Download - Asam Nukleat
![Page 1: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/1.jpg)
MK BIOKIMIA I
Asam Nukleat
![Page 2: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/2.jpg)
DNA dan RNA
Suatu rantai polimer, dimana unit-unit monomernya dihubungkan dengan ikatan kovalen
Masing-masing monomer mengandung gula 5-karbon ribosa pada RNA dan 2’-deoksiribosa pada DNA
Atom karbon ditandai dengan aksen (1’, 2’, dst) untuk membedakannya dari atom-atom pada basa
Unit monomer dihubungkan oleh residu fosfat yang terikat pada hidroksil karbon 5’ dari unit yang satu dan hidroksil 3’ dari unit selanjutnya → ikatan fosfodiester
![Page 3: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/3.jpg)
Struktur unit monomer RNA.Pada DNA, gugus OH pada karbon 2’ (warna merah) diganti dengan H.
![Page 4: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/4.jpg)
Penomoran pada induk senyawa dari basa purin dan pirimidin pada nukleotida dan asam nukleat
![Page 5: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/5.jpg)
Basa-basa utama purin dan pirimidin dari asam nukleat.
![Page 6: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/6.jpg)
Konformasi ribosa dalam larutanBentuk rantai lurus(aldehida) dan cincin (-furanose) dari ribosa bebas berada dalam kesetimbangan. DNA dan RNA hanya mengandung bentuk cincin
![Page 7: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/7.jpg)
Basa purin dan pirimidin terikat pada gula ribosa atau deoksiribosa pada karbon 1’.
Untuk purin, pengikatan terjadi pada nitogen-9 dan pirimidin pada nitrogen-9
Ikatan antara karbon 1’ dari gula dan basa nitrogen dirujuk sebagai iakatan glikosidik
Turunan dari adduct gula-basa (nukleosida) yang termonofosforilasi 5’ disebut nukleotida (nukleosida 5’-monofosfat)
![Page 8: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/9.jpg)
![Page 10: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/10.jpg)
Ikatan fosfodiester pada backbone kovalen DNA dan RNA. Residu gula dihubungkan dengan ikatan fosfodiester yang sangat polar membentuk backbone dari molekul DNA dan RNA
![Page 11: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/11.jpg)
Sifat-sifat Nukleotida
Pirimidin dan purin bebas adalah basa lemahPirimidin dan purin pada DNA dan RNA
merupakan molekul terkonyugasi → mengabsorpsi cahaya UV pada λ dekat 260 nm
Basa pirimidin dan purin bersifat hidrofobik dan sedikit larut dalam air pada pH sekitar netral, pada pH asam atau basa menjadi bermuatan dan kelarutan meningkat.
Interaksi penumpukan (stacking) hidrofobik paralel bidang cincin melibatkan interaksi van der waals dan dipol-dipol di antara basa.
![Page 12: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/12.jpg)
Penumpukan basa membantu meminimalkan kontak basa dengan air, dan interaksi ini membantu mnestabilkan struktur 3 dimensi asam nukleat.
Gugus-gugus fungsi terpenting pada pirimidin dan purin adalah nitrogen cincin, karbonil, dan amino eksosiklik.
Ikatan hidrogen yang melibatkan gugus amino dan karbonil merupakan mode interaksi penting kedua di antara basa-basa. Ikatan hidrogen antar basa menyebabkan hubungan komplementer pada 2 untai rantai polipeptida.
![Page 13: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/13.jpg)
Spektrum absorpsi dari nukleotida.
![Page 14: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/14.jpg)
Pola ikatan hidrogen pada basa yang diusulkan oleh Watson and Crick.
Ikatan hidrogen ditunjukkan oleh tiga garis biru
![Page 15: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/15.jpg)
Hidrolisis RNA pada kondisi basa
![Page 16: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/16.jpg)
Struktur primer polinukleotida
Rantai polinukleotida memiliki sense atau punya arah: ujung fosfat 5’ dan ujung OH 3’
Sifat individu rantai polinukleotida ditentukan oleh urutan basa-basanya, yaitu urutan nukleotida. Urutan ini disebut struktur primer dari asam nukleat
Informasi genetik disimpan dalam struktur primer DNA.
Konvensi penulisan urutan rantai nukleotida: ujung 5’ di sebelah kiri dan ujung 3’ di kanan.
![Page 17: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/17.jpg)
Struktur primer DNA dan RNA
![Page 18: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/18.jpg)
Model Watson-Crick untuk struktur DNA
![Page 19: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/19.jpg)
Pita komplemen pada DNA untai ganda (DNA double helix).Pita DNA anti paralel yang komplemen mengikuti aturan pemasangan yang diusulkan oleh Watson and Crick.
![Page 20: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/20.jpg)
Replikasi DNA yang disarankan oleh Watson and Crick.Untai “induk” menjadi terpisah dan masing-masing menjadi template (cetakan) untuk biosintesis untai “anak” yang komplemen (warna merah)
![Page 21: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/21.jpg)
Variasi struktural pada DNA.
![Page 22: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/22.jpg)
![Page 23: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/23.jpg)
Comparison of A, B, and Z forms of DNA.
![Page 24: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/24.jpg)
Comparison of A, B, and Z forms of DNA.
![Page 25: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/25.jpg)
Palindromes and mirror repeats.
![Page 26: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/26.jpg)
Palindromic DNA (or RNA) Sequences: Hairpins and cruciforms
(a) When only a single DNA (or RNA) strand is involved, the structure is called a hairpin.
![Page 27: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/27.jpg)
(b) When both strands of a duplex DNA are involved, it is called a cruciform. Blue shading highlights asymmetric sequences that can pair with the complementary sequence either in the same strand or in the complementary strand.
![Page 28: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/28.jpg)
![Page 29: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/29.jpg)
H-DNA.
![Page 30: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/31.jpg)
Typical right-handed stacking pattern of single stranded RNA. The bases are shown in gray, the phosphate atoms in yellow, and the riboses and phosphate oxygens in green.
![Page 32: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/32.jpg)
Secondary structure of RNAs.
![Page 33: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/33.jpg)
The paired regions generally have an A-form right-handed helix, as shown for a hairpin
![Page 34: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/34.jpg)
Base-paired helical structures in an RNA
![Page 35: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/35.jpg)
Struktur 3-dimensi RNA.
![Page 36: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/36.jpg)
![Page 37: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/37.jpg)
Denaturasi dan annealing (renaturasi) reversibel pada DNA
![Page 38: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/38.jpg)
Kurva Denaturasi DNA karena panas dari dua spesimen DNAThe temperature at the midpointof the transition (tm) is the melting point; it depends on pH andionic strength and on the size and base composition of the DNA.
![Page 39: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/39.jpg)
Hubungan antara tm dan kandungan GC pada DNA
![Page 40: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/40.jpg)
DNA yang terdenaturasi secara parsial.
![Page 41: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/41.jpg)
Some well-characterized nonenzymatic reactions of nucleotides.
![Page 42: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/42.jpg)
Some well-characterized nonenzymatic reactions of nucleotides.
![Page 43: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/43.jpg)
Pembentukan dimer pirimidin yang diinduksi sinar UV
![Page 44: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/44.jpg)
![Page 45: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/45.jpg)
Chemical agents that cause DNA damage. (a) Precursors of nitrous acid, which promotes deamination reactions.(b) Alkylating agents.
![Page 46: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/46.jpg)
![Page 47: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/47.jpg)
Sekuensing DNA dengan metode Sanger.
![Page 48: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/48.jpg)
![Page 49: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/49.jpg)
![Page 50: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/50.jpg)
Strategy for automating DNA sequencing reactions.
![Page 51: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/51.jpg)
Chemical synthesis of DNA.
![Page 52: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/52.jpg)
![Page 53: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/53.jpg)
![Page 54: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/54.jpg)
![Page 55: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/55.jpg)
Other Functions of Nucleotides
![Page 56: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/56.jpg)
![Page 57: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/57.jpg)
![Page 58: Asam Nukleat](https://reader036.vdokumen.com/reader036/viewer/2022062316/5681672b550346895ddbc876/html5/thumbnails/58.jpg)
Three regulatory nucleotides.