MODUL PRAKTIKUM KOMPUTASI BIOLOGI MOLEKULER

Oleh :

Team Asisten Biologi Molekuler

KEMENTERIAN PENDIDIKAN NASIONAL UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN

FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO

2010

1. Masuk ke wesite NCBI dengan URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Atau masuk melalui google dengan memasukan kata kunci “NCBI” kemudian klik Link website tersebut

2. Tampilan halaman utama NCBI adalah sebagai berikut

Tampilan Halaman Utama

Website NCBI bagian atas

3. Pada halaman bagian bawah kemudian klik “BLAST” pada menu POPULAR

Tampilan Halaman Utama

Website NCBI bagian bawah

4. Tampilan halaman utama “Basic Local Alignment Search Tool” atau “BLAST” Pada halaman utama BLAST kemudian klik “Nucleotide Blast”

5. Tampilan setelah melakukan klik “nucleotide blast”

Keterangan :

1. Area untuk memasukan query sequence atau urutan sekuen yang akan di analisis. 2. Input data sekuen file yang berbentuk .gi atau .FASTA 3. Roll database

1

2

3

6. Silahkan anda masukan urutan sekuen DNA untuk kelompok anda, pada area keterangan no.1 diatas, dengan

cara melakukan “Copy and Paste” dari urutan sekuen DNA anda yang dibuka melalui MS Word, seperti contoh tampilan dibawah ini.

7. Setelah dilakukan “Copy and Paste” pada query sequence, selanjutnya pastikan pada roll database anda memilih

“Nucleotide collection (nr/nt)“ seperti tampilan dibawah ini

Tampilan urutan sekuen DNA yang dibuka pada MS Word

8. Pada bawah halaman ini kemudian klik “BLAST” untuk melakukan proses analisis

9. Tampilan hasil analisis yang dilakukan oleh NCBI

Klik “BLAST” untuk memulai analisis DNA sekuen yang anda miliki

10. Beberapa keterangan yang terdapat pada hasil analisis

A. “Accession Number” nomor kode untuk spesies yang di deskripsikan

B. “Query coverage” adalah tingkat kedekatan sekuen yang dianalisis dengan sekuen yang dimiliki spesies

D. “Description” memberikan keterangan spesies DNA yang paling mendekati

C. “Max Score” merupakan nilai sekuen DNA spesies yang paling mendekati pada sekuen yang kita input / masukan. Semakin tinggi nilai score yang tertera (paling atas ), maka semakin mendekati pula urutan sekuen DNA yang kita masukan dengan sekuen spesies tersebut.

G. “Query” sekuen dna yang kita input / masukan

F. “Subject” sekuen dna yang dimiliki database

E. “Query Length” menunjukan total jumlah sekuen yang kita input / masukan

Keterangan :

A. Beberapa kemungkinan spesies yang memiliki sekuen dna yang sama dengan dna yang dianalisis B. “Query coverage” adalah tingkat kedekatan sekuen yang dianalisis dengan sekuen yang dimiliki

sepsies tersebut. C. “Query” sekuen dna yang kita input / masukan D. “Subject” sekuen dna yang dimiliki database E. “Query Length” menunjukan total jumlah sekuen yang kita input / masukan F. “Description” memberikan keterangan spesies DNA yang paling mendekati G. “Max Score” merupakan nilai sekuen DNA spesies yang paling mendekati pada sekuen yang kita

input / masukan. Semakin tinggi nilai score yang tertera (paling atas ), maka semakin mendekati pula urutan sekuen DNA yang kita masukan dengan sekuen spesies tersebut.

11. Deskripsikan hasil analisis sekuen DNA yang anda miliki, kemudian buatlah laporannya yang dikirim kepada assisten masing-masing.