8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 1/13

SEL SEBAGAI TEMPAT

PROSES REAKSI BIOKIMIA

Hardoko

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 2/13

Definisi Biokimia

• Biokimia berasal dari kata bio (hidup) dan kimia,

sehingga biokimia didefinisikan sebagai kimia mahlukhidup. Biokimiawan mempelajari molekul dan reaksikimia terkatalisis oleh enzim yang berlangsung dalamsemua organisme.

•

Biokimia adalah ilmu yang menelaah zat-zat kimia danproses-proses vital yang berlangsung pada makhlukhidup.

• Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari struktur danfungsi komponen selular , seperti protein, karbohidrat,

lipid, asam nukleat, dan biomolekul lainnya. Saat inibiokimia lebih terfokus secara khusus pada kimia reaksitermediasi enzim dan sifat-sifat protein.

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 3/13

Sel dan Proses Biokima • Proses-proses vital yang terjadi dalam makhluk hidup terjadi

didalam sel.

Pengertian tentang sel antara lain :

• Sel sendiri adalah kesatuan structural dan fungsional makhlukhidup dimana keberadaannya sangat berpengaruh terhadapkepribadian dan tingkah laku dari masing masing makhlukhidup.

• Sel merupakan unit organisasi terkecil yang menjadi dasarkehidupan dalam arti biologis. Semua fungsi kehidupan diaturdan berlangsung di dalam sel. Karena itulah, sel dapatberfungsi secara autonom asalkan seluruh kebutuhan

hidupnya terpenuhi. Fungsi otonom itu banyak terjadi padaorganisme bersel tunggal seperti bakteri, sedangka padaorganisme multiselular fungsi otonom sel tidak terjadi. Padaoranisme multi seluler, sel akan menyusun suatu jaringan, jaringan akan menyusun organ, dan organ-organ akanmenyusun tubuh organisme.

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 4/13

Semua organisme selular terbagi ke dalam dua golonganbesar berdasarkan arsitektur basal dari selnya, yaituorganisme prokariotik dan organisme eukariotik, dimana:

• organisme sel prokariotik adalah sel yang intinya tidakmemiliki membran, materi inti tersebar dalam sitoplasma

(sel yang memiliki satu sistem membran). Yangtermasuk dalam kelompok ini adalah bakteri dan algabiru.

• Organisme sel eukariotik adalah sel yang intinyamemiliki membran. Materi inti dibatasi oleh satu sistem

membran terpisah dari sitoplasma. Yang termasukkelompok ini adalah semua makhluk hidup kecualibakteri dan alga biru.

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 5/13

Tabel 1. Perbedaan antara sel prokariotik dengan eukariotik 

Sel Prokariotik  Sel Eukariotik 

-Tidak memiliki inti sel yang jelaskarena tidak memiliki membran

inti sel yang dinamakan nucleoid- Organel-organelnya tidak

dibatasi membran- Membran sel tersusun atassenyawa peptidoglikan

- Diameter sel antara 1-10mm- Mengandung 4 subunit RNApolymerase

- Susunan kromosomnya sirkuler

-Memiliki inti sel yang dibatasioleh membran inti dan

dinamakan nucleus- Organel-organelnya dibatasi

membran- Membran selnya tersusun atas

fosfolipid- Diameter selnya antara

10-100mm- Mengandungbanyak subunit

RNA polymerase- Susunan kromosomnya linier 

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 6/13

Struktur sel

• Secara umum setiap sel memiliki membran sel, sitoplasma,

dan inti sel atau nukleus. Sitoplasma dan inti sel bersama-sama disebut sebagai protoplasma. Sitoplasma berwujudcairan kental (sitosol) yang di dalamnya terdapat berbagaiorganel (organ sel disebut organel) yang memiliki fungsi yangterorganisir untuk mendukung kehidupan sel. Organelmemiliki struktur terpisah dari sitosol dan merupakan bagian

terpisah (commpartemet) di dalam sel, sehinggamemungkinkan terjadinya reaksi yang tidak mungkinberlangsung di sitosol. Sitoplasma juga didukung oleh jaringan kerangka yang mendukung bentuk sitoplasmasehingga tidak mudah berubah bentuk.

• Organel-organel yang ditemukan pada sitoplasma adalahmitokondria (kondriosom), badan Golgi (diktiosom), retikulumendoplasma, plastida (khusus tumbuhan, mencakupleukoplas, kloroplas, dan kromoplas), dan vakuola (khusustumbuhan). Secara umum bagian dari sel dapat dilihat padaGambar 1.

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 7/13

Gambar 1. Sel dan bagian-bagiannya

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 8/13

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 9/13

Tabel 3. Perbedaan sel tumbuhan, hewan, dan bakteri

Sel tumbuhan  Sel hewan  Sel bakteri 

Sel tumbuhan lebih besar

daripada sel hewan. 

Sel hewan lebih kecil daripada sel

tumbuhan. Sel bakteri sangat kecil. 

Mempunyai bentuk yangtetap. 

Tidak mempunyai bentuk yang tetap. Mempunyai bentukyang tetap. 

Mempunyai dinding sel  dariselulosa. 

Tidak mempunyai dinding sel Mempunyai dinding sel dari lipoprotein. 

Mempunyai plastida.  Tidak mempunyai plastida. Tidak mempunyai

plastida. 

Mempunyai vakuola ataurongga sel yang besar. 

Tidak mempunyai vakuola, walaupunkadang-kadang sel beberapa hewanuniseluler memiliki vakuola (tapi tidaksebesar yang dimiliki tumbuhan). Yangbiasa dimiliki hewan adalah vesikel. 

Tidak mempunyaivakuola. 

Menyimpan tenaga dalam

bentuk butiran pati. 

Menyimpan tenaga dalam bentuk

butiran glikogen. - 

Tidak Mempunyai sentrosom  Mempunyai sentrosom Tidak Mempunyaisentrosom 

Tidak memiliki lisosom  Memiliki lisosom  - 

Nukleus lebih kecil daripadavakuola. 

Nukleus lebih besar daripada vesikel. Tidak memiliki nukleusdalam arti sebenarnya. 

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 10/13

Tabel 2. Struktur bagian sel dan fungsinya

 No  Bagian sel  Fungsi 

1  Dinding sel : - Dinding sel hanya terdapat pada seltumbuhan.

- Dinding sel terdiri Selulosa (sebagianbesar), hemiselulosa, pektin, lignin, kitin,garam karbonat dan silikat dari Ca dan Mg. 

-dapat memberikan sokongan,perlindungan, dan untuk mengekalkanbentuk sel. -Terdapat liang pada dinding sel untukpertukaran bahan di luar denganbahan di dalam sel (Mengaturtrnasportasi zat) 

-Dinding sel juga berfungsi untukmenyokong tumbuhan yang tidakberkayu. 

2  Membran Plasma : 

- Membran sel merupakan lapisan yangmelindungi inti sel dan sitoplasma.

- Struktur membran ialah dua lapis lipid(lipid bilayer) dan protein, memiliki

permeabilitas tertentu sehingga tidaksemua molekul dapat melalui membran sel(model mosaik fluida Singer dan Nicholson1972). 

-Membran sel pembungkus organel-organel dalam sel. 

-merupakan alat transportasi bagi selyaitu tempat masuk dan keluarnyazat-zat yang dibutuhkan dan tidak

dibutuhkan oleh sel. 

3  SitoplasmaTersusun atas:- cairan: sitosol

- padatan: berupa organela-organela 

- tempat berlangsungnya reaksimetabolisme lipid sel. 

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 11/13

4  Mitokondria 

- Jumlah dan bentuk mitokondria bisa berbeda-beda untuk setiap sel. Mitokondria berbentukelips dengan diameter 0,5 µm dan panjang 0,5–  1,0 µm. Struktur mitokondria terdiri dariempat bagian utama, yaitu membran luar,membran dalam, ruang antar membran, danmatriks yang terletak di bagian dalam membran[Cooper, 2000]. 

- Membran luar terdiri dari protein dan lipiddengan perbandingan yang sama sertamengandung protein porin yang menyebabkanmembran ini bersifat permeabel terhadap

molekul-molekul kecil yang berukuran 6000Dalton. - Membran dalam yang kurang permeabeldibandingkan membran luar terdiri dari 20%lipid dan 80% protein. 

-tempat di mana fungsi respirasi (prosesperombakan atau katabolisme untukmenghasilkan energi atau tenaga bagiberlangsungnya proses hidup). - membran luar juga mengandung enzimyang terlibat dalam biosintesis lipid danenzim yang berperan dalam prosestranspor lipid ke matriks untuk menjalaniproses oksidasi menghasilkan Asetil KoA. 

- Membran dalam merupakan tempatutama pembentukan ATP. - Ruang antar membran yang terletakdiantara membran luar dan membran

dalam merupakan tempatberlangsungnya reaksi-reaksi yangpenting bagi sel, seperti siklus Krebs,reaksi oksidasi asam amino, dan reaksi ?-oksidasi asam lemak. 

5  Lisosom 

- adalah organel sel berupa kantong kecil yang

berisi enzim hidrolitik yang berfungsi dalampencernan intraseluler. - organel ini memiliki 40 jenis enzim hidrolitikasam seperti protease, nuklease, glikosidase,lipase, fosfolipase, fosfatase, ataupun sulfatase.Semua enzim tersebut aktif pada pH 5. 

- sebagai wadah enzim hidrolitik yangberguna untuk mengontrol pencernaan

intraseluler pada berbagai keadaan. - Fungsi utama lisosom adalahendositosis, fagositosis, dan autofagi. - mencerna materi yg diambil secaraendositosis.- menghancurkan organela sel sendiri ygsudah tdk b‟fungsi (autofagi). - menghancurkan sel lain (autolisis /

fagositosis). 

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 12/13

6  Badan Golgi - Badan Golgi (disebut juga aparatus Golgi, kompleksGolgi atau diktiosom) adalah organel yang dikaitkandengan fungsi ekskresi sel, dan struktur ini dapatdilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa. 

1. Membentuk kantung (vesikula) untuksekresi. (sekresi polisakarida, protein & lendir

 /musin). 2. Membentuk membran plasma. Kantungatau membran golgi sama seperti membranplasma. Kantung yang dilepaskan dapatmenjadi bagian dari membran plasma.3. Membentuk dinding sel tumbuhan

4. Fungsi lain ialah dapat membentuk akrosompada spermatozoa yang berisi enzim untukmemecah dinding sel telur dan pembentukanlisosom.5. Tempat untuk memodifikasi protein6. Untuk menyortir dan memaket molekul-molekul untuk sekresi sel7. Untuk membentuk lisosom 

7  Retikulum Endoplasma - adalah organel yang dapat ditemukan di seluruh selhewan eukariotik. - kata endoplasmik berarti “di dalam sitoplasma” danretikulum diturunkan dari bahasa latin yang berarti

 “jaringan”  - Retikulum endoplasma memiliki struktur yangmenyerupai kantung berlapis-lapis (disebutcisternae). 

- Ada tiga jenis retikulum endoplasma: RE kasar, REhalus, dan RE sarkoplasmik

Fungsi retikulum endoplasma bervariasi,tergantung pada jenisnya: 

- fungsi utama RE kasar adalah sebagaitempat sintesis protein 

- RE halus berfungsi dalam beberapa prosesmetabolisme yaitu sintesis lipid, metabolismekarbohidrat dan konsentrasi kalsium,detoksifikasi obat-obatan, dan tempatmelekatnya reseptor pada protein membran

sel - RE sarkoplasmik menyimpan danmemompa ion kalsium (berperan dalampemicuan kontraksi otot). 

8  Nukleus 

- Inti sel atau nukleus sel adalah organel yangditemukan pada sel eukariotik.- Di dalam nukleus terdapat nukleoplasma, yang

terdiri atas benang  „kromatin‟   yang tersusun atasDNA, RNA dan protein. 

Fungsi: pengendali seluruh aktivitas sel,pengatur pembelahan sel dan pembawainformasi genetik.

8/10/2019 1.0. Sel Tempat Reaksi Biokimia

http://slidepdf.com/reader/full/10-sel-tempat-reaksi-biokimia 13/13

9 Plastida 

Plastida adalah organel sel yang menghasilkan warna

pada sel tumbuhan. ada tiga macam plastida, yaitu :

- leukoplast : plastida yang berbentuk amilum(tepung)

- kloroplast : plastida yang umumnya berwarna hijau.

terdiri dari : klorofil a dan b (untuk fotosintesis), xantofil,

dan karoten

- kromoplast : plastida yang banyak mengandung

karoten 

- pembentuk pigmen /warna

- pembentuk tepung

- fotosintesis

10 Sentriol

Hanya dimiliki sel hewan

Fungsi: menarik kromosom menuju ke kutub.

11 Vakuola Vakuola merupakan ruang dalam sel yang berisi cairan

(cell sap ). Cairan ini adalah air dan berbagai zat yang

terlarut di dalamnya. Vakuola ditemukan pada semua

sel tumbuhan namun tidak dijumpai pada sel hewan

dan bakteri, kecuali pada hewan uniseluler tingkat

rendah. 

1. memelihara tekanan osmotik sel2. penyimpanan hasil sintesa berupa glikogen,

fenol, dll / tmpt menyimpan cadangan mkanan,

pigmen, minyak atsiri & sisa metabolisme. 

3. mengadakan sirkulasi zat dalam sel 

12 Ribosom

Tersusun dr protein & RNA, b’bentuk bulat & tdk

b’membran. 

- tempat b’langsungnya sintesis protein. 

13 Mikrotubulus

Tersusun atas protein tubulin

- punyusun spindel, sentriol, silia & flagela

14 MikrofilamenTersusun atas protein aktin.

- dalam gerakan sel, sitoplasma, kontraksi otot& pembelahan sel.