perbedaan prokariot eukariot
TRANSCRIPT
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
1/21
Perbedaan transkripsi dan translasi pada eukariot dan prokariot
Transkripsi
1. Jenis gen
Prokariot
Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali
(promoter); bagian struktural; dan terminator.
Promoter merupakan bagian gen yang berperan dalam mengendalikan
proses transkripsi dan terletak pada ujung 5.Promoter pada prokariot juga
terdiri atas operator.
Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir
(downstream) dari promoter. Bagian inilah yang mengandung urutan DNA
spesifik (kode-kode genetik) yang akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari bagian
struktural yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses
transkripsi. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pada enzim RNA
polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi
transkripsi pada prokariot dapat dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu 1)
terminasi yang ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent) dan 2) diatur oleh suatu protein (faktor rho) atau disebut rho-
dependent.
Eukariot
Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yang
mengkode 18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA
polimerase I);
Pada gen kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara
(spacer promoter) dan promoter utama.
Gen kelas II : meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa
RNA berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus (ditranskripsi oleh
RNA polimerase II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu
sekuens pemulai (initiator) yang terletak pada daerah inisiasi transkripsi,
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
2/21
elemen hilir (downstream) yang terletak disebelah hilir dari titik awal
transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen kelas III :
meliputi gen-gen yang mengkode tRNA, 5S rRNA dan beberapa RNA
kecil yang ada di dalam nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III).
Sebagian besar gen kelas III merupakan suatu cluster dan berulang.
2. Sistem operon
Prokariot
Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh :
operon lac (operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa
pada bakteri Escherichia coli). Adanya sistem operon karena satu
promotor mengendalikan seluruh gen struktural.
Eukariot
Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan
seluruh gen struktural.
3.
Sifat gen
Prokariot
Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yang membawa
kode-kode genetik untuk 3 macam polipeptida yang berbeda : mRNA
polisistronik, artinya dalam satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu
rangkaian kodon (sistron) untuk polipeptida yang berbeda. Dengan
demikian, masing-masing polipeptida akan ditranslasi secara independen
dari satu untaian mRNA yg sama.
Eukariot
Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yang
dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA
hanya membawa satu macam rangkaian kodon untuk satu macam
polipeptida).
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
3/21
4. Keberadaan intron
ProkariotCiri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi
translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon
STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian
asam amino. Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen
tersebut akan mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode
oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan. Jadi, pada prokariot tidak ada
intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.
Eukariot
Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering
dijumpai meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron. Gen
eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang
mengkode suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode
urutan spesifik (intron).
5.
Letak RNA polymerase
Prokariot
Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang
membedakan dengan eukariot).
Eukariot
RNA polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di
daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yang
disebut faktor transkripsi (transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu
: (1) TF umum dan (2) TF yg khusus untuk suatu gen. TF umum dalam
mengarahkan RNA polimerase II ke promoter adalah TFIIA, TFIIB,
TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
4/21
6. Proses transkripsi translasi
ProkariotPada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara
serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt
dimulai.
Eukariot
Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara
serentak. Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi
berlangsung di dalam sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda
waktu antara transkripsi dengan translasi, yang disebut sebagai fase pasca-
transkripsi.
Pada fase ini, terjadi proses :
1). Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);
2). Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3mRNA);
3). Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA dan
4). Penyuntingan mRNA
7. Mekanisme transkripsi
Prokariot
Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:
1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
2) pemanjangan
3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida
komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka
hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah
untai ganda, namun yang berperanan sebagai cetakan, hanya salah satu
untaiannya
Eukariot
Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai
mekanisme pada prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
5/21
proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA
polimerase pada daerah promoter.
Translasi
1. Aliran informasi genetik
Prokariot
Prokariot tidak memiliki membran inti sehingga setelah transkripsi
langsung dapat melakukan translasi.
Eukariot
Pada eukariot, transkripsi harus sampai selesai baru diangkut ke
sitoplasma untuk ditranslasi.
2. Inisiator
Prokariot
Pada prokariot faktor insiasinya yaitu IF1, IF2, dan IF3.
Eukariot
Pada eukariot faktor inisiasinya yaitu eIF4A, eIF4E dan eIF4G.
3. Ribosomal
Prokariot
Pada prokariot ribosomal berupa 70S (subunit besar 50S dan subunit kecil
30S).
Eukariot
Pada eukariot ribosomal berupa 80S (subunit besar 60S dan subunit kecil
40S).
4. Pembentukan kompleks inisiasi
Prokariot
Macam faktor inisiasi translasi pada prokariot disebut IF.
Jumlah faktor inisiasi translasi pada prokariot lebih sedikit.
Asam amino pertama translasi pada prokariot berupa formyl methionin.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
6/21
Eukariot
Macam faktor inisiasi translasi pada eukariot disebut eIF.Jumlah faktor inisiasi translasi pada prokariot lebih banyak.
Asam amino pertama translasi pada eukariot adalah methionin.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
7/21
Macam RNA dan fungsinya
Pada dasarnya, terdapat dua kelompok utama RNA yang menyusun makhluk
hidup, yaitu RNA genetik dan RNA non genetik.
a. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yakni merupakan
molekul genetik yang secara keseluruhan bertanggung jawab dalam membawa
segala materi genetis, seperti yang dimiliki DNA, seperti pada beberapa jenis
virus. Selain sebagai materi genetik, RNA pulalah yang mengatur aktivitas sel.
b. RNA nongenetik
RNA nongenetik merupakan RNA yang tidak berperan sebagai DNA. RNA
nongenetik dimilik oleh makhluk hidup yang materi genetiknya diatur oleh
DNA. Pada makhluk hidup kelompok ini, di dalam di dalam selnya terdapat
DNA dan RNA.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA nongenetik dibedakan menjadi tiga
macam, yakni RNA duta, RNA ribosom, dan RNA transfer.
1.
RNA duta atau messenger RNA (mRNA) merupakan asam nukleat yang
berbentuk pita tunggal dan merupakan RNA terbesar atau terpanjang yang
bertindak sebagai pola cetakan pembentuk polipeptida.
Gambar 1. Struktur mRNA
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
8/21
Fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode genetik dari DNA ke
ribosom. mRNA juga berfungsi sebagai cetakan dalam sintesis protein.
2. RNA transfer (tRNA) merupakan RNA terpendek yang bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA.
Gambar 2. Struktur tRNA
tRNA berfungsi mengikat asam-asam amino yang akan disusun menjadi
protein dan mengangkutnya ke ribosom. Pada tRNA terdapat bagian yang
berhubungan dengan kodon yang dibuat antikodon dan bagian yang berfungsi
sebagai pengikat asam amino.
3. RNA ribosom (rRNA) merupakan RNA dengan jumlah terbanyak dan
penyusun ribosom. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan
fleksibel. Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai
sekarang masih belum banyak diketahui, tetapi diduga memiliki peranan
penting dalam proses sintesis protein.
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat
di dalam nukleus. rRNA bersama protein membentuk ribosom, benda-benda
berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma. Ribosom bertindak sebagai
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
9/21
Mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang
mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.
Gambar 3. Struktur rRNA
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
10/21
Proses maturasi RNA
Setelah DNA berhasil membuat RNA dalam proses transkripsi disebut RNA copy,
proses berikutnya adalah maturasi yaitu capping, splicing dan penambahan
poly(A)tail.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
11/21
1. Capping adalah proses perubahan lima primer mRNA menjadi tiga primer
mRNA melalui pautan 5-5. Proses ini berguna agar mRNA dapat menempel
pada ribosom dan menghindari terdegradasinya mRNA oleh enzim 5
exonulcease.
2.
Splicing adalah membuang intron, bagian yang tidak memiliki kode (non
coding region), sehingga mRNA hanya terdiri dari exon saja, yaitu bagian
yang memiliki kode (coding region). Pada sel eukariot transkripsi terjadi satu
kali dan mengkode sejumlah rangkaian mRNA yang tidak mempunyai intron.
Proses ini dibantu oleh splicesome yang menempel pada intron, menjadikan
intron melingkar dan memotongnya. Dengan demikian dua exon dapat
bergabung.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
12/21
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
13/21
Sistem deteksi dini cacat molekul
Berbagai metode yang digunakan untuk mendeteksi cacat molekul. Tergantung
pada tujuan, metode ini dapat digunakan sendiri atau dalam kombinasi. Metode
ini akan dibahas dalam dua kategori: deteksi mutasi dalam genom mitokondria
dan gen nukleus.
Analisis Perubahan dalam genom mitokondr ia
Deteksi berulang mutasi umum
Mutasi ini biasanya diskrining menggunakan metode PCR/RFLP atau PCR/ASO
(alel spesifik oligonukleotida). Yang pertama dilakukan adalah dengan menguji
setiap mutasi yang diketahui secara individual, sedangkan yang kedua dilakukan
dengan multipleks PCR daerah yang mengandung mutasi titik umum diikuti
dengan analisis dot-blot ASO. Metode deteksi mutasi lain termasuk tes
diskriminasi alel TaqMan atau Sanger sequencing daerah spesifik dari genom
mitokondria juga dapat digunakan.
Deteksi mutasi titik yang tidak diketahui dalam genom mitokondria
Secara historis, ada beberapa metode deteksi mutasi untuk skrining mutasi yang
tidak diketahui termasuk single strand conformation polymorphism (SSCP),
temporal temperature gradient gel electrophoresis (TTGE), temperature gradient
gel electrophoresis (TGGE), denaturant gradient gel electrophoresis (DGGE) dan
denaturing high performance liquid chromatography (cHPLC). Karena Sanger
sequencing diperlukan untuk mengkonfirmasi mutasi yang tepat yang dihasilkan
dari perubahan deteksi, metode deteksi mutasi tidak langsung ini telah digantikan
oleh Sanger sequencing langsung dari daerah target menggunakan primer spesifik.
Analisis Sanger sequencing dari seluruh genom mitokondria biasanya dibentuk
oleh amplifikasi PCR menggunakan 24-36 pasangan primer amplifying
overlapping fragmen yang mencakup seluruh genom mitokondria diikuti oleh
sekuensing menggunakan primer spesifik. Karena luasnya fitur polimorfik dari
mtDNA, tingginya frekuensi single nucleotide polimorphisms (SNPs) di beberapa
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
14/21
sisi primer, dan gangguan urutan homolog mtDNA nukleus, fragmen mtDNA
mungkin tidak efisien beramplifikasi atau tidak beramplifikasi sama sekali.
Namun, kendala tersebut dapat diatasi dengan long-range PCR dari seluruh
genom mitokondria diikuti oleh massively parallel sequencing. Keuntungan dari
pendekatan yang dikembangkan baru-baru ini adalah deteksi simultan dari mutasi
titik mtDNA.
Kuantifikasi Titik Mutasi Heteroplasmi
Mengetahui tingkat mutasi heteroplasmi dan jaringan distribusi sangat penting
untuk menghubungkan fenotip klinis dengan hasil tes pasien dengan gangguan
mtDNA. Secara tradisional, ini dilakukan dengan penambahan -32 P-ATP ke
dalam campuran PCR pada siklus terakhir diikuti dengan analisis restriction
fragment length polymorphism (RFLP) dan kuantifikasi pita DNA dengan
Phosphor-Imager. Namun, karena kelemahan menggunakan bahan radioaktif dan
memakan waktu prosedur RFLP, metode ini secara bertahap digantikan oleh
pengembangan nonradioaktif, lebih akurat dan real-time yang cepat pada metode
amplification refractory mutation systems quantitative PCR (ARMS-qPCR), yang
menyediakan deteksi simultan dan kuantifikasi mutasi titik mtDNA heteroplasmi.
Pengukuran Jumlah Salinan mtDNA
Perubahan pada jumlah salinan mtDNA merupakan indikasi gangguan
mitokondria. Peningkatan kandungan mtDNA menunjukkan mekanisme
kompensasi karena kekurangan fungsi mitokondria, sedangkan pengurangan
kandungan mtDNA menunjukkan cacat pada biosintesis mtDNA, biasanya
sekunder akibat mutasi pada gen nukleus. Pengukuran jumlah salinan mtDNA
dilakukan oleh PCR kusntitatif real-time menggunakan probe mtDNA dan
referensi gen nukleus yang unik. Jumlah salinan rasio mtDNA/nDNA adalah
ukuran kandungan mtDNA. Ketika kandungan mtDNA bervariasi antara jaringan
yang berbeda dan dalam beberapa jaringan juga berubah dengan usia, jumlah
salinan mtDNA individu dibandingkan dengan nilai rata-rata jaringan dan kontrol
usia yang cocok. Kandungan mtDNA dalam jaringan otot dari pasien dengan
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
15/21
sindrom penurunan mtDNA encephalomyopathic adalah
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
16/21
jaringan yang terkena, seperti otot atau hati, menunjukkan penipisan dengan
metode qPCR, kemudian sekelompok gen yang bertanggung jawab untuk bentuk
hepatocerebral sindrom deplesi mtDNA dapat diurutkan. Jika ada indikasi miopati
dan / atau oftalmoplegia eksternal progresif, dan beberapa mtDNA deletion, maka
gen yang bertanggung jawab untuk fenotipe ini dapat diurutkan.
Oligonucleotide Array Comparative Genomic Hybridization (aCGH)
Meskipun analisis sekuensing mendeteksi mutasi titik dan sedikit penyisipan /
deletion, tidak mendeteksi intragenik besar atau keseluruhan gene deletion.
Sebuah metode oligonukleotida array-based comperative genomic hybridization
(aCGH) telah dikembangkan untuk menyediakan 16,6 kb genom mitokondria dan
high-density seluruh gen nukleus yang terlibat dalam biogenesis mitokondria,
struktur, dan fungsi. Beberapa studi telah menunjukkan bahwa desain ini mampu
mendeteksi deletion besar di kedua nukleus dan genom mitokondria. Paling
penting, breakpoints dan tingkat heteroplasmi deletion mtDNA besar dapat
diperkirakan. Selain itu, untuk pasien dengan sindrom penurunan mtDNA, array
ini dapat mendeteksi perubahan jumlah salinan pada kedua gen nukleus dan
mtDNA (dikurangi jumlah salinan mtDNA). Sebuah contoh yang baik adalah
bahwa bayi laki-laki yang mengembangkan gagal hati selama masa bayi. Sebuah
biopsi hati mengungkapkan deplesi mtDNA parah (hanya 6% dari jaringan
kontrol yang cocok). Kakaknya juga meninggal karena gagal hati selama masa
bayi. Analisis urutan menemukan mutasi heterozigot, p.E227K, pada gen
DGUOK. Karena bentuk hepatocerebral sindrom deplesi mtDNA adalah
gangguan resesif autosomal, sejarah keluarga dan konten mtDNA dalam hati
menyarankan bahwa alel mutan kedua harus hadir. Analisis aCGH
mengungkapkan deletion heterozigot ekson 4 di proband dan ibu pembawa, dan
profil mtDNA menunjukkan pengurangan 97% dalam jumlah salinan, konsisten
dengan deplesi mtDNA. Beberapa contoh lain yang menunjukkan deletion besar
dalam gen, termasuk POLG, DGK, TK2, TP, dan MPV17, bertanggung jawab
pada deplesi mtDNA, juga telah dilaporkan.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
17/21
Interpretasi Urutan Varian
Untuk memahami signifikansi klinis dan/atau fungsional varian ini, mereka harus
diklasifikasikan secara tepat berdasarkan riwayat keluarga, keturunan, korelasi
klinis, studi fungsional, dan laporan literatur. Klasifikasi dan pedoman yang
diterbitkan oleh ABMG pada tahun 2008 untuk interpretasi varian baru dengan
menggunakan Standar dan Pedoman ACMG harus diikuti. Prosedur rinci juga
telah diterbitkan dalam Metode dalam Biologi Molekuler. Beberapa database
tersedia secara publik dan perangkat lunak yang dapat diakses di internet
termasuk Human Genome Mutation database (HGMD), Single Nucleotide
Polymorphism Database dbSNP, PubMed, Online Mendelian Inheritance in Man
(OMIM), Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT), Polymorphism Phenotypng
(PolyPhen), ESE, NetGene, dan BDGP.
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
18/21
Dewi,R. 2013.Proses Transkripsi pada Prokariotik dan Eukariotik. Universitas
Brawijaya. Malang.
Ferdinand, P.F. & M. Ariebowo. 2007.Praktis Belajar Biologi. Visindo Media
Persada. Jakarta.
Lusty,K. 2011. Translasi.
http://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.html.
Sutarno. 2013.Ekspresi Gen.http://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-
gen.
1.
Wong LJ (2010) Molecular genetics of mitochondrial disorders. Dev Disabil Res Rev 16(2):154162
2.
Wong LJ et al (2010) Current molecular diagnostic algorithm for mitochondrial disorders. Mol Genet Metab100(2):111117
3. Calvo S et al (2006) Systematic identification of human mitochondrial disease genes through integrativegenomics. Nat Genet 38(5):576582
4. Dimmock DP et al (2008) Clinical and molecular features of mitochondrial DNA depletion due to mutationsin deoxyguanosine kinase. Hum Mutat 29(2):330331
5.
El-Hattab AW et al (2010) MPV17-associated hepatocerebral mitochondrial DNA depletion syndrome: newpatients and novel mutations. Mol Genet Metab 99(3):300308
6. Tang S et al (2011) Mitochondrial DNA polymerase {gamma} mutations: an ever expanding molecular andclinical spectrum. J Med Genet 48(10):669681
7. Wong LJ, Boles RG (2005) Mitochondrial DNA analysis in clinical laboratory diagnostics. Clin Chim Acta354(12):120
8.
Galbiati S et al (2006) New mutations in TK2 gene associated with mitochondrial DNA depletion. PediatrNeurol 34(3):177185
9. Ostergaard E et al (2007) Deficiency of the alpha subunit of succinate-coenzyme A ligase causes fatalinfantile lactic acidosis with mitochondrial DNA depletion. Am J Hum Genet 81(2):383387
10.
Randolph LM et al (2011) Fatal infantile lactic acidosis and a novel homozygous mutation in the SUCLG1gene: a mitochondrial DNA depletion disorder. Mol Genet Metab 102(2):149152
11.
Wong LJ et al (2007) Mutations in the MPV17 gene are responsible for rapidly progressive liver failure ininfancy. Hepatol 46(4):12181227
12. Milone M et al (2008) Sensory ataxic neuropathy with ophthalmoparesis caused by POLG mutations.Neuromuscul Disord 18(8):626632
13. Milone M et al (2011) Novel POLG splice site mutation and optic atrophy. Arch Neurol 68(6):806811
50.
Calvo SE et al (2012) Molecular diagnosis of infantile mitochondrial disease with targeted next-generationsequencing. Sci Transl Med 4(118):118ra10
51.
Tang S, Huang T (2010) Characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy using a parallel sequencingsystem. Biotech 48(4):287296
52. Vasta V et al (2009) Next generation sequence analysis for mitochondrial disorders. Genome Med 1(10):10053.
Elpeleg O et al (2005) Deficiency of the ADP-forming succinyl-CoA synthase activity is associated with
encephalomyopathy and mitochondrial DNA depletion. Am J Hum Genet 76(6):1081108654.
Mandel H et al (2001) The deoxyguanosine kinase gene is mutated in individuals with depleted hepatocerebralmitochondrial DNA. Nat Genet 29(3):337341
55.
Saada A et al (2001) Mutant mitochondrial thymidine kinase in mitochondrial DNA depletion myopathy. NatGenet 29(3):342324
56.
Debray FG et al (2007) Diagnostic accuracy of blood lactate-to-pyruvate molar ratio in the differentialdiagnosis of congenital lactic acidosis. Clin Chem 53(5):916921
57.
Wolf NI, Smeitink JA (2002) Mitochondrial disorders: a proposal for consensus diagnostic criteria in infantsand children. Neurol 59(9):14021405
58.
CamposY et al (1995) Mitochondrial DNA deletion in a patient with mitochondrial myopathy, lactic acidosis,and stroke-like episodes (MELAS) and Fanconis syndrome. Pediatr Neurol 13(1):6972
59. Niaudet P et al (1994) Deletion of the mitochondrial DNA in a case of de Toni-Debre-Fanconi syndrome andPearson syndrome. Pediatr Nephrol 8(2):164168
60.
Barshop BA (2004) Metabolomic approaches to mitochondrial disease: correlation of urine organic acids.Mitochondrion 4(56):521527
61.
Gibson KM et al (1991) Phenotypic heterogeneity in the syndromes of 3-methylglutaconic aciduria. J Pediatr118(6):885890
http://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.htmlhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://www.slideshare.net/SyarafinaFinna/ekspresi-genhttp://kurniacialusty.blogspot.com/2011/05/translasi_03.html -
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
19/21
62. Sperl W et al (2006) Deficiency of mitochondrial ATP synthase of nuclear genetic origin. NeuromusculDisord 16(12):821829
63. Cizkova A et al (2008) TMEM70 mutations cause isolated ATP synthase deficiency and neonatal
mitochondrial encephalocardiomyopathy. Nat Genet 40(11):1288129064. Shchelochkov OA et al (2010) Milder clinical course of type IV 3-methylglutaconic aciduria due to a novel
mutation in TMEM70. Mol Genet Metab 101(23):282285
65. Ostergaard E et al (2007) Mitochondrial encephalomyopathy with elevated methylmalonic acid is caused bySUCLA2 mutations. Brain 130(Pt 3):853861
66. Tanji K (2012) Morphological assessment of mitochondrial respiratory chain function on tissue sections.Methods Mol Biol 837:181194
67. Milone M et al (2009) Mitochondrial disorder with OPA1 mutation lacking optic atrophy. Mitochondrion9(4):279281
75.
Shanske S, Wong LJ (2004) Molecular analysis for mitochondrial DNA disorders. Mitochon-drion 4(56):403415
97. Wong LJ, Lam CW (1997)Alternative, noninvasive tissues for quantitative screening of mutant mitochondrialDNA. Clin Chem 43(7):12411243
98. Wong LJ, Senadheera D (1997) Direct detection of multiple point mutations in mitochondrial DNA. ClinChem 43(10):18571861
99.
Tang S et al (2012) Analysis of common mitochondrial DNA mutations by allele-specific oligonucleotide andSouthern blot hybridization. Methods Mol Biol 837:259279
100. Brautbar A et al (2008) The mitochondrial 13513G>A mutation is associated with Leigh disease phenotypesindependent of complex I deficiency in muscle. Mol Genet Metab 94(4):485490
101. Wang J et al (2009) Two mtDNA mutations 14487T>C (M63V, ND6) and 12297T>C (tRNA Leu) in a Leighsyndrome family. Mol Genet Metab 96(2):5965
102. Ware SM et al (2009) Infantile cardiomyopathy caused by a mutation in the overlapping region ofmitochondrial ATPase 6 and 8 genes. J Med Genet 46(5):308314
103. Suomalainen A et al (1992) Use of single strand conformation polymorphism analysis to detect pointmutations in human mitochondrial DNA. J Neurol Sci 111(2):222226
104. Wong LJ, Chen TJ, Tan DJ (2004) Detection of mitochondrial DNA mutations using temporal temperaturegradient gel electrophoresis. Electrophoresis 25(15):26022610
105. Chen TJ, Boles RG, Wong LJ (1999) Detection of mitochondrial DNA mutations by temporal temperaturegradient gel electrophoresis. Clin Chem 45(8 Pt 1):11621167
106. Wartell RM, Hosseini SH, Moran CP Jr (1990) Detecting base pair substitutions in DNA fragments by temperature-
gradient gel electrophoresis. Nucleic Acids Res 18(9):26992705107.
Michikawa Y et al (1997) Comprehensive, rapid and sensitive detection of sequence variants of humanmitochondrial tRNA genes. Nucleic Acids Res 25(12):24552463
108. Sternberg D et al (1998) Exhaustive scanning approach to screen all the mitochondrial tRNA genes formutations and its application to the investigation of 35 independent patients with mitochondrial disorders.
Hum Mol Genet 7(1):3342
109. Van Den Bosch BJ et al (2000) Mutation analysis of the entire mitochondrial genome using denaturing highperformance liquid chromatography. Nucleic Acids Res 28(20):E89
110. Landsverk ML, Cornwell ME, Palculict ME (2012) Sequence analysis of the whole mito-chondrial genomeand nuclear genes causing mitochondrial disorders. Methods Mol Biol 837:281300
111. Cui H, Zhang W, Wong LJC (2011) Comprehensive molecular analyses of mitochon-drial genome by next-
generation sequencing. In: 12th international congress of human genetics/61st annual meeting of the American
Society of Human Genetics, Montreal, Canada
112. Dimmock D et al (2010) Quantitative evaluation of the mitochondrial DNA depletion syndrome. Clin Chem56(7):11191127
113.
Bai RK, Wong LJ (2004) Detection and quantification of heteroplasmic mutant mitochondrial DNA by real-time amplification refractory mutation system quantitative PCR analysis: a single-step approach. Clin Chem50(6):9961001
114.
Cox R et al (2011) Leigh syndrome caused by a novel m.4296G>A mutation in mitochondrial tRNAisoleucine. Mitochondrion 12(2):258261
115.
Enns GM et al (2006) Molecular-clinical correlations in a family with variable tissue mitochondrial DNAT8993G mutant load. Mol Genet Metab 88(4):364371
116.
Venegas V, Halberg MC (2012) Quantification of mtDNA mutation heteroplasmy (ARMS qPCR). MethodsMol Biol 837:313326
117.
Lacbawan F et al (2000) Clinical heterogeneity in mitochondrial DNA deletion disorders: a diagnosticchallenge of Pearson syndrome. Am J Med Genet 95(3):266268
118.
Sadikovic B et al (2010) Sequence homology at the breakpoint and clinical phenotype of mitochondrial DNAdeletion syndromes. PLoS ONE 5(12):e15687
119.
Wong LJ (2001) Recognition of mitochondrial DNA deletion syndrome with non-neuromuscularmultisystemic manifestation. Genet Med 3(6):399404
120.
Chinault AC et al (2009) Application of dual-genome oligonucleotide array-based compar-ative genomichybridization to the molecular diagnosis of mitochondrial DNA deletion and depletion syndromes. Genet Med
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
20/21
11(7):518526
121. Wong LJ et al (2008) Utility of oligonucleotide array-based comparativegenomic hybridiza-tion for detection of target gene deletions. Clin Chem
54(7):11411148
122. Wang J et al (2012) Targeted array CGH as a valuable molecular
diagnostic approach: experience in the diagnosis of mitochondrial and metabolic
disorders. Mole Genet Metab 106(2):221230
123. Wong LJ et al (2003) Compensatory amplification of mtDNA in a patient
with a novel deletion/duplication and high mutant load. J Med Genet 40(11):e125
124. Bourdon A et al (2007) Mutation of RRM2B, encoding p53-controlledribonucleotide reductase (p53R2), causes severe mitochondrial DNA depletion.
Nat Genet 39(6):776780
125. Hakonen AH et al (2007) Recessive Twinkle mutations in early onset
encephalopathy with mtDNA depletion. Brain 130(Pt 11):30323040
126. Spinazzola A (2011) Mitochondrial DNA mutations and depletion in
pediatric medicine. Semin Fetal Neonatal Med 16(4):190196
127. Bai RK, Wong LJ (2005) Simultaneous detection and quantification of
mitochondrial DNA deletion(s), depletion, and over-replication in patients withmitochondrial disease. J Mol Diagn 7(5):613622
128. Zhang W, Cui H, Wong LJ (2012) Comprehensive one-step molecular
analyses of mitochon-drial genome by massively parallel sequencing in a clinical
diagnostic laboratory. Clin Chem (Epub PMID: 22777720)
129. Zhang W, Cui H, Wong LJC (2011) Next generation sequencing in
clinical diagnostic labo-ratories: implementation of quantitative and qualitative
controls in dual genome analysis. In: Association for molecular pathology 2011
annual meeting, Grapevine, TX
130. Shaibani A et al (2009) Mitochondrial neurogastrointestinal
encephalopathy due to mutations in RRM2B. Arch Neurol 66(8):10281032
131. Compton AG et al (2011) Application of oligonucleotide array CGH in the
detection of a large intragenic deletion in POLG associated withAlpers Syndrome.
Mitochondrion 11(1):104107
132. Douglas GV et al (2011) Detection of uniparental isodisomy in autosomal
recessive mi-tochondrial DNA depletion syndrome by high-density SNP array
analysis. J Hum Genet 56(12):834839
-
8/10/2019 perbedaan prokariot eukariot
21/21
133. Lee NC et al (2009) Simultaneous detection of mitochondrial DNA
depletion and single-exon deletion in the deoxyguanosine gene using array-based
comparative genomic hybridisation. Arch Dis Child 94(1):5558
134. Zhang S et al (2010) Application of oligonucleotide array CGH to the
simultaneous detection of a deletion in the nuclear TK2 gene and mtDNA
depletion. Mol Genet Metab 99(1):5357
135. Wang J, Rakhade M (2012) Utility of array CGH in molecular diagnosis
of mitochondrial disorders. Methods Mol Biol 837:301312
136. Bainbridge MN et al (2011) Whole-genome sequencing for optimized
patient management. Sci Transl Med 3(87):87re3
137. Lupski JR et al (2011) Clan genomics and the complex architecture ofhuman disease. Cell 147(1):3243
138. Worthey EA et al (2011) Making a definitive diagnosis: successful clinical
application of whole exome sequencing in a child with intractable inflammatory
bowel disease. Genet Med 13(3):255262
139. Wang J et al (2012) An integrated approach for classifying mitochondrial
DNA variants: one clinical diagnostic laboratorys experience. Genet Med
14(6):620626
140. ZhangVW, Wang J (2012) Determination of the clinical significance of an
unclassified variant. Methods Mol Biol 837:337348
141. Richards CS et al (2008) ACMG recommendations for standards for
interpretation and reporting of sequence variations: revisions 2007. Genet Med
10(4):294300