presentasi kenaf_seminar proposal

18
Analisis Diversitas Genetis Tanaman Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) KR 11 Hasil Mutasi EMS (Ethyl Methanesulfonate) dengan Penanda Gen Maturase K (Matk) dan Marka Morfologi Oleh: Rikza Hakin Pembimbing Dr. Ir. Estri Laras A., MSc.St. Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Brawijaya Malang 2012

Upload: rikzahakin

Post on 26-Nov-2015

70 views

Category:

Documents


0 download

DESCRIPTION

Presentasi umtuk penelitian mengenai keragaman tanaman kenaf secara molekuler dan morfologi

TRANSCRIPT

Slide 1

Analisis Diversitas Genetis Tanaman Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) KR 11 Hasil Mutasi EMS (Ethyl Methanesulfonate) dengan Penanda Gen Maturase K (Matk) dan Marka Morfologi

Oleh:Rikza Hakin

PembimbingDr. Ir. Estri Laras A., MSc.St.

Jurusan BiologiFakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan AlamUniversitas BrawijayaMalang2012

PENDAHULUANLATAR BELAKANG

Nilai ekonomisVarietas unggulKR 11EMSPerubahan morfologi (Arumingtyas, dkk., 2005)matK?Gambar 1. Hibiscus cannabinus L. RAPD3matK (maturase K) tergolong dalam genom kloroplasMemiliki panjang sekitar 1570 bpTerletak di antara intron dari trnKTingkat subtitusi nukleotida yang tinggi sehingga termasuk salah satu kandidat terkuat untuk barcoding tanaman

Gambar 2. Lokasi matK dalam genom kloroplasMengapa memilih matKkelebihan matKMengapa memilih area dg substitusi yg tinggi 4RUMUSAN MASALAH1. Bagaimana polimorfisme yang terjadi pada gen matK dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS?2. Bagaimana keragaman karakter morfologi dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS tersebut?

Kloroplas genom ikut dibahas atau tidak?5TUJUANMengetahui polimorfisme yang terjadi pada gen matK dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMSMengetahui keragaman karakter morfologi dari tanaman kenaf KR 11 hasil mutasi EMS tersebutMANFAAT1. Dapat memperoleh informasi mengenai keragaman kenaf hasil mutasi EMS baik secara molekuler maupun secara morfologi sehingga dapat digunakan sebagai acuan dan bahan pertimbangan dalam penggunaan mutagen kimia untuk pemuliaan tanaman kenaf.

Kerangka operasionalPersiapanPenanamanIsolasi DNA, PCR gen matK, Sekuensing matKPengamatan karakter batang, daun, bunga, buah dan bijiMolekulerMorfologiPersiapan dan Penanaman KR 11KR 11 0,05% (3) 1KR 11 0,1%KR 11 0,3%Ditanam pada pot @ 10 kg tanah (tanah:kompos=10:1)5 lubang (kedalaman 2 cm)/pot @ 1 biji1 tanaman/pot (28 HST)5 Ulangan @ 2 tanaman/potKR 11 0,05% (3) 2KR 11 0,05% (4)9Isolasi DNA (Doyle dan Doyle, 1990)0.1 gram daun kenaf digerus dengan mortar dan pestel ditambahkan buffer ekstrak 1 mL (2% CTAB, 100 mM Tris/HCl, pH 7.5, 1.4 M NaCl, 2% polyvinylpyrrolidone (PVP)-40, 20 mM ethylene diamine tetraacetic acid (EDTA) pH 8.0) ditambahkan 20 L/mL b-mercaptoethanol , inkubasi pada waterbath 65C, 1 jam disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 15 menit, RT supernatan dipisahkan, ditambahkan PCI 1:1, sentrifugasi kembali

- supernatan (upper phase) dipisahkan, ditambahkan CI 1:1, vortex, sentrifugasi kembali , 4C

- supernatan (upper phase) dipisahkan, ditambah ethanol absolut 2.5x volume + Ammonium asetat 7.5 M sebanyak 0.1x volume- mix gentle dan diinkubasi pada suhu -20C selama 1 jam, sentrifugasi- pelet dipisahkan, ditambah ethanol 70% 500 L, sentrifugasi- pelet dipisahkan dan dikeringkan dalam oven 55C- ditambahkan TE buffer 7.6

DNA whole genomeDNA whole genomeUji kualitatifUji KuantitatifElektroforesis gel agarose 1%Spektrofotometri [DNA] = 260 x 50 x faktor pengenceranPCR (CBOL, 2009)Pembuatan PCR mix (master mix PCR 5 L, primer forward dan reverse @1 L (matK390F dan matK1326R), BSA 2 L)Dimasukkan dalam microtube, ditambah DNA sampel @1 LDilakukan mix gentle dan di spin downDilakukan program PCR denaturasi awal 94C, 3 menit; 35 siklus [denaturasi 94C 1 menit; annealing 61.3C 45 detik; ekstensi pada 72C 1 menit]; ekstensi akhir 72C,5 menitElektroforesis gel agarose 1.5%SekuensingHasil PCR yang diperoleh dikirim ke Macrogen, Korea, untuk dilakukan proses sekuensingKarakter MorfologiDaun Batang Bunga Buah Biji Tinggi tanaman, diameter batang, tekstur batang, jumlah cabang, jumlah bukuumur bunga pertama, umur berbunga 50%tekstur buah, jumlah buah, posisi buah buku pertamaBentuk biji, ukuran bijiada tidaknya daun penumpu, bentuk daun, sudut daun, panjang dan lebar daun, berat daun, panjang tangkai daun, ada tidaknya bulu pada permukaan daun Analisa DataHasil sekuensing disejajarkan (Aligment) dengan software MEGA5 dan dibentuk dendogram untuk mengetahui persamaan antar galur tanaman kenafPengamatan mengenai variasi mutasi yang terjadi dari galur kenafData morfologi diubah menjadi data biner dan dibentuk dendogram dengan software Clad97KegiatanNovDesJanFebMarAprMeiJunPenentuan topik penelitianUji viabilitasPreparasi media tanamSeminar proposalPenanamanAnalisis molekulerAnalisis morfologiSeminar Hasil17TERIMA KASIH