Konsep bakteri asam laktat adalah nama grup yang diciptakan untuk bakteri yang menyebabkan fermentasi dan koagulasi susu, serta dapat menghasilkan asam laktat dari laktosa. Nama family Lactobacteriaceae diterapkan oleh Orla Jensen, (1919) kepada sekelompok bakteri yang menghasilkan asam laktat sendiri atau asam asetat dan asam laktat, alkohol dan karbon dioksida. Bakteri asam laktat adalah kelompok bakteri Gram-positif yang disatukan mengikut karakteristik orfologi, metabolisme, dan fisiologis. Mereka adalah non-spore, fermentasi karbohidrat-produksi asam laktat, tahan asam dalam keadaan non-aerobik dan katalase negatif.Biasanya mereka adalah non-motile dan tidak mereduksi nitrit. Mereka dibagi menjadi empat genus Streptococcus, Leuconstoc, Pediococcus, dan Lactobacillus. Revisi taksonomi terbaru menunjukkan bahwa bakteri asam laktat kelompok bisa terdiri dari genera Aerococcus, Carnobacterium, Enterococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Tetragenococcus, dan V sebagai Lactobacillus bifidus. Klasifikasi bakteri asam laktat ke dalam genus berbeda sebagian besar didasarkan pada morfologi, cara fermentasi glukosa, pertumbuhan pada temperatur yang berbeda, dan konfigurasi dari asam laktat yang dihasilkan, kemampuan untuk tumbuh pada konsentrasi garam tinggi, toleransi pada asam atau basa (Lee dan Salminen, 2009).

Berbagai penelitian telah dilakukan untuk mengungkap patogenisitas virus AI. Berdasarkan patogenisitasnya, virus AI dibedakan atas dua kelompok, yaitu low pathogenic avian influenza (LPAI) yang menimbulkan penyakit ringan, dan highly pathogenic avian influenza (HPAI) menyebabkan penyakit berat dengan mortalitas mencapai 100%. Kepekaan hewan terhadap virus AI bervariasi sesuai dengan spesies hewan. Pada ungags air seperti itik, angsa, entog, burung camar, dan burung dara laut yang merupaka hospes alami dari virus AI tipe A sehingga bersifat sebagai reservoir. Pada kelompok ungags ini penyakit bersifar subklinis, dan virus dieskresikan terus menerus melalui kotoran hewan yang terinfeksi.

Virus masuk ke dalam tubuh inang melalui udara tercemar, menginfeksi epitel silia mukosa hidung kemudian bereplikasi dan menyebar melalui saluran respirasi dalam kurun waktu 1 sampai 3 hari. Infeksi virus AI yang dapat menurunkan daya tahan tubuh terhadap infeksi sekunder oleh bakteri. Pada infeksi AI yang berat (HPAI) virus menyebar sampai bronkioli sehingga menyebabkan timbulnya bronkopneumonia yang ditandai dengan ekskresi eksudat mukopurulen.

Cara lain infeksi virus AI pada unggas adalah melalui pakan dan minum yang tercemar oleh virus yang selanjutnya menginfeksi epitel dari saluran pencernaan, kemudian bereplikasi dan menyebar melalui saluran pencernaan dan menimbulkan gejala diare. Oleh karena itu, virus AI pada unggas yang paling mudah untuk diisolasi adalah dari daerah kloaka.

Penyebaran virus AI melalui peredaran darah disebut dengan viremia primer, selanjutnya virus mengikuti aliran darah menuju organ-organ dalam yang menyebabkan viremia sekunder. Gejala klinis mulai terlihat beberapa jam sampai 3 hari setelah unggas terinfeksi. Pada kasus HPAI penyakit diikuti dengan lesi berdarah yang terjadi pada organ dalam. Infeksi virus AI menjadi semakin parah karena diikuti oleh beberapa infeksi sekunder oleh bakteri, parasite, maupun jamur. Pada tipe infeksi ringan (LPAI) penyakit ditandai dengan gejala klinis yang sifatnya ringan, bahkan kadang tanpa menunjukkan gejala yang jelas.

Tingkat virulensi yang luar biasa dari beberapa strain virus flu burung mencerminkan sifat produk gen virus. Sebuah penanda patogen utama yang

Virulensi yang luar biasa dari beberapa strain virus flu burung mencerminkan sifat beberapa produk gen virus. Sebuah penanda patogen utama yang dipantau dengan virus flu burung, khususnya H5 dan H7 virus, adalah urutan asam amino pada tempat pembelahan protein hemagglutinin. Perubahan urutan asam amino dapat mengubah tingkat pembelahan protein dan secara drastis mengubah virulensi virus ini. Kebanyakan LPAI Virus memiliki asam amino tunggal dasar (arginin) Di tempat pembelahan, dengan situs glikosilasi yang melindungi tempat pembelahan. Penghapusan Dari situs glikosilasi, perubahan dalam asam amino untuk yang dasar, sisipan yang membuka tempat pembelahan, dan penghapusan yang menggeser asam amino dasar untuk tempat pembelahan semua perubahan cleavability dan mengubah patogenisitas. Fenomena hemagglutinin cleavage merupakan penentu utama dari virulensi virus influenza; Namun, bagian-bagian lain dari protein hemagglutinin, di samping produk gen lainnya, juga dapat berkontribusi melalui pengaruh masing-masing pada virus efisiensi mengikat dan replikasi. Ada juga variasi dalam kerentanan atau perlawanan dari jenis burung yang berbeda untuk masing-masing HPAI virus strain. Sebagai contoh, virus A / ayam / Skotlandia / 59 (H5N1) lebih virulen untuk ayam, sedangkan A / kalkun / Ontario / 7732/66 virus (H5N9) lebih virulen untuk kalkun. Di alam, bebek historis telah refrakter terhadap infeksi dengan virus HPAI yang paling ganas, tetapi penyakit baru-baru ini telah dijelaskan setelah infeksi dengan virus H5N1 Eurasia-Afrika yang juga menyebabkan penyakit pada manusia. Namun, meskipun jutaan potensi eksposur manusia untuk unggas yang terinfeksi membawa virus ini, hanya sekitar 400 penerimaan rumah sakit dan 254 kematian telah didokumentasikan di 15 negara (per Januari 2009). Hal ini menunjukkan bahwa, meskipun sangat fatal, infeksi manusia jarang terjadi dengan virus H5N1 ini, dan bahwa arus Eurasia-Afrika virus HPAI pada prinsipnya patogen burung dan, sampai saat ini, bukan virus manusia pandemi. Patogenesis flu burung sangat berbeda dari yang di mamalia, di bahwa replikasi

virus terjadi pada saluran usus serta saluran pernapasan. Pada infeksi dengan paling ganas strain virus HPAI, ada viremia dan limfoid multifokal dan nekrosis organ visceral yang mengakibatkan pankreatitis, miokarditis, myositis, dan ensefalitis. Ayam dan kalkun, yang menyerah setelah beberapa hari sakit, menunjukkan perdarahan petekie dan eksudat serosa di pernapasan, pencernaan, dan jaringan jantung. Kalkun juga mungkin memiliki sacculitis udara dan kongesti paru. Dalam semua spesies unggas, antibodi terdeteksi dalam waktu 3-7 hari setelah onset penyakit, mencapai puncaknya pada minggu kedua dan bertahan hingga 18 bulan.

Pathogenesis and PathologyThe extraordinary virulence of some avian influenza virus strains reflects the properties of several viral gene products. A Key pathogenic marker that is monitored with avian influenza viruses, particularly H5 and H7 viruses, is the amino acid sequence at the cleavage site of the hemagglutinin protein. Changes In the amino acid sequence can alter the rate of cleavage of the protein and drastically alter the virulence of these viruses. Most LPAI Viruses have a single basic amino acid (arginine) At the cleavage site, with a glycosylation site that shields the cleavage site. Elimination Of the glycosylation site, changes in the amino acids to basic ones, insertions that open the cleavage site, and deletions that shift basic amino acids to the cleavage site all change cleavability and alter pathogenicity. The phenomenon of hemagglutinin cleavage is a major determinant of the virulence of influenza viruses; however, other portions of the hemagglutinin protein, in addition to other gene products, also can contribute through their respective influences on virus binding and replication efficiency. There also is variation in the susceptibility or resistance of different bird species to individual HPAI virus strains. For example, A/chicken/Scotland/59 (H5N1) virus is more virulent for chickens, whereas A/turkey/Ontario/7732/66 (H5N9) virus is more virulent for turkeys. In nature, ducks historically have been refractory to infection with the most virulent HPAI viruses, but disease recently has been described following infection with Eurasian–African H5N1 virus that also causes disease in humans. However, despite millions of potential human exposures to infected birds carrying this virus, only some 400 hospital admissions and 254 deaths have been documented in 15 countries (as at January 2009). This suggests that, although highly fatal, human infections are rare with this H5N1 virus, and that the current Eurasian–African HPAI virus is principally a pathogen of birds and, to date, not a pandemic human virus. The pathogenesis of avian influenza is quite different from that in mammals, in that virus replication occurs in the intestinal tract as well as the respiratory tract. In infections with the most virulent HPAI virus strains, there is viremia and multifocal lymphoid and visceral organ necrosis that result in pancreatitis, myocarditis, myositis, and encephalitis. Chickens and turkeys, which succumb after several days of illness, exhibit petechial hemorrhages and serous exudates in respiratory, digestive, and cardiac tissues. Turkeys may also have air sacculitis and pulmonary congestion. In all avian species, neutralizing antibodies are detectable within 3–7 days after the onset of disease, reaching a peak during the second week and persisting for up to 18 months.

Virus flu burung merupakan patogen penting bagi hewan tetapi jarang bersifat zoonosis yaitu virus ini tidak ditransmisikan secara langsung dari hewan setiap kali menginfeksi manusia. Sebaliknya, virus ini merupakan jumpers spesies utama selama berkembang dalam inang (hewan) yang bervariasi dan menimbulkan wabah epidemi bahkan pandemi ketika menginvasi manusia. Untuk alasan itulah veteriner dan manusia mempunyai perhatian khusus terkait virus influenza ini. Reservoir utama dari virus influenza A ini adalah burung air terutama bebek, shorebird, dan burung camar dimana virus bereplikasi pada epithelium usus dan dieksresikan dalam konsentrasi tinggi melalui feses sehingga menimbulkan penularan secara fecal-oral. Migrasi burung air membawa virus ke antar benua dan memegang peranan penting dalam terjadinya evolusi virus melalui pertukaran gen atau virus secara keseluruhan antara reservoar dan spesies lain seperti unggas domestik terutama bebek dan mamalia seperti babi, kuda, mink, paus, anjing laut, dan manusia. Babi domestik merupakan host intermediet yang penting (di Amerika serikat, ayam kalkun juga termasuk host intermediet) dan China merupakan pusat pergerakan virus dari reservoar ke host intermediet dan ke kuda, babi, dan manusia.

There are human epidemics nearly every yearand pandemics whenever a major antigenic variant virusemerges. The "Spanish flu" pandemic that swept theworld in 1918, just as World War I ended, killed 25-40million peoplemmore than the war itself. Phylogenetic analyses have indicated that influ- enza viruses have evolved into five host-specific lineages:an old equine lineage, which has not been seen in over 15 years, a separate recent equine lineage, alineage in gulls, another in swine, and another in humans. The lineages in swine and humans are closelyrelated, derived from a common avian ancestor. Infact, the viruses currently circulating in swine in Europeand horses in China derived all of their eight genomicsegments from avian viruses. The dates when somelineages diverged from their ancestors can also beestimated: the ancestor of the human virus that causedthe 1918 pandemic diverged from a classic swinevirus between 1905 and 1914. Avian viruses, unlikemammalian viruses, show low evolutionary rates; infact, viruses in aquatic birds appear to be in evolution-ary stasis. Nucleotide changes have continued to occurat a similar rate in avian and mammalian influenzaviruses, but these changes no longer result in aminoacid changes in avian viruses. This suggests that avianviruses are approaching or have reached a state ofadaptation where further changes provide no selectiveadvantage. This also means that the source of genes for future epidemics in domestic fowl, horses, andhumans already exist in the aquatic bird reservoir. Given our new understanding of the natural his-tory of influenza viruses as species jumpers, preventionefforts might become more focused: for example, live-bird markets that bring together a wide variety of avianspecies (chickens, ducks, turkeys, pheasants, guineafowl, and chukars) and provide opportunity for geneticmixing might be monitored to reduce the emergence ofreassortant viruses. Changes in agricultural practices toseparate swine and turkeys from aquatic birds and otherspecies might break the evolutionary progression of newvariants. Of course, such measures are not likely to befeasible on a global scaleuinstead, new variant influenzaviruses will continue to emerge.

Karakteristik dari Klasifikasi Orthomyxovirus

Famili Orthomyxoviridae terdiri dari genera Influenzavirus A, Influenzavirus B, Influenzavirus C, dan Thogotovirus. Inluenza A merupakan virus yang patogen pada kuda, babi, mink, singa laut, paus, unggas, dan manusia. Influenza B merupakan virus yang patogen hanya pada manusia, dan meskipun influenza C dapat menginfeksi babi dan manusia, virus tersebut jarang menimbulkan penyakit yang serius. Thogotovirus merupakan kelompok virus yang kurang dikenal tetapi pernah dilaporkan menginfeksi ternak dan manusia di Africa, Eropa, dan Asia. Klasifikasi dari virus influenza sangat dipengaruhi oleh kebutuhan praktis untuk penilaian resiko akan munculnya varian virus baru dan pertanyaan apakah imunitas terhadap virus yang diturunkan sebelumnya mampu mengurangi peredaran dan apakah vaksin yang ada perlu dilakukan formulasi ulang. Munculnya virus varian baru tidak hanya tergantung pada genetic drift yaitu mutasi (pergantian nukleotida, insersi, delesi), tetapi juga genetic shift yaitu penyusunan ulang genom. Drift dan shift dari dua gen, hemagglutinin dan neuraminidase virus merupakan bagian penting dari sistem klasifikasi virus influenza yang dikategorikan kedalam 15 tipe hemagglutinin dan 9 neuraminidase. Saat ini virus dikategorikan menurut hospesnya (babi, kuda, burung, dll), asal geografis, nomor strain, dan tahun isolasi. Dengan demikian identifikasi secara penuh dari virus influenza terlihat seperti kode rahasia tetapi tepat dan informatif :

Influenza virus A/equine/Prague/1/56 (H7N7), the prototypic equine influenza virus 1 Influenza virus A/equine/Miami/I/63 (H3N8), the prototypic equine influenza virus 2 Influenza virus A/swine/Iowa/15/30 (HIN1), the prototypic strain of swine influenza virus Influenza virus A/Hong Kong/1/68 (H3N2), the virus that caused the human pandemic of 1968 (when the host of origin is not specified it indicates human origin)

Meskipun kombinasi dari gen H dan N dapat timbul akibat penyusunan ulang genom, tetapi hanya beberapa yang diketahui bersifat patogen : (1) virus H7N7 dan H3N8 (sebelumnya dikenal dengan equine influenza viruses 1 and 2) yang menyebabkan penyakit pernafasan pada kuda; (2) virus H1N1 dan H3N2 yang diisolasi dari babi; (3) virus H7N7 dan H4N5 yang menyebabkan penyakit respirasi dan sistemik pada anjing laut; (4) virus H10N4 penyebab penyakit respirasi pada mink; (5) virus HIN1, H2N2, H3N2, terbaru H5N1, dan mungkin virus H3N8 penyebab penyakit respirasi di manusia; dan (6) hampir semua kombinasi pada burung, sebagian H5N2 dan H7N1 (penyebab utama flu burung pada ayam)

Karakteristik virion

Virion Orrthomyxovirus merupakan virus yang pleomorfik, biasanya berbentuk bola tetapis sebagian besar berfilamen dalam isolat baru 80-120 nm pada dimensi terkecilnya. Virion mengandung amplop dengan delapan peplomer yang mengelilinginya (genera influenzavirus A dan Influenzavirus B), tujuh peplomer (genus influenzavirus C), atau enam (genus Thogotovirus) segmen nukleokapsid helix simetris dalam ukuran berbeda. Ada dua macam peplomer glikoprotein : (1) homotrimer protein hemaglutinin dan (2) homotetramer protein neuraminidase. Virus influenza C hanya memiliki satu tipe peplomer glukoprotein, terdiri dari multifungsional molekul hemaglutinin-esterase (HE). Bagian genom mempunyai lekukan pada satu ujung dan mengandung molekul virus RNA tertutup kapsid yang terdiri dari nukleoprotein (NP) tersusun secara helix. Berhubungan dengan RNA, ada tiga protein yang membentuk RNA polimerase virus (PB1, PB2, dan PA). Amplop virion dibatasi oleh matriks protein (M1) dan tersebar kanal ion yang terdiri dari tetramer matrix protein kedua (M2) dalam jumlah kecil. Genom yang terdiri dari delapan, tujuh, atau enam segmen terdiri dari linear negative-sense, single-stranded RNA, 10-13.6 kb dalam ukuran keseluruhan. Setiap segmen genom mempunyai sambungan yang berulang pada kedua ujungnya dengan akhir 3’ identik pada setiap segmen. Virus influenza sensitif terhadap panas 56º C selama 30 menit, asam (pH 3), dan pelarut lemak sehingga sangat labil dibawah kondisi lingkungan biasa.

Replikasi virus

Replikasi virus diawali dengan pengaktifan hemaglutinin virus oleh pembelahan kedalam dua bagian HA1 dan HA2 yang tetap berikatan ikatan disulfida. Virion menempel ke sel melalui pengikatan hemaglutinin aktif mereka ke reseptor asam sialat pada plasma membran (orthomyxovirus berbeda menggunakan molekul asam sialat dengan sisi rantai karbohidrat berbeda sebagai reseptor). Jalur masuk virus ini melalui reseptor yang dimediasi endositosis; transkripsi kompleks (nukleokapsid yang terkait RNA polimerase) dilepaskan kedalam sitoplasma setelah terjadinya fusi antara amplop virus dan membran endosomal. Fusi ini dipicu oleh pH rendah pada endosome yang menyebabkan aktivasi konformasi lain hemagglutinin. Transkripsi kompleks ditransport kedalam nukleus dimana transkripsi dan replikasi RNA berlangsung. Seperti virus lain dengan negative-sense RNA genom, genom orthomyxovirus mempunyai dua fungsi; (1) sebagai template sintesis mRNAs dan (2) sebagai template sintesis dari positive-sense replicative intermediate RNA yang meyediakan template untuk sintesis progeni genom RNA. Transkripsi primer melibatkan fenomena yang tidak biasa yang dikenal sebagai cap-snatching: endonuklease virus (PB2) membelah 5’-metilguanosin ditambah sekitar 10-13 nukleotida dari RNA sel yang heterogen, dan digunakan oleh virus sebagai primer transkripsi oleh RNA polimerase virus (transkriptase; PB1). Pada RNA transkrip primer dihasilkan dari delapan segmen gen virus influenza A dan B, enam gen monosistronik dan ditranslasikan secara langsung. Dua yang lainnya mengalami penyambungan, masing-masing menghasilkan dua mRNAs yang di translasikan dalam frame pembacaan yang berbeda dan masing-masing memproduksi dua protein. Virus Influenza B menggunakan strategi yang berbeda, mRNA virus 3’-poliadenilat dan kekurangan 5’-terminal – 16 nukleotida pada segmen gen RNA yang sesuai. Sintesis protein virus terjadi di sitoplasma menggunakan mekanisme translasi seluler. Ortomyxovirus mempunyai beberapa mekanisme penyusunan untuk meningkatkan kapasitas koding mereka: penggabungan mRNA, stop-start translasi dua gen berpasangan, dan frame shifting. Protein yang berkaitan dengan virion RNA di transport ke nukleus pada jam pertama postinfeksi, lalu bermigrasi ke sitoplasma. Replikasi segmen gen RNA membutuhkan sintesis penuh positive-sense RNA intermediet, tidak seperti mRNA transkrip yang serupa, harus kekurangan 5’-caps dan saluran 3’-poly(A). Sintesis nukleoprotein terbaru berikatan dengan RNA, memfasilitasi sebagai template untuk mensintesis gen RNA. Pada infeksi yang lebih lama, matrix protein (M1) memasuki nukleus dan berikatan ke gen RNA yang timbul, dengan demikian down-regulating transkripsi dan mengijinkan untuk mengekspor dari nukleus dan dipasangkan ke virion. Virion terbentuk dari tunas, menggabungkan protein M dan nukleokapsid yang selaras dibawah bagian membran plasma dimana hemagglutinin dan neuraminidase telah dimasukkan. Itu tidak dikenal dengan mekanisme penggandaan segmen RNA pada setiap virion. Salah satu kemungkinan bahwa segmen terhubung dengan bebas oleh sinyal pengenal RNA/protein. Segmen kemungkinan dikemas hampir secara acak dengan kebanyakan virion terselubung segmen tambahan untuk memastikan kelangsungan hidup. Sebagai tunas virion, peplomer neuraminidase memfasilitasi “pinching off” dan melepaskan virion dengan menghancurkan resptor pada membran plasma yang akan mengikat kembali virion pada permukaan sel. Transmisi lewat udara, droplet, mutahan, dan cemaran air. Thogotovirus dan Dhorivirus di transmisikan oleh kutu dan bereplikasi di kutu dan mamalia.