Oleh : Puspaning Utami 10407038

Identifikasi Komunitas Fungi Ganoderma sp Penyebab Penyakit Busuk Pangkal Batang pada Lahan Kelapa Sawit di daerah Pangkalan Bun Kalimantan dengan pendekatan yang dideteksi dengan pendekatan internal transcrib spacer ribosomal DNA

PENDAHULUAN

LATAR BELAKANGKonfirmasi dengan pendekatan molekular daerah ITS

Penyakit BPB

Rekonstruksi hubungan filogenetikIdentifikasi berdasarkan karakteristik morfologi dan mikroskopik.

Penurunan produktivitas (jumlah tandan dan bobot buah menurun). Kematian pada tunas kelapa sawit.

Analisis pola hasil restriksi

LATAR BELAKANG

ITS merupakan daerah pada ribosomal DNA fungi yang berupa multiple copy gene dan memiliki variable region diantara spesies fungi serta telah umum digunakan dalam studi taksonomi fungi.

Gardes et al. 1991; Gardes & Bruns 1991; Baura et al. 1992; Chen et al. 1992; Lee & Taylor 1992

TUJUAN1

Mengidentifikasi komunitas fungi Ganoderma sp pada lahan sawit di Kalimantan secara molekuler dengan pendekatan metode internal transcribed spacer. Menentukan hubungan kekerabatan antara spesies fungi hasil identifikasi molekuler.

2

HIPOTESISIdentifikasi fungi Ganoderma sp penyebab penyakit busuk pangkal batang pada lahan sawit mengacu kepada single species.

METODE KERJA

METODE KERJAPengambilan sampel jamur yang akan diidentifikasi dalam bentuk tubuh buah dari inang Elais guineensis

Deskripsi Fungi Makroskopis berdasarkan: 1. Morfologi cap. 2. Warna cap. 3. Bentuk stalk/batang. 4. Cara gill menempel dengan cap. 5. Bentuk permukaan spora di bawah cap (berbentuk gills, pores, ridges, atau teeth.

Inokulasi kultur jaringan jamur ke dalam Ganoderma selective medium (GSM). Inkubasi selama 5 hari

METODE KERJAFungi yang tumbuh pada Ganoderma selective medium (gsm) disolasi dan ditransfer ke medium potato dextrose broth (PDB) dan diinkubasi 250C. Ekstraksi DNA dengan metode CTAB. Pengukuran konsentrasi dan purity DNAabsorbansi spektrofotometer.

Amplifikasi sekuens gen ITS 1, gen 5.8 s, dan gen ITS2 dengan PCR. Primer: ITS1 (5-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3), ITS4 5-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3) Visualisasi hasil PCR melalui elektroforesis. Direct sekuensing

Analisis restriksi sekuens ITS. Konstruksi dendogram dari hasil analisis restriksi dengan UPGMA cluster analisis (untuk melihat hubungan dari isolat yang diidentifikasi)

ANALISIS DATA Analisis data akan dilakukan melalui konstruksi pohon filogenetik dari hasil direct sequencing ITS region menggunakan program Mega5. Analisis data dari pola-pola hasil restriksi ditunjukkan dengan menentukan nilai simple matching coefficient menggunakan program Numerical Taxonomy System software package kemudian konstruksi dendogram menggunakan UPGMA (unweighted pair-group method wirh arithmatic averages) cluster analysis.

METODE KERJAPengamatan fungi makroskopis dan subkultur pada medium selektif Pengamatan mikroskopis dari isolat di medium PDA (bentuk hifa, basidium, dsb) dengan lactophenol cotton blue. Rhodamin B + minyak zaitun Subkultur mada Berpendar oranye medium cair di bawah UV 350 nm PDB(Kouker & Jaeger, 1987)

Ekstraksi DNA genomik fungi dengan metode CTAB

PCR sekuens ITS dan direct sequencing untuk mengkonfirmasi daerah ITS tersebut

p-nitrofenol (warna kuning) absorbansi 410 nm (Lee dkk, 1999)

METODE KERJAPengamatan fungi makroskopis dan subkultur pada medium selektif Pengamatan mikroskopis dari isolat di medium PDA (bentuk hifa, basidium, dsb) dengan lactophenol cotton blue. Subkultur mada medium cair PDB

Ekstraksi DNA genomik fungi dengan metode CTAB

PCR sekuens ITS dan direct sequencing untuk mengkonfirmasi daerah ITS tersebut

METODE KERJAPengamatan fungi makroskopis dan subkultur pada medium selektif Pengamatan mikroskopis dari isolat di medium PDA (bentuk hifa, basidium, dsb) dengan lactophenol cotton blue. Subkultur mada medium cair PDB Ekstraksi DNA genomik fungi dengan metode CTAB PCR sekuens ITS dan direct sequencing untuk mengkonfir masi daerah ITS tersebut

Terima Kasih