klikfarmasi.comklikfarmasi.com/.../2018/03/design-vaksin-in-silico.docx · web viewselanjutnya,...

Epitope Prediction Using EGFR Protein for Triple-

Negative Breast Cancer Design Vaccine

1. Menentukan protein yang akan digunakan, kemudian dilihat database protein dan analisa interaksi protein pada www.ncbi.nlm.nih.gov.

2. Setelah masuk pada www.ncbi.nlm.nih.gov , kemudian masukkan nama protein yang digunakan yaitu EGFR protein [Homo sapiens] lalu klik FASTA dari EGFR protein. (Homo sapiens) sebagai berikut :

3. Dapat juga dilihat di web www.rcsb.org

4. Dapat juga dilihat uniprot di web www.uniprot.org/uniprot/P00533

5. Setelah didapatkan database proteinnya, kemudian dibuat protein modeling. Protein modeling dilakukan untuk mengetahui strukur protein yang ingin diketahui dan diprediksi berdasarkan hasil alignmentnya dengan satu atau lebih protein lain yang sudah diketahui strukturnya. Websitenya yaitu www.swiss model .expasy.org . Dari hasil protein didapatkan 3 model protein modeling sebagai berikut:

a. Model 1

b. Model 2

c. Model 3

Sequences protein asam amino primer pada protein modeling :

6. Selanjutnya, menentukan protein docking. Protein docking ini dilakukan untuk memprediksikan pembentukan kompleks protein-protein atau ligan-protein berdasarkan model pengikatan dan energi bebas permukaan di antara protein yang dianalisa. Websitenya yaitu www.frodock.chaconlab.org . Maka akan muncul tampilan dibawah ini :

7. Setelah itu akan terlihat protein docking dengan berbagai pilihan solution atau display controls yang akan menampilkan struktur protein docking yang berbeda-beda pula hasilnya.Seperti dibawah ini protein docking dengan raw solution 1:

Sementara tampilan berbeda dengan raw solution 21 seperti gambar di bawah ini :

Jika raw solution 30 dengan top all maka tampilan struktur protein docking seperti di bawah ini

8. Prediksi antigenitas metode kolaskar-tongaonkar dengan website www.tools.immuneepitope.org/bcell/result . Maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini :

Didapatkan juga prediksi nilai residu seperti tampilan di bawah ini :

9. Setelah itu dapat diprediksi antigennya seperti dibawah ini :

Didapatkan sequences antigennya yaitu MAAEDVIICA QQCSGRCRGK SPSDCCHNQC AAGCTGPRES DCLVCRKFRD EATCKDTCPP LMLYNPTTYQ MDVNPEGKYS.

10. Lalu diprediksi epitop sel T di website www.cbs.dtu.dk/services/a. Web yang NetMHC yaitu www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/

Dimasukkan sequences proteinnya :

Lalu di submit pada bagian bawah :

Maka akan muncul tampilan di bawah ini untuk prediksi NetMHC :

NetMHC Prediction result : Prediction result berdasarkan urutan afinitas

b. Web yang NetCTLpan dengan website www.cbs.dtu.dk/services/NetCTLpan

Didapatkan hasil NetCTLpan server seperti di bawah ini :

c. Pickpocket service dengan web www.cbs.dtu.dk/services/PickPocket :

Hasil prediksi pick pocket service yaitu seperti dibawah ini :

d.NetMHCstab 1.0 server dengan web www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCstab-1.0/

Prediksi NetMHCstab server seperti dibawah ini :

Prediction Results: Berdasarkan urutan afinitas dan stabilitas