02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam kelompok-

kelompok (taksa) Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-

kelompok taksonomi Peranan taksonomi mikroba:

Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah besar pengetahuaannya

Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan kerangka hipotesis tentang organisme

Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok bermakna dengan memberi nama secara tepat, jadi akan mempermudah komunikasi ilmiah.

Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.

Hasil penelitan Carl Woese dan

kawan-kawan menyarankan bahwa

organisme dibagi dalam :

1.Eukaria-meliputi seluruh organisme

eukariotik

2.Bakteria-terdiri dari organisme

prokariotik yang mempunyai rRNA

bakterial and lipid membran

02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah:

spesies,

genus,

famili,

ordo,

klas,

kerajaan (kingdom);

Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi

(suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat

deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu,

seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat, dan

lain-lain.

Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh Carl von Linne (Carolus Linnaeus), huruf pertama nama genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g., Escherichia coli); dalam artikel ilmiah, huruf pertama genus dapat disingkat setelah ditulis lengkap pada penulisan sebelumnya, contoh, E. coli

Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)

Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk

yang sesuai untuk analisis numerk dan dibandingkan

menggunakan komputer.

Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya

beberapa ratus) karakater dibandingkan; karakter tersebut

di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi)

Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter

yang dimiliki oleh dua organisme

Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching

coefficient) – proporsi yang sesuai (match) baik untuk

karakter yang ada maupun tidak ada

Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) – mengabaikan

karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme

Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks

kesamaan (similarity matrix); organisme dengan kesamaan

tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons)

Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat

tetapi fenon dengan kesamaan 80% seringkali dianggap

satu spesies (bakteri)

Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan

organisme didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan

Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas

kesamaan karakter

Tidak tergantung pada analisis filogenetik

Menggunakan “unweighted traits”

Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat

(attributes)

Sistem filogenetik (filetik) {Phylogenetic (phyletic) -

pengelompokan organisme didasarkan pada hubungan

evolusioner

1. Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan

evolusi karena kekurangan catatan fosil yang baik

2. Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen

seperti rRNA dan protein dapat digunakan untuk mengatasi

kesulitan tersebut di atas