i
ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE
NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN
JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO
SEWU GUNUNG LAWU
TESIS
Disususun untuk memenuhi sebagian persyaratan
Guna memperoleh gelar Magister Sain
Program Studi Biosain
Oleh :
Arti Wahyu Utami
S901302004
PROGRAM PASCASARJANA
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2014
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
ii
ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE
NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN BERDAUN JARUM DI
JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU
TESIS
Oleh
ARTI WAHYU UTAMI
NIM S901302004
Telah disetujui oleh tim penguji
Telah dipertahankan di depan tim penguji
Dinyatakan telah memenuhi syarat
Pada tanggal ……………………
Jabatan Nama Tanda Tangan Tanggal
Ketua Dr. Ratna Setyaningsih M.Si
NIP. 1966071419999032001
………………. ………….2014
Sekretaris Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si
NIP. 196704301992031002
………………. ………….2014
Anggota
Penguji
Prof. Drs. Sutarno, M.Sc, Ph.D
NIP. 196008091986121001
………………. ………….2014
Dr. Ari Susilowati, M.Si
NIP. 196904281997022006
………………. ………….2014
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
iii
NIP.196704301992031002
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
iv
PERNYATAAN ORISINALITAS DAN PUBLIKASI TESIS
Saya menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa:
1. Tesis yang berjudul : “ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN
INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN
BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU
GUNUNG LAWU “ adalah karya penelitian saya sendiri dan tidak
terdapat karya ilmiah yang pernah diajukan oleh orang lain untuk
memperoleh gelar akademik serta tidak terdapat karya atau pendapat yang
pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis
dikutip dalam naskah ini dan disebutkan dalam sumber kutipan dan daftar
pustaka. Apabila ternyata di dalam naskah tesis ini dapat dibuktikan
terdapat unsur-unsur jiplakan, maka saya bersedia tesis beserta gelar
MAGISTER serta diproses sesuai dengan peraturan perundang-undangan
yang berlaku (UU No.20 Tahun 2003, pasal 25 ayat 2 dan pasal 70).
2. Tesis ini merupakan hak milik Prodi Biosain PPs-UNS. Publikasi sebagian
atau keseluruhan isi tesis pada jurnal atau forum ilmiah lain harus seijin
KETUA prodi Biosain PPs-UNS dan minimal satu kali publikasi
menyertakan tim pembimbing sebagai author. Apabila dalam waktu
sekurang-kurangnya satu semester (6 bulan sejak pengesahan tesis) saya
tidak melakukan publikasi dari sebagian atau keseluruhan tesis ini, maka
Prodi Biosain berhak memplubikasikannya pada jurnal ilmiah yang
diterbitkan oleh Prodi Biosain PPs- UNS. Apabila saya melakukan
pelanggaran publikasi ini, maka saya bersedia mendapatkan sanksi
akademik yang berlaku.
Surakarta, Oktober 2014
Mahasiswa
Arti Wahyu Utami
S901302004
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
v
Arti Wahyu Utami. NIM S901302004. 2014. ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADATUMBUHAN BERDAUN JARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG LAWU. Komisi Pembimbing I Prof. Drs. Sutarno M.Si., Ph.D. Pembimbing II Dr. Ari Susilowati M.Si. Tesis: Program Studi Biosain, Program Pascasarjana Universitas Sebelas Maret Surakarta.
ABSTRAKBakteri Ice Nucleation Active (INA) adalah bakteri yang menyebabkan
luka beku (frost injury) pada tanaman. Adanya protein aktif pembentuk inti es (ice nucleation protein = INP) yang terdapat pada membran luar sel menyebabkan bakteri INA mampu menginisiasi pembentukan inti es pada suhu di atas -10ºC. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, menentukan spesies, mengetahui hubungan kekerabatan bakteri INA, dan mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.
Isolasi bakteri INA dilakukan dengan metode spread plate pada media Nutrient Agar (NA) + 2,5% gliserol dan media Kings’s B. Aktivitas nuclease ice ditentukan dengan metode tube freezing. Amplifikasi gen 16S rRNA dilakukan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer 63f dan 1387r. Hubungan kekerabatan bakteri INA dianalisis menggunakan software MEGA 5.3.Primer yang digunakan untuk deteksi gen ina adalah primer untuk gen inaZ dari Pseudomonas syringae; gen inaA dari Erwinia ananas; gen inaW dari Pseudomonas fluorescens; gen inaX dari Xanthomonas campestris, dan primer 3076f;3463r. Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui kesamaan dan karakter dengan gen pengkristal es dari bakteri lain yang ada di Genbank NCBI.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 bakteri INA berhasil diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum. Identifikasi berdasarkan gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547, isolat C1N-1 memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp SB547 dan isolat P2N-8 memiliki kemiripan 81% dengan Pseudomonas sp. Berdasarkan pohon filogenetikmenunjukkan isolat C1N-5 dan C1N-1 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. ananatis, isolat P2N-8 mempunyai hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. syringae. Berdasarkan analisisBLAST gen ina isolat C1N-5 dan isolat C1N-1 yang terdeteksi memiliki kemiripan 94% dengan gen penyandi protein ice nucleation Pantoea sp.SBPci
Kata kunci: Bakteri Ice Nucleation Active (INA), isolasi, identifikasi, gen ina, hubungan kekerabatan, tumbuhan berdaun jarum.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
vi
Arti Wahyu Utami. NIM S901302004. 2014. ISOLATION, IDENTIFICATION AND DETECTION OF INA GENE OF ICE NUCLEATION ACTIVE (INA) BACTERIA ON CONIFERS IN HIKING ROUTE OF CEMORO SEWU MOUNT LAWU. The first supervisor Prof. Drs. Sutarno M.Si., Ph.D. The second supervisor Dr. Ari Susilowati M.Si.Thesis. Program Study of Bioscience, Postgraduate Program. Sebelas Maret University of Surakarta.
ABSTRACT
Ice Nucleation Active (INA) are bacteria cause frost injury in plant. The presence of ice nucleation protein (INP) in outer cellular membrane enables the INA bacterium to initiate the ice nucleation formation at above -10oC. This research aimed to isolate, to determine species, to find out the genetic relationship of INA bacteria, and to find out the character of protein encoding ice nucleation gene of INA bacteria isolated inhiking route of Cemoro Sewu Mount Lawu.
The isolation of INA bacteria were conducted using spread plate method in Nutrient Agar (NA) + 2.5% glycerol media, and Kings’ B media. The nucleation ice activity is determined by tube freezing method. The amplification of 16S rRNA gene was carried out using Polymerase Chain Reaction(PCR) of 63f and 1387r. Phylogenetic tree of INA bacteria wasconstructed using Mega 5.3. The primers to detect ina gene were the one for inaZ gene of Pseudomonas syringae; inaA gene of Erwinia ananas; inaW gene of Pseudomonas fluroscencs; inaX gene of Xanthomonas campestris, and 3076f;3463r primer. Subsequently, the amplified gene was sequenced and analyzed in bioinformatic to find out the similarity and character of ice nucleation gene from other bacteria existing in Genbank NCBI.
The result showed that 3 of INA bacteria were successfully isolated from conifers. The identification based on 16S rRNA, C1N-5 isolate had 97% similarity to Pantoea sp SB547, C1N-1 isolate had 81% similarity to Pseudomonas sp. The genetic relationship showed that isolate C1N-5 and C1N-1 had closed relationship with INA bacteria of the species P. ananatis and isolate P2N-8 had relationship with INA bacteria of the species P. syringae. Considering the BLAST analysis, ina gene of C1N-5 and CIN-1 isolates were detected as having 94% similarity to ice nucleation protein encoding gene of Pantoea sp. SBPci.
Keywords: Ice Nucleation Active (INA) bacteria, isolation, identification, inagene, genetic relationship, conifers.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
vii
MOTTO
“Jangan menunggu waktu yang tepat untuk melakukan sesuatu,
karena waktu tidak akan pernah tepat bagi mereka yang
menunggu”
(Penulis)
“Berhenti bertanya bagaimana cara mendapatkan apa yang
diinginkan, karena jawaban yang tepat hanyalah berusaha”
(Penulis)
“ Niscaya Allah mengangkat derajad orang- orang yang beriman
diantaramu dan orang- orang yang diberi ilmu pengetahuan beberapa
derajat “
(QS. Al Mujadalah :11)
“Sebaik- baik manusia diantaramu adalah yang paling banyak
manfaat bagi orang lain “
(HR. Bukhari)
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
viii
PERSEMBAHAN
Karya ini kupersembahkan kepada:
Ibu, Bapak dan adekku tercinta terimakasih atas doa
dan pengorbanan yang telah diberikan.
Mas Rofa Nurochma terimaksih atas doa dan dukunganya.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
ix
KATA PENGANTAR
Segala puji bagi Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang, yang
memberi ilmu, inspirasi, dan kemuliaan. Atas kehendak-Nya penulis dapat
menyelesaikan tesis dengan judul ”ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI
GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN
BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG
LAWU”.Tesis ini disusun untuk memenuhi persyaratan dalam mendapatkan gelar
Magister Sain pada program Biosain Pascasarjana Universitas Sebelas Maret
Surakarta.
Bakteri INA merupakan bakteri yang menyebabkan luka beku (frost
injury) pada tanaman. Adanya protein aktif pembentuk inti es (ice nucleation
protein = INP) yang terdapat pada membran luar sel menyebabkan bakteri INA
mampu menginisiasi pembentukan inti es pada suhu di atas -10ºC. Penelitian
terakhir yang telah dilakukan membuktikan peranan bakteri INA dalam proses
biopresipitasi. Bakteri INA banyak ditemukan di negara subtropics, untuk
mengetahui keberadaan dan peranan bakteri INA di negara yang mempunyai
iklim tropis diperlukan adanya penelitian tentang bakteri INA.
Disadari bahwa dalam penulisan ini terdapat kekurangan dan keterbatasan
yang dimiliki penulis, walaupun telah berupaya dengan segala kemampuan untuk
lebih teliti, tetapi masih dirasakan banyak kelemahan dan kekurangan, oleh karena
itu penulis mengharapkan saran yang membangun agar tulisan ini lebih
bermanfaat.
Surakarta, Oktober 2014
Penulis
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
x
UCAPAN TERIMAKASIH
Segala puji bagi Allah Yang Maha Pengasih dan Penyayang, yang
memberi ilmu, inspirasi, dan kemuliaan. Atas kehendak-Nya penulis dapat
menyelesaikan tesis dengan judul ”ISOLASI, IDENTIFIKASI DAN DETEKSI
GEN INA BAKTERI ICE NUCLEATION ACTIVE PADA TUMBUHAN
BERDAUNJARUM DI JALUR PENDAKIAN CEMORO SEWU GUNUNG
LAWU”.Penulis menyadari bahwa terwujudnya tesis ini tidak terlepas dari
bantuan, bimbingan, dan pengarahan dari berbagai pihak, untuk itu penulis
menyampaikan terima kasih kepada yang terhormat:
1. Prof. Dr. Ir. Ahmad Yunus, M.S. selaku Direktur Program Pascasarjana
Universitas Sebelas Maret Surakarta, yang telah memberikan kesempatan
yang seluas- luasnya mengikuti pendidikan pascasarjana ini.
2. Prof. Dr. Sugiyarto, M.Si selaku Ketua Program Studi BIOSAIN yang telah
memotivasi dan membimbing dalam menyelesaikan program pembelajaran.
3. Prof. Drs. Sutarno, M.Sc, Ph.D, selaku pembimbing pertama yang selalu
memberikan motivasi dan bimbingan dalam menyelesaikan penelitian.
4. Dr. Ari Susilowati, M.Si selaku pembimbing kedua dan pembimbing
akademik yang telah memberikan dorongan, bantuan dan bimbingan serta
dukungan sehingga tesis ini dapat terselesaikan.
5. Staff dan teknisi UPT sub Laboratorium Biologi MIPA dan Laboratorium
Biologi Fakultas MIPA Universitas Sebelas Maret Surakarta yang telah
berkenan mengijinkan dan membantu penulis dalam melakukan penelitian.
6. Teman- teman Biosain angkatan 2013 terutama mas Ria dan Mas Nikman
yang telah memberi bantuan dukungan dan kerjasamanya.
7. Semua pihak yang tidak bisa penulis sebutkan satu persatu yang telah
membantu dalam penyusunan tesis ini.
Semoga aaml baik beliau- beliau mendapatkan balasan pahala, rahmat dan
hidayah dari Allah SWT
Surakarta, Oktober 2014
Penulis
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xi
DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ....................................................................................... i
HALAMAN PERSETUJUAN......................................................................... ii
HALAMAN PENGESAHAN ......................................................................... iii
PERNYATAAN ORISINALITAS TESIS ...................................................... iv
ABSTRAK....................................................................................................... v
ABSTRACT..................................................................................................... vi
MOTTO ........................................................................................................... vii
PERSEMBAHAN............................................................................................ viii
KATA PENGANTAR ..................................................................................... ix
UCAPAN TERIMAKASIH............................................................................. x
DAFTAR ISI.................................................................................................... xiv
DAFTAR TABEL............................................................................................ xv
DAFTAR GAMBAR ....................................................................................... xiii
DAFTAR LAMPIRAN.................................................................................... xvi
BAB I. PENDAHULUAN ............................................................................. 1
A. Latar Belakang Masalah....................................................................... 1
B. Perumusan Masalah ............................................................................. 3
C. Tujuan Penelitian ................................................................................. 3
D. Manfaat Penelitian ............................................................................... 4
BAB II. LANDASAN TEORI ........................................................................ 5
A. TINJAUAN PUSTAKA ..................................................................... 5
1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA).............................................. 5
2. Habitat Bakteri INA....................................................................... 6
3. Distribusi Bakteri INA........................... ....................................... 7
4. Peran Bakteri INA dalam Biopresipitasi…………… .................. 8
5. Gen penyandi Ice Nucleation Active (INP) pada Bakteri INA ...... 9
6. Gen penyandi 16S rRNA ............................................................... 11
7. Tumbuhan Berdaun Jarum di Gunung Lawu................................. .. 12
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xii
B. Kerangka Berpikir ............................................................................... 16
C. Hipotesis ............................................................................................. 17
BAB III. METODE PENELITIAN .............................................................. ... 18
A. Waktu dan Tempat Penelitian.............................................................. 18
B. Alat dan Bahan..................................................................................... 18
1. Alat ................................................................................................ 18
2. Bahan ............................................................................................. 18
C. Rancangan Penelitian .......................................................................... 19
1. Pengambilan Sampel Tumbuhan ................................................... 19
2. Identifikasi Tumbuhan Berdaun Jarum.......................................... 19
3. Sterilisasi Alat dan Bahan.............................................................. 19
4. Pembuatan Media NAG, King’s B, Media miring ........................ 19
5. Isolasi Bakteri INA……… ............................................................ 20
6. Koleksi Kultur Murni .............................................................. .. 20
7. Uji Aktivitas Es Bakteri INA......................................................... 20
8. Kemelimpahan Bakteri INA ......................................................... 21
9. Amplifikasi Gen 16S rRNA........................................................... 21
10. Deteksi Gen ina menggunakan PCR.............................................. 22
D. Analisis Data ............................ .......................................................... 23
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ........................................................ 23
A. Isolasi Bakteri Ice Nucleation Active dari Sampel
Tumbuhan Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu............ 24
B. Estimasi Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan
Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu...................................................................................... 26
C. Konsentrasi dan Nilai Rasio DNA Bakteri INA ................................. 27
D. Identitas Bakteri Ice Nucleation Active Pada Tumbuhan
Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu Berdasarkan Gen Penyandi 16S rRNA ....................... 28
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xiii
E. Gen ina Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun
Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu .................... 31
BAB V. PENUTUP ........................................................................................ 35
A. Kesimpulan .......................................................................................... 37
B. Saran .................................................................................................... 37
DAFTAR PUSTAKA ...................................................................................... 38
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xiv
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Jumlah isolat bakteri yang diperoleh hasil isolasi dari
daun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu ............ 24
Tabel 2. MPN Populasi Bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum
dijalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu ............................... 26
Tabel 3. Konsentrasi dan Rasio DNA bakteri INA pada tumbuhan
berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro
Sewu Gunung Lawu .......................................................................... 27
Tabel 4. Kemiripan bakteri INA berdasarkan gen penyandi
16S rRNA menggunakan program BLAST...................................... 29
Tabel 5. Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX,
inaZ dan primer 3076f ; 3463r........................................................... 31
Tabel 6. Kemiripan gen ina isolat C1N-5dan C1N-dengan gen ina
Pantoea sp.SBPci .............................................................................. 35
Tabel 7. Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1................................... 35
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Tumbuhan conifer di Gunung Lawu............................................. 14
Gambar 2. Bagan Kerangka Pemikiran........................................................... 16
Gambar 3. Aktivitas Bakteri INA hasil isolasi dari Pinus mercussi............... 25
Gambar 4. Aktivitas Bakteri INA hasil isolasi dari Cupressus sp.................. 25
Gambar 5. Profil amplikon gen penyandi16S rRNA dengan menggunakan
primer 63f dan 1387r..................................................................... 28
Gambar 6. Pohon filogenetik bakteri INA yang diisolasi
dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakianCemoro
Sewu Gunung Lawu ................................................................. 30
Gambar 7. Profil amplikon deteksi gen ina menggunakan primer inaA
dengan variasi suhu annealing...................................................... 32
Gambar 8. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f;
3463r ............................................................................................. 33
Gambar 9. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f;
3463r dengan variasi suhu annealing ........................................... 34
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Susunan basa nukleotida gen penyandi
16S rRNA isolat C1N-5 ............................................................. 46
Lampiran 2. Susunan basa nukleotida gen penyandi
16S rRNA isolat C1N-1 ............................................................. 46
Lampiran 3. Susunan basa nukleotida gen penyandi
16S rRNA isolat P2N-8 ............................................................. 47
Lampiran 4. Kemiripan isolat C1N-5 dengan bakteri INA berdasarkan
gen penyandi 16S rRNA ............................................................ 47
Lampiran 5. Kemiripan isolat C1N-1 dengan bakteri INA berdasarkan
gen penyandi 16S rRNA ............................................................ 48
Lampiran 6. Kemiripan isolat P2N-8 dengan bakteri INA berdasarkan
gen penyandi 16S rRNA ............................................................ 48
Lampiran 7. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA
isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp.SB547................ 49
Lampiran 8. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA
isolat C1N-1 bakteri INA dengan Pantoea sp.SB547................ 50
Lampiran 9. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA
isolat P2N-8 bakteri INA dengan Pseudomonas sp.FK357....... 51
Lampiran 10. Susunan basa nukleotida gen inaisolat C1N-5 ......................... 53
Lampiran 11. Susunan basa nukleotida geninaisolat C1N-1 .......................... 53
Lampiran 12. Similaritas sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5
dengan gen Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gen
partial cds ................................................................................. 53
Lampiran 13. Similaritas sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1
dengan gen Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gen
partial cds ................................................................................. 54
Lampiran 14. Aligment sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
xvii
bakteri INA dengan Pantoea sp.SBPci .................................... 54
Lampiran 15. Aligment sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1
bakteri INA dengan Pantoea sp.SBPci .................................... 54
Lampiran 16. Karakterisasi asam amino Pseudomonas syringae
dan isolat CIN-5 ....................................................................... 55
Lampiran 17. Karakterisasi asam amino Pseudomonas syringae
dan isolat CIN-1 ....................................................................... 56
Lampiran 18. Karakterisasi asam amino Pantoea ananatis
dan isolat CIN-5 ....................................................................... 57
Lampiran 19. Karakterisasi asam aminoPantoea ananatis
dan isolat CIN-1 ....................................................................... 59
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
1
BAB 1
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Bakteri adalah mikroorganisme prokariot bersel tunggal yang hanya dapat
dilihat morfologinya dengan bantuan mikroskop. Keragaman bakteri dilihat dari
berbagai sudut pandang seperti: morfologi, fisiologi, dan genetik. Tiap-tiap habitat
yang berbeda memberikan keragaman yang berbeda pula. Contoh habitat yang
sering dihuni oleh bakteri adalah daun. Bakteri filosfer ditemukan pada stomata,
di sepanjang tulang daun dan dinding sel epidermis (Beattie dan Lindow, 1999).
Bakteri ini hidup pada daun karena adanya senyawa organik seperti fruktosa,
sukrosa, asam organik, asam amino, dan vitamin yang dijadikan sebagai sumber
karbon, energi dan senyawa pemicu tumbuh. Bakteri filosfer dikelompokkan
sebagai bakteri endofit, epifit dan fitopatogen (Azevado et al., 2000).
Salah satu bakteri filosfer yang dapat ditemukan pada permukaan daun
adalah bakteri ice nucleation active (INA) (Lindow dan Brandl, 2003). Bakteri
INA merupakan kelompok bakteri yang memiliki kemampuan mengkatalis
pembentukan es pada suhu di atas -10°C. Bakteri INA telah dikenal sebagai faktor
utama frost injury pada tanaman (Lindow, 1983). Bakteri ini dapat menyebabkan
luka beku pada daun. Studi tentang bakteri-bakteri filosfer salah satu diantaranya
adalah bakteri INA yang meliputi lima spesies bakteri, yaitu Pseudomonas
syringae, Pseudomonas viridiflava, Pseudomonas fluorescens, Erwinia herbicola,
dan Xantomonas campestris pv translucens.
Ukuran mikroba yang sangat kecil dan penampakan mikroba yang mirip
menyulitkan pembedaan spesies secara mikroskopis. Selain itu, kurangnya variasi
morfologi pada mikroba menyebabkan kebergantungan terhadap kultivasi untuk
identifikasinya. Penggunaan urutan gen 16S rRNA merupakan salah satu cara
untuk mengenali keberadaan spesies mikroba dalam suatu komunitas tanpa
diperlukan kultivasi. Walaupun demikian, pembuatan kultur murni diperlukan
dalam karakterisasi mikroba seperti pemahaman fisiologi dan genetika mikroba
(Ward et al., 1998).
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
2
Bakteri INA berperan dalam biopresipitasi, bakteri berpindah ke awan
dari permukaan daun tanaman yang terbawa siklus angin dan menstimulasi
terjadinya hujan. Hujan menyediakan kondisi untuk pertumbuhan bakteri tersebut
(Stephanie dan Diana, 2011). Bakteri INA dapat dimanfaatkan untuk membuat
salju dan hujan buatan dengan cara penyemaian awan dengan bakteri INA sebagai
pengganti garam yang digunakan untuk membuat hujan buatan, serta dapat
digunakan dalam industri pengawetan makanan dengan pembekuan yang dinisiasi
oleh bakteri INA (Wahyudi, 1995).
Hasil penelitian Lindow et al., (1978) mengungkapkan bahwa bakteri INA
pada permukaan daun semakin berkurang dengan semakin tingginya suhu
lingkungan sehingga jarang dijumpai di dataran rendah, maka penelitian ini
dilakukan di daerah bersuhu rendah yaitu di jalur pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu. Gunung Lawu adalah pegunungan tropis yang mempunyai
temperatur udara yang rendah yaitu 20ºC pada ketinggian 2000 m dpl (Setyawan
dan Sugiyarto, 2001). Vegetasi hutan Gunung Lawu relatif mapan karena tidak
adanya aktifitas vulkanik dalam jangka panjang dan terdapat keanekaragaman
tumbuhan salah satunya adalah tumbuhan berdaun jarum atau conifer. Tiap
tanaman mempunyai daun yang berbeda, baik dari segi bentuk, ukuran, maupun
eksudat yang dikeluarkannya.
Perbedaan struktur daun menyebabkan bakteri yang hidup juga berbeda,
walaupun pada tanaman tertentu ditemukan populasi bakteri yang sama serta
masih dijumpai banyak lokasi yang memiliki ekosistem alami tanpa campur
tangan manusia atau gangguan alam seperti kebakaran sehingga memungkinkan
peluang untuk menemukan bakteri filosfer pembentuk kristal es.
Hampir semua literatur tentang bakteri INA berasal dari daerah subtropis,
di daerah tropis seperti Indonesia masih jarang dilakukan penelitian tentang
bakteri INA dan mengingat pentingnya peran bakteri INA pada proses
biopresipitasi dan beragamnya bakteri INA serta untuk mengetahui kedekatan
hubungan kekerabatan antara bakteri INA sehingga perlu dilakukan penelitian
tentang isolasi dan identifikasi bakteri INA dan deteksi gen ina dari tumbuhan
berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
3
B. Perumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas maka dapat dirumuskan permasalahan
sebagai berikut :
1. Adakah bakteri Ice Nucleation Active (INA) yang dapat diisolasi dari
tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu?
2. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) apa saja yang ditemukan pada
tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
berdasarkan gen penyandi 16S rRNA ?
3. Bagaimana hubungan kekerabatan antar bakteri Ice Nucleation Active
(INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu berdasarkan sekuen gen penyandi 16S rRNA?
4. Bagaimana karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri Ice
Nucleation Active (INA) pada daun jarum di jalur pendakian Cemoro
Sewu Gunug Lawu?
C. Tujuan Penelitian
Tujuan penelitian ini adalah:
1. Mengisolasi bakteri Ice Nucleation Active (INA) dari tumbuhan berdaun
jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.
2. Menentukan spesies bakteri Ice Nucleation Active (INA) dari tumbuhan
berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
berdasarkan gen penyandi 16S rRNA.
3. Mengetahui hubungan kekerabatan antar bakteri Ice Nucleation Active
(INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu berdasarkan sekuen gen penyandi 16S rRNA.
4. Mengetahui karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri Ice
Nucleation Active (INA) pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian
Cemoro Sewu Gunung Lawu.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
4
D. Manfaat Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah
mengenai keberadaan, identifikasi dan hubungan kekerabatan bakteri INA yang
didapat dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung
Lawu kepada masyarakat. Peran bakteri INA sebagai biopresipitasi dapat
dimanfaatkan secara luas oleh masyarakat untuk membantu pengembangan hujan
buatan.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
5
BAB II
LANDASAN TEORI
A. Tinjauan Pustaka
1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA)
Bakteri Ice Nucleation Active (INA) merupakan bakteri yang dapat hidup
di permukaan daun (filosfer) dan dapat mendorong kerusakan beku pada beberapa
tanaman. Jaringan tanaman yang mengalami supercooled water mengalami
kerusakan akibat pembekuan timbul pada suhu -2ºC (Lindow,1983).
Bakteri INA mempunyai mekanisme untuk mempertahankan hidup yang
unik yaitu dengan membentuk protein pembentuk kristal es. Protein pembentuk
kristal es menyebabkan bakteri dapat mematikan jaringan tanaman inangnya yang
menyebabkan terjadinya frost injury. Tanda kerusakan tanaman biasanya berupa
warna kuning, coklat, bahkan kehitaman pada daun. Hal ini terjadi karena jaringan
tanaman secara spontan dan tiba-tiba membeku terlalu cepat dan sel mengalami
dehidrasi yang diikuti penetrasi kristal es yang merusak membran sel. Sel pada
jaringan tanaman akan mati dan rusak mudah diuraikan dan digunakan bakteri
untuk nutrisi (Morris et al., 2004). Luka beku adalah penyakit serius pada
tanaman yang menyebabkan kerugian dalam produksi pertanian di Pistachio.
Buah dan bunga rentan terhadap luka yang membunuh pada saat musim salju
ketika suhu mencapai -2ºC atau lebih dingin (Probesting and Mills, 1978).
Bakteri INA paling banyak ditemukan dari strain P.syiringae dari
beberapa tanaman yang telah diteliti (Rostami, 2012). Saat ini ada enam spesies
bakteri INA yang telah teridentifikasi yaitu P. syringae, P. fluorescens (Maki et
al., 1974) P. virdiflava (Obata et al., 1989), E. herbicola (Lindow, 1985), E.
ananas dan X. campestris (Goto et al., 1988).
Banyak faktor yang mempengaruhi pembentukan inti es pada bakteri,
baik faktor fisik maupun faktor kimiawi. Beberapa faktor yang mempengaruhi
pembentukan inti es yaitu:
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
6
a. Suhu
Frekuensi pembentukan inti es menurun dengan nyata jika isolat bakteri
INA ditumbuhkan atau diinkubasi pada suhu lebih dari 24ºC. Suhu pertumbuhan
atau suhu inkubasi sel sebelum diuji aktivitas pembentukan inti es mempunyai
pengaruh yang besar pada ekspresi dan aktivitasnya (Lindow, 1990). Frekuensi
bakteri INA tergantung pada kondisi dimana sel-sel tumbuh termasuk komposisi
media dan suhu selama pertumbuhan dan pada suhu uji sendiri (Hirano et al.,
1985).
b. Media Kultur
Pertumbuhan biakan pada media yang mengandung polialkohol seperti
gliserol, manitol, sorbitol, dan sejenisnya dapat meningkatkan frekuensi
pembentukan inti es (Lindow et al., 1982a). Media King’s B yang mengandung
gliserol merupakan media yang umum untuk mengisolasi bakteri INA. Bakteri
yang ditumbuhkan pada media cair umumnya tidak dapat mengekspresikan
aktivitas pembentukan inti es secara efisien dibandingkan dengan biakan pada
media padat (Lindow, 1990).
c. Umur
Umur biakan bakteri pada umumnya mempengaruhi frekuensi
pembentukan inti es. Frekuensi pembentukan inti es 102-106 lebih rendah
dibandingkan dengan fase awal saat bakteri ditumbuhkan dalam biakan cair.
Biakan P. syringae yang ditumbuhkan pada media King’s B mengekspresikan
pembentukan es maksimum umur 2-4 hari (18-24ºC) (Lindow et al., 1982).
d. Faktor pH
Ekspresi aktivitas pembentukan inti es dapat dikelompokkan menjadi tiga
kelas berdasarkan kepekaan terhadap pH. Ada yang peka terhadap pH 3,5, pH 4,5,
pH 5,5 (Turner et al., 1991).
2. Habitat Bakteri INA
Habitat bakteri INA sebagian besar berada di permukaan daun atau
filosfer. Total keseluruhan luas permukaan daun yang dapat dihuni oleh bakteri
filosfer 0,1-1% dan dari jumlah tersebut lebih dari 90% bakteri mati karena
terpapar sinar UV dari matahari (Morris, 2001). Bakteri yang hidup di permukaan
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
7
daun dihadapkan pada lingkungan yang mudah berubah. Bila siang hari banyak
bakteri diterbangkan oleh angin dan terpapar sinar UV yang dapat menyebabkan
bakteri tersebut mati. Tetapi bakteri yang dapat membentuk kristal es akan jatuh
ke permukaan tanah atau daun-daun yang merupakan habitat alaminya. Dalam hal
ini secara tidak langsung bakteri pembentuk kristal es secara tidak langsung
berperan dalam memelihara iklim mikro di sekitar tanaman-tanaman inangnya
(Christner et al., 2008)
Bakteri filosfer dapat ditemukan pada stomata di sepanjang tulang daun
dan dinding sel epidermis. Pada daun terdapat senyawa organik seperti fruktosa,
sukrosa, asam organik, asam amino, dan vitamin yang dijadikan sebagai sumber
karbon, energi, dan senyawa pemicu tumbuh untuk bakteri (Beattie dan Lindow,
1999). Jumlah bakteri filosfer yang terdapat pada daerah ternaungi lebih banyak
dari pada di tempat terbuka karena pada tempat yang terbuka memiliki kondisi
stress lingkungan yang tinggi seperti paparan sinar UV, ketersediaan air, tekanan
osmotik, fluktuasi panas sedangkan di daerah ternaung kondisi lebih stabil bagi
bakteri filosfer untuk tumbuh (Beattie dan Lindow, 1999).
3. Distribusi Bakteri INA
Distribusi bakteri INA telah banyak ditemukan di daerah subtropis.
Bakteri INA di Jepang ditemukan pada tanaman brokoli, murbei, dan kubis
sedangkan di Amerika Serikat bakteri INA ditemukan pada tanaman jagung, jeruk
tomat, gandum, dan beberapa tanaman keras (Arwiyanto, 2009). Data distribusi
bakteri INA di daerah subtropis telah banyak ditemukan baik di permukaan daun
ataupun di atsmosfer yang berperan dalam kondensasi dan pembentukan inti es di
awan. Bakteri INA juga ditemukan berlimpah pada sampel air hujan dan salju
(Morris et al., 2004; Christner et al., 2008).
Bakteri INA hanya dapat tumbuh di tumbuhan yang berada di dataran
tinggi yang mempunyai suhu rendah dan tidak memiliki tumbuhan spesifik untuk
hidup. Bakteri INA dapat terbawa dalam air hujan yang kemudian tumbuh dan
berkembang di permukaan daun (Stephani dan Waturangi, 2011). Waturangi et
al., (2008) menjelaskan bakteri INA yang ditemukan pada tanaman Piela
glaberina merupakan spesies Pseudomonas sp. yang memiliki aktivitas nukleasi
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
8
es. Penelitian lain yang telah dilakukan di Indonesia menunjukkan bakteri INA
berhasil diisolasi dari tanaman Morinda citrifolia, Piper betle, Carica papaya, dan
Fragaria vesca (Waturangi dan Amelia, 2009).
Lindow et al., (1978) meneliti distribusi bakteri INA ditemukan pada 74
spesies tanaman yang telah diambil sebagai sampel dari California, Colorado,
Florida, Lousiana dan Wisconsin, Amerika Serikat bahwa semua bakteri
pembentuk inti es yang mereka isolasi mewakili spesies P. syiringae dan E.
herbicola yang jumlahnya melimpah. Stephanie dan Waturangi (2011)
mengemukakan bahwa bakteri INA diisolasi dari air hujan antara Maret hingga
Mei 2008 dari Jakarta, Bogor, Bekasi, Tangerang dan Depok. Hasil tertinggi
bakteri INA dari air hujan ditemukan pada sampel dari Jakarta dan diikuti oleh
sampel dari Bogor. Persentase bakteri INA dari air hujan lebih tinggi dari pada
udara untuk semua sampel dari daerah yang berbeda. Hal ini menunjukkan bahwa
distribusi bakteri INA berbeda untuk setiap lokasi. Keberadaan bakteri INA di air
hujan dan udara mungkin memainkan peran penting dalam proses nukleasi yang
diperlukan untuk induksi hujan.
4. Peran Bakteri INA dalam Biopresipitasi
Bakteri INA berperan dalam bioprespitasi. Gagasan yang memperkuat
bahwa bakteri INA dapat membantu proses penurunan hujan adalah tahun 1930an
diketahui prinsip mikrofisika awan bahwa inti es diperlukan untuk menginisiasi
pembentukan hujan dari awan angin. Awan troposfer bagian bawah mampu
membentuk inti es pada suhu -40ºC. Awan stratokumulus dan awan kumulus
kecil yang mempunyai suhu lebih hangat yaitu -5ºC tidak mampu melakukan
pembentukan es karena tidak ada yang menginisiasi (Vali, 1996). Siklus biologi
berupa kolonisiasi tanaman oleh bakteri INA dapat memberikan konstribusi untuk
peningkatan curah hujan yang dapat meningkatkan tanaman serta bakteri itu
sendiri. Curah hujan juga berkonstribusi terhadap penyebaran bakteri INA pada
tanaman baru (Morris et al., 2004).
Bakteri INA memainkan peranan penting dalam mengatur curah hujan.
Konsentrasi bakteri INA terkait dengan musim dan curah hujan (Christner et al.,
2008). Keberadaan kristal es sangat penting dalam pembentukan hujan pada awan
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
9
dingin, sehingga pembentukan hujan dari awan dingin sering juga disebut proses
kristal es (Polymenakou, 2012). Udara yang naik ke atmosfer membentuk titik-
titik air dan membentuk awan. Pada ketinggian tertentu suhu berada dibawah titik
beku, titik air dalam awan menjadi kristal es kecil-kecil. Uap air atau partikel air
akan menempel pada kristal es tersebut dan ikut membeku sehingga kristal es
menjadi besar dan berat karena kristal es semakin berat dan tidak mampu ditopang
angin kemudian butiran-butiran air jatuh ke permukaan bumi atau proses
presipitasi.
Penelitian tentang bakteri INA saat ini adalah mencoba untuk
menghubungkan keberadaan bakteri tersebut dengan cuaca di bagian atas
atmosfer. Strain bakteri nukleasi es telah terdeteksi dalam hujan dan salju, serta
dalam atmosfer (Amato et al., 2007; Morris et al.,2008). Hal ini menunjukkan
bahwa bakteri nukleasi es dapat disebarkan melalui siklus air global dan bakteri
nukleasi es merupakan bagian yang penting dari penelitian inisiasi presipitasi.
5. Gen penyandi Ice Nucleation Protein (INP) pada Bakteri INA
Gen ina mengendalikan pembentukan inti es pada bakteri. Gen ini
menyediakan protein yang khas pada ujung amino dan karboksilnya. Bagian
ujung amino bermuatan listrik positif maupun negatif. Bagian tengah terdapat 16
asam amino yang diulang- ulang hingga 120 kali ulangan (80% hingga 90% dari
total protein) dan kaya akan asam amino polar serin dan theorin berperan
mengorientasikan molekul-molekul air tertata rapi hingga membentuk kristal es
(Kozloff et al., 1991b; Gurian-Sherman dan Lindow,1993).
Protein aktif pembentuk kristal es kebanyakan bersifat hidrofilik sehingga
terdapat pada permukaan membran luar bakteri. Protein INA akan menjadi aktif
bila disisipkan pada membran luar sel bakteri. Lipid yang berperan dalam
pembentukan inti es adalah fosfatidinositol,dan karbohidratnya berupa manosa,
manan atau glukosamin (Kozloff et al., 1991b; Turner et al., 1991). Protein aktif
pembentuk inti kristal es dari P. syringae terdapat pada membran luar sel dan
untuk aktivitasnya diperlukan kesatuan dengan lipid membran serta karbohidrat
(Turner et al., 1991)
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
10
Dilihat dari aktifitasnya bakteri INA dibagi menjadi tiga kelas yaitu kelas
A aktif membentuk inti es pada suhu -2ºC hingga -5ºC, kelas B aktif membentuk
inti es pada suhu -5ºC hingga -7ºC, dan kelas C aktif pada suhu -7ºC hingga -10ºC
(Rugless et al., 1993). Kelas A strukturnya mengandung protein pembentuk inti es
yang bergabung dengan fosfatidil inositol dan manosa, sebagai kompleks manan
serta glukosamin. Kelas B strukturnya mengandung protein pembentuk inti es
yang bergabung dengan manan dan glukosamin, dan tidak bergabung dengan
fosfatidil inositol. Kelas C strukturnya mengandung protein membentuk inti es
yang bergabung beberapa residu manosa (Tuner et al. 1991).
Protein INA mempunyai ukuran antara 150 kilo Dalton (aktif membentuk
inti es pada suhu -12ºC) hingga 190.000 kilo Dalton (aktif membentuk inti es pada
suhu -2ºC) (Govindarajan dan Lindow, 1988). Fragmen DNA yang membawa gen
ice+ yang berperan menghasilkan protein aktif pembentuk inti es telah diklon dan
dikarakterisasi memperlihatkan ukuran gen tersebut berkisar 3.5 sampai 4.0 kilo
pasangan basa (kb). Fragmen yang diklon mampu mengekspresikan protein
pembentuk inti es dalam Escherichia coli. Ekspresi pembentuk es dalam E. coli
secara kuantitatif dan kualitatif sebagian besar atau mirip dengan protein yang
dihasilkan oleh bakteri asalnya. Aktivitas inti es dari bakteri disebabkan karena
protein berhenti di membran sel bakteri dan terpapar dengan lingkungan eksternal.
Protein ini dapat menginisiasi formasi inti es dengan mengorentasikan molekul air
menjadi struktur menyerupai es dan mengkatalis pembentukan formasi es pada
suhu sedikit di bawah 0ºC (Morris et al., 2004).
Dasar genetik untuk inti es pada bakteri dikenal sebagai gen pada
kromosom tunggal, yaitu INA yang diperlukan untuk fenotip INA+ (Edward et al.,
1994). Gen yang mengontrol aktivitas inti es bakteri berhasil diklon dari tujuh
strain bakteri berbeda dan sekuen dari nukleotida bakteri tersebut (building block
DNA) telah ditentukan. Sekuen nukleotida dari gen memungkinkan digunakan
untuk menentukan urutan asam amino dari protein produk ekspreksi gen pada
bakteri. Urutan asam amino dari protein digunakan unuk membuat model teoritis
sekunder dan tersier struktur protein, menentukan sifat biokimia, dan menentukan
aktivitas sel bakteri (Warren, 1995).
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
11
Gen ina yang telah dikloning yang telah diurutkan serta ditemukan yaitu
:inaZ P. syiringae, inaW dari P. fluorescens, inaE dari E. herbicola, inaA dari E.
ananas dan InaX dari X. campestris (Edwards et al., 1994). Alel yang berbeda
dari gen ina dari tujuh strain tidak sama panjang. Gen bertanggung jawab untuk
ujung-N dari protein. Semua alel yang dipelajari memiliki motif sekuens yang
diulang dari 24, 48, dan 144 nukleotida. Terdapat 8, 16, 48 asam amino yang
diulang-ulang yang kaya asam amino polar serin dan theorin berperan dalam
mengorientasikan molekul-molekul air yang tertata rapi membentuk kristal es
(Wahyudi 1995; Morris et al., 2004).
6. Gen penyandi 16S rRNA
RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler.
Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA.
Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA
memiliki urutan basa terlalu pendek yaitu 120 bp, sehingga tidak ideal dari segi
analisis statistika, sementara molekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan
tersier yang cukup panjang yaitu 2900 bp sehingga menyulitkan analisis. Analisis
gen penyandi 16S rRNA telah menjadi prosedur baku untuk menentukan
hubungan filogenetik dan menganalisis suatu ekosistem (Pangastuti, 2006).
Perbandingan sekuens gen 16S rRNA merupakan alat untuk mengetahui
filogenetik dan evolusi diantara bakteri dan prokariot lain, karena gen ini
mengandung sejumlah besar pola sekuen terkonservasi (highly conserved
sequence patterns). Sifat rRNA yang sangat terkonservasi memungkinkan untuk
mensintesis primer universal untuk proses PCR yang mampu melekat pada sekuen
terkonservasi dari gen rRNA ketiga domain filogentik: Archaea, Bacteria dan
Eukarya. Daerah yang sangat terkonservasi tersebut seringkali dipakai menjadi
situs pelekatan primer dalam rangka mengamplifikasi gen16S-rRNA secara in
vitro dari template yang diisolasi langsung dari lingkungan (Drancourt et al.,
2000). Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk
melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Jika urutan
basa 16S rRNA menunjukkan derajat kesamaan yang rendah antara dua taksa,
deskripsi suatu takson baru dapat dilakukan tanpa hibridisasi DNA-DNA
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
12
(Stackebrandt dan Goebel, 1995). Penggunaan sekuen 16S rRNA memiliki
kelemahan karena terkadang kurang dapat membedakan dengan jelas suatu
spesies dalam level genus.
7. Tumbuhan Berdaun Jarum di Gunung Lawu.
Gunung Lawu merupakan pegunungan vulkanik tua yang sudah tidak
aktif. Secara geografis terletak pada posisi sekitar 111º 15’BT dan 7º30’LS dan
meliputi areal seluas sekitar 15.000 ha. Lereng barat terletak di propinsi Jawa
Tengah, meliputi Kabupaten Karanganyar, Sragen, dan Wonogiri. Lereng timur
terletak di Propinsi Jawa Timur, meliputi Kabupaten Magetan dan Kabupaten
Ngawi. Gunung Lawu memanjang dari utara ke selatan. Topografi bagian utara
berbentuk kerucut dengan puncak Argo Dumilah setinggi 3.265 m dpl. Bagian
selatan terdiri dari bukit-bukit curam dengan puncak Jobolarangan 2.298 m dpl
(Lawrence, 1955). Gunung Lawu merupakan salah satu bentuk habitat yang
eksotis. Gunung ini menjadi batas antara lingkungan Jawa Timur yang cenderung
kering dan gersang dengan Jawa Tengah yang mulai basah sebelum mencapai
Jawa Barat yang basah dan dingin. Sebagai kawasan peralihan tempat ini
ditumbuhi spesies-spesies khas Jawa Timur, namun tidak ditemukan di Jawa
Barat dan sebaliknya (Steein, 1972).
Keadaan Gunung Lawu tidak berbeda dengan sifat gunung-gunung yang
lain yaitu landai, miring, curam, bukit terjal dan berjurang. Pada kaki gunung
kemiringan 30-40º, sampai perut gunung sekitar 2000 m dpl semakin terjal
dengan kemiringan 40-50º dan kemiringan terus meningkat dengan kemiringan
50-80º daerah ini curam dan terjal. Pada puncak gunung terdapat bukit kecil yaitu
Argo Dumilah, di sebelah timur puncak Argo Dumilah hamparan lembah sangat
luas samapai turun kelereng bawah, disebelah barat terdapat jurang-jurang kawah
Condrodimuko, Cokrosuryo, dan Pawon Sewu. Di sebelah selatan berbukit-bukit
sampai turun ke lembah, sedangkan sebelah utara tampak jelas lembah, bukit
pasar dieng dan selo pundutan (Sunarto,2000)
Suhu merupakan faktor yang mempengaruhui struktur dan komposisi
vegetasi tumbuhan. Rata-rata suhu di permukaan laut kawasan tropis adalah
26,3ºC, kemudian setiap naik 100 m dpl, suhu akan turun 0,61ºC. Ketinggian
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
13
2000 m dpl suhu menjadi 14,1ºC lalu setiap 100 m dpl suhu akan turun 0,52ºC.
Pada ketinggian 4700 m dpl, suhu menjadi 0ºC (Steenis, 1972). Setiap spesies
memiliki tanggapan yang berbeda terhadap suhu, sehingga terbentuk zonasi
distribusi. Zonasi vertikal karena ketinggian serupa dengan zonasi horizantal
karena garis lintang (Wood, 1971; Steenis, 1972; Odum, 1983)
Cemoro Sewu terletak setelah Cemoro Kandang berada di wilayah Jawa
Timur. Dengan ketinggian 1818 m dpl dan berada pada posisi 07º 39’52” LS dan
111º 11’ 29” BT. Terdapat lima pos pendakian di jalur Cemoro Sewu yaitu pos I
(Wesen-Wesen); pos II (Watu Gedeg), pos III (Watu Gede), pos IV (Watu
Kapur), pos V (Jolo Tundo). Bertambahanya ketinggian akan menurunkan suhu,
mempengaruhi besar kecilnya presipitasi hujan, ketebalan awan, kelembaban
udara, kecepatan angin, intensitas sinar matahari, evaporasi dan lain-lain
(Setyawan and Sugiyarto, 2001)
Gunung Lawu merupakan kawasan yang sangat subur, karena merupakan
daerah tangkapan hujan kondisi ini sangat berpengaruh terhadap biodiversitas
vegetasi tumbuhan di Gunung Lawu, salah satunya adalah tumbuhan berdaun
jarum atau conifer yaitu spesies dari Cupressus sp, Pinus mercussi dan Casuarina
sp. Vegetasi tumbuhan berdaun jarum pada jalur pendakian Cemoro Sewu sangat
padat khususnya untuk spesies Cupressus sp dan Casuarina sp. Tumbuhan
berdaun jarum adalah tumbuhan yang umumnya mempunyai bentuk daun seperti
jarum, tajuk berbentuk kerucut, umumnya tidak menggugurkan daun, kecuali
beberapa jenis pohon saja, pertumbuhan sangat cepat dan lurus ke atas
(Tjitrosoepomo, 1989).
Tumbuhan berdaun jarum yang tumbuh pada Gunung Lawu khusunya di
daerah Cemoro Sewu sebagaian sengaja ditanam oleh warga setempat untuk
pemanfaatan penyerapan air hujan. Untuk lebih jelas tentang deskripsi tumbuhan
berdaun jarum yang ada di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu dapat
dilihat pada Gambar 1.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
14
Gambar 1. Tumbuhan conifer di Gunung Lawu
Gambar Tumbuhan Keterangan
P. mercusii termasuk ke dalam kelas
Coniferopsida dan familia Pinaceae. Pinus
ini mempunyai cirri habitusnya adalah
pohon berkayu dengan pola percabangan
monopodial, memiliki daun seperti jarum
yang panjang dengan duduk daun tersebar
Cupressus atau cemara kipas adalah
tanaman yang termasuk ke dalam kelas
Coniferales, familia Cupressaceae. Habitus
spesies ini adalah pohon yang berkayu.
Tanaman ini memiliki daun yang bentuknya
serupa sisik atau daunnya tersusun sangat
rapat.
Casuarina sp. termasuk dalam bangsa
casuarinales atau verticillatae dan termasuk
juga dalam suku Casuarinaceae. Casuarina
sp. adalah tumbuhan berkayu (pohon),
habitusnya menyerupai Coniferinae
(Stennis, 2008)
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
15
B. Kerangka Pemikiran
Bakteri INA mampu membentuk protein yang mampu menginisiasi
pembentukan kristal es pada suhu (> -5ºC). Pada saat sekarang, bakteri INA lebih
dikenal sebagai bakteri patogen yang menyebabkan frost injury. Bakteri INA
berpartisipasi dalam siklus biopresipetasi, dengan terbawa siklus angin
dipindahkan keawan dari permukaan daun tanaman, dan menstimulasi terjadinya
hujan (Christser et al., 2008).
Banyak penelitian bakteri INA yang dilakukan di daerah subtropis, maka
penting dilakukan penelitian pada daerah tropis seperti di Indonesia. Salah satu
tempat untuk penelitian yaitu Gunung Lawu. Terdapat tumbuhan berdaun jarum
yang bervariasi, daerah Gunung Lawu juga mempunyai temperatur udara yang
rendah, memungkinkan peluang besar untuk menemukan bakteri INA. Informasi
bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum masih sedikit. Oleh
karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mengisolasi dan mengetahui macam
spesies, dan hubungan kekerabatan antar spesies untuk memahami keragaman
spesies dan peran bakteri INA di alam. Untuk lebih jelasnya dapat dilihat bagan
kerangka berfikir pada Gambar 2.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
16
Bakteri INAmenghasilkan protein pembentuk inti es
penyebab frost injury pada tanaman
Berpartisipasi dalam siklus biopresipitasi
Lereng Gunung Lawu terdapat tumbuhan berdaun jarum
Isolasi bakteri INA dari tumbuhan berdaun jarum
Identifikasi bakteri INA
Gambar 2. Bagan Kerangka pemikiran
Deteksi gen ina bakteri INA
Spesies dan hubungan kekerabatan bakteri INA
Diketahui gen ina bakteri INA
Keberadaan bakteri INA pada vegetasi pegunungan tropis
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
17
C. Hipotesis
1. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) dapat diisolasi dari tumbuhan berdaun
jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.
2. Bakteri yang ditemukan pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian
Cemoro Sewu Gunung Lawu merupakan bakteri Ice Nucleation Active (INA)
yang dapat termasuk ke spesies P. syringae, E. ananas, P. fluorescens, atau X.
campestris sesuai dengan jenis gen ina yang dimiliki.
3. Bakteri Ice Nucleation Active (INA) yang ditemukan pada tumbuhan berdaun
jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu memiliki hubungan
kekerabatan antar spesies yang dekat.
4. Gen penyandi protein pembentuk inti es dapat dideteksi pada bakteri INA yang
diisolasi pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu
Gunung Lawu.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
18
BAB III
METODE PENELITIAN
A. Waktu dan Tempat Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Januari sampai Agustus 2014.
Pengambilan sampel dilakukan di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu,
Magetan, Jawa Timur
Pada tiga titik ketinggian berbeda yaitu: 2.300 m dpl, 2.500 m dpl dan
2.700 m dpl. Isolasi bakteri dilakukan di Laboratorium Pusat MIPA Universitas
Sebelas Maret Surakarta, identifikasi bakteri INA dan deteksi gen dilakukan di
Laboratorium Biologi Fakultas MIPA Universitas Sebelas Maret Surakarta. Uji
aktivitas bakteri INA di Laboratorium Teknobiologi Universitas Katolik Atmajaya
Jakarta.
B. Alat dan Bahan
1. Alat
Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : cutter, kantong
kertas, kertas label, pensil, GPS, dan digital camera, tabung reaksi, cawan petri,
gelas beker, erlenmeyer, neraca analitik, hot plate, shaker, Laminar Air Flow,
autoclave, bunsen, batang pengaduk, jarum ose, batang L, magnetic stirrer, kapas,
alumunium foil, mikropipet, freezer, tip, dan Polymerase chain reaction (PCR),
Circulating Alcohol Bath, seperangkat alat elektroforesis, Biophotometer, gel doc,
tabung Eppendorf.
2. Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini antara lain : sampel tumbuhan
berdaun jarum yang berasal dari jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
media Natrium Agar (NA) ditambah 2,5% gliserol (NAG), media King’s B, buffer
fosfat pH 7, 0,1% peptone (Difco), aquades, 63 forward primer, 1387 reservese
primer, DNA template, gel Agarose, PrestoTMMini gDNA Bacterial Kit (Geneaid),
Kapa 2G Fast Ready Mix (Kapa Biosystem), dNTP, MgCl2, Buffer PCR, 63
forward Primer, 1387 reverse primer, agarose, buffer TAE 1X.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
19
C. Rancangan Penelitian
Penelitian dilakukan dengan beberapa metode yaitu :
1. Pengambilan Sampel Tumbuhan
Pengambilan sampel tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro
Sewu Gunung Lawu berdasarkan pada tiga titik ketinggian berbeda yaitu: 2.300 m
dpl, 2.500 m dpl dan 2.700 m dpl. Teknik pengambilan sampel yang digunakan
dalam penelitian ini adalah metode purposive sampling yaitu penarikan sampel
dengan pertimbangan tertentu, pertimbangan tersebut didasarkan pada tujuan
penelitian. Penentuan sampel menggunakan metode purposive sampling dengan
kriteria perbedaan ketinggian dan keberadaan sampel pada masing-masing
pengambilan sampel.
Bahan tumbuhan yang diambil yaitu berupa daun sebanyak 5-10 gr,
dimasukkan di dalam kantong kertas dan diberi label berisi informasi ketinggian,
sampel tumbuhan secepatnya dibawa ke laboratorium dan disimpan dalam lemari
pendingin pada suhu 5°C.
2. Identifikasi Tumbuhan Berdaun Jarum
Identifikasi tumbuhan berdaun jarum dilakukan dengan membandingkan
dan mencocokkan ciri-ciri tumbuhan berdaun jarum dengan pustaka/referensi.
3. Sterilisasi Alat dan Bahan
Cawan petri, tabung reaksi, erlenmeyer, media agar NAG, Kings’B dan
seluruh alat dan bahan yang akan digunakan disterilisasi lebih dahulu. Proses
sterilisasi dilakukan secara sterilisasi basah dengan autoclave dengan tekanan 1
atm dan suhu 121ºC selama 60 menit.
4. Pembuatan Media NA + 2,5 % Gliserol, Media King’s B dan Agar
Miring
Komposisi untuk pembuatan media NA dibuat dengan mencampur 6 gr
bubuk NA dengan 5 ml gliserol dalam 200 ml tabung erlenmeyer dan ditambah
akuades hingga batas 200 ml. Komposisi untuk media King’s B yaitu 20 gr
Proteose pepton, 10 ml gliserol, 1,5 gr K2HPO4, 1,5 gr MgSO4.7H2O dan 15 gr
agar dimasukkan ke dalam erlenmeyer kemudian ditambah 1 liter aquades
(Kartika, 2009). Erlenmeyer diletakkan di atas hot plate larutan ditunggu sampai
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
20
mendidih dan larutan berwarna jernih. Lubang tabung erlenmeyer ditutup kapas
dan alumunium foil, disterilkan dengan menggunakan autoclave suhu 121ºC
selama 60 menit. Masing-masing media NA dan King’s B dituang ke cawan petri
dan dibiarkan kering pada suhu ruang (28ºC).
Pembuatan agar miring, setelah larutan mendidih dan berubah jernih maka
media NA dituang ke tabung reaksi masing-masing 4 ml dan di autoclave pada
suhu 121ºC selama 60 menit. Setelah disterilkan tabung dimiringkan 45º hingga
media mengeras.
5. Isolasi Bakteri INA
Lima gram sampel daun tumbuhan berdaun jarum dipotong kecil
dimasukkan dalam 500 ml tabung Erlenmeyer berisi 200 ml 0.1 M bufer fosfat
dengan pH 7.0 dan 0.1% peptone (Difco) (Waturangi dan Amelia, 2009). Bufer
fosfat pH 7.0 dibuat dari bahan 0,6 g Monosodium Phosphate (NaH2 PO4 . 2H2O)
dan 1,6 g Disodium Phosphate Hepta Hydrate (Na2HPO4 . 7H2O). Tabung
Erlenmeyer yang berisi 200 ml 0.1 M bufer fosfat, dengan pH 7.0 dan 0.1%
peptone (Difco) dan 5 gr tumbuhan berdaun jarum dikocok pada rotary shaker
selama 2 jam dengan kecepatan 150 rpm. Setelah di shaker kemudian dilakukan
seri pengenceran hingga 10-3 dengan 9 ml aquades steril. Seri pengenceran
diambil 0,1 ml disebar pada media NAG dan King’sB dengan teknik cawan sebar
(spread plat) pada media NA + 2,5% gliserol dan media King’s B kemudian
diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam (King et al., 1954).
6. Koleksi Kultur Murni
Koloni bakteri berbeda yang tumbuh di media NAG dan media King’s B
diambil dengan ose digores kembali pada media miring NAG dan media King’s
B kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 24 jam. Ditumbuhkan selama 4-6
hari pada suhu ruang kemudian disimpan di freezer pada suhu 4-5ºC.
7. Uji Aktivitas bakteri INA
Aktivitas bakteri INA ditentukan dengan menggunakan metode tube-
freezing yaitu memasukkan 100 µl suspensi bakteri berumur 4-6 hari ke dalam
supercool water (Lindow et al., 1978). Supercool water dibuat dengan mengisi
400 µl bufer masing-masing ke microtube kemudian disimpan di dalam
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
21
circulating alcohol bath pada suhu -10ºC selama 30 menit. Bakteri pada agar
miring diambil menggunakan ose kemudian dimasukkan dalam supercool water
dan disimpan di dalam circulating alcohol bath pada suhu -5ºC hingga -10ºC
selama 15 menit. Bakteri INA dikelompokkan menjadi tiga kelas yaitu kelas A
membentuk inti es pada suhu > -2ºC hingga -5ºC, kelas B aktif pada suhu -5ºC
hingga -7ºC, kelas C aktif pada suhu -7ºC hingga -10ºC (Rugless et al., 1993).
8. Kemelimpahan Bakteri INA
Estimasi jumlah bakteri INA menggunakan metode multiple tube
collection (Cazorla et al., 1995). Tabung reaksi yang berisi 9 ml bufer fosfat steril
didinginkan pada suhu -10ºC selama 30 menit. Kemudian tabung dikocok dan
semua tabung yang mengalami pembekuan lalu dipisahkan. Tabung yang tidak
membeku dihangatkan pada suhu 5ºC. Sampel daun Cupressus sp, P. mercussi
dan Casuarina sp dalam larutan bufer fosfat dan peptone diencerkan 10-1, 10-2, 10-
3 pada seri tabung 333. Kemelimpahan bakteri INA per gram berat segar sampel
diestimasi dengan cara menghitung jumlah tabung yang membeku pada tiap
pengenceran kemudian dicocokan pada tabel MPN menurut formula Thomas 333
(APHA, 1975)
9. Amplifikasi Gen 16S rRNA
Amplifikasi DNA dilakukan pada mesin PCR. Reaksi PCR dilakukan
dengan mencampurkan 25 µl KAPA 2G Fasty Ready Mix (Kapa Biosystem) 1µl
63f (CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC), 1387r (GGG CGG CGT GTA CAA
GGC). PCR dijalankan dengan profil sebagai berikut: predenaturasi pada suhu
94ºC selama 2 menit, diikuti dengan 30 siklus tahapan dari denaturasi pada suhu
94ºC selama 30 detik, penempelan primer (annealing) dengan variasi suhu 55ºC
selama 30 detik, elongasi 72ºC selama 1 menit, dan finalizing pada suhu 72ºC
selama 20 menit. Kemudian disimpan pada suhu 4ºC untuk digunakan dan
diperiksa menggunakan elektroforesis (Marchesi et al., 1998).
Produk gen 16S rRNA dipurifikasi menggunakan Qiagen Purification Kit.
DNA disekuensing menggunakan ABI PRISM 310 Genetic Analyzer Kit.
Sekuens DNA dianalisis secara bioinformatika menggunakan perangkat BLAST
Nucleotide pada website NCBI (Waturangi et al., 2008)
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
22
Sekuen DNA dianalisis untuk mengetahui hubungan kekerabatan bakteri
INA menggunakan software Mega 5.1
10. Deteksi Gen ina menggunakan PCR
Primer yang digunakan dalam mengamplifikasi gen ina adalah :
Pseudomonas syringae primer Forward (5’GCA GAC TGC GGG TTA TGA
GAG 3’,ina Z); primer reverse (5’CGC CGG TCA GTT TGC TTC TAT C 3’); E.
ananas primer forward (5’AGG CTT TGA GAA CGG ACT AAC G 3’ ina A);
primer reserve (5’ TTT CTG TCG GCT GCG TAC TG 3’); P.fluorescens primer
forward (5’ GCA GTA CGC AGA CGG CAC AG 3’, ina W); primer reserve
(5’TTT CGT AGC CAG CAG TTG ATG TG 3’); X. campestris primer forward (
5’ GCA AGG GCA GCG ATG TCA C3’,ina X); primer reserve (5’ TCT GCG
TGC TGC CGT AAC C 3’) (Nejad et al., 2006), 3076f (5’ AGY TCG CTG ATT
GCG GGN C 3’); 3463r (5’ STG TAV CKT TTN CCG TCC CA 3’) (Hill et al.,
2013 )
Proses running PCR dilakukan dengan mencampurkan 12,5 µl Kapa 2G
Fast Ready Mix (Kapa Biosystem), 2 µl DNA template, 1,25 primer (inaA, , inaX,
inaW, inaZ forward dan inaA, inaX, inaW, inaZ reverse )dan 8 µl ddH2O.
Amplifikasi gen dilakukan dengan tahapan :
1) Predenaturasi pada suhu 94ºC selama 3 menit.
2) Denaturasi pada suhu 94°C selama 45 detik.
3) Annealing pada suhu 55°C - 65°C selama 1 menit. Suhu annealing dipilih
yang sesuai sehingga didapatkan kondisi optimasi yang terbaik.
4) Elongasi pada suhu 72°C selama 1 menit.
5) Finalizing pada suhu 72°C selama 5 menit.
Proses denaturasi, annealing, dan elongasi terjadi sebanyak 35 siklus.
Selanjutnya produk PCR disimpan pada suhu -20°C dan diperiksa dengan
elektroforesis (Nejad et al., 2006).
Produk gen ina dipurifikasi menggunakan Qiagen Purification Kit. DNA
disekuensing menggunakan ABI PRISM 310 Genetic Analyzer Kit. Sekuens
DNA dianalisis secara bioinformatika menggunakan perangkat BLAST
Nucleotide pada website NCBI (Waturangi et al., 2008)
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
23
D. Analisis Data
Analisis dibuat berdasarkan data dari isolasi bakteri INA, uji aktivitas
bakteri INA meliputi ada tidaknya bakteri berdasarkan hasil uji yaitu beku atau
tidak bufer yang diujikan analisis data secara deskriptif. Amplifikasi gen 16S
rRNA yang menunjukkan hasil sekuen DNA untuk mengetahui spesies bakteri
INA. Analisis hubungan kekerabatan bakteri INA didapatkan struktur pohon
phylogenetik yang menggambarkan hubungan kekerabatan bakteri INA kemudian
di analisis secara deskriptif. Produk sekuen DNA dianalisis menggunakan
perangkat BLAST pada NCBI.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
24
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Jumlah Isolat Bakteri Ice Nucleation Active dari Sampel Tumbuhan
Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu
Bakteri INA diisolasi dari tiga spesies tumbuhan berdaun jarum yaitu
Cupressus sp, P. mercussi dan Casuarina sp yang terdapat di tiga ketinggian yaitu
2.300 m dpl, 2.500 m dpl dan 2.700 m dpl. Media yang digunakan dalam isolasi
bakteri INA adalah media King’s B dan media NAG. Media Kings’B merupakan
media selektif untuk bakteri Pseudomonas tampak berfluoresen di media kings’B
(Arwiyanto et al., 2009). Gliserol pada media isolasi digunakan sebagai sumber
karbon untuk pertumbuhan bakteri. Lindow et al (1982a) menjelaskan bahwa
pertumbuhan biakan media yang mengandung polialkohol seperti gliserol,
manitol, sorbitol, dan sejenisnya dapat meningkatkan frekuensi pembentukan inti
es.
Seluruh isolat diuji aktivitas nukleasi es nya menggunakan circulating
alkohol bath selama 10 menit dengan suhu -5ºC sampai suhu -10ºC. Sejalan
dengan pendapat Lindow (1990) bakteri INA umumnya mampu menginisiasi
pembentukan inti es pada suhu diatas -10ºC. Jumlah keseluruhan isolat filosfer
yang berhasil diisolasi sebanyak 45 isolat. Tiga isolat positif bakteri INAyang
diisolasi pada tumbuhan berdaun jarum dapat dilihat di Tabel 1.
Tabel 1. Jumlah isolat bakteri yang diperoleh dari hasil isolasi pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
Stasiun Jenis sampel dari tumbuhan berdaun jarum
Jumlah isolat filosfer yang diperoleh
Jumlah isolat positif INA
1 Cupressus sp 6 2
P. mercussi 12 -2 Cupressus sp 6 -
P. mercussi 13 13 Casuarina sp 8 -
Jumlah 45 3
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
25
Berdasarkan uji akitivitas nukleasi es diperoleh tiga isolat positif. Dua
isolat diperoleh dari sampel Cupressus sp pada stasiun 1 dan satu isolat diperoleh
dari sampel P. mercussi pada stasiun dua. Perolehan isolat yang positif bakteri
INA lebih sedikit dari jumlah total isolat yang diisolasi karena pada tahap
pengenceran hanya mengambil 10µl sampel dalam larutan bufer 200 ml untuk
penanaman bakteri. Semua isolat diuji aktivitas nukleasenya menggunakan
circulating alcohol bath dengan suhu -5ºC ,-7ºC dan -10ºC selama 10 menit.
Aktivitas nukleasi es akan terlihat ketika suspensi isolat yang berada di dalam
microtube akan membeku setelah dimasukkan kedalam circulating alcohol bath.
Isolat yang positif bakteri INA dapat dilihat pada Gambar 3 dan Gambar 4.
Gambar 3. Aktivitas nukleasi es bakteri INA hasil isolasi dari P.mercusii
Gambar 4. Aktivitas nukleasi es bakteriINA hasil isolasi dari Cupressus sp
Isolat yang dapat dikategorikan bakteri INA adalah bakteri yang
mempunyai aktifitas nukleasi es. Isolat C1N-5 dan C1N-1 dari sampel Cupressus
sp diklasifikasikan dalam kelas B karena isolat tersebut membeku pada suhu -7ºC,
sedangkan isolat P2N-8 dari sampel P. mercusii diklasifikasikan dalam kelas C
karena isolat tersebut membeku pada suhu -10ºC.
Isolat yang positif bakteri INA diuji pewarnaan gram untuk mengetahui
karakterisasi bakteri INA. Dari hasil pengujian pewarnaan gram isolat bakteri INA
ketiga bakteri INA adalah bakteri gram negatif. Gurian-Sherman dan Lindow
(1993) menjelaskan bahwa aktifitas pembentukan inti es pada bakteri jelas
terbatas pada spesies bakteri gram negatif, tetapi kehadiran spesies-spesies ini
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
26
pada tanaman habitat alami yang lain merupakan suatu fenomena umum yang
menarik.
B. Estimasi Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun Jarum
di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
Distribusi bakteri INA dipengaruhi adanya hujan, kelembaban dan suhu
udara yang rendah. Oleh karena itu perlu dilakukan uji estimasi jumlah populasi
pada setiap sampel tumbuhan berdaun jarum. Estimasi populasi bakteri INA yang
ada di permukaan daun dilakukan dengan metode multiple tube nucleation.
Jumlah bakteri INA sel/g berat segar sampel diestimasi berdasarkan nilai jumlah
terbesar yang sering disebut sebagai most probable number (MPN) dari tabel
MPN menurut formula Thomas seri 333. MPN merupakan metode perhitungan
mikroorganisme berdasarkan data kualitatif hasil pertumbuhan mikroorganisme
pada medium cair spesifik dalam seri tabung. Prinsip utama metode ini adalah
mengencerkan sampel sampai tingkat tertentu sehingga didapatkan
mikroorganisme yang sesuai. Rata-rata jumlah poulasi INA dapat dilihat pada
Tabel 2.
Tabel 2.MPN populasi bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.
No Stasiun Nama Spesies Nilai MPN Tabel/(MPN/g)
1 1 P. mercussi <3,0 x 103
2 1 Cupressus sp 3,6 x 103
3 2 P. mercusii <3,0 x 103
4 2 Cupressus sp 3,6 x 103
5 3 Casuarina sp <3,0 x 103
Data tersebut menunjukkan jumlah populasi bakteri INA pada tumbuhan
berdaun jarum. Populasi terbanyak terdapat pada Cupressus sp di stasiun satu dan
stasiun dua. Keberagaman hasil tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor abiotik
disekitar lingkungan habitatnya yang berbeda-beda antara habitat satu dengan
yang lainnya. Salah satu faktor abiotik yang mempengaruhi keberadaan bakteri
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
27
INA adalah adanya sinar matahari. Bakteri INA tidak mempunyai habitat daun
yang spesifik serta aktivitas dan jumlah populasi bakteri INA dibeberapa lokasi
lebih dipengaruhi oleh musim dan banyaknya curah hujan (Morriset al., 2004).
Stephanie dan Waturangi (2011) menjelaskan keberadaan bakteri INA dalam air
hujan dan udara mungkin memainkan peran penting dalam proses nukleasi yang
diperlukan untuk induksi hujan.
C. Konsentrasi dan Nilai Rasio DNA Bakteri INA
Tahap pertama untuk menganalisis DNA dilakukan isolasi DNA. Pada
penelitian ini dilakukan isolasi DNA dari bakteri INA yang di inkubasi selama 24
jam dengan menggunakan PrestoTM mini gDNA Bacteria Kit (Geneaid Biotech
Ltd) dan mengikuti prosedur yang dianjurkan produsen. Geneaid Biotech Ltd
merupakan kit yang dapat mengisolasi DNA genom bakteri gram positif dan gram
negatif secara optimal. Setelah tahap isolasi DNA selesai maka dilakukan
pengukuran konsentrasi DNA dengan tujuan untuk mengetahui kemurnian DNA.
Konsentrasi dan rasio DNA bakteri INA dapat dilihat pada Tabel 3.
Tabel 3.Konsentrasi dan Rasio DNA bakteri INA pada tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
Isolat Bakteri Konsentrasi DNA(µg/ml) rasio A260/280
C1N-5 73,6 2,0
C1N-1 21,7 1,9
P2N-8 6,5 1,9
Keterangan :
C1N-5 ,C : Nama spesies (C: Cupressus sp; P: P. mercussi)1 : Nomor stasiun pengambilan sampelN: Media pertumbuhan (N: NAG; K:Kings’B)5 :Nomor isolat
Hasil isolasi DNA menunjukkan bahwa DNA ketiga bakteri INA berhasil
diisolasi dengan baik karena nilai rasio A260/280 DNA hasil isolasi berkisar 1,9-2,0.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
28
Sambrook (1989) menyatakan isolat DNA dapat dikatakan murni dan memenuhi
syarat untuk dilanjutkan ke analisis molekuler apabila nilai rasio A260/280 berkisar
1,8-2,0.
D. Identitas Bakteri Ice Nucleation Active Pada Tumbuhan Berdaun Jarum
di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu Berdasarkan Gen
Penyandi 16S rRNA
Gen 16S rRNA merupakan satu dari tiga jenis RNA ribosomal yang ada
pada prokariyota.`Marchesi et al., (1998) menjelaskan primer 63f dan 1387r dapat
mengamplifikasi gen 16S rRNA dengan baik dibandingkan dengan jenis primer
lainnya dan konsisten mengamplifikasi gen 16S rRNA dari berbagai organisme.
Amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan PCR dapat dilihat pada Gambar 5.
Gambar 5. Profil amplikon gen penyandi 16S rRNA bakteri INA; M. MarkerDNA. a) C1N-5 b) C1N-1; c) P2N-8
Amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan PCR dianalisis dengan
elektroforesis gel agarosa 0,5% (b/v) selama 60 menit pada tegangan 90 volt dan
arus 400 mA. Gambar 5 menunjukkan bahwa DNA bakteri yang diamplifikasi
berhasil teramplifikasi dengan baik. Hal ini ditunjukkan dengan adanya band yang
M a) b) c)
250 bp
500 bp
750 bp
1500 bp
1000 bp
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
29
terang dan tebal. Suhu optimum primer yang digunakan untuk melakukan
annealing pada template DNA dapat diketahui dengan melihat informasi yang
tertera pada kemasan produsen. Dari gambar 5 diketahui produk PCR berukuran
sekitar 1.300 bp. Ukuran produk PCR dapat dilihat dengan cara membandingkan
panjang migrasi marker yang telah diketahui ukuran dan konsentrasinya. Marchesi
et al., (1998) menyatakan bahwa hasil amplifikasi gen 16S rRNA dengan primer
63f dan 1387r adalah sekitar 1.300 bp. Pada suhu yang optimum saat annealing
primer membantu keberhasilan dalam amplifikasi gen ina dengan baik.
Proses sekuensing DNA pada penelitian ini dilakukan oleh PT Genetika
Science Jakarta -1st Base Singapura. Urutan basa nukleotida gen penyandi 16S
rRNA dianalisis menggunakan program BLAST untuk mengetahui identitas
dengan spesies yang telah diketahui sebelumnya. BLAST merupakan software
alogaritma untuk membandingkan informasi primer sekuens biologis seperti
sekuens asam amino dan protein yang berbeda atau sekuen DNA dilihat dari basa
nukleotida (Stephen et al., 1990). Hasil analisis gen penyandi 16S rRNA
menggunakan BLAST dapat dilihat pada Tabel 4.
Tabel 4. Kemiripan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA menggunakan program BLAST
Kode Isolat Spesies paling mirip No.Akses % Kesamaan
C1N-5 Pantoae sp SB547 FJ357836.1 97%
C1N-1 Pantoae sp SB547 FJ357836.1 97%
P2N-8 Pseudomonas sp KF011496.1 81%
Berdasarkan database yang ada pada Genebank kedua isolat dari
Cupresses sp dengan kode C1N-5 dan C1N-1 yang mempunyai kemiripan genus
97% dengan dengan Pantoea sp SB547. Bosshard et al., (2003) menjelaskan
penentuan kriteria identifikasi yang menggunakan kemiripan ≥ 95% atau ≥ 97%
adalah sama genus. Isolat P2N-8 mempunyai kemiripan 81% dengan
Pseudomonas sp (untuk lebih jelas dapat dilihat pada lampiran 4, 5 dan 6). Hal ini
menunjukkan bahwa isolat P2N-8 tidak satu genus dan tidak satu spesies dengan
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
30
Pseudomonas sp. Janda et al., (2007) menjelaskan penentuan kriteria identifikasi
menggunakan kemiripan 99,5% adalah sama spesies.
Pantoea sp merupakan bakteri gram negatif dan termasuk dalam family
Enterobacteriaceae (Paradis, 2005). Salah satu bakteri INA dari genus Pantoea
adalah Pantoea ananatis. P. ananatis merupakan spesies bakteri INA dari genus
Pantoea yang menyebabkan pencoklatan pada akar tanaman nanas dan
diklasifikasikan sebagai bakteri INA yang memiliki gen inaA (Watanabe and
Sato, 1998).
Pseudomonas merupakan bakteri gram negatif, berbentuk batang dan
oksidase negatif. Beberapa spesies dari genus bakteri ini adalah bakteri patogen
yang dapat merusak tanaman dan biasanya terdapat di permukaan daun. Beberapa
spesies dari genus ini telah dilaporkan dapat membentuk inti es yaitu P. syringae,
P. fluorescens ( Makiet al., 1974) dan P. viridivlafa (Obata et al., 1989).
Tujuan pembuatan pohon filogenetik adalah mengetahui hubungan
kekerabatan bakteri INA antar isolat yang ada. Pohon filogenetik berdasarkan 16S
rRNA dapat dilihat pada Gambar 6.
Pseudomonas mosselii
Isolat P2N-8
Pseudomonas syringae
Xanthomonas sp. Sbr1009a
Xanthomonas sp. Sba1007a
Pantoea agglomerans
Pantoea ananatis
Isolat C1N-5
Isolat C1N-1
Bacillus cereus
100
71
100
88
100
74
86
0.02
Gambar 6. Pohon filogenetik bakteri INA yang diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu.
Pohon filogenetik dibuat berdasarkan jarak genetik antara isolat bakteri
INA menggunakan program MEGA. Berdasarkan pohon filogenetik isolat C1N-5
dan C1N-1 berada satu group dengan P.ananatis, yang diketahui mampu
membentuk inti es. Hal ini menunjukkan bahwa isolat C1N-5 dan C1N-1
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
23
mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dengan bakteri INA dari spesies P. ananatis. Sedangkan isolat P2N-8 tidak
berada satu group dengan P. syringae tetapi berada dalam satu group P. mosselli. Hal ini menunjukkan bahwa isolat P2N-8 bukan
termasuk dalam kelompok bakteri INA P. syringae melainkan kelompok bakteri INA yang lain.
E. Gen ina Bakteri Ice Nucleation Active pada Tumbuhan Berdaun Jarum di Jalur Pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu
Tujuan dilakukan amplifikasi gen ina adalah untuk mengidentifikasi gen ina sesuai dengan jenisnya. Pada penelitian
terdahulu telah ditemukan beberapa gen ina yaitu inaX pada X. campestris (Zhao and Orser 1990), inaW pada P. fluorescens
(Warren et al., 1986). Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX, inaZ dan primer 3076f;3463r dapat dilihat pada Tabel
5.
Tabel 5. Deteksi gen ina menggunakan primer inaA, inaW, inaX, inaZ dan primer 3076f; 3463r Nama isolat
Primer gen inainaA inaZ inaX InaW Primer 3076f ; 3463r
C1N-5 Teramplifikasi dengan panjang 350 bp, gen tidak spesifik
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Teramplifikasi dengan panjang 390 bp, spesifik gen ina
C1N-1 Teramplifikasi dengan panjang 350 bp, gen tidak spesifik
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Teramplifikasi dengan panjang 390 bp, spesifik gen ina
P28-1 Teramplifikasi tetapi unspecific band
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Tidak teramplifikasi
Teramplifikasi tetapi unspecificband
31
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
32
Dari data tabel 5 dapat diketahui primer yang dapat mengamplifikasi gen
ina adalah inaA dan primer 3076f ; 3463r, tetapi yang mengamplifikasi gen
spesifik adalah primer 3076f ; 3463r. Sedangkan penggunaan primer ina yang lain
tidak terlihat adanya pita DNA. Optimasi penggunaan suhu untuk annealing juga
dilakukan terhadap primer gen ina yang lainnya tetapi tetap tidak menghasilkan
produk amplifikasi yang diinginkan. Faktor yang menyebabkan hasil amplifikasi
tidak membentuk band/pita DNA yang diinginkan salah satunya yaitu primer
yang tidak sesuai (Zein dan Prawiradilaga, 2013)
Pada amplifikasi dengan primer inaA dilakukan optimasi PCR yang
bertujuan untuk menghasilkan produk PCR yang diinginkan. Dengan
menggunakan PCR dan pengaturan program pre-denaturation 95ºC selama 3
menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 95ºC selama 15
detik, annealing 55ºC, 56ºC dan 57ºC selama 15 detik, dan extention pada 72ºC
pada 1 menit. Siklus PCR berlangsung sebanyak 35 siklus. Amplifikasi
menggunakan primer inaA dapat dilihat pada Gambar 7.
Gambar 7. Profil amplikon deteksi gen ina menggunakan primer inaA M :Marker DNA; , a) C1N-5; b); C1N-1 c) P2N-8 suhu annealing 57ºC; , d) C1N-5; e); C1N-1 f) P2N-8 suhu annealing 56ºC; g) C1N-5; h); C1N-51 i) P2N-8 suhu annealing 55ºC.
Pada profil amplikon dengan primer inaA menunjukkan adanya band/pita
DNA. Namun setelah disekuen hasil yang diperoleh dari program BLAST tidak
menunjukkan gen yang spesifik dari gen inaA, melainkan bagian yang tidak
Mabd cfg ehi
250bp500 bp
750 bp
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
33
diketahui dari full genom dari spesies Pantoea sp. Kemungkinan hal ini terjadi
dikarenakan primer yang digunakan untuk amplifikasi belum spesifik maka tidak
ditemukan gen target yang diinginkan, maka dilakukan amplifikasi dengan primer
3076f ;3463r primer ini mencangkup asam amino dari keempat gen ina yaitu
inaA, inaW, inaX dan inaZ. Berdasarkan penelitian yang dilakukan Hillet al.,
(2013) amplifikasi menggunakan PCR dan pengaturan program pre-denaturation
95ºC selama 2 menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 94ºC
selama 15 detik, annealing 53ºC selama 30 detik, dan extention pada 72ºC pada 1
menit. Dengan menggunakan prosedur tersebut didapatkan amplifikasi dari gen-
gen yang diinginkan. Hal ini diketahui dari profil amplikon pada Gambar 8
Gambar 8. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f ;3463rM: Marker DNA, a) C1N-5; b); C1N-51 c) P2N-8
Dapat dilihat dari gambar 7 bahwa terbentuk band/pita DNA dengan
ukuran yang diinginkan tetapi hasilnya belum maksimal, maka perlu dilakukan
optimasi. Optimasi PCR yang dilakukan mengacu pada saran yang diberi Kapa
biosystem selaku produsen penyedia mastermix untuk amplifikasi dengan PCR.
Setelah dilakukan optimasi didapatkan 2 pasang gen ina yang teramplifikasi. Suhu
PCR yang dilakukan saat amplifikasi adalah pre-denaturation 95ºC selama 2
menit, post extention 72ºC selama 5 detik, denaturation pada 94ºC selama 15
M a b c
250 bp
500 bp
750 bp
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
34
detik, annealing 54ºC , 55ºC selama 30 detik, dan extention pada 72ºC pada 1
menit. Adapun hasil perbandingan suhu pada optimasi PCR menggunakan primer
3076f; 3463r dapat dilihat pada Gambar 9.
Gambar 9. Profil amplikon gen ina dengan menggunakan primer 3076f ; 3463r
dengan variasi suhu annealing M: Marker DNA, a) C1N-5; b); C1N-
51 c) P2N-8 suhu annealing 54ºC, d) C1N-5; e); C1N-51 f) P2N-8
suhu annealing 55ºC.
Berdasarkan gambar 8 diketahui bahwa suhu yang terbaik untuk annealing
54ºC sampai 55ºC. Annealing merupakan proses penempelan primer. Suhu
annealing yang terlalu tinggi dapat menyebabkan primer tidak dapat menempel,
sementara apabila suhu terlalu rendah maka primer akan menempel pada daerah
yang tidak spesifik. Hasil BLAST yang ada pada tabel 6 yang didapat dari isolat
C1N-5 dan C1N-1 memiliki kemiripan 94% dengan gen penyandi protein ice
nucleation Pantoea sp. SBPci (untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada lampiran 12
dan 13), dengan panjang basa nukleotida 1 hingga 388 bp SBPci. Pantoea sp.
SBPci adalah isolat bakteri yang didapat dari lesi daun tanaman kacang polong.
Gen pengkode ice nucleation protein mengarah pada inaA (Hill et al., 2013).
M a b dc e f
250 bp
500 bp
750 bp
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
35
Tabel 6.Kemiripan gen ina isolat C1N-5 dan isolat C1N-1 dengan gen inaPantoea sp. SBPci
Kode isolat Kemiripan No. Akses % Kesamaan
C1N-5 Gen penyandi proteinice nucleation Pantoea sp. SBPci
KC311282.1 94%
C1N-1 Gen penyandi proteinice nucleation Pantoea sp. SBPci
KC311282.1 94%
Susunan asam amino pada isolat C1N-5 dan C1N-1 mempunyai
karakteristik dimana dua asam amino yang pertama dari setiap octapeptide adalah
alanin dan glisin. Susunan asam amino yang sama terdiri dari alanin dan glisin
disetiap octapeptidenya juga ditemukan pada bakteri INA yang lain seperti P.
syringae dan P. ananatis (untuk lebih jelasnya dapat dilihat pada lampiran 16 dan
18). Hal ini sependapat dengan Hills et al., (2013) menjelaskan bahwa
karakteristik susunan asam amino bakteri INA yaitu adanya dua asam amino
yang pertama dari setiap octapeptide adalah alanin dan glisin. Adanya octapeptide
yang berulang ulang dalam gen dapat diduga berpengaruh terhadap fungsi
katalisis dan kemampuan membentuk formasi pembentukan inti es pada bakteri
INA. Untuk lebih jelas dapat dilhat pada Tabel 8.
Tabel 8.Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1.
Nama isolat Asam amino
C1N-5 PDSTQITGNRSMLI|AGKGSSQT|AGYRSTLI|SGMCSVQM|AG
ERSKLI|AGADSNQT|AGDRSKLL|AGNNSFLT|AGDRSKLT|A
GNNCILM|AGDGSKLT|AGTNSTLT|AGCNSKLI|GSNGSTLT|
AGENSTLV|FRC
C1N-1` PDSTQITGNRSMLI|AGKGSSQT|AGYRSTLI|SGMCSVQM|AG
ERSKLI|AGADSNQT|AGDRSKLL|AGNNSFLT|AGDRSKLT|A
GNNCILM|AGDGSKLT|AGTNSTLT|AGCNSKLI|GSNGSTLT|
AGENSTLV|FRC
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
36
Isolat C1N-5 dan C1N-1 yang diamplifikasi menggunakan primer 3076f;
3463r mempunyai kesamaan urutam asam amino dengan P. syringae yang
diamplifikasi menggunakan primer inaZ dan P. ananatis yang diamplifikasi
dengan primer inaA. Urutan asam amino isolat C1N-5 dan C1N-1 yang
mempunyai kesamaan dengan asam amino P. syringae terletak pada urutan ke
15–126, sedangkan asam amino P. syringae yang mempunyai kesamaan dengan
isolat C1N-5 dan C1N-1 terletak pada urutan ke 841– 952. Urutan asam amino
isolat C1N-5 dan C1N-1 yang mempunyai kesamaan dengan asam amino P.
ananatis terletak pada urutan ke1- 129, sedangkan asam amino P. ananatis yang
mempunyai kesamaan dengan isolat C1N-5 dan C1N-1 terletak pada urutan ke
1139 –1268 (untuk lebih jelas dapat dilihat pada lampiran 16,17, 18, dan 19).
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
37
BAB V
PENUTUP
A. Kesimpulan
Dari penelitian yang dapat dilakukan dapat diperoleh kesimpulan sebagai
berikut :
1. Bakteri INA yang berhasil diisolasi dari tumbuhan berdaun jarum di
jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu sebanyak 3 isolat.
Jumlah bakteri INA yang ada pada tumbuhan berdaun jarum di jalur
pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu yakni P. mercussi <3,0 x 103
MPN/g, Cupressus sp 3,6 x103 MPN/g, Casuarina sp <3,0 x103
MPN/g.
2. Spesies bakteri INA yang ditemukan pada tumbuhan berdaun jarum di
jalur pendakian Cemoro Sewu Gunung Lawu berdasarkan gen
penyandi 16S rRNA adalah isolat C1N-5 dari sampel Cupressus sp
memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp, isolat C1N-1 Cupressus
sp memiliki kemiripan 97% dengan Pantoea sp, dan isolat P2N-8 dari
sampel P. mercusii memiliki kemiripan 81% dengan Pseudomonas sp.
3. Berdasarkan pohon filogenetik menunjukkan bahwa isolat C1N-5 dan
C1N-1 mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dengan bakteri
INA dari spesies P. ananatis. Sedangkan isolat P2N-8 mempunyai
hubungan kekerabatan dengan bakteri INA dari spesies P. syringae
4. Karakter gen penyandi protein pembentuk inti es bakteri INA isolat
C1N-5 dan C1N-1 memiliki kemiripan 94% dengan gen pengkode ice
nucleation Pantoea sp. SBPci
B. Saran
Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut tentang peranan bakteri INA pada
proses biopresipitasi dan amplifikasi gen ina menggunakan primer yang berbeda
agar didapatkan produk amplifikasi yang baik
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
38
DAFTAR PUSTAKA
Amato, P., Parazols, M., Sancelme, M.,Laj,P., Mailhot,g.and Delort,A.M.2007.
Microorganism isolated from the water phase of trophosperic clouds at
the Puy de Dome: major groups and growth abilities at low
temperatures.FEMS Microbiol Ecol 59: 242-254.
Andrew, J.S and Harris, R.F.2000. The ecology and biogeography of
microorganism on plant surface.Ann. Rev. Phytophatol .38:145-180.
APHA.1975. Standard methods for the examination of water and Wastewater, 14th
edn. American Public Health Association, Washington, Dc.pp 913-927.
Arwiyanto, T. 2009. Bakteri Penyebab Penyakit Tumbuhan sebagai Lawan
dan sebagai Kawan. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.
Azevedo, J.L. Walter M. Jr., Pereira J.O., and De Araujo W.L. 2000.
Endophytic Microorganisms: a Review on Insect Control and Recent
Advances on Tropical Plants. Electronic Journal of Biotechnology 3 (1):
1-9.
Beattie, G.A. and Lindow S.E. 1999. Bacterial Colonization of Leaves: A
Spectrum of Strategies. University of California, Berkeley.
Bosshard P. P, Abels S., Zbinden R, Boottger E. C., and Altwegg M. 2003.
Ribosomal DNA Sequencing for Identification of Aerobic Gram-Positive
Rods in the Clinical Laboratory (an 18-Month Evaluation). J. Clin
Microbiol 41: 4134–4140
Cazorla, F.M., Olalla L., tores J.A perez-Garcia A., codina J.c and de Vicente A.
1995. A method estimation of population densities of ice nucleation active
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
39
Pseudomonas syringae in buds and leaves of mango.J.Appl.Bacteriol, 79:
341- 346
Christner, B.C., Morris C.E., Foreman, C.M., Cai R. and Sands D.C. 2008.
Ubiquity of biological ice nucleators in snowfall. Science 319:1214-1217.
Christner, B.C., Cai R., Morris C.E., McCarter K.S., Foreman C.M.,
Skidmore M.L., Montross S.N., and Sands D.C. 2008. Geographic,
Seasonal, and Presipitation Chemistry Influence on The Abudance and
Activity of Biological Ice Nucleators in Rain and Snow. Proc. Natl. Acad.
Sci. USA. 105 (48): 1-6.
Drancourt M, Bollet C, Carlioz A, Martelin R, Gayral J-P, Raoult D .2000. 16S
ribosomal DNA sequence analysis of a large collection of environmental
and clinical unidentifiable bacterial isolates. J. Clin. Microbiol. 38: 3623-
3630.
Edwards, A.R., Ronald, A., Wichman H.A., and Orser C.S. 1994. Unusual
pattern of bacterial ice nucleation gene evolution. Mol. Biol. Evol.
11:911- 920.
Govindarajan, A.G., and Lindow S.E. 1988. Size of Bacterial Ice Nucleation
Sites Measured in Situ Low Radiation Inactivtion Analysis. Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 58: 1334-1338.
Goto, M., huang, B.L., makino, T., goto, t.and Inaba,T.1988. Isolated from
gemnisphere of tea (Tea sinensis L.), phyllospere of vegetables and flower
of Magnoli adenuclata Desr.Ann.Phytopathol. Soc.Jpn.,54:189-197.
Gross, D.C., Cody, Y.S., Proebsting,E.L., Radmaker,GK and Spotts, R.A.1984.
Ecotypes and pathogenicity of ice nucleation –active Pseudomonas
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
40
syiringae isolated from deciduous fruit tree orchards. Phytopathology,74:
241-248.
Gurian-Sbennan, D., and Lindow S. E. 1993. Bacterial Ice Nucleation:
Significance and Molecular Basis. Proc. Fla. State. Hort. Soc. J. 7:1338-
1343.
Hill, T.C.J., Moffet, B.F., Demott, P.J. Georkopolous, D.G., stump, W.L., and
Franc,G.D.2013. Measurement of ice nucleation-active bacteria on plants
and in precipitation by quantitative PCR. App. Env. Microbiology 80(4):
1256-1267.
Hirano, S.S. and Christen D.U. 2000. Bacteria in The Leaf Ecosystem with
Emphasis on Pseudomonas syringae – a Pathogen, Ice Nucleus and
Epiphyte. Microbiology and Moleculer Biology Reviews 64 (3):624-653.
Janda Michael J. and Abbott L. Sharon.2007. 16S rRNA Gene Sequencing for
Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, and
Pitfalls. J. Clin Microbiology. 45 :2761–2764
Kartika, A. 2009. Teknik eksplorasi dan pengembangan bakteri Pseudomonas
syringae. Banyumas: Dinas Kesehatan Kabupaten Banyumas.
King, E.O., Ward M.K., and Raney E.D. 1954. Two simple media for the
demonstration of pyocyanin and fluorescein. Journal of Laboratory and
Clinical Medicine 44: 301-307.
Kozloff,L.M., Turner, M.A., and Arelano, F.1991b. Formation of Bacterial
membrane Ice nucleating lipoglycoprotein Complexes. J. bacterial 173:
6528-6536.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
41
Lawrance.,G.H.M.1955.An Introduction to Plant Taxonomy. Jhon Wiley and
Sons,New York.
Lindow , S.E., Amy D.C., and Upper C.D. 1978. Distribution of Ice Nucleat- ion-
Active Bacteria on Plants in Nature. Appl. Environ. Microbiol. 36: 1-838.
Lindow , S.E., Arny, D.C., Upper,C.D.1982. Bacterial ice-nucleation: a factor in
frost injury to plants. Plant Phsiology. 70:1084-1089.
Lindow, S.E. 1983. The Role of Bacterial Ice Nucleation in Frost Injury to Plant.
Ann.Rev. Phytopathol. 21:363-384.
Lindow, S.E. 1989. Use of Genetically Altered Bacteria to Achieve Plant Frost
Control. University of California, California. pp. 85-111.
Lindow, s.E.1990. Bacterial Ice nucleation activity.p 428-434.inZ. clement,
K.Rudolp and DC Sand (Ed). Methods in Phytobacteriology. Budapest:
academiai Kiodo.
Lindow, S.E., and Brandl,M.T.2003. Microbiology of the phylospere. Appl
Environ Microbiol 69:1875-1883.
Marchesi, J.R., Sato T., Weightman,A.J., Martin,T.A., Fry J.C., Hiom, S.J., and
Wade, W.G 1998. Design and Evaluation of Useful Bacterium Spesific
PCR primer that Amplify Genes Coding For Bacterial 16S rRNA. Appl.
Environ. Microbial 64: 795-799.
Maki, L.R., Galyon, E.L., Changchien, M. and Caldwell,D.R, 1974. Ice
Nucleation Induced by Pseudomonas syringae.appl.Microbiology,28:456-
459.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
42
Morris, C.E. 2001. Encyclopedia for Life Sciences. Nature Publishing Group,
London.
Morris, C.E., Gergakopoulos D.G., and Sands D.C. 2004. Ice Nucleation Active
Bacteria and Their Potential Role in Precipitation. J. Phys. IV France
121:87-103.
Morris, C.E., Sands D.C., Bardin M., Jaenicke R., Vogel B., Leyronas C.,
Ariya P.A., and Psenner R. 2008. Microbiology and Atmospheric
Processes: an Upcoming Era of Research on Bio-meteorology.
Biogeosciences Discuss 5:191-212.
Murray, R.G.E. and E. Stackebrandt. 1995. Taxonomic notes: implementation of
the provisional status Candidatus for incompletely describes procaryotes.
International Jurnal of Systematic Bacteriology 45: 186-187.
Nejad, P., Ramstedt,M., Granhall, U., Roos, S., and Mcivor, I.2006. Bhiocemical
characterization and Identification of Ice- Nucleation- active (INA) willow
Phatogens by Means of BIOLOG Miroplate, INA Gene Primer and PCR
Based 16s rRNA Gene Analyses.J. Plant.Dis. Prot.113:97-106.
Obata, H., Nakai, T., Tanishita, J. and Tokuyama, T. 1989 . Identification of an
ice nucleating bacterium and its ice nucleation properties.
J.ferment.Bioeng.67:143-147.
Odum, F.P.1983. Principles of Ecology. W.B.Saunders, Philadelphia.
Pangastuti, Astuti. 2006. Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa
Gen Penyandi 16s rRNA dan Gen Penyandi Protein. BIODIVERSITAS.7:
292-296
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
43
Paradis,S., Boissinot, M., Paqutte,N., Belanger, S.D., Martel,E.A.,
Boudreau,D.K., Picard,F.JOuellete, M.,Roy,P.H and Bergeron, M.G.2005.
Phylogeny of the Enterobactteriaceae based on genes encoding elongation
factor Tu and F-ATPase β – subunit.Int j Syst Evol Microbiol 55:2013-
1025.
Polymenakou, P.N.2012.atmosphere: A Source Of Phatogenic Or Beneficial
Microbes. Atsmosphere 3:87-102
Probesting, E.L. and mills, H.H.1978. Low Temperature Resistance of
Developing Flower Buds of Six Deciduous Fruit Species.
J.Am.Hortic.Sci., 103:192-198
Rostami, M. 2012. Isolation and Identification of Ice-Nucleating-Active- Bacteria
and Their Antagonistic bacteria from Pistachio trees in Rafsnjan region.
Advances in Environmental biology, 6(4):m1460-1467.
Ruggles, J.A., Marshall M.N., and Fall R. 1993. Kinetics of Appearance and
Disappearance of Classes of Bacterial Ice Nucleation Support and
Agregation Model for Ice Nucleus Assembly. J. Bacteriol. 175:7216-7221.
Sambrook,J., Fritsch., E.F. and Maniatis,T.1989. Molecular cloning. Texas: Cold
spring Harbor Press. University of Texas Western Medical Centre.
Setyawan,A.D dan Sugiyarto.2001. Keanekaragaman Flora Hutan Jobolarangan
Gunung Lawu. Biodiversitas 2(1):115-112.
Stackebrandt, E. and B.M.Goebel. 1995. A place for DNA-DNA reassociation and
16S rRNA sequence analysis in the present species definition in
bacteriology. International Jurnal of Systematic Bacteriology 44: 846-849
Steenis,C.G.G.J.van.1972. The mountain flora of Java. E.J. Brill,Leiden
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
44
Steenis,C.G.G.J.van.2008. Flora. PT Pradnya Paramita. Jakarta
Stephanie and Diana E.W. 2011. Distribution of Ice Nucleation Active (INA)
Bacteria from Rain-water and Air. Hayati 18 (3):108-112.
Stephen F.A.Wareen G, Webb M, Eugene W.M, David J.L.1990. Basic Local
aligment Search Tool. Journal of Molecilar Biology, 215(3): 403-410.
Tjitrosoepomo, G. 1988. Taksonomi Tumbuhan. Gadjah Mada
University Press, Yogyakarta.
Turner, M.A., Arellano F., and Kmloff L.M. 1991. Component of Ice Nucleation
Structures of Bacteria. J. Bacteriol. 173:6515-6527.
Vali, G. 1996. Nucleation and atsmopheric Aerosols 1996. Oxford: pergamon
Press
Ward, D.M. 1998. A natural species concepts for procaryotes. Current
Opinion in Microbiology 1: 271-277.
Warren, G.J. 1995 Biological Ice Nucleation and Application.st.Paul: APS press
Wahyudi, A.T. 1995. Pembentukan Inti Es oleh Bakteri. Hayati 2:55-59.
Watanabe, K., and Sato, M.1998. detection of Variation of the R-Domain
Structure of Ice nucleation Genes in erwinia herbicola-group Bacteria
by PCR- RFLP Analysis. Current Microbiology 37(1):201-209.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
45
Waturangi, D.E., and Amelia T. 2009. Isolation, Characterization and Genetic
Diversity of Ice Nucleation Active Bacteria on Various Plants. Hayati 16
(2):54-58.
Waturangi, D.E. Meicy V., and Suwanto A. 2008. Isolation and identification of
ice-nucleating-active bacteria from Indonesian edible leafy plant poh-
pohan (Pilea glaberina). Microbiol. Indones. 2:8-10.
Wood, D.1971. The Adaptive significance of a wide altitudinal range for montane
species.Trans.Bot.soc.Edinburg 41: 119-124.
Zein, M.S.A. dan Prawiradilaga D.M.2013. DNA Barcode Fauna Indonesia.
Jakarta: Kencana prenamedia
Zhao, J., and Orser, c.S.1990. conserved repetition in the ice nucleation gene inaX
from Xanthomonas campestris pv. Translucent. Mol.gen. genet.223: 163-
166
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
46
LAMPIRAN
Lampiran 1. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5
AACGAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAGGGGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAGTAGGGCTACCACCGTGCTACAATGCGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAACCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAATCCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAATTCCCGGCCGCNTTTTAACCCCCCGCAC
Lampiran 2. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-1
GGGGGGAGACGAGAACTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTT
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
47
ACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTAATGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACAAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCCATACAAAGAGAAACGACCTCCCGAGAAGCAAGGGGACCTCACAAAATGCGTCGTAATCCGGATCNGAATCTGCACTTCGATCCCTNGAATCCGGAATCCCTNGAAAACTGGGAACAAAATGCCCCGGGAAAAATTCCCGCCGGCTTTTTACCACCGGCCAAA
Lampiran 3. Susunan basa nukleotida gen penyandi 16S rRNA isolat P2N-8
TTGGGGGGGAAAAGGGGCGGATTTCCGGCTTTTTTTCGATAAAGGTTCCCTTCGGCGGGGGTCAACTCCTCCGATAGATCGTTGGAGCTAGTCCCCGGGGCTGCATCTTTGTACCACCTTGAGCGGGGTCCCCTGCTGGAGGGCATGTGAGTGACTCTCCCCCCTTCCTGGATTCTCCCGGTATCTCTTAGAGGCCCACATAAGTGCTGTAATAAGAGAGGCTCTCTCGTGCTGTATTACACTACATTCACGAACGAGCGACGCAGCCAGCAGCATCTAGTATAGTTGAGAAGCACCAATCTTCTCTGAAAGTGCTCTGACGACAGGCCTGGTATGTTCTCGCGTTGATAGAATACACATCTGCTCCACTGTGGTGCGGCCGCCGTCAATCATGTAGTTTACGCTGCGGTCTCCTCACGAGGCGTCAACTTGATGAGCTGCTGCGCCACTTCATATGAAGGATTCCAACGGCTAGTCGTCATCGTCTGCGGCGTGGACTAGCAGGGTTCTAATCTTGTCTGCTCCCCATGCGCAGCAGATCAGTGTCAGTATCAGTGGAGGTGGTCGCCTTCGCCAGTGGTGTTCCTTATCTATATCACATCATTTCACTACTACACAGGATATTCCACCATCCTCTAGACGTACTCTAGCTTACCAGTTTACGGCTGCAGTTCCCAGGTTGAGGGCGGGGCTTTCACATCCAAATTAACAAACCACCTGCGCTCGCTTTACGCGCCAGTAATTCCGATTAACGCTCGCTCCCTATGTATGGCCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTAGTGTGTCGGTAAAGTCAAAACAGCTAGGTATTACCTTACTTTCCTTCCTCCCAACTGAAATTGATTACCAATCCGAAGTCCTTATTCACGCACGCAGGCATGGCTGGATCAGGCTCCCACTCATTGATCAATCTTCCCCACTGCTGCCTCCGGTATGAGTCTGGTCTCTGTGTCAGCTTCAGTGTGGTTGATCTTCCTCTCAGACCAGGTATGGATCGTTGCGTGGGTGAGCCCTTCCCCCACCAACTAGTTAATTCGGCGCAGACTCATCTGAAAGCGCAAGGCCGGTAGGTCTCTTGTTTTCTGCCGTAGTACGTATTAGGTATTAGCGTTCCCTTGGAATTCGCCGTCCCCCACGACCAGTCAGACTCATAGTCATTACTCATCCCGTCGCTCGTCAACGAGAGCAGCTCCGTCCCT
Lampiran 4. Kemiripan isolat C1N-5 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA
Description Max score
Total score
Query cover
E value
Ident Accession
Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2230 2230 98% 0.0 97% FJ357836.1
Uncultured bacterium clone ncd460h07c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2224 2224 98% 0.0 97% HM326435.1
Uncultured bacterium clone ncd459g01c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2224 2224 98% 0.0 97% HM315275.1
Pantoea agglomerans isolate PSB26 16S ribosomal RNA
2218 2218 98% 0.0 97% HQ242739.1
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
48
gene, partial sequencePantoea sp. 3DT5 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2218 2218 98% 0.0 97% HQ849996.1
Lampiran 5. Kemiripan isolat C1N-1 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA
Description Max score
Total score
Query cover
E value
Ident Accession
Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2230 2230 98% 0.0 97% FJ357836.1
Uncultured bacterium clone ncd460h07c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2224 2224 98% 0.0 97% HM326435.1
Uncultured bacterium clone ncd459g01c1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2224 2224 98% 0.0 97% HM315275.1
Pantoea agglomerans isolate PSB26 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2218 2218 98% 0.0 97% HQ242739.1
Pantoea sp. 3DT5 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
2218 2218 98% 0.0 97% HQ849996.1
Lampiran 6. Kemiripan isolat P2N-8 dengan bakteri INA berdasarkan gen penyandi 16S rRNA
Description Max score
Total score
Query cover
E value
Ident Accession
Pseudomonas sp. FK357 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
846 846 86% 0.0 81% KF011496.1
Pseudomonas putida strain ZR066 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
793 793 86% 0.0 80% JX173551.1
Uncultured bacterium clone nbt181a01 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
725 725 86% 0.0 79% FJ894582.1
Uncultured bacterium clone nbt231g08 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
725 725 86% 0.0 79% EU538563.1
Uncultured bacterium clone nbt181a01 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
725 725 86% 0.0 79% EU534712.1
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
49
Lampiran 7. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp. SB547
Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|FJ357836.1|Length: 1478Number of Matches: 1Range 1: 59 to 1367GenBankGraphics Next Match Previous Match
Score Expect Identities Gaps Strand
2230 bits(1207) 0.0 1279/1313(97%) 7/1313(0%) Plus/PlusQuery 4 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 59 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 118
Query 64 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 119 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 178
Query 124 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 179 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 238
Query 184 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 239 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 298
Query 244 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 299 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 358
Query 304 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 359 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 418
Query 364 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 419 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 478
Query 424 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 479 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 538
Query 484 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 539 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 598
Query 544 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 599 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 658
Query 604 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 659 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 718
Query 664 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 719 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 778
Query 724 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 779 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 838
Query 784 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 839 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 898
Query 844 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
50
Sbjct 899 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 958
Query 904 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACC 963 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 959 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTTGGCAGAGATGCCTTAGTGCCTTCGGGAACC 1018
Query 964 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 1019 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1078
Query 1024 GCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1083 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||Sbjct 1079 GCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTCATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1138
Query 1084 CTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAgggggggATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAG 1143 ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||Sbjct 1139 CTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG 1198
Query 1144 TAGGGCTAC-CACCGTGCTACAATG-CGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAA 1201 ||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||Sbjct 1199 TAGGGCTACACAC-GTGCTACAATGGCG-CATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAA 1256
Query 1202 CCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAAT 1261 |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| || | |Sbjct 1257 GCGGACCTCACAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGT 1316
Query 1262 CCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAA-TTCCCGG 1313 | |||||| || || || | |||||| |||||||||| ||| | |||||||Sbjct 1317 C-GGAATCGCT-AGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGG 1367
Lampiran 8. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat C1N-1 bakteri INA dengan Pantoea sp. SB547
Pantoea sp. SB547 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|FJ357836.1|Length: 1478Number of Matches: 1Range 1: 59 to 1367GenBankGraphics Next Match Previous Match
Score Expect Identities Gaps Strand
2230 bits(1207) 0.0 1279/1313(97%) 7/1313(0%) Plus/PlusQuery 4 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 63 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 59 GAGAGCTTGCTCTTGGGTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGGATCTGCCCG 118
Query 64 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 123 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 119 ATAGAGGGGGATAACCACTGGAAACGGTGGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAG 178
Query 124 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 183 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 179 AGGGGGACCTTCGGGCCTCTCACTATCGGATGAACCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGCGG 238
Query 184 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 239 GGTAATGGCCCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTG 298
Query 244 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 299 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG 358
Query 304 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 363 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 359 CGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTT 418
Query 364 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 423 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 419 TCAGCGGGGAGGAAGGCGATGCGGTTAATAACCGCGTCGATTGACGTTACCCGCAGAAGA 478
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
51
Query 424 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 483 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 479 AGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG 538
Query 484 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 543 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 539 AATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGC 598
Query 544 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 603 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 599 TTAACCTGGGAACTGCATTTGAAACTGGCAGGCTTGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGAATT 658
Query 604 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 663 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 659 CCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 718
Query 664 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 723 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 719 CTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT 778
Query 724 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 779 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTTCCCTTGAGGAGTGGCTTCCG 838
Query 784 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 839 GAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGA 898
Query 844 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 903 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 899 ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA 958
Query 904 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTCGGCAGAGATGCCTTATTGCCTTCGGGAACC 963 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||Sbjct 959 CCTTACCTACTCTTGACATCCACGGAATTTGGCAGAGATGCCTTAGTGCCTTCGGGAACC 1018
Query 964 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 1019 GTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCC 1078
Query 1024 GCAACGAGGGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTAATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1083 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||Sbjct 1079 GCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGAGTCATGTCGGGAACTCAAAGGAGA 1138
Query 1084 CTGCCCGTGATAAACCGGAGGAAgggggggATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACCAG 1143 ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||Sbjct 1139 CTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAG 1198
Query 1144 TAGGGCTAC-CACCGTGCTACAATG-CGCCATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAAGGCAA 1201 ||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||Sbjct 1199 TAGGGCTACACAC-GTGCTACAATGGCG-CATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAA 1256
Query 1202 CCGGACCTCCAAAAGTGCGTCGTAATCCGGATCGGAGTCTGGAACTCCACTCCCTGGAAT 1261 |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| || | |Sbjct 1257 GCGGACCTCACAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGT 1316
Query 1262 CCGGAATCCCTNAGAAACCTGGGATCAAAATGCCACGGGGAAAAA-TTCCCGG 1313 | |||||| || || || | |||||| |||||||||| ||| | |||||||Sbjct 1317 C-GGAATCGCT-AGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGG 1367
Lampiran 9. Aligment sekuen parsial DNA dari gen penyandi 16S rRNA isolat P2N-8 bakteri INA dengan Pseudomonas sp. FK357
Pseudomonas sp. FK357 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|KF011496.1|Length: 1431Number of Matches: 1Range 1: 26 to 1130GenBankGraphics Next Match Previous Match
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
52
Score Expect Identities Gaps Strand846 bits(458) 0.0 905/1113(81%) 62/1113(5%) Plus/Minus
Query 140 AGGG-CATG-TGA-GTGAC-TC-TCCCC-CCTTCCT--GGATTCTC-CCGGTA-TCT-CT 188 |||| |||| ||| |||| || ||||| ||||||| || || || |||| | ||| ||Sbjct 1130 AGGGCCATGATGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCT 1071
Query 189 TAGAG-GCCCA-CATAA-GTGCT-GTAA-TAA-GA-GA-GGCT-CTCTCG-TGCTGTA-T 237 ||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| || | || | | |||| | | | | |Sbjct 1070 TAGAGTGCCCACCATAACGTGCTGGTAACTAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACGGGACT 1011
Query 238 T-ACACTACAT-TCACGA-ACGAGC-GACG-CAGCCA-GCAGCATCT-AGT-ATAGTT-G 288 | || | |||| |||||| |||||| |||| |||||| |||||| || || | |||| Sbjct 1010 TAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTGTCAGAGTTCC 951
Query 289 AGAA-GCACCAAT-CTTCTCT-GAAAGTGCTCTG-ACGAC-AGGCCTGGT-ATGTTC-TC 341 ||| |||||||| | ||||| |||||| ||||| | | | ||||||||| | |||| ||Sbjct 950 CGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCTCTGCATGTCAAGGCCTGGTAAGGTTCTTC 891
Query 342 GCGTTG-ATAGAA-TACA-CATCTGCTCCACTG-TGGTGC-GGCCGCCGTCAAT-CATGT 395 |||||| | ||| || | || |||||||| | | |||| |||| |||||||| ||| |Sbjct 890 GCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCATTT 831
Query 396 -AG-TTT-ACGCTGCGGTC-TCCTCACGAGGCG-TCAACTTGATGAGCT-GCTGCGCCAC 449 || ||| || ||||| | | ||| | ||||| ||||||| ||| | | ||||||||||Sbjct 830 GAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCAACTTAATGCGTTAGCTGCGCCAC 771
Query 450 T-TCATATGAAGGATTCCAACGGCTAGTCGTCATCGTCTGCGGCGTGGACTAGCAGGGT- 507 | || | ||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||| |||||| Sbjct 770 TAAAATCTCAAGGATTCCAACGGCTAGTTGACATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTA 711
Query 508 TCTAATCTTGTCTGCTCCCCATGC-GCAGCAGATCAGTGTCAGTATCAGTGGAGGTGGTC 566 ||||||| ||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||Sbjct 710 TCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGTGTCAGTATCAGTCCAGGTGGTC 651
Query 567 GCCTTCGCCAGTGGTGTTCCTTATCTATATC-ACATCATTTCACTACTACACAGGATATT 625 |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||| |||Sbjct 650 GCCTTCGCCACTGGTGTTCCTT-CCTATATCTAC-GCATTTCACCGCTACACAGGAAATT 593
Query 626 CCACCATCCTCTAGACGTACTCTAGCTTACCAGTTTACGGCTGCAGTTCCCAGGTTGAGG 685 |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 592 CCACCACCCTCTA-CCGTACTCTAGCTTGCCAGTTT-TGGATGCAGTTCCCAGGTTGAGC 535
Query 686 GCGGGGCTTTCACATCCAAATTAACAAACCACCTGCGCTCGCTTTACGCGCCAGTAATTC 745 |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||Sbjct 534 CCGGGGCTTTCACATCCAACTTAACAAACCACCTACGCGCGCTTTACGC-CCAGTAATTC 476
Query 746 CGATTAACGCTCGCTCCCTATGTATGGCCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTT 805 ||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 475 CGATTAACGCTTGCACCCTCTGTATTACCGCGGCTGCAGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTT 416
Query 806 AGTGTGTCGGTAAAGTCAAAACAGCTAGGTATTACCTTACTTTCCTTCCTCCCAACTGAA 865 | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||Sbjct 415 ATTCTGTCGGTAACGTCAAAACAGCAAGGTATTAACTTACTGCCCTTCCTCCCAACTTAA 356
Query 866 ATTGATTACCAATCCGAAGTCCTTATTCACGCACGCAGGCATGGCTGGATCAGGCTCCCA 925 | || || |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 355 AGTGCTTTACAATCCGAAGACCTTCTTCACACACGC-GGCATGGCTGGATCAGGCTTTCG 297
Query 926 CTCATTGATCAATCTTCCCCACTGCTGCCTCCGGTATGAGTCTGGTCTCTGTGTCAGCTT 985 | ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| |||| | Sbjct 296 CCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTC 237
Query 986 CAGTGTGGTTGATCTTCCTCTCAGACCAGGTATGGATCGTTGCGTGGGTGAGCCCTTCCC 1045 ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||| || | |||||||| || ||Sbjct 236 CAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACC 177
Query 1046 CCACCAACTAGTTAATTCGGCGCAGACTCATCTGAAAGCGCAAGGCCGGTAGGTCTCTTG 1105 ||||||||||| |||| || | || ||||||||| ||||||||||| | ||||| | ||Sbjct 176 CCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAGGCCCGAAGGTCCCCTG 117
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
53
Query 1106 TTTTCTGCCGTAGTACGTATTAGGTATTAGCGTTCCCTTGGAATTCGCCGTCCCCCACGA 1165 ||||| |||||| |||||| |||||||||||||| || ||| || ||||||||| |Sbjct 116 CTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTTCCTTTCGAAA-CGTTGTCCCCCACTA 58
Query 1166 CCAGTCAGACTCATAGTCATTACTCATCCCGTC 1198 |||| |||| || ||| ||||||||| ||||||Sbjct 57 CCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCA-CCCGTC 26
Lampiran 10. Susunan basa nukleotida gen ina isolat C1N-5
CCCTGACAGTACGCAGATAACAGGCAACAGAAGTATGCTGATTGCCGGTAAAGGCAGCTCTCAGACAGGGGTATCGCAGTACCTTAATCTCAGGAATGTGCAGCGTACAGATGGCAGGAGAGCGCAGCAAACTCAGCTGGCGCTGACAGTAATCAGACTGCGGGTGACAGAAGCAAGCTTCTGGCGGGGAATAACAGCTTTCTCCGCAGGTGACCGTAGCAAACTTACGGCAGGCAACAACTGCATACTTATGGCGGGCGACGGCAGCAAATACAGCCGGAACCAACAGCACCCTTACTGCAGGATGCAACAGTAAACTTATCGGGAGCAACGGCTCAACACTGACTGCAGGTGAAAACTCCACGCTGGTTTTCCGATGC
Lampiran 11. Susunan basa nukleotida gen ina isolat C1N-1
CCCTGACAGTACGCAGATAACAGGCAACAGAAGTATGCTGATTGCCGGTAAAGGCAGCTCTCAGACAGGGGTATCGCAGTACCTTAATCTCAGGAATGTGCAGCGTACAGATGGCAGGAGAGCGCAGCAAACTCATCGCTGGCGCTGACAGTAATCAGACTGCGGGTGACAGAAGCAAGCTTCTGGCGGGGAATAACAGCTTTCTCACCGCAGGTGACCGTAGCAAACTTACGGCAGGCAACAACTGCATACTTATGGCGGGCGACGGCAGCAAACTTACAGCCGGAACCAACAGCACCCTTACTGCAGGATGCAACAGTAAACTTATCGGGAGCAACGGCTCAACACTGACTGCAGGTGAAAACTCCACGCTGGTTTTCCGATGC
Lampiran 12. Similaritas sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5 dengan genPantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds
Description Max score
Total score
Query cover
E value
Ident Accession
Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds
549 549 91% 9e-153 94% KC311282.1
Lampiran 13. Similaritas sekuens parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1 dengan genPantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds
Description Max score
Total score
Query cover
E value
Ident Accession
Pantoea sp SBPci ice nucleation protein gene, partial cds
549 549 91% 9e-153 94% KC311282.1
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
54
Lampiran 14. Aligment sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-5 bakteri INA dengan Pantoea sp. SBPci
Pantoea sp. SBPci ice nucleation protein gene, partial cds Sequence ID: gb|KC311282.1|Length: 388Number of Matches: 1Range 1: 2 to 365GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1
Score Expect Identities Gaps Strand
549 bits(297) 9e-153 342/364(94%) 1/364(0%) Plus/Minus
Query 11 TTTC-CCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 69 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 365 TTTCACCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 306
Query 70 TCAGGGAACTGTTGGTACCGGCGGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 129 | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 305 TAAGGGTGCTGTTGGTTCCGGCTGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 246
Query 130 TGTTGCCTGCCGTGAGTTTGCTTCGGTCACCTGCCGTGAGAAAGCTGTTATTTCCCGCCA 189 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||Sbjct 245 TGTTGCCTGCCGTAAGTTTGCTACGGTCACCTGCGGTGAGAAAGCTGTTATTCCCCGCCA 186
Query 190 GAAGCTTGCTTCGGTCGCCTGCGGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 249 |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 185 GAAGCTTGCTTCTGTCACCCGCAGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 126
Query 250 GCTCGCCGGCCATCTGTACGCTGCCCATTCCTGAGATTAGGGTACTGCGATACCCCGCCG 309 |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |Sbjct 125 GCTCTCCTGCCATCTGTACGCTGCACATTCCTGAGATTAAGGTACTGCGATACCCCGCTG 66
Query 310 TCTGCGAGCTGCCTTTACCAGCAATCAGCATGCTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 369 |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 65 TCTGAGAGCTGCCTTTACCGGCAATCAGCATACTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 6
Query 370 CAGG 373 ||||Sbjct 5 CAGG 2
Lampiran 15. Aligment sekuen parsial DNA dari gen ina isolat C1N-1bakteri INA dengan Pantoea sp. SBPci
Pantoea sp. SBPci ice nucleation protein gene, partial cds Sequence ID: gb|KC311282.1|Length: 388Number of Matches: 1Range 1: 2 to 365GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1
Score Expect Identities Gaps Strand
549 bits(297) 9e-153 342/364(94%) 1/364(0%) Plus/Minus
Query 11 TTTC-CCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 69 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 365 TTTCACCTGCAGTCAGTGTTGAGCCGTTGCTCCCGATAAGTTTACTGTTGCATCCTGCAG 306
Query 70 TCAGGGAACTGTTGGTACCGGCGGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 129 | |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 305 TAAGGGTGCTGTTGGTTCCGGCTGTAAGTTTGCTGCCGTCGCCCGCCATAAGTATGCAGT 246
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
55
Query 130 TGTTGCCTGCCGTGAGTTTGCTTCGGTCACCTGCCGTGAGAAAGCTGTTATTTCCCGCCA 189 ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||Sbjct 245 TGTTGCCTGCCGTAAGTTTGCTACGGTCACCTGCGGTGAGAAAGCTGTTATTCCCCGCCA 186
Query 190 GAAGCTTGCTTCGGTCGCCTGCGGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 249 |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 185 GAAGCTTGCTTCTGTCACCCGCAGTCTGATTACTGTCAGCGCCAGCGATGAGTTTGCTGC 126
Query 250 GCTCGCCGGCCATCTGTACGCTGCCCATTCCTGAGATTAGGGTACTGCGATACCCCGCCG 309 |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |Sbjct 125 GCTCTCCTGCCATCTGTACGCTGCACATTCCTGAGATTAAGGTACTGCGATACCCCGCTG 66
Query 310 TCTGCGAGCTGCCTTTACCAGCAATCAGCATGCTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 369 |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||Sbjct 65 TCTGAGAGCTGCCTTTACCGGCAATCAGCATACTTCTGTTGCCTGTTATCTGCGTACTGT 6
Query 370 CAGG 373 ||||Sbjct 5 CAGG 2
Lampiran 16. Karakteristik asam amino Pseudomonas syringae dan isolat C1N-5
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AQEGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGEDSSLTAGYGSTQTAQ 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| EGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGGDSSLTAGYGSTQTAQEG 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SNLTSGYGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSN 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| LTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGSDSSLTAGYGSTQTAQEGSNLT 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGYGSTSTAGVDSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAG 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAGYG 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| STGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAREGSTLTAGYGST 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| GTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAQQGSVLTSGYGSTQT 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGAASNLTTGYGSTGTAGHESFIIAGYGSTQTAGHKSILTAGYGSTQTAR 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| DGSDLIAGYGSTGTAGSGSSLIAGYGSTQTASYRSMLTAGYGSTQTAREH 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SDLVTGYGSTSTAGSNSSLIAGYGSTQTAGFKSILTAGYGSTQTAQERSD 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
56
gi|671773089|gb|KFF84191.1| LVAGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYGSTLTTGYGSTQTAQENSSLT 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| TGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQERSDLVTG 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTSTAGYASSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQENSSLTTGYG 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|671773089|gb|KFF84191.1| STSTAGFASSLIAGYGSTQTAGYKSTLTAGYGSTQTAEYGSSLTAGYGST 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| ATAGQDSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLIAGLRSVLIAGYGSSLT 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SGIRSTLTAGYGSNQIASYGSSLIAGHESIQVAGNKSMLIAGKGSSQTAG 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------PDSTQITGNRSMLIAGKGSSQTAG 24 :* *::**:**************
gi|671773089|gb|KFF84191.1| FRSTLIAGAGSVQLAGDRSRLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSYLTAGDR 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| YRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSFLTAGDR 74 :*****:* ***:**:**:***********************:******
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SKLTGGHDCTLMAGDQSRLTAGKNSILTAGARSKLIGSEGSTLSAGEDST 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| SKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIGSNGSTLTAGENST 124 ****.*::* ***** *:****.** ****..******:****:***:**
gi|671773089|gb|KFF84191.1|LIFRLWDGKRYRQLVARTGENGVEADIPYYVNEEDDIVDKPDEDDDWIEV 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|LVFRC--------------------------------------------- 129 *:**
gi|671773089|gb|KFF84191.1| E 1001gi|442569538|gb|AGC59657.1| -
Lampiran 17. Karakteristik asam amino Pseudomonas syringae dengan isolatC1N-1
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AQEGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGEDSSLTAGYGSTQTAQ 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| EGSNLTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGGDSSLTAGYGSTQTAQEG 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SNLTSGYGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSN 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| LTAGYGSTGTAGSDSSLIAGYGSTQTSGSDSSLTAGYGSTQTAQEGSNLT 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGYGSTSTAGVDSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAG 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSDSALTAGYGSTQTAQEGSNLTAGYG 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
57
gi|671773089|gb|KFF84191.1| STGTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAREGSTLTAGYGST 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| GTAGADSSLIAGYGSTQTSGSESSLTAGYGSTQTAQQGSVLTSGYGSTQT 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| AGAASNLTTGYGSTGTAGHESFIIAGYGSTQTAGHKSILTAGYGSTQTAR 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| DGSDLIAGYGSTGTAGSGSSLIAGYGSTQTASYRSMLTAGYGSTQTAREH 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SDLVTGYGSTSTAGSNSSLIAGYGSTQTAGFKSILTAGYGSTQTAQERSD 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| LVAGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYGSTLTTGYGSTQTAQENSSLT 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| TGYGSTSTAGYSSSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQERSDLVTG 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| YGSTSTAGYASSLIAGYGSTQTAGYESTLTAGYGSTQTAQENSSLTTGYG 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| STSTAGFASSLIAGYGSTQTAGYKSTLTAGYGSTQTAEYGSSLTAGYGST 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| ATAGQDSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLIAGLRSVLIAGYGSSLT 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SGIRSTLTAGYGSNQIASYGSSLIAGHESIQVAGNKSMLIAGKGSSQTAG 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------PDSTQITGNRSMLIAGKGSSQTAG 24 :* *::**:**************
gi|671773089|gb|KFF84191.1| FRSTLIAGAGSVQLAGDRSRLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSYLTAGDR 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| YRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKLLAGNNSFLTAGDR 74 :*****:* ***:**:**:***********************:******
gi|671773089|gb|KFF84191.1| SKLTGGHDCTLMAGDQSRLTAGKNSILTAGARSKLIGSEGSTLSAGEDST 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| SKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIGSNGSTLTAGENST 124 ****.*::* ***** *:****.** ****..******:****:***:**
gi|671773089|gb|KFF84191.1|LIFRLWDGKRYRQLVARTGENGVEADIPYYVNEEDDIVDKPDEDDDWIEV 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|LVFRC--------------------------------------------- 129 *:**
gi|671773089|gb|KFF84191.1| E 1001gi|442569538|gb|AGC59657.1| -
Lampiran 18. Karakteristik asam amino Pantoea ananatis dan isolat C1N-5
gi|14587074|gb|AAK70465.1| MKEDKVLILRTCANNMADHGGIIWPLSGIVECKYWKPVKGFENGLTGLIW 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|14587074|gb|AAK70465.1| GKGSDSPLSLHADARWVVAEVDADECIAIETHGWIKFPRAEVLHVGTKTS 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
58
gi|14587074|gb|AAK70465.1| AMQFILHHRADYVASTEMQAGPGAPDVTSEVKAGNRSLPVTDDIDATIES 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQPTQTIEIATYGSTLSGTHQSQLIAGYGSTETAGDSSTLIAGYGSTG 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGSDSTLVAGYGSTQTAGEESSQMAGYGSTQTGMKGSDLTAGYGSTGTA 250gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GADSSLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGA 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| DSSLIAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDS 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| SLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGADSSL 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| IAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDSSLIA 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTSTAGYESSLISGY 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAGYGSTLTAGYGSTQTAQNESDLITGYGSTSTAGANSSLIAGYGS 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTASYNSVLTAGYGSTQTAREGSDLTAGYGSTGTAGSDSSIIAGYGSTQ 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TASYHSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTA 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYNSILTAGYGSTQTAQEGSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTASY 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| HSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYNS 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| ILTAGYGSTQTAQERSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYHSIL 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGYGSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGSDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTA 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYDSSLIAGYGSTQTAGYHSILTAGY 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGPDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTAGYGS 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| -------------------------------------------------- gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYESSLIAGYGSTQTASFKSTLMAGYGSSQ 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
59
gi|14587074|gb|AAK70465.1| AAREQSSLTAGYGSTSMAGYDSSLIAGYGSTQTAGYQSTLTAGYGSTQTA 1050gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| EHSSTLTAGYGSTATAGADSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLISGL 1100gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| RSVLTAGYGSSLISGRRSSLTAGYGSNQIASHRSSLIAGPESTQITGNRS 1150gi|442569538|gb|AGC59657.1|---------------------------------------PDSTQITGNRS 11 *:*********
gi|14587074|gb|AAK70465.1| MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGADSVQMAGERGKLIAGADSTQTAGDRSKL 1200gi|442569538|gb|AGC59657.1|MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKL 61 ********************* ********.********.*********
gi|14587074|gb|AAK70465.1| LAGNNSYLTAGDRSKLTAGNDCILMAGDRSKLTAGINSILTAGCRSKLIG 1250gi|442569538|gb|AGC59657.1|LAGNNSFLTAGDRSKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIG 111 ******:*************:******* ****** ** *****.*****
gi|14587074|gb|AAK70465.1| SNGSTLTAGENSVLIFRCWDGKRYTNVVAKTGKGGIEADMPYQMDEDNNI 1300gi|442569538|gb|AGC59657.1|SNGSTLTAGENSTLVFRC-------------------------------- 129 ************.*:***
gi|14587074|gb|AAK70465.1| VNKPEE 1306gi|442569538|gb|AGC59657.1|------
Lampiran 19. Karakteristik asam amino Pantoea ananatis dan isolat C1N-1
gi|14587074|gb|AAK70465.1| MKEDKVLILRTCANNMADHGGIIWPLSGIVECKYWKPVKGFENGLTGLIW 50gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GKGSDSPLSLHADARWVVAEVDADECIAIETHGWIKFPRAEVLHVGTKTS 100gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| AMQFILHHRADYVASTEMQAGPGAPDVTSEVKAGNRSLPVTDDIDATIES 150gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQPTQTIEIATYGSTLSGTHQSQLIAGYGSTETAGDSSTLIAGYGSTG 200gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGSDSTLVAGYGSTQTAGEESSQMAGYGSTQTGMKGSDLTAGYGSTGTA 250gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GADSSLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGA 300gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| DSSLIAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDS 350gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| SLIAGYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGADSSL 400gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| IAGYGSTQTAGEESTQTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTGTAGDDSSLIA 450gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAGEDSSLTAGYGSTQTAQKGSDLTAGYGSTSTAGYESSLISGY 500gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
60
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAGYGSTLTAGYGSTQTAQNESDLITGYGSTSTAGANSSLIAGYGS 550gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTASYNSVLTAGYGSTQTAREGSDLTAGYGSTGTAGSDSSIIAGYGSTQ 600gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TASYHSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTA 650gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYNSILTAGYGSTQTAQEGSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTASY 700gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| HSSLTAGYGSTQTAREQSVLTTGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYNS 750gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| ILTAGYGSTQTAQERSDLTAGYGSTSTAGADSSLIAGYGSTQTAGYHSIL 800gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TAGYGSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGSDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTA 850gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GYGSTQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYDSSLIAGYGSTQTAGYHSILTAGY 900gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| GSTQTAQERSDLTTGYGSTSTAGPDSSLIAGYGSTQTAGYNSILTAGYGS 950gi|442569538|gb|AGC59657.1| --------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| TQTAQENSDLTTGYGSTSTAGYESSLIAGYGSTQTASFKSTLMAGYGSSQ 1000gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| AAREQSSLTAGYGSTSMAGYDSSLIAGYGSTQTAGYQSTLTAGYGSTQTA 1050gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| EHSSTLTAGYGSTATAGADSSLIAGYGSSLTSGIRSFLTAGYGSTLISGL 1100gi|442569538|gb|AGC59657.1|--------------------------------------------------
gi|14587074|gb|AAK70465.1| RSVLTAGYGSSLISGRRSSLTAGYGSNQIASHRSSLIAGPESTQITGNRS 1150gi|442569538|gb|AGC59657.1|---------------------------------------PDSTQITGNRS 11 *:*********
gi|14587074|gb|AAK70465.1| MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGADSVQMAGERGKLIAGADSTQTAGDRSKL 1200gi|442569538|gb|AGC59657.1|MLIAGKGSSQTAGYRSTLISGMCSVQMAGERSKLIAGADSNQTAGDRSKL 61 ********************* ********.********.*********
gi|14587074|gb|AAK70465.1| LAGNNSYLTAGDRSKLTAGNDCILMAGDRSKLTAGINSILTAGCRSKLIG 1250gi|442569538|gb|AGC59657.1|LAGNNSFLTAGDRSKLTAGNNCILMAGDGSKLTAGTNSTLTAGCNSKLIG 111 ******:*************:******* ****** ** *****.*****
gi|14587074|gb|AAK70465.1| SNGSTLTAGENSVLIFRCWDGKRYTNVVAKTGKGGIEADMPYQMDEDNNI 1300gi|442569538|gb|AGC59657.1|SNGSTLTAGENSTLVFRC-------------------------------- 129 ************.*:*** gi|14587074|gb|AAK70465.1| VNKPEE 1306gi|442569538|gb|AGC59657.1|------
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user