kolokium departemen biologi fmipa ipb: yovita...

Post on 27-Jun-2019

224 Views

Category:

Documents

0 Downloads

Preview:

Click to see full reader

TRANSCRIPT

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: YovitaSari

Yovita Sari G34090028. Kolokium: Deteksi Polimorfisme Gen k-kasein dan Genß-laktoglobulin pada Sapi Madura. Achmad Farajallah dan Dyah Perwitasari 

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Sapi madura merupakan salah satu bangsa sapi lokal Indonesia yang telahterseleksi secara alamiah dan dipertahankan keasliannya di Pulau Madura. Sapimadura merupakan persilangan Bos javanicus (Banteng) dengan B. indicus (SapiIndia) yang terjadi. Sapi madura dicirikan dengan tubuh berukuran sedang,pertulangan bagus, berotot bagi sapi jantan, tanduk kecil ke atas atau ke samping,kaki dan teracak kuat, gumba berkembang baik pada jantan, terdapat lingkaranputih di sekitar moncong (Adrial 2010).

Susu merupakan nutrisi yang penting bagi pertumbuhan anak sapi (pedet). Salahsatu upaya untuk meningkatkan produksi susu sapi untuk keberlangsungan hidupanak sapi adalah dengan teknik budidaya dan seleksi bibit. Salah satu metodeseleksi yang berkembang saat ini adalah metode MAS (Marker Assisted Selection)yaitu seleksi yang dilakukan berdasarkan penciri DNA yang mengontrol sifat-sifatyang akan diseleksi. Aktifitas seleksi akan sangat efektif jika sifat yang akandiseleksi berada dalam kondisi yang beragam (polimorfis). Keragaman DNA (gen) inidapat disebabkan oleh mutasi, rekombinasi maupun pindah silang. Keragaman genmenentukan keragaman pada sifat-sifat yang disandikannya yang akan diseleksi.Salah satu sifat unggul yang akan diseleksi adalah sifat produksi susu.

Sifat produksi susu termasuk sifat kuantitatif yang dikendalikan oleh banyak gen,bersifat aditif serta dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Gen k-kasein danß-laktoglobulin merupakan dua gen utama (major gene) yang dilaporkan bisa

page 1 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

mempengaruhi sifat produksi susu. Gen k-kasein merupakan gen yang bertanggungjawab dalam menentukan ukuran, fungsi spesifik, dan stabilisasi dari misel kasein(Angiolillo et al. 2003). Pada sapi, lokus k-kasein merupakan gen utama yangmempengaruhi kualitas susu, terutama kadar protein susu (Ng-Kwai-Hang et al.1984; Sumantri et al. 2005; Bovenhuis et al. 1992). Gen ß-laktoglobulin merupakangen yang mempengaruhi kandungan protein susu dan kandungan lemak (Lunden etal. 1996). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme gen k-kasein danß-laktoglobulin pada sapi madura dengan metode PCR-RFLP (Polymerase ChainReaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) dan PCR-SSCP (PolymeraseChain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism).  Konsep dasar dariPCR-RFLP adalah mendeteksi runutan nukleotida yang menjadi situs pengenalanenzim restriksi. Jika dalam suatu ruas DNA ada situs restriksi maka ruas DNAtersebut akan dipotong, dan sebaliknya. Ruas DNA yang terpotong dan yang tidakterpotong bisa dideteksi dengan elektroforesis native menggunakan gelpoliakrilamida. Sedangkan konsep dasar dari PCR-SSCP adalah perbedaan runutannukleotida -minimal satu nukleotida- akan menyebabkan utas tunggal DNAbermigrasi dengan kecepatan yang berbeda di atas gel poliakrilamida yangmengandung denaturan, juga disebut dengan elektroforesis non-native.

 

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari 2013 – Juni 2013 di bagian FungsiHayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, FMIPA IPB.

 

Metode

page 2 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Sampel Darah Sapi Madura. Darah dari sapi Madura dari beberapa lokasi diPulau Madura yang disimpan dalam alkohol merupakan sampel koleksi Dr. R. RDyah Perwitasari.

Ekstraksi dan Isolasi DNA. Ekstraksi dan isolasi DNA akan dilakukan dari sel-seldarah sapi madura dalam alkohol menggunakan Genomic DNA Kit for Fresh Blood (Geneaid) dengan sedikit modifikasi. Modifikasi yang akan dilakukan berkenaandengan penghilangan alkohol dari sampel darah agar tidak menggangu prosesekstraksi selanjutnya.

Amplifikasi dan Genotiping gen k-kasein ekson 4. Ruas gen k-kasein ekson 4akan diamplifikasi secara in vitro (PCR amplification) menggunakan primer yangdiadopsi dari Ceriotti et al. (2004), yaitu forward primer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAAT dan reverse primer: 5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT. Ukuran amplikon ruas gen k-kasein adalah 406 pb.  Polimorfisme dariamplikon akan dideteksi dengan metode SSCP berdasarkan Ceriotti et al. (2004).Amplikon akan dibuat menjadi utas tunggal (denaturasi) dengan perlakuan panasdan bufer formamida.  Konformasi utas tunggal yang terbentuk kemudian akandibedakan dengan elektroforesis non native. Dalam hal ini, poliakrilamid akan diberibahan pendenaturasi DNA sehingga konformasi utas tunggal tidak menjadi utasganda kembali. Teknik PCR-SSCP setelah amplifikasi DNA dilanjutkan dengandenaturasi pada suhu 94 °C, penambahan formamida dye dan tahap elektroforesisgel poliakrilamida non denaturasi lalu pewarnaan perak. Polimorfisme konformasiyang ditemukan kemudian akan dinotasikan ke tipe gen.

Amplifikasi dan Genotiping Gen ß-laktoglobulin ekson 7. Amplifikasi ruas genß-laktoglobulin ekson 7 akan menggunakan primer yang diadopsi dari Kumar et al.(2006), yaitu primer forward primer: 5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGG dan reverseprimer 5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGT dengan ukuran amplikon 426 pb. Amplikonkemudian akan dipotong dengan enzim restriksi SacII dengan situs pengenalanCCGC$GG. Reaksi pemotongan akan mengikuti petunjuk produsen enzim, yaitu 2 μlproduk PCR dicampur dengan 1-2 unit enzim restriksi dalam 1 x bufer dandiinkubasi pada suhu 37°C selama semalam. Visualisasi fragmen DNA akandilakukan dengan teknik elektroforesis native menggunakan gel polyacrilamide(PAGE) 6% yang diikuti dengan pewarnaan perak (silver staining). Jika dalam ruasgen yang diamplifikasi mengandung runutan situs pengenalan maka amplikon akanterpotong menjadi 349 bp dan 77 bp yang dinotasikan sebagai alel B dengangenotip BB, sebaliknya jika tidak terpotong maka dinotasikan sebagai alel A dengangenotip AA. Genotipe AB dinotasikan dari pola pita 426 bp, 349 bp dan 77 bp.

page 3 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 

RENCANA PENELITIAN

 

KEGIATAN Bulan ke -

1 2 3 4 5 6 7

Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA

Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian

 

DAFTARPUSTAKA

 Adrial.2010. SapiLokal

page 4 / 198page 4 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

KalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantanTengah.

Angiolill

page 5 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

o A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.

BovenhuisH,Johan

page 6 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

AM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.DairySci75pp.

CeriottiG,ChessaS,Bolla P,

page 7 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconf

page 8 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ormationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.

KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilk

page 9 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yield. J.Appl.Genet47(1)pp.

LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcaseintototalprotein

page 10 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

inmilk. J.DiarySci80pp.

Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteins

page 11 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

withmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.

Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.

page 12 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertania

page 13 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nBogor.

YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobulinpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan DyahPerwitasari 

page 14 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

PENDAHULUAN

LatarBelakang

SapimaduramerupakansalahsatubangsasapilokalIndonesiayangtelahterseleksisecaraalamiah

page 15 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus (Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)yangterjadi.Sapimaduradicir

page 16 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatasatau kesamping,kakidanteracakkuat,gumbaberkembangbaikpadajant

page 17 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

an,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).

Susumerupakannutrisiyangpentingbagipertumbuhananaksapi(pedet).Salahsatu

page 18 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

upayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapiadalahdenganteknikbudidayadanseleksibibit.Salahsatumetodesele

page 19 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyangdilakukanberdasarkanpenciriDNAyangmengontrolsifat-sifatyan

page 20 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiberadadalamkondisiyangberagam(polimorfis).KeragamanDNA(gen)ini

page 21 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankeragamanpadasifat-sifatyangdisandikannyayangakandiseleksi.

page 22 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.

Sifatproduksisusutermasuksifatkuantitatifyangdikendalikanolehbanyak

page 23 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupakanduagenutama(majorgene)yangdilaporkanbisamempengaruhi

page 24 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

sifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentukanukuran,fungsispesifik,danstabilisasidarimiselkasein(Angiolillo

page 25 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitassusu,terutamakadarproteinsusu(Ng-Kwai-Hang et al.1984;Sum

page 26 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

antri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempengaruhikandunganproteinsusudankandunganlemak(Lunden et al.1996).

page 27 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpadasapimaduradenganmetodePCR-RFLP (PolymeraseChainReaction-Restrictio

page 28 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandConformationPolymorphism). KonsepdasardariPCR-RFLPadalahmendeteksi

page 29 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

runutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.JikadalamsuaturuasDNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebutakandipotong,danseb

page 30 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

aliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektroforesis nativemenggunakangelpoliakrilamida.Sedangkankonsepdasar

page 31 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyebabkanutastunggalDNAbermigrasidengankecepatanyangberbeda diatas

page 32 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.

 

BAHANDANMETODE

Waktu

page 33 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

danTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewanDepartemenBiologi,FMIPAIPB.

page 34 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 

Metode

SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradaribeberapalokasi diPulauMadurayangdisimpandalamalkoholmerupa

page 35 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

kansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.

EkstraksidanIsolasiDNA. EkstraksidanisolasiDNAakandilakukandarisel-seldarahsapimaduradalamalko

page 36 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

holmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Modifikasiyangakandilakukanberkenaandenganpenghilanganalkohol

page 37 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

darisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.

Amplifikasi danGenotiping genk-kaseinekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4aka

page 38 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ndiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsidariCeriotti et al.(2004),yaitu forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACT

page 39 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

CAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kaseinadalah406pb. Polimorfismedariamplikonakandideteksidenganmet

page 40 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

odeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(denaturasi)denganperlakuanpanasdanbuferformamida. Konformas

page 41 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

iutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative. Dalamhalini,poliakrilamidakandiberibahanpendenaturasiDNAsehi

page 42 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifikasiDNAdilanjutkandengandenaturasipadasuhu 94°C,penambahan for

page 43 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

mamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.Polimorfismekonformasiyangditemukankemudianakandinotasikan

page 44 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ketipegen.

Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasiruasgenß-laktoglobulinekson 7akanmenggunakanprimeryangdiadopsi

page 45 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reverseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGTdenganukuranamplikon426pb.

page 46 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalanCCGC$

GG.Reaksipemotonganakanmengikutipetunjukprodusen

page 47 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

enzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiinkubasipadasuhu37°Cselamasemalam.VisualisasifragmenDNAaka

page 48 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ndilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%yangdiikutidenganpewarnaanperak (silverstaining).Jikadalamruas

page 49 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

genyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakanterpotongmenjadi349bpdan77bpyangdinotasikansebagaialelBden

page 50 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotipAA.GenotipeABdinotasikandaripolapita426bp,349bpdan77bp.

page 51 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 

RENCANAPENELITIAN

 

KEGIATAN Bulan ke -

1 2 3 4 5 6 7

Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA

Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian

 

DAFTARPUSTAKA

page 52 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantan

page 53 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Tengah.

Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.

page 54 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.DairySci75pp.

Ceriotti

page 55 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

G,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreac

page 56 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

tion-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.

KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoats

page 57 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

anditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.

LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcas

page 58 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

eintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.

Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcasein

page 59 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

andmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.

Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,

page 60 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].

page 61 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Bogor:InstitutPertanianBogor.

YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobulinpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan 

page 62 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

DyahPerwitasari 

PENDAHULUAN

LatarBelakang

SapimaduramerupakansalahsatubangsasapilokalIndonesiayangtelah

page 63 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

terseleksisecaraalamiahdandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus (Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)

page 64 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yangterjadi.Sapimaduradicirikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatasatau kesamping,kakidanteracakkuat,gum

page 65 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

baberkembangbaikpadajantan,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).

Susumerupakannutrisiyangpentingbagipertumbuhanana

page 66 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ksapi(pedet).Salahsatuupayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapiadalahdenganteknikbudidayadanseleksi

page 67 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

bibit.SalahsatumetodeseleksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyangdilakukanberdasarkanpenciriDNAyan

page 68 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gmengontrolsifat-sifatyangakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiberadadalamkondisiyangberagam(polimor

page 69 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

fis).KeragamanDNA(gen)inidapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankeragamanpadasifat-sifatyangdisandikann

page 70 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yayangakandiseleksi.Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.

Sifatproduksisusutermasuksifatkuantitatif

page 71 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yangdikendalikanolehbanyakgen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupakanduagenutama(majorgene)yang

page 72 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dilaporkanbisamempengaruhisifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentukanukuran,fungsispesifik,danstabilisasi

page 73 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

darimiselkasein(Angiolillo et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitassusu,terutamakadarproteinsusu(Ng-

page 74 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Kwai-Hang et al.1984;Sumantri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempengaruhikandunganproteinsusudankandungan

page 75 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

lemak(Lunden et al.1996).Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpadasapimaduradenganmetodePCR-RFLP (Polymer

page 76 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

aseChainReaction-RestrictionFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandConformationPolymorphism). Konsepdasardari

page 77 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

PCR-RFLPadalahmendeteksirunutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.JikadalamsuaturuasDNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebu

page 78 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

takandipotong,dansebaliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektroforesis nativemenggunakangelpoliakrilami

page 79 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

da.SedangkankonsepdasardariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyebabkanutastunggalDNAbermigrasidengankec

page 80 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

epatanyangberbeda diatasgelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.

 

BAHANDAN

page 81 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

METODE

WaktudanTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan

page 82 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

DepartemenBiologi,FMIPAIPB.

 

Metode

SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradaribeberapalokasi diPulauMadura

page 83 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yangdisimpandalamalkoholmerupakansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.

EkstraksidanIsolasiDNA. EkstraksidanisolasiDNAakandilakukan

page 84 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

darisel-seldarahsapimaduradalamalkoholmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Modifikasiyangakandilakukan

page 85 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

berkenaandenganpenghilanganalkoholdarisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.

Amplifikasi danGenotiping genk-kasein

page 86 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4akandiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsidariCeriotti et al.(2004),yaitu

page 87 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kaseinadalah406pb. Polimorfismedari

page 88 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

amplikonakandideteksidenganmetodeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(denaturasi)denganperlakuanpan

page 89 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

asdanbuferformamida. Konformasiutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative. Dalamhalini,poliakrilamidaka

page 90 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ndiberibahanpendenaturasiDNAsehinggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifikasiDNAdilanjutkandengandenatur

page 91 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

asipadasuhu 94°C,penambahan formamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.Polimorfismekonformasiyang

page 92 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ditemukankemudianakandinotasikanketipegen.

Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasiruasgenß-laktoglobulinekson 7aka

page 93 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nmenggunakanprimeryangdiadopsidariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reverseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGG

page 94 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

GTGTdenganukuranamplikon426pb.AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalanCCGC$

GG.Reaksipemotongan

page 95 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

akanmengikutipetunjukprodusenenzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiinkubasipadasuhu37°Csela

page 96 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

masemalam.VisualisasifragmenDNAakandilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%yangdiikutidenganpewarnaan

page 97 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

perak (silverstaining).Jikadalamruasgenyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakanterpotongmenjadi349bpdan77

page 98 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

bpyangdinotasikansebagaialelBdengangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotipAA.GenotipeABdinotasikandari

page 99 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

polapita426bp,349bpdan77bp.

 

RENCANAPENELITIAN

 

KEGIATAN Bulan ke -

1 2 3 4 5 6 7

Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA

Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian

 

page 100 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

DAFTARPUSTAKA

 Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajian

page 101 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

TeknologiPertanianKalimantanTengah.

Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvari

page 102 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ants. J.DairySci86pp.

BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.

page 103 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

DairySci75pp.

CeriottiG,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingen

page 104 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

esdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.

KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismof

page 105 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.

LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobu

page 106 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

linpolymorphismontheratio ofcaseintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.

Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associa

page 107 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

tionofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.

Sumantri C,Anggra

page 108 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

eniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBat

page 109 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

urraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertanianBogor.

YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobu

page 110 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

linpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan DyahPerwitasari 

PENDAHULUAN

LatarBelakang

Sapimaduramerupakansalahsatu

page 111 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

bangsasapilokalIndonesiayangtelahterseleksisecaraalamiahdandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus

page 112 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

(Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)yangterjadi.Sapimaduradicirikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatas

page 113 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

atau kesamping,kakidanteracakkuat,gumbaberkembangbaikpadajantan,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).

Susumerupakan

page 114 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nutrisiyangpentingbagipertumbuhananaksapi(pedet).Salahsatuupayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapi

page 115 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

adalahdenganteknikbudidayadanseleksibibit.SalahsatumetodeseleksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyan

page 116 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gdilakukanberdasarkanpenciriDNAyangmengontrolsifat-sifatyangakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiber

page 117 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

adadalamkondisiyangberagam(polimorfis).KeragamanDNA(gen)inidapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankera

page 118 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

gamanpadasifat-sifatyangdisandikannyayangakandiseleksi.Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.

Sifat

page 119 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

produksisusutermasuksifatkuantitatifyangdikendalikanolehbanyakgen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupa

page 120 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

kanduagenutama(majorgene)yangdilaporkanbisamempengaruhisifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentuka

page 121 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

nukuran,fungsispesifik,danstabilisasidarimiselkasein(Angiolillo et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitas

page 122 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

susu,terutamakadarproteinsusu(Ng-Kwai-Hang et al.1984;Sumantri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempenga

page 123 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ruhikandunganproteinsusudankandunganlemak(Lunden et al.1996).Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpada

page 124 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

sapimaduradenganmetodePCR-RFLP (PolymeraseChainReaction-RestrictionFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandCon

page 125 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

formationPolymorphism). KonsepdasardariPCR-RFLPadalahmendeteksirunutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.Jikadalamsuaturuas

page 126 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

DNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebutakandipotong,dansebaliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektrof

page 127 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

oresis nativemenggunakangelpoliakrilamida.SedangkankonsepdasardariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyeb

page 128 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

abkanutastunggalDNAbermigrasidengankecepatanyangberbeda diatasgelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.

page 129 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 

BAHANDANMETODE

WaktudanTempat

PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagian

page 130 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

FungsiHayatidanPerilakuHewanDepartemenBiologi,FMIPAIPB.

 

Metode

SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradari

page 131 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

beberapalokasi diPulauMadurayangdisimpandalamalkoholmerupakansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.

EkstraksidanIsolasiDNA. Ekstraksi

page 132 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

danisolasiDNAakandilakukandarisel-seldarahsapimaduradalamalkoholmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Mod

page 133 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ifikasiyangakandilakukanberkenaandenganpenghilanganalkoholdarisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.

Amplifikas

page 134 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

i danGenotiping genk-kaseinekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4akandiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsi

page 135 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

dariCeriotti et al.(2004),yaitu forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kasein

page 136 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

adalah406pb. PolimorfismedariamplikonakandideteksidenganmetodeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(de

page 137 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

naturasi)denganperlakuanpanasdanbuferformamida. Konformasiutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative.

page 138 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Dalamhalini,poliakrilamidakandiberibahanpendenaturasiDNAsehinggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifik

page 139 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

asiDNAdilanjutkandengandenaturasipadasuhu 94°C,penambahan formamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.

page 140 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Polimorfismekonformasiyangditemukankemudianakandinotasikanketipegen.

Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasi

page 141 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

ruasgenß-laktoglobulinekson 7akanmenggunakanprimeryangdiadopsidariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reve

page 142 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

rseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGTdenganukuranamplikon426pb.AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalan

page 143 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

CCGC$

GG.Reaksipemotonganakanmengikutipetunjukprodusenenzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiin

page 144 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

kubasipadasuhu37°Cselamasemalam.VisualisasifragmenDNAakandilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%

page 145 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

yangdiikutidenganpewarnaanperak (silverstaining).Jikadalamruasgenyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakan

page 146 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

terpotongmenjadi349bpdan77bpyangdinotasikansebagaialelBdengangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotip

page 147 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

AA.GenotipeABdinotasikandaripolapita426bp,349bpdan77bp.

 

RENCANAPENELITIAN

 

KEGIATAN Bulan ke -

page 148 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

1

page 149 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 150 / 198

2

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 151 / 198

3

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 152 / 198

4

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 153 / 198

5

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 154 / 198

6

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 155 / 198

7

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 156 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Ekstraksi dan Isolasi DNA

page 157 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 158 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 159 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 160 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 161 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 162 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 163 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 164 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Amplifikasi DNA

page 165 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 166 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 167 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 168 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 169 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 170 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 171 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 172 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Genotiping dan Analisis Data

page 173 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 174 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 175 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 176 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 177 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 178 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 179 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 180 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Penulisan Hasil Penelitian

page 181 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 182 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 183 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 184 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 185 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 186 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

page 187 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

 

DAFTARPUSTAKA

 Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOpti

page 188 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

mal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantanTengah.

Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingof

page 189 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

thecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.

BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsand

page 190 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

milkproductiontraits. J.DairySci75pp.

CeriottiG,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsin

page 191 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

theovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.

KumarA,RoutPK,RoyR.200

page 192 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

6.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.

LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Mar

page 193 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

kedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcaseintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.

Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,Monard

page 194 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

esHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.

page 195 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperah

page 196 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

FHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertanianBogor.

page 197 / 198

Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/

top related