skripsi perbandingan metode pcr polymerase chain …
Post on 25-Oct-2021
5 Views
Preview:
TRANSCRIPT
SKRIPSI
PERBANDINGAN METODE PCR
( POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL
DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK
DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV)
PADA UDANG VANNAMEI
Rr. AMALIAH FITRI, A.Md.
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK
PONTIANAK
2019
PERBANDINGAN METODE PCR
( POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL
DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK
DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV)
PADA UDANG VANNAMEI
Rr. AMALIAH FITRI, A.Md.
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh
gelar Sarjana Perikanan pada
Program Studi Budidaya Perairan
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK
PONTIANAK
2019
RINGKASAN
Rr.Amaliah Fitri. Perbandingan Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)
Konvensional Dengan Metode PCR Portable Kit Untuk Deteksi White Spots
Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei. Dibimbing oleh FARIDA
dan EKO PRASETIO.
Udang vannamei merupakan komoditi yang mendominasi pertambakan
dipesisir wilayah Kalimantan Barat. Usaha budidaya tersebut tumbuh pesat
dengan resiko penyebaran penyakit yang juga tinggi. Serangan penyakit yang
paling umum dan sering ditemukan pada budidaya udang vannamei adalah
WSSV ( White spot Syndrome Virus). Identifikasi penyakit virus WSSV di
SKIPM Pontianak dilakukan dengan dua metode yang berbeda yaitu metode
PCR Konvensional dan Portable Kit PCR. Metode PCR konvensional
merupakan salah satu alternatif untuk deteksi penyakit virus yang cukup
akurat dan relatif lebih murah, jika dibandingkan dengan metode lain yang
sedang berkembang saat ini seperti metode PCR Portable Kit yang proses
deteksi lebih singkat karena tidak memerlukan tahap elektroforesis. Melihat
dari kelebihan dan kekurangan masing- masing metode tersebut, sehingga
menimbulkan alasan untuk mengetahui lebih lanjut tentang presisi dan akurasi
sensitivitas dari kedua metode tersebut dalam mendeteksi infeksi virus WSSV
pada udang vannamei.
Berdasarkan pengamatan dan penelitian terhadap perbandingan metode
PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional dengan Metode PCR
Portable Kit untuk deteksi White spot syndrome virus (WSSV) pada udang
Vannamei, yang dilaksanakan di Laboratorium SKIPM Pontianak selama
enam bulan, rata – rata sampel yang diterima tidak menunjukkan gejala klinis
kearah diagnosa terinfeksi virus WSSV. Sehingga diagnosa awal pada gejala
klinis sampel uji bersifat sehat dan normal. Namun terdapat beberapa sampel
yang tidak menunjukkan gejala klinis terinfeksi virus WSSV pada diagnosa
awal, tetapi teridentifikasi positif terinfeksi virus WSSV dalam interpretasi
hasil PCR. Data pengamatan hasil interpretasi pemeriksaan PCR disajikan
dalam bentuk tabel yang berisi data rekapitulasi pengamatan harian dan grafik
data rekapitulasi pengamatan harian. Pengamatan dilakukan pada variabel
plasmid kontrol (+) masing – masing kit uji, plasmid DNA sampel dan
plasmid DNA virus WSSV dengan indikator hasil pemeriksaan positif,
negatif, terdeteksi maupun tidak terdeteksi. Setiap hasil pemeriksaan variabel
pengamatan akan diberi nilai pembobotan tertentu, untuk mengetahui presisi
dan akurasi sensitivitas dari kedua metode PCR dalam mendeteksi infeksi
virus WSSV pada udang vannamei.
Hasil prosentase pembobotan PCR Konvensional berada pada angka
95,24%, yang berarti masih terdapat Plasmid DNA sampel atau DNA virus
WSSV yang tidak dapat dideteksi oleh metode tersebut. Sedangkan PCR
Portable Kit berada pada angka 99,21%, menunjukkan nilai yang sangat baik
dari prosentase pembobotannya, karena ketepatan pengujiannya lebih akurat.
PCR Konvensional merupakan metode deteksi yang sangat sensitif dan
spesifik, gerakan fisik yang berlebihan dapat menyebabkan terputusnya ikatan
antar molekul dan DNA sampel mengalami kerusakan. Hal tersebut
mengakibatkan terjadinya smear pada pita DNA elektroforesis. PCR Portable
Kit dengan teknik spin column menghasilkan asam nukleat DNA dan RNA
yang lebih bersih dan berkualitas tinggi. Dengan demikian kemungkinan
terjadinya “false negatif” akibat kualitas DNA/RNA yang buruk dapat
dihindari.
Berdasarkan hasil pembobotan tersebut secara umum dapat
disimpulkan bahwa Metode identifikasi virus WSSV dengan PCR Portable Kit
(IQ Plus™WSSV) lebih tinggi tingkat keberhasilannya dalam mengidentifikasi
keberadaan plasmid DNA sampel, plasmid DNA virus WSSV dan plasmid
kontrol positif WSSV dibandingkan dengan metode PCR konvensional (IQ-
2000TM – WSSV).
Kata kunci : deteksi wssv, PCR IQ 2000, PCR Portabel Kit, perbandingan
metode, nilai pembobotan.
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI
SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Perbandingan
Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional Dengan Metode
PCR Portable Kit Untuk Deteksi White Spots Syndrome Virus (WSSV) Pada
Udang Vannamei” adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan
tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Universitas Muhammadiyah Pontianak
Pontianak, Agustus 2019
Materai 6.000
Rr. Amaliah Fitri, A.Md
NIM. 161110066
LEMBAR PENGESAHAN
Judul : Perbandingan Metode PCR (Polymerase Chain
Reaction) Konvensional Dengan Metode PCR
Portable Kit Untuk Deteksi White Spots Syndrome
Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei.
Nama : Rr. Amaliah Fitri, A.Md.
NIM : 161110066
Program Studi : Budidaya Perairan
Fakultas : Perikanan dan Ilmu Kelautan
Disetujui Oleh :
Pembimbing I Pembimbing II
Farida, S.Pi.,M.Si Eko Prasetio, S.Pi.,M.P.
NIDN.1111098101 NIDN. 112048501
Penguji I Penguji II
Eka Indah Raharjo, S.Pi.,M.Si Tuti Puji Lestari, S.Pi.,M.Si
NIDN. 1102107401 NIDN.1121128801
Mengetahui,
Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Perikanan
Universitas Muhammadiyah Pontianak
Dr.Ir.Eko Dewantoro, M.Si
NIDN. 0027096509
i
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah subhanahu wa ta’ala
atas segala karunia-Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema
yang dipilih dalam penelitian yang dilaksanakan pada bulan April – September
2018 ialah hama penyakit ikan karantina, dengan judul “Perbandingan Metode
PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional Dengan Metode PCR
Portable Kit Untuk Deteksi White Spots Syndrome Virus (WSSV) Pada
Udang Vannamei,
Ucapan terima kasih disampaikan kepada :
1. Bapak Dr. Ir. Eko Dewantoro, M.Si, selaku Dekan FPIK UM Pontianak
2. Ibu Farida, S.Pi.,M.Si selaku Pembimbing I, untuk semangat, kesabaran
dan ilmu dalam bimbingannya.
3. Bapak Eko Prasetyo, S.Pi.,MP. selaku Pembimbing II atas waktu,
ketelitian dan ilmu dalam bimbingannya.
4. Bapak Eka Indah Raharjo, S.Pi, M.Si. selaku penguji I.
5. Ibu Tuti Puji Lestari, S.Pi.,M.Si selaku penguji II.
6. Kedua orang tua serta suami yang telah banyak membantu baik moril
maupun materil.
7. Pihak SKIPM Pontianak atas izin, informasi beserta fasilitas laboratorium
selama penelitian.
8. Serta seluruh pihak yang telah memberikan kemudahan, kelancaran dan
dukungan dalam penyusunan skripsi penelitian.
Semoga karya ilmiah ini dapat bermanfaat bagi penulis dan lingkup
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan khususnya serta pembaca umumnya,
sekian dan terima kasih.
Pontianak, Agustus 2019
Penulis
SKRIPSI
PERBANDINGAN METODE PCR
( POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL
DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK
DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV)
PADA UDANG VANNAMEI
Rr. AMALIAH FITRI, A.Md.
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK
PONTIANAK
2019
LEMBAR PENGESAHAN
Judul : Perbandingan Metode PCR (Polymerase Chain
Reaction) Konvensional Dengan Metode PCR
Portable Kit Untuk Deteksi White Spots Syndrome
Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei.
Nama : Rr. Amaliah Fitri, A.Md.
NIM : 161110066
Program Studi : Budidaya Perairan
Fakultas : Perikanan dan Ilmu Kelautan
Disetujui Oleh :
Pembimbing I Pembimbing II
Farida, S.Pi.,M.Si Eko Prasetio, S.Pi.,M.P.
NIDN.1111098101 NIDN. 112048501
Penguji I Penguji II
Eka Indah Raharjo, S.Pi.,M.Si Tuti Puji Lestari, S.Pi.,M.Si
NIDN. 1102107401 NIDN.1121128801
Mengetahui,
Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Perikanan
Universitas Muhammadiyah Pontianak
Dr.Ir.Eko Dewantoro, M.Si
NIDN. 0027096509
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN SUMBER INFORMASI
SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA*
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul “Perbandingan
Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional Dengan Metode
PCR Portable Kit Untuk Deteksi White Spots Syndrome Virus (WSSV) Pada
Udang Vannamei” adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi
pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan
tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada
Universitas Muhammadiyah Pontianak
Pontianak, Agustus 2019
Materai 6.000
Rr. Amaliah Fitri, A.Md
NIM. 161110066
© Hak Cipta Milik Universitas Muhammadiyah Pontianak, Tahun 2018
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
Universitas Muhammadiyah Pontianak.
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya
tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin Universitas Muhammadiyah Pontianak.
PERBANDINGAN METODE PCR
( POLYMERASE CHAIN REACTION) KONVENSIONAL
DENGAN METODE PCR PORTABLE KIT UNTUK
DETEKSI WHITE SPOTS SYNDROME VIRUS (WSSV)
PADA UDANG VANNAMEI
Rr. AMALIAH FITRI, A.Md.
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh
gelar Sarjana Perikanan pada
Program Studi Budidaya Perairan
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK
PONTIANAK
2019
ii
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR............................................................................. i
DAFTAR ISI............................................................................................ ii
DAFTAR TABEL.................................................................................... iv
DAFTAR GAMBAR............................................................................... v
DAFTAR DIAGRAM ALIR................................................................... vi
DAFTAR GRAFIK.................................................................................. vii
DAFTAR LAMPIRAN........................................................................... viii
BAB I. PENDAHULUAN....................................................................... 1
1.1. Latar Belakang................................................................. 1
1.2. Perumusan Masalah.......................................................... 2
1.3. Tujuan............................................................................... 3
1.4. Manfaat............................................................................. 3
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA........................................................... 4
2.1. Biologi udang vannamei................................................. 4
2.1.1. Klasifikasi Udang Vannamei (Litopenaeus
Vannamei )............................................................ 4
2.1.2. Morfologi Udang Vannamei.................................. 4
2.1.3. Siklus Hidup........................................................... 5
A.Stadia Naupli...................................................... 5
B.Stadia zoea......................................................... 6
C. Stadia Mysis...................................................... 6
D. Stadia Postlarva (PL)........................................ 6
2.1.4. Makan dan Kebiasaan Makan................................ 6
2.1.5. Habitat dan Penyebaran.......................................... 7
2.1.6. Sistem Imun dan Kekebalan Udang Vannamei...... 7
2.2. Penyakit White Spot SyndromVirus (WSSV).................... 10
2.2.1. Morfologi Virus....................................................... 10
2.2.2. Virulensi Penyakit WSSV....................................... 12
2.3. Metode PCR (Polymerase Chain Reaction)...................... 15
2.3.1. Prinsip Kerja PCR Konvensional........................... 15
A. Ekstraksi DNA/RNA......................................... 16
B.Amplifikasi......................................................... 16
C.Elektroforesis Gel Agarose................................ 18
2.3.2. Prinsip Kerja PCR Portable Kit............................. 19
A. Ekstraksi DNA/RNA......................................... 19
B. Amplifikasi......................................................... 19
iii
BAB III. METODOLOGI PENELITIAN................................................. 21
3.1. Waktu dan Tempat............................................................ 21
3.2. Alat dan Bahan.................................................................. 21
3.2.1. PCR Konvensional................................................ 21
3.2.2. PCR Portable Kit................................................... 22
3.3. Prosedur Penelitian.............................................................. 23
3.3.1. Penerimaan Sampel........................................ 24
3.3.2. Pemilihan Organ Target................................. 25
3.3.3. Preparasi Sampel............................................ 25
3.3.4. Prosedur PCR Konvensional.......................... 26
3.3.5. Prosedur PCR Portable Kit............................. 27
3.3.6. Interpretasi Hasil............................................. 30
3.3.7. Penyimpanan Sampel...................................... 32
3.4. Variabel Pengamatan.......................................................... 32
3.4.1. Gejala Klinis........................................................... 32
3.4.2. Pemeriksaan Organ................................................ 33
3.4.3. Prevalensi Virus WSSV......................................... 33
3.4.4. Variabel Pengamatan Metode PCR........................ 34
3.5. Analisis Data....................................................................... 34
3.5.1. Data Primer................................................. 34
3.5.2. Data Sekunder............................................ 35
3.5.3. Analisis Statistik Non Parametrik.............. 35
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN.................................................. 37
4.1. Gejala Klinis......................................................................... 37
4.2. Pemeriksaan Organ Target................................................... 38
4.3. Prevalensi Virus WSSV....................................................... 41
4.4. Perbandingan Interpretasi Pemeriksaan PCR....................... 42
4.4.1. Interpretasi Pemeriksaan PCR Konvensional........ 42
4.4.2. Interpretasi Pemeriksaan PCR Portable Kit........... 46
4.4.3. Hasil Pembobotan PCR Konvensional dan
PCR Portable Kit................................................... 47
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN................................................... 54
DAFTAR PUSTAKA................................................................................ 56
Lampiran……………………………………………………………….... 61
vii
DAFTAR GRAFIK
No. Halaman
4.1. Perbandingan Nilai Pembobotan Metode PCR Konvensional dan
PCR Portable Kit............................................................................... 51
4.2. Prosentase Nilai Pembobotan Metode PCR Konvensional dan
PCR Portable Kit............................................................................... 52
viii
DAFTAR LAMPIRAN
No. Halaman
1. Data Pengamatan Hasil Interpretasi Pemeriksaan PCR
konvensional Bulan........................................................................ 61
2. Data Pengamatan Hasil Interpretasi Pemeriksaan PCR
Portable Kit.................................................................................... 62
3. Hasil Pembobotan Deteksi PCR WSSV........................................ 63
4. Dokumentasi.................................................................................. 64
iv
DAFTAR TABEL
No. Halaman
3.1. Bahan PCR Konvensional IQ 2000TM WSSV............................... 21
3.2. IQ Plus™WSSV Kit dengan POCKIT Sistem.............................. 22
3.3. Jumlah Pengambilan Udang/Ikan Contoh..................................... 24
3.4. Interpretasi Standart Hasil PCR konv.IQ 2000............................. 31
3.5. Data Interpretasi portabel POCKIT™Nucleic Acid Analyzer...... 32
4.1. Prevalensi Serangan Virus WSSV................................................ 42
4.2. Data Pengamatan Hasil Interpretasi PCR Konvensional.............. 45
4.3. Data Pengamatan Hasil Interpretasi PCR Portable Kit................. 47
4.4. Rekapitulasi Data Pengamatan Pemeriksaan PCR Konvensional
Dan PCR Portable Kit................................................................... 48
4.5. Prosentase Pembobotan Metode PCR Konvensional Dan PCR
Portable Kit................................................................................... 51
v
DAFTAR GAMBAR
No. Halaman
2.1. Udang Vannamei.......................................................................... 4
2.2. Morfologi Udang Vannamei......................................................... 5
2.3. Morfologi virus............................................................................. 12
2.4. Udang vannamei yang teridentifikasi virus WSSV...................... 13
2.5. Hasil Pewarnaan Pita DNA/RNA................................................. 18
2.6. Hasil Amplifikasi Portable Kit...................................................... 20
3.1. Alat Thermalcycler PCR konvensional......................................... 22
3.2. Alat Amplifikasi PCR Portable KIT............................................. 23
3.3. Hasil interpretasi amplikasi Portable Kit...................................... 31
4.1. Udang Vannamei sampel lalu lintas SKIPM Pontianak............... 37
4.2. Sampel Uji Udang Vannamei....................................................... 39
4.3. Hepatopankreas sampel uji Udang Vannamei.............................. 40
4.4. Hasil Elektroforesis agarosa PCR Konvensional (I)..................... 43
4.5. Hasil Elektroforesis agarosa PCR Konvensional (II).................... 43
4.6. Hasil Elektroforesis agarosa PCR Konvensional (III)................... 44
4.7. Hasil Amplifikasi PCR Portable Kit.............................................. 46
4.8. Lembar pengamatan harian PCR Konvensional Bulan April........ 49
4.9. Lembar pengamatan pembobotan bulan April............................... 50
1
1
BAB I
PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Udang vannamei merupakan komoditi yang mendominasi pertambakan
dipesisir wilayah Kalimantan Barat. Usaha budidaya tersebut tumbuh pesat
dengan resiko penyebaran penyakit yang juga tinggi. Serangan penyakit yang
paling umum dan sering ditemukan pada budidaya udang vannamei adalah
WSSV ( White spot Syndrome Virus).
Penyakit WSSV adalah penyakit yang menyerang pada udang. Penyakit
ini disebabkan oleh virus spesies WSSV, famili Nimaviridae. Tingkat
kematian akibat infeksi virus ini mencapai 100 % dalam waktu 3-19 hari post
infeksi. Penyakit ini dikenal dengan nama penyakit bintik putih pada udang.
Virus ini bereplikasi di nukleus, berbentuk ellipsoid sampai basil, memiliki
ekor di salah satu kutub partikel virus. Organ target dari WSSV pada udang
penaeid adalah jaringan ektodermal (epidermis kutikuler, saluran pencernaan
depan dan belakang, insang dan jaringan saraf) dan mesodermal (organ
limfoid, glandula antenna, jaringan ikat dan jaringan hematopoietik). Gejala
klinis pada fase akut muncul bintik-bintik putih pada lapisan dalam
eksoskeleton dan epidermis. Gejala lainnya adalah lethargi, tidak mau
makan, lemah, berenang ke permukaan dan terjadi diskolorasi kemerahan pada
tubuh (Mahardika, et.al.2004).
Salah satu tindakan yang dilakukan oleh pemerintah dan lembaga terkait
untuk menekan penyebaran virus WSSV adalah dengan melakukan deteksi
dari penyakit WSSV menggunakan metode Polymerase Chain Reaction
konvensional maupun Portable Kit PCR. Melalui UPT SKIPM Pontianak,
setiap media pembawa(udang vannamei) yang masuk atau keluar di wilayah
Kalimantan Barat, diwajibkan untuk melakukan pemeriksaan virus WSSV.
Hal ini bertujuan untuk mencegah tersebar luasnya penularan virus WSSV
yang merupakan HPIK Gol I. Sampel yang dinyatakan positif terinfeksi
WSSV akan ditolak untuk masuk ke wilayah Kalimantan Barat atau bahkan
harus dimusnahakan.
2
2
Penelitian dengan prinsip perbandingan metode pemeriksaan PCR yang
berbeda telah beberapa kali dikemukakan, salah satunya menjadi referensi
penelitian ini yang berjudul “Aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR)
Konvensional Dan Real Time PCR Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus
Pada Kepiting” ( Jurnal Perikanan dan Kelautan, 2012). Penelitian tersebut
bertujuan mencari deteksi WSSV yang terbaik pada kepiting sebagai carrier
WSSV yang menginfeksi udang windu dengan menggunakan PCR
Konvensional dan Real Time PCR. Penelitian tersebut menggunakan metode
survei dengan analisis deskriptif kualitatif.
1.2. Perumusan Masalah
Identifikasi penyakit virus WSSV di SKIPM Pontianak dilakukan
dengan dua metode yang berbeda yaitu metode PCR Konvensional dan
Portable Kit PCR.Metode PCR konvensional merupakan salah satu alternatif
untuk deteksi penyakit virus yang cukup akurat dan relatif lebih murah, jika
dibandingkan dengan metode lain yang sedang berkembang saat ini seperti
metode PCR Portable Kit. Hanya saja keberhasilan dalam pengujian sampel
dengan metode PCR konvensional,sangat bergantung pada ketepatan dan
ketelitian laboratoris dalam prosedur kerjanya. Selain itu beberapa hal seperti
faktor kontaminasi silang dan ketepatan jumlah bahan yang dipakai juga
memberikan pengaruh yang besar terhadap hasil pembacaan DNA/RNA
sampel.
Lainnya halnya dengan metode PCR Portable Kit yang dapat dikerjakan
langsung di lapangan “on the spot” menggunakan portable- PCR (Rapid Test
on the spot). Teknik ini dapat dikerjakan di luar laboratorium dengan proses
amplifikasi yang bersifat semi-kit tanpa proses elektroforesis dan hasil akhir
secara kualitatif dapat dilihat langsung pada mesin amplifikasi. Hasil analisis
dapat diperoleh dalam waktu yang lebih singkat karena tidak perlu dilakukan
proses elektroforesis pada agar gelrose untuk pembacaan DNA/RNA sampel
uji. Namun untuk kemudahan dari metode ini, bahan dan peralatannya harus
dibeli dengan harga yang cukup mahal, selain itu keberhasilan PCR Portable
Kit sangat bergantung pada kinerja alat, sehingga kesiapan, validasi dan
kalibrasi alat harus sangat diperhatikan.
3
3
Melihat dari kelebihan dan kekurangan masing- masing metode tersebut,
sehingga menimbulkan alasan untuk mengetahui lebih lanjut tentang presisi
dan akurasi sensitivitas dari kedua metode tersebut dalam mendeteksi infeksi
virus WSSV pada udang vannamei.
1.3. Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode yang lebih baik dalam
pengujian PCR konvensional maupun portable kit untuk identifikasi penyakit
WSSV.
1.4. Manfaat
Penelitian perbandingan metode PCR konvensional dengan metode PCR
portable kit untuk deteksi penyakit WSSV pada udang vannamei ini
diharapkan dapat bermanfaat sebagai informasi kepada masyarakat umumnya
dan pembudidaya udang khususnya untuk penerapan metode yang lebih baik
dalam pengujian PCR konvensional maupun portable kit untuk identifikasi
virus WSSV.Selain itu juga merupakan salah satu referensi untuk SKIPM
Pontianak dalam menerapkan metode pemeriksaan yang lebih tepat untuk
identifikasi penyakit WSSV.
54
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1. Kesimpulan
Berdasarkan pengamatan dan penelitian terhadap perbandingan metode
PCR (Polymerase Chain Reaction) Konvensional dengan Metode PCR
Portable Kit untuk deteksi White spot syndrome virus (WSSV) pada udang
Vannamei, yang dilaksanakan di Laboratorium SKIPM Pontianak selama
enam bulan, dapat disimpulkan beberapa hal sebagai berikut :
1. Rata – rata sampel yang diterima di SKIPM Pontianak tidak
menunjukkan gejala klinis kearah diagnosa terinfeksi virus WSSV.
Sehingga hal ini dapat memberikan diagnosa awal pada kesimpulan
gejala klinis sampel uji bersifat sehat dan normal.
2. Terdapat beberapa sampel yang tidak menunjukkan gejala klinis
terinfeksi virus WSSV pada diagnosa awal, namun teridentifikasi
positif terinfeksi virus WSSV dalam interpretasi hasil PCR.
3. Tingkat virulensi virus yang rendah, menyebabkan kerusakan yang
muncul pada udang tidak dapat terdiagnosa secara makroskopis. Hal
ini juga menyebabkan tingkat prevalensi sampel yang terinfeksi
menjadi rendah.
4. PCR Konvensional merupakan metode deteksi yang sangat sensitif dan
spesifik, gerakan fisik yang berlebihan dapat menyebabkan terputusnya
ikatan antar molekul dan DNA sampel mengalami kerusakan. Hal
tersebut mengakibatkan terjadinya smear pada pita DNA
elektroforesis.
5. PCR Portable Kit dengan teknik spin column menghasilkan asam
nukleat DNA dan RNA yang lebih bersih dan berkualitas tinggi.
Dengan demikian kemungkinan terjadinya “false negatif” akibat
kualitas DNA/RNA yang buruk dapat dihindari.
6. Hasil prosentase pembobotan PCR Konvensional berada pada angka
95,24%, yang berarti masih terdapat Plasmid DNA sampel atau DNA
virus WSSV yang tidak dapat dideteksi oleh metode tersebut.
54
55
Sedangkan PCR Portable Kit berada pada angka 99,21%, menunjukkan
nilai yang sangat baik dari prosentase pembobotannya, karena
ketepatan pengujiannya lebih akurat.
Dari poin – poin tersebut secara umum dapat disimpulkan bahwa
Metode identifikasi virus WSSV dengan PCR Portable Kit (IQ Plus™WSSV)
lebih tinggi tingkat keberhasilannya dalam mengidentifikasi keberadaan
plasmid DNA sampel, plasmid DNA virus WSSV dan plasmid kontrol positif
WSSV dibandingkan dengan metode PCR konvensional (IQ-2000TM – WSSV),
yang selama ini telah diterapkan di SKIPM Pontianak.
5.2. Saran
Karya ilmiah ini dapat dijadikan rujukan dalam pengembangan karya
ilmiah lainnya yang terkait dengan akurasi maupun ketepatan dari metode
identifikasi PCR untuk deteksi virus WSSV pada udang vannamei.
Pengkayaan materi untuk jumlah DNA sampel secara kuantitas, spesifikasi
bahan ekstraksi, amplifikasi dan elektroforesis yang berbeda dapat menjadi
kajian lanjutan untuk kaya ilmiah lainnya dengan tema sama.
56
DAFTAR PUSTAKA
Adiwidjaya, D., Supito., I. Sumantri. 2008. Penerapan Teknik Budidaya
udang Vannamei (Litopenaeus vannamei)Semi -Intensif pada Lokasi
Tambak Salinitas Tinggi. Departemen Kelautan dan Perikanan.
Direktorat Jendral Perikanan Budidaya.Balai Besar Pengembangan
Budidaya Air Payau Jepara.
Afrianto, E. dan E. Liviawaty. 1992. Pengendalian Hama dan Penyakit Ikan.
Penerbit Kanisius. Yogyakarta.
Amrillah,. 2015. Dampak Stres Salinitas Terhadap Prevalensi White Spot
Syndrome Virus (WSSV) dan Survival Rate Udang Vannamei
(Litopenaeus vannamei) pada Kondisi Terkontrol. Research journal of
life science e-issn : 2355-9926 april-2015 volume 02 no. 01. Universitas
Brawijaya.
Anonim, 2009. Diagnosis Penyakit Viral. Universitas Gajahmada.
Yogyakarta.
Arafani L., .2016. Pelacakan Virus Bercak Putih pada Udang Vaname
(Litopenaeus vannamei) di Lombok dengan Real-Time Polymerase
Chain Reaction. Jurnal Veteriner Maret 2016 Vol. 17 No. 1 : 88-95.
Universitas Mataram.
BUSKIPM.2013. Instruksi Manual Pemeriksaan Virus Dengan Metode PCR.
Juknis PHPI. Latihan Dasar Penjenjangan PHPI. Jakarta.
Buwono I.B.2014. sensitivitas nested pcr terhadap deteksi Dna wssv (white
spot syndrome virus) Pada udang windu dan vaname. Jurnal Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran.
David Burnie. 2013. The Animal Book: A Visual Encyclopedia of Life on
Earth (Smithsonian) DK.Publish. ISBN.1465414576 (ISBN13:
9781465414571) .
Edison, D.P. 2009. Pengaruh Suhu, pH, dan Salinitas yang Berbeda terhadap
Aktifitas Biologis Imunoglobulin Y Anti WSSV (lgY Anti-WSSV)
[Skripsi]. Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor. 23 hlm
Fitriya T.R.,. 2015. Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl yang
Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae.
Jurnal LenteraBio Vol. 4 No. 1, Januari 2015: 87–92. Universitas Negeri
Surabaya.
Genereach Biotechnology Corp. 2013. IQ 2000TM WSSV Intruction Manual.
Central Taiwan Science. Taiwan.
56
57
Genereach Biotechnology Corp. 2014. IQ Plus™ WSSV Kit with
POCKIT(Portable) System Intruction Manual. Central Taiwan Science.
Taiwan.
Haliman, Adijaya. 2005. Udang Vannamei. Jakarta: Penebar Swadaya
Hanggono Bambang dan Muhammad Junaidi. 2015. Deteksi penyakit viral
pada udang vannamei (litopennaeus vannamei) Dengan metode
polymerase chain reaction (pcr). Samakia: Jurnal Ilmu Perikanan
Volume 6, No. 1, Februari 2015 ISSN : 2086-3861. Balai Perikanan
Budidaya Air Payau Situbondo.
Hardyta Noviar Rahma, Slamet Budi Prayitno dan Alfabetian Harjuno Condro
Haditomo. 2014. INFEKSI WHITE SPOT SYNDROM VIRUS (WSSV)
PADA UDANG WINDU (Penaeus monodon Fabr.) YANG
DIPELIHARA PADA SALINITAS MEDIA YANG BERBEDA. Journal of
Aquaculture Management and Technology. Volume 3, Nomor 3, Tahun
2014, Halaman 25-34. Program Studi Budidaya Perairan, Jurusan
Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas
Diponegoro, Semarang.
Hariyadi, 2006. Perhitungan Prevalensi Mikroorganisme Bakteri, Malang,
Volume 2.
Kurniawan k.,. 2015. Kajian masa kritis penyakit wssv di saluran
pertambakan Kecamatan pulokerto, pasuruan dan kecamatan pasir
putih, situbondo. Prosiding Forum Inovasi Teknologi Akuakultur 2015.
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau. Sulawesi
Selatan.
Kilawati Yuni dan Yunita Maimunah. 2015. Kualitas Lingkungan Tambak
Intensif Litapenaeus vannamei Dalam Kaitannya Dengan Prevalensi
Penyakit White Spot Syndrome Virus. Rsearch journal of life science e-
issn : 2355-9926 april-2015 volume 02 no. 01. Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya.
Koesharyani Isti dan Lila Gardenia. 2015. Metode deteksi cepat white spot
syndrome virus (wssv) dan infectiuos myonecrosis virus (imnv)
menggunakan portabel/mobile Polymerase chain reaction. Media
Akuakultur Vol. 10 No. 1 Tahun 2015: 43-49. Pusat Penelitian
Pengembangan Perikanan Budidaya.
Kordi K. 2007. Pemeliharaan Udang Vannamei. Surabaya: Indah Surabaya
Kordi K. 2009. Penanggulangan Hama dan Penyakit Ikan. Jakarta: PT Rineka
Cipta
58
Kordi M dan Ghufran. 2010. Panduan Lengkap Memelihara Ikan Air Tawar
di Kolam Terpal. Yogyakarta (ID): ANDI.
Mahardika, K.,Zafran, I. Koesharyani. 2004. Deteksi white spot syndrome
virus (WSSV) pada udang windu (Penaeus monodon) di Bali dan Jawa
Timur menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Junal Penelitian
Perikanan Indonesia.
Mahasri G. 2008. Respon imun udang windu (Penaeus Monodon Fabricus)
Yang diimunisasi dengan protein membran imunogenik mp 38 Dari
Zoothamnium penaei. Makalah disampaikan pada Seminar Nasional
Hasil Riset Kelautan danPerikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Universitas Brawijaya, Malang, 08 November 2008. Program
Studi Budidaya Perairan, FKH-Unair, Email : mahasri@unair.ac.id
Manoppo H, Magdalena E.F. Kolopita. 2014. Respon imun krustase. Review
Artikel Budidaya Perairan. Vol. 2 No. 2: 22 – 26
Muliani,. 2007. Penyebaran dan prevalensi white spot syndrome virus(wssv)
pada budi daya udang windu (penaeus monodon). Jurnal Riset Akua.
Vol. 2 No.2 Tahun 2007. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau,
Maros.
Mulyani Y, Purwanto A, Nurruhwati I, 2011. Perbandingan Beberapa Metode
Isolasi DNA untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan
Mas (Cyprinus carpio L.). Jatinangor : Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Universitas Padjadjaran. Jurnal Akuatika, 8(11): 1-16
Malina C.A.,. 2013. Isolasi Dan Karakterisasi Gen penyandi Protein
Permukaan Pv28 Wssv Pada Udang Windu (Penaeus Monodon
Fabricius, 1798). Konferensi Akuakultur 2013. Universitas Makassar.
Mulyani Y.,. 2010. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA Untuk
Deteksi Koi Herpes Virus Pada Ikan Mas (Cyprinus carpio L.). Jurnal
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran.
Jatinangor.
Mulyani Y.,. 2012. Beberapa Metode Stressing Untuk Menginduksi
Perkembangan White Spot Syndrome Virus (Wssv) Pada Benur Udang
Windu (Penaeus Monodon). Jurnal Riset Akuakultur Vol. 7 No. 3 Tahun
2012: 465-475. Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air
Payau. Sulawesi Selatan.
OIE. 2003. Manual for Diagnostic Test Aquatic Animals. Office International
Des Epizootifs. Paris.
Panjaitan,. 2014. Pemeliharaan Larva Udang Vaname (Litopenaeus
Vannamei, Boone 1931) Dengan Pemberian Jenis Fitoplankton Yang
59
Berbeda. Jurnal Manajemen Perikanan dan Kelautan Vol. 1 No. 1, Mei
2014, artikel 2. Pasca Sarjana MMP Universitas Terbuka Pusat Penelitian
dan Pengembangan Perikanan Budidaya.
Pelczar, M,j. dan E,S,C, Chan. 1998. Dasar-Dasar Mikrobiologi II. Alih
bahasa R,S, Hadioetomo, T, Imas, S.S, Tjitrosomo dan S. L. Angka.
Penerbit Universitas Indonesia. Jakarta.
Pranawaty., 2012. Aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) Konvensional
Dan Real Time PCR Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus Pada
Kepiting. Jurnal Perikanan dan Kelautan. Vol.3, No.4, Desember 2012.
ISSN : 2088-3137.
Prasetyo, A., 2009. Materi Asistensi Biomedik Fakultas Universitas Negeri
Semarang. Semarang: Fakultas Universitas Negeri Semarang
Pratama.2013. Pemeriksaan Virus TSV Pada Udang Vannamei Dengan
Pendekatan Biomolekuler di BKIPM Kelas II Tanjung Emas Semarang.
PUSKARI. 2013. Pedoman Pemantauan HPI/HPIK Pusat Karantina Ikan.
Jakarta.
Rahma,. 2014. Infeksi WSSV pada udang windu yang dipelihara pada
salinitas media yang berbeda. Journal of Aquaculture Management and
Technology Volume 3, Nomor 3, Halaman 25-34. Program Studi
Budidaya Perairan, Jurusan Perikanan Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Universitas Diponegoro.
Rahmi. 2012. Deteksi Molekular Vektor Penyebab Wssv Pada Udang Windu
(Penaeus Monodon) Di Kabupaten Takalar. Jurnal Fakultas Pertanian
Universitas Muhammadiyah Makassar. Volume 1 Nomor 2 Juli-
Desember 2012.
Rohman K., 1995. Mengamati White Spot Secara Seluler. Techner, Edisi 18,
Jakarta, Hal.7-9.
Sriwulan dan Hilal Anshary. 2011. Deteksi virus penyebab penyakit kerdil
pada benih udang windu (penaeus monodon) dengan multipleks pcr.
Jurnal Perikanan (J. Fish. Sci.) XIII (1): 1-7 ISSN: 0853-6384. Jurusan
Perikanan Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan, Universitas
Hasanuddin. Makassar.
Subyakto Slamet,. 2009. Budidaya Udang Vannamei (Litopenaeus Vannamei)
Semiintensif Dengan Metode Sirkulasi Tertutup Untuk Menghindari
Serangan Virus. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan Vol. 1, No. 2,
November 2009. Balai Budidaya Air Payau (BBAP) Situbondo.
Sukenda dan M.Yuhana. 2009. Keberadaan White Spot Syndrome Virus
(Wssv), Taura Syndrome Virus (Tsv) Dan Infectious Hypodermal
60
Haematopoitic Necrosis Virus (Ihhnv) Di Tambak Intensif Udang
Vaname Litopenaeus Vannamei Di Bakauheni, Lampung Selatan.
Keberadaan white spot syndrome virus (WSSV). Departemen Budidaya
Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian
Bogor.
Taslihan A.,.2013. Transmisi White Spot Syndrome Virus dan Penggunaan
Barier Fisik Sebagai Upaya Pencegahan. Jurnal ILMU KELAUTAN
September 2013 Vol. 18(3):119-126. Balai Besar Pengembangan
Budidaya Air Payau.
Tsai Long Y.,. 2014. Validation of a Commercial Insulated Isothermal PCR-
based POCKIT Test for Rapid and Easy Detection of White Spot
Syndrome Virus Infection in Litopenaeus vannamei. Jurnal National
Institutes of Health 10.1371/journal.pone.0090545.
Volk, Wesley dan Wheler, Margaret. 1990. Virus Diseases. Edisi kelima. Jilid
2.Jakarta : Erlangga.
WWF Indonesia. 2014. Budidaya Udang Vannamei dengan Instalasi
Pengolahan Air Limbah ( IPAL ) . Seri Panduan Perikanan Skala Kecil.
Jakarta.
Zulfikar,. 2016. Analisis pengaruh faktor kualitas air terhadap resiko penyakit
white spot syndrome virus (wssv) pada udang vannamei (Litopenaeus
vannamei) di Kecamatan Peudada Kabupaten Bireuen. Universitas
Syiah Kuala Banda Aceh.
vi
DAFTAR DIAGRAM ALIR
No. Halaman
3.1. Prosedur Identifikasi Virus WSSV............................................... 24
3.2. Proses Ekstraksi Udang Vannamei............................................... 26
3.3. Proses Amplifikasi DNA sampel.................................................. 27
3.4. Proses Elektroforesis Produk PCR................................................ 27
3.5. Proses Ekstraksi DNA Sampel...................................................... 29
3.6. Proses Amplifikasi Hasil Ekstraksi............................................... 29
1. Bahan IQ 2000TM WSSV
Reagen Ektraksi IQ 2000 sampel uji
Isi Kit Primer Amplifikasi Kit Primer Amplifikasi
2. Bahan Portabel Kit
Reagen dan dry primer Portabel Kit
3. Alat PCR Konvensional
Microsentrifuge Oven
Mikropippetor Vortex Mixer
Thermalcyler kotak elektroforesis kotak dokumentasi
4. Alat PCR Portable Kit
Mikrotube dan mikropippet Spin Colom
Spin Down POCKIT™Nucleic Acid Analyzer
5. Proses Ekstraksi PCR Portable Kit
Pippeting reagen homogenisasi reagen dan sampel
Pemisahan supernatan Pemanasan larutan ekstraksi
6. Proses Amplifikasi PCR Konvensional
Template DNA proses sentrifuge menyusun amplikon
Amplifikasi Step I Amplifikasi Step II
7. Proses Elektroforesis dan Interpretasi Hasil PCR Konvensional
Pembuatan Media Agarosa Persiapan Penuangan Agarosa
Pippetting DNA Template Visualisasi pita DNA pada Agarosa
8. Proses Ekstraksi Portable Kit
Persiapan sampel pippetting reagen
Homogenasi Reagen
9. Proses Amplifikasi dan Interpretasi Hasil PCR Portable Kit
Proses pengisian Spin colom Penyusunan spin colom pada POKIT
Proses Amplifikasi PCR Portable Kit
top related