penyebab penyakit layu stewart pada tanaman … · belum ada laporan kejadian penyakit layu stewart...

BAKTERI Pantoea stewartii subsp stewartiiPENYEBAB PENYAKIT LAYU STEWART PADA

TANAMAN JAGUNG DI BALI

I Gede Rai Maya Temaja (NIDN: 0009106204)G.N. Alit Susanta Wirya (NIDN: 0015016802)

Ni Made Puspawati (NIDN: 0016095302)

Penyakit layu stewart (Pantoea stewartii subsp.

Stewartii) : penyakit baru di Indonesia.

Sampai tahun 2006 masih merupakan OPTK A1 (OPT

yang belum ada di Indonesia)

2008 dilaporkan di Sumatera Barat, 2009 : di Lampung,

Jabar, Jateng, Jatim, Gorontalo (KP 9-40%)

Belum ada laporan kejadian penyakit layu stewart di Bali

patogen tular benih: menyebar secara luas bersamaan

dengan penyebaran bahan tanaman

• Dapatkah terdeteksi secara molekuler P. stewartii

subsp. stewartii .

• Bagaimana hubungan kekerabatan patogen isolat

Bali dengan isolat sejenis dari wilayah geografi

lain, berdasarkan gen cps

• Bagaimana sebaran geografis penyakit layu

stewart di Bali

PERUMUSAN MASALAH

• Mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri yang

berasosiasi dengan penyakit layu stewart pada

tanaman jagung di Bali.

• Menganalisis hubungan kekerabatan bakteri

penyebab penyakit layu stewart jagung isolat Bali

dengan isolat sejenis dari wilayah geografi lain,

berdasarkan gen cps.

• Menentukan sebaran geografis penyakit layu

stewart di daerah sentra produksi jagung di Bali

TUJUAN PENELITIAN

• Patogen penyebab penyakit layu stewart

• Hubungan kekerabatan patogen isolat Bali

• Peta sebaran geografis penyakit

• Publikasi pada jurnal terakreditasi (JFI)

Pengambilan Sampel dan PenentuanSebaran Geografi Penyakit di Bali

• Survei di semua kabupaten di Bali

• Pengamatan:

• Gejala

• Insiden penyakit

• Intensitas penyakit

• Deteksi patogen dengan ELISA

Identifikasi

• Isolasi Total DNA

• Amplifikasi DNA gen cps

• Sekuensing nukleotida

• analisis filogenetika

Hubungan kekerabatan patogenberdasarkan sekuen gen CPS

Sekuensing

• Analisis sekuen dilakukan PT. Genetika Science Indonesia yang hasilnya diteruskan untukanalisis filogenetik. Penentuan urutan(sekuensing) DNA merupakan prosespenentuan urutan basa suatu segmen DNA.

• Analisis filogenetika menggunakan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 6) dan BLAST dari NCBI.

• Isolat dari Bali dianalisis filogenetiknya bersama dengan isolat dari beberapa negara lain, sehingga dapat diketahuikekerabatannya.

Analisis Filogenetik

Sampel Insiden

Penyakit (%)

Intensitas

Penyakit (%)

Gejala Penyakit

Denpasar 23 10 Terdapat garis kuning membujur sejajar tulang daun

yang lama kelamaan menjadi layu

Tabanan 16 5 Garis kuning membujur sejajar daun.

Gianyar 21 10 Garis kuning tidak beraturan sejajar dengan tulang

daun

Karangasem 11 3 Bercak kuning pada daun dan layu

Persentase Insiden Penyakit Layu Stewart di Provinsi Bali

Morfologi Koloni Bakteri

• Sampel yang berasal dari desa Padang Galak, Denpasar mempunyai bentuk koloni bulat, berwarnakuning dengan eksoselulerpolisakarida yang cukupbanyak.

• Hal ini sesuai dengan apa yang diungkapkan olehSchaad (2001) mengenai morfologi koloni bakteriPantoea stewartii subsp stewartii yaitu koloni padaNutrient agar, bulat, pertumbuhan yang lambat danberwarna kuning, tidak berlendir.

Deteksi Menggunakan PCR

1 2 M 3 4 5 6 7 8

1100bp

Keterangan:[1], [2] Padang Galak Denpasar; [3],[4] Kediri, Tabanan; [5],[6] Blahbatu Gianyar; [7], [8] Manggis Karangasem

Matrik similaritas Pantoea stewarti subsp stewartii isolat Bali dan isolathomologinya yang terdaftar di GeneBank berdasarkan sekuen gen CPS (%)

DOAB 021 (EU215383.1) Kanada : 98,97%DC283 (AF077292.2) USA : 98,97%cpsD (AB894429.1) Jepang: 99,08%DOAB 022 (EU215384.1) Kanada: 99,08%

Filogeni kekerabatan P. stewartii subsp stewartii isolatBali terhadap isolat-isolat homologinya