AVOGADRO

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform

sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel

dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang

terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan

Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini

sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB).

Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau

PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)

Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun

dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.

Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.

Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.

Embedded interpreter Python.

Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa

berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.

Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.

Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti

lebioh lanjut.

Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.

Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif,

perintah, dan skrip Python.

Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain,

input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

(http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-

molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi

avogadro.

1. Install sofware avogadro

2. Buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini

3. Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background

tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warna yang

Anda kehendaki

Hasilnya adalah :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings.

Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini

4. Selanjutnya adalah pilih ball and stick pada display types. Kemudian tentukan

molekul apa akan Anda gambar. Misalnya anda ingin mencoba menggambar C3H8.

Maka pada draw Settings, anda memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah

single (karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust

Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

5. Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut

ikatan yang tepat adalah klik pada Auto Optimization Settings dan klik Start

Hasilnya adalah :

6. Kita dapat memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu

tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom. Caranya hanya

check pada label yang ada di Display types

7. Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

8. Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar