presentation gentum ok!!!

Upload: sefnirevina

Post on 18-Jul-2015

16 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

PRESENTASI GENETIKA TUMBUHANREVIEW :

Variasi genetik dan identifikasi spesies Thailand Boesenbergia (Zingiberaceae) dianalisis oleh polimorfisme cpDNA Disusun oleh:

SEFNI REVINA 0703120696

Variasi genetik dan filogeni molekular dari 22 taksa yang mewakili 14 spesies yang masih ada dan 3 teridentifikasi taksa Boesenbergia (Boesenbergia sp. 1, Boesenbergia sp. 2, Boesenbergia sp. 3) di Thailand dan empat spesies outgroup (Cornukaempferia aurantiflora, Hedychium biflorum, Kaempferia parviflora, dan Scaphochlamys rubescens) yang diperiksa oleh sequencing dari 3 kloroplas (cp) DNA daerah (matK, psbA-trnH dan petA-psbJ). Profil metabolic Boesenbergia di mana tidak ada data yang tersedia sekarang.

untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasikan profil metabolic Boesenbergiauntuk mengevaluasi variasi genetik dan hubungan phylogenetic Boesenbergia di Thailand untuk mengidentifikasi marker molekular yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi spesies yang berasal dari taksa ini, informasi dasar kemudian bisa diberlakukan untuk memecahkan identifikasi taksonomi secara parsial pada Boesenbergia Thailand.

Morfologi eksternal beberapa spesies Boesenbergia Thailand; (A) B. siamensis, (B) B. petiolata, (C) B. plicata (berbunga merah), (D) B. plicata (berbunga kuning), (E) B. pullcherima (F) Boesenbergia sp.2 (daun berselang seling), (G) B. regalis dan (H) B. tenuispicata

Sampling dari 22 taksaEkstraksi DNA dan penentuan konsentrasi ekstrak DNA dengan spektrofotometri

PCR (region matK, psbA-trnH, dan petA-psbJ/psbL setiap taksa) dan sequencing DNAstruktur gen

B. rotunda ditanam secara komersial dan rhizomenya digunakan: untuk obat-obatan ( yaitu. perawatan sakit perut dan sebagai suatu aphrodisiac pada obat; Trakoontivakorn et al., 2001) untuk keperluan dapur. Rhizome spesies ini mengandung unsur aktif yang melawan: HIV-1 protease dan anti-tumor

anti-mutagenic dan aktivitas anti-inflammatory.

Dalam kaitan dengan kekayaan ini, spesies Boesenbergia ini memperoleh perhatian penting sebagai sumber unsur aktif untuk perawatan medis.

Keterbatasan keanekaragaman genetik diamati dari setiap region kloroplas menghasilkan divergensi (penyebaran) sekuen interspesifik yang rendah ( 0.25-1.74%) antara spesies Boesenbergia. Karena spesies mempunyai spesimen replikasi. Variabilitas genetik intraspecific diamati pada B. longiflora ( 0.54%), B. plicata ( 0.05-0.10%), B. pulcherrima ( 0.00-0.15%) dan B. rotunda ( 0.00-0.20%) tetapi tidak pada B. curtisii dan B. longipes.

Karakteristik sekuen nukleotida divergen dari matK, psbAtrnH dan petA-psbJ Boesenbergia dan outgroup acuan.

Sekuen nukleotida polimorfik matK, psbA-trnH, dan petA-psbJ antara Boesenbergia mengungkapkan species-specific marker orthologous dalam semua taksa yang diselidiki ( tabel 2). taksonomi tak dikenal pada spesies asli Boesenbergia sp.1 dan Boesenbergia sp.2, telah ditetapkan menjadi B. plicata dan B. rotunda sedangkan B. pulcherrima dan B. cf. pulcherrima1 dan B. cf. pulcherrima2 memperlihatkan variasi bunga. Semua dikenali sebagai B. pulcherrima. Sebagai tambahan, kemiripan morfologi Boesenbergia sp.3 dan B. longiflora memperlihatkan sekuen spesies-diagnostik yang berbeda.

Variasi morfologi anther crest dari B. pulcherrima

Identifikasi spesies Boesenbergia

Analisa filogenetik berdasarkan kombinasi sekuen matK, psbA-trnH dan petA-psbJ menghasilkan 96 pohon parsimonious terbanyak dengan panjangnya yang sama 208 step dan konsistensi ( CI) dan ingatan ( RI) indeks 0.72 dan 0.83, berturut-turut. 50% pohon konsensus berperan besar membagi Boesenbergia kedalam 3 kelompok yang mencakup: A ( B. longiflora, B. basispicata, B. tenuispicata, B. prainiana, B. plicata, B. longipes, B. xiphostachya, B. petiolata, B. pulcherrima, B. thorelii, Boesenbergia sp.1 dan Boesenbergia sp.3) B ( B. curtisii, B. rotundat, B. regalis dan Boesenbergia sp.2) dan, C ( B. siamensis).

Keidentikan Boesenbergia asli dari perbedaan lokasi geografi yang cluster filogenetiknya bersama dengan nilai bootstrapping signifikan, seperti pada cladogram berikut.

Pada kladogram tersebut perbedaan antara lineage merupakan perbedaan jumlah kromosom 2n=20 pada kelompok A dan 2n=24 dan 36 untuk kelompok B

Lane M (50 bp ladder) termasuk DNA marker

Gambar diatas mempertimbangkan sekuen nukleotida psbA-trnH pengatur jarak parsial, penyisipan CTT(A/C/T)GTGTA ditemukan dalam semua Boesenbergia yang dialokasikan ke dalam clade A tetapi tidak ke B dan C. Apalagi, region yang besebelahan dengan 5' melakukan penyisipan Rsa I membiarkan pengenalan situs serta pengembangan PCRRFLP untuk membedakan garis keturunan Boesenbergia: kehadiran situs restriksi; clade Aketidakhadiran situs restriksi; clades B dan C) yang diperoleh dari analisa phylogenetik sekuen chloroplast DNA.

'gel' electrophoresis agarose menggambarkan analisa restriksi psbA-trnH pengatur jarak parsial RsaI-digested B. petiolata (lane 1), Boesenbergia sp.3 ( lane 2), B. basispicata ( lane 3), B. longiflora ( lane 4), B. longipes (lane 5), B. plicata ( lane 6), B. prainiana ( lane 7), B. pulcherrima ( lane 8), B. tenuispicata ( lane 9), B. thorelii (lane 10), B. xiphostachya (lane 11), B. curtisii ( Krabi, lane 12), B. curtisii ( Nakhon Si Thanmmarat, lane 13), B. regalis (lane 14), Boesenbergia sp.2 ( daun variegated, lane 15), B. rotunda ( Krachai Dang, lane 16), B. siamensis (lane 17), C. aurantiflora (lane 18), H. biflorum (lane 19), K. parviflora (lane 20) dan S. rubescens (lane 21).

Boesenbergia bermanfaat bagi perawatan medis, salah satunya B. rotunda Keterbatasan keanekaragaman genetik diamati dari setiap region kloroplas menghasilkan divergensi (penyebaran) sekuen interspesifik yang rendah ( 0.251.74%) antara spesies Boesenbergia Marker molekular yang dapat digunakan untuk mengindentifikasi spesies Boesenbergia matK, psbAtrnH dan petA-psbJ serta lane M pada elektroforesis