kolokium departemen biologi fmipa ipb: yovita...
Post on 27-Jun-2019
224 Views
Preview:
TRANSCRIPT
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: YovitaSari
Yovita Sari G34090028. Kolokium: Deteksi Polimorfisme Gen k-kasein dan Genß-laktoglobulin pada Sapi Madura. Achmad Farajallah dan Dyah Perwitasari
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Sapi madura merupakan salah satu bangsa sapi lokal Indonesia yang telahterseleksi secara alamiah dan dipertahankan keasliannya di Pulau Madura. Sapimadura merupakan persilangan Bos javanicus (Banteng) dengan B. indicus (SapiIndia) yang terjadi. Sapi madura dicirikan dengan tubuh berukuran sedang,pertulangan bagus, berotot bagi sapi jantan, tanduk kecil ke atas atau ke samping,kaki dan teracak kuat, gumba berkembang baik pada jantan, terdapat lingkaranputih di sekitar moncong (Adrial 2010).
Susu merupakan nutrisi yang penting bagi pertumbuhan anak sapi (pedet). Salahsatu upaya untuk meningkatkan produksi susu sapi untuk keberlangsungan hidupanak sapi adalah dengan teknik budidaya dan seleksi bibit. Salah satu metodeseleksi yang berkembang saat ini adalah metode MAS (Marker Assisted Selection)yaitu seleksi yang dilakukan berdasarkan penciri DNA yang mengontrol sifat-sifatyang akan diseleksi. Aktifitas seleksi akan sangat efektif jika sifat yang akandiseleksi berada dalam kondisi yang beragam (polimorfis). Keragaman DNA (gen) inidapat disebabkan oleh mutasi, rekombinasi maupun pindah silang. Keragaman genmenentukan keragaman pada sifat-sifat yang disandikannya yang akan diseleksi.Salah satu sifat unggul yang akan diseleksi adalah sifat produksi susu.
Sifat produksi susu termasuk sifat kuantitatif yang dikendalikan oleh banyak gen,bersifat aditif serta dipengaruhi oleh faktor lingkungan. Gen k-kasein danß-laktoglobulin merupakan dua gen utama (major gene) yang dilaporkan bisa
page 1 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
mempengaruhi sifat produksi susu. Gen k-kasein merupakan gen yang bertanggungjawab dalam menentukan ukuran, fungsi spesifik, dan stabilisasi dari misel kasein(Angiolillo et al. 2003). Pada sapi, lokus k-kasein merupakan gen utama yangmempengaruhi kualitas susu, terutama kadar protein susu (Ng-Kwai-Hang et al.1984; Sumantri et al. 2005; Bovenhuis et al. 1992). Gen ß-laktoglobulin merupakangen yang mempengaruhi kandungan protein susu dan kandungan lemak (Lunden etal. 1996). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme gen k-kasein danß-laktoglobulin pada sapi madura dengan metode PCR-RFLP (Polymerase ChainReaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) dan PCR-SSCP (PolymeraseChain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism). Konsep dasar dariPCR-RFLP adalah mendeteksi runutan nukleotida yang menjadi situs pengenalanenzim restriksi. Jika dalam suatu ruas DNA ada situs restriksi maka ruas DNAtersebut akan dipotong, dan sebaliknya. Ruas DNA yang terpotong dan yang tidakterpotong bisa dideteksi dengan elektroforesis native menggunakan gelpoliakrilamida. Sedangkan konsep dasar dari PCR-SSCP adalah perbedaan runutannukleotida -minimal satu nukleotida- akan menyebabkan utas tunggal DNAbermigrasi dengan kecepatan yang berbeda di atas gel poliakrilamida yangmengandung denaturan, juga disebut dengan elektroforesis non-native.
BAHAN DAN METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian akan dilaksanakan pada bulan Februari 2013 – Juni 2013 di bagian FungsiHayati dan Perilaku Hewan Departemen Biologi, FMIPA IPB.
Metode
page 2 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Sampel Darah Sapi Madura. Darah dari sapi Madura dari beberapa lokasi diPulau Madura yang disimpan dalam alkohol merupakan sampel koleksi Dr. R. RDyah Perwitasari.
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Ekstraksi dan isolasi DNA akan dilakukan dari sel-seldarah sapi madura dalam alkohol menggunakan Genomic DNA Kit for Fresh Blood (Geneaid) dengan sedikit modifikasi. Modifikasi yang akan dilakukan berkenaandengan penghilangan alkohol dari sampel darah agar tidak menggangu prosesekstraksi selanjutnya.
Amplifikasi dan Genotiping gen k-kasein ekson 4. Ruas gen k-kasein ekson 4akan diamplifikasi secara in vitro (PCR amplification) menggunakan primer yangdiadopsi dari Ceriotti et al. (2004), yaitu forward primer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAAT dan reverse primer: 5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT. Ukuran amplikon ruas gen k-kasein adalah 406 pb. Polimorfisme dariamplikon akan dideteksi dengan metode SSCP berdasarkan Ceriotti et al. (2004).Amplikon akan dibuat menjadi utas tunggal (denaturasi) dengan perlakuan panasdan bufer formamida. Konformasi utas tunggal yang terbentuk kemudian akandibedakan dengan elektroforesis non native. Dalam hal ini, poliakrilamid akan diberibahan pendenaturasi DNA sehingga konformasi utas tunggal tidak menjadi utasganda kembali. Teknik PCR-SSCP setelah amplifikasi DNA dilanjutkan dengandenaturasi pada suhu 94 °C, penambahan formamida dye dan tahap elektroforesisgel poliakrilamida non denaturasi lalu pewarnaan perak. Polimorfisme konformasiyang ditemukan kemudian akan dinotasikan ke tipe gen.
Amplifikasi dan Genotiping Gen ß-laktoglobulin ekson 7. Amplifikasi ruas genß-laktoglobulin ekson 7 akan menggunakan primer yang diadopsi dari Kumar et al.(2006), yaitu primer forward primer: 5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGG dan reverseprimer 5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGT dengan ukuran amplikon 426 pb. Amplikonkemudian akan dipotong dengan enzim restriksi SacII dengan situs pengenalanCCGC$GG. Reaksi pemotongan akan mengikuti petunjuk produsen enzim, yaitu 2 μlproduk PCR dicampur dengan 1-2 unit enzim restriksi dalam 1 x bufer dandiinkubasi pada suhu 37°C selama semalam. Visualisasi fragmen DNA akandilakukan dengan teknik elektroforesis native menggunakan gel polyacrilamide(PAGE) 6% yang diikuti dengan pewarnaan perak (silver staining). Jika dalam ruasgen yang diamplifikasi mengandung runutan situs pengenalan maka amplikon akanterpotong menjadi 349 bp dan 77 bp yang dinotasikan sebagai alel B dengangenotip BB, sebaliknya jika tidak terpotong maka dinotasikan sebagai alel A dengangenotip AA. Genotipe AB dinotasikan dari pola pita 426 bp, 349 bp dan 77 bp.
page 3 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
RENCANA PENELITIAN
KEGIATAN Bulan ke -
1 2 3 4 5 6 7
Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA
Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian
DAFTARPUSTAKA
Adrial.2010. SapiLokal
page 4 / 198page 4 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
KalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantanTengah.
Angiolill
page 5 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
o A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.
BovenhuisH,Johan
page 6 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
AM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.DairySci75pp.
CeriottiG,ChessaS,Bolla P,
page 7 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconf
page 8 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ormationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.
KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilk
page 9 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yield. J.Appl.Genet47(1)pp.
LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcaseintototalprotein
page 10 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
inmilk. J.DiarySci80pp.
Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteins
page 11 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
withmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.
Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.
page 12 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertania
page 13 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nBogor.
YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobulinpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan DyahPerwitasari
page 14 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
PENDAHULUAN
LatarBelakang
SapimaduramerupakansalahsatubangsasapilokalIndonesiayangtelahterseleksisecaraalamiah
page 15 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus (Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)yangterjadi.Sapimaduradicir
page 16 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatasatau kesamping,kakidanteracakkuat,gumbaberkembangbaikpadajant
page 17 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
an,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).
Susumerupakannutrisiyangpentingbagipertumbuhananaksapi(pedet).Salahsatu
page 18 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
upayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapiadalahdenganteknikbudidayadanseleksibibit.Salahsatumetodesele
page 19 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyangdilakukanberdasarkanpenciriDNAyangmengontrolsifat-sifatyan
page 20 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiberadadalamkondisiyangberagam(polimorfis).KeragamanDNA(gen)ini
page 21 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankeragamanpadasifat-sifatyangdisandikannyayangakandiseleksi.
page 22 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.
Sifatproduksisusutermasuksifatkuantitatifyangdikendalikanolehbanyak
page 23 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupakanduagenutama(majorgene)yangdilaporkanbisamempengaruhi
page 24 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
sifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentukanukuran,fungsispesifik,danstabilisasidarimiselkasein(Angiolillo
page 25 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitassusu,terutamakadarproteinsusu(Ng-Kwai-Hang et al.1984;Sum
page 26 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
antri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempengaruhikandunganproteinsusudankandunganlemak(Lunden et al.1996).
page 27 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpadasapimaduradenganmetodePCR-RFLP (PolymeraseChainReaction-Restrictio
page 28 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandConformationPolymorphism). KonsepdasardariPCR-RFLPadalahmendeteksi
page 29 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
runutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.JikadalamsuaturuasDNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebutakandipotong,danseb
page 30 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
aliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektroforesis nativemenggunakangelpoliakrilamida.Sedangkankonsepdasar
page 31 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyebabkanutastunggalDNAbermigrasidengankecepatanyangberbeda diatas
page 32 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.
BAHANDANMETODE
Waktu
page 33 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
danTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewanDepartemenBiologi,FMIPAIPB.
page 34 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Metode
SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradaribeberapalokasi diPulauMadurayangdisimpandalamalkoholmerupa
page 35 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
kansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.
EkstraksidanIsolasiDNA. EkstraksidanisolasiDNAakandilakukandarisel-seldarahsapimaduradalamalko
page 36 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
holmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Modifikasiyangakandilakukanberkenaandenganpenghilanganalkohol
page 37 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
darisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.
Amplifikasi danGenotiping genk-kaseinekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4aka
page 38 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ndiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsidariCeriotti et al.(2004),yaitu forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACT
page 39 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
CAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kaseinadalah406pb. Polimorfismedariamplikonakandideteksidenganmet
page 40 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
odeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(denaturasi)denganperlakuanpanasdanbuferformamida. Konformas
page 41 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
iutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative. Dalamhalini,poliakrilamidakandiberibahanpendenaturasiDNAsehi
page 42 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifikasiDNAdilanjutkandengandenaturasipadasuhu 94°C,penambahan for
page 43 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
mamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.Polimorfismekonformasiyangditemukankemudianakandinotasikan
page 44 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ketipegen.
Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasiruasgenß-laktoglobulinekson 7akanmenggunakanprimeryangdiadopsi
page 45 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reverseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGTdenganukuranamplikon426pb.
page 46 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalanCCGC$
GG.Reaksipemotonganakanmengikutipetunjukprodusen
page 47 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
enzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiinkubasipadasuhu37°Cselamasemalam.VisualisasifragmenDNAaka
page 48 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ndilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%yangdiikutidenganpewarnaanperak (silverstaining).Jikadalamruas
page 49 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
genyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakanterpotongmenjadi349bpdan77bpyangdinotasikansebagaialelBden
page 50 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotipAA.GenotipeABdinotasikandaripolapita426bp,349bpdan77bp.
page 51 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
RENCANAPENELITIAN
KEGIATAN Bulan ke -
1 2 3 4 5 6 7
Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA
Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian
DAFTARPUSTAKA
page 52 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantan
page 53 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Tengah.
Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.
page 54 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.DairySci75pp.
Ceriotti
page 55 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
G,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreac
page 56 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
tion-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.
KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoats
page 57 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
anditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.
LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcas
page 58 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
eintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.
Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcasein
page 59 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
andmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.
Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,
page 60 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].
page 61 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Bogor:InstitutPertanianBogor.
YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobulinpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan
page 62 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DyahPerwitasari
PENDAHULUAN
LatarBelakang
SapimaduramerupakansalahsatubangsasapilokalIndonesiayangtelah
page 63 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
terseleksisecaraalamiahdandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus (Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)
page 64 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yangterjadi.Sapimaduradicirikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatasatau kesamping,kakidanteracakkuat,gum
page 65 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
baberkembangbaikpadajantan,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).
Susumerupakannutrisiyangpentingbagipertumbuhanana
page 66 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ksapi(pedet).Salahsatuupayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapiadalahdenganteknikbudidayadanseleksi
page 67 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
bibit.SalahsatumetodeseleksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyangdilakukanberdasarkanpenciriDNAyan
page 68 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gmengontrolsifat-sifatyangakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiberadadalamkondisiyangberagam(polimor
page 69 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
fis).KeragamanDNA(gen)inidapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankeragamanpadasifat-sifatyangdisandikann
page 70 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yayangakandiseleksi.Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.
Sifatproduksisusutermasuksifatkuantitatif
page 71 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yangdikendalikanolehbanyakgen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupakanduagenutama(majorgene)yang
page 72 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dilaporkanbisamempengaruhisifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentukanukuran,fungsispesifik,danstabilisasi
page 73 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
darimiselkasein(Angiolillo et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitassusu,terutamakadarproteinsusu(Ng-
page 74 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Kwai-Hang et al.1984;Sumantri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempengaruhikandunganproteinsusudankandungan
page 75 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
lemak(Lunden et al.1996).Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpadasapimaduradenganmetodePCR-RFLP (Polymer
page 76 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
aseChainReaction-RestrictionFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandConformationPolymorphism). Konsepdasardari
page 77 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
PCR-RFLPadalahmendeteksirunutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.JikadalamsuaturuasDNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebu
page 78 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
takandipotong,dansebaliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektroforesis nativemenggunakangelpoliakrilami
page 79 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
da.SedangkankonsepdasardariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyebabkanutastunggalDNAbermigrasidengankec
page 80 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
epatanyangberbeda diatasgelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.
BAHANDAN
page 81 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
METODE
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan
page 82 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DepartemenBiologi,FMIPAIPB.
Metode
SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradaribeberapalokasi diPulauMadura
page 83 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yangdisimpandalamalkoholmerupakansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.
EkstraksidanIsolasiDNA. EkstraksidanisolasiDNAakandilakukan
page 84 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
darisel-seldarahsapimaduradalamalkoholmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Modifikasiyangakandilakukan
page 85 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
berkenaandenganpenghilanganalkoholdarisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.
Amplifikasi danGenotiping genk-kasein
page 86 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4akandiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsidariCeriotti et al.(2004),yaitu
page 87 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kaseinadalah406pb. Polimorfismedari
page 88 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
amplikonakandideteksidenganmetodeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(denaturasi)denganperlakuanpan
page 89 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
asdanbuferformamida. Konformasiutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative. Dalamhalini,poliakrilamidaka
page 90 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ndiberibahanpendenaturasiDNAsehinggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifikasiDNAdilanjutkandengandenatur
page 91 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
asipadasuhu 94°C,penambahan formamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.Polimorfismekonformasiyang
page 92 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ditemukankemudianakandinotasikanketipegen.
Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasiruasgenß-laktoglobulinekson 7aka
page 93 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nmenggunakanprimeryangdiadopsidariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reverseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGG
page 94 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
GTGTdenganukuranamplikon426pb.AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalanCCGC$
GG.Reaksipemotongan
page 95 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
akanmengikutipetunjukprodusenenzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiinkubasipadasuhu37°Csela
page 96 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
masemalam.VisualisasifragmenDNAakandilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%yangdiikutidenganpewarnaan
page 97 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
perak (silverstaining).Jikadalamruasgenyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakanterpotongmenjadi349bpdan77
page 98 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
bpyangdinotasikansebagaialelBdengangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotipAA.GenotipeABdinotasikandari
page 99 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
polapita426bp,349bpdan77bp.
RENCANAPENELITIAN
KEGIATAN Bulan ke -
1 2 3 4 5 6 7
Ekstraksi dan Isolasi DNAAmplifikasi DNA
Genotiping dan Analisis DataPenulisan Hasil Penelitian
page 100 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DAFTARPUSTAKA
Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOptimal.BalaiPengkajian
page 101 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
TeknologiPertanianKalimantanTengah.
Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingofthecaprinek-kaseinvari
page 102 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ants. J.DairySci86pp.
BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsandmilkproductiontraits. J.
page 103 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DairySci75pp.
CeriottiG,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsintheovinecaseingen
page 104 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
esdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.
KumarA,RoutPK,RoyR.2006.Polymorphismof
page 105 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.
LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Markedeffect ofß-lactoglobu
page 106 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
linpolymorphismontheratio ofcaseintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.
Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,MonardesHG.1984.Associa
page 107 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
tionofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.
Sumantri C,Anggra
page 108 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
eniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperahFHdiBPTUBat
page 109 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
urraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertanianBogor.
YovitaSari G34090028.Kolokium: DeteksiPolimorfismeGenk-kaseindanGenß-laktoglobu
page 110 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
linpadaSapiMadura.AchmadFarajallahdan DyahPerwitasari
PENDAHULUAN
LatarBelakang
Sapimaduramerupakansalahsatu
page 111 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
bangsasapilokalIndonesiayangtelahterseleksisecaraalamiahdandipertahankankeasliannya diPulauMadura.Sapimaduramerupakanpersilangan Bos javanicus
page 112 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
(Banteng)dengan B.indicus(SapiIndia)yangterjadi.Sapimaduradicirikandengantubuhberukuransedang,pertulanganbagus,berototbagisapijantan,tandukkecil keatas
page 113 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
atau kesamping,kakidanteracakkuat,gumbaberkembangbaikpadajantan,terdapatlingkaranputih disekitarmoncong(Adrial2010).
Susumerupakan
page 114 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nutrisiyangpentingbagipertumbuhananaksapi(pedet).Salahsatuupayauntukmeningkatkanproduksisususapiuntukkeberlangsunganhidupanaksapi
page 115 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
adalahdenganteknikbudidayadanseleksibibit.SalahsatumetodeseleksiyangberkembangsaatiniadalahmetodeMAS(MarkerAssistedSelection)yaituseleksiyan
page 116 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gdilakukanberdasarkanpenciriDNAyangmengontrolsifat-sifatyangakandiseleksi.Aktifitasseleksiakansangatefektifjikasifatyangakandiseleksiber
page 117 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
adadalamkondisiyangberagam(polimorfis).KeragamanDNA(gen)inidapatdisebabkanolehmutasi,rekombinasimaupunpindahsilang.Keragamangenmenentukankera
page 118 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
gamanpadasifat-sifatyangdisandikannyayangakandiseleksi.Salahsatusifatunggulyangakandiseleksiadalahsifatproduksisusu.
Sifat
page 119 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
produksisusutermasuksifatkuantitatifyangdikendalikanolehbanyakgen,bersifataditifsertadipengaruhiolehfaktorlingkungan.Genk-kaseindanß-laktoglobulinmerupa
page 120 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
kanduagenutama(majorgene)yangdilaporkanbisamempengaruhisifatproduksisusu.Genk-kaseinmerupakangenyangbertanggungjawabdalammenentuka
page 121 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
nukuran,fungsispesifik,danstabilisasidarimiselkasein(Angiolillo et al.2003).Padasapi,lokusk-kaseinmerupakangenutamayangmempengaruhikualitas
page 122 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
susu,terutamakadarproteinsusu(Ng-Kwai-Hang et al.1984;Sumantri etal.2005;Bovenhuis et al.1992).Genß-laktoglobulinmerupakangenyangmempenga
page 123 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ruhikandunganproteinsusudankandunganlemak(Lunden et al.1996).Penelitianinibertujuanuntukmendeteksipolimorfismegenk-kaseindanß-laktoglobulinpada
page 124 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
sapimaduradenganmetodePCR-RFLP (PolymeraseChainReaction-RestrictionFragmentLengthPolymorphism)danPCR-SSCP (PolymeraseChainReaction-SingleStrandCon
page 125 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
formationPolymorphism). KonsepdasardariPCR-RFLPadalahmendeteksirunutannukleotidayangmenjadisituspengenalanenzimrestriksi.Jikadalamsuaturuas
page 126 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DNAadasitusrestriksimakaruasDNAtersebutakandipotong,dansebaliknya.RuasDNAyangterpotongdanyangtidakterpotongbisadideteksidenganelektrof
page 127 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
oresis nativemenggunakangelpoliakrilamida.SedangkankonsepdasardariPCR-SSCPadalahperbedaanrunutannukleotida-minimalsatunukleotida-akanmenyeb
page 128 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
abkanutastunggalDNAbermigrasidengankecepatanyangberbeda diatasgelpoliakrilamidayangmengandungdenaturan,jugadisebutdenganelektroforesis non-native.
page 129 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
BAHANDANMETODE
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanFebruari2013 –Juni2013 dibagian
page 130 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
FungsiHayatidanPerilakuHewanDepartemenBiologi,FMIPAIPB.
Metode
SampelDarahSapiMadura.DarahdarisapiMaduradari
page 131 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
beberapalokasi diPulauMadurayangdisimpandalamalkoholmerupakansampelkoleksiDr.R. RDyahPerwitasari.
EkstraksidanIsolasiDNA. Ekstraksi
page 132 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
danisolasiDNAakandilakukandarisel-seldarahsapimaduradalamalkoholmenggunakan GenomicDNAKitforFreshBlood (Geneaid)dengansedikitmodifikasi.Mod
page 133 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ifikasiyangakandilakukanberkenaandenganpenghilanganalkoholdarisampeldarahagartidakmengganguprosesekstraksiselanjutnya.
Amplifikas
page 134 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
i danGenotiping genk-kaseinekson4. Ruasgenk-kaseinekson 4akandiamplifikasisecara invitro(PCRamplification) menggunakanprimeryangdiadopsi
page 135 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
dariCeriotti et al.(2004),yaitu forwardprimer5’-GGTATCCTAGTTATGGACTCAATdan reverseprimer:5’-GTTGAAGTAACTTGGGCTGTGT.Ukuranamplikonruasgenk-kasein
page 136 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
adalah406pb. PolimorfismedariamplikonakandideteksidenganmetodeSSCPberdasarkanCeriotti et al.(2004).Amplikonakandibuatmenjadiutastunggal(de
page 137 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
naturasi)denganperlakuanpanasdanbuferformamida. Konformasiutastunggalyangterbentukkemudianakandibedakandenganelektroforesis nonnative.
page 138 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Dalamhalini,poliakrilamidakandiberibahanpendenaturasiDNAsehinggakonformasiutastunggaltidakmenjadiutasgandakembali.TeknikPCR-SSCPsetelahamplifik
page 139 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
asiDNAdilanjutkandengandenaturasipadasuhu 94°C,penambahan formamidadyedantahapelektroforesisgelpoliakrilamidanondenaturasilalupewarnaanperak.
page 140 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Polimorfismekonformasiyangditemukankemudianakandinotasikanketipegen.
Amplifikasi danGenotipingGenß-laktoglobulinekson7. Amplifikasi
page 141 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
ruasgenß-laktoglobulinekson 7akanmenggunakanprimeryangdiadopsidariKumaret al.(2006),yaituprimerforwardprimer:5’-CGGGAGCCTTGGCCCTCTGGdan reve
page 142 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
rseprimer5’-CCTTTGTCGAGTTTGGGTGTdenganukuranamplikon426pb.AmplikonkemudianakandipotongdenganenzimrestriksiSacIIdengansituspengenalan
page 143 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
CCGC$
GG.Reaksipemotonganakanmengikutipetunjukprodusenenzim,yaitu 2μlprodukPCRdicampurdengan1-2unitenzimrestriksidalam 1xbuferdandiin
page 144 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
kubasipadasuhu37°Cselamasemalam.VisualisasifragmenDNAakandilakukandenganteknikelektroforesis nativemenggunakangel polyacrilamide(PAGE)6%
page 145 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
yangdiikutidenganpewarnaanperak (silverstaining).Jikadalamruasgenyangdiamplifikasimengandungrunutansituspengenalanmakaamplikonakan
page 146 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
terpotongmenjadi349bpdan77bpyangdinotasikansebagaialelBdengangenotipBB,sebaliknyajikatidakterpotongmakadinotasikansebagaialelAdengangenotip
page 147 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
AA.GenotipeABdinotasikandaripolapita426bp,349bpdan77bp.
RENCANAPENELITIAN
KEGIATAN Bulan ke -
page 148 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
1
page 149 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 150 / 198
2
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 151 / 198
3
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 152 / 198
4
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 153 / 198
5
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 154 / 198
6
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 155 / 198
7
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 156 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Ekstraksi dan Isolasi DNA
page 157 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 158 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 159 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 160 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 161 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 162 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 163 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 164 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Amplifikasi DNA
page 165 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 166 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 167 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 168 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 169 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 170 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 171 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 172 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Genotiping dan Analisis Data
page 173 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 174 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 175 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 176 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 177 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 178 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 179 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 180 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Penulisan Hasil Penelitian
page 181 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 182 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 183 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 184 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 185 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 186 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
page 187 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
DAFTARPUSTAKA
Adrial.2010. SapiLokalKalimantanTengahSumberdayaLokalPotensiyangBelumTermanfaatkanSecaraOpti
page 188 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
mal.BalaiPengkajianTeknologiPertanianKalimantanTengah.
Angiolillo A,YahyaouiMH,PillaF,Sanchez A,Folch M.2003.Characterizationandgenotypingof
page 189 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
thecaprinek-kaseinvariants. J.DairySci86pp.
BovenhuisH,JohanAM,ArendonkV,KorverS.1992.Associationbetweenmilkproteinpolymorphismsand
page 190 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
milkproductiontraits. J.DairySci75pp.
CeriottiG,ChessaS,Bolla P,BudeliE,BianchiL,DurantiE,CaroliA.2004.Singlenucleotidepolymorphismsin
page 191 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
theovinecaseingenesdetected bypolymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism. J.Dairy.Sci87pp.
KumarA,RoutPK,RoyR.200
page 192 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
6.Polymorphismofß-lactoglobulingene inIndiangoatsanditseffectonmilkyield. J.Appl.Genet47(1)pp.
LundenA,NilsonM,JansonL.1996.Mar
page 193 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
kedeffect ofß-lactoglobulinpolymorphismontheratio ofcaseintototalproteininmilk. J.DiarySci80pp.
Ng-Kwai-HangKF,HayesJF,MoxleyJE,Monard
page 194 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
esHG.1984.Associationofgeneticsvariantsofcaseinandmilkserumproteinswithmilk,fat,andproteinproductionbydairycattle. J.DiarySci67:835-840.
page 195 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
Sumantri C,AnggraeniA,MaheswariRRA,Diwyanto K,FarajallahA..2005.Pengaruhgenotypekappa-kasein(k-kasein)terhadapkualitassusupadasapiperah
page 196 / 198
Achmad Farajallah | <!--:en-->Kolokium Departemen Biologi FMIPA IPB: Yovita Sari<!--:-->Copyright Achmad Farajallah achamad@ipb.ac.idhttp://achamad.staff.ipb.ac.id/2012/11/30/kolokium-departemen-biologi-fmipa-ipb-yovita-sari/
FHdiBPTUBaturraden.[LaporanHasilPenelitian].Bogor:InstitutPertanianBogor.
page 197 / 198
top related