3 Mei 2007 Seminar Penelitian 1

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 2

Pembimbing :Dr.Achmad Saifuddin Noer

Tiga lokus STR untuk melengkapi informasi

identitas mtDNA

Karina Hidayat20506038

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 3

Agenda Presentasi

• Pendahuluan

• Tujuan

• Metoda

• Hasil

• Kesimpulan

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 4

Pendahuluan

• Identifikasi identitas individu dengan polimorfisme DNA inti dan mtDNA

• Identifikasi dengan mtDNA

• Identifikasi dengan DNA inti

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 5

Tujuan

• Mendapatkan beberapa STR yang dapat

memisahkan individu dengan pola

hipervariabel-mtDNA yang sama

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 6

Metoda

• Retrieve data dari public database

• Pengelompokan data berdasarkan pola

pengulangan

• Pemilihan lokus

• Sintesis primer dan PCR

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 7

Hasil

• Raw data dari public database (ENFSI)

• Pengelompokan pola pengulangan

• Pemilihan lokus

• PCR dan elektroforesis gel agarosa

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 8

Kesimpulan

• Lokus yang diduga memiliki kemampuan mendiferensiasi ialah D8S1179, D21S111, dan FGA

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 9

Terimakasih

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 10

Sintesis Primer

FGA5'-GCCCCATAGGTTTTGAACTCA-3' (CTTT strand) 5'-TGATTTGTCTGTAATTGCCAGC-3' (GAAA strand)

D215'-ATA TGT GAG TCA ATT CCC CAA G-3' 5'-TGT ATT AGT CAA TGT TCT CCA G-3'

D185' - TTTTTGTATTTCATGTGTACATTCG - 3' 5' - CGTAGCTATAATTAGTTCATTTTCA - 3'

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 11

Raw data

Data yang berasal dari public site:

• 1172 individu

• Masing-masing terdiri atas 9 lokus

• Setiap lokus terdiri atas dua data repeat

• Total data = 21.096

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 12

Raw Data

Total data 1172

lokus

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 13

Hasil pengelompokan9 lokus9 lokus

Total d

ata 1172T

otal data 1172

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 14

Pemilihan lokus

LokusVARIAN

ALLELEJUMLAH KOMBINASI

REALJUMLAH KOMBINASI

TEORITIS% kombinasi real terhadap teoritis

FGA 33 113 561 20.14

D21S11 22 87 253 34.39

D18S51 21 87 231 37.66

D5S818 12 34 78 43.59

D8S1179 11 44 66 66.67

D13S317 11 34 66 51.52

D3S1358 11 28 66 42.42

VWA 9 35 45 77.78

D7S820 9 33 45 73.33

nHr =nHr = (n+r-1)! (n+r-1)! r!(n-1)!r!(n-1)!

nHr =nHr = (n+r-1)! (n+r-1)! r!(n-1)!r!(n-1)!

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 15

Elektroforesis gel agarosa

Lajur 1 : lokus D8 sampel 1

Lajur 2 : lokus D21 sampel 1

Lajur 3: lokus FGA sampel 1

Lajur 4 : kontrol negatif

Lajur 5 : DNA ladder 0,15-1kb

Lajur 6 : lokus D8 sampel 2

Lajur 7: lokus D21 sampel 2

Lajur 8 : lokus FGA sampel 2

1 2 43 5 76 8

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 16

mtDNA untuk identitas

• Jumlah DNA yang relatif banyak dalam jumlah

sampel sedikit

• Pewarisan sifat dari ibu.

• HV I dan HV II

• Daerah HV I memiliki urutan yang lestari

hingga 7 keturunan

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 17

HVS (Hypervariable Segment)

HVII : 57-372HVI : 16.024-16.383

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 18

Pola polimorfisme DNA inti

• VNTR - Variable Number Tandem Repeat

• STR -Short Tandem Repeat

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 19

VNTR

• Terdiri atas 8 - 80pb yang berulang

sebanyak 15-35 kali

• Panjang fragmen terbesar ~10 kpb

• Dianalisa dengan metoda restriksi

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 20

VNTR

4

9

14

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 21

STR

• Terdiri atas 3-5 bp yang biasanya

berulang sebanyak 7-15 kali

• Dianalisa dengan metoda PCR

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 22

STR

Child

Mother

Father

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 23

3 Mei 2007 Seminar Penelitian 24