Inti Motherboard atau chipset adalah beberapa bus system yang menghantarkan sinyal antar masing-masing komponen. Bus dapat disebut lintasan umum/ bersama yang digunakan untuk transfer data. Untuk komunikasi data, jalur ini dapat juga untuk komunikasi data dua buah komputer atau lebih. Setidaknya ada 3 macam bus dalam motherboard yang disusun hirarkis. Setiap peripheral komputer terhubung pada salah satu dari bus-bus ini, dan chipset berfungsi sebagai jembatan bus yang berbeda. Dibawah ini adalah bus utama dalam sistem komputer modern :

1. Processor BUS : Disebut juga front-side bus (FSB), merupakan bus tercepat pada komputer dan merupakan inti dari chipset (dan motherboard). Utamanya, bus ini digunakan oleh microprocessor untuk melewatkan informasi ke/dari chache atau memory utama, dan juga chipset north-bridge.

2. AGP BUS : Bus cepat 32 bit yang khusus untuk kartu Grafis/ Video. Berjalan pada kecepatan 66Mhz (AGP 1X), 133Mhz (AGP 2X), 266Mhz (AGP 4X) atau 533Mhz (AGP 8 X), yang akan menghasilkan bandwith hingga sebesar 2.133mb/det. AGP dihubungkan pada north-bridge atau Memory Controller Hub pada chipset dan konektornya pada motherboard diwujukan dalam bentuk slot AGP.

3. PCI BUS : Bus 32 bit yang normalnya berjalan pada 33Mhz. Komputer yang modern mendukung PCI 64 bit 66 Mhz. Bus ini terdapat baik pada chipset north-bridge atau pada I/O Controller HUB.

4. ISA BUS : Bus 16 Bit 8 Mhz. Kecepatan ini sangat rendah namun ideal untuk peripheral yang memang berkecepatan rendah, termasuk piranti lama. Untuk keperluan modem, sound card dan piranti kecepatan rendah lain, bus ini masih mencukupi. Komputer generasi terakhir relatif tidak menyertakan bus/ slot ini didalamnya. Pada chipset south-bridge terdapat controller yang bekerja sebagai bus ISA sekaligus interface dengan bus PCI diatasnya. Chip Super I/O biasanya terhubung kepadanya, terutama Chip Super I/O biasanya terhubung kepadanya, terutama pada sistem lama yang masih memiliki slot ISA.

Masih ada konektor baru pada motherboard generasi akhir yaitu Audio Modem Riser (AMR) atau Communication and Networking Riser (CNR). Konektor untuk kartu jaringan ini dibuat khusus sebagai tambahan kemampuan jaringan komputer. Maksudnya, jika diinginkan memasang interface jaringan (NIC) maka NIC khusus untuk AMR/ CNR ini dapat langsung dipasang pada konektornya tanpa harus menggurangi spasi untuk slot PCI/ ISA