2.materi praktikum

7/23/2019 2.materi praktikum

http://slidepdf.com/reader/full/2materi-praktikum 1/35

KATA PENGANTAR

Puji syukur kepada Tuhan Yang Maha Esa dengan terselesainya penyusunan

Buku Petunjuk Praktikum Blok 3. Blok Sel & Molekul merupakan blok ketiga dari

keseluruhan blok belajar dalam Kurikulum Pendidikan okter di !akultas Kedokteran

"ni#ersitas $ember.. Pada blok ini peserta didik belajar menyiapkan diri sebagai

seorang mahasis%a kedokteran dan alon dokter dengan membangun suatu

pemahaman yang komprehensi' tentang sel dan molekul sebagai dasar ilmu

kedokteran( untuk menunjang karirnya di masa depan.

alam blok 3( terdapat ) kegiatan praktikum yang menunjang materi tutorial

dimana diskusi tutorial sebagai jantung dari seluruh kegiatan. Materi praktikum blok 3

yaitu. Buku petunjuk praktikum disusun untuk memudahkan dan menunjang kegiatan

praktikum mahasis%a supaya tujuan pembelajaran terapai.

Terima kasih kepada narasumber( seja%at( dan seluruh pihak yang terlibat

dalam penyusunan buku petunjuk praktikum ini. Semoga buku ini dapat digunakan

sesuai tujuan yang diharapkan. Kritik dan saran untuk perbaikan sangat diharapkan

demi kesempurnaan buku ini.

Jember, Nopember

2012

Tim

Penyusun

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul



DAFTAR ISI

halaman

HALAAN J!D!L.......................................................................................................

...........................................................................................................................................

i

KATA PENGANTAR ......................................................................................................

...........................................................................................................................................

ii

DAFTAR ISI...............................................................................................................................................................................................................................................................

iii

* Praktikum *+ ,istologi $aringan -kat & Epitel.............................................................

.....................................................................................................................................

*

Praktikum + !armakokinetik.......................................................................................

.....................................................................................................................................

)

3 Praktikum 3+ $ejas Sel & /daptasi...............................................................................

.....................................................................................................................................

0

1 Praktikum 1+ Pengaruh P, an Suhu Terhadap 2eaksi Enimatik.............................

.....................................................................................................................................

*0

4 Praktikum 4+ -solasi 5/............................................................................................

.....................................................................................................................................

3

) Praktikum )+ Statistik "ji Komparati' Tidak Berpasangan..........................................

.....................................................................................................................................

0




PRAKTIK! 1

HIST"L"GI JARINGAN IKAT # EPITEL

I$ Ju%u& '&o(

Blok 3 6Sel & Molekul7

II$ Topi( Pr)(*i(um

$aringan ikat & epitel

III$ L)bor)*orium Pe&)(s)n)

8aboratorium ,istologi

I+$ Tuu)n 'e&))r

Setelah menyelesaikan proses pembelajaran ini( mahasis%a akan mampu+

a. Menjelaskan perbedaan seara histologi jenis jaringan ikat & epithel

b. Menunjukkan iri9iri histologi maam9maam jaringan ikat dan epithel pada

preparat praktikum

. Menyebutkan maam9maam sel yang terdapat pada jaringan ikat

d. Menunjukkan iri9iri histologi sel9sel yang terdapat pada jaringan ikat pada preparat

praktikum

+$ A&)* %)n ')-)n

*. Slide demo

. preparat praktikum

3. mikroskop ahaya

+I$ Prose%ur

T)-)p Ke.i)*)n Pen.))rKe.i)*)n

)-)sis/)

e%i) # A&)*

'e&))r

Pendahuluan *. Membuka pertemuan

. Menjelaskan akupan materi

3. Menjelaskan kompetensi9

kompetensi T-K

Memperhatikan • Pengeras suara

Penyajian 1$ Menyebutkan jenis jaringan

ikat & epithel

. Menjelaskan iri histologi jenis

jaringan ikat dan epithel

• Brainstrorming

materi yang

pernah

didapatkan

• Slide emo

• Preparat

praktikum




3. Menjelaskan maam9maam sel

pada jaringan ikat

1. Menjelaskan iri9iri histologi

sel9sel yang terdapat pada

jaringan ikat

sebelumnya

• /kti'

Mendengarkan

• Menatat

Penutup *. Menjelaskan kembali

materi yang belum

dimengerti mahasis%a

. Merangkum praktikum

yang telah diberikan

3. Menunjuk beberapa

mahasis%a seara aak

diberi pertanyaan yang

berkaitan dengan materi

1. Menutup pertemuan

• Mendengarkan

• Menatat

• Menja%ab

pertanyaan

• Slide emo

• Preparat

praktikum

+II$ e*o%e

*. :eramah.

. Pengamatan.

3. iskusi.

+III$ D)s)r Teori

JARINGAN EPITEL

Epi*e&

• Epitel selapis pipih apsula bo%man pada ginjal ;4<

• Epitel selapis kubis T: -( T: --( dutus olligentes pada ginjal ;4<

• Epitel selapis silindris dengan striated border usus halus 6intestinum7 ;=(*<

kinoilia tuba 'alopii ;)<

• Epitel berlapis piph tanpa tanduk #agina( oesophagus ;40( *9*1<

bertanduk kulit tebal & tipis ;090)<

• Epitel berlapis kubis kelenjar keringat pars ekskretoris ;0(04<

• Epitel berlapis silindris

• Epitel berderet silindris dengan stereoilia epididimis ;1><




Kinoilia trahea( a#um nasi ;3)( 30<

• Epitel peralihan #esia urinaria ;44<

'er%)s)r()n )r) emben*u( Se(re*

• Kelenjar merokrin kelj panreas ;3=<( parotis ;?<( subma@ilaris ;0<( sub

lingualis ;><

• Kelenjar apokrin kelj keringat a@ila ;04<( kelj seruminous

• Kelenjar holokrin kel sebaea kulit ;0( 04<

'er%)s)r()n Jenis Se(re*

• Kelenjar serous panreas ;3=<( parotis ;?<

• Kelenjar muous kelj %eber 6lidah7 ;?<

• Kelenjar seromuous kelj subma@ilaris ;0<( sub lngualis ><

'er%)s)r()n )r) en.e&u)r()n Se(re*

• Kelenjar eksokrin

• Kelenjar endokrin thyroid ;?1<( hypo'ise ;?<( adrenal ;?)<( parathyroid ;?4<(

pulau langerhans ;3=<

Se&

• Sel payung

• Sel raket

• Sel basal ;44<

'AS 'AHAN ANTAR SEL DAN JARINGAN IKAT

'ASA ')-)n An*)r Se& Amor3

• :airan jaringan jaringan ikat umum

• Bahan dasar setengah padat jaringan ikat embryonal ;3( ))( ?*<

• Bahan dasar padat lunak jaringan tulang ra%an ;>*9>3<

• Bahan dasar padat keras jaringan tulang muda & de%asa ;>=( 00<

'AS' ')-)n An*)r Se& 'erben*u(




• Sabut kolagen dalam jaringan ikat kendor ;0904<

jaringan ikat teratur tendon( ligamentum nuhae ;>)( >4<

jaringan ikat tak teratur

Pada pe%arnaan ,E+ merah

Pada pe%arnaan M/+ biru

• Sabut elastis dinding pembuluh darah ;13( 11<

tulang ra%an elastis ;><

ligamentum nuhae ;>4<

Pada pe%arnaan A#+ hitam( bergelombang

• Sabut retikuler kelenjar getah bening ;>?<

Pada pe%arnaan /g impregnasi+ oklat kehitaman( halus berabang

JARINGAN

• $aringan ikat embrional

• $aringan ikat padat teratur tendon( ligamentum nuhae ;>)( >4<

• $aringan ikat padat tidak teratur pada dermis kulit ;0904<

$umlah sabut banyak( arah tidak teratur

• $aringan ikat kendor pada lamina propria( subutis ;*9*1<

Sabut kolagen sedikit( arah tak beraturan

Sel 'ibrositC'ibroblast D

• $aringan lim'oretikuler kelenjar getah bening ;>?<

• $aringan lemak payudara( subutis ;?=( 0904<

• $aringan berpigmen mata

• $aringan tulang ra%an hondrosit ;>*9>3<

• $aringan tulang muda trabekel ;>=<

•

$aringan tulang de%asa

sistem ha#ers ;00<

Se%i))n

• Tendon ;>)<

• 8igamentum nuhae ;>4<

Se&




• Stellate 'ibroblast

• !ibroblast

• !ibrosit

• Makro'ag

• Mast ell 6basophil jaringan7

• Sel plasma

• 8m'osit T ;>?<

• Tissue eosinophyl

• Sel tendon potongan membujur

• Finged ell potongan melintang




PRAKTIK! 2

FARAK"KINETIK

I$ Ju%u& '&o(

Blok 3 6Sel & Molekul7.

II$ Topi( Pr)(*i(um

!armakokinetik.


8aboratorium !armakologi.

I+$ Tuu)n 'e&))r

*. Menjelaskan perjalanan obat dari mulai absorbsi( distribusi( metabolisme( dan

ekskresi

. Menjelaskan hubungan %aktu dengan proses absorbsi( distribusi( metabolisme(

dan ekskresi

3. Membuat dan melakukan in'orm onent untuk praktikum menggunakan

manusia sebagai subyek

+$ A&)* %)n ')-)n

* Probandus 6subyek yang diamati7

Gbat+ ri'ampisin atau eritromisin kaplet

3 Kantong plastik ukuran * kg = buah

1 Tabung reaksi *= buah

4 Spuit 4 Cpipet

) Kolorimeter

? 8embar in'orm onent

+I$ Pen.)n*)r

!armakokinetik adalah ilmu yang mempelajari perjalanan obat mulai dari absorbsi(

distribusi( metabolisme dan ekskresi.

/bsorbsi obat dapat melalui berbagai ara tergantung pada jalur pemberiannya. Gbat

dapat diberikan melaluo oral( suntikan intra#ena( suntikan intramuskular atau subkutan(

serta jalur lain 6inhalasi( rektal( sublingual( topikal7. Proses absorbsi dipengaruhi banyak




'aktor( namun yang paling berperan adalah kelarutan obat dalam lemak. Gbat dapat

mele%ati membran sel dengan ara di'usi pasi' atau transporta akti'.

Bioa#ailabilitas adalah jumlah obat yang diabsorbsi setelah pemberian melalui jalur

tertentu dibandingkan dengan jumlah obat yang diabsorbsi jika diberikan seara intra#ena

6i#7. engan kata lain bioa#ailabilitas adalah proporsi obat yang diberikan yang

menapai sirkulasi sistemik.

istribusi obat ke seluruh tubuh terjadi saat obat menapai sirkulasi. Selanjutnya obat

akan masuk ke jaringan untuk bekerja. Faktu paruh 6tH7 adalah %aktu yang dibutuhkan

sehingga konsentrasi obat dalam darah berkuang setengah dari jumlah a%al. Aolume

distribusi 6A7 adalah #olume yang menunjukkan distribusi obat. Bersihan 6:learane7

adalah #olume darah atau plasma yang dibersihkan dari obat dalam satuan %aktu.

,ati merupakan organ utama untuk metabolisme obat. Metabolisme obat mempunyai dua

e'ek penting yaitu

a. obat menjadi lebih hidroflik, hal ini mmepercepat eksresi melalui ginjal

b. obat menjadi kurang akti daripada obat asalnya, namun sebagian obat

justru menjadi lebih akti (prodrug)

Ekskresi ginjal memegang tanggung ja%ab utama untuk eliminasi sebagian besar obat.

Gbat terdapat dalam 'iltrat glomerulus( tetapi bila larut lemak obat ini dapat direabsorbsidalam tubulus ginjal melalui di'usi pasi'. Metabolisme obat sering menghasilkan

senya%a yang kurang larut lemak sehingga membantu ekskresi ginjal. Ekskresi bilier

dilakukan bila obat terkonsentrasi dalam empedu sehingga diekskresikan ke dalam usus

halus.

+II$ Tu.)s

* Tetapkan pemimpin kelompok sebelum memulai bekerja

Pemimpin kelompok membagikan tugas dalam kelompok

3 Tetapkan probandus atau subyek penelitian 6bisa salah satu dari anggota kelompok7

1 Buatlah in'orm onent untuk probandus.

4 Selesai makan siang probandus mengosongkan urine dan ditampung dalam kantong

plastik( setelah itu minum obat yang sudah ditetapkan

) Selanjutnya setiap kali mengosongkan urine probandus menampung dalam kantong

plastik dan diatat %aktunya.

? Pindahkan masing9masing urine tampung ke tabung reaksi menggunakan spuit atau

pipet sebanyak 3 .

0 8akukan pengamatan %arna menggunakan kolorimetri




> 8aporkan hasil diskusi kelompok dengan sistematika sebagai berikut+

a $udul

b Pendahuluan

Metode

d ,asil pengamatan

e Pembahasan

' Kesimpulan dan Saran

g Kepustakaan

h 8ampiran 6'oto9'oto7




PRAKTIK! 4

JEJAS SEL # ADAPTASI

I$ Ju%u& '&o(


II$ Topi( Pr)(*i(um

$ejas sel & adaptasi


8aboratorium Patologi /natomi

I+$ Tuu)n 'e&))r

Mahasis%a dapat menjelaskan gambaran makros & mikroskopis jejas( adaptasi( &

kematian sel yang terdapat pada sediaan+

• pielone'ritis kronik

• horio arsinoma

• mola hidatidosa

• hiperplasia endometrium

• BP,

• hidrosal'ing

• polip ser#i@

+$ A&)* %)n ')-)n

*. Slide demo

. preparat praktikum

3. mikroskop ahaya

+I$ Prose%ur

Pengamatan preparat

+II$ e*o%e

*. :eramah.

. Pengamatan.

3. iskusi.




+III$ Tu.)s

PIEL"NEFRITIS KR"NIK

)(ros(opi( 5

injal mengalami kontraksi dengan pembentukan jaringan parut

Besarnya tidak teratur

Perlekatan kapsul

i(ros(opi( 5

egenerasi hyaline

Epitel tubuli kontorti bengkak( batas sel tidak jelas( sitoplasma eosino'ilik dan

granular

8umen tubuli sempit

Epitel rupture

,yaline bodies dalam lumen tubuli 6silinder albumin7

Pembes)r)n "bye(*i3 10 6 5

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *=



Pembes)r)n "bye(*i3 70 6 5

H"RI" ARSIN"A

)(ros(opi( 5

Tumor lunak putih kekuningan pada dinding uterus

idapatkan daerah nekrosis( perdarahan dan peradangan

i(ros(opi( +

egenerasi mukoid

Musin terdiri dari glikoprotein dan asam asetat( disekresi epitel

-n'iltrasi sel tro'oblas yang proli'erati' dan anaplasi ke miometrium

Sel9sel tro'oblas anaplasi( bengkak( sitoplasma berisi musin

,emoragik karena mengin#asi #askular

Pembes)r)n "bye(*i3 10 6 +

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul **




"LA H8DATID"SA

)(ros(opi( +

"terus lebih besar dari umur kehamilan normal

Terdapat gelembung9gelembung mola( bentukan buah anggur

Pada umumnya tidak ada janin

i(ros(opi( +

Stroma #ili korealis renggang( a#askular

egenerasi hidro'ik

angguan membran sel I #akuola intrasel

Proli'erasi tro'oblas


Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *




HIPERPLASIA END"ETRI!

i(ros(opi( + Kelenjar endometrium bertambah banyak karena pengaruh hormon estrogen

Epitel kelenjar normal sampai atypi

Kelenjar lebih banyak( berkelok9kelok dan berdesakan

8umen kelenjar melebar dan tidak sama besar

Proli'erasi struma sehingga tampak padat


Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *3




'ENIGN PR"STAT HIPERPLASIA

)(ros(opi( +

"kuran prostate membesar

5odul pada lobus medius ber%arna putih kekuningan atau putih abu9abu

Pseudokapsul

i(ros(opi( +

,yperplasia nodular

Proses 'isiologis

Pengaruh dihidro testosterone

Kelenjar hiperplasi

Sel epitel kuboid( sitoplasma jernih( membentuk papil9papil

Sel basal normal

Proli'erasi sel otot dan 'ibroblast pada struma

Terdapat orpora amilaea 6degenerasi hyaline7( atau seret pada lumen






HIDR"SALFING

)(ros(opi( +

"kuran tuba 'allopi membengkak

inding tipis

8umen berisi airan serous




i(ros(opi( +

/tro'i tekan

8umen tuba 'allopii terisi eksudat( jaringan nekrotik( sel lekosit

Epitel tuba atro'i

Sel epitel selapis silindris berubah menjadi sel epitel pipih



Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *)



P"LIP SER+IKS

)(ros(opi( +

Massa bertangkai( berasal dari endoser#iks

Permukaan liin

i(ros(opi( +

Metaplasia epitel

Kelainan pada endoser#iks

Metaplasia epitel kolumnar menjadi epitel sJuamosa

Tangkai polip DC9



Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *?



PRAKTIK! 7

PENGAR!H PH DAN S!H! TERHADAP REAKSI EN9IATIK

I$ Ju%u& '&o(


II$ Topi( Pr)(*i(um

Pengaruh p, dan suhu terhadap reaksi enimatik


8aboratorium Biokimia

I+$ Tuu)n 'e&))r

*. Mahasis%a dapat menjelaskan perjalanan reaksi enimatis 6progess ur#e7

. Mahasis%a dapat mengetahui perbedaan antara keepatan sesaat( keeaptan a%al

dan keepatan rata9rata reaksi enimatik

3. Mahasis%a dapat mengetahui pengaruh p, dan suhu terhadap reaksi enimtis.

1. Mahasis%a dapat menjelaskan p, optimum dan suhu optimum

+$ A&)* %)n ')-)n

2eagen yang digunakan pada praktikum ini( adalah+

8arutan enim amilase

8arutan 5a:l =(>

8arutan amilum *

8arutan penyangga( masing9masing kelompok dengan satu maam p, 6 1L 4L )(4L 0 dan

*= 7

8arutan K-9K-G3 + K- 4(= g

K-G3 =(34? g

5aG, * 5 (= ml/Jua ad * 8

8arutan ,:8 =(=4 5

+I$ Prose%ur

*. Prosedur Pengaruh p, terhadap 2eaksi Enimatik

• Sediakan 4 tabung reaksi( berilah tanda masing9masing =( 4( *=( *4( dan =.




• Masukkan ke dalam sebuah labu erlenmeyer *4 ml larutan penyangga dengan

berbagai p, yang telah ditentukan( 3 ml larutan amilum dan ) ml larutan 5a:l =(>

. Kooklah agar semua larutan terampur.

• -silah masing9masing tabung reaksi yang telah diberi tanda dengan * ml larutan ,:l

=(=4 5.

• /mbillah * ml airan dari labu erlenmeyer dan masukkan ke dalam tabung reaksi

dengan tanda =( kook sebentar.

• Tambahkan * ml larutan enim ke dalam labu erlenmeyer dan ampur dengan epat.

Tepat pada saat penambahan enim ini atatlah %aktunya 6jalankan stop%ath7.

• Mendekati 4 menit setelah enim dimasukkan ke dalam labu erlenmeyer( pipetlah *

ml larutan dari labu erlenmeyer. Masukkan larutan dalam pipet tersebut ke dalam

tabung reaksi bertanda 4 tepat pada saat penunjuk %aktu menunjukkan 4 menit.

Kook sebentar.

• emikian seterusnya + tepat setiap 4 menit kemudian masukkan * ml larutan dari

labu erlenmeyer berturut9turut ke dalam tabung9tabung reaksi dengan tanda *=( *4(

dan = seperti di atas. Kook sebentar.

• Setelah semua selesai( ke dalam tiap tabung reaksi tambahkan * ml larutan K-9K-G3(

ampur baik9baik sampai merata( tunggu 4 N *= menit.

• Tentukan intensitas %arna yang terjadi dengan spektro'otometer dengan panjang

gelombang ))= nm.

$umlah substrat yang dierna pada setiap %aktu yang telah ditentukan dapat dihitung

dengan rumus+

6/bsorbane7 %aktu t

Substart yang dierna *== 9 99999999999999999999999999 O *==

6/bsorbane7 %aktu to

:atat hasil yang didapat( kemudian berdasarkan data tersebut buatlah ga'ik hubungan

antara subtrat yang dierna 6 ordinat 7 dengan %aktu 6 absis 7.

Prosedur Pengaruh Suhu Terhadap 2eaksi Enimatik

• -silah labu erlenmeyer dengan+

*4 ml larutan penyangga p, )(4L 3 ml larutan amilum( ) ml larutan 5a:l =(>.

:ampur baik9baik( lalu letakkan pada suhu yang telah ditentukan selama kira9kira 3=

menit.

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *>



• Sediakan 4 tabung reaksi( beri tanda =( 4( *4 dan =.

• -silah masing9masing dengan *= ml larutan ,:l =(=4 5.

• /mbillah * ml larutan dari erlenmeyer( masukkan ke dalam tabung reaksi tanda

=.8alu masukkan * ml larutan enim ke dalam erlenmeyer. :ampur dengan epat dan

jalankan penatat %aktu. Setiap 4 menit setelah ini( masukkan * ml( larutan dari

erlenmeyer berturut9turt ke dalam tabung 4( *= *4 dan =.

• Setelah semua selesai( tambahkan * ml larutan K-9KG3 ke dalam tiap9tiap tabung

reaksi( ampur baik9baik dan tunggu 49*= menit.

• Tentukan intensitas %arna yang timbul dengan spektro'otometer dengan panjang

gelombang ))= nm.

• Buat ga'ik yang menunjukkan hubungan antara substrat tererna 6ordinat7 dengan

%aktu 6absis7 pada bermaam suhu di atas.

Prinsip Pr)(*i(um

Enim sebagai katalisator ikut bereaksi dan memperepat reaksi kimia( tetapi

pada akhir reaksi akan didapatkan kembali dalam bentuk semula( sehingga dapat

mengkatalisis reaksi kimia berikutnya. Kenyataan ini mengakibatkan tubuh tidak perlu

memproduksi enim dalam jumlah yang besar 6kadar enim di dalam tubuh keil7(

sehingga pengukuran enim tidak bisa dilakukan seara langsung. Pengukuran jumlah

enim dilakukan berdasarkan keepatan reaksi yang dikatalisisnya. Pengukuran tersebut

dilakukan dengan ara +6*7 dibandingkan dengan enim murni yang diketahui kadarnya

6satuan+ g7L 67 berdasarkan jumlah substrat yang bereaksi atau produk yang terbentuk

per satuan %aktu 6Satuan+ unit7. Satu internasional unit merupakan jumlah enim yang

mengkatalisis pembentukan * mol produk per menit pada kondisi tertentu.

"ntuk mengetahui pengaruh p, pada reaksi enimatik( dilakukan pengamatan

reaksi antara amilum sebagai substrat dan amilase sebagai enim yang dilakukan pada

beberapa p, yang berbeda. !aktor9'aktor lain yang dapat mempengaruhi reaksi enimatik

dibuat sama. /milum merupakan suatu polisakarida yang ber%arna biru bila bereaksi

dengan yodium. Enim amilase menerna amilum seara bertahap( menghasilkan produk

diantaranya suatu disakarida yang tidak ber%arna bila direaksikan dengan yodium.

Perubahan %arna yang terjadi 6berkurangnya %arna biru7 menunjukkan sebagian substrat

telah dierna oleh enim amilase. Perubahan %arna tersebut dapat diukur menggunakan

alat spektro'otometer.

"ntuk mengetahui pengaruh suhu terhadap reaksi enimatik dilakukan perobaan

seperti diatas menggunakan p, )(4 dan dilakukan pada beberapa maam suhu yang

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul =



berbeda yaitu( =( ?( 1= dan ?=o :elsius sedangkan 'aktor9'aktor lain yang berpengaruh

pada reaksi enimatik dibuat sama.

D)s)r Teori

"ntuk memperepat reaksi kimia dapat dilakukan dengan dua ara( yaitu 6*7

Menaikkan suhuL 67 menambahkan katalisator. Manusia mempunyai suhu yang

enderung konstant 6normal7( karena itu untuk memperepat reaksi kimia tergantung

pada ara ke9dua. Katalisator memperepat reaksi kimia dengan ara menurunkan energi

akti#asi. Energi akti#asi adalah jumlah energi yang diperlukan untuk memba%a semua

molekul dalam satu mole suatu bahan pada suatu suhu tertentu dari keadaan a%al menuju

keadaan transisi. Pada keadaan transisi kemungkinan terbentuk dan terputusnya ikatan

kimia sangat besar.

Seara umum katalisator mempunyai si'at9si'at sebagai berikut+

*. -kut bereaksi

. Memperepat reaksi dan terapainya keseimbangan

3. Tidak merubah KeJ dan perubahan energi bebas 6Q7.

1. Tidak mempunyi hubungan stoikiometrik

4. Pada akhir reaksi didapat kembali dalam bentuk semula.

Enim merupakan protein yang bertindak sebagai biokatalisator. 2eaksi enimatik

dipengaruhi oleh p,( suhu( kadar substrat( kadar enim( akti#ator dan inhibitor. Enim

merupakan protrein jadi peka terhadap perubahan p,. Enim hanya akti' dalam batas9

batas p, tertentu( p, dapat mempengaruhi muatan enim maupun subtrat. Pada p, yang

terlalu tinggi atau terlalu rendah( enim akan mengalami denaturasi.

Pada umumnya reaksi kimia berjalan lebih epat pada suhu yang lebih tinggi(

tetapi pada suhu yang tinggi enim dapat mengalami denaturasi 6 pada suhu ?=R:(

sebagian besar enim menjadi inakti'7. Kenaikan suhu akan menyebabkan energi kinetik

dari molekul9molekul yang bereaksi menjadi semakin besar( sehingga keepatan suatu

reaksi kimia menjadi bertambah besar. Suhu yang tinggi juga dapat menyebabkan

perubahan stuktur molekul protein. Enim merupakan suatu protein yang pada suhu

tertentu dapat mengalami denaturasi.

+II$ Tu.)s Pen%)-u&u)n

*. Buatlah bagan dari perobaan yang akan saudara lakukan seara singkatCjelas.

. Sebutkan 'aktor9'aktor yang dapat mempengaruhi akti#itas suatu reaksi enimatik

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul *



3. $elaskan perbedaan antara keepatan sesaat( keepatan a%al 6initial velocity7 dan

keepatan rata9rata suatu reaksi enimatik

1. /pa yang dimaksud dengan p, optimum pada reaksi enimatik

4. /pa 'ungsi larutan 5a:l( ,:l( ,:l dan K-9K-G3 pada perobaan di atas




PRAKTIK! :

IS"LASI DNA

I$ Ju%u& '&o(


II$ Topi( Pr)(*i(um

Sel & molekul


8aboratorium Biomol

I+$ Tuu)n 'e&))r

• Mahasis%a dapat menjelaskan prosedur isolasi 5/ genom

• Mahasis%a dapat menjelaskan prosedur isolasi 5/ plasmid

• Mahasis%a dapat menjelaskan 'ungsi masing9masing reagen & tahapan dalam

proses isolasi 5/ genom & 5/ plasmid

+$ A&)* %)n ')-)n

-SG8/S- 5/ E5GM

Bahan+ Tanaman sampel( alkohol ?=( alkohol >) ( akuades( :T/B

6etyltrimethylammonium bromide7( 9merkaptol( K-/ 6kloro'orm+ isoamilalkohol

1+*7( isopropanol( bu'er TE( SS(25/9se

25/se( amonium asetat.

/lat+ Tabung reaksi( beaker glass( spatula( mikropipet beserta tipnya( tabung

mikrosentri'uga *(4 ml( #orte@( %aterbath( mikrosentri'uga( 8/!( 'reeer( dan sarung

tangan.

-SG8/S- 5/ P8/SM-

/. B/,/5

*. Solution - 6*4=mM glukosa( 4mM Tris :* 6p, 0.=7( *=mM ET/ 6p, 0.=77

. Solution -- 6=( n 5aG,( * SS7

3. Solution --- 6)= ml 4M potassium aetate( **(4 ml laial aeti aid( 0(4 ml

,=7

1. P:-Cphenol + hloro'orm -soamylalohol 61+*7

4. Bu''er TE

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul 3



). Ethanol pa

?. 5a/

B. /8/T

*. Mini sentri'uge berpendingin

. Miropipet

3. Aorte@

1. Pengering 5/

+I$ Prose%ur

/. :/2/ KE2$/ -SG8/S- 5/ E5GM

*. gram sampel gerus dengan 5

. Pindahkan serbuk sampel halus dalam kondisi beku ke tabung sentri'ugasi

3. add 0 ml bu''er ekstraksi( *= l betameropto( 1== l = SS

1. Aorte@ sampai homogen( inkubasi pada suhu )4U: 'or *=min

4. Tambahkan () ml 4 M potasium aetat( mi@ dengan membolak9balik

). -nkubasi on ie = min

?. Sentri'ugasi *=.=== rpm( = min( 1=U:

0. Take supernantan D 4 ml *sopropanol( mi@ gentle

>. $ika 5/ tampak melayang9layang( keringkan( larutkan dengan )== l TE bu''er

*=. Bila tidak inkubasikan suhu 9=U:( 'or 3= min

**. Sentri'ugasi *=.=== rpm( *= min 1U:

*. Take pellet( keringkan D)== l TE bu''er

P"2-!-K/S- 5/

*3. D4 l 25/9se 6*= mgCml7( inkubasi suhu 3?U:( 'or *4 min

*1. DP:- ?== l( #orte@(

*4. Sentri'ugasi *=.=== rpm( = min( 1=U:

*). Kloro'orm eJual #olume( kemudian sentri'ugasi seperti P:-

*?. Pindahkan larutan bagian atas D =(0 #ol isoprapanol dan =( #ol 3M sodium asetat

*0. :ampur( inkubasi suhu 90=U:( 'or *4 h

*>. Sentri'ugasi *=.=== rpm( = min( 1=U:

=. Pellet ui dengan ?= ethanol( kemudian disentri'ugasi lagi.

*. Pellet 5/ dikeringkan dengan #aum D == l TE bu''er

. Estimasi kandungan 5/ dengan spektro'otometer.

:/2/ KE2$/ -SG8/S- 5/ P8/SM-




*. Trans'er single koloni bakteri pada media 8B ml yang mengandung antibiotik dan

diinkubasi selama satu malam pada suhu 3?U: di dalam penggojok dengan keepatan

*= rpm

. Masukkan *(4 ml kultur bakteri pada ependol'. Sentri'uge pada *.=== rpm selama

*= menit pada suhu 1U:( kemudian supernatan dibuang

3. Tambahkan *== l solution -( pad'a pellet bakteri dan di #orte@ sampai bakteri benar9

benar tersuspensi

1. Tambahkan == l 'resh solution --( kemudian dibolak9balik 4 6s%irling7 dan jangan

di #orte@. -nkubasi selama 4 menit sampai bening 6menunjukkan lisis terjadi7

4. Tambahkan *4= l solution ---( lakukan s%irling dan letakkan dalam es selama 4

menit

). Sentri'uge *.=== rpm selama 4 menit pada suhu 1U:. Trans'er supernatan pada tube

sentri'uge baru.

?. Selanjutnya ukur #olume supernatan dan tambahkan P:- eJual #olume( lakukan

#orte@ dan sentri'uge pada keepatan *.=== rpm selam *= menit

0. /mbil supernatan 6lap. /tas7 lalu tambahkan ethanol pa dan 3M 5a/( ditambahkan

masing9masing sebanyak (4 dan =(* dari #olume supernatan. Selanjutnya

dipresipitasi pada suhu 9=U: selama satu jam

>. Kemudian di sentri'uge dengan keepatan *.=== rpm *= menit pada suhu 1U:

*=. Pellet diui dengan *ml ?= ethanol dan disentri'uge pada keepatan *.=== rpm 4

menit pada suhu 1U:

**. Pellet dikeringkan dan diresuspensi dalam = l bu''er TE dan disimpan pada suhu

1U: dan disimpan sampai siap digunakan

+II$ DASAR TE"RI

Komponen utama kromosom pada eukariota adalah 5/ dan protein histon.

Protein histon ini bersi'at basa( sehingga dapat menetralkan si'at asam dari 5/. Pada

dasarnya sel mengandung dua asam nukleat( yaitu 25/ dan 5/. 5/ yang terdapat di

nukleus disebut 5/ kromosomal( sedangkan 5/ lain yang terdapat di dalam sel dan

di luar nukleus yaitu 5/ mitokondria( 5/ kloroplas( dan 5/ plasmid( ketiganya

disebut 5/ ekstrakromomal.

-solasi 5/ merupakan tahap pertama dari berbagai teknologi analisis 5/.

5/ dapat ditemukan baik pada kromosom inti maupun pada organel( yaitu pada

motokondria dan kloroplas. "ntuk mengekstrak 5/( diperlukan langkah9langkah

laboratorium untuk memeahkan dinding sel dan membran inti( yang dilanjutkan dengan




pemisahan 5/ dari berbagai komponen sela yang lain. Pada saat melakukannya( 5/

harus dijaga agar tidak rusak dan didapatkan 5/ dalam bentuk rantai yang panjang.

F)(*or;F)(*or y)n. empen.)ru-i E(s*r)(si DNA

Proses pengeluaran 5/ dari nukleus( mitokondria maupun organel lain N

dengan ara diekstraksi atau dilisiskan N biasanya dilakukan dengan homogenasi dengan

penambahan bu'er ekstraksi atau bu'er lisis untuk menegah 5/ rusak. Pada kondisi

sampel tertentu( untuk membantu lisis dari membran selCnukleusCorganel atau juga

dinding sel( maka sampel daun dimasukkan dulu ke nitrogen air dan langsung digerus

sebelum ditambahkan bu'er ekstraksi. Senya%a yang biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat 5/ yang murni ditambahkan yaitu 'enol( kloro'orm( dan

isoamil alkohol.

Proses selanjutnya adalah pemisahan 5/ dari komponen sel yang lain atau

kontaminan yang tidak diinginkan. Pemisahan 5/ dari komponen sela yang lain(

termasuk debris sel( dilakukan dengan sentri'ugasi.

Kontaminan yang umum ditemukan di antaranya adalah polisakarida yang dapat

mengganggu proses lanjutan seperti P:2( dimana terjajdi hambatan akti'itas Taq

polimerase( atau kontaminan lainnya yaitu poli'enol yang dalam bentuk teroksidasi akan

mengikat 5/ seara ko#alen. "ntuk menghindari terjadinya hal ini( maka jaringan

yang digunakan dijaga tetap dingin sebelum dan selama proses ekstraksi.

Setelah dilakukan ekstraksi( maka proses dilanjutkan dengan presipitasi 5/

dengan menggunakan etanol absolut atau isopropanol. Selain 5/( semua bahan yang

lain akan larut dalam etanol dingin. engan demikian( saat dilakukan sentri'ugasi( maka5/ akan mengendap dan terpisah dari senya%a9senya%a atau bahan lain. Pada sampel

darah( presipitasi dilakukan dengan salting-out yaitu supernatan dipisahkan dari protein

dan debris sela dengan pemberian larutan garam berkonsentrasi tinggi. Biasanya akan

diperoleh supernatan 5/ yang kental pada saat dimasukkan ke etanol absolut. Bila hal

ini terjadi( siapkan tabung yang berisi ?=9etanol( dan segera ambil 5/ tadi dengan

mikropipet *=== 8( dan pindahkan ke tabung yang berisi ?=9etanol.

Sebagai bahan dasar untuk analisis lanjutan seperti P:2( 2!8P( kloning atau

sekuensing( maka 5/ yang digunakan harus bersih dari kontaminan 6mempunyai

kemurnian tinggi7 dan memiliki berat molekul yang tinggi. Selama proses ekstraksi

5/( beberapa hal yang dapat terjadi antara lain +

• 5/ patah9patah selama proses isolasi.

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul )



• 5/ terdegradasi oleh enim nuklease.

• Terjadi kontaminasi oleh polisakarida.

• Metabolit sekunder ikut terisolasi.

Den)*ur)si %)n Ren)*ur)si DNA

Proses denutarasi dan renaturasi melekul 5/ tergantung pada banyak 'aktor( antara

lain+

*. Suhu. Suhu leleh 6melting temperature, T m7 yang tinggi menyebabkan untai ganda

5/ akan terurai menjadi untai tunggal( tetapi bila suhu ini diturunkan seara

perlahan( maka akan terjadi renaturasi menjadi untai heliks ganda 5/ seperti

semula.

. erajat keasaman 6p,7 yang ekstrem 6p,V3 atau p,W*=7 dapat menyebabkan 5/

terdenaturasi.

3. Konsentrasi isoelektrolit seperti 5aD dan K pada larutan ekstraksi yang digunakan.

1. Perbandingan kandungan antara basa nukleotida : terdapat /T. Tingginya

kandungan : akan memperlambat proses denaturasi molekul 5/. Sebaliknya(

kandungan /T yang tinggi akan menyebabkan pita 5/ mudah putusCpatah.

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul ?



PRAKTIK! <

STATISTIK !JI K"PARATIF TIDAK 'ERPASANGAN

I$ Ju%u& '&o(


II$ Topi( Pr)(*i(um

Sel & molekul


8aboratorium -KMCbiostatistika

I+$ Tuu)n 'e&))r

* Memahami dan dapat menggunakan "ji T tidak berpasangan

Memahami dan dapat menggunakan "ji Mann9Fhitney

3 Memahami dan dapat menggunakan "ji Gne Fay /5GA/

1 Memahami dan dapat menggunakan "ji Kruskal9Falis

+$ A&)* %)n ')-)n 5

a. Media audio#isual

b. Program Statistik SPSS #.*?

. 8aptop instruktur yang telah teristall SPSS

d. 8aptop mahasis%a yang telah terinstall SPSS

e. Set data untuk latihan

'. /lat Tulis 6/TK7 dan Papan tulis

+I$ Prose%ur !mum Pe&)(s)n))n Pr)(*i(um 5




* Mahasis%a sebanyak )= orang dengan didampingi oleh 3 istruktur dan * asisten

Mahasis%a terlebih dahulu menginstal serta meng9opy set data latihan sebelum

praktikum

3 -ntsruktur dan asisten menmeriksa dan memastikan setiap mahasis%a sudah

menginstall SPSS dan set data latihan pada laptop mahasis%a sebelum memulai

praktikum

1 Saat praktikum -nstruktur terlebih dahulu menjelaskan dasar teori dan langkah9

langkah pengujian statistik komparati' data numerik tidak berpasangan

4 -nstruktur memberi ontoh pengujian statistik komparati' #ariabel data numerik

tidak berpasangan

) Mahasis%a berlatih melakukan pengujian statistik dibantu oleh instruktur dan

asisten

? Melakukan diskusi dan tanya ja%ab

0 Membuat kesimpulan atas praktikum yang telah dilakukan

+II$e*o%e

!i T Ti%)( 'erp)s)n.)n 5

* ata yang akan diuji adalah set data kelompok dengan #ariabel numerik tidak

berpasangan

Memeriksa syarat uji T Tidak berpasangan +

i. ata harus Berdistribusi 5ormal 6F/$-B7

ii. Aarians data boleh sama( boleh juga tidak sama

3 $ika memenuhi syarat 6data berdistribusi normal7( maka dipilih uji T tidak

berpasangan

1 $ika tidak memenuhi syarat uji 6data tidak berdistribusi normal7 dilakukan dahulu

Trans'ormasi data

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul >



4 $ika data hasil trans'ormasi berdistribusi normal( maka dipakai uji T tidak

berpasangan

) $ika #ariabel baru hasil trans'ormasi tidak berdistribusi normal( maka dipilih uji

Mann9Fhitney

? 8angkah pengujian dengan uji T tidak berpasangan adalah sebagai berikut +

i. Bukalah 'ile "npaired t9test

ii. 8akukanlah uji normalitas terlebih dahulu +

8ihat #ariable Aie% dab ata Aie% terlkebih dahulu( pilih mana yang akan diuji

5oramliatasnya /nalyeesrpti#es StatistisE@ploreMasukkan

Aariabel dependent dalam ependent 8ist

Pilih Both pada display biarkan kotak Statsitis sesuai de'aultklik

Plots pilih !ator le#els together pada Bo@plots( pilih ,istogram pada

esripti#es( pilih 5ormality %ith test:ontinueGK

iii. Buka lagi 'ile "npaired T9test/nalye:ompare means-ndependent9sample

T

i#. Masukkan #ariabel dependent pada kotak Test #ariable

#. Masukkan 'aktorC#ariable independent pada kotak rouping Aariable

#i. /kti'kan e'ine roup

#ii. Masukkan angka * untuk grup * dan angka untuk grup

#iii. :ontinue GK lakukanlah interpretasi hasil uji

!i )nn;=-i*ney 5

*7 ata yang akan diuji adalah set data kelompok dengan #ariabel numerik tidak

berpasangan

7 Memeriksa syarat uji T Tidak berpasangan +

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul 3=



i. ata harus Berdistribusi 5ormal 6F/$-B7

ii. Aarians data boleh sama( boleh juga tidak sama

37 Karena data tidak memenuhi syarat 6data berdistribusi normal7( maka dipilih Mann9

Fhitney

17 Karena #ariabel baru hasil trans'ormasi tidak berdistribusi normal( maka dipilih

uji Mann9Fhitney( langkahnya adalah sebagai berikut +

i. Buka 'ile Mann9Fhitney

ii. /nalye 5onparametris test independent samples

iii. Masukkan #ariabel yg diuji kedalam Test #ariables

i#. Masukkan 'aktor kedalam rouping Aariable

#. /kti'kan uji Mann9Fhitney

#i. Klik e'ine groupmasukkan angka * pada kotak grup * dan pada kotak

grup

#ii. :ontinueGK interpretasilah hasil uji

!i "ne =)y AN"+A 5

* ata yang akan diuji adalah set data W kelompok dengan #ariabel numerik tidak

berpasangan

Memeriksa syarat "ji Gne Fay /5GA/ untuk W kelompok tidak berpasangan +

i. istribusi data harus normal 6F/$-B7

ii. Aarians data harus sama 6F/$-B7

3 $ika tidak memenuhi syarat diupayakan melakukan trans'ormasi data supaya

distribusi menjadi normal dan #arians menjadi sama

1 $ika syarat terpenuhi( maka dipilih uji one %ay /5GA/

Modul Praktikum Blok 3 : Sel & Molekul 3*



4 $ika syarat tidak terpenuhi maka alternati'nya dipakai uji Kruskal9Fallis

) $ika pada "ji /5GA/ atau Kruskal9Fallis menghasilkan nilai pV=(=4 maka

dilanjutkan dengan melakukan analisis Post ,o

? 8angkah pengujian data dengan Gne Fay /5GA/ adalah sebagai berikut +

i. Bukalah 'ile Gne Fay /5GA/

ii. /nalye:ompare meansGne9Fay /5GA/

iii. Masukkan #ariabel dependen kedalam ependent 8ist

i#. Masukkan #ariabel independent kedalam !ator list

#. /kti'kan kotak Gptions

#i. Pilih ,omogenity o' Aariane

#ii. Klik :ontinueGK lakukan analisis hasil uji

07 /nalisis Post ,o +

i. /nalye :ompare meansGne9Fay /5GA/

ii. Masukkan #ariabel ependent * dalam ependent list

iii. Masukkan #ariabel kelompok -ndependent kedalam !ator list

i#. /kti'kan kkotak Post ho

#. Pilih 8S pada kotak EJual #arianes /ssumed

#i. Klik :ontinueGK lakukan analisis

!i Krus()&;=)&&is 5

* ata yang akan diuji adalah set data W kelompok dengan #ariabel numerik tidak

berpasangan




Memeriksa syarat "ji Gne Fay /5GA/ untuk W kelompok tidak berpasangan +

3 istribusi data harus normal 6F/$-B7

1 Aarians data harus sama 6F/$-B7

4 $ika syarat tidak terpenuhi maka alternati'nya dipakai uji Kruskal9Fallis

) $ika pada "ji /5GA/ atau Kruskal9Fallis menghasilkan nilai pV=(=4 maka

dilanjutkan dengan melakukan analisis Post ,o

? 8angkah uji Kruskal9Fallis adalah sebagai berikut +

i. Bukalah 'ile data Kruskal9Fallis

ii. /nalye non9parametri testsk9independent samples

iii. Masukkan Aariabel -ndependen kedalam Test Aariable list

i#. /kti'kan "ji Kruskal9Fallis

#. Masukkan 'aktor dependent dalam rouping Aariabel

#i. /kti'kan e'ine range

#ii. Masukkan angka * 6sebagai kode burukClemah7 pada kotak Minimum

#iii. Masukkan angka 3 6sebagai kode baikCkuat7 pada kotak Maksimum

i@. Klik :ontinueGK lakukan analisis hasil uji

2.materi praktikum

Documents