Konektivitas dan Analisis Filogenetik

Spesies Hiu Sphyrna lewiniBerdasarkan DNA Mitokondria

Sutanto Hadi | Nurlita Putri A. | Toufan Phardana | Effin Muttaqin | Benaya Meitasari

S. | M. Ichsan | Beginer S. | Hawis Madduppa

Jakarta, 28-29 Maret 2018

LATAR BELAKANG

Hiu dan pari merupakan komoditas perikanan penting.

Menurut data FAO (2013) volume penangkapan hiu dan pari

di Indonesia pada 2000-2011 merupakan yang tertinggi di

dunia dan urutan ke-3 dalam perdagangan sirip hiu setelah

China dan Thailand.

Sphyrna lewini merupakan salah satu spesies hiu yang

terancam populasinya, berstatus Endangered berdasarkan

IUCN Redlist dan Appendix II CITES. Di Indonesia sendiri S.

Lewini dilindungi melalui Permen KP No.5/PERMEN-

KP/2018 tentang Larangan Pengeluaran Hiu Koboi dan Hiu

Martil dari Indonesia.

Analisis filogenetik penting kaitannya dengan dinamika

populasi hiu khususnya berkaitan dengan konektivitas antara

populasi (Domingues et al. 2017). Pendekatan genetika

relatif baru di Indonesia sebagai alternatif pendugaan

keterkaitan hubungan populasi dalam rangka upaya

konservasi.

Doc. M. Ichsan (2017)

Sembiring et al. (2015)Identifikasi spesies hiu di beberapa lokasi di Indonesia

Madduppa et al. (2016)Identifikasi stingray di pasar ikan di Palabuhanratu, Muara Saban, dan Lampung

Identifikasi spesies dan analisis filogenetik Alopias pelagicus, Carcharhinus falciformis, C. sorrah, C. amblyrhynchos, Galeocerdo cuvier, Atelomycterus marmoratus, and Spyrna lewini yang didaratkan di Cilacap dan Pelabuhan Ratu. Prehadi et al. (2015)

IBRC (2012)

IBRC (2012)

METODE PENELITIAN

Analisis laboratorium dilakukan di Laboratorium

Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan,

FPIK, IPB.

TUJUAN

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konektivitas

dan filogenetik spesies hiu S. lewini di Aceh dan Tanjung

Luar menggunakan pendekatan molekuler berdasarkan

marka mtDNA

ACEHMeulaboh, n= 23

Aceh Jaya, n= 7

TANJUNG LUARn= 30

Penelitian dilaksanakan pada bulan November 2017– Januari 2018. Pengambilan

sampel dilakukan di Aceh dan Tanjung Luar.

DNA Sampling

Prosedur penanganan sampel genetik hiu

DN

A

2

Polimer Chain Reaction(PCR) CR gen COI

3

Electrophoresis

5

4

Cycle Sequencing*1st BASE

Sequence edit*MEGA 6.06

7

6

Identifikasi*BLASTN di Genbank

Data Analysis*AMOVA

1

DNA Extraction

Kit ekstraksi gsyn geneid

tissue

PCR:

Primer foward fish-BCL dan

reverse primer fish-BCH

(Baldwin et al. 2009 ; Prehadi

et al. 2015; Madduppa et al.

2016)

Siklus PCR at 95°C for 2 min followed by 35 cycles of denaturation (94°C for 30 s), annealing (50 °C for 30 s), and extension (72°C for 45 s) with the final extension step at 72°C for 2 min.(Prehadi et al.)

ANALISIS

HASIL SEKUEN

STATUS IUCN

NAMA LOKAL

hiu caping (Jawa), hiu capil (Bali), hiu bingkoh (lombok)

Doc. M. Ichsan (2017)

SPESIES

KODE GENBANK

% IDENT

Sphyrna lewini

MG816735.1

629-bp (100%)

2973845_T

L_261017_1_39_B

CL

29

73

87

7_

TL

_2

51

01

7_

1_

14

_S

L_

BC

L

3

2973876_T

L_261017_1_21_S

L_B

CL

0

2973875_T

L_061117_1_1_A

P_B

CL

0

2973874_T

L_261017_1_46_S

L_B

CL

0

2973873_TL_091117_1_1_A

P_B

CL

0

2973

868_

TL_

2610

17_1

_26_

SL_

BC

L

0

2973

867_

TL_

2610

17_1

_31_

SL_

BC

L

0

2973

866_

TL_03

1117

_1_1

_AP_B

CL

0

2973865_TL_261017_1_42_SL_BCL

0

2973864_TL_261117_1_29_SL_BCL

0

2973862_TL_231017_2_23_SL_BCL

02973860_TL_261017_1_18_SL_BCL

0 2973857_TL_261017_1_20_SL_BCL

0

2973856_TL_261017_1_37_SL_BCL

0

2973854_TL_221017_5_1_SL_BCL0

2973853_TL_261017_1_23_SL_BCL

0

2973852_TL_261017_1_19_SL_BCL

0

2973851_TL_261017_1_34_SL_BCL

0

2973850_TL_261017_1_15_SL_BCL

0

2973848_TL_261017_2_32_SL_BCL

02973847_TL_261017_1_35_SL_BCL

0 2973846_TL_261017_1_13_SL_BCL

0 2973844_TL_231017_2_27_BCL

02973768_TL_171017_1_47_BC

L

0

2973804_261017_02_07_AJ_B

CL

0

2973790_261017_02_02_AJ_B

CL

2973750_M

BO

_191017_2_B

CL

2973749_M

BO

_171022_19_B

CL

2973748_M

BO

_57_B

CL

2973742_M

BO

_171022_18_B

CL

2973741_M

BO

_14_B

CL

29

73

73

2_

MB

O_

47

_B

CL

29

73

72

8_

MB

O_

11

10

21

_0

3_

BC

L

2973727_M

BO

_171024_22_B

CL

2973726_M

BO

_171024_23_B

CL

2973715_M

BO

_44_B

CL

Sphyr

na le

win

i KU

366619.1

55

2973869_TL_061117_1_2_A

P_B

CL

72

2973

716_

MBO

_33_

BC

L

2973

798_

2610

17_0

2_03

_BCL

2973855_TL_261017_1_16_SL_BCL

2979712_TL_221017_2_6_SL_BCL

85

99

2973717_MBO_9_BCL

2973718_MBO_171025_28_BCL

2973729_MBO_41_BCL2973730_MBO_171021_07_BCL

2973731_MBO_171022_16_BCL2973735_MBO_40_BCL

2973737_MBO_171021_04_BCL

2973738_MBO_29_BCL

2973739_MBO_171021_06_BCL

2973744_MBO_42_BCL

2973746_MBO_171024_21_BCL

2973786_261017_02_01_AJ_BCL

2973792_261017_02_06_AJ_BCL

2973791_261017_01_01_AJ_BCL

2973801_261017_03_01_AJ_B

CL

2973797_RG

P91017_1_1_B

CL

2973871_TL_131117_1_25_A

P_B

CL

99

99

2973734_M

BO

_171023_20_B

CL

Rhin

codon ty

pus F

J375725.1

MeulabohAceh Jaya

Tanjung LuarMeulaboh

Meulaboh

Tanjung LuarMeulaboh

DN

A

ANALISIS

HASIL ANALISIS

Hasil analisis filogenetik menunjukkan konektivitas populasi S. lewini dalam 4 klade dari 11 haplotipe.

KESIMPULAN

Penelitian ini menunjukkan bahwa keragaman genetikSphyrna lewini di dua lokasi rendah

Adanya perbedaan struktur genetik antar populasi.

Doc. M. Ichsan (2017)

Populasi n Hn Hd π

ACEH 30 5 0.630 0.026

TANJUNG LUAR 30 6 0.320 0.006

Antar populasi terdapat perbedaan struktur genetik (Fst= 0.356, p=0.000)

TABEL AMOVA

Ucapan Terimakasih