Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf... · lebar dan kepala kecil. Penyebaran alami ikan ini adalah di Sumatera, Jawa, dan Kalimantan

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381

Evi Alfiah Taukhid, Achmad Farajallah dan Arif Wibowo. 2011. KarakterisasiGenom Mitokondria Gen Cyt b pada Ikan Belida Anggota FamiliNotopteridae. Diseminarkan tanggal 2011. Departemen Biologi FMIPA IPB

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Ikan belida merupakan ikan tawar anggota genus Chitala, Famili Notopteridae. Ikanbelida atau yang dikenal sebagai ikan pipih mempunyai bentuk pipih dengan mulutlebar dan kepala kecil. Penyebaran alami ikan ini adalah di Sumatera, Jawa, danKalimantan sampai ke semenanjung Malaysia dan Thailand (Permatsari 2009). DiSumatera Selatan, ikan belida digunakan sebagai maskot yang sering dijadikanbahan pembuatan makanan khas. Hal ini karena daging ikan belida berseratlembut, renyah, dan tidak amis. Selain sebagai bahan makanan, ikan belida seringkali dijadikan sebagai ikan hias karena mempunyai bentuk kepala dan variasi warnayang menarik, dan juga mudah dipelihara (Wibowo et al. 2006).

Pada saat ini, diduga populasi ikan belida di alam kondisinya menurun akibatkerusakan habitat dan pemanenan berlebih. Conservation Assessment andManagement Plan (CAMP) mengkategorikan Chitala sp. sebagai spesies langka(Sarkar et al. 2008). Sebagai salah satu penggerak ekonomi masyarakat yangberbasis sumber daya alam, maka berbagai upaya untuk mempelajari populasinyaharus dilakukan. Salah satu upaya yang bisa dilakukan adalah dengan melakukankarakterisasi genom mitokondria sebagai dasar aplikasi lanjutan yang terkaitdengan populasi belida.

Genom mitokondria vertebrata berbentuk sirkular yang terdiri dari 13 gen penyandiprotein, 2 gen penyandi rRNA, 22 gen penyandi tRNA, dan satu ruas tidakmenyandikan yang dikenal sebagai d-loop atau ruas pengontrol (control region).Selain itu, genom mitokondria bersifat non-rekombinasi atau diwariskan secarauniparental. Beberapa gen genom mitokondria seringkali digunakan untuk

page 1 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mempelajari berbagai fenomena populasi, baik intraspesies maupun interspesies(Solihin 1994).

Tujuan

Tujuan penelitian ini adalah menganalisis runutan nukleotida gen cyt b dalamgenom mitokondria ikan belida sebagai dasar mempelajari populasi dan posisifilogenetiknya.

BAHAN DAN METODE

Bahan

Sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah 12 sampel darah dan/atau siripikan belida yang diambil dari Sungai Mahakam Kalimantan dan Indragiri Riau.Sampel tersebut merupakan koleksi Bapak Arif Wibowo SP. M.Si dari Balai RisetPerikanan Perairan Umum, Palembang.

Ekstraksi dan Isolasi DNA

Isolasi DNA dilakukan dari darah dan/atau sirip dilakukan menggunakan GenomicDNA mini kit for fresh blood (Geneaid) yang dimodifikasi. Modifikasi dilakukan untukmelisis sel-sel darah dan jaringan yang sudah diawetkan dalam alkohol. Sel-seldarah yang disimpan dalam alkohol 70% dicuci dengan air destilata dua kalikemudian disuspensikan dalam bufer STE (NaCl 1M, Tris-HCL 10mM, EDTA 0.1mM,pH 8.0) hingga volume 350µl. Sedangkan potongan sirip dihancurkan menggunakangunting dalam bufer STE. Sel-sel darah dan sirip dilisis dengan SDS 1% danproteinase K 0.125 mg/ml pada suhu 55oC selama 1 jam sambil dikocok pelan.Metode ekstraksi DNA selanjutnya mengikuti petunjuk Genomic DNA mini kit for

page 2 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

fresh blood (Geneaid).

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA

Amplifikasi gen cyt b genom mitokondria menggunakan pasangan primer W8 danW7 berdasarkan Lavoue´ S dan Sullivana (2004). Pasangan primer ini mengapitruas gen cyt b mulai dari basa ke-14359 hingga 15594 dengan panjang 1236 ntdibandingkan ke genom mitokondria Chitala lopis (GeneBank Accession numberAP008922). Komposisi reaksi PCR dilakukan dengan volume akhir 50 µl terdiri atassampel DNA 5 µl, DW steril 16 µl, primer masing-masing 2 µl dan Taq ready mix 25µl. Reaksi PCR dilakukan menggunakan mesin thermocycler BIOER dengan kondisitahap pradenaturasi 95°C selama 10 menit, tahap berikutnya terdiri dari 35 siklusdari denaturasi 94°C selama satu menit, penempelan primer 42°C selama satumenit dan pemanjangan 72°C selama 1.5 menit. Dan tahap terakhir adalahpemanjangan akhir 72°C selama 7 menit.

Produk PCR diuji menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid 6% yang dilanjutkandengan pewarnaan sensitif perak (Tegelstorm 1986).

Perunutan Produk PCR

Produk PCR di atas gel poliakrilamid yang berukuran sesuai dengan desain primerdipilih untuk dimurnikan dengan metode agarose-gel-cutting yang diikuti dengan spin-coloumn DNA extaraction from gel. Produk PCR yang sudah dimurnikandijadikan cetakan dalam PCR for sequencing menggunakan pasangan primer yangsama dengan ampilfikasi awal.

Analisis DNA

Hasil perunutan nukleotida yang diperoleh kemudian diedit secara manualberdasarkan kromatogram mesin perunut DNA. Runutan nukleotida yang telahdiedit kemudian saling disejajarkan menggunakan program Clustal W yang

page 3 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

tertanam dalam MEGA 4.0 (Kumar et al. 2008) dengan melibatkan beberaparunutan gen cyt b anggota famili Notopteridae, yaitu Chitala lopis (AP008922) dan Notopterus notopterus (AP008924). Hasil pensejajaran kemudian diedit ulangsecara manual berdasarkan triplet kodon.

Deskripsi perbandingan runutan nukelotida dan analisis filogeni dilakukanmenggunakan MEGA 4.0 (Kumar et al. 2008) berdasarkan model subtitusi Kimura-2-parameter. Analisis kekerabatan antar sampel menggunakan metode neighbourjoining (NJ) dengan bootstrap 1000x.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA

Amplifikasi gen cyt b dengan menggunakan pasangan primer W8-W7 selalumenghasilkan amplikon yang tidak spesifik (unspecific PCR products). Hal inidisebabkan oleh spesifisitas penempelan primer berkisar antara 66% - 86%terhadap runutan nukleotida genom mitokondria pada beberapa spesiespembanding. Multiband amplicon ini mungkin disebabkan oleh spesifisitas primeryang rendah terhadap runutan mtDNA genus Notopterus. Walaupun begitu, ukuranamplikon yang sesuai dengan desain primer kemudian dipotong setelah dipisahkanmenggunakan metode gel extraction-spin coloumn.

Dari 12 sampel, ada tujuh sampel (KCO001, KCO005, TU02, TU06, TU07, PP03, danKALTIM02) yang menunjukkan adanya amplikon target ukuran, yaitu dengan ukuransekitar 1200 bp. Lima sampel sisanya (PB34, PB02, KCO02, TP04, dan KALBAR03)tidak menghasilkan amplikon yang sesuai dengan target ukuran atau intensitasamplikon yang muncul di atas gel poliakrilamid terlalu tipis.

page 4 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Perunutan Produk PCR

Perunutan nukleotida pada enam sampel yang berasal dari dua lokasi, yaituKCO001 dan KCO005 dari Sungai Indragiri, Riau; TU02, TU06, TU07, dan KALTIM02dari Sungai Mahakam, Kalimantan menunjukkan homologi yang tinggi denganspesies pembanding. Sedangkan satu sampel (PP03) tidak menghasilkankromatogram runutan DNA yang baik. Setelah diedit, panjang runutan DNA yangsaling homolog untuk setiap sampel adalah 650 nt dan diperoleh rata-ratakomposisi nukleotida dari enam sampel tersebut ialah A = 30.7%; T = 25.9%; G =12.8%; C = 30.5%. Dari 650 nt, sebanyak 497 nt sama pada semua sampel.Sedangkan dari 153 nt yang berbeda, terdiri dari 102 nt mengalami substitusihanya pada satu sampel, dan 51 nt berbeda minimal pada dua sampel.

Analisis Filogeni

Jarak genetik antar populasi lokal spesies yang diperoleh dari Sungai Mahakam danIndragiri yang dibandingkan dengan spesies lainnya yang diperoleh dari genebankbiasanya ditentukan untuk populasi hewan tertentu pada daerah geografi yangterpisah. Dua hal yang diperlukan dalam menentukan jarak genetik adalahkesamaan genetik dan nilai jarak genetik. Jarak genetik antar sampel dibandingkandengan sampel spesies yang telah ada di genebank beserta standar error yangdiperoleh berdasarkan model subtitusi K2P dengan bootstrap 1000x (Tabel)menghasilkan nilai rata-rata sebesar 0.089 dengan kesamaan genetik tertinggisebesar 0.168 pada Notopterus notopterus (India) dengan KCO001, serta jarakgenetik terendah sebesar 0.000 pada TU02 dengan KALTIM02.

Tabel. Jarak genetik antar sampel (di bawah diagonal) dan standar error (di atasdiagonal) berdasarkan model subtitusi K2P dengan bootstrap 1000x.

No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 81 KALTIM02 0.01

40.009

0.000

0.002

0.004

0.014

0.015

2 KCO001 0.105

0.014

0.015

0.018

page 5 / 308page 5 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

3

page 6 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

KCO005

page 7 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.0

page 8 / 308

0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

45

page 9 / 308

2 9 9 9 4 6

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

4

page 10 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU02

page 11 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.000

page 12 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.105

page 13 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.045

page 14 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 15 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 16 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.004

page 17 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.014

page 18 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 19 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

5

page 20 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU06

page 21 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 22 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.107

page 23 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.047

page 24 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 25 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 26 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.004

page 27 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.014

page 28 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 29 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

6

page 30 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU07

page 31 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 32 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 33 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.053

page 34 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 35 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.011

page 36 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 37 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 38 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.016

page 39 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

7

page 40 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

C. lopis

page 41 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 42 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 43 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.113

page 44 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 45 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.111

page 46 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.114

page 47 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 48 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.017

page 49 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

8

page 50 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Notopterus(India)

page 51 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 52 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.168

page 53 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.143

page 54 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 55 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.141

page 56 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.151

page 57 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.161

page 58 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x,mengelompokkanstrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknya

page 59 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

membagipopulasiikanbelidayangberasaldariSungaiMahakamdanIndragirisertaspesieslainyangberasaldarigenebankmenjadiduakelompok(Gambar 2).Kelompok Iterdiri

page 60 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

darisemuasampel(KALTIM02,TU02,TU06,TU07,KCO001,danKCO005),sertasatuspesiesdarigenebank,yaitu C.lopis.Kelompok IIadalah Notopterusnotopterus(India).

page 61 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatankeenamsampelberasaldarisatunenekmoyang/indukkandengan C.lopis,dengannilaikeragaman1%.Hal

page 62 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

inidisebabkanolehpolapenyebaranikanbelidasangatberkaitaneratdenganarus.Sebagaipredatorairtawar,ikanbelidahidup dihabitatsungaidandaerahyangseringtergena

page 63 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ngbanjir.Hidupnyadidataranrendahdenganketinggiantidaklebihdari30mdpl(Widyastuti1993).DitegaskanpulaolehSjafei etal.(1989)bahwaikaninimerupakancontoh

page 64 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ikanyangberdistribusididataranrendah.Faktor-faktoryangmempengaruhidistribusiikanairtawaradalahfaktorfisikyangmeliputisuhu,derajatfluktuasiair,gradien,urutanaliran,dan

page 65 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

turbiditas;faktorkimiayangmeliputioksigenterlarut,pH,senyawanitrogen,klorinitas,salinitas,danBOD;sertafaktorbiologiyangmeliputihubunganpredatordanmangsa,kompetis

page 66 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

i,dansimbiosis.

Gambar 1. Hasilrekonstruksipohonfilogenipengelompokkanenamsam

page 67 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

peldanduaspesies darigenebank.

SIMPULANDANSARAN

KeragamangenetikdanhubunganfilogeniberdasarkangencytbmtDNApada

page 68 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

enamsampelyangberasaldariSungaiMahakam,KalimantandanIndragiri,Riauyangdibandingkandenganduasampeldarigenebank,beradadalamkelompokyangsamadengan

page 69 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

cytbmtDNAdari Chitalalopis.

DibutuhkanpenelitianlebihlanjutdenganmenggunakanruasgenpadamtDNAselaingencytbdanpengambilansampeldariberb

page 70 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

agaipopulasiyangberbedadariSungaiMahakamdanIndragiriuntukmembuktikankekerabatanantarasampeldengan C.lopis

DAFTARPUST

page 71 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

AKA

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: Abiologist-centricsoftwareforevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics9:29

page 72 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

9-306.

Lavoue´S,SullivanaJP.2004.Simultaneousanalysisoffivemolecularmarkersprovidesawell-supportedphylogenetichypothesis forthelivingbony-tonguefishe

page 73 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

s(Osteoglossomorpha:Teleostei).MolecularPhylogeneticsandEvolution 33(2004)171–185.

PermatsariHP.2009.Faunaidentitasikanbelida. http://indopedia.gunadar

page 74 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html [9September2010].

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersofthe

page 75 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

endangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch90(2008)170–177.

Sjafei S,RahardjoMF,AffandiR,Brodjo M.

page 76 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

1989.SistematikaIkan.DepartemenPendidikandanKebudayaan,DirektoratJendralPendidikanTinggi,PusatAntarUniversitasIlmuHayat,InstitutPertanianBogor.

page 77 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SolihinDD.1994.PeranDNAmitokondria(mtDNA)dalamstudikeragamangenetikdanbiologipopulasipadahewan. JHayati1:1-4.

Tegelstrom H.1986.Mitochondrial

page 78 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

DNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthe

screening ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

WibowoA,

page 79 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SunarnoMTD,MakmurS,Subagja,MuflikhahN.2006.IkanBelida (Chitalalopis)PotensinyaSebagaiIkanHiasUnggulandanBerbagaiHambatanPengembangannya.Palembang:Balai

page 80 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

RisetPerikananPerairanUmum.

WidyastutiYE.1993.Flora-FaunaMaskotNasionaldanPropinsi.PenebarSwadaya:Jakarta.

EviAlfiahTaukhid,AchmadFara

page 81 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

jallahdanArifWibowo.2011. KarakterisasiGenomMitokondriaGenCytbpadaIkanBelidaAnggotaFamiliNotopteridae.Diseminarkantanggal2011.Departemen

page 82 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

BiologiFMIPAIPB

PENDAHULUAN

LatarBelakang

Ikanbelidamerupakanikantawaranggotagenus Chitala, Famili

page 83 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Notopteridae.Ikanbelidaatauyangdikenalsebagaiikanpipihmempunyaibentukpipihdenganmulutlebardankepalakecil.Penyebaranalamiikaniniadalah diSumatera,Jawa,dan

page 84 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

KalimantansampaikesemenanjungMalaysiadanThailand(Permatsari2009).DiSumateraSelatan,ikanbelidadigunakansebagaimaskotyangseringdijadikanbahanpembuatan

page 85 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

makanankhas. Halinikarenadagingikanbelidaberseratlembut,renyah,dantidakamis.Selainsebagaibahanmakanan,ikanbelidaseringkalidijadikansebagaiikanhiaskare

page 86 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

namempunyaibentukkepaladanvariasiwarnayangmenarik,danjugamudahdipelihara(Wibowo et al.2006).

Padasaatini,didugapopulasiikanbelida dialamkondisinya

page 87 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

menurunakibatkerusakanhabitatdanpemanenanberlebih.ConservationAssessmentandManagementPlan(CAMP)mengkategorikan Chitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.

page 88 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

2008).Sebagaisalahsatupenggerakekonomimasyarakatyangberbasissumberdayaalam,makaberbagaiupayauntukmempelajaripopulasinyaharusdilakukan.Salahsatuupay

page 89 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ayangbisadilakukanadalahdenganmelakukankarakterisasigenommitokondriasebagaidasaraplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.

Genommitokondriavert

page 90 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ebrataberbentuksirkularyangterdiridari13genpenyandiprotein,2genpenyandirRNA,22genpenyanditRNA,dansaturuastidakmenyandikanyangdikenalsebagai d-loopatauruas

page 91 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

pengontrol (controlregion).Selainitu,genommitokondriabersifatnon-rekombinasiataudiwariskansecarauniparental.Beberapagengenommitokondriaseringkalidigunakanuntuk

page 92 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mempelajariberbagaifenomenapopulasi,baikintraspesiesmaupuninterspesies(Solihin1994).

Tujuan

Tujuanpenelitian iniadalahmenganalisis

page 93 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

runutannukleotidagencytbdalamgenommitokondriaikanbelidasebagaidasarmempelajaripopulasidanposisifilogenetiknya.

BAHANDAN

page 94 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

METODE

Bahan

Sampelyangdigunakanpadapenelitian iniadalah12sampeldarahdan/atausiripikanbelidayangdiambildariSungaiMahakamKali

page 95 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mantandanIndragiriRiau.SampeltersebutmerupakankoleksiBapakArifWibowoSP.M.SidariBalaiRisetPerikananPerairanUmum,Palembang.

Ekstra

page 96 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ksidanIsolasiDNA

IsolasiDNAdilakukandaridarahdan/atausiripdilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Modifikasi

page 97 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dilakukanuntukmelisissel-seldarahdanjaringanyangsudahdiawetkandalamalkohol.Sel-seldarahyangdisimpandalamalkohol70%dicucidenganairdestilataduakalikem

page 98 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

udiandisuspensikandalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8.0)hinggavolume350µl.Sedangkanpotongansiripdihancurkanmenggunakanguntingdala

page 99 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mbuferSTE.Sel-seldarahdansiripdilisisdenganSDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnya

page 100 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid).

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA

Amplifikasi

page 101 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

gencytbgenommitokondriamenggunakanpasanganprimerW8danW7berdasarkanLavoue´SdanSullivana (2004).Pasanganprimerinimengapitruasgencytbmul

page 102 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

aidaribasake-14359hingga15594denganpanjang1236 ntdibandingkankegenommitokondria Chitalalopis(GeneBankAccessionnumberAP008922).KomposisireaksiPCR

page 103 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dilakukandenganvolumeakhir 50µlterdiriatassampelDNA5 µl,DWsteril 16µl,primermasing-masing 2µldan Taqreadymix 25µl.ReaksiPCRdilakukanmenggunakanmesin ther

page 104 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mocyclerBIOERdengankondisitahappradenaturasi95°Cselama10menit,tahapberikutnyaterdiridari35siklusdaridenaturasi94°Cselamasatumenit,penempelanprimer42°C

page 105 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

selamasatumenitdanpemanjangan72°Cselama1.5menit.Dantahapterakhiradalahpemanjanganakhir72°Cselama7menit.

ProdukPCRdiujimenggunakan

page 106 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

elektroforesisgelpoliakrilamid6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Tegelstorm1986).

PerunutanProdukPCR

Produk PCRdiatasgel

page 107 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

poliakrilamidyangberukuransesuaidengandesainprimerdipilihuntukdimurnikandenganmetode agarose-gel-cuttingyangdiikutidengan spin-coloumnDNAextaractionfromgel.Prod

page 108 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ukPCRyangsudahdimurnikandijadikancetakandalam PCRforsequencingmenggunakanpasanganprimeryangsamadenganampilfikasiawal.

Ana

page 109 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

lisisDNA

HasilperunutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanualberdasarkankromatogrammesinperunutDNA.Runutannukleotida

page 110 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

yangtelahdieditkemudiansalingdisejajarkanmenggunakanprogramClustalWyangtertanamdalamMEGA4.0 (Kumar etal. 2008)denganmelibatkanbeberaparunutan

page 111 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

gencytbanggotafamiliNotopteridae,yaitu Chitalalopis(AP008922)dan Notopterusnotopterus(AP008924).Hasilpensejajarankemudiandieditulangsecaramanualberdasarkan

page 112 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

tripletkodon.

DeskripsiperbandinganrunutannukelotidadananalisisfilogenidilakukanmenggunakanMEGA4.0(Kumar et al.2008)berdasarkanmodelsubtitusi

page 113 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan bootstrap1000x.

HAS

page 114 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ILDANPEMBAHASAN

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA

Amplifikasigencytbdenganmenggunakanpasanga

page 115 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nprimerW8-W7selalumenghasilkanamplikonyangtidakspesifik (unspecificPCRproducts).Halinidisebabkanolehspesifisitaspenempelanprimerberkisarantara66%-86%terh

page 116 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

adaprunutannukleotidagenommitokondriapadabeberapaspesiespembanding. Multibandampliconinimungkindisebabkanolehspesifisitasprimeryangrendahterhadap

page 117 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

runutanmtDNAgenus Notopterus.Walaupunbegitu,ukuranamplikonyangsesuaidengandesainprimerkemudiandipotongsetelahdipisahkanmenggunakanmetode gelextractio

page 118 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

n-spincoloumn.

Dari12sampel,adatujuhsampel(KCO001,KCO005,TU02,TU06,TU07,PP03,danKALTIM02)yangmenunjukkanadanyaamplikontargetukuran,

page 119 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

yaitudenganukuransekitar1200bp.Limasampelsisanya(PB34,PB02,KCO02,TP04,danKALBAR03)tidakmenghasilkanamplikonyangsesuaidengantargetukuranatauinte

page 120 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nsitasamplikonyangmunculdiatasgelpoliakrilamidterlalutipis.

PerunutanProdukPCR

Perunutannukleotidapadaenamsam

page 121 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

pelyangberasaldaridualokasi,yaituKCO001danKCO005dariSungaiIndragiri,Riau;TU02,TU06,TU07,danKALTIM02dariSungaiMahakam,Kalimantanmenunjukkanhom

page 122 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ologiyangtinggidenganspesiespembanding.Sedangkansatusampel(PP03)tidakmenghasilkankromatogramrunutanDNAyangbaik.Setelahdiedit,panjangrunutanDNAyangsaling

page 123 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

homologuntuksetiapsampeladalah650ntdandiperolehrata-ratakomposisinukleotidadarienamsampeltersebutialahA =30.7%; T=25.9%; G=12.8%; C=30.5%.Dari650

page 124 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nt,sebanyak497ntsamapadasemuasampel.Sedangkandari153ntyangberbeda,terdiridari102ntmengalamisubstitusihanyapadasatusampel,dan51ntberbedamini

page 125 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

malpadaduasampel.

AnalisisFilogeni

JarakgenetikantarpopulasilokalspesiesyangdiperolehdariSungaiMahakamdanIndragiriyang

page 126 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dibandingkandenganspesieslainnyayangdiperolehdarigenebankbiasanyaditentukanuntukpopulasihewantertentupadadaerahgeografiyangterpisah.Duahalyangdiperlukandala

page 127 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mmenentukanjarakgenetikadalahkesamaangenetikdannilaijarakgenetik.Jarakgenetikantarsampeldibandingkandengansampelspesiesyangtelahadadigenebank

page 128 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

besertastandarerroryangdiperolehberdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x(Tabel)menghasilkannilairata-ratasebesar0.089dengankesamaangenetiktertinggisebe

page 129 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

sar0.168pada Notopterusnotopterus(India)denganKCO001,sertajarakgenetikterendahsebesar0.000padaTU02denganKALTIM02.

Tabel. Jarak

page 130 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

genetikantarsampel(dibawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal) berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.

No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 81 KALTIM02 0.01

40.009

0.000

0.002

0.004

0.014

0.015

2 KCO001 0.105

0.014

0.015

0.018

3 KCO005 0.045

0.112

0.009

0.014

0.016

4 TU02 0.000

0.105

0.045

0.002

0.004

0.014

0.015

page 131 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 132 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

5

page 133 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU06

page 134 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 135 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.107

page 136 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.047

page 137 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 138 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 139 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.004

page 140 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.014

page 141 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 142 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

6

page 143 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU07

page 144 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 145 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 146 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.053

page 147 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 148 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.011

page 149 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 150 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 151 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.016

page 152 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

7

page 153 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

C. lopis

page 154 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 155 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 156 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.113

page 157 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 158 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.111

page 159 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.114

page 160 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 161 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.017

page 162 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

8

page 163 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Notopterus(India)

page 164 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 165 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.168

page 166 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.143

page 167 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 168 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.141

page 169 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.151

page 170 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.161

page 171 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x,mengelompokkanstrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknya

page 172 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

membagipopulasiikanbelidayangberasaldariSungaiMahakamdanIndragirisertaspesieslainyangberasaldarigenebankmenjadiduakelompok(Gambar 2).Kelompok Iterdiri

page 173 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

darisemuasampel(KALTIM02,TU02,TU06,TU07,KCO001,danKCO005),sertasatuspesiesdarigenebank,yaitu C.lopis.Kelompok IIadalah Notopterusnotopterus(India).

page 174 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatankeenamsampelberasaldarisatunenekmoyang/indukkandengan C.lopis,dengannilaikeragaman1%.Hal

page 175 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

inidisebabkanolehpolapenyebaranikanbelidasangatberkaitaneratdenganarus.Sebagaipredatorairtawar,ikanbelidahidup dihabitatsungaidandaerahyangseringtergena

page 176 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ngbanjir.Hidupnyadidataranrendahdenganketinggiantidaklebihdari30mdpl(Widyastuti1993).DitegaskanpulaolehSjafei etal.(1989)bahwaikaninimerupakancontoh

page 177 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ikanyangberdistribusididataranrendah.Faktor-faktoryangmempengaruhidistribusiikanairtawaradalahfaktorfisikyangmeliputisuhu,derajatfluktuasiair,gradien,urutanaliran,dan

page 178 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

turbiditas;faktorkimiayangmeliputioksigenterlarut,pH,senyawanitrogen,klorinitas,salinitas,danBOD;sertafaktorbiologiyangmeliputihubunganpredatordanmangsa,kompetis

page 179 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

i,dansimbiosis.

Gambar 1. Hasilrekonstruksipohonfilogenipengelompokkanenamsam

page 180 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

peldanduaspesies darigenebank.

SIMPULANDANSARAN

KeragamangenetikdanhubunganfilogeniberdasarkangencytbmtDNApada

page 181 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

enamsampelyangberasaldariSungaiMahakam,KalimantandanIndragiri,Riauyangdibandingkandenganduasampeldarigenebank,beradadalamkelompokyangsamadengan

page 182 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

cytbmtDNAdari Chitalalopis.

DibutuhkanpenelitianlebihlanjutdenganmenggunakanruasgenpadamtDNAselaingencytbdanpengambilansampeldariberb

page 183 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

agaipopulasiyangberbedadariSungaiMahakamdanIndragiriuntukmembuktikankekerabatanantarasampeldengan C.lopis

DAFTARPUST

page 184 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

AKA

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: Abiologist-centricsoftwareforevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics9:29

page 185 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

9-306.

Lavoue´S,SullivanaJP.2004.Simultaneousanalysisoffivemolecularmarkersprovidesawell-supportedphylogenetichypothesis forthelivingbony-tonguefishe

page 186 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

s(Osteoglossomorpha:Teleostei).MolecularPhylogeneticsandEvolution 33(2004)171–185.

PermatsariHP.2009.Faunaidentitasikanbelida. http://indopedia.gunadar

page 187 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html [9September2010].

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersofthe

page 188 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

endangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch90(2008)170–177.

Sjafei S,RahardjoMF,AffandiR,Brodjo M.

page 189 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

1989.SistematikaIkan.DepartemenPendidikandanKebudayaan,DirektoratJendralPendidikanTinggi,PusatAntarUniversitasIlmuHayat,InstitutPertanianBogor.

page 190 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SolihinDD.1994.PeranDNAmitokondria(mtDNA)dalamstudikeragamangenetikdanbiologipopulasipadahewan. JHayati1:1-4.

Tegelstrom H.1986.Mitochondrial

page 191 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

DNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthe

screening ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

WibowoA,

page 192 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SunarnoMTD,MakmurS,Subagja,MuflikhahN.2006.IkanBelida (Chitalalopis)PotensinyaSebagaiIkanHiasUnggulandanBerbagaiHambatanPengembangannya.Palembang:Balai

page 193 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

RisetPerikananPerairanUmum.

WidyastutiYE.1993.Flora-FaunaMaskotNasionaldanPropinsi.PenebarSwadaya:Jakarta.

EviAlfiahTaukhid,AchmadFara

page 194 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

jallahdanArifWibowo.2011. KarakterisasiGenomMitokondriaGenCytbpadaIkanBelidaAnggotaFamiliNotopteridae.Diseminarkantanggal2011.Departemen

page 195 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

BiologiFMIPAIPB

PENDAHULUAN

LatarBelakang

Ikanbelidamerupakanikantawaranggotagenus Chitala, Famili

page 196 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Notopteridae.Ikanbelidaatauyangdikenalsebagaiikanpipihmempunyaibentukpipihdenganmulutlebardankepalakecil.Penyebaranalamiikaniniadalah diSumatera,Jawa,dan

page 197 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

KalimantansampaikesemenanjungMalaysiadanThailand(Permatsari2009).DiSumateraSelatan,ikanbelidadigunakansebagaimaskotyangseringdijadikanbahanpembuatan

page 198 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

makanankhas. Halinikarenadagingikanbelidaberseratlembut,renyah,dantidakamis.Selainsebagaibahanmakanan,ikanbelidaseringkalidijadikansebagaiikanhiaskare

page 199 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

namempunyaibentukkepaladanvariasiwarnayangmenarik,danjugamudahdipelihara(Wibowo et al.2006).

Padasaatini,didugapopulasiikanbelida dialamkondisinya

page 200 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

menurunakibatkerusakanhabitatdanpemanenanberlebih.ConservationAssessmentandManagementPlan(CAMP)mengkategorikan Chitalasp.sebagaispesieslangka(Sarkar etal.

page 201 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

2008).Sebagaisalahsatupenggerakekonomimasyarakatyangberbasissumberdayaalam,makaberbagaiupayauntukmempelajaripopulasinyaharusdilakukan.Salahsatuupay

page 202 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ayangbisadilakukanadalahdenganmelakukankarakterisasigenommitokondriasebagaidasaraplikasilanjutanyangterkaitdenganpopulasibelida.

Genommitokondriavert

page 203 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ebrataberbentuksirkularyangterdiridari13genpenyandiprotein,2genpenyandirRNA,22genpenyanditRNA,dansaturuastidakmenyandikanyangdikenalsebagai d-loopatauruas

page 204 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

pengontrol (controlregion).Selainitu,genommitokondriabersifatnon-rekombinasiataudiwariskansecarauniparental.Beberapagengenommitokondriaseringkalidigunakanuntuk

page 205 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mempelajariberbagaifenomenapopulasi,baikintraspesiesmaupuninterspesies(Solihin1994).

Tujuan

Tujuanpenelitian iniadalahmenganalisis

page 206 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

runutannukleotidagencytbdalamgenommitokondriaikanbelidasebagaidasarmempelajaripopulasidanposisifilogenetiknya.

BAHANDAN

page 207 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

METODE

Bahan

Sampelyangdigunakanpadapenelitian iniadalah12sampeldarahdan/atausiripikanbelidayangdiambildariSungaiMahakamKali

page 208 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mantandanIndragiriRiau.SampeltersebutmerupakankoleksiBapakArifWibowoSP.M.SidariBalaiRisetPerikananPerairanUmum,Palembang.

Ekstra

page 209 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ksidanIsolasiDNA

IsolasiDNAdilakukandaridarahdan/atausiripdilakukanmenggunakan GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid) yangdimodifikasi.Modifikasi

page 210 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dilakukanuntukmelisissel-seldarahdanjaringanyangsudahdiawetkandalamalkohol.Sel-seldarahyangdisimpandalamalkohol70%dicucidenganairdestilataduakalikem

page 211 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

udiandisuspensikandalambuferSTE(NaCl 1M,Tris-HCL10mM,EDTA0.1mM,pH8.0)hinggavolume350µl.Sedangkanpotongansiripdihancurkanmenggunakanguntingdala

page 212 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mbuferSTE.Sel-seldarahdansiripdilisisdenganSDS1%danproteinase K0.125mg/mlpadasuhu55oCselama1jamsambildikocokpelan.MetodeekstraksiDNAselanjutnya

page 213 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mengikutipetunjuk GenomicDNAminikitforfreshblood(Geneaid).

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA

Amplifikasi

page 214 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

gencytbgenommitokondriamenggunakanpasanganprimerW8danW7berdasarkanLavoue´SdanSullivana (2004).Pasanganprimerinimengapitruasgencytbmul

page 215 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

aidaribasake-14359hingga15594denganpanjang1236 ntdibandingkankegenommitokondria Chitalalopis(GeneBankAccessionnumberAP008922).KomposisireaksiPCR

page 216 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dilakukandenganvolumeakhir 50µlterdiriatassampelDNA5 µl,DWsteril 16µl,primermasing-masing 2µldan Taqreadymix 25µl.ReaksiPCRdilakukanmenggunakanmesin ther

page 217 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mocyclerBIOERdengankondisitahappradenaturasi95°Cselama10menit,tahapberikutnyaterdiridari35siklusdaridenaturasi94°Cselamasatumenit,penempelanprimer42°C

page 218 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

selamasatumenitdanpemanjangan72°Cselama1.5menit.Dantahapterakhiradalahpemanjanganakhir72°Cselama7menit.

ProdukPCRdiujimenggunakan

page 219 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

elektroforesisgelpoliakrilamid6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Tegelstorm1986).

PerunutanProdukPCR

Produk PCRdiatasgel

page 220 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

poliakrilamidyangberukuransesuaidengandesainprimerdipilihuntukdimurnikandenganmetode agarose-gel-cuttingyangdiikutidengan spin-coloumnDNAextaractionfromgel.Prod

page 221 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ukPCRyangsudahdimurnikandijadikancetakandalam PCRforsequencingmenggunakanpasanganprimeryangsamadenganampilfikasiawal.

Ana

page 222 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

lisisDNA

HasilperunutannukleotidayangdiperolehkemudiandieditsecaramanualberdasarkankromatogrammesinperunutDNA.Runutannukleotida

page 223 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

yangtelahdieditkemudiansalingdisejajarkanmenggunakanprogramClustalWyangtertanamdalamMEGA4.0 (Kumar etal. 2008)denganmelibatkanbeberaparunutan

page 224 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

gencytbanggotafamiliNotopteridae,yaitu Chitalalopis(AP008922)dan Notopterusnotopterus(AP008924).Hasilpensejajarankemudiandieditulangsecaramanualberdasarkan

page 225 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

tripletkodon.

DeskripsiperbandinganrunutannukelotidadananalisisfilogenidilakukanmenggunakanMEGA4.0(Kumar et al.2008)berdasarkanmodelsubtitusi

page 226 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Kimura-2-parameter. Analisiskekerabatanantarsampelmenggunakanmetode neighbourjoining (NJ)dengan bootstrap1000x.

HAS

page 227 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ILDANPEMBAHASAN

AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA

Amplifikasigencytbdenganmenggunakanpasanga

page 228 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nprimerW8-W7selalumenghasilkanamplikonyangtidakspesifik (unspecificPCRproducts).Halinidisebabkanolehspesifisitaspenempelanprimerberkisarantara66%-86%terh

page 229 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

adaprunutannukleotidagenommitokondriapadabeberapaspesiespembanding. Multibandampliconinimungkindisebabkanolehspesifisitasprimeryangrendahterhadap

page 230 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

runutanmtDNAgenus Notopterus.Walaupunbegitu,ukuranamplikonyangsesuaidengandesainprimerkemudiandipotongsetelahdipisahkanmenggunakanmetode gelextractio

page 231 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

n-spincoloumn.

Dari12sampel,adatujuhsampel(KCO001,KCO005,TU02,TU06,TU07,PP03,danKALTIM02)yangmenunjukkanadanyaamplikontargetukuran,

page 232 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

yaitudenganukuransekitar1200bp.Limasampelsisanya(PB34,PB02,KCO02,TP04,danKALBAR03)tidakmenghasilkanamplikonyangsesuaidengantargetukuranatauinte

page 233 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nsitasamplikonyangmunculdiatasgelpoliakrilamidterlalutipis.

PerunutanProdukPCR

Perunutannukleotidapadaenamsam

page 234 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

pelyangberasaldaridualokasi,yaituKCO001danKCO005dariSungaiIndragiri,Riau;TU02,TU06,TU07,danKALTIM02dariSungaiMahakam,Kalimantanmenunjukkanhom

page 235 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ologiyangtinggidenganspesiespembanding.Sedangkansatusampel(PP03)tidakmenghasilkankromatogramrunutanDNAyangbaik.Setelahdiedit,panjangrunutanDNAyangsaling

page 236 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

homologuntuksetiapsampeladalah650ntdandiperolehrata-ratakomposisinukleotidadarienamsampeltersebutialahA =30.7%; T=25.9%; G=12.8%; C=30.5%.Dari650

page 237 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

nt,sebanyak497ntsamapadasemuasampel.Sedangkandari153ntyangberbeda,terdiridari102ntmengalamisubstitusihanyapadasatusampel,dan51ntberbedamini

page 238 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

malpadaduasampel.

AnalisisFilogeni

JarakgenetikantarpopulasilokalspesiesyangdiperolehdariSungaiMahakamdanIndragiriyang

page 239 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

dibandingkandenganspesieslainnyayangdiperolehdarigenebankbiasanyaditentukanuntukpopulasihewantertentupadadaerahgeografiyangterpisah.Duahalyangdiperlukandala

page 240 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

mmenentukanjarakgenetikadalahkesamaangenetikdannilaijarakgenetik.Jarakgenetikantarsampeldibandingkandengansampelspesiesyangtelahadadigenebank

page 241 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

besertastandarerroryangdiperolehberdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x(Tabel)menghasilkannilairata-ratasebesar0.089dengankesamaangenetiktertinggisebe

page 242 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

sar0.168pada Notopterusnotopterus(India)denganKCO001,sertajarakgenetikterendahsebesar0.000padaTU02denganKALTIM02.

Tabel. Jarak

page 243 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

genetikantarsampel(dibawahdiagonal)danstandarerror(diatasdiagonal) berdasarkanmodelsubtitusiK2Pdenganbootstrap1000x.

No Sampel 1 2 3 4 5 6 7 81 KALTIM02 0.01

40.009

0.000

0.002

0.004

0.014

0.015

2 KCO001 0.105

0.014

0.015

0.018

3 KCO005 0.045

0.112

0.009

0.014

0.016

4 TU02 0.000

0.105

0.045

0.002

0.004

0.014

0.015

page 244 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 245 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

5

page 246 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU06

page 247 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 248 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.107

page 249 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.047

page 250 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.002

page 251 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 252 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.004

page 253 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.014

page 254 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 255 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

6

page 256 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TU07

page 257 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 258 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 259 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.053

page 260 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.009

page 261 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.011

page 262 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 263 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.015

page 264 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.016

page 265 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

7

page 266 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

C. lopis

page 267 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 268 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.116

page 269 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.113

page 270 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.109

page 271 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.111

page 272 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.114

page 273 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

page 274 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.017

page 275 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

8

page 276 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Notopterus(India)

page 277 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 278 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.168

page 279 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.143

page 280 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.139

page 281 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.141

page 282 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.151

page 283 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

0.161

page 284 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

TopologipohonfilogenimenggunakanmetodeNJdenganbootstrap1000x,mengelompokkanstrukturpopulasiyangdigambarkanolehmtDNAinisetidaknya

page 285 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

membagipopulasiikanbelidayangberasaldariSungaiMahakamdanIndragirisertaspesieslainyangberasaldarigenebankmenjadiduakelompok(Gambar 2).Kelompok Iterdiri

page 286 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

darisemuasampel(KALTIM02,TU02,TU06,TU07,KCO001,danKCO005),sertasatuspesiesdarigenebank,yaitu C.lopis.Kelompok IIadalah Notopterusnotopterus(India).

page 287 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

Titiknenekmoyang(anchestralnode) menunjukkanbahwakekerabatankeenamsampelberasaldarisatunenekmoyang/indukkandengan C.lopis,dengannilaikeragaman1%.Hal

page 288 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

inidisebabkanolehpolapenyebaranikanbelidasangatberkaitaneratdenganarus.Sebagaipredatorairtawar,ikanbelidahidup dihabitatsungaidandaerahyangseringtergena

page 289 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ngbanjir.Hidupnyadidataranrendahdenganketinggiantidaklebihdari30mdpl(Widyastuti1993).DitegaskanpulaolehSjafei etal.(1989)bahwaikaninimerupakancontoh

page 290 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ikanyangberdistribusididataranrendah.Faktor-faktoryangmempengaruhidistribusiikanairtawaradalahfaktorfisikyangmeliputisuhu,derajatfluktuasiair,gradien,urutanaliran,dan

page 291 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

turbiditas;faktorkimiayangmeliputioksigenterlarut,pH,senyawanitrogen,klorinitas,salinitas,danBOD;sertafaktorbiologiyangmeliputihubunganpredatordanmangsa,kompetis

page 292 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

i,dansimbiosis.

Gambar 1. Hasilrekonstruksipohonfilogenipengelompokkanenamsam

page 293 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

peldanduaspesies darigenebank.

SIMPULANDANSARAN

KeragamangenetikdanhubunganfilogeniberdasarkangencytbmtDNApada

page 294 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

enamsampelyangberasaldariSungaiMahakam,KalimantandanIndragiri,Riauyangdibandingkandenganduasampeldarigenebank,beradadalamkelompokyangsamadengan

page 295 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

cytbmtDNAdari Chitalalopis.

DibutuhkanpenelitianlebihlanjutdenganmenggunakanruasgenpadamtDNAselaingencytbdanpengambilansampeldariberb

page 296 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

agaipopulasiyangberbedadariSungaiMahakamdanIndragiriuntukmembuktikankekerabatanantarasampeldengan C.lopis

DAFTARPUST

page 297 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

AKA

Kumar S,Dudley J,NeiM,TamuraK.2008.MEGA: Abiologist-centricsoftwareforevolutionaryanalysisofDNAandproteinsequences.BriefingsinBioinformatics9:29

page 298 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

9-306.

Lavoue´S,SullivanaJP.2004.Simultaneousanalysisoffivemolecularmarkersprovidesawell-supportedphylogenetichypothesis forthelivingbony-tonguefishe

page 299 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

s(Osteoglossomorpha:Teleostei).MolecularPhylogeneticsandEvolution 33(2004)171–185.

PermatsariHP.2009.Faunaidentitasikanbelida. http://indopedia.gunadar

page 300 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

ma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html [9September2010].

SarkarUK,NegiRS,DeepakPK,LakraWS,PaulSK.2008.Biologicalparametersofthe

page 301 / 308

http://indopedia.gunadarma.ac.id/content/88/5942/id/ikan-belida-notopterus-chitala-hb.html%20%5b9

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

endangeredfish Chitalachitala (Osteoglossiformes:Notopteridae)fromsomeIndianrivers. FisheriesResearch90(2008)170–177.

Sjafei S,RahardjoMF,AffandiR,Brodjo M.

page 302 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

1989.SistematikaIkan.DepartemenPendidikandanKebudayaan,DirektoratJendralPendidikanTinggi,PusatAntarUniversitasIlmuHayat,InstitutPertanianBogor.

page 303 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SolihinDD.1994.PeranDNAmitokondria(mtDNA)dalamstudikeragamangenetikdanbiologipopulasipadahewan. JHayati1:1-4.

Tegelstrom H.1986.Mitochondrial

page 304 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

DNAinnaturalpopulations:animproveroutineforthe

screening ofgeneticvariationbased onsensitivesilverstaining. Elecytrophoresis 7:226-229.

WibowoA,

page 305 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

SunarnoMTD,MakmurS,Subagja,MuflikhahN.2006.IkanBelida (Chitalalopis)PotensinyaSebagaiIkanHiasUnggulandanBerbagaiHambatanPengembangannya.Palembang:Balai

page 306 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

RisetPerikananPerairanUmum.

WidyastutiYE.1993.Flora-FaunaMaskotNasionaldanPropinsi.PenebarSwadaya:Jakarta.

page 307 / 308

Achmad Farajallah | Seminar Evi Alfiah Taukhid G34062381Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/12/02/seminar-evi-alfiah-taukhid-g34062381/

seminar evi alfiah taukhid g34062381anitanet.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf... · lebar...

Documents

proposal bu evi

pik evi selvia j1 c111042

ekg dasar evi

blok 28 evi

evi rosmanasari skripsi

evi agresi

evi pemicu 2 etika.ppt

isi cbd cardio evi

tugas artikel - evi

saksi evİ katalog

pkp evi rahmawati

power point evi

ppt bangun datar evi

2 edit2 - evi

cbd cardio evi

laporan jaga agus, evi

referat dan preskas kulit evi syahrinawati

karsinoma tiroid dt evi

senam hamil siti evi

ephiixx boutique evi