Nama : Fitri Utami HasanNPM : 150320140505Mata Kuliah: Aplikasi GenomikTugas 1

1. Gene adalah suatu unit instruksi untuk menghasilkan atau mempengaruhi suatu sifat pewarisan tertentu yang terdiri dari DNA yang diselubungi dan diikat oleh protein.

2. Exon adalah urutan DNA yang mengkode informasi untuk sintesis protein yang ditanskripsikan atau diterjemahkan menjadi RNA messenger. Masing-masing ekson each of the exons terdiri dari bagian open reading frame (ORF) yang mengkode bagian spesifik protein keseluruhan.

3. Intron adalah beberapa urutan basa nitrogen yang berada dalam suatu gen dihilangkan oleh RNA splicing saat produk RNA dari suatu gen akan diteruskan untuk proses translasi protein.

4. Transcription factor adalah protein yang mengikat urutan DNA spesifik, yang juga berarti mengatur segala alur atau pencetak informasi genetik dari DNA menjadi mRNA. Tcription factors menjalankan fungsinya sendiri ataupun berikatan dengan protein lainnya, dengan membantu sebagai activator ataupun mencegah sebagai repressor rantai polimer RNA menjadi gen spesifik.

5. Promoter adalah area DNA yang memicu transkripsi pada suatu bagian gen. Promoters Promoter terletak dekat dengan gen yang akan dicetak, dalam satu rantai, dan pada bagian upstream DNA (dimulai dengan ujung 3' area rantai anti-sense atau disebut juga cetakan rantai dan rantai non-coding).

6. Enhancer adalah bagian terpendek di area DNA yang dapat berikatan dengan protein untuk meningkatkan level transkripsi DNA dalam pengelompokkan gen. Walaupun pemicu tersebut pada umunya merupakan cis, suatu pemicu tidak harus dari bagian terdekat suatu gen dalam cara bekerjanya dan terkadang tidak harus berada dalam satu kromosom.

7. Terminator adalah bagian urutan genetic yang menandakan akhir ujung gen atau operon pada genomic DNA untuk transkripsi.

8. TATA box adalah urutan DNA yang menandakan titik urutan gen dapat terbaca dan dikodekan.

9. Could you explain the differences between structural & functional genomics:Structural genomics bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menemukan keseluruhan lokasi set gen dalam genom yang terdiri dari pemetaan gen, pengurutan DNA, dan pengurutan anotasi, sedangkan functional genomics merupakan pengembangan dan aplikasi pendekatan penelitian global (Genome-wide atau system-wide) untuk menilai fungsi gen dengan memanfaatkan informasi yang tersedia dari structural genomics. Fungsional genomic ditujukan untuk mengetahui fungsi DNA pada tingkat gen, transkrip RNA, dan produk protein.

10. What is the tools for assessing structural genomics?Structural genomics dapat diketahui dengan Molecular Marker Technology atau Marka Molekuler. Marka molekuler terbagi menjadi dua, yaitu marka molekuler berbasis PCR (polymorphism chain reaction) dan yang tidak berbasis PCR. Marka molekuler berbasis PCR contohnya RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), Microsatellite (SSR), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), dan marka molekuler tidak berbasis PCR, contohnya RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms).

11. What is the tools for assessing functional genomics?Functional genomics dapat diketahui dengan menggunakan Internet resources for genome analysis. Penggunaan EST (Expressed Sequence Tag) database banyak digunakan dalam analisis functional genomics diantaranya : National Center for Biotechnology Information EST database : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html The Institute for Genome Research : http://www.tigr.org Arabidopsis database : http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis Arabidopsis ESTs : http://www.cbc.med.umn.edu/ResearchProjects/Arabidopsis/ Arabidopsis genome sequencing : http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/AGI/AGI_links.html Intron prediction programs : GRAIL http://compbio.ornl.gov/tools/index.shtml , NetPlantGene http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/ Arabidopsis stock centers : Nottingham http://nasc.nott.ac.uk/ , Ohio http://aims.cps.msu.edu/aims/ Proteome database : General http://expasy.hcuge.ch/ch2d/2d-index.html Arabidopsis plasma membrane http://sphinx.rug.ac.be:8080/ Gene-expression database Yeast http://cmgm.stanford.edu/pbrown/explore/index.html Arabidopsis http://www.inra.fr/Versailles/BIOCEL/Filters Selain itu functional genomics juga dapat diketahui dengan menggunakan Microarray Chip Technology. Microarray Chip Technology merupakan teknologi lainnya yang banyak digunakan untuk mengetahui ekspresi gen. Teknologi ini terus dikembangkan untuk berbagai aplikasi genomik lainnya yaitu expression profiling. Penggunaan microarray dalam expression proffiling dapat digunakan untuk mengatasi berbagai permasalahan biologi. Database microarray yang dapat diakses melalui internet diantaranya EBI (The ArrayExpress database) : http://ebi.ac.uk/arrayexpress/ Affymetrix : http://www.affymetrix.com/products/Arabidopsis_content.html Monsanto : http://www.monsanto.com/arabidopsis/ AFGC http://afgc.stanford.edu/ GarNet : http://www.york.ac.uk/res/gamet/may.htm Rice transcriptional database http://microarray.rice.dna.affrc.go,jp

12. DNA Genom adalah total DNA yang dimiliki oleh suatu individu, yakni DNA inti dan DNA yang terdapat dalam organel, mitokondria dan plastid)

13. cDNA (Complementary DNA) adalah DNA yang dibuat berdasarkan sekuen mRNA. cDNA ini merupakan jenis DNA yang digunakan untuk menggambarkan pustaka informasi genetik.

14. qPCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) adalah suatu teknik pengerjaan PCR di laboratorium untuk mengamplifikasi (memperbanyak) sekaligus menghitung (kuantifikasi) jumlah target molekul DNA hasil amplifikasi tersebut. qPCR memungkinkan dilakukannya deteksi dan kuantifikasi (sebagai nilai absolut dari hasil perbanyakan DNA atau jumlah relatif setelah dinormalisasi terhadap input DNA atau gen-gen penormal yang ditambahkan) sekaligus terhadap sekuens spesifik dari sampel DNA yang dianalisa. Cara kerja qPCR mengikuti prinsip umum reaksi PCR yakni DNA yang telah diamplifikasi dihitung setelah diakumulasikan dalam reaksi secara real time sesudah setiap siklus amplifikasi selesai. Terdapat dua metode kuantifikasi yang umum digunakan antara lain menggunakan zat pewarna fluoresensi yang akan terinterkalasi dengan DNA rantai ganda (dsDNA) misalnya SyBr Green, dan probe (penanda) yang berasal dari hasil modifikasi DNA oligonukleotida yang akan berpendar (flourensensi) ketika terhibridisasi dengan DNA komplemen, misalnya probe FRET (Hybridisasi) dan probe TaqMan.

15. RTPCR adalah Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction sebuat teknik laboratorium yang biasanya digunakan dalam biologi molekular untuk menghasilkan sejumlah gandaan bagian tertentu untai DNA atau yang dikenal dengan Amplifikasi. Dalam RT-PCR, sebaliknya, untai RNA pertama-tama di transkrip balik menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase, dan cDNA yang dihasilkan akan digandakan sepertihalnya PCR pada umumnya. RT-PCR meliputi tiga tahap utama, yakni tahap pertama adalah reverse transcription (RT) atau transkripsi balik dimana RNA ditranskrip balik menjadi cDNA menggunakan enzim reverse transcriptase dan primer. Tahap berikutnya adalah denaturasi dsDNA pada temperatur 95C, pada tahap ini dua untai DNA akan terpisah dan primer dapat mengikat pada untai tersebut jika temperaturnya diturunkan kemudian yang selanjutnya akan dimulai rantai reaksi baru. Kemudian suhu diturunkan hingga mencapai suhu anealing yang bervariasi tergantung primer yang digunakan. Tahap akhir adalah Amplifikasi PCR yang merupakan proses dimana dilakukannya perpanjangan DNA menggunakan Primer yang memerlukan Taq DNA polymerase yang termostabil, biasanya pada suhu 72C, yang merupakan suhu optimal untuk aktivitas enzim polymerase.