LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

PERCOBAAN V

ISOLASI DNA BUAH DENGAN DETERJEN

OLEH:

NAMA : RAMLAH

NIM : F1F1 12 071

KELOMPOK : I (SATU)

KELAS : B

ASISTEN : WD. FITRIA SAKINAH

JURUSAN FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS HALU OLEO

KENDARI

2013

ISOLASI DNA BUAH DENGAN DETERJEN

A. TUJUAN

Tujuan dilakukannya percobaan ini adalah agar mahasiswa dapat

mengisolasi DNA buah dengan menggunakan cara yang mudah

B. LANDASAN TEORI

DNA merupakan struktur kimia yang membawa gen. basa-basa yang

menyusun struktur DNA terdiri dari adenine, guanine, thymine, dan cytosine.

Adeine dan guanine merupakan basa bersincin ganda (double-ring bases)

disebut purines, sedangkan thymine dan cytosine bercincin tunggal (single-

ring bases). Struktur molekul DNA berbentuk pilitan ganda (double helix)

dan tersusun atas pasangan spesifik Adenine-thymine dan Guanine-Cytosine

(Soeranto, 2003).

Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson

dan Francis Crick pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X

yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Berdasarkan atas

data kimia dan fisik, Watson dan Crick membuat model sruktur DNA yang

disebut untai-ganda (double helix). Untai-ganda DNA tersusun oleh dua

rantai polinukleotida yang berpilin (Yuwonon, 2007).

Dalam DNA terdapat pasangan basa. Setiapn adenine dalam rantai

DNA berkaitan dengan timin yang terdapat pada rantai yang lain. begitu pula

setiap sitosin saling melengkapi dengan guanin. DNA terdiri atas dua rantai

polinukleotida yang tersusun secara double helix. Ikatan hidrogen yang

menghubungkan dua rantai polinukleotida muda putus oleh pemanasan.

Keadaan ini dinamakan DNA. Selain dengan pemanasan, rantai double helix

DNA dapat putus karena pengaruh enzim helikase dan suasana alkali

(Karmana, 2008).

DNA hasil isolasi selanjutnya dilakukan cek kuantitas dan kualitas

untuk melihat konsentrasi dan kemurniannya dengan menggunakan

spektrofotometer dan elektroforesis gel. Pengukuran konsentrasi DNA

dengan spektrofotometer dilakukan pada panjang gelombang 260 nm,

sedangkan protein diukur pada panjang gelombang 280. Kemurnian larutan

DNA dapat dihitung melalui perbandingan A260 nm dengan A280 nm. Batas

kemurnian yang biasa dipakai dalam analisis molekuler pada rasio

A260/A280 adalah 1,8-2,0 (Syafaruddin& Santoso, 2011).

Ekstraksi DNA dari tanaman jaringan melibatkan, pertama-tama,

runtuhnya dinding sel untuk melepaskan komponen seluler seperti protein,

polisakarida, polifenol, RNA dan pigmen yang mengganggu ekstraksi dan

pemurnian genom DNA dan kemudian mempengaruhi DNA pembatasan,

amplifikasi dan kloning (Prakash, dkk, 2013).

C. ALAT DAN BAHAN

1. ALAT

Alat- alat yang digunakan pada praktikum ini antara lain :

Batang Pengaduk

Cutter/pisau

Gelas Kimia

Gelas Ukur

Kertas Saring

Lumpang dan Alu

Pipet Tetes

Sentrifus

Tabung Mikrosentrifus

2. BAHAN

Bahan- bahan yang digunakan pada praktikum ini antara lain :

Etanol Dingin

Akuades

Buah Anggur

Detergen

D. PROSEDUR KERJA

Dicampur air dengan perbandingan 1 : 1

Larutan sabun

Buah tomat

Dihancurkan dan diambil sebanyak 10 gram

Dicampurkan dengan 10 ml larutan sabun

Diaduk dan disaring

Filtrat buah tomat

Ditambah etanol dingin hingga terbentuk

endapan putih

Disentrifus 7000rpm selama 10 menit

dibuang residu

Dilarutkan dalam akuades 10

ml

Ekstrak DNA buah anggur

Sabun cair

Buah anggur

Filtrate buah anggur

supernatant residu

E. HASIL PENGAMATAN

F. PEMBAHASAN

DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya

dalam bentuk heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang

menentukan perkembangan biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel. DNA

berbentuk polimer panjang nukleotida, mengkode barisan residu asam amino

dalam protein dengan menggunakan kode genetik, sebuah kode nukleotida

triplet. Pada praktikum kali ini dilakukan isolasi DNA buah menggunakan

detergen. Buah yang digunakan adalah buah anggur. Buah anggur digunakan

karena memiliki struktur yang cukup lunak sehingga mudah untuk dihaluskan

saat akan dilakukan pemisahan filtrat.

Isolasi DNA pada dasarnya dilakukan dengan merusak dinding

membran sel dan juga membran inti. Perusakan ini dapat dilakukan dengan

pemblenderan, penggerusan atau yang lainnya. Buah anggur dihaluskan

menggunakan lumping dan alu. Penghalusan ini dilakukan untuk merusak

dinding sel buah anggur secara mekanik sehingga DNA dapat keluar dari

dalam sel.  Jika proses dilakukan terlalu lama, dikhawatirkan tidak hanya

memecahkan sel tetapi juga akan mencabik-cabik DNA, sehingga DNAnya

hancur. Sedangkan jika terlalu sebentar, sel-sel belum seluruhnya

terpecahkan. Buah anggur yang telah dihaluskan ditambahkan dengan cairan

sabun yang dibuat dengan perbandingan 1:1, kemudian diaduk. Pengadukan

harus dilakukan perlahan agar tidak menimbulkan busa pada campuran

tersebut. Busa yang terbentuk akan merusak pembentukan DNA. Cairan

sabun berfungsi untuk melisis dinding sel yang terdapat dalam sel. Hal ini

disebabkan karena sabun memiliki sifat yang sama dengan dinding sel yang

hidrofobik. Karena persamaan adanya persamaan sifat, terjadi ikatan diantara

keduanya sehingga menyebabkan dinding sel rusak. Larutan yang terbentuk

kemudian disaring menggunakan kertas saring. Penyaringan berfungsi untuk

memisahkan serat-serat buah yang kasar dengan filtrat, sehingga didapat

sampel yang berupa cairan.

Filtrat yang telah tersaring ditambahkan dengan etanol dingin

hingga terbentuk endapan keruh berwarna putih. Tujuan penambahan

etanol dingin adalah untuk mempresipitasikan asam nukleat polimerik

dengan baik untuk meningkatkan konsentrasi DNA. Penambahan etanol

yang semakin dingin akan membuat DNA terpresipitasi menjadi semakin

pekat sehingga pengamatan yang dilakukan akan semakin baik. Selain itu

penambahan etanol dingin akan mempermudah koagulasi DNA sehingga

DNA yang bersifat transparan dapat terlihat dengan jelas.

Larutan yang telah ditambahkan etanol kemudian disentrifus

selama 5 menit untuk menghasilkan endapan DNA sampel. Hasil setelah

disentrifus terbentuk supernatant dan residu. Residu (endapan) tersebut

harus dipisahkan dari supernatant-nya agar diperoleh ekstrak DNA

sampel. Pemisahan tersebut dilakukan dengan menyuspensi endapan

dengan akuades. Akuades digunakan karena akuades mempunyai sifat dan

struktur yang mirip dengan sampel yaitu bersifat polar. sampel yang

bersifat polar akn larut dengan air yang juga bersifat polar. Endapan yang

telah larut selanjutnya dimasukkan ke lemari pendingin untuk sementara

waktu yang kemudia dilakuka proses elektroforesis.

G. KESIMPULAN

Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan

bahwa isolasi DNA buah dengan cara yang mudah dapat dilakukan dengan

bebrapa tahap yaitu penghancuran sel menggunkaan deterjen, ekstraksi,

pemurnian dan presipitasi DNA menggunakan etanol dingin.

DAFTAR PUSTAKA

Karmana, Oman, 2008, Biologi, Grafindo Media Pratama, Jakarta.

Prakash Satya Mishra and Sanjay Singh. 2013. Species Specific Protocol For

Extraction Of Genomic Dna In Moringa Oleifera. Online Journal of

BioSciences and Informatics. Vol: 4 (1).

Soeranto, H., 2003, Peran IPTEK Nuklir dalam Pemuliaan Tanaman Untuk

Mendukung Indsutri Pertanian, Prosiding Pertemuan dan Presntasi Ilmia

Penelitian Dasar Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Nuklir, ISSN: 0216-

3128.

SYAFARUDDIN & TRI JOKO SANTOSO. 2011. OPTIMASI TEKNIK ISOLASI

DAN PURIFIKASI DNA YANG EFISIEN DAN EFEKTIF PADA KEMIRI

SUNAN (Reutalis trisperma (Blanco) Airy Shaw). Jurnal Littri. VOLUME

17(1).

Yuwono, Triwibowo, 2007, Biologi Molekuler, Erlangga, Jakarta.