Sofi Siti Shofiyah10506063

Pembimbing: Achmad S. Noer, Ph.D

Pendahuluan Metodologi Penelitian Hasil Penelitian Pembahasan Kesimpulan

27 Mei 2010 2Seminar Tugas Akhir / 24

427 Mei 2010

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Laju Mutasi mtDNA 10 x lebih cepat dibandingkan DNA inti mitochondrial disease

Fokus penelitian merupakan gen 12S rRNA

Seminar Tugas Akhir

Diabetes mellitus adalah penyakit yang ditandai dengan peningkatan kadar gula darah yang terus menerus.

Penderita diabetes di Indonesia mencapai angka 8,4 juta di tahun 2004 dan akan meningkat pada 2030 menjadi sebanyak 21,3 juta penderita (WHO,2004)

27 Mei 2010 5 /24

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Seminar Tugas Akhir

Jenis Diabetes Mellitus Tipe I

Insulin-dependent diabetes

Kerusakan sel β-pankreas

Tipe II Non-insulin-dependent

diabetes

Maternally Inherited Diabetes

(Mutasi A3243G)

Heteroplasmi adalah campuran antara mtDNA termutasi dan normal pada satu sel

27 Mei 2010 6/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 Seminar Tugas Akhir 7/24

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

1

2

3

4

Sampel urin penderita diabetes merupakan sampel yang tidak positif PASA (PCR Alelle Specific Alignment) A3243 G

Penelitian sebelumnya (Maksum, 2009) menduga adanya heteroplasmi pada sampel di daerah gen 12s rRNA

27 Mei 2010 8/24Seminar Tugas Akhir

T1420G

T1349G

mengidentifikasi mutasi pada daerah 12s rRNA melalui dua metode amplifikasi (PCR dan kloning gen) dan membandingkannya.

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 Seminar Tugas Akhir 9

10/24

Hasil Lisis sampel Penderita DM

Hasil PCR

Amplifikasi dengan PCR

Pita fragmen DNA

Elektroforesis

Koloni Bakteri

Elektroforegram

Data Mutasi DNA

Analisis in silico

Screening dan Isolasi Plamid

Plasmid tersisipi fragmen

ElektroforegramSequenci

ng

Direct Sequencing

Kloning gen

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Primer Urutan 5’ 3’ Posisi Ukuran

Afor (PCR) CCTCCCACTCCCATACTACTAA

458-479 22 nukleotida

Arev (PCR) GGGGTAAGATTTGCCGAGT

2491-2473

19 nukelotida

2f (Seqeuencing)

GAACACTACGAGCCACAGC

1138-1156

20 nukelotida

27 Mei 2010 11/24

2491458

Afor (458-479)

A rev (2473-2491)

Fragmen A (2034 pb)

94o

C94o

C50o

C

72o

C72o

C

4oC

5:00 1:00

1:00

1:00 4:00

∞

Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 12/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 Seminar Tugas Akhir 13

27 Mei 2010 14/24

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Seminar Tugas Akhir

27 Mei 2010 15/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 16/24

Marker 7 9 14

Ukuran tidak dapat ditentukan dengan jelas

Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 17/24

Marker 7 9 141kb DNA ladder

20.000 pb

5.000 pb

1.500 pb

500 pb

75 kb

Sampel berukuran 5 kb

Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 18/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

27 Mei 2010 19/24

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Penelitian Sebelumnya – Perlakuan 1 (PCR) – Perlakuan 2 (Kloning gen)(Maksum, 2009)

Seminar Tugas Akhir

Perlakuan 1

Perlakuan 2

Maksum, 2009

Tidak adanya mutasi pada perlakukan 1 dan 2 pada posisi 1349 dan 1420 dibandingkan dengan penelitian sebelumnya

Ditemukan mutasi yang ada pada setiap sampel, yaitu A1438G

Terdapat mutasi lain pada sampel hasil kloning 7 , yaitu G1485A

27 Mei 2010 20/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Mutasi A1438G (Ada pada setiap sampel) dilaporkan di database Mitomap sebagai mutasi yang berkaitan dengan diabetes mellitus (Tawata, 1998)

Mutasi G1485A belum dilaporkan ke Mitomap

27 Mei 2010 21/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Sindrom LocusPenyakit

Alel RNAHo

�

He�

Status

Diabetes Mellitus

MTRNR1 DM C1310T

12S + - Prov

Diabetes Mellitus

MTRNR1 DM A1438G

12S + - Prov

Diabetes Mellitus

MTTL1 DM/DMDF

A3243G

tRNALeu

- + Cfrm

Sampel merupakan penderita diabetes mellitus tanpa penyakit neuropatik yang menyertai sehingga mutasi yang diperoleh diperkirakan berkaitan dengan penyakit diabetes mellitus.

27 Mei 2010 22/24Seminar Tugas Akhir

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

Mutasi Penelitian Sebelumnya

Perlakuan 1(PCR)

Perlakuan 2 (Kloning)

T1349G √ - -

T1420G √ - -

A1438G √ √ √G1485A - - √

Sampel bersifat heteroplasmi karena memiliki campuran mtDNA termutasi yang berbeda antara perlakuan 1, perlakuan 2, dan penelitian sebelumnya

Terdapat mutasi A1438G pada sampel dengan perlakuan PCR dan kloning yang dilaporkan berkaitan dengan diabetes mellitus

Terdapat mutasi yang belum dilaporkan, G1485A, pada sampel dengan perlakuan 2 (kloning)

27 Mei 2010 Seminar Tugas Akhir 23/24

Pendahuluan :: Metodologi Penelitian :: Hasil :: Pembahasan :: Kesimpulan

TERIMA KASIH

27 Mei 2010 24/24Seminar Tugas Akhir