i

i

KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN

DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI

SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG

SKRIPSI

Oleh :

BAGUS PRADITYA SN

PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG

2016

ii

ii

KERAGAMAN GENETIK MELALUI POLIMORFISME PROTEIN

DARAH AYAM KEDU JENGGER MERAH DAN JENGGER HITAM DI

SATUAN KERJA NON RUMINANSIA TEMANGGUNG

Oleh :

BAGUS PRADITYA SN

23010112140207

Salah Satu Syarat untuk Memperoleh

Gelar Sarjana Peternakan pada Program Studi S1 Peternakan

Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro

PROGRAM STUDI S1 PETERNAKAN

FAKULTAS PETERNAKAN DAN PERTANIAN

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG

2016

iii

iii

iv

iv

v

v

RINGKASAN

BAGUS PRADITYA SETYO NUGROHO 23010112140207. Keragaman

Genetik Melalui Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan

Jengger Hitam Di Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung. (Genetic Blood

Protein Diversity Through Polymorphism of Red Comb and Black Comb Kedu

Chicken at Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung)(Pembimbing :SUTOPO

dan EDY KURNIANTO)

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman protein darah pada

ayam Kedu generasi G0 jengger merah dan jengger hitam di Satuan Kerja Non

Ruminansia Maron, Temanggung. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan

Agustus 2015 – Maret 2016 bertempat di Satuan Kerja Non Ruminansia Maron,

Temanggung. Sampel dianalisis di Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran

Hewan Universitas Gadjah Mada Yogyakarta pada bulan Februari 2016.

Materi penelitian adalah ayam Kedu jengger merah dan jengger hitam.

Metode yang digunakan adalah observasional pada hasil elektroforesis PAGE

(Polyacrylamid Gel Electrophoresis). Mengamati lokus pre albumin, albumin,

ceruloplasmin, transferin, post transferin, amylase-I dan menghitung frekuensi gen

setiap lokus. Perhitungan nilai ragam genetik dihitung dengan rumus

heterozigositas individu dan rataan heterozigositas. Jarak genetik diukur dengan

menggunakan DISPAN dan MEGA 6.06. Nilai keseimbangan Hardy-Weinberg

dihitung dengan chi-square (X2).

Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam Kedu jengger merah dan

jengger hitam memiliki sifat polimorfik pada 6 lokus yang diamati. Nilai

heterozigositas individual tertinggi terdapat pada ayam Kedu jengger hitam

(0,500). Rataan heterozigositas menunjukkan bahwa ayam kedu jengger hitam

lebih tinggi dari pada ayam Kedu jengger merah. Hasil perhitungan chi-square

menunjukkan bahwa semua lokus pada setiap jengger berada dalam keseimbangan

Hardy Weinberg kecuali pre albumin pada ayam Kedu jengger merah.

vi

vi

KATA PENGANTAR

Pelestarian ayam lokal diperlukan dalam mengembangkan bibit yang

berkualitas. Salah satu ayam lokal yang sangat terkenal yaitu ayam Kedu. Ayam

Kedu memiliki produktivitas yang cukup tinggi dan ketahanan tubuh yang cukup

baik. Sehingga ayam Kedu sangat baik untuk dikembangkan dan dibudidayakan.

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah

memberikan rahmat dan karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan

penelitian dan menulis laporan skripsi yang berjudul“Keragaman Genetik Melalui

Polimorfisme Protein Darah Ayam Kedu Jengger Merah Dan Jengger Hitam Di

Satuan Kerja Non Ruminansia Temanggung”.

Puji syukur kepada Allah SWT karena atas rahmat dan hidayahNya penulis

dapat menyelesaikan skripsi ini. Ucapan terimakasih penulis sampaikan

kepadaDr. Ir. Sutopo, M.Sc. selaku dosen Pembimbing Utama dan Prof. Dr.Ir.

Edy Kurnianto, M.S., M. Agr. selaku dosen Pembimbing Anggota yang telah

memberikan bimbingan dan arahan selama penelitian dan penyusunan skripsi,

Prof. Dr. Ir. Mukh. Arifin, M.Sc. selaku Dekan Fakultas Peternakan dan Pertanian

yang telah memberikan izin dan kesempatan untuk melakukan penelitian dan

menulis skripsi guna memperoleh gelar Sarjana Peternakan, Prof. Dr. Ir. Bambang

Sukamto, S.U. selaku Ketua Jurusan Peternakan dan Ketua Program Studi S1

PeternakanDr. Ir. Hanny Indrat Wahyuni, M.Sc. atas bimbingannya dan

kesempatan melakukan penelitian, Dr. drh. Enny Tantini Setiatin, M.Sc. selaku

panitia ujian akhir program yang memberikan masukan selama revisi, Dr. Ir. Yon

vii

vii

Soepri Ondho, M.S. dan Ir. Barep Sutiyono, M.S. selaku dosen penguji yang

memberikan masukan dan saran selama revisi.

Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada Bapak Prasetyo dan Ibu

Myra Kartika, adik penulis Arya, Nabila, dan Marta yang senantiasa menjadi

semangat dan memberikan dorongan materil dan moril selama penulis melakukan

penelitian dan penyususnan skripsi. Terima Kasih juga penulis ucapkan kepada

Fauzia Kusuma Wulandari selaku orang tercinta dan terkasih yang memberikan

semangat selama penelitian dan penyusunan skripsi.Teman-teman seperjuangan

kelas D 2012 yang senantiasa melewati suka duka bersama selama empat tahun

dalam menempuh pendidikan S1 Peternakan.Terima kasih kepada teman-teman

Tim Maron yaitu Andi S, Ustadha, Latifa dan Siti yang telah membantu penulis

dalam melakukan penelitian.Terima kasih diberikan penulis kepada Taufik Riza,

Bastiyar Masri, Fatan Dwi, Alfian Bayu, Nastiti, Nunik, Mbak Dela, Mbak Riri

yang telah membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian dan penyusun

skripsi.Terima kasih pula kepada Tim KKN II 2015 Kabupaten Magelang

Kecamatan Pakis Desa Muneng yaitu Adi, Agus, Vivi, Yuyun, Mawar, Winda,

Favo, Eva, dan Cathy yang telah memberikan semangat kepada penulis dalam

menyelesaikan skripsi.

Semarang, Juni 2016

Penulis

viii

viii

DAFTAR ISI

Halaman

KATA PENGANTAR ................................................................................ vi

DAFTAR TABEL ....................................................................................... ix

DAFTAR ILUSTRASI ............................................................................... x

DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................... xi

BAB I. PENDAHULUAN .......................................................................... 1

BAB II. TINJAUAN PUSTAKA ................................................................ 3

2.1. Ayam Lokal ................................................................................ 3

2.2. Darah........................................................................................... 4

2.3. Elektroforesis .............................................................................. 5

2.4. Polimorfisme Protein .................................................................. 6

2.5. Heterozigositas ........................................................................... 8

2.6. Keseimbangan Hardy-Weinberg ................................................ 9

BAB III. MATERI DAN METODE ........................................................... 10

3.1. Materi .......................................................................................... 10

3.2. Metode ........................................................................................ 11

BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................... 17

4.1. Keragaman Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan Jengger

Hitam .........................................................................................

17

4.2. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam

Kedu Jengger Merah dan Jengger hitam ...................................

23

4.3. Jarak Genetik Ayam Kedu Berdasarkan Protein Darah ............. 24

4.4. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan

Jengger Hitam ...........................................................................

26

BAB V. SIMPULAN DAN SARAN .......................................................... 28

ix

ix

DAFTAR PUSTAKA ................................................................................. 29

LAMPIRAN ................................................................................................ 32

RIWAYAT HIDUP………………………………………………………

61

x

x

DAFTAR TABEL

Nomor Halaman

1. Materi Penelitian Analisis Protein Darah .................................................... 10

2. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Pre albumin ............................................................

17

3. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Albumin .................................................................

18

4. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Ceruloplasmin ........................................................

29

5. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Transferin ..............................................................

20

6. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Post Transferin ......................................................

21

7. Sebaran Genotip dan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger

Merah danHitam Lokus Amylase-I ..............................................................

22

8. Heterozigositas Individu dan Rataan Heterozigositas Ayam

Kedu ...........................................................................................................

23

9. Matriks Jarak Genetik Ayam Kedu ............................................................ 24

10. Perhitungan Chi Square Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam ..........................................................................................................

26

xi

xi

DAFTAR ILUSTRASI

Nomor Halaman

1. Pengambilan Sampel Darah Pada Ayam Kedu ........................................... 12

2. Jarak Genetik ............................................................................................... W 25

xii

xii

DAFTAR LAMPIRAN

Nomor Halaman

1. Skater Hasil Elektroforesis Ayam Kedu Jengger Merah dan

Jengger Hitam ..............................................................................................

32

2. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu

Jengger Merah .............................................................................................. W

36

3. Hasil Pembacaan Pita-Pita Protein Plasma Darah Ayam Kedu

Jengger Hitam ..............................................................................................

37

4. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Pre Albumin ..................................................................

38

5. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Albumin .........................................................................

39

6. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Ceruloplasmin ...............................................................

40

7. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Transferin ......................................................................

41

8. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Post Transferin...............................................................

42

9. Perhitungan Frekuensi Gen Ayam Kedu Jengger Merah dan

Hitam pada Lokus Amylase-I .....................................................................

43

10. Perhitungan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger Merah dan

Jengger Hitam ..............................................................................................

44

11. Perhitungan Rataan Ragam Genetik Ayam Kedu Jengger

Merah dan Jengger Hitam ............................................................................

45

12. Perhitungan Genotip Chi Square Lokus Pre Albumin Jengger

Merah ...........................................................................................................

46

13. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Pre Albumin Jengger

Hitam ...........................................................................................................

47

14. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger

Merah...........................................................................................

48

xiii

xiii

15. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Albumin Jengger

Hitam ............................................................................................................

49

16. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger

Merah ..........................................................................................................

50

17. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Ceruloplasmin Jengger

Hitam ...........................................................................................................

51

18. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger

Merah ..........................................................................................................

52

19. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Transferin Jengger

Hitam ...........................................................................................................

53

20. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger

Merah

54

21. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Post Transferin Jengger

Hitam

55

22. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger

Merah ..........................................................................................................

56

23. Perhitungan Genotip Chi SquareLokus Amylase-I Jengger

Hitam ...........................................................................................................

57

24. Bahan-Bahan Elektroforesis ....................................................................... 58

25. Menjalankan Program DISPAN ................................................................. 59

26. Menjalankan Program MEGA 6,06 ............................................................ 60