langkah-langkah docking molekul obat pada program arguslab sediakan ligan … · 2009-05-10 · m...

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

LANGKAH-LANGKAH DOCKING MOLEKUL OBAT PADA PROGRAM ARGUSLAB

1. Sediakan ligan dan protein target yang akan didocking dalam format pdb, pada contoh

berikut akan dipakai Oseltamivir sebagai ligan dan protein virus H5N1 sebagai target. 2. Buka program Arguslab:

3. Klik file, open untuk membuka protein yang akan didocking

ini adalah tampilan preotei target (Model_1) 4. Lakukan langkah seperti no 3 untuk file lligan

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

5. Klik tanda + pada

6. Akan tampak dilayar

7. Lakukan langkah 5 tapi dengan klik + pada folder residu, sampai muncul folder Misc, klik +

pada file Misc hingga tampak dilayar :

8. Klik kanan 1 FRA

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

9. Klik ‘ Make a Ligan Group from this Residue, klik + pada group

10. Lakukan langkah 5 dan 6 pada folder model dan pada layar akan terlihat :

11. Klik + pada folder Amino Acids

Cat : Karena ini adalah blind docking maka digunakan asumsi umum bahwa situs pengikatan ligan pada proteiin adalah didaerah yang statis seperti pada helix ataupun pada beta sheet. Pada contoh akan digunakan 200 ALA : alpha helix sebagai situs pengikatan (binding site), dengan cara klik kanan 200 ALA, make group from residu (baris ke-3 pada kotak dialog)

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

12. Setelah langkah di atas dilakukan pada layar akan tampak Klik ‘Binding Site’ dan ketik pada Name 200 ALA, OK

13. Klik dan pada layar akan tampak :

14. Klik start dan proses docking akan berjalan proses ini membutuhkan waktu yang panjang tergantung dari kompleksitas protein target dan jenis ligan, terutama lagi pada spesifikasi komputer yang digunakan

15. Setelah proses selesai save file dalam bentuk pdb dan klik untuk menampilkan data-data hasil docking.

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

16. Untuk menampilkan hasil docking pada paymol, klik pada file yang telah disimpan tadi dan

buka dengan program paymol :

17. Klik ‘S’ pada sudut kanan bawah untuk menampilkan sequnece

Geser bagian ini sampai keujung dan akan terlihat sebuag sequence yang berbeda dengan urutan ‘DEF’ blok bagian ini dan ligan yang telah didocking akan tampak pada layar :

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

Klik ‘(sele) pada kotak ‘S’ Show as stick dan ligan akan tampak

Docking Selesai, selamat mencoba dan semoga behasil………………………….

Ma

y 9

, 2

00

9;

na

dj

ee

b.

wo

rd

pr

es

s.

co

m

HASIL AKHIR DARI PROSES DOCKING OSELTAMIVIR PADA PROTEIN TARGET H5N1