****..******:****:***:**

gi|671773089|gb|KFF84191.1|LIFRLWDGKRYRQLVARTGENGVEADIPYYVNEEDDIVDKPDEDDDWIEV 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|LVFRC--------------------------------------------- 129 *:**

gi|671773089|gb|KFF84191.1| E 1001gi|442569538|gb|AGC59657.1| -

Lampiran 17. Karakteristik asam amino Pseudomonas syringae dengan isolatC1N-1

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AQEGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGEDSSLTAGYGSTQTAQ 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| EGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGGDSSLTAGYGSTQTAQEG 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SNLTSGYGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSN 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| LTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGSDSSLTAGYGSTQTAQEGSNLT 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGYGSTSTAGVDSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAG 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAGYG 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------


commit to user

57

gi|671773089|gb|KFF84191.1| STGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAREGSTLTAGYGST 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| GTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAQQGSVLTSGYGSTQT 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGAASNLTTGYGSTGTAGHESFIIAGYGSTQTAGHKSILTAGYGSTQTAR 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| DGSDLIAGYGSTGTAGSGSSLIAGYGSTQTASYRSMLTAGYGSTQTAREH 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SDLVTGYGSTSTAGSNSSLIAGYGSTQTAGFKSILTAGYGSTQTAQERSD 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| LVAGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYGSTLTTGYGSTQTAQENSSLT 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| TGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQERSDLVTG 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTSTAGYASSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQENSSLTTGYG 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| STSTAGFASSLIAGYGSTQTAGYKSTLTAGYGSTQTAEYGSSLTAGYGST 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| ATAGQDSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLIAGLRSVLIAGYGSSLT 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SGIRSTLTAGYGSNQIASYGSSLIAGHESIQVAGNKSMLIAGKGSSQTAG 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------PDSTQITGNRSMLIAGKGSSQTAG 24 :* *::**:**************

gi|671773089|gb|KFF84191.1| FRSTLIAGAGSVQLAGDRSRLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSYLTAGDR 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| YRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSFLTAGDR 74 :*****:* ***:**:**:***********************:******

gi|671773089|gb|KFF84191.1| SKLTGGHDCTLMAGDQSRLTAGKNSILTAGARSKLIGSEGSTLSAGEDST 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| SKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIGSNGSTLTAGENST 124 ****.*::* ***** *:****.** ****..******:****:***:**

gi|671773089|gb|KFF84191.1|LIFRLWDGKRYRQLVARTGENGVEADIPYYVNEEDDIVDKPDEDDDWIEV 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|LVFRC--------------------------------------------- 129 *:**

gi|671773089|gb|KFF84191.1| E 1001gi|442569538|gb|AGC59657.1| -

Lampiran 18. Karakteristik asam amino Pantoea ananatis dan isolat C1N-5

gi|14587074|gb|AAK70465.1| MKEDKVLILRTCANNMADHGGIIWPLSGIVECKYWKPVKGFENGLTGLIW 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|14587074|gb|AAK70465.1| GKGSDSPLSLHADARWVVAEVDADECIAIETHGWIKFPRAEVLHVGTKTS 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------


commit to user

58

gi|14587074|gb|AAK70465.1| AMQFILHHRADYVASTEMQAGPGAPDVTSEVKAGNRSLPVTDDIDATIES 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQPTQTIEIATYGSTLSGTHQSQLIAGYGSTETAGDSSTLIAGYGSTG 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGSDSTLVAGYGSTQTAGEESSQMAGYGSTQTGMKGSDLTAGYGSTGTA 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GADSSLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGA 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| DSSLIAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDS 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| SLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGADSSL 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| IAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDSSLIA 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTSTAGYESSLISGY 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAGYGSTLTAGYGSTQTAQNESDLITGYGSTSTAGANSSLIAGYGS 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTASYNSVLTAGYGSTQTAREGSDLTAGYGSTGTAGSDSSIIAGYGSTQ 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TASYHSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTA 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYNSILTAGYGSTQTAQEGSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTASY 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| HSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYNS 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| ILTAGYGSTQTAQERSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYHSIL 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGYGSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGSDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTA 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYDSSLIAGYGSTQTAGYHSILTAGY 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGPDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTAGYGS 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYESSLIAGYGSTQTASFKSTLMAGYGSSQ 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------


commit to user

59

gi|14587074|gb|AAK70465.1| AAREQSSLTAGYGSTSMAGYDSSLIAGYGSTQTAGYQSTLTAGYGSTQTA 1050gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| EHSSTLTAGYGSTATAGADSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLISGL 1100gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| RSVLTAGYGSSLISGRRSSLTAGYGSNQIASHRSSLIAGPESTQITGNRS 1150gi|442569538|gb|AGC59657.1|---------------------------------------PDSTQITGNRS 11 *:*********

gi|14587074|gb|AAK70465.1| MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGADSVQMAGERGKLIAGADSTQTAGDRSKL 1200gi|442569538|gb|AGC59657.1|MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKL 61 ********************* ********.********.*********

gi|14587074|gb|AAK70465.1| LAGNNSYLTAGDRSKLTAGNDCILMAGDRSKLTAGINSILTAGCRSKLIG 1250gi|442569538|gb|AGC59657.1|LAGNNSFLTAGDRSKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIG 111 ******:*************:******* ****** ** *****.*****

gi|14587074|gb|AAK70465.1| SNGSTLTAGENSVLIFRCWDGKRYTNVVAKTGKGGIEADMPYQMDEDNNI 1300gi|442569538|gb|AGC59657.1|SNGSTLTAGENSTLVFRC-------------------------------- 129 ************.*:***

gi|14587074|gb|AAK70465.1| VNKPEE 1306gi|442569538|gb|AGC59657.1|------

Lampiran 19. Karakteristik asam amino Pantoea ananatis dan isolat C1N-1

gi|14587074|gb|AAK70465.1| MKEDKVLILRTCANNMADHGGIIWPLSGIVECKYWKPVKGFENGLTGLIW 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GKGSDSPLSLHADARWVVAEVDADECIAIETHGWIKFPRAEVLHVGTKTS 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| AMQFILHHRADYVASTEMQAGPGAPDVTSEVKAGNRSLPVTDDIDATIES 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQPTQTIEIATYGSTLSGTHQSQLIAGYGSTETAGDSSTLIAGYGSTG 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGSDSTLVAGYGSTQTAGEESSQMAGYGSTQTGMKGSDLTAGYGSTGTA 250gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GADSSLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGA 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| DSSLIAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDS 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| SLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGADSSL 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| IAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDSSLIA 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTSTAGYESSLISGY 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------


commit to user

60

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAGYGSTLTAGYGSTQTAQNESDLITGYGSTSTAGANSSLIAGYGS 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTASYNSVLTAGYGSTQTAREGSDLTAGYGSTGTAGSDSSIIAGYGSTQ 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TASYHSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTA 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYNSILTAGYGSTQTAQEGSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTASY 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| HSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYNS 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| ILTAGYGSTQTAQERSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYHSIL 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGYGSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGSDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTA 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYDSSLIAGYGSTQTAGYHSILTAGY 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGPDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTAGYGS 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYESSLIAGYGSTQTASFKSTLMAGYGSSQ 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| AAREQSSLTAGYGSTSMAGYDSSLIAGYGSTQTAGYQSTLTAGYGSTQTA 1050gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| EHSSTLTAGYGSTATAGADSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLISGL 1100gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------

gi|14587074|gb|AAK70465.1| RSVLTAGYGSSLISGRRSSLTAGYGSNQIASHRSSLIAGPESTQITGNRS 1150gi|442569538|gb|AGC59657.1|---------------------------------------PDSTQITGNRS 11 *:*********

gi|14587074|gb|AAK70465.1| MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGADSVQMAGERGKLIAGADSTQTAGDRSKL 1200gi|442569538|gb|AGC59657.1|MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKL 61 ********************* ********.********.*********

gi|14587074|gb|AAK70465.1| LAGNNSYLTAGDRSKLTAGNDCILMAGDRSKLTAGINSILTAGCRSKLIG 1250gi|442569538|gb|AGC59657.1|LAGNNSFLTAGDRSKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIG 111 ******:*************:******* ****** ** *****.*****

gi|14587074|gb|AAK70465.1| SNGSTLTAGENSVLIFRCWDGKRYTNVVAKTGKGGIEADMPYQMDEDNNI 1300gi|442569538|gb|AGC59657.1|SNGSTLTAGENSTLVFRC-------------------------------- 129 ************.*:*** gi|14587074|gb|AAK70465.1| VNKPEE 1306gi|442569538|gb|AGC59657.1|------


commit to user

perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac fileii isolasi, identifikasi dan deteksi gen ina bakteri ice...

Documents