HidrologiPola penyebaran air tawar mempengaruhi pola penyebaran vegetasi dan satwa di dalam kawasan, dan berdampak besar terhadap pengembangan kawasan. Daerah aliran sungai yang cukup luas berada di Gunung Ara Gunung Satalibo di Komodo dan di Doro Ora di Rinca. Arus sungai bergantung pada kepadatan atau ketebalan penutupan vegetasi hutan di daerah tersebut, sehingga hutan ini harus dilindungi. Daerah aliran sungai ini juga menyediakan air yang sangat terbatas sepanjang tahun melalui mata air dan genangan. Sejumlah mata air abadi terdapat di pesisir Pulau Komodo, Rinca dan Padar tetapi mutu dan ukurannya sangat bervariasi. Pada umumnya, sungai muncul pada musim hujan dan hilang pada musim kering.

IklimDengan lingkungan yang cenderung kering, Taman Nasional Komodo mempunyai curah hujan rendah atau sama sekali tidak berhujan selama 8 bulan setahun, dan sangat dipengaruhi oleh hujan musim. Tingkat kelembaban tinggi sepanjang tahun hanya ditemukan di hutan kuasi, awan di puncak gunung dan di lereng-lereng. Berdasarkan klasifikasi Schmidt dan Ferguson, Taman Nasional Komodo termasuk jenis F (sangat kering), dengan Q = 1,97 dan rata-rata curah hujan setahun antara 200 sampai 1.500 mm. Desember sampai Maret umumnya merupakan musim hujan setiap tahun, selebihnya kering. Suhu umumnya berkisar antara 17 C sampai 34 C, dengan tingkat kelembaban rata-rata 36%. Dari November sampai Maret angin bertiup dari barat dan menyebabkan ombak besar yang menerpa seluruh garis pantai barat Pulau Komodo. Dari April sampai Oktober angin kering dan ombak besar menerpa pantai-pantai selatan Pulau Rinca dan Pulau Komodo.

TanahKomodo Barat terdiri dari konglomerat kapur, serpihan pasir, tanah liat dan batu vulkanis dan batu pasir. Kapur koral predominan di Komodo Timur, Rinca dan Padar. Tanah terutama terdiri dari dysropept. Jenis ini mudah tererosi pada musim hujan. Berdasarkan peta tanah tahun 1970 (skala 1:250.000) dari Lembaga Penelitian Tanah, Taman Nasional Komodo memiliki jenis-jenis tanah sebagai berikut: Tanah mediteran merah-kuning, ditemukan di Pulau Rinca dan beberapa pulau kecil di sekitarnya. Tanah mediteran merah-kuning peka terhadap erosi. Tanah komplek, ditemukan di Pulau Komodo dan Pulau Padar, dan pulau-pulau kecil di sekitarnya; jenis tanah ini berwarna coklat keabu-abuan dan merupakan komposit dari beberapa jenis tanah, termasuk latosol dan grumosol yang peka terhadap erosi.

TopografiTopografi di Taman Nasional Komodo cukup bervariasi, dengan kelerengan berkisar antara 0 - 80%. Topografi di Pulau Komodo terdapat banyak tebing curam ke laut, dan teluk kecil dan besar, sedangkan dataran terdapat di pantai utara dan timur. Di Pulau Rinca, dataran terdapat di sebelah utara, dan beberapa di bagian timur dan barat (Loh Buaya, Loh Kima, Loh Beru, Kampung Rinca dan Kampung Kerora). Di luar itu, daerahnya berbukit-bukit. Di pulau Padar, seluruh daerahnya bergunung kecuali di dekat pantai. Ketinggian berkisar antara 0 m dpal hingga 735 m dpal. Puncak tertinggi ialah Gunung Satalibo (735 m dpal) di Pulau Komodo. Di Pulau Rinca gunung tertinggi ialah Doro Ora dengan 667 m dpal. Gunung tertinggi di Pulau Padar ialah Piramida dengan 269 m dpal.

7. Pulau-Pulau di Sekitar Pulau Komodo1. Pulau RincaRinca adalah sebuah pulau yang terletak di Kepulauan Nusa Tenggara. Pulau Rinca beserta Pulau Komodo merupakan kawasan Taman Nasional Komodo yang dikelola oleh Pemerintah Pusat. Pulau Rinca berada di sebelah barat Pulau Flores, yang dipisahkan oleh Selat Mola. Titik tertinggi pulau ini berada di Doro (Gunung) Ora, 670 m dpl. Secara administratif, pulau ini termasuk wilayah Kecamatan Komodo, Kabupaten Manggarai Barat, Provinsi Nusa Tenggara Timur, Indonesia.(http://id.wikipedia.org/wiki/Pulau_Rinca)2. Pulau PadarPulau Padar adalah pulau ketiga terbesar di kawasan Taman Nasional Komodo, setelah Pulau Komodo dan Pulau Rinca. Pulau ini relatif lebih dekat ke Pulau Rinca daripada ke Pulau Komodo, yang dipisahkan oleh Selat Lintah. Pulau Padar juga dihuni oleh ora (biawak komodo). Di sekitar pulau ini terdapat pula tiga atau empat pulau kecil.3. Pulau Gili DasamiGili Dasami adalah pulau kecil di Indonesia, yang merupakan bagian dari gugusan kepulauan Sunda Kecil, yang bersama dengan kepulauan Sunda Besar membentuk kepulauan Sunda.Pulau ini dihuni oleh spesies biawak komodo. Gili Dasami merupakan bagian dari Taman Nasional Komodo. Pada tahun 1991, sebagai bagian dari taman nasional ini, Gili Dasami diterima sebagai Situs Warisan Dunia UNESCO.4. Pulau Gili MotangGili Motang adalah pulau kecil di Indonesia, yang merupakan bagian dari gugusan kepulauan di dalam Taman Nasional Komodo. Pulau ini memiliki luas sekitar 30 km. Pulau ini dihuni oleh sekitar seratus ekor biawak komodo (ora). Pada tahun 1991, Gili Motang bersama-sama dengan kepulauan lainnya di sekitar Pulau Komodo diterima sebagai Situs Warisan Dunia UNESCO.