cara penggunaan aplikasi marvinsketch, dan chemsketch · pdf filedalam biokimia umumnya...

Cara Penggunaan

Aplikasi MarvinSketch, dan ChemSketch

by: Satriawan M.B.

Nama : Satriawan M.B. Nim : 1303410016 Jurusan : Kimia

PROGRAM STUDI KIMIA FAKULTAS SAINS

UNIVERSITAS COKROAMINOTO PALOPO 2015/2016

1. MarvinSketch

MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus

struktur kimia yang gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux

juga MacOS. gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah.

Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia.

PROSES PENGUNDUHAN

1. Pertama masuk “google”, kemudian ketik “download MarvinSketch”

Kemudian lakukan “double klik”

2. Selajutnya akan muncul gambar seperti di bawah ini, kemudian klik

“download marvin”

3. Setelah itu maka akan muncul gambar berikutnya, dan lakukan langkah

selanjutnya dengan cara memberi “centang/check list/pilih pada kotak I

accept the license dst”. . .

4. Kemudian geser kursor ke bawah hingga muncul menu get archive,

namun terlebih dahulu ganti angka pada kotak select archive version

menjadi 6.0.0.

5. Lalu klik menu “get archive”, untuk menuju proses selanjutnya.

6. Kemudian akan muncul tampilan berikutnya yaitu tampilan kotak

pengisian data diri.

Nah, caranya mudah sobb,,, jgan takut

1. Anda harus memiliki akun yang legal dan password yang benar,

okkkkk

2. Kemudian isi “kolom user name”, lalu isi “passwordnya”.

Setelah itu klik “log in” untuk masuk, gimana sob gampang

kan. . . .

3. Jika anda belum memiliki akun, maka anda bisa membuat akun

baru, dengan cara, klik “register” pada bagian bawah samping

kiri, dan isi data diri anda sesuai petnjuknya, , , ,

okkekekekeekeke semangatttt sobbb.

7. Next, anda akan menuju ketampilan berikutnya yaitu proses pemilihan

tipe yang anda ingin kan, seperti pada gambar, caranya cari

marvinbeans-6.0.0_windows_with_jre.exe 224.7 mb, kemudian “klik

pilihan tersebut” maka akan muncul kotak pemberitahun proses

pengunduhan, jadi silahkan anda tunggu sejenak, ok sobbbb yang sabar

ya, , , biar tambah berkah usahanya. . . . Ok ok

PROSES PENGINSTALAN

1. Setelah proses pengunduhan selesai, silahkan buka file yang telah

terunduh penginstalan, biasnya ada pada folder download, setelah

terbuka, lakukan “double klik” pada file tersebut, maka akan muncul

tampilan login.

2. Kemudian klik “next”, seperti gambar di bawah ini.

3. Hingga muncul tampilan berikutnya, jadi “pilih atau centang” pada

bagian “I agree accept the dst”, kemudian klik “next secara

berkelanjutan hingga finish”.

4. Tunggu hingga proses extrcting files ini selesai, , , , tenang sob bisa

nyantai-nyantai ko’

5. Setelah itu klik “finish”.

6. Oke sob, proses penginstalan pun sdh terlewatkan, kan tinggal next-next

aja, kemudia finish

Simple kan. . . . giman sob, lanjut lg. . . . .semangat. . .

PROSES PENGGUNAAN

1. Setelah penginstalan aplikasinya sudah bisa digunakan dengan cara

Membuka aplikasi MarviSketch yang telah terinstal.

2. Lakukan dengan klik “start” lalu pilih “all programs”

3. Kemudian “double klik” pada MarvinSketch. Jika itu tidak muncul

maka silahkan lihat pada Dekstop seperti gambar di bawah ini, kemudian

klik ikon tersebut.

4. Maka akan muncul tampilan lembar kerja MarvinSketch

5. Pada lembar kerja ini ada bagian-bagian menu yang berada di dalam, dan

masing masing memiliki kegunaan.

6. Inilah salah satu contoh pembuatan struktur isoleucine pada

MarvinSketch

Gambar isoleucine.....

Dalam MarvinSketch. . . . .

7. Kemudian untuk mengubah ke dalam bentuk yang lebih baik, atau

berwarna dilakukan dengan cara klik “view” lalu pilih “structure

display”, kemudian klik “ball and stick”.

8. Kemudian akan berubah secara otomatis seperti di bawah ini.

9. Untuk mengubah ke bentuk 2 atau 3 dimensi, dan memberikan nama pada

struktur , lakukan dengan cara:

1. Klik “structure”

2. Kemudian pilih “2D atau 3D”

3. Terus pilih “clean in 2D atau 3D”

4. Kemudian klik “Structure name”, untuk memberikan nama.

Oke sobb. . . .!!!

10. maka akan muncul hasil seperti gambar di bawah ini.

11. Agar tidak sia-sia, jangan takut sob. . . . . kita bisa menyimpan hasil

kerja kerasnya kita ke tempat yang kita inginkan. . . . caranya.

Klik “file” kemudian pilih “save as” lalu pilih polder penyimpanan, , ,

gampang kan, , ,

12. Langkah selanjutnya silahkan buka file penyimpananya sob. . . .!!

13. Inilah hasil akhirnya sob, sebagai langkah terakhir dari panduan ini.

Giman sob, mantap kan. . . . jangan mau kalah dengan saya, silahkan lakaukan

juga. . . sekian dari saya mudah-mudahan panduan ini dapat memebantu.

2. ChemSketch

ACD / ChemSketch adalah sebuah sotfware yang digunakan untuk

melukis struktur kimia meggunakan komputer. Ia membolehkan anda untuk

melukis hampir semua struktur kimia termasuk organik, organometallics,

polimer, dan struktur Markush. Seperti software ChemOffice, ChemSketch

dapat mengambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Hal ini boleh

digunakan untuk menghasilkan struktur terlihat profesional dan diagram untuk

laporan dan penerbitan.

PROSES PENGUNDUHAN

1. Pertama masuk “google”, kemudian ketik “download ChemSketch”

2. Kemudian klik “free download”

3. Selanjutnya muncul halaman berikut klik kembali “free download”

4. Maka akan muncul gambar proses pengunduhan seperti pada gambar

dibawah ini, kemudian tunggu hingga proses pengunduhan-nya

selesai. Okkkkke sabar yaa.!!!!!!! Sambil ngemilll . Hehehe.

5. Maka proses pengunduhanpun selesai, biasanya hasil pengunduhan itu

tersimpan di folder download. Tergantung dari kesukaan-nya kita,

Kemudian lakukan proses penginstalan. . .

Okeeee silahkan di buka moga-moga berhasil. . . . .

PROSES PENGINSTALAN

1. Lakukan “double klik” berkas atau file yang telah diunduh.

2. Maka akan muncul gambar seperti gambar dibawah ini, kemudian klik

“next”

3. Kemudian pilih atau cehck list “I accept the terms in the license

agreement”, kemudian klik “next” beberapa kali, hingga sampai

pada bagian “install”. Sabar yyyyyyaaaaa,......

4. Kemudian klik “install” lalu tunggu proses berikutnya,......

5. Kemudian bagian akhir klik “finish”.

Prose pengunduhan selesai, silahkan diaplikasikan muda-mudahan dapat

berhasil. . . . . . kemudian lanjut ke proses penggunaan . . . . .

PROSES PENGGUNAAN. . . . .

1. “Buka aplikasi ChemSketch” yang telah terinstal sebelumnya, dengan

cara

2. Klik “Start” kemudian pilih “all programs”,

3. Pilih folder “ACDLABS11,0”

4. Kemudian pilih “ChemSketch”.

5. Kemudian akan muncul gambar lembar kerja seperti dibawah ini.

Selamattt mencoba sob. . . . . . !!!!

Pada lembar kerja inilah kita bisa membuat suatu gambar. . .membuat

gambar suatu senyawa yang kita butuhkan, misalnya struktur Flavonoid

. . . . . . jadi kita mesti memahami struktur kurkumin itu sendiri. Untuk

kita gambar baik itu dalam bentuk 2 dimensi atau 3 dimensi.

(gambar Flavonoid)

6. Membuat gambar dalam lembar kerja ChemSketch dengan cara

*membuka ChemSketch kemudian

*membuat struktur yang diinginkan seperti gambar diwah ini.

7. Untuk mengubah ke bentuk tiga dimensi dapat dilakukan dengan cara

Klik “ACD/labs” lalu pilih “1 3D viewer” kemudian klik 1-

ChemSketch pada bagian kiri bawah, lalu klik 2-Copy to ChemSketch.

8. Maka akan berubah ke bentuk tampilan 3 dimensi seperti gambar di

bawah ini

9. Untuk meggerakan gambar 3 dimensi tersebut, dapat dilakukan dengan

memilih “ikon” seperti pada gambar

10. Untuk menyimpan dalam bentuk gambar, klik “file”, lalu pilih “save

as”. . . oke sob, lanjut lg jangan sampai bosan, semangattttt. !!

11. Kemudian liat pada bagian “save as type” lalu ubah dan geser ke

bawah pilih GIF images (*gif) kemudian klik “save”. . . . . jangan

tegang sob rilekskan jari dan alihkan sejenak pandanganx

.okeeee

12. Silahkan cari file yang telah tersimpan sesuai dengan tempat

penyimpanan, kemudian buka hasil penyimpanan. Gimana sob, keren

kan, dari pada menggunakan cara manual. . . . anda juga bisa. . . . . .!!

Slamat mencoba sob, muda-mudahan ini dapat membantu, jika

mengalami kesulitan silahkan hubungi saya di no 085242499520

3. Cara download ligan dan protein

A. PROSES PENGUNDUHAN LIGAN

Dalam Biokimia umumnya mendefinisikan ligan sebagai molekul

messenger, seperti hormon, substrat, atau aktivasi dan faktor inhibisi. ligan

mengacu pada sinyal atau label molekul yang mengikat ke lokasi tertentu pada

reseptor, enzim, atau protein lain di dalam sel. Ini berkisar dari hormon, yang

menyebabkan sinyal jalur transduksi dan kaskade sinyal dalam sel, substrat

dasar, yang mengikat enzim dan menjalani serangkaian reaksi kimia tunggal.

Ligan juga dapat bertindak sebagai label untuk protein tertentu dalam proses

modifikasi paska-translasi. Maka dalam hal ini hormon yang akan digunakan

sebagai ligan adalah hormon Adrenalin yang berfungsi untuk meningkatkan

pasokan oksigen dan glukosa ke otak dan otot (dengan meningkatkan denyut

jantung), meningkatkan katalisis dari glikogen dalam hati, kerusakan lipid

dalam sel lemak, serta menekan sistem kekebalan.Kekurangan hormon

adrenalin dapat menyebabkan pening, pusing, kelelahan, penurunan berat

badan. Beberapa mengalami gangguan usus, peningkatan pigmentasi kulit,

depresi, nyeri otot dan sakit pinggang akut.

1. Pertama masuk “google”,

2. Kemudian ketik “PDB.ORG”

3. Kemudian lakukan “double klik”, seperti pada gambar dibawah ini.

4. Kemudian ketik salah satu hormon dengan menggunakan bahasa

inggris yang berfungsi sebagai ligan misalnya Hormon Adrenaline, pada

kotak, lalu klik “go”

5. Kemudian arahkan kursor ke bawah, kemudian cari hormon yang sesuai

atau yang diinginkan,

6. Kemudian klik “download” pada bagian samping kiri, dan akan muncul

perintah penyimpanan berkas.

7. Lalu klik “ok” seperti pada gambar ini.

Proses pengunduhan hormon adrenalin sebgai bagian dari ligan telah

selesai. . . . . Selamat mencobbbbaa sob. . . . !!!!

B. PROSES PENGUNDUHAN PROTEIN

Proses pengunduhan protein hampir sama dengan proses pengunduhan

ligan, dalam hal ini pada ligan itu digunakan hormon adrenalin. Sedangkan

pada protein yang di gunakan yaitu dari asam amino esensial yaitu valine,

namun cara pengunduhanya itu sama saja.

DEMIKIANLAH PANDUAN YANG SEMPAT SAYA BUAT, MUDAH-

MUDAHAN PANDUAN INI DAPAT MEMBANTU DALAM PROSES

PEMBELAJARAN NANTINYA, DAN SESUNGGUHNYA MANUSI

ADALAH TEMPATNYA SALAH DAN KHILAF, JADI MOHON MAAF

ATAS SEGALAH KETIDAKSEMPURNAAN PANDUAN INI. . . . .

ASSLAMUALIKUM WR.WB . . . . .

KARYA: SATRIAWAN M.B.