laporan praktikum burung takwan

7/23/2019 Laporan Praktikum Burung Takwan

1/4

LAPORAN PRAKTIKUM

TAKSONOMI HEWAN BW-2101

Metode Cluster Analysis Hirarkial dengan Menggunakan MVSP dan R Studio

pada Taksa Burung

Oleh :

Shofy Anandya Fitri

111!"#$

%elo&pok '

Agus Muha&&ad Maulana

111#"##

PRO(RAM ST)*+ R,%A-ASA %,H)TA.A.

S,%O/AH +/M) *A. T,%.O/O(+ HA-AT+

+.ST+T)T T,%.O/O(+ BA.*).(

0"1


2/4

Interpretasi

Berdasarkan hasil dendogra& terlihat diantara 2e2erapa 3enis 2urung terdapat dua

3enis 2urung yang &e&iliki kekera2atan yang paling dekat yaitu Haly4on 4yano5entris

dengan Todirha&phus 4hloris6 Hal ini dikarenakan kedua 3enis 2urung ini &e&iliki karakteryang sa&a yaitu pada tipe paruh pe&akan ikan tipe kaki 2ertengger hha2itat di

tegakan7pohon &e&iliki tipe suara 4all dan song dan postur tu2uh 2ertengger 5ertikal6

Pada 4luster kelas a5es ini &enggunakan dua koefisien yaitu 3a44ard koefisien dan

Sorensen koefisien6 Per2edaan dari kedua koefisien ini adalah di 2agian penilaiannya yaitu

apa2ila 3a44ard koefisien perhitungan le2ih si&ple dan 4ara &enilainya se4ara o23ektif dan

su23ektif6 Se&entara untuk Sorensen koefisien perhitungan le2ih ru&it dan 4ara &enilainya

le2ih su23ektif tidak &e&perhitungkan nilai o23ektif6 )ntuk Sorensen koefisien dapat

&enggunakan ru&us : 8*anny 9 0"";

SS < 0a 7 8 0a = 2 = 4 ; di &ana

SS< S>rensen koefisien kesa&aana < 3u&lah spesies yang u&u& 2aik kuadrat

2 < 3u&lah spesies unik dengan kuadrat perta&a

4 < 3u&lah spesies unik untuk kuadrat kedua

SS 2iasanya dikalikan dengan 1"" ? 8yaitu SS < '@ ? ; dan dapat diakili

dala& hal per2edaan 8yaitu *S < 1" SS ;

)ntuk &enghitung 3a44ard koefisien yang &enghitung 2erdasarkan nilai per2edaan

antar spesies6 )ntuk &enggunakan 3a44ard koefisien dapat &enggunakan ru&us yaitu : 8Real

C Vargas 1$$';6

SD < a 7 8 a = 2 = 4 ; di &anaSD < koefisien Da44ard kesa&aan

a < 3u&lah spesies u&u& untuk 8 2ersa&a oleh ; petak

2 < 3u&lah spesies unik dengan kuadrat perta&a dan

4 < 3u&lah spesies unik untuk kuadrat kedua

Da44ard koefisien ini digunakan untuk ka3ian konser5asi spesies sehingga digunakan

untuk dala& &enentukan keterkaitan antara spesies dan area dan untuk &enentukan ukuran

opti&al suatu 4agar ala& 8Higgs C )sher 1$";6

R yang aalnya diperuntukkan untuk analisis statistik saat ini telah 2erke&2angaplikasinya hingga dapat &elakukan &anipulasi data (+S serta &ena&pilkannya6 *ita&2ah

lagi dengan era data analysisatau akra2 dise2ut big data &aka perke&2angan R &en3adi

tidak ter2endung lagi6 Aplikasi R yang terus &eluas didukung oleh 2erke&2angnya 2ahasa

pe&rogra&an lainnya seperti python Ru2y6 Salah satu 4ontohnya adalah R &arkdon6

Bahasa markup8markup language; yang le2ih &udah dari /aTeE atau ht&l sekalipun6 R

2eroperasi pada suatu struktur data 4ontoh yang paling sederhana adalah 5ektor nu&erik

yakni suatu entitas tunggal yang terdiri dari koleksi terurut 2ilangan2ilangan6 Misalkan

pe&2uatan 5ektor nu&erik yang &e&punyai ena& 2ilangan 116" 1'60 @60 16# 6# #6'6

Perintah yang digunakan pada pro&pt 8G; R se2agai 2erikut: G I yang terdiri dari tandakurang dari I assign8JJ 48116" 1'60 @60 16# 6#;; Fungsi assign8; identik dengan operator


3/4

KK6 Selain operan terletak di se2elah kiri pada R operan terse2ut dapat terletak di

se2elah kanan dan dengan &enggunakan tanda assign&ent IGI yang 2erlaanan dengan

tanda assign&ent se2elu&nya seperti 2erikut ini: G 48116" 1'60 @60 16# 6#; LG Fitur

*asar R BAB +V 0# Perintah 2erikut: G y y 1N 116" 1'60 @60 16# 6# "6" 116" 1'60 @60 16# 6#

akan &engassign 5ektor y dengan pan3ang 11 ele&en yang &erupakan pengga2ungan84on4atanation; 5ektor angka " dan 5ektor 8Hendri0""#;6 Pada intinya adalah 2aha R

studio &erupakan aplikasi yang 2er2asiskan pengkodingan 2ahasa R6 Adanya per2edaan

antara R sudio dengan Sorensen dan 3a44ard adalah 2aha R studio &enggunakan prinsip

prinsip pengkodingan 4ontohnya adalah 5e4tor &atriks dan array yang dapat

diperhitungankan dala& &elihat 4luster analysis6 Se&entara untuk Sorensen dengan 3a44ard

adalah 2aha terletak pada per2edaan ru&us yang digunakan dan 3a44ard perhitungannya

le2ih &enguta&akan nilai su23ektif dan o23ektifnya6 Pada hasil &enggunakan 3a44ard di R

studio skalanya senga3a di2alikkan agar 2isa di2andingkan dengan hasil yang &enggunakan

&etode MVSP sehingga terlihat 2aha skala yang &enggunakan R studio dengan MVSP6

Adapun per2edaan skala yang antara ketiga &etode terse2ut6 Hal ini dikarenakan adanya

per2edaan penilaian terhadap 4luster analysis yaitu apa2ila R studio &enggunakan prinsip

pengkodingan yang terdapat perhitungan dengan &enggunakan &atriks array dan 5e4tor6

Sedangkan 3a44ard &e&iliki ru&us dengan &enguta&akan penilain su23ektif dan o23ektif

dan untuk Sorensen &enilai se4ara sesu23ektif &ungkin sehingga dari ketiga &etode terse2ut

adanya sedikit per2edaan nilai6

Analisis kluster &enggunakan 2ahasa pe&ogra&an R untuk ka3ian ekologi6 Analisis

kluster 2ertu3uan untuk &engelo&pokan 5aria2le kedala& kelo&pok 2erdasarkan kesa&aan

tertentu6 Pe&ogra&an dengan 2ahasa R dapat &engolah data untuk klasifikasi kluster dengan

&etode hirarki dan dita&pilkan dala& 2entuk diagra& dendogra&6 Pa4kage R yang

diperlukan adalah 5egan6 Fungsifungsi penting yang digunakan adalah h4lust plot dan

4utree sedangkan fungsi yang terdapat dala& 5egan yang digunakan adalah 5egdist6 8Alfian

A 0"1#;6 Pengertian 5egan adalah untuk &enghitung indeks per2edaan yang sangat 2erguna

untuk ko&unitas ekologi6 Se&ua indeks &enggunakan kuantatif data alaupun datanya akan

&enggunakan indeks 2iner kita 2isa &enghitung indeks 2inernya &enggunakan argu&en

yang sesuai6 +ndeks (oer Brayurtis dan Da44ard sangat 2agus dala& &endeteksi dasar

dari gradien ekologi6

Penggunaan pa4kage 5egan dala& progra& ini karena &e&iliki 2eraga& fungsi

fungsi yang terkait dengan ka3ian ekologi6

Pada pa4kage ini &etode 3arak dapat diakses &enggunakan fungsi 5egadist

sedangkan fungsi yang digunakan untuk &engelo&pokan tegakan &elalui fungsi h4lust

8*ion P 0""$;6 Metode 3arak tersedia dan digunakan untuk indeks si&iliaritas di dala&

fungsi 5egdist adalah : &anhattan ,u4lidean an2erra 2ray kul4ynski 3a44ard goer

alt(oer &orisita horn raup 2ino&ial dan 4hao yang &en3adi default Brayurtis 8M4oyet al6 1$' dala& Real C Vargas 1$$';6


4/4

Daftar Psta!a

Alfian A6 0"1#6 Laporan PKL Ekologi Hewan6 Durusan Biologi Fakultas Mate&atika dan

+l&u Pengetahuan Ala& )ni5ersitas .egeri Makasar6

*anny 96 0"" : %e2i3akan Pe&anfaatan Dasa /ingkungan Hutan6 *irektorat Pe&anfaatan

Dasa /ingkungan *an 9isata Ala&6 *irektorat Denderal Perlindungan Hutan dan

%onser5asi Ala&6 *eparte&en %ehutan6

*ion P6 0""$6 V,(A. a pa4kage of R fun4tion for 4o&&unity e4ology Journal of

Vegetation Science Vol6 1! +ssue ' pages $0@$#"6

Hendri6 0""#6 epat Mahir Phyton6 %uliah )&u& +l&u%o&puter64o&6 +l&u%o&puter64o&6Higgs A6D6 C M6B6 )sher6 1$"6 Should reser5es 2e large or s&allQature0:''$

Real R C D6M6 Vargas6 1$$'6 The Pro2a2ilisti4 Basis of Da44ards +nde of Si&iliarity6 Syst!

"iol6 !8#;: #"#6

laporan praktikum burung takwan

Documents