2012 klasifikasi mikroba

Taksonomi

Mengelompokkan MH ke dalam kategori tertentu atau Taksa (tunggal: takson) untuk menggambarkan kesamaan antar MH

Sistematik atau filogeni : mempelajari sejarah evolusi Hirarki taksa menggambarkan

hubungan evolusioner atau filogenetik

Hirarki

Hubungan evolusi

Species adalah sekelompok MH yang bisa dapat menghasilkan keturunan (have productive sex)

Species Genus Family Order Class Division Phylum Kingdom (1969)

Sejarah

Arstoteles : Tumbuhan & Hewan 1735 Carolus Linneaus : Plantae -

Animalia 1866 - Ernst Haeckel : Plantae-Animalia &

Protista 1959 : Plantae - Animalia – Protista –

Fungi 1969 - Robert H. Whittaker: Plantae –

Animalia – Fungi – Protista – Monera

5 kerajaan berdasarkan kebutuhan nutrisi Plantae

Multiseluler fotoautotrof

Animalia penelanan

Fungi absorpsi / penyerapan

Protozoa Hampir semuanya ber-

sel tunggal

Monera - Prokariota

3 domain

Penemuan 3 jenis sel, berdasarkan ribosom

Eukaryota Prokaryota : bakteri dan archae 1978 - Carl R. Woose : 3 domain kehidupan : Bacteria Eukarya Archae

The 3 domains

Eukarya Tanaman , hewan,

jamur dan protista

Bacteria (with

peptidoglycan)

Archaea Mempunyai dinding

dan membran sel yang berbeda

Sistem 3 domain

Table 10.1

Table 10.2

Mikroba

Kingdom Monera : BACTERIA & ARCHAEA

Kingdom Fungi : EUKARYA

Kingdom Protista : EUKARYA

Penamaan mikroba

Binomial (scientific) nomenclature Setiap mikroba mempunyai 2 nama:

Genus – kata benda, selalu diawali huruf kapital species - adjective, diawali huruf kecil

Kedua nama ditulis dengan huruf italic atau digaris bawahi Staphylococcus aureus (S. aureus) Bacillus subtilis (B. subtilis) Escherichia coli (E. coli)

Scientific Binomial

Source of Genus Name

Source of Specific Epithet

Klebsiella pneumoniae Honors Edwin Klebs The disease

Pfiesteria piscicida Honors Lois Pfiester Disease in fish

Salmonella typhimurium

Honors Daniel Salmon Stupor (typh-) in mice (muri-)

Streptococcus pyogenes Chains of cells (strepto-)

Forms pus (pyo-)

Penicillium chrysogenum

Tuftlike (penicill-) Produces a yellow (chryso-) pigment

Trypanosoma cruzi Corkscrew-like (trypano-, borer; soma-, body)

Honors Oswaldo Cruz

Scientific Names

Species and Subspecies

Species Sekelompok sel bakteri yang mempunyai pola sifat

yang sama secara keseluruhan dan bila dibandingkan dengan bakteri lain berbeda secara signifikan.

Strain Biakan/kultur bakteri yang berasal dari sel tunggal yang

berbeda dalam struktur dan metabolismenya dengan kultur/biakan lain dari species yang sama

Type subspecies yang menunjukkan perbedaan dalam sisi

antigen (serotype atau serovar), kerentanan terhadap virus bakteri (tipe faga) dan dalam pathogenitas (pathotype)

Perbandingan sel bakteri dengan sel lain

micro.magnet.fsu.edu/ cells/virus.html AKSES 30/03/06

Bakteri

Uniseluler Perkembangbiakan:

pembelahan biner Dinding sel :

peptodoglikan Beberapa dapat

mempunyai endospora Beberapa mempunyai

kapsula Beberapa motil

dengan fagella

Ukuran bakteri : µmBakteri Bacillus pada ujung paku

Sistem klasifikasi pada bakteri

1. Morfologi mikroskopis2. Morfologi makroskopis – penampakan

koloni3. Ciri / karakteristik fisiologi & biokimiawi4. Analisis kimia5. Analisis serologi6. Analisis molekuler dan genetik

• Komposisi basa G + C base • Analisis DNA menggunakan ‘genetic probes”• Sekuens asam nukleat dan analisis rRNA

Berdasarkan sumber energi dan sumber donor elektron organisme dibagi : fotolitotrof, fotoorganotrof,khemolitotrof dan khemoorganotrof

-fotolitrotof chy matahari Seny anorganik -tumb tingkat

tinggi, algae

dan bbrp

bakteri

fotosintetik

- fotoorganotrof chy matahari Seny. Organik Bakteri belerang

- khemolitotrof oks. Seny.anorganik Seny. Anorganik Baktei besi,

bakteri hidrogen

- khemoorganotrof oks. Seny. Organik Seny. organik Organisme

heterotrof

Tipe organisme

Sumber energi

Sumber donor elektron

Contoh organisme

Figure 10.6

Hubungan filogeni pada prokariota

BacteriaBacteriaEubacteriaEubacteria:: Disebut bakteri

sejati Kebanyakan bakteri

terdapat dalam kelompok ini

Termasuk bakteri fotosintetik Cyanobacteria

ArchaeArchae Prokaryota yang tdk punya peptidoglikan Prokaryota yang tdk punya peptidoglikan

di dalam dinding sel nyadi dalam dinding sel nya Hidup pada lingkungan ekstrem Hidup pada lingkungan ekstrem Proses metabolismenya tidak seperti umumnya Proses metabolismenya tidak seperti umumnya

bakteribakteri Ada 3 kelompok: Ada 3 kelompok:

1. Methanogen, anaerob obligat memproduksi 1. Methanogen, anaerob obligat memproduksi metan (CHmetan (CH44) dari karbon dioksida dan hidrogen) dari karbon dioksida dan hidrogen 2. Halofil ekstrem, memerlukan konsentrasi garam 2. Halofil ekstrem, memerlukan konsentrasi garam

tinggi tinggi untuk tetap hidupuntuk tetap hidup 3. Hipertermofil, hidup secara normal pada suhu 3. Hipertermofil, hidup secara normal pada suhu

lingkungan yang sangat panas.lingkungan yang sangat panas.

Hubungan dengan Hubungan dengan manusiamanusia

Berguna Berguna beberapa bakteribeberapa bakteri

mendegradasi mendegradasi minyakminyak

MembersihkanMembersihkan tumpahan minyaktumpahan minyak

Antibiotik

Bacillus subtilis

Bakteri bergunaBakteri berguna Pembuatan yogurt, Pembuatan yogurt,

keju danbuttermilk.keju danbuttermilk.

Lactobacillus casei shirota strain

Bakteri patogenBakteri patogen Kuman Kuman Penyebab penyakitPenyebab penyakit Dapat menghasilkan Dapat menghasilkan

racun /toksinracun /toksin EndotoxinsEndotoxins released released

after bacteria die after bacteria die ((E. coliE. coli))

ExotoxinsExotoxins released by released by Gram + bacteria (Gram + bacteria (C. C. tetanitetani))

FungiFungi eukariotik Berkembang biak dg

spora : seksual atau aseksual

Absorptif , heterotrofic (aklorofil)

- Saprofit, simbion, atau parasit (obligat atau fakultatif).

bentuk Uniseluler atau

multiseluler Filamen =

hyphae (plural) mycelium =

kumpulan hifa Koloni jamur

Sifat jamurSifat jamur

Mempunyai dinding sel dari selulosa dan/atau kitin.

Cadangan makanan – umumnya berbentuk lemak dan glikogen

Semua jamur memerlukan air dan udara 9tidak ada yang anaerob obligat)

Tersebar luas di alam, hampir pada semua habitat yang tidak terlalu ekstrem

Protozoa

Diketahui sekitar 65,000 protozoa, yang sudah diidentifikasi 4,500.

Ada yang pembiakannya melalui tahap seksual dan aseksual

Hidup di dalam tanah, air atau lingkungan yang lembab

Mempunyai peran penting dalam siklus lingkungan.

Giardia, Cryptosporidium and Microsporidium have become major concerns in the drinking water

Amoeba Flagellata Ciliata Sporozoa

Contoh protozoa penyebab penyakit

Sporozoa : Plasmodium sp., penyebab

malaria

Plasmodium vivaxPlasmodium vivax – malaria

Amoeba: Entamoeba histolytica penyebab diare amuba dapat fatal

Ciliata : Balantidium coli – disentri

Zooflagellata : Trypanosoma sp. penyebab African Trypanosomiasis, "African Sleeping Sickness",pada manusia. 

Toxoplasma gondii : toxoplasmosis

Cryptosporidium

Infeksi usus; infeksi pernapasan dan gallbladder pada pasien immunocompromised