asam nukleat kbk4 07
DESCRIPTION
bahan kuliahTRANSCRIPT
April 18, 2023 1
ASAM NUKLEATPolimer Informasi
Adelina Simamora, MS
April 18, 2023 2
ASAM NUKLEAT
Sasaran belajar :Mhs memahami:1. struktur kimia komponen dasar asam nukleat
yaitu: basa N, gula pentosa, dan Fosfat. 2. struktur kimia nukleosida (ikatan glikosidik)3. ikatan kimia dalam DNA yaitu ikatan primer
(fosfodiester) dan sekunder (jembatan H)4. perbedaan struktur kimia DNA dan RNA5. ikatan kimia dalam replikasi DNA6. Turunan nukleotida yang mempunyai fungsi
berbeda.
April 18, 2023 3
Pendahuluan
Organisme hidup merupakan sistem yang amat kompleks
Ratusan ribu jenis protein melaksanakan berbagai fungsi dalam sistem tersebut.
Berbagai protein ini disintesis sendiri dengan menggabung-gabungkan berbagai asam amino dengan urutan dan spesifikasi tertentu.
April 18, 2023 4
Dibutuhkan sejumlah besar informasi untuk mengontrol proses sistesis ini.
Informasi yang berisi detil struktur khusus protein dalam tubuh disimpan oleh molekul yang disebut asam nukleat.
Asam nukleat menyimpan dan menghantar informasi herediter.
Asam nukleat : polimer kondensasi nukleotida
Asam nukleat dalam sel : DNA dan RNA
April 18, 2023 5
DNA menyimpan informasi untuk sintesis protein
RNA membawa informasi genetik ini sampai ke perkakas pensintesis protein
Fungsi lain asam nukleat : - sebagai molekul penyimpan energi
(dalam bentuk ATP, ADP dan AMP) - Pembentuk koenzim penting seperti :
NAD+, NADP+, FAD, dan Coenzim A.
April 18, 2023 6
Asam Nukleat
Definisi: polimer linier dari nukleotidaFungsi: molekul penyimpan informasi
(DNA) dan molekul transmisi (RNA).Struktur nukleotida:
Basa Nitrogen + Gula + Fosfat
April 18, 2023 7
Struktur Nukleotida
Gugus Posfat
Komponen Nukleotida :
Basa Nitrogen(Pirimidin atau Purin)
Gula Pentosa
April 18, 2023 8
Struktur Nukleosida
Nukleosida : menghilangkan gugus Posfat dari Nukleotida
H
April 18, 2023 9
Gula Ribosa
April 18, 2023 10
Ribosa
• Ribosa (-D-furanosa) : suatu gula pentosa (Gula Cincin-5).
• Perhatikan penomoran atom C. Untuk membedakan dengan penomoran Basa N, digunakan ‘nomor’.
5
1
23
4
April 18, 2023 11
Gula Dua jenis gula yang ditemukan di asam nukleat :
Ribosa (RNA) Deoksiribosa (DNA)
April 18, 2023 12
Basa Purin dan Pirimidin
April 18, 2023 13
Basa Nitrogen
April 18, 2023 14
Turunan Basa Purin
6-aminopurin 2-amino-6-oksipurin
April 18, 2023 15
Basa Pirimidin
4-amino-2-oksipirimidin 5-metilurasil 2,4-dioksipirimidin
April 18, 2023 16
Posfat
April 18, 2023 17
Nukleosida
Nukleosida : basa + gula.Ikatan : melalui ikatan -N Glikosidik
antara atom C anomer Ribosa dengan N1 (Pirimidin) atau N9 (Purin)
ikatan -N Glikosidik dapat terjadi dalam 2 bentuk konformasi yaitu Syn dan Anti.
April 18, 2023 18
Dua konformasi ikatan N-glikosidik Konformasi anti adalah yang lebih banyak
dijumpai.
Syn-adenosin anti-adenosin
April 18, 2023 19
Contoh Nukleosida lain
Guanosin Deoksisitidin
(Guanin + Ribosa) (Sitosin + deoksiribosa)
April 18, 2023 20
Contoh Nukleosida lain
April 18, 2023 21
Nukleotida
Nukleotida : basa Nitrogen + Gula + PosfatNukleotida : Nukleosida + Posfat
Gula terikat ke gugus Posfat pada posisi 3’ dan atau 5’.
Basa Nitrogen terikat melalui posisi 1’
April 18, 2023 22
Adenosin 5’-monoPosfat (AMP)
= Adenin + Ribosa + Posfat
April 18, 2023 23
Adenin, A Adenosin Adenosin
Monopos
fat
AMP
Guanin, G Guanosin Guanosin
Monopos
fat
GMP
Rumus
basa
Basa (X=H)
Nukleosida Nukleotida
April 18, 2023 24
Sitosin, C Sitidin Sitidinmono
Posfat, CMP
Urasil, U Uridin Uridinmono
Posfat, UMP
Timin, T Timidin Timidin
monoposfat
TMP
April 18, 2023 25
Nukleotida dihubungkan satu dengan yang lain melalui ikatan fosfodiester
April 18, 2023 26
Struktur Asam Nukleat
Polimer dari nukleotidaRNA: Ribosa, dan A, G, C, UDNA: deoksiRibosa dan A, G, C, T
Basa N Basa N Basa N
Gula – Posfat – Gula – Posfat – Gula – Posfat
April 18, 2023 27
Konformasi Tulang Punggung Gula - Posfat
•Polinukleotida mengalami rotasi bebas yang hanya dibatasi oleh hambatan ruang karena struktur.
April 18, 2023 28
Asam Nukleat - Polinukleotida
Polinukleotida : polimer kodensasi 2 atau lebih nukleotida.
Kondensasi terjadi antara OH 5’-posfat dari satu nukleotida dengan OH 3’-posfat dari nukleotida yang lain.
Kondensasi membentuk ikatan posfodiester + air
Contoh penulisan : 5’-pGpApTpC-3’
April 18, 2023 29
Asam Nukleat – PolinukleotidaTata nama
5’-TAG-3’
April 18, 2023 30
5’-TUA-3’
April 18, 2023 31
Struktur Primer dan sekunder Polinukleotida
Struktur primer : urutan nukleotida Urutan basa dari kiri ke kanan, dari ujung 5’ ke
ujung 3’. Contoh : 5’-TAG-3’ Tulang punggung : rantai Posfat – Gula
sepanjang Polinukleotida. Struktur sekunder : struktur 3 dimensi dari rantai
polinukleotida Untuk DNA terjadi rantai double helix yang
terbentuk melalui jembatan H antar basa Nitrogen
April 18, 2023 32
Asam deoksiRibonukleat (DNA)
Basa Nitrogen : A, T, G, C Terdiri dari 2 untaian ganda dengan konformasi
double helix (heliks ganda). Tulang punggung deoksiribosa-posfat ada di bagian luar, sedangkan basa N berpasangan di dalam untaian.
Ujung-ujung untaian (5’ PO4 & 3’OH) mengakibatkan kepolaran asam nukleat.
Arah kepolaran kedua untaian berbeda satu sama lain (antiparalel).
April 18, 2023 33
Replikasi DNA
Penurunan sifat genetik didasarkan pada replikasi double helix.
Guanin berpasangan dengan SitosinAdenin berpasangan dengan TiminUrutan nukleotida bersifat komplementer.Salah satu untaian berfungsi sebagai
cetakan untuk pembentukan untaian yang lain.
April 18, 2023 34
Untaian double helix mempunyai kemampuan unik untuk meng-copy dirinya (self-replicate)
Pada saat lebih banyak DNA dibutuhkan tubuh (contoh : selama reproduksi dan pertumbuhan sel), ikatan H antar basa N putus membentuk 2 untaian yang terpisah.
Basa komplementer baru dibawa oleh sel untuk membentuk molekul untaian double helix baru.
April 18, 2023 35
Double Helix
Antiparalel : Rantai yang satu membentang dari 5’ ke 3’ dan
rantai yang lain dari 3’ ke 5’.
`
April 18, 2023 36
antiparalel
April 18, 2023 37
Pasangan basa – Jembatan Hidrogen
April 18, 2023 38
Watson-Crick base pairing
April 18, 2023 39
Asam Ribonukleat (RNA)
Basa Nitrogen : A, G, C, UGula : RibosaUntaian TunggalMerupakan materi genetik untuk virus.Umumnya terdapat di sitoplasma dan
bergerak bebas dalam sel.
April 18, 2023 40
RNA diperlukan sel dalam sintesis protein. Merupakan penyampai pesan genetik, yaitu menyampaikan pesan yang disimpan oleh DNA sel keluar inti ke bagian lain dalam sel untuk membantu sintesis protein.
- messenger RNA (m-RNA) - transfer RNA (t-RNA) - ribosomal RNA (r-RNA)
April 18, 2023 41
DNA dan RNA (perbandingan)
April 18, 2023 42
Nukleotida yang mempunyai fungsi lain
ATP: molekul penyimpan energiPembentuk koenzim penting:
NAD+, NADP+, FAD, dan Coenzim A
April 18, 2023 43
ATP: molekul penyimpan energi
April 18, 2023 44
NAD dan NADP
April 18, 2023 45
NAD dan NADP
April 18, 2023 46
NADH sebagai ekivalen pereduksi dalam rantai transport elektron
April 18, 2023 47
Kosa kata
Nukleotida - GuanidinRibonukleotida - SitosinDeoksiribonukleotida - UrasilUjung 5’ Posfat - DNAUjung 3’ Hidroksil - RNAAdeninTimin
April 18, 2023 48
“It’s not that I’m smart, it’s just that I stay with problems longer” (albert einstein)